1VSIA

Asv integrase core domain with ca(ii) cofactor
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsiA00
1B92A 3ZSYA 1NKCA 2IS3A 1HPZA 2WONA 4KHNA 3P83D 1J9AA 4CK2A 4DSFA 2GV9A 4CJEA 1BCMA 1S1WA 3T1AA 1JXBA 4AHUA 2XRIA 3DLGA 1JLEA 1NK7A 2F8TA 2AJQA 3DLEA 4DLEA 1ZBIA 1FKPA 4B8AB 1SL0A 4I9LA 1J5OA 1CXQA 4HUGA 3L2RA 3NCIA 4FJLA 4I9QA 2HVHA 3WNGA 3VQAA 1XC9A 3H08A 1W9HA 4HCBA 3SPZA 1RBRA 1HYVA 1S1TA 1TVRA 2D0CA 1C0TA 1KFDA 3OYFA 3QESA 2X6SA 1BI4B 3V9XA 4DTSA 1QTMA 2Q3SA 3VQCA 3ISNC 2EHGA 3HT3A 3SYZA 4DSLA 4DSJA 1Q8IA 2ATQA 3CFRA 3SI6A 4CFAA 3LPUA 2ITGA 3C6UA 4B9LA 2OPRA 5C25A 3SV4A 2G8WA 4DU1A 3ZT3A 4M3WA 3KD5E 3AVIA 3DMJA 4KB1A 1NK5A 2HHWA 3VQ5A 3NF6A 3P1GA 5HLFA 3S9HA 4CCHA 3NF8A 4FLTA 1L3SA 5E41A 4FLVA 3THVA 4OLAA 1WSGA 4DFKA 5FRMA 1WAFA 3TAMA 4DMNA 4FK2A 3OYJA 1X1PA 1S1VA 3ZT4A 4FJMA 1J53A 2YNFA 3DLRA 4DTOA 2RN2A 3PV8A 1U4BA 2P5OA 4K8ZA 3F9KA 1RBUA 4Z4GA 3NDKA 2KZMA 3MECA 1VSMA 4F3TA 3L2QA 4CERA 3VQ4A 2PZSA 4CJUA 3QEXA 3NF9A 1NKBA 3QEPA 2B6AA 2QKBA 2BE2A 4CHZA 4CESA 3I8DA 4Z4EA 2XY5A 1RTHA 3QIPA 4K8XA 3BDPA 1WSHA 5I3UA 4F4KA 3HP9A 4Z4HA 1T8EA 2D5RA 4E1NA 4UQGA 1EP4A 2W42A 3S3OA 4HUEA 1UA1A 3NH1A 3KK3A 1IG9A 2E6MA 2RKIA 1XHXA 1VSJA 5FROA 4W5NA 3PY8A 4IG3A 1J54A 1VSHA 4FLYA 4FJ9A 4Q5VA 3V9UA 2OA8A 3OS0A 1HQUA 3TWHA 2YNGA 3L2UA 2OZSA 4IKFA 3D0PA 2IOCA 4KO0A 4KREA 3WNEA 4KTQA 4DWIA 5J2NA 4M3YA 2Z1JA 2P1JA 1NK0A 2DFFA 3QLHA 1QS4A 1TL3A 2B4JA 2KW4A 3SUOA 2YKMA 2YV0X 1QE1A 1KRPA 4JRPA 2VG7A 3CM6A 3MXJA 3S3NA 1BIUA 5CYMA 5HRRA 2HHQA 3F73A 4CFCA 2X78A 2KQ2A 2ZD1A 4KTZA 4FZYA 2HNDA 4KTWA 4HTUA 4CGJA 1B9FA 3MEEA 2G8HA 2A1SA 1C0MA 3HSTB 2HHVA 4WE1A 4H8KA 4XIUA 1S6PA 3HPHA 5EU7A 4KKOA 3SNNA 1TK0A 3LDSA 1ZBHA 3C6TA 4CEZA 1TKDA 4CJLA 3AA4A 3NAEA 4DSKA 3LWLA 4FJ8A 3O3HA 1CZBA 4DTMA 3VQBA 4CF0A 4KPYA 4Z4CA 1VSEA 2VWJA 1L5UA 1EXQA 4B9TA 3TR8A 3UIQA 4FJ7A 3O3FA 1IKVA 4QOZB 1RCHA 1EKEA 3HVTA 4OPKA 3O4NA 3VQDA 1JLFA 3SQ1A 4E89A 4CIEA 3QINA 3QNOA 1CZ9A 4KI6A 4DLGA 4N41A 2OPPA 4BE1A 4HCCA 1RBSA 1VK0A 4KHUA 1S5JA 4FXDA 1RT2A 3NBPA 1S1XA 1X9WA 1HNIA 4EZ9A 