1VSLA

Asv integrase core domain d64n mutation with zinc cation
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTNFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 55
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vslA00
3HPHA 3RRHA 3LALA 3CM5A 1W9HA 4F2SA 1ZBIA 3AVJA 1REVA 4OPKA 4FLZA 3U6FA 1T8EA 3TARA 2HNDA 3VQAA 2X78A 3JSMA 4CJ5A 3T19A 4IFYA 2B5JA 3TAQA 1TVRA 3TAEA 1VSEA 4FVMA 4H8KA 1NJYA 3ZSWA 3PY8A 2OPPA 3V1RA 1HNIA 3H08A 4M3XA 3DLHA 3K5LA 4HCBA 4RW8A 4KI4A 2GV9A 2O4GA 1NOYA 2PYLA 1S6PA 2HB5A 4FJXA 2KZZA 2VG6A 3SV3A 1Z26A 1NKCA 3RWUA 4L8RB 4AHUA 2DY4A 3NFAA 4FCYA 4CGHA 2OYQA 4FJ8A 2E4LA 1XC9A 2JLEA 4DQSA 1CXUA 3SJJA 4FJIA 1WN7A 4M3UA 3NH0A 1DTTA 3M8SA 3C6UA 4M41A 3ZSVA 4DWIA 3V9UA 3KTQA 3D45A 3EYZA 1KSPA 2WOMA 2YHAA 3KD5E 4FLUA 3PX4A 4ZTJA 1ZYQA 4LH4A 4FZZA 2OPQA 4KREA 3QNNA 4LH5A 1Q9YA 1HYZA 3ZSYA 3SUOA 1JLQA 4FLXA 3V9ZA 1WNSA 1X9MA 2Z1JA 3OYIA 4FLVA 2HHUA 3IRXA 3HP9A 1YT3A 1TGOA 4CJ4A 4F8RA 5I3UA 3VQ4A 3U3YA 4UQGA 4C8OA 4FJHA 3RR7A 1KCFA 4CHZA 3SI6A 1ASUA 2HW3A 2YV0X 4DFMA 4KKOA 3KLEA 3WNFA 4E7LA 4CECA 2DTUA 4AHCA 1TV6A 1WAFA 4PY5A 3I0RA 4ID1A 4W5RA 1NKBA 4KPYA 3TR8A 4F3OA 2HHWA 2OA8A 1RT4A 3RMCA 3ULDA 1BISA 5HROA 2HNYA 3WNEA 3OJSA 2IDOA 4ELUA 3OS0A 1U49A 3UIQA 3ZT3A 3PO4A 3P5JA 1IKVA 2RN2A 4GVMA 4FK0A 1WSFA 3LP2A 3OYJA 3HXMA 4JS5A 2A1RA 1HQEA 1UOCA 3LDSA 3VQDA 2F96A 1VSJA 3M8PA 4WE1A 3NDKA 4PUOA 4JRPA 3MXIA 3AA2A 3HT3A 2NUBA 1VRTA 1TKTA 4M3WA 3AVGA 4CEFA 1QQCA 4AHRA 3CYMA 1CZBA 4KAZA 3KKRA 4B9LA 3LAKA 1BCOA 2P1JA 3AA3A 4CEDA 4KRFA 1RT7A 4KB1A 3WNHA 2RPIA 2EHGA 2KFNA 1S5JA 2GUIA 3L2RA 4DU4A 4I7FA 1C1AA 3LWMA 4BDZA 4J2EA 3DRSA 4C8MA 1NK9A 4XIUA 1UA1A 