1VSJA

Asv integrase core domain with cd(ii) cofactors
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 50
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsjA00
4GW6A 3HJFA 3AVJA 3P1GA 3VQ9A 3VQEA 3EZ5A 1J9AA 1CZ9A 4CCHA 3V9XA 2DFFA 1ZYQA 4FZXC 1DLOA 3M8QA 4CJ5A 4NYNA 1ZBUA 3H08A 5C25A 1WSGA 2D0BA 2HB5A 4QAGA 4KO0A 3RMDA 3K2PA 2YNIA 4HUGA 4EZ9A 2ITGA 5KTQA 2D5RA 1D8YA 3AO5A 2GUIA 4CHZA 2DTUA 4OJRA 1NKEA 1JLFA 1TKZA 2LSNA 3S3NA 1IO2A 2W42A 4QOZB 5HRSA 4CFCA 3PY8A 4FZYA 3OVNA 4ID5A 1BQMA 3TARA 4CJQA 3SI6A 2WOMA 4DU3A 1NK8A 4CFAA 4HCBA 1IG9A 4I9LA 3TAQA 3AVLA 1VSFA 4CGDA 1VSEA 4HUFA 1QHTA 4FM2A 3KJVA 2GBZA 4E1NA 4DQIA 2KFZA 1NOYA 4H4MA 4AHVA 1BGXT 1QSLA 3OYFA 2B6AA 1VSKA 3AVHA 4OKEA 4F3TA 4M3RA 1SV5A 3NH1A 2PZSA 4KHYA 4BDZA 3AV9A 4FYDA 3V9UA 3OYJA 2P51A 3SQ1A 3OYAA 1RDDA 1EETA 3TAEA 2FBXA 1IKWA 1Y97A 4IG0A 4CECA 3HT3A 4DQSA 3OYGA 2OPRA 4O0JA 1VRUA 3QNOA 1NK5A 5FDLA 2F8TA 1J5OA 3KLEA 3EYZA 4CIGA 2X74A 3C6UA 3HPOA 4PA1A 3K5NA 3QO9A 1R0AA 2JLEA 1JL2A 3VQ7A 5HRPA 3MEDA 3JYTA 3U6FA 3LPTA 1TKDA 3C94A 1RCHA 1SL2A 3SCXA 5D3GA 3ZSZA 2ZE2A 4CK3A 3OYHA 3QINA 3NF6A 1Q9XA 1HRHA 2Y1IA 4DTJA 4FLTA 4J2AA 4B9TA 2Y1JA 4CJRA 3V9WA 3VQ4A 3C6TA 3MECA 4DQPA 3M8SA 1WAFA 1DTTA 3OYEA 1JLGA 3TR8A 4KHWA 3OYLA 3LANA 2OZMA 4CK2A 4AHCA 4C8KA 1YTUA 4C8MA 2XO7A 3LWLA 3O4QA 4ELTA 3OYIA 3QESA 3RTVA 4ZTJA 1X9MA 4K8XA 1ASVA 1QE1A 4CIFA 2HHXA 3L2QA 1HJRA 2B5JA 2Z1GA 3VQ8A 4CF8A 4W5QA 1REVA 2RPIA 4DTXA 4YNQA 4CGGA 3MXJA 4E7KA 4IFVA 5J2NA 2YV0X 4CJ4A 3S3MA 2QKKA 3PX0A 3VQ6A 3ZSRA 4ZHRA 3ZT1A 4OGCA 2HVHA 4FW1A 2P5OA 4E1MA 4I2PA 5CYMA 4Z4CA 1LWCA 1MU2A 1TK8A 2G8IA 3PX4A 4DSFA 4HTUA 4FJNA 4CFBA 3OYKA 1QTMA 1FK9A 4DF4A 2E4LA 2X78A 3L2RA 3DI6A 4JRQA 3QEWA 3RMAA 4C8OA 3ZT4A 4H4OA 4PUOA 1X9WA 2HHWA 1WAJA 1RTDA 4GVMA 1G15A 4J2BA 4FM0A 3QEPA 4LSLA 3NH0A 4KHSA 3DYAA 4LH5A 2JGUA 4OPJA 4ELVA 4BDYA 1C0TA 3AVBA 3HL8A 3AA4A 4G1QA 4DQQA 3VA3A 1NJXA 4Q0BA 3HVRA 3HO1A 4CHQA 1RDCA 5C42A 4LD0A 1S1UA 1JLBA 1JLAA 4CGFA 4PY5A 1Z25A 3K58A 3RRHA 1T7PA 5FRMA 3QIOA 1CZBA 4CJLA 4O0IA 3SPZA 4FJJA 1UWBA 5EU7A 