1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
1A5VA 3V4IA 1JXBA 4LH4A 4KI6A 4CJ3A 1U47A 3KJVA 1QSYA 1BGXT 1RTJA 3MXMA 3CG7A 3LWLA 4CCHA 4W5NA 3LAKA 1CXQA 2OPSA 3AA5X 1KFSA 4PY5A 3SPZA 3TABA 4FYDA 2WOMA 4DLEA 1UA1A 5DMRA 1S1UA 2XHBA 3DMJA 3RMBA 4OJRA 1SKRA 1U4BA 4N47A 2D0AA 1C0MA 2PY5A 1WLJA 4CF1A 3SUNA 3SQ2A 3VQDA 3P5JA 2P5OA 4B3OA 4M3XA 4KHUA 4LSLA 2O4IA 1NOYA 3VQ9A 4N56A 1S9EA 1TAQA 4HUGA 4E7IA 4PWDA 2ZQBA 1JXEA 2DFHA 1JKHA 3AA2A 3LAMA 1RBSA 4DSKA 2ZD1A 3SNNA 4UQGA 1S6PA 4K8XA 1ASVA 1J54A 1BI4A 4CJLA 3ZSQA 3NGZA 4NYFA 2XY8A 5SZTA 2RF2A 4TSXA 3NGIA 1QSSA 3L8BA 3V1OA 1L3UA 2QKBA 1N6QA 4KHSA 1SUQA 4I7FA 3WNGA 4IG0A 4EP4A 3KK2A 3LZJA 2OZSA 3CM5A 3LPUA 4RW4A 3T19A 2DFEA 3AVAA 3WNFA 4M3WA 1S5JA 5K14A 3TI0A 4CJPA 4FJ9A 3OJSA 3NE6A 1C0TA 3H08A 1ZBHA 2G8IA 4Q0BA 3OYCA 3KKRA 2P1JA 1QQCA 4O0IA 3SV4A 3OYLA 1LWCA 3AVNA 3HSTB 4GMJB 4Y1CA 2HVHA 2F96A 4DQSA 3OYFA 3KK1A 3HT3A 4CJRA 4BDPA 1NK7A 4CEOA 2GBZA 3AVGA 4WE1A 4CGJA 5C42A 5SWMA 3JYTA 3AO5A 3OYGA 3KLFA 4FJ5A 1NK0A 1RDBA 3HXMA 3NDKA 3HO1A 1U48A 3L2QA 4CECA 1EP4A 1TVRA 1U49A 3AVMA 1ZBFA 4OPJA 4CHQA 4NCBA 4E1MA 3M8QA 4HVJA 3PY8A 4B9LA 1RT6A 2IOCA 4J2EA 4R5PA 3SQ1A 3PO5A 4HUFA 4ZTFA 2ATQA 4CESA 4OLBA 3AO4A 5HROA 4M45A 5J2QA 1FK9A 4JLHA 4FVMA 4O4GA 4DTRA 2G8VA 5KI6A 4DG1A 4FK2A 1CXUA 4KTWA 4OGCA 4OPKA 1DLOA 4LSNA 3OYIA 3V9ZA 4B9SA 3AVJA 4L8RB 4OGEA 4KHWA 4QAGA 2ZE2A 5D3GA 3WNEA 3K5MA 4CEEA 1ZBUA 4N5SA 1RILA 1X9SA 4FK0A 3V9WA 3C94A 2VG5A 4ZTJA 1UA0A 1WNSA 5JS1A 3BGRA 4J2DA 2KZZA 3SZ2A 4CIGA 1RT4A 3I0RA 1JLEA 4HUEA 1NK9A 4AILC 1YVUA 4KPYA 5J1EA 4CEFA 1DTQA 3MXIA 1K6YA 4IFVA 1C1CA 4KKOA 5HRSA 1ASWA 3NH2A 4DU1A 4DFJA 3SUOA 3S9HA 1HYZA 1I39A 3LALA 3ZSZA 5HLFA 1N5YA 1D8YA 4Z4FA 3QETA 1VRUA 1NK6A 4EZ6A 4CK3A 1RDAA 3K5OA 2F8TA 1A5XA 4F4KA 3DI6A 3K5NA 1JLBA 4DTMA 4Z4EA 1U04A 2G8WA 4OVLA 4M3TA 1S1XA 3KKSA 3MAQA 4KHNA 3DLKA 3C95A 3QNOA 3QEXA 4DQRA 4BE0A 1WSEA 2HVIA 4EP5A 4CFDA 3RR7A 4M3YA 1J53A 3D0PA 3ZSVA 1XC9A 1W9HA 3WNHA 1VSFA 1YTAA 3TAMA 4E7HA 2IS3A 1B92A 2ITGA 4FLXA 3VQ6A 4FJMA 2KTQA 