4Z4IA 2HVIA 1HYVA 4DSJA 4PWDA 3K5NA 4DQPA 3NE6A 3BDPA 5K14A 1T05A 2F8TA 3PUFA 4CF0A 3VA0A 4CF2A 4OLAA 2FBTA 4CCHA 3S3MA 4N76A 1LWFA 1TAUA 1NJZA 1GOCA 1BL3A 4CF9A 1BIUA 1CXQA 2JGUA 1EKEA 4CF8A 4CJKA 4DFJA 2FC0A 4DTXA 1RNHA 3OYKA 4CJ3A 3OYHA 4K8XA 2HHQA 1ITGA 3SQ1A 1J9AA 3DI6A 5CZ1A 1YTAA 5HLFA 1B92A 1EX4A 1TAQA 1RBUA 2ATQA 4HUFA 1SKWA 3DLRA 4PA1A 3NF7A 1LV5A 2G8KA 2P5OA 1Q9XA 2QKBA 4N47A 1QSSA 1WSHA 2XY8A 4ZTFA 4HHTA 4DTUA 1NOZA 4CHNA 1XI1A 2I5JA 2ZQBA 4LD0A 3CQ8A 1KRPA 4O4GA 3PO5A 4FJJA 3OYDA 2IGIA 1LAVA 1C0TA 2B6AA 2X6SA 4ZHRA 5D3GA 2KZMA 2KFZA 3FFIA 2IOCA 4W5NA 3HYFA 4B9VA 3M8RA 3VQ8A 4H4MA 1L3TA 1KFSA 3EZ5A 3LP3A 3HM9A 3RR8A 4CF1A 3AVBA 2YNHA 4CJTA 1VRUA 3QO9A 4FLYA 1A5WA 3OYBA 5FRNA 3VQPA 3DLBA 4CFDA 4CHOA 1I3AA 4DU3A 4DTRA 2G8VA 5HRNA 1U47A 3MEDA 4CESA 1SUQA 3TWHA 5HRPA 3C94A 3V9SA 3QETA 3SQ2A 4HCCA 3MXMA 4E0DA 1JLBA 2DFEA 1ZBUA 4CEAA 4CEQA 4B9SA 1LWEA 2YNIA 2F8SA 3MEGA 3VQBA 1DTQA 4B9TA 2XRIA 4I2QA 4E1MA 2XY7A 3EY1A 3SPYA 4LY7A 1UAXA 4R5PA 1KLNA 2FBVA 1NK7A 4OJRA 4DSFA 3JYTA 4AHTA 1TKZA 4OGEA 3NGYA 1S9GA 3VQQA 4AH9A 4CIEA 3NAEA 4JS4A 4DS4A 4JLHA 5JS1A 4QCLA 3ZSRA 4KTQA 3I0SA 1SKRA 4KHUA 3OYLA 1WLJA 1B9DA 4CFAA 2G8WA 4CGGA 1RBSA 3QERA 4PQUA 3G10A 2KW4A 1IG9A 4QOZB 1HQUA 4DMNA 4AHSA 1QSYA 4FW1A 1RBRA 4ICLA 3E01A 3AO3A 3NF8A 3QINA 4KTZA 1HJRA 4DSLA 4DTNA 3AVLA 3K5MA 3MEEA 4DF8A 1KFDA 1NJXA 3SNNA 1FK9A 1VSIA 4NYFA 3L8BA 4CHQA 3LZJA 4I9QA 2G8IA 1TKXA 4BACA 5CY4A 3SQ4A 3QNOA 4IFVA 4CFBA 3DRRA 3B6OA 4E19A 3VN5A 3OS2A 3HPOA 3AVHA 4ELTA 3NH1A 3OS1A 4OGCA 3NF9A 4KV8A 3HVRA 1A5VA 4CJEA 3S3OA 1QTMA 4DQRA 1RT2A 3KLIA 4OLBA 3HO1A 1C6VA 1Z25A 2EX3A 5KI6A 3ISNC 4O5BA 1J5OA 1RBTA 