4Z4EA 3AVNA 1HYZA 1HQEA 3ITHA 5SWMA 2XY6A 1SKSA 1L3SA 1RBRA 3AO3A 4LH4A 3NCIA 2IGIA 1LV5A 2QXFA 1NOZA 4N76A 3DM2A 3VQCA 4DTNA 3ZT3A 2X6NA 1C0MA 4Q5VA 3OJUA 5HROA 3RRGA 1JKHA 2KZMA 3K5MA 3T19A 1VSLA 1KSPA 3DOKA 3A2FA 2VWJA 4DF8A 3IAYA 4N5SA 4IG3A 1WNSA 4CE9A 3I0RA 3CG7A 3SUQA 4DWIA 4Y1CA 3EY1A 5DK5A 2G8UA 4KRFA 1T05A 3KK1A 2R7YA 2XY8A 4CK1A 1XHXA 2VWKA 2RN2A 4RW4A 4KPYA 3QEXA 4FLZA 1YT3A 3DRRA 3OYNA 4HUEA 2YNGA 4B3OA 4CJUA 1JXBA 3AA2A 3VQBA 3TANA 3DLBA 4NCGA 4YFUA 1NKBA 3SV4A 3OYDA 1FXXA 4DTOA 1TVRA 4M42A 1RT4A 4DTMA 4BWMA 3AVFA 3AVAA 3ULDA 4W5OA 1EX4A 3KKSA 1TKXA 2X6SA 1WSJA 4Z0UA 3CQ8A 4DFPA 3V1OA 3TI0A 4CHOA 2IOCA 1UA0A 1ZBFA 1J53A 4DTPA 3L2VA 3MAQA 3E01A 3VQPA 1RT2A 4JS4A 4E7IA 2XRIA 1LWFA 3NF8A 4AHTA 4CJFA 4B9MA 2IS3A 4IDKA 4Z4GA 1WSIA 4AH9A 3OY9A 1TK0A 2YKNA 3ASMA 1Z26A 4DSIA 1IKXA 4W5RA 1IH7A 1UOCA 3WNFA 1RBTA 4K8ZA 4H8KA 1RTHA 3ZCMA 1QSSA 1A5VA 3TAMA 3K5LA 4WE1A 3AO2A 4DU4A 1TL3A 2KW4A 2YHBA 3SYZA 3PX6A 4B9UA 4CJKA 1X1PA 5KRSA 3HYFA 3LP0A 4CJSA 4MFBA 3LWMA 4CF9A 4KKOA 4DTUA 1ZBIA 1F21A 4HHTA 3CM6A 3HP9A 4BWJA 1JLEA 3JSMA 1S5JA 3AVGA 3B6PA 1SKRA 2DFHA 2PYLA 2DFEA 2OPQA 3AVCA 5SZTA 3ALYA 3WNHA 4M3XA 1RBUA 1NK7A 3MXMA 3RR7A 4FJLA 1L5UA 1I39A 3CYMA 4RW6A 4EP5A 3RWUA 2G8FA 4FJMA 4OGEA 1RNHA 3P83D 1A5XA 5CZ1A 4CHYA 2HNDA 2VG5A 4DG1A 3RMCA 4E7JA 4ZTFA 3ZSOA 4CEAA 4FJKA 4N41A 3S3OA 1S1XA 4FJ7A 2Z1JA 1S1WA 3CM5A 3M8PA 3L8BA 1WSFA 4KREA 1QS4A 5CYQA 3VQ5A 3VA0A 3S9HA 4AHSA 1TAUA 2IAJA 1VK0A 3DOLA 5HP1A 1NJZA 4CESA 4DSLA 4R5PA 4FJXA 4PWDA 1Q8IA 1S1TA 4N47A 4KB0A 1RDAA 2FBYA 3G0ZA 4IBNA 4KFBA 4OKKA 4RG8A 3ZT2A 3LZJA 1U4BA 4OLBA 1KLMA 3ZT0A 2HHQA 1C6VA 4CJEA 3KK3A 1TK5A 4FZZA 4N56A 3NH2A 4MQ3A 3NF9A 3KKRA 2F96A 2E6LA 1C1CA 1TAQA 2OPSA 4NYFA 3MEGA 3ZSYA 3NFAA 3ZSQA 1N5YA 2B4JA 2QKBA 1CXUA 4CEOA 1JLQA 5I42A 3TAGA 3B6OA 1GOBA 1SL0A 1D5AA 3PO4A 1D9DA 3SJJA 1S6QA 4KI6A 3AO1A 4E7LA 4CERA 4UQGA 3OS1A 3V6DA 1NK6A 1UAXA 4CEDA 3K57A 1SL1A 1HNIA 4CFDA 1CLQA 3ZSXA 3G10A 4J2EA 1S1VA 1KVCA 4GMJB 1FKOA 4DQRA 3QLHA 3PO5A 1JLCA 1NJYA 1CXQA 4Z4FA 4O55A 2O4GA 1KVBA 2EX3A 2GV9A 