1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
2040608010012014014012010080604020
01020304050Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
3H2 (124-126)EMPTYTVIa1 (71-74)TIV1 (72-75)O1 (54-56)S1 (60-67)TVIII1 (93-96)3H1 (69-71)S2 (76-82)TI1 (83-86)TIV2 (82-85)S3 (88-93)O2 (58-60)AH1 (98-112)AH2 (129-138)S5 (141-143)S4 (117-119)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
3LP3A 2FBTA 4LD0A 1C6VA 4FJHA 2DTUA 3PUFA 3OYNA 1S6PA 2XY8A 4MQ3A 4OKJA 1T8EA 3ITHA 3NBPA 4B8CA 1WAJA 2GV9A 4Y1CA 1VSLA 1S1VA 3NF9A 5K14A 1XC9A 3SQ2A 1I3AA 2KFZA 1S1UA 3M8QA 4CJRA 4H4MA 1KVCA 4C8LA 1S5JA 1RILA 3NDKA 5J2NA 2YNHA 3OVNA 4RW9A 3PY8A 2G8FA 3VQAA 3VQCA 4AILC 3QERA 3TI0A 1JLEA 1J53A 3NAEA 1LW2A 3TWHA 3C94A 3OYMA 4PY5A 4ZTJA 1HYZA 3OY9A 3DM2A 4CEEA 4CESA 3DMJA 1TV6A 4E7IA 4KHWA 4JLHA 4OPKA 4CE9A 1TK0A 5KTQA 1X9WA 2DY4A 4NYNA 4AHRA 3HL8A 4CGGA 2JLEA 4KO0A 2Z1GA 4Z4CA 1VSHA 1X9SA 4CEFA 1EETA 3DRPA 4CF1A 3SV4A 3E01A 1ZBIA 4M42A 3EY1A 4Y1DA 3AO4A 2IDOA 1VRUA 2VG5A 1NK0A 4FM0A 1A5XA 4XIUA 3K58A 3SPZA 2QKKA 3V4IA 1CZBA 3ZSYA 3SNNA 1SKRA 1UA0A 4OKEA 1TKZA 3HVTA 4HCBA 2HW3A 4PUOA 3DYAA 1HMVA 3D45A 1NK4A 3VQ4A 4B9TA 3DLBA 1JL1A 1VSIA 2XO7A 3MAQA 4IDKA 4FM2A 1Z25A 1ASUA 2EX3A 3SPYA 1HQUA 3V6DA 1NK8A 1IKXA 1WNSA 1CXQA 5CYMA 3OJSA 4FK4A 3NH2A 2FC0A 3OYBA 5HLFA 2RN2A 3T19A 2HHSA 4FLTA 4KHSA 1TGOA 4LH4A 3PX4A 3NCIA 1WAFA 4DTOA 4CHOA 3MXJA 1D8YA 4KHUA 2YKNA 1TAUA 3TR8A 1C1AA 1TKTA 1WSFA 2HB5A 4M3WA 2QKBA 1JXBA 4CJKA 1J5OA 4FJ5A 3AVKA 4CJPA 3CQ8A 4KI6A 4AHCA 2HVHA 1XI1A 3QESA 1RT6A 4LY7A 4CEOA 3LWLA 4DU1A 2RPIA 3F73A 3L2UA 2B5JA 2D5RA 3LDSA 1TK8A 4FLWA 1NJWA 1KCFA 2YV0X 3RMAA 1IG9A 4ELUA 3B6OA 4RG8A 3M8RA 1N5YA 3MXMA 4JRPA 