1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
4BDZA 3SV3A 2YV0X 1ZBIA 4PWDA 3K59A 3G10A 3ZSOA 2E6MA 4NYFA 2DTUA 2BANA 4DSEA 4YFUA 4DF4A 3ZSXA 4AHTA 3RMDA 3AA5X 3VQ5A 2BE2A 3KK2A 4FZYA 2OZMA 3OYMA 4CGGA 3CFRA 2KTQA 3NHGA 3HL8A 3ZT3A 1C0TA 3PUFA 4KKOA 3AVGA 4CJTA 3NH0A 5FRMA 1D5AA 4M3RA 3HT3A 3V9UA 2RF2A 2KZMA 1TK5A 4FJLA 4CJVA 2HMIA 4DQRA 4DSJA 4CIGA 1S9GA 1VSLA 4CIFA 1X9MA 1NK6A 1XHZA 2YHBA 4FJKA 3DOLA 4E1MA 4CEQA 4W5RA 1U48A 2FC0A 4CK3A 4J2BA 3NBPA 4CECA 3OS1A 2IGIA 2HHVA 3AVHA 2R7YA 4B8AB 3T1AA 3DOKA 3U6FA 4HCCA 2B5JA 3LZJA 1BI4A 4DQPA 1LWFA 4CEFA 3OYFA 1FK9A 3AVKA 4DS4A 4CJSA 4KHWA 3L3UA 3SPYA 4M42A 1RTIA 1A5WA 3UIQA 1LV5A 4ZTFA 1D9DA 4KHSA 4PY5A 1S1TA 3ALYA 4CJ4A 4CF1A 1Y97A 4CHZA 3OYCA 2G8VA 1LAVA 4MQ3A 4KHNA 3OYNA 4W5NA 2HHQA 4AHVA 1J5OA 2G8KA 2D0CA 1VSDA 3LP0A 3ZSWA 4C8LA 3VQQA 1SUQA 1KCFA 1REVA 4CHYA 3S9HA 1VSEA 4OKJA 2G8UA 1RT3A 1C1AA 1Z25A 3NF6A 4KFBA 4UQGA 1TGOA 4CESA 3KIOA 3KD1E 3SI6A 3DM2A 3IRXA 4M3UA 1JLQA 4FLZA 1SKSA 4DU1A 2ETJA 4CJQA 4B9MA 1C1BA 3P5JA 4ID1A 3SUQA 4KHYA 3AO2A 5C42A 1S6PA 1NJWA 3DMJA 3K5LA 3TAFA 3AV9A 4R5PA 3VQ8A 4JRQA 3TANA 3HM9A 3B6OA 1IH7A 3MXMA 3VA0A 3LWLA 3SCXA 5HRRA 1J53A 4Z4HA 3KLIA 4Z4IA 2YNIA 5HRNA 3HSTB 3MEGA 3BDPA 4FK2A 1RNHA 3AA3A 1HRHA 3AVLA 3VQPA 3OS2A 1QQCA 3V1RA 1TKTA 4CJFA 3O3GA 4E7IA 4M3ZA 1ZBUA 2D0BA 1LW0A 2D0AA 4E0DA 4PUOA 4DMNA 5HROA 1BCMA 1LW2A 2KQ2A 4G1QA 1C0UA 4BDYA 1LWEA 3OYEA 4ELVA 1VSJA 2LSNA 2KW4A 3VQCA 3CFPA 3V9SA 3RMCA 5CZ2A 1JXEA 3LPUA 1YTUA 3HK2A 4PQUA 5JS1A 4M41A 4DTUA 4KI6A 3SQ4A 4EP5A 4TSXA 1S5JA 1VSMA 1U47A 3MECA 4CE9A 1RT6A 1HMVA 3MEDA 1RBVA 4DTPA 4E19A 3A2FA 2YNFA 4CF2A 2OPPA 3SUOA 1RDCA 3V1OA 1D9FA 3CYMA 3PV8A 2F8SA 1WN7A 3JYTA 4DSFA 3QESA 4AHRA 1IKYA 4Z0UA 4E7KA 4ZTJA 1QSLA 1L3VA 4K8XA 5K14A 1TAUA 4Q0BA 2Y1JA 2OYQA 4NCBA 4BWMA 1A5VA 4N47A 3ZSRA 3O4NA 3L8BA 3ULDA 4AHSA 4BE2A 3QEWA 1JLFA 2F96A 3AVCA 4RW8A 3RRHA 3HPOA 1EETA 3AVIA 2ZQBA 3C94A 3L2UA 1BL3A 4DS5A 1KFSA 4DWIA 1X9WA 1HYVA 1HNIA 3KLEA 4N5SA 5SWMA 4FJJA 2WOMA 3C6TA 3L2QA 4B9UA 1S9EA 4LD0A 