1JXEA 4I2PA 4GW6A 1IKWA 2QXFA 1FXXA 1L3SA 3V1QA 4DS5A 4CK2A 3L2VA 4LSLA 1TK0A 1LW2A 2XY6A 2VG7A 5J2NA 3V9XA 1U45A 3NF6A 2P5GA 1WSJA 4CFCA 4CERA 5I42A 2HHTA 2D0CA 4M3RA 5DK5A 3T3FA 3RTVA 1XWLA 4GMJB 2D5RA 3O3HA 3LP1A 3SUPA 1RILA 4CK3A 1LWCA 3RMAA 4DLEA 1S6QA 4TSXA 3LZIA 1BHLA 4Z0UA 3VQ5A 1DLOA 4W5OA 1KLMA 4RW4A 3ITHA 3AA5X 1BIZA 1JKHA 1RTHA 3DM2A 4CGDA 1J53A 5SZTA 2W42A 4FJ7A 1VK0A 4Z4CA 1VSFA 4FJ5A 3ALYA 2G8UA 4O0IA 3QIOA 3D0PA 1N6QA 4KHWA 2XHBA 3O3FA 3NCIA 4K8ZA 2YKMA 2YKNA 1BI4A 3ZSZA 4E7KA 3QEIA 4FJLA 4J2DA 3HJFA 4NYNA 3V9WA 2P51A 4G1QA 2IS3A 4F4KA 4BWJA 4DFKA 3LANA 4CEBA 1X9SA 3AO4A 1W0HA 4CJFA 3F73A 3VQ9A 2ETJA 3O4NA 4NCGA 4FJMA 3TAFA 4E7IA 1B9FA 1RBVA 2X6NA 5C25A 2VWJA 4DSEA 4N56A 5C24A 2R7YA 4N41A 2A1SA 2Z1GA 1RTDA 5JS2A 4CJRA 4CGIA 4RG8A 3MXJA 4RW6A 3ZCMA 4CJLA 1D9DA 4CHPA 3SZ2A 3QESA 3AA4A 2ITGA 4DTSA 2HMIA 1VSMA 3SYZA 4J2AA 2GBZA 3OY9A 1JLAA 3KLHA 4BE1A 3PV8A 5E41A 3KK3A 3O3GA 4Y1DA 5HRRA 3QEXA 4BDPA 1BI4B 4O0JA 2HVHA 4EP5A 3T1AA 4DTPA 5FRMA 1C0MA 1JL2A 2BANA 3ZSXA 4KB0A 1JXBA 3VA3A 4F2RA 5CZ2A 3PX0A 3S3NA 3HSTB 1HRHA 1SKSA 3ZT1A 4FW2A 3VQ6A 1RTJA 2B4JA 4IDKA 3ZT0A 3NHGA 4CJUA 2KQ2A 5CYMA 3OVNA 4KFBA 4LSNA 3V6DA 1XHZA 1HPZA 5HRSA 4AHVA 4FLTA 3NGZA 1T7PA 3AVAA 1A5XA 3RMBA 3AVIA 1GOAA 3HL8A 4IKFA 4IG3A 1JLFA 1RT3A 1VSDA 3MECA 4BE0A 4Z4EA 2LSNA 1WSEA 4W5TA 3KLFA 1RDBA 4DQIA 1ZBFA 3OYFA 1YTUA 4Z4HA 4FZYA 1WSIA 4OPJA 4KHNA 4FXDA 3OYEA 1NK6A 1X9WA 2QK9A 3K5OA 4FM0A 4B9UA 2E6MA 4O44A 1NJWA 1K6YA 5FDLA 3SPZA 2E6LA 4CEEA 4E1NA 3TAMA 4RW7A 3OYMA 2G8FA 1XHXA 4KHQA 5KRTA 1S1XA 3KKSA 3TAGA 1G15A 3VQCA 3KLGA 3LAMA 2OPSA 1Y97A 2D0AA 5CYQA 5C42A 3AVFA 3QIPA 1T03A 2OZSA 1SV5A 