4ICLA 3MEDA 4PA1A 4DMNA 4CJEA 3D45A 4MQ3A 1LWEA 3M8PA 1LAWA 1BQNA 3ZCMA 1I3AA 1VK0A 5CYMA 1D9FA 2HHTA 2ETJA 3VQ8A 1QSLA 3NF6A 2W42A 4DFMA 4F3OA 3L2UA 1D5AA 2XY6A 2IDOA 1Z26A 4OKJA 3SCXA 1NOZA 3LPTA 2QK9A 2YHBA 2G8KA 1NJYA 1IKVA 1QE1A 1KLNA 1T7PA 3ZT0A 4FJXA 3OYJA 4DS5A 4CF2A 3QERA 1LW0A 3B6PA 4DU3A 1BI4B 3NF8A 1G15A 4E19A 3SUQA 4ELTA 4E89A 4DWIA 3FFIA 3QEPA 3G0ZA 1TKTA 1T05A 4F2SA 4FK4A 4F3TA 2YNIA 3ZT1A 4E3SA 2D0CA 1UOCA 4CEQA 3OS2A 3U6FA 2G8HA 1TK8A 1GOBA 2NUBA 3HYFA 5CZ1A 3OYHA 3OYKA 2KZMA 3AO2A 3S3OA 4DSFA 1RCHA 1BQMA 3L3UA 4CJTA 5KGWA 1HPZA 1RBTA 2IC3A 3KLIA 3S3MA 2FBTA 4KO0A 4DQQA 3THVA 3MEGA 1GOAA 1RNHA 4BE2A 4FJ7A 3DLGA 5CYQA 3VQAA 1SKWA 3IS9A 1BIZA 5JS2A 1BIUA 3OYNA 5HRPA 3NGYA 1NK8A 2HNZA 4CHPA 4O55A 2YNGA 1WAJA 1WN7A 3HVRA 3P83D 3LP2A 3QESA 1FXXA 4BACA 4FW2A 3M8RA 4I9LA 4AHCA 4CFAA 3NF9A 5CZ2A 2VG7A 3DYAA 3HVTA 4QCLA 4GW6A 5CY4A 3AO3A 3LP0A 4M3UA 1JL1A 1C1AA 2JLEA 3K57A 4AHRA 4FLWA 4CEBA 3CFPA 4M42A 4KRFA 4DSIA 4OKEA 3U3GA 3LANA 4M3RA 2DFFA 4FM0A 3KLGA 1L5UA 5DK5A 3PX0A 3QEVA 4RG8A 2HHWA 4HCCA 1HQEA 4DQPA 1HJRA 4G1QA 1L3VA 3DOLA 4KHYA 1KFDA 1HQUA 1SL1A 2RN2A 3DRPA 5EU7A 3OY9A 3LWMA 2XRIA 3ZSOA 4FJJA 3OYBA 2RKIA 3V6DA 3QNNA 2GUIA 3NAEA 1MU2A 1NJWA 3CFRA 3L3VA 3L2RA 1RT3A 2GV9A 4CHYA 5KRSA 4FXDA 2YKNA 1KVCA 1VSIA 2YV0X 1SKSA 4B8AB 1R0AA 4B9VA 2HHSA 3AVKA 3HP9A 3TWHA 3SI6A 5J2NA 1RDCA 1JLAA 1JLQA 3AVHA 4JRPA 3VQPA 3V1RA 3RR8A 2YHAA 2HHQA 4FZXC 3OYDA 4CF8A 3TAEA 1JLCA 3SJJA 2OPQA 3NHGA 1TGOA 4DTUA 4ID5A 3HK2A 3B6OA 1IO2A 4ID1A 3DM2A 1NKEA 1Q9YA 4YNQA 1JLFA 4KTQA 1T03A 3O4NA 4FZZA 4Y1DA 1RDDA 3ASMA 1NKBA 2KW4A 3V9UA 3KD5E 1EXQA 4CK2A 2HMIA 3UIQA 4FJNA 4FLYA 2O4GA 3HM9A 1S1TA 4AHUA 4B9TA 4KB1A 1IKXA 4KTZA 3C6TA 3E01A 4NYNA 4B9NA 1RTHA 4CIEA 4CF0A 1WSFA 4BE1A 2PZSA 3TAFA 5FRMA 4IG3A 3OJUA 1LW2A 1ZBIA 2DTUA 1W0HA 5FROA 3T1AA 3RTVA 1LWFA 3SQ4A 3VN5A 1F21A 4BWMA 2FBVA 3TANA 3KD1E 1KRPA 4B9UA 2Z1JA 1RBUA 2XO7A 1D9DA 3CFOA 4Q5VA 3NH1A 4DTPA 1B9DA 4JS5A 5I3UA 2JGUA 3KIOA 2PYJA 1QTMA 1BCMA 3I0SA 4CF9A 5T7BA 1RBRA 4W5TA 3V81A 