4OGEA 4NCAA 3K58A 2P1JA 1RT1A 5FDLA 1KFDA 1RBUA 2Z1IA 3IG1A 3NDKA 2HHTA 1JLGA 3SV4A 3V4IA 2DFHA 3AO4A 3G0ZA 3S3MA 3CG7A 3RRGA 3E01A 1U04A 5HRPA 4J2EA 3THVA 1TL3A 1I3AA 3AO5A 3MAQA 1VRUA 1BI4B 1BIUA 3HP9A 1KRPA 3CQ8A 1JKHA 4IG0A 1Z26A 3OYAA 1RDBA 3RTVA 3OJUA 4IFVA 3HO1A 5HP1A 3M8PA 4CF9A 4CJUA 3DYAA 3AO3A 3QNNA 3V81A 3SUNA 3OYHA 4DLEA 4F2RA 2EX3A 2A1RA 4F3OA 4IKFA 4N41A 1Q8IA 3IAYA 4O0IA 2XHBA 3AVBA 1XWLA 1QSSA 1NKBA 1WAFA 2RKIA 2P5GA 4FJIA 3K2PA 1L3UA 1ZBFA 2ZE2A 4DLGA 5CZ1A 4IDKA 1NJZA 4CIEA 4FW2A 2PZSA 3HXMA 3FFIA 1XHXA 4DQQA 1DTQA 5J2MA 3L2WA 1NJXA 4CHOA 1WSGA 1NK8A 3PO5A 1R0AA 1U4BA 3KK1A 1JLEA 2F8TA 4CFBA 3QEIA 1VSIA 1RDDA 1QE1A 3IS9A 4DTNA 1WAJA 2P5OA 4B9SA 3HVTA 4FZZA 4M3YA 5C25A 3S3NA 4CF8A 4Y1DA 4DTJA 4L8RB 4FJ5A 2OPQA 4RW4A 4Y1CA 3MXIA 1WLJA 2XY7A 1RTDA 4KRFA 1WSEA 2XY8A 4BE0A 3NE6A 4FJ7A 4CJWA 4CCHA 2RPIA 2X78A 4F2SA 4JLHA 5JS2A 4C8OA 4ELTA 4H8KA 4CJ3A 3QEXA 5KI6A 3QIPA 3ZT1A 2IC3A 4J2DA 3DRPA 3OY9A 5D3GA 1T03A 3AA4A 1Q9XA 3PO4A 4F8RA 4AHCA 2BGGA 1RTJA 2HB5A 3VQEA 3DI6A 5HLFA 1IG9A 3OJSA 2HNDA 5KRTA 1TL1A 2DFEA 5J2PA 2QKBA 1EKEA 4CEDA 4LY7A 5T7BA 3OYLA 3C95A 4KV8A 5KTQA 4CJPA 4EZ6A 2XRIA 4W5TA 3VN5A 3RR8A 1NKCA 1U45A 2ZD1A 3K57A 3WNFA 4AILC 2XY5A 3SNNA 4K8ZA 3KKRA 3PY8A 1LWCA 4FCYA 4FJ9A 3M8QA 4O5BA 1BISA 1ASUA 5C24A 2IAJA 3HYFA 4O55A 4N56A 3PX6A 4FJMA 4CHNA 3TAEA 4B3OA 4FM0A 3KKSA 1JLCA 3OYKA 1NKEA 2VWKA 4KO0A 4GW6A 4DTSA 3HPHA 1K6YA 2RN2A 3NGZA 1S6QA 1B92A 5DMRA 4PA1A 4CEBA 4CGJA 3DLRA 4KHUA 5J2NA 1UA1A 3SUPA 4DSIA 1HQEA 1ZBHA 4MFBA 2OA8A 1S1VA 5KRSA 5CYMA 3ZCMA 4CF0A 2GBZA 4EZ9A 1F21A 4FVMA 4I2PA 3M8RA 1FKOA 1CZBA 2A1SA 3LP2A 1BHLA 2YNHA 4Z4CA 1CLQA 4IG3A 3KLFA 4OLAA 1ASWA 3LANA 4I9LA 3I8DA 3SPZA 4DF8A 4W5OA 3DRSA 4IFYA 1NOYA 2HNYA 4E7HA 2PYJA 2DFFA 3O3HA 1JL1A 1UAXA 3OYBA 4ZHRA 2O4IA 3CM5A 4LSLA 4M45A 3AVMA 3LP1A 4AHUA 1X9SA 3VQAA 1KLNA 3DRRA 1NK0A 3C6UA 4FLTA 4DU4A 2VG7A 5CY4A 3SQ1A 3TAPA 2AJQA 1BIZA 1RDAA 4ID5A 1RBSA 2HHUA 3P1GA 1JLBA 1W9HA 3OYJA 3JSMA 3LAKA 1HYZA 3PX0A 4IBNA 4FZXC 3AO1A 3NF8A 4EP4A 2YHAA 