1J54A 1T7PA 2G8IA 2E6MA 3AA3A 3AVFA 4DF4A 1QTMA 1KFSA 3OYFA 1S6QA 3HK2A 1U47A 4I7FA 2ETJA 3TABA 3KIOA 1GOBA 4RW7A 4B08A 3ZSVA 2IOCA 3NH0A 1Q9XA 1TKXA 4DF8A 1BQNA 2QXFA 3JSMA 3V9ZA 1KSPA 4FW2A 4LSNA 2X74A 3QEVA 2OYQA 1BI4B 1RBUA 3U6FA 1S1WA 5FRMA 4DSJA 5FDLA 4DTUA 2OPRA 4PWDA 1UAXA 1IO2A 4CJUA 2XY5A 5HRPA 3LP1A 4HVJA 1HYSA 4BDYA 5KGWA 4K8XA 1B92A 4DU4A 5HBMA 4DFJA 3RWUA 2HHTA 1JLBA 1KTQA 4BDZA 4PQUA 3SUNA 3LPTA 1RBVA 4E1NA 1ZBHA 3OYDA 1T03A 3ZSQA 1J9AA 4EZ9A 4N76A 1S9EA 3WNEA 3QEPA 4GMJB 2G8WA 4CJVA 1IKYA 4FK2A 4EP4A 2NUBA 4IG3A 1G15A 3OYIA 3OJUA 3O3FA 4QCLA 3HT3A 1TL1A 4B8AB 4OKKA 4CERA 4DG1A 2WOMA 2P1JA 4CHPA 1VSEA 2I5JA 3NE6A 2IAJA 2ITGA 1HJRA 1BCOA 1FK9A 4DMNA 2W42A 3LZJA 1JL2A 5C24A 3WNFA 4AHUA 1TK5A 1C1BA 1JKHA 4M3RA 4UQGA 3AO3A 4OVLA 3U3YA 1A5WA 3I8DA 1Q9YA 1WSIA 1LWFA 3VQ6A 1S1TA 3L8BA 3DLKA 1CXUA 4Z4EA 1NK9A 2KZZA 2FBVA 2XY6A 4IKFA 2BE2A 3NF8A 4CJ3A 4CK2A 5T7BA 3K57A 2G8KA 1RDCA 3OYEA 3HVRA 4BDPA 4CF8A 1VSJA 5CZ1A 2XY7A 4J2BA 3LAKA 4B9NA 4OLAA 4NCAA 2HHXA 4CGJA 4J2EA 4Q0BA 3VQEA 3KLFA 3I0RA 1ITGA 1F21A 4DTMA 3PO4A 3KKSA 3CG7A 4OGEA 4ZHRA 3V9UA 3VA3A 1NJXA 1QSLA 4OJRA 4F2SA 1VRTA 4KAZA 4K8ZA 1JLGA 2O4GA 3QO9A 5KGXA 4FJ7A 4DQIA 2Z1JA 3C6UA 3AVIA 2XRIA 3G0ZA 4KFBA 3ZT0A 4E0DA 4BE1A 3LWMA 1W9HA 2G8HA 2D0AA 4JS4A 3DLGA 4M3TA 3TARA 3S3NA 1EKEA 1ZBFA 4BWJA 4KHQA 1KVBA 3C6TA 3VQ7A 3AO5A 1LWEA 3DLEA 3OS2A 1VSMA 3L2RA 3DRSA 1N6QA 3AA2A 4Z4GA 1IH7A 1D5AA 3NGIA 2O4IA 4KV8A 4LH5A 3EYZA 1U04A 4CHZA 4FJ8A 1XHZA 1HYVA 1VK0A 1HNIA 1O1WA 2RF2A 4GVMA 3HPOA 3SUQA 3K5NA 2X78A 1RT3A 1A5VA 4YFUA 4KTQA 3NHGA 1NKBA 2OZMA 3HJFA 1KRPA 1SL0A 2DFEA 3L2VA 3S9HA 3WNHA 1X9MA 2IGIA 1L3SA 5HRRA 3QIOA 3LP2A 1RDAA 1LW0A 4IFYA 3PX6A 