1SL2A 3PO4A 1K6YA 3VA3A 4HVJA 4H4MA 5I42A 4AHSA 4FJNA 4FLZA 1A5VA 4YNQA 1HMVA 3NH0A 2D0BA 4ELVA 4KB0A 3NE6A 3AVMA 4PQUA 4IG0A 4DTUA 1GOCA 3V9SA 5HRSA 2FC0A 3MXMA 4M3XA 4EP5A 4AHCA 4CHOA 1G15A 3V1RA 1WSIA 5CZ1A 4ELTA 3HPOA 4C8NA 4ICLA 3ZCMA 1RT5A 1VRUA 3NGYA 3QETA 4F2SA 3DOKA 4ELUA 2Z1IA 4FJJA 3L8BA 2HHTA 4AH9A 3K5OA 1REVA 3SUQA 2GBZA 3K59A 4LD0A 1LWEA 3RMBA 1VSDA 3LZJA 3SQ0A 2E6LA 4CJ3A 1SV5A 3ZT0A 1RDBA 4Z4FA 4PWDA 2YHAA 3BGRA 1NOYA 2G8FA 5KRSA 5HROA 4O0IA 1KLMA 3AVHA 4CF1A 1SUQA 3HXMA 1SL1A 1T05A 4FLXA 1L3TA 1D9FA 2OZMA 1U48A 1ZYQA 3PO5A 4J2BA 2IGIA 3HVRA 1LV5A 4YFUA 2DTUA 3SQ2A 4DTJA 3LAKA 4AILC 1BQNA 2D0AA 4CE9A 3I0RA 3K5NA 2G8KA 1JLGA 1W0HA 1WNSA 1YTAA 3T19A 3K5MA 4M3UA 3IAYA 3AVNA 4N56A 3HPGA 1NJXA 1RTDA 1DLOA 3KLFA 3HL8A 5J1EA 1NK6A 2WOMA 4GMJB 4PA1A 4E19A 3JYTA 1TKZA 3K58A 1IO2A 2IDOA 4KV8A 3NHGA 3D45A 3TI0A 1B9DA 1S6QA 4OVLA 4DTRA 4H4OA 4LY7A 4CHYA 4LH5A 3KLGA 3AVLA 3LPTA 3RWUA 3VQ7A 4DFMA 1JXEA 1VRTA 4E1MA 2QKKA 4E7IA 4M45A 3KLHA 3EYZA 4B3OA 1TAUA 2FBXA 4FJKA 1KCFA 4MFBA 4M42A 4J2DA 1YT3A 1L3UA 1HQEA 1S9GA 4GW6A 3CFOA 3L3UA 2XO7A 2KTQA 5FRNA 4M3TA 1RNHA 3AVFA 3PX4A 4OJRA 4KHQA 3VQ6A 3AO3A 2RF2A 3U3GA 3VQQA 4FM2A 3TABA 4CF9A 2G8VA 3ZT2A 3RRGA 3KKSA 1IKWA 1N6QA 4Z4IA 1QHTA 3CG7A 3HM9A 4KHSA 4DSIA 3VQEA 1BL3A 4E7KA 3K2PA 4BE0A 3VQ8A 4CFDA 4OLBA 2R7YA 4KHYA 4CJVA 2X6NA 4J2AA 3RRHA 3AVAA 5DK5A 1U49A 1RT4A 4N76A 4DTXA 3TAFA 4E0DA 1U04A 4CEOA 3EY1A 4CEFA 1WSFA 4C8LA 2G8IA 2IAJA 4NCAA 4G1QA 2EX3A 3B6PA 3ZSXA 4CF2A 3DLBA 4NCBA 1O1WA 3M8SA 3SZ2A 1Y97A 3LZIA 3MEDA 3RMCA 1WAJA 1WSJA 3DI6A 3RMDA 2YHBA 3V1QA 2KZZA 5KRTA 3E01A 1KVCA 3TAEA 1TK8A 2Z1HA 3OYNA 4CEAA 2BGGA 3OS1A 3T3FA 4EZ6A 1S1UA 3OYKA 4B9SA 4FZZA 4CECA 1RTIA 1VSIA 4DQIA 3LP3A 5J2QA 2I5JA 1GOBA 3TARA 4N47A 4W5QA 4JLHA 1U47A 3LP1A 1X9SA 5D3GA 4QAGA 4CFBA 3HK2A 3HP6A 3VA0A 4DQPA 2FBYA 3AVGA 1BHLA 1IKYA 3TANA 1N5YA 1TL1A 1ASVA 2P5GA 3M8PA 1U45A 3V4IA 4CJWA 4BDZA 1ZBUA 4N5SA 2HHXA 4FJGA 5SZTA 3CQ8A 2Y1IA 3SCXA 4I7FA 4PUOA 1S9EA 3SPYA 1VSLA 3HO1A 4QCLA 3SUNA 4FJIA 2DY4A 4BACA 4C8KA 