5HBMA 3U3GA 3LP0A 4IBNA 3NH2A 1RT5A 1S1UA 3LWLA 1NK0A 4DG1A 3QLHA 1VSHA 2O4IA 4KHSA 4CGFA 4OKEA 2DFFA 2HHVA 3DRPA 5KTQA 3KIOA 4FLWA 3IG1A 3L2QA 1Q8IA 4FK4A 4OKJA 4OKKA 1S1TA 2X74A 2RF2A 3KK2A 4AILC 2BDPA 3K58A 1C1CA 2HHSA 3HP6A 4Q0BA 3C95A 3SV4A 1RTIA 1X1PA 3A2FA 1CZ9A 1RDDA 2VG5A 3ZT4A 4B8AB 4CJVA 1TK5A 1N5YA 2PYJA 3NBPA 3L2UA 4C8LA 2BGGA 3OJUA 1EP4A 1KVCA 4Z4GA 1BQNA 4ELVA 4H4OA 4CJPA 3P83D 4KTWA 4EP4A 1EETA 3QEWA 3KK1A 4M3ZA 4DSIA 2IAJA 1WAJA 3CG7A 1WSGA 5FROA 3P1GA 4Q5VA 3BGRA 5KGWA 2ZD1A 4ID5A 2RKIA 3AV9A 1ZBHA 5EU7A 5SWMA 1GOBA 1BQMA 1TL3A 2YHBA 1JLGA 3ASMA 4W5QA 4DTMA 3RMDA 1RDCA 3OYAA 1J54A 4HUEA 3F9KA 3K2PA 3QEVA 1CLQA 3SUNA 1L5UA 4C8KA 5KGXA 2FBYA 4E3SA 3VQEA 4FYDA 1KVBA 1IO2A 1RT1A 1EXQA 2BE2A 3CFOA 2VWKA 1O1WA 1C0UA 1BCMA 4C8NA 1S9EA 3K59A 4FM1A 5J2MA 3SCXA 2XO7A 3TANA 4FK2A 2QKKA 3OYCA 2Y1IA 3QEPA 1SL0A 1JLEA 1TKDA 4DSKA 1RDAA 1SL2A 5J2PA 4M42A 5J1EA 4CIGA 4CJQA 4M3TA 3WNGA 2Q3SA 1SL1A 2YNFA 1NK5A 4RW9A 4CK1A 4MFBA 4B8CA 4BE2A 2OZMA 3HK2A 4YFUA 4JRQA 3K57A 3L3UA 4E7HA 1VSKA 3TAPA 4FJ9A 3O4QA 1KTQA 1NK8A 4I9LA 3TI0A 3V1OA 1ZBLA 4FJGA 4NCAA 4BDYA 3ZT2A 2HNZA 5J2QA 3M8QA 3SQ0A 4B9MA 1KVAA 1F21A 1JLCA 4CEOA 4YNQA 3DOKA 3I8DA 3IS9A 3LPUA 3L3VA 3CFRA 3KD1E 2HHXA 1LW0A 1LAWA 1U4BA 1QSLA 4FM2A 2WONA 3MAQA 3C6TA 4HVJA 1U48A 4EZ9A 2FBXA 4CIFA 4DU1A 4OVLA 4Y1CA 4DLGA 3IAYA 4B3OA 1IH7A 4B08A 1VSLA 3AVCA 1L3UA 3B6PA 3THVA 5T7BA 3KJVA 1HYSA 2PZSA 3ZSOA 1NKEA 3AVKA 5KRSA 4KHYA 1S1WA 4IG0A 1BGXT 3RRGA 3AO2A 3TABA 3CM6A 2D0BA 4O55A 3NGIA 4CJWA 3DYAA 4KI6A 2ZE2A 1QE1A 2PY5A 4NCBA 1MU2A 3ZSQA 3AVNA 1R0AA 1ASVA 4MQ3A 4CHYA 4EZ6A 3L2WA 3DMJA 3OYGA 1UWBA 4KO0A 4E7JA 2XY5A 3AO1A 