3JYTA 4QOZB 4FLVA 4HUEA 1K6YA 3OYGA 4EZ6A 4M45A 4DWIA 3LPUA 4IG0A 3KTQA 4CFAA 4OGCA 3ALYA 4CJEA 4N5SA 3CM5A 2QK9A 4N47A 1YT3A 4RW4A 3SCXA 3IAYA 4DTXA 2X6NA 4CIEA 1TKDA 3A2FA 4KTZA 4DFPA 2GUIA 4FJKA 4E1MA 3HPHA 1BCMA 3O4NA 3ZSXA 1GOAA 1W0HA 4E3SA 2JGUA 3AVJA 1WSEA 4CJWA 5E41A 3HYFA 1QE1A 2VWKA 2YHBA 1C0TA 3P83D 3VQ8A 1KLNA 3K5OA 2D0BA 1CLQA 2ZE2A 1RNHA 3DOKA 4IFVA 4RW6A 1B9DA 5CY4A 3ZSZA 5J1EA 4CEBA 2OA8A 2HHUA 4ELVA 3KLEA 4FJXA 3CM6A 2F8SA 5HRSA 4ICLA 4CK1A 1VSKA 3V1RA 4CFDA 3PX0A 2OZSA 4DTNA 4CECA 2ZQBA 1HPZA 4Z4FA 2ZD1A 3WNGA 4O0JA 3LANA 2OPQA 3QEIA 4KREA 4DQQA 4DS4A 1DTTA 4Q5VA 3RR8A 1VSDA 1LWCA 2KQ2A 3QNOA 3TAMA 3KK3A 4DSIA 1I39A 3NH1A 3KK1A 1SL2A 4DLEA 4C8KA 3SQ1A 4DS5A 1BISA 3IRXA 3KJVA 3TAEA 5HP1A 3RMBA 3B6PA 2D0CA 4C8NA 4CF2A 3K5MA 4BACA 4CEZA 1U49A 1L3TA 3TAGA 1RDDA 3RRGA 3KK2A 4FLUA 3MEGA 1UOCA 1ASVA 1NK6A 1QSYA 3OYHA 3SI6A 1C0MA 5J2QA 5CZ2A 5I42A 4F8RA 4N56A 4F3OA 1Y97A 3AVHA 3KKRA 3S3OA 4HUGA 4M3YA 4E19A 1Z26A 2G8VA 3DLHA 5D3GA 1KVAA 4IBNA 4CHNA 4JS5A 3RMDA 4YNQA 1QS4A 1RTDA 1HQEA 1WN7A 3QIPA 2DFFA 1SL1A 4FJLA 1BQMA 4QAGA 1HNVA 1JLFA 3EZ5A 1KLMA 1NJYA 4FVMA 4CJLA 1QHTA 3HO1A 3AO1A 2OPPA 4H8KA 4FLZA 4FJMA 1RDBA 4HTUA 4FM1A 2PYLA 3LP0A 4DFKA 1NJZA 2PY5A 3ZT4A 2P51A 3DI6A 4FCYA 4DQSA 4B9MA 1L3UA 4CGFA 1RBRA 4Z4IA 4TSXA 1RTJA 2YNFA 3AVLA 3RRHA 1VSFA 3NF6A 1DTQA 4E89A 3VA0A 3VQ5A 2IC3A 4FJGA 5KRSA 4FJ9A 1WSJA 4KTWA 4O55A 2HHVA 2KFNA 4DTJA 3K59A 4EP5A 3IG1A 1SKSA 2Y1JA 3MEDA 4ID5A 1RTHA 3ZSOA 2P5OA 4I9QA 4CJ4A 2WONA 4FJIA 1JXEA 1C0UA 2OPSA 1RT7A 1CZ9A 4I2QA 4DTRA 3PV8A 2F8TA 1B9FA 1NKCA 4M3ZA 1RT2A 1UWBA 4E7HA 4CFBA 5SZTA 1U48A 3V1OA 1ASWA 1ZBUA 3AA5X 3ULDA 4DFMA 1BHLA 1EXQA 1NK5A 4W5TA 1IKVA 3T1AA 3HP6A 