2XY5A 3SPYA 3TAPA 1U49A 3HP6A 2O4IA 3L3UA 3O4NA 1XC9A 3F9KA 2ZD1A 4DS4A 4L8RB 3PUFA 3AO4A 1NKCA 4JRPA 1O1WA 2PYJA 1BQNA 3T3FA 2OYQA 4M3WA 1KTQA 1BIUA 4FVMA 1WN7A 2G8HA 3OS0A 2XY7A 4DFMA 4CEBA 1U47A 4AHRA 4O5BA 1VSIA 1NK0A 2PY5A 1L3UA 3KLIA 1HYSA 5JS1A 1HMVA 4CJ3A 2YNHA 3T1AA 3NHGA 3LAKA 3CFPA 3QERA 3TWHA 5E41A 2F8SA 3QNNA 3V81A 3SV3A 3D45A 4DLGA 4KHNA 1KCFA 1LW2A 1WSEA 1L3TA 1B9DA 1U48A 1BCOA 3ISNC 1JXEA 4CJWA 4I9QA 3KLHA 3DRPA 1S6PA 4FJ9A 1FKPA 3HPHA 1KFSA 1KRPA 4DU1A 5KGXA 4OLAA 3WNGA 1BHLA 1WSHA 2OPPA 1L3VA 2Q3SA 4E89A 4M3ZA 1B92A 5FRNA 2HVIA 1NK4A 4AHUA 2KQ2A 3NBPA 5HRNA 3I8DA 5HBMA 2G8VA 3BGRA 1YTAA 4KV8A 4W5TA 4M45A 4E19A 2AJQA 4Y1DA 3DLHA 1A5WA 4CF0A 2YNFA 3SUNA 3MXIA 1SKWA 2HHTA 5J2PA 3QETA 4CJPA 1ZBLA 3K59A 5J2QA 3CFOA 1XI1A 3SNNA 1RTJA 4C8NA 3LDSA 1BL3A 4DTRA 4NCBA 1RT6A 1QSYA 4KHUA 2A1RA 4LSNA 3ZSVA 4FXDA 4O44A 4KHQA 1RTIA 1XHZA 1RT5A 4CEFA 4FLUA 3UIQA 2IC3A 5CY4A 4QCLA 4CGHA 1WLJA 4B9LA 2BGGA 2XHBA 1IKYA 4E0DA 4FLVA 3M8RA 5C24A 1RILA 4ELUA 5KRTA 3TAFA 2YHAA 3I0SA 4CF1A 4Z4IA 1C1AA 3DLEA 3SZ2A 3RMBA 4FJ8A 1KVAA 1K6YA 4EZ6A 4FCYA 3VQAA 3HSTB 4B8AB 2HNYA 4XIUA 2Z1HA 1JL1A 1XWLA 3QEIA 1C1BA 2D0CA 3AVIA 4CIEA 2HHSA 1D9FA 4BDPA 4DSKA 3MEEA 5HLFA 2VG6A 3LP2A 1U04A 4DFJA 2KTQA 4CGJA 4OPKA 3KIOA 3AVKA 1RT7A 3IRXA 1ZBHA 3C95A 2BE2A 5T7BA 3DLKA 4HVJA 3L2WA 4E7HA 4F8RA 4M3YA 4W5NA 4C8LA 2BANA 1TKTA 4Z4HA 2EHGA 2I5JA 4IFYA 1T8EA 3RR8A 2A1SA 4CHPA 4DSEA 1IKVA 2OA8A 1NJWA 5FROA 2P1JA 1BCMA 2KZZA 4AILC 2DY4A 2KFNA 2HMIA 3NF7A 1LWEA 4CEQA 2ZQBA 3DLRA 4LY7A 3V1QA 1LW0A 3O3HA 3CFRA 4BE1A 1ITGA 2FBTA 2Z1IA 4B9VA 3HM9A 3KTQA 1HNVA 3NAEA 1VSJA 4EP4A 4DTSA 3SUOA 3HK2A 1DTQA 3LP3A 3FFIA 3OS2A 4FJHA 4HCCA 3U3GA 4OVLA 3OJSA 2RF2A 3V4IA 3L2UA 4CF2A 1HYVA 4BACA 2BDPA 3D0PA 5KGWA 4FJIA 3HPGA 1S9GA 3OYMA 4ID1A 3SQ4A 3TABA 3KD5E 1T03A 2G8KA 4FJ5A 1KFDA 2QK9A 4CJTA 3LZIA 3KD1E 1KLNA 1GOAA 3DLGA 2OZSA 4DS5A 1RBSA 3HXMA 4NCAA 4FK2A 4KTQA 4KTZA 4B8CA 2FBVA 3V9ZA 1U45A 2WONA 1EKEA 3AA5X 3O3FA 4KAZA 3NGZA 1RBVA 4F2SA 4FM1A 1GOCA 3WNEA 2NUBA 4FLXA 1BI4B 1BIZA 1TL1A 2D0AA 4JLHA 