3M8SA 4FJGA 4N76A 1WSIA 4NCGA 4RW7A 4CEAA 3DLGA 4CHPA 3QEPA 2G8HA 1WSJA 1TK8A 3OS0A 1T8EA 1CXUA 1JLAA 4C8MA 3EYZA 3NAEA 4HVJA 3TAQA 4FJNA 4LSNA 3ZT4A 4FLXA 2KFZA 4DTXA 4M3XA 2OPRA 1FXXA 2Z1JA 1WSFA 2Q3SA 1TV6A 4JS5A 2QK9A 2PY5A 5HBMA 3I0RA 1S1UA 3DLKA 1MU2A 4XIUA 2D5RA 1NJYA 3RWUA 4Z4EA 2FBTA 3VA3A 3QNOA 1TAQA 1S1WA 1JXBA 3NF9A 4CJKA 5E41A 1TVRA 4ELUA 4FM2A 4E7JA 1EP4A 4CK2A 3SJJA 3VQ7A 2Z1HA 1YT3A 4CFAA 5SZTA 4O44A 3NCIA 1BQMA 1B9FA 2B6AA 2HNZA 3KLHA 1GOAA 3KJVA 4E7LA 3ZT2A 1SL1A 4GVMA 1IKVA 1C0MA 1SKWA 3BGRA 3D45A 3NGYA 1NK4A 1YTAA 2QKKA 4FLWA 3NGIA 1CZ9A 4H4MA 3LWMA 2Y1IA 4FJXA 4KTQA 4CEOA 3LALA 3V1QA 4CGHA 3HP6A 3QERA 2EHGA 3TARA 2HHWA 4RG8A 4BDPA 2XO7A 3F73A 2W42A 1XI1A 4OVLA 1N5YA 1VSHA 4RW6A 2YKMA 4JS4A 3AA2A 4GMJB 2E4LA 3B6PA 1T05A 1SV5A 4HHTA 2HVIA 3S3OA 5EU7A 2Z1GA 4CJEA 1DLOA 2XY6A 1RT2A 1X1PA 4B9NA 1QTMA 1QS4A 2G8IA 3K5MA 1D8YA 1IKXA 3T19A 2OPSA 1HNVA 4E89A 2JLEA 1GOBA 4W5QA 3PX4A 3WNGA 4FLUA 3TABA 1RTHA 2HHXA 2KZZA 4DQSA 1J54A 4DSKA 4FM1A 3KLGA 4KAZA 2I5JA 1N6QA 3QLHA 4BACA 4B9LA 3CM6A 3D0PA 4DFJA 4KB0A 4FYDA 1VSKA 4M3WA 4HCBA 3ZSYA 1WSHA 4DFKA 4OPJA 4DG1A 1W0HA 4DQIA 3AVFA 2G8FA 3V6DA 3V9WA 1SL2A 4I2QA 5DK5A 3TAGA 4DTMA 3DLHA 4YNQA 1J9AA 1WNSA 2VG6A 4C8KA 4Q5VA 4F4KA 3TAMA 2WONA 4CEZA 3OYIA 3ITHA 3LPTA 2FBVA 3V9XA 2YKNA 2DY4A 3QIOA 1S1XA 1KVAA 4QOZB 3ZSZA 4FK0A 4ICLA 4OKKA 2HVHA 1FKPA 4J2AA 1QHTA 4CFDA 3LDSA 4KHQA 1ZBLA 4OGCA 5KGXA 3ZSVA 3SYZA 3K5NA 4OJRA 3V9ZA 4OKEA 3DLBA 4F3TA 1VSFA 1B9DA 4B8CA 1KVBA 3DLEA 4WE1A 3NH2A 1DTTA 1HJRA 3I0SA 3OYGA 3QETA 3SQ2A 4Z4GA 1L5UA 3SZ2A 4CEEA 5FROA 4CK1A 3EY1A 2ITGA 4FLYA 4DFPA 1TKDA 1KSPA 3RMAA 3AVNA 3OYDA 2P51A 4KI4A 1BCOA 1EX4A 2BDPA 1C6VA 1YVUA 2IDOA 1IO2A 4CGDA 1L3TA 3HJFA 2JGUA 1XC9A 4AH9A 3ASMA 4BWJA 1TKZA 4I7FA 1EXQA 1RBTA 2X6SA 4HUEA 5FRNA 4FW1A 1RT5A 3U3YA 1TK0A 3QO9A 4HTUA 1L3SA 1RCHA 4FJ8A 1HPZA 1Q9YA 1LAWA 2VG5A 3NF7A 4HUFA 3H08A 4LH5A 4CJLA 3VQ6A 2G8WA 4CERA 2IOCA 3OVNA 3AVJA 3EZ5A 2E6LA 4KTWA 4LH4A 4I9QA 1TKXA 5I42A 4NYNA 3O3FA 3KK3A 3SQ0A 1JL2A 1HQUA 1NK9A 1VRTA 