2Q3SA 2Z1IA 3LALA 3RR7A 3M8PA 4KB1A 2B4JA 3AVGA 2KW4A 3ZSRA 3C95A 3KLHA 3NGZA 4H4OA 2X6SA 2RKIA 3ZSWA 3KLGA 3K5LA 4M3UA 1LV5A 1BI4A 1S1XA 3CFOA 4OPJA 3P1GA 3MXIA 3QEWA 3G10A 4E7LA 2FBXA 4J2DA 4ID1A 4KHYA 4N41A 3S3MA 4KKOA 3K2PA 3FFIA 3T3FA 1YTUA 1ZBLA 5C42A 1QSSA 4MFBA 4CJQA 2VG6A 3VQQA 3HXMA 3L2WA 3VQ9A 3OS0A 1XHXA 3SQ0A 4F2RA 2LSNA 3D0PA 4CJFA 1BIUA 3HP9A 3U3GA 3QETA 4CK3A 3HSTB 3L3UA 2YHAA 1NOYA 4DLGA 3VQBA 3V9WA 4E7KA 4J2AA 4F3TA 3VQDA 3UIQA 1BGXT 4FYDA 1TAQA 4KHNA 5CYQA 5JS1A 4F4KA 2YKMA 4DSKA 4FXDA 3AO2A 3VQPA 4CHYA 4CEAA 1HRHA 1LAVA 4CJ5A 4C8OA 4FZXC 2AJQA 3NGYA 1EX4A 1MU2A 3THVA 2BGGA 2Z1HA 3TANA 3P5JA 4W5OA 3OYLA 1L5UA 4CF9A 4CIFA 4CHQA 2BDPA 4DSLA 1BL3A 2HNDA 4FW1A 4Z4HA 4FLYA 2PZSA 4BE2A 2DFHA 5FROA 3BGRA 3LAMA 5DMRA 3OYJA 2GBZA 3CFRA 3SUOA 4OLBA 1LAWA 4O0IA 3H08A 4B9VA 1X1PA 4E7JA 1GOCA 4PA1A 3F9KA 1YVUA 2YNGA 1RBSA 1NKEA 2B6AA 1R0AA 2HHWA 3V81A 4WE1A 3SYZA 3TAQA 1XWLA 1JLCA 1YTAA 2YNIA 3V9SA 1ZYQA 4AHTA 3RTVA 4FK0A 4DTSA 1RT1A 4CGIA 3L2QA 2E6LA 5C25A 2HHQA 3M8SA 2HVIA 1DLOA 2EHGA 4DSFA 4DSEA 1FKOA 4CFCA 4W5QA 4KPYA 4Z0UA 2BANA 4AH9A 3O3GA 5FRNA 1SKWA 4CGHA 3L3VA 1EP4A 1TL3A 3DLRA 4FJNA 2R7YA 4M41A 4FLXA 1TVRA 3AVNA 3NFAA 3ZT2A 4DQRA 3HM9A 3SQ4A 3QINA 2PYJA 4KB0A 4O5BA 5SWMA 4DQPA 3AA4A 4ELTA 4CCHA 3AVMA 3V1QA 1WLJA 3O3HA 3V9XA 3DRRA 4HUFA 4CJSA 2Y1IA 3O4QA 5HROA 4W5RA 1U45A 4FZYA 3ISNC 3SUPA 4CEQA 2KTQA 4DTPA 1SV5A 3LZIA 3RMCA 3OYCA 3DOLA 4KRFA 4RW8A 4CIGA 1IKWA 1WSGA 4ZTFA 2G8UA 1RBTA 4NCGA 4I2PA 4W5NA 1NK7A 4BE0A 1L3VA 1D9DA 4CJTA 4B3OA 4B9SA 2ATQA 1D9FA 4GW6A 4O44A 3SZ2A 3TAPA 3SJJA 2VWJA 2E4LA 4HCCA 5JS2A 4NYFA 1WSHA 3VN5A 1FKPA 5DK5A 3BDPA 1JLAA 2A1SA 4FZZA 1RCHA 3NF7A 1UA1A 2HNZA 1U4BA 