4FJIA 4M41A 4CFBA 1NK5A 3LP1A 5HBMA 1WSGA 3AVCA 4B08A 4W5RA 4IFYA 4RW9A 4Z0UA 4E7JA 2HHUA 3AA4A 4JS4A 3OYMA 1U45A 4H8KA 1KLMA 3CQ8A 2OA8A 2A1SA 4ELVA 2P51A 4DF4A 3KLEA 5FDLA 4E0DA 4CJWA 4DSJA 2I5JA 3ULDA 3RMCA 1C1BA 1WSJA 1FKPA 1QHTA 3K2PA 3HP6A 3F73A 1QS4A 3L2WA 3TARA 4CJVA 4E7KA 4CJFA 3HL8A 3PO4A 4CGFA 1KVBA 4FJHA 2KFNA 2WONA 3O3GA 3AO1A 3DOKA 2PYLA 4J2BA 4W5QA 3I8DA 3K5LA 4PUOA 1KCFA 1CZBA 4RW6A 3TR8A 4KREA 3NBPA 1XWLA 2IAJA 1Q9XA 4F8RA 4C8MA 3G10A 4M3ZA 4FJGA 1VSHA 1FKOA 2VWJA 3OVNA 4J2AA 3M8SA 3KTQA 5I42A 1VSKA 4NCGA 4OLAA 4HCBA 1TV6A 3KK3A 5C25A 4DTOA 3DLBA 4FJ8A 1JLGA 1TL3A 4E1NA 3DRSA 1WSHA 2EHGA 4YFUA 3ZT4A 1L3SA 1S6QA 3MEEA 1TKZA 5KTQA 3SV3A 3NF7A 3OS1A 4B8CA 3RRGA 1C6VA 4CJ4A 3ZSXA 2Z1GA 3L2VA 4N41A 2F8SA 3OYEA 4DSEA 1S9GA 2YKMA 4CEDA 2XY5A 1HNIA 3IAYA 2X6NA 4AH9A 3ITHA 1EKEA 3DRRA 4CFCA 4H4MA 4O0JA 4CJQA 4BWJA 1C0UA 4Z4IA 3VQQA 1Q8IA 3AVLA 3TAQA 4KB0A 2Q3SA 3ZSYA 4NCAA 2B5JA 1Y97A 1TL1A 4CJ5A 3DLHA 1NK4A 4ELUA 3OS0A 1HYSA 1VSJA 1HMVA 2Y1IA 2IGIA 1RT5A 1DTTA 4H4OA 2BDPA 3O3HA 2E6MA 3AV9A 3LP3A 2X78A 3DLRA 5HRRA 4DTNA 3T3FA 2AJQA 4LY7A 3LZIA 4Z4HA 2YNFA 4CJSA 4O5BA 3V9SA 3TAGA 1WAFA 1L3TA 4DS4A 3RWUA 5KGXA 3O4QA 3PV8A 4C8KA 1ZYQA 3QO9A 3F9KA 2OZMA 2OPPA 5J2PA 1ITGA 1RTIA 4DFKA 4Z4GA 2VG6A 2HHXA 3SYZA 1ZBLA 4FM2A 2Z1IA 3A2FA 4W5OA 2QXFA 3VQCA 4HTUA 1BL3A 3OYAA 4FM1A 3BDPA 4DSLA 4FW1A 1LAVA 1YTUA 2LSNA 3LDSA 4JRQA 3VQ7A 1NJZA 1VSMA 4DTXA 3NFAA 4B9MA 1RT2A 3PX4A 3O3FA 1XHXA 4E7LA 1X9WA 4CHZA 4PQUA 4KI4A 3IG1A 3VQBA 1TK0A 4GVMA 4CE9A 1RTDA 3ZSWA 4IBNA 4N76A 4CGGA 1VSDA 1Z25A 1BCOA 4K8ZA 1S1WA 1XI1A 4IKFA 3VA3A 4KFBA 4QOZB 4RW8A 4I2PA 3HPHA 2BE2A 4FJLA 3MECA 2Z1HA 3S3NA 5HP1A 1EX4A 1TKDA 2E4LA 3ZT2A 1BHLA 3QLHA 4C8NA 4CEZA 4DTSA 1IH7A 1J9AA 1RT7A 3ZT3A 4FLZA 3PX6A 1X9MA 4CGDA 1IG9A 1KTQA 2D5RA 4CJUA 1A5WA 2FBXA 3VQ5A 3K59A 3TAPA 3VA0A 4MFBA 1T8EA 1HYVA 1B9FA 2KQ2A 2HHVA 3C6UA 3EYZA 1O1WA 2FBYA 1JL2A 1UWBA 5E41A 3JSMA 2OYQA 1HNVA 1VRTA 4OKKA 3ALYA 1EETA 1VSLA 3DLEA 4I2QA 4ZHRA 4DTJA 1YT3A 4KV8A 4AHTA 4FCYA 2X6SA 3P1GA 