2HW3A 2X74A 3WNHA 1SKRA 3AVAA 4H4OA 1NK5A 1BGXT 1UOCA 4KTZA 4DU3A 2QXFA 3NH1A 4E3SA 3KD5E 4M3TA 4DSLA 5I3UA 1NOZA 1HYSA 3O4QA 4CFCA 1ZYQA 1UWBA 4JRPA 2PYLA 3MEEA 3NFAA 4C8NA 3KTQA 1CXQA 2KFNA 1C1CA 4FLVA 1T7PA 3RMBA 4KPYA 4DTOA 3L2RA 3ZT0A 2O4GA 3VQ9A 4CJRA 1KVCA 2X6NA 3VQDA 4CHQA 4DTRA 4CGFA 3LZIA 1UA0A 3HPGA 4RW9A 1A5XA 4E1NA 3TWHA 4B9TA 1RILA 4CJ5A 4Z4FA 1ASVA 1QSYA 4O4GA 2OZSA 1GOCA 3MXJA 4CGIA 4BE1A 5J1EA 3TI0A 3P83D 4FJHA 4KREA 1RBRA 1IKWA 3F9KA 3TR8A 1RT4A 5CYQA 1U49A 1G15A 1SL0A 2YNGA 4B08A 3U3GA 2VWJA 4FXDA 3LAMA 2IS3A 3K5OA 4QCLA 2GV9A 2FBXA 3LP3A 2GUIA 4FK4A 1KLMA 2FBYA 1I39A 3QEVA 1NK7A 1BQNA 1KTQA 3L3VA 3CFOA 4DFMA 5KGWA 2HHSA 3QINA 3L2VA 1ITGA 4OPKA 2NUBA 1VK0A 2B4JA 2ATQA 4QAGA 3HVRA 5J2QA 3RR7A 3VQ4A 3ZSQA 5HRSA 3T3FA 4OLBA 4B9VA 1RT7A 3VQBA 4O0JA 3WNEA 4HUGA 1O1WA 3ISNC 4KB1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YV0X 4PL7A 3G10A 2DTUA 2E6MA 4YFUA 2E1YA 4AHTA 3AA5X 1U2VA 2P9IB 4CGGA 2O8BA 3NHGA 3P4IA 2BTFA 3AVGA 3HT3A 2RF2A 2KZMA 2HMIA 4JI4K 4DQRA 4DSJA 4CIGA 5M1FA 1X9MA 2YHBA 4JNEA 4E1MA 1U48A 3BY5A 3NBPA 1TUYA 3QMLA 3AVHA 4B8AB 4FPAA 4HCCA 3DXMB 1LWFA 2GWKA 2CGLA 1HNXK 3L3UA 3SPYA 4M42A 4J8FA 1A5WA 4CJ4A 4B1WB 4CW7B 1Y97A 2G8VA 2D1KA 4CBUA 4AHVA 5A2QO 1HNWK 3S9HA 1VSEA 4H5TA 3KIOA 3P31A 4BGBA 4NLBA 1X3MA 4WQ4A 3WXMB 1YJNN 1SKSA 1FW6A 4CZMA 5C42A 3DMJA 3SLCA 3ID8A 4X62K 3K5LA 3TANA 1HPMA 1IH7A 1YF5L 3VA0A 3LWLA 3O4WA 3BEXA 4Z4IA 3KLIA 3J7AP 1NGFA 1S72N 1HRHA 2QWQA 2P9KA 3V1RA 1TKTA 5GIPA 2O8DB 3CCRN 4E0DA 1MDUB 1BCMA 1LW2A 3OYEA 3RMCA 1YTUA 3LDPA 4M41A 4DTUA 2QWOA 3O6WA 3MN9A 4CZJA 1S5JA 3MECA 1RT6A 1HMVA 3FZHA 1RBVA 4DTPA 2P9LB 3LDLA 3SUOA 3V1OA 1D9FA 2F8SA 3SAGA 3JYTA 5LMUK 3QESA 5AQGA 4AHRA 1IKYA 4Z0UA 3QBXA 4Q0BA 2OYQA 2ZM6K 4BWMA 4NCBA 4BE2A 4AHSA 4RW8A 3AVIA 3C94A 3R6MA 1E3MA 1QQOA 4DS5A 4FWMA 1HNIA 3D6RA 4IZ9A 3I8BA 4LD0A 4YOTA 5BREA 1RT1A 2Z1IA 3VEWA 1OVQA 4JKGB 3SV4A 2DFHA 1GLAG 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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