4JS5A 4FW2A 4IKFA 4PQUA 5I3UA 2HW3A 2E6MA 3NGIA 5HRRA 2YKMA 4B9SA 3VQDA 4KTWA 2HHVA 4B9NA 4BE2A 4F4KA 1VSDA 1N6QA 1W0HA 3V9SA 2ETJA 5J1EA 4FK4A 3OYCA 1TGOA 2ATQA 3DMJA 4E3SA 3PV8A 4RW8A 4FJGA 4KB1A 4FK0A 1Q9YA 1RDBA 1HPZA 3DRSA 2HNZA 2P5GA 4CGIA 4CEZA 4DMNA 4F3OA 3OYBA 5K14A 4I7FA 3HVTA 3KLFA 1B9FA 1VSMA 4RW9A 1NK9A 1C0UA 3BDPA 1RT1A 3IG1A 3NGYA 4O4GA 5DMRA 4M41A 4DSJA 3IS9A 1UA1A 4DLEA 1X9SA 2VG7A 3QEVA 2RKIA 5CZ2A 3SUPA 5J2MA 1HQUA 1VRTA 1LAWA 1SUQA 1W9HA 1YVUA 3K5OA 3LAMA 4ICLA 3KK2A 4TSXA 3ZSWA 4FLWA 3SQ2A 3QIPA 2FC0A 4OKJA 3L3VA 1VSHA 1ASWA 1RT3A 3AVMA 3LPUA 4RW7A 3P5JA 3NDKA 4I2QA 1BI4A 4B08A 4FLYA 3F73A 4BE0A 2G8WA 4CJVA 5KI6A 1LAVA 4F2RA 1BISA 1I3AA 4KI4A 1EXQA 1EP4A 1QQCA 4CEEA 4DFKA 4J2DA 4M3TA 2HHUA 1S9EA 3V1RA 3NE6A 3VN5A 4M3UA 3KLGA 3U3YA 4CHNA 3THVA 3SQ0A 5JS2A 3VQQA 3AA3A 1TV6A 3LALA 3LP1A 1J54A 1ASUA 2IDOA 3O3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GW6A 3KVGA 5AQUA 3EZ5A 1J9AA 1OVQA 3GE1A 3FZMA 1IBMK 2D0BA 4QAGA 2FF3B 4KO0A 3RMDA 2YNIA 4HUGA 1S22A 3GG4A 3IKMA 5AQVA 3CPEA 1TKZA 1IO2A 5KQDA 4H0XB 3PY8A 3ID8A 4ID5A 3TTDA 3VERA 1GLEG 1WBBA 4I9LA 3AVLA 4FM2A 4E1NA 3O9RA 1NOYA 1BGXT 1J6ZA 3OYFA 2HBJA 5LL6Z 3AV9A 3V9UA 3OYJA 1EETA 2A6AA 4R79A 1IKWA 2RE2A 4DQSA 4H0YB 2OPRA 4O0JA 5B8HA 2X74A 3HPOA 1R0AA 5M1FA 2CGKA 1JL2A 3MEDA 3U6FA 4GNIA 2YHWA 3SCXA 5D3GA 4CK3A 3NF6A 1HRHA 1Q81O 2Y1IA 2O8CB 3V9WA 4H5NA 3M8SA 1WAFA 4O8KA 4I6MB 3TR8A 4BR7A 3OBYA 3OYLA 3LANA 4AHCA 4C8KA 1YTUA 1HNZK 3ZX2A 1N32K 4CIFA 4UY8O 4JI2K 4W5QA 2RPIA 4YNQA 3VEXA 4E7KA 1FJGK 2V51B 2WC9A 2YV0X 4CJ4A 3S3MA 4PKGA 2QKKA 4X62K 3PX0A 4OGCA 4IJAA 1JCFA 4LF6K 1QQMA 5CYMA 4Z4CA 4CD1A 3PX4A 1D4XA 4MDAA 4CFBA 1MWKA 3O9SA 4DF4A 1V4SA 3ZX0A 4PUOA 1X9WA 2HHWA 1XNRK 5AZJB 4I6MA 2D0OA 2IVNA 4LSLA 3H1VX 3FZLA 3AVBA 3HL8A 4DQQA 1NJXA 4Q0BA 3HO1A 3TSPA 2QWMA 5C42A 3U4LA 1JLAA 4CGFA 4PY5A 2CH5A 3QIOA 3FZHA 5JVHL 4CJLA 3KK7A 4O0IA 1NMDA 4FJJA 3OBWA 2XY6A 1SKSA 4WQ4C 4A2AA 4BRQA 3AO3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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