4DLGA 2E6LA 4LH5A 1HRHA 4RW7A 4Z4CA 3K58A 1KSPA 3AVBA 1RT1A 1ASUA 5C24A 1CZ9A 1IKYA 1UAXA 4C8OA 2B4JA 4CEAA 2QKKA 4CHNA 3EZ5A 4BDYA 1IKWA 3RMAA 3KLHA 4DFPA 1TK5A 2KFZA 3CYMA 3PUFA 2VWKA 4BDZA 3SQ0A 3NCIA 3RMDA 2A1RA 1CLQA 1LV5A 4XIUA 3ZSRA 3RRHA 4FZYA 4CHOA 4DQIA 4FLUA 2B6AA 3ISNC 1TAUA 4CGHA 1SL0A 3MXJA 4C8LA 5KRTA 2OPRA 4FJKA 2HNYA 5HRNA 2X74A 3V1QA 5FRNA 2G8UA 3U3YA 2HW3A 2P5GA 4AHSA 2BANA 4CJKA 2HNDA 2EX3A 4EZ9A 2Y1JA 3SUPA 1REVA 4HHTA 1SV5A 3CM6A 3VQEA 1J5OA 2XY7A 3EY1A 3V9XA 4KHQA 1KVAA 4DF8A 1SL2A 1TKXA 2HB5A 1VSEA 1BISA 1S1VA 3HPOA 3AVIA 3SPYA 2R7YA 3QEIA 1GOCA 4CK1A 4LD0A 4F2RA 2FC0A 1X1PA 3AA3A 2RPIA 4IDKA 4FLVA 4CGIA 3QIOA 3NH0A 3HPGA 3AVFA 3VQ4A 1XHZA 1WSIA 1NJXA 2G8FA 4FLTA 3HJFA 5J2MA 4DU4A 4CIFA 4KAZA 4O44A 3IRXA 2BGGA 2YNHA 2DY4A 1NKCA 4CERA 3QEWA 4AHVA 4I9QA 3QIPA 3QINA 2D0BA 1RBVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXBA 4KI6A 4CCHA 3CG7A 3SPZA 1TYQA 1OH5A 2IVOA 1UA1A 3BUZB 3TPQA 5DM6L 3A0IX 1U4BA 3SUNA 2P5OA 4B3OA 5BREA 1EO1A 3CJ7A 5KPTA 5AQTA 2ZQBA 5F0XA 4PWDA 2VQEK 4EFHA 1J54A 1BI4A 4U67L 5M1KA 2RF2A 1QSSA 4NB4A 4NLCA 3V1OA 2QKBA 1SUQA 3WNGA 4IG0A 2OZSA 3CM5A 5AQUA 1S5JA 5K14A 1VQ7N 2H3GX 3OJSA 1V4TA 1HX1A 2P1JA 1ZBSA 3P39A 4O0IA 3F5TA 3SV4A 3OYLA 4GMJB 4Y1CA 3OYFA 1QZ6A 4BR5A 3HT3A 5CHIA 1NK7A 4CGJA 4EHTA 3KLFA 4FJ5A 1NK0A 2DPNA 3L2QA 1EP4A 4LF5K 3AVMA 4JK7A 3G71N 3M8QA 1RT6A 3AGKA 3R1XA 2ATQA 4H0OA 4HWIA 4OLBA 5HROA 4JLHA 3ATVA 4DTRA 4DG1A 4K0KK 4KTWA 3H3OB 4OPKA 3C65A 4V19S 1ZBUA 4IXCA 4J2DA 2F7TA 2KZZA 4CIGA 1RT4A 1VQ5N 1YHQN 4ISFA 4AILC 3D2EA 5J1EA 1DTQA 5BR9A 1K6YA 5HRSA 4KKOA 3S9HA 4QS8A 1VQON 3ZSZA 5BPNA 1N5YA 5AQSA 2FLOA 1NK6A 4CK3A 3K5OA 1A5XA 1NGJA 2WBNA 1U04A 3KVGA 2G8WA 3TTCA 4C23A 1Q82O 1S1XA 3KKSA 3DLKA 4DV3K 3A5LC 3O1BA 3QBXA 1VSFA 4YDUA 4JI0K 2P9LA 2O8BA 4ILJA 1TYQB 4DMNA 4MQ3A 3M8PA 1BQNA 1X3MA 3JS6A 5CYMA 2HHTA 3VQ8A 1QSLA 1KAYA 3NF6A 3L2UA 1D5AA 1NOZA 1NGAA 3CIPA 4CD3A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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