1KVAA 4M41A 4OPJA 3KD1E 2VWKA 3DM2A 3B6OA 1LW0A 2Z1GA 2PYLA 2YKNA 3ITHA 1I3AA 3OYDA 2XY8A 3HJFA 2HB5A 3QERA 2DFHA 1JLAA 3OVNA 3OYAA 3OJUA 3SJJA 3KK2A 4IFVA 4L8RB 1JLCA 3NGIA 4W5RA 4JS5A 3AA3A 3OJSA 4ID5A 4CHNA 3AO5A 3TAGA 1Z25A 3MXIA 1ITGA 1HNVA 4FW2A 2O4IA 1C1CA 3LWMA 4B9UA 4BDYA 3QEIA 4Z0UA 4CGGA 2RPIA 2PYJA 4CEDA 3JSMA 3DLHA 3LAMA 4FLWA 3C95A 2Y1JA 3QIOA 2KFZA 4BWJA 1BCOA 3OYEA 3PUFA 1LWFA 2E4LA 4J2EA 3KTQA 3ZT1A 4M3RA 3V9WA 4Y1DA 4F8RA 2DFEA 2IC3A 2OPQA 3M8RA 5HBMA 4FYDA 4KAZA 4CHQA 1TKTA 4DF8A 1YTUA 2HW3A 3EZ5A 3AA2A 5FDLA 3AVKA 1Q9YA 4CJRA 5CYQA 4DQSA 4CGFA 3ZSQA 1HYSA 4CEBA 4R5PA 3ASMA 3AVJA 1BQMA 2O4GA 3L2WA 3PX6A 1RILA 4DTNA 1SKSA 1T7PA 1HYZA 4CJTA 3NGZA 1WN7A 3O3GA 4DS5A 2HMIA 5JS1A 4NCGA 2VG5A 4I2QA 1WLJA 3HYFA 1JL1A 4FM1A 1D9DA 3AA5X 1JKHA 2JLEA 3DRRA 4O4GA 3K5LA 1RBVA 3FFIA 1JLBA 2BANA 2JGUA 3AO2A 3OYCA 4DFJA 4OGEA 4GVMA 3RR8A 3QNNA 4FLUA 4AHRA 4FJXA 1TGOA 4NYFA 4RW9A 3DOLA 1QSLA 3MEGA 4O55A 2G8UA 5C42A 1RTJA 2FBTA 4CJ4A 4W5OA 4CIFA 3VQPA 2XY6A 4BE2A 5KGWA 4B9MA 4FK4A 4ZTFA 1ZBFA 3CFPA 4E7HA 4IFYA 1VSFA 4RW6A 3KK1A 1KFSA 4DU4A 4O44A 3AVCA 3OY9A 4RW4A 2B5JA 4I2PA 4NYNA 4F3OA 1F21A 1XHZA 4ZHRA 3U6FA 4ZTJA 4FK0A 3TAPA 4OKEA 3U3YA 2XY7A 4OGCA 3V1OA 3ZSVA 3MAQA 2BDPA 4FZXC 1C0UA 3C94A 1VSKA 3KLIA 1KVBA 1RT1A 1C6VA 5C24A 3ZSRA 3A2FA 3NFAA 5HRPA 4RW8A 3NH2A 4FJ5A 3IG1A 1NK9A 1SKWA 1BI4A 3AVBA 3KKRA 1UA0A 4AHVA 1EX4A 4DQQA 4DTPA 1BIZA 4CK3A 1TKXA 2YNIA 1KTQA 3IS9A 1DTTA 1I39A 3AV9A 3AO1A 1QSSA 3P5JA 4BWMA 4CGHA 4KHWA 4RG8A 1NJWA 3KIOA 5JS2A 4IBNA 2OPSA 4O5BA 4KI4A 3AO4A 1TV6A 4HHTA 1EETA 1FXXA 1YVUA 1Q9XA 1ASUA 3OYHA 3ZSZA 1XI1A 3QEWA 4RW7A 1D5AA 1L3VA 1KSPA 3L3VA 1IH7A 1R0AA 3SV3A 1C1BA 1LAVA 3G10A 5DMRA 2ETJA 5HRNA 2HHUA 1ASWA 5SWMA 1UOCA 5J2MA 4DF4A 3L2VA 1XWLA 4FCYA 4DU3A 1T03A 1RT6A 4Y1CA 4JRQA 4Q0BA 4B9NA 5KGXA 5K14A 3CM5A 1IKXA 4CGIA 4LH4A 3CYMA 3V9ZA 1HJRA 3O4QA 5KI6A 4JS4A 3NF7A 2OYQA 5KTQA 4KFBA 3DRSA 4LSLA 3QEVA 2ZQBA 1RDDA 2F96A 2HNZA 4OKKA 2XHBA 1RT3A 1ZBLA 1CXUA 2HNYA 1X9MA 2F8SA 3DRPA 3DYAA 1NOZA 2FBVA 4TSXA 5CY4A 1LWCA 