2VG7A 1C1CA 4JRQA 2HMIA 4NCBA 1BIZA 3MECA 1FXXA 1JLQA 4B9UA 5HRNA 4C8MA 2IS3A 3OYKA 3CFPA 4L8RB 3ZT3A 3OS1A 4HHTA 3QEXA 3KD1E 3SV3A 2F96A 5KI6A 3ZT1A 1REVA 4AHVA 3KD5E 4FJJA 5KRTA 4AHSA 3IS9A 2P5GA 3ZCMA 3OYAA 4DU3A 3AV9A 1T05A 4KI4A 2FBYA 2XHBA 2HNYA 5I3UA 2KZMA 4O4GA 1KFDA 1RTIA 3CYMA 3QLHA 3ASMA 4I9LA 5EU7A 4CF0A 2A1RA 4B9LA 1NOZA 1QQCA 4M3XA 3AVAA 1RT5A 3HPGA 3KLIA 4CEDA 3AVBA 3I0SA 4CGDA 5J2MA 4BWMA 1Q8IA 3PO5A 5J2PA 1S9GA 3TAFA 4R5PA 4G1QA 3AVCA 3MEEA 3QNNA 1SUQA 4LSLA 1RT4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LP3A 4FJHA 4JKHA 3PUFA 4OKJA 3ITHA 1K8KA 4WQ4A 3J7ZO 1WAJA 1S1VA 2P9UB 3NF9A 5K14A 2KFZA 3VESA 4RW9A 2KLAA 3TI0A 1M90O 1EWQA 5JVHL 4JI7K 4DR4K 5AFUH 4IJAA 1NGHA 1HYZA 3THWA 3U8XA 1I94K 4JLHA 2KHOA 4CGGA 4Z4CA 2VWBA 3QMLA 4CEFA 1X9SA 4DV4K 1EETA 3E01A 2IDOA 1NK0A 4FM0A 3PLAA 3SPZA 2P9KA 1SKRA 1BOTO 3CJAA 1UA0A 4OKEA 3HVTA 1HMVA 3EO3A 3D45A 4LF6K 4B9TA 2XO7A 3MAQA 1Z25A 3SPYA 1HQUA 1NK8A 3WXIA 1IKXA 1WNSA 2QWPA 2FC0A 3T19A 3WQUA 3FGUA 4DTOA 1D8YA 3MXJA 4KHUA 3TR8A 1C1AA 5JLFA 1J5OA 2E1YA 4JK9A 4PKGA 4ILJA 4LY7A 4CEOA 4FWNA 3UE5A 4O8KA 1IG9A 3B6OA 3MXMA 4JRPA 1HNWK 2G8IA 2E6MA 2FSJA 1KFSA 1S6QA 2UUBK 2ETJA 3H1QA 5F1XA 3W3DA 4RW7A 1GOBA 4B08A 2QWLA 3JSMA 5AQJA 3MN5A 3CCVN 1S1WA 3H6EA 1ZXOA 5CHIA 3O9UA 1W97L 4B3RK 3LP1A 3ID8A 4HVJA 4BDYA 5KGWA 4DU4A 4IEIA 5CE3A 1JLBA 1KTQA 3SUNA 1RBVA 3OYDA 1T03A 3ZSQA 3R3LA 4EZ9A 1S9EA 3QEPA 4N76A 3CCMN 1VQ6N 4BROA 4QCLA 4JKFA 2WOMA 4CHPA 3CCRN 1HJRA 4EIAA 1NMNA 3ENOA 5C24A 4AHUA 4UQGA 4OVLA 3DXKA 3LDLA 3VQ6A 5JVGL 3H46O 2Q2RA 3WT0A 4Z4EA 1JJ2M 3M5RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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