1RDCA 3LP2A 1A5XA 4FVMA 4M3ZA 4O0JA 4E7LA 2GUIA 1NJYA 4ID1A 1QSYA 4C8OA 4F2RA 4FJHA 3G0ZA 5HP1A 2QXFA 4PY5A 3TAQA 4CEEA 4CJKA 5T7BA 4AHTA 3OYLA 3QO9A 1HRHA 3OYIA 1Z26A 4FM0A 1D8YA 1NK4A 3LP0A 4E7JA 3V6DA 4BDPA 1JL2A 4HUFA 2VG6A 3KJVA 4CJPA 3ALYA 3RMAA 1BGXT 1GOAA 4OKJA 3K57A 3KLEA 3ULDA 4DFPA 3PX0A 3S3MA 1NKEA 4KRFA 1KLNA 5J2PA 1SKRA 2PY5A 2P51A 2LSNA 3SQ4A 3LANA 1MU2A 2HHSA 1TAQA 4CJ5A 3RR7A 3ZSWA 2KFNA 2NUBA 3LALA 4CF8A 4EP4A 4DQRA 1DTQA 1UAXA 1UWBA 3OYBA 4B9VA 4CK1A 3OYGA 3OS2A 1QQCA 3DLKA 3ZSOA 4CJFA 4DSEA 1NK8A 4FW1A 4C8MA 1BISA 4DG1A 4E3SA 4LSNA 1TK5A 3I0SA 4B08A 1CLQA 2HVIA 1RBTA 3IRXA 3WNFA 4B8CA 1A5WA 3WNHA 3M8QA 4CEQA 2A1RA 5CZ2A 1JLQA 3VQ9A 3SUPA 1RT7A 2X74A 4IDKA 1WSEA 2ZE2A 2YNHA 4CJSA 4CHPA 4DS4A 1FK9A 4CGDA 1NJZA 1LW2A 3V81A 4CIGA 1RDAA 4W5TA 4CJQA 1LAWA 1FKOA 3OYMA 2QK9A 1C1AA 3RTVA 3VN5A 4MQ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LMUK 4FWPA 2WONA 4CK2A 4DSFA 1W97L 1QHAA 5KQDA 1NK7A 2F8TA 4DLEA 4FJLA 2HVHA 3VERA 1NGJA 4JNEA 1XC9A 2J4RA 3ENOA 2ZM6K 1WBBA 3SYZA 4DSJA 4B9QA 3SI6A 3MX5A 3CFRA 4MO5A 4B9LA 4CBUA 4DU1A 3ZT3A 4M3WA 1MWMA 2UU9K 3NF6A 3P1GA 2W6KA 2WUSA 4FLTA 5E41A 4FLVA 4DFKA 3BP8A 4IJNA 4A5BA 1S1VA 4FJMA 1U4BA 3CJCA 2RN2A 3NDKA 1GLJO 1VSMA 4JK9A 3J81O 4CERA 4CJUA 3CPEA 2XY5A 1RTHA 3C6HA 4CI6A 3SAFA 1WSHA 4F4KA 3HP9A 3OHRA 4UQGA 3UE5A 2W42A 3CPWM 3H46O 4HUEA 1IG9A 3KK3A 2RKIA 1XHXA 1VSJA 1JCGA 4IG3A 1J54A 1VSHA 4J8FA 3UKRB 4O5FA 4FVUA 3O8MA 3OS0A 2UXDK 3TU5A 3L2UA 2OZSA 1OH5A 4KO0A 4KREA 3FFKB 4KTQA 3FE1A 4QS9A 4M3YA 1QQNA 1NG9A 2DFFA 1KRPA 4A62A 3P39A 3CM6A 4IFEA 3IFRA 3O08A 5EX5A 1E4FT 2P9LB 1HNXK 3S41A 2G8HA 3VOVA 3O9SA 2A1SA 3HSTB 1S6PA 5EU7A 4FJ8A 3O3HA 1CZBA 4CF0A 4Z4CA 3WQUA 1L5UA 2VGMA 1IKVA 2NLXA 1RCHA 1EKEA 3K0SA 1QZ6A 4OPKA 3P38A 1JLFA 3SQ1A 2PFUA 3QINA 1V4TA 4N41A 3HSCA 2OPPA 1R59O 1Q82O 1VK0A 2QTDA 1RT2A 5AJ3K 3NBPA 1X9WA 3EZWA 4CZLA 3DLLL 1Q86O 4EZ9A 3NH0A 5LY3A 4BC2A 3BZKA 3MMVA 2A40A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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