1IKYA 4M45A 4HUGA 4QAGA 1UA0A 4CJSA 3LPTA 3DOLA 3V81A 3DLKA 4E89A 4N5SA 4DFPA 1YVUA 1FKOA 1I39A 4HTUA 1IKXA 4DTOA 2OPRA 1FKPA 2Z1HA 1HMVA 3V4IA 2AJQA 1TL1A 5DMRA 1C1BA 5HP1A 1TK8A 3DLGA 1D9FA 1NK4A 4FJKA 2DFHA 4FJNA 3SUQA 1D8YA 4CEZA 3DLEA 2G8HA 1RT6A 3CFPA 2Y1JA 4CGJA 4M3YA 4Z4FA 1U04A 3AO5A 4CE9A 3HPGA 4DTJA 3PX6A 1JL1A 1L3VA 2YNGA 1QS4A 3VQ7A 3S9HA 2IC3A 2KTQA 3G0ZA 4DQQA 1HNVA 1QHTA 1S1VA 4FZXC 4BWMA 4B9NA 3AVMA 1ASWA 4J2BA 3OYNA 4DF4A 1D5AA 2Z1IA 4F3TA 3HVTA 1RCHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RRHA 2HHHK 1ZBIA 3CM5A 1W9HA 5E84A 5AJ3K 3VGKA 3TARA 2HNDA 3VQAA 3T19A 4X62K 1NMDA 5KPZA 1VSEA 4H8KA 3DWLA 3PY8A 1BWFO 2QWRA 3RSEB 3K5LA 4KI4A 5BN8A 2GV9A 2PYLA 2WFBA 4FJXA 5BR9A 1KAXA 3SV3A 1I94K 4AHUA 3NFAA 4CGHA 1N34K 3VMFB 4BREA 2P9UB 2JLEA 1CXUA 4JI5K 3SJJA 5AQOA 4ISGA 3NH0A 2O8BA 1OVYA 1NGDA 5M1PA 3KTQA 2QWLA 3EYZA 4FLUA 3CCJN 3PX4A 2E1YA 1HYZA 2Q0RA 1JLQA 5AQHA 2HHUA 3IRXA 4BR7A 5I3UA 4C8OA 2YV0X 3T1YK 4E7LA 1HKGA 2FSKA 3CC7N 3UKUA 3TR8A 4F3OA 1RT4A 2O8BB 3WNEA 3VTHA 3MX2A 2RN2A 4FOIA 3LP2A 4HTLA 3Q7CA 2E2OA 4O8UA 4A2AA 4WE1A 4JRPA 3ZYYX 3I8BA 4JKDA 4BRPA 2NNWA 3EO3A 1TKTA 4JKBA 3OTOK 4M3WA 4DV0K 5FPDA 4KAZA 3K0SA 1QVGM 4WFBL 1BCOA 4CZFA 1NNEA 5BPLA 4KRFA 4CD3A 3UKUB 3WNHA 2FSNA 3BZCA 1YAGA 3MN7A 3VEXA 1JCFA 4J2EA 3DRSA 1UA1A 3PSIA 1OH6A 4YOUA 3NE6A 4B3RK 3E66A 3PUFA 2OTLN 4OLAA 4RTFD 1HX1A 1TAUA 2VWBA 3BF3A 4CJKA 2RHKA 2UU9K 2HHQA 5JLHA 5CZ1A 1Q7YO 5HLFA 1BOTO 3O80A 4LC9B 2ATQA 3A5OC 4CZMA 5FLXO 1WSHA 1MWMA 1BUPA 4HHTA 1NOZA 4CHNA 1XI1A 1KRPA 1GLDG 1BA1A 4O4GA 3FZMA 2IGIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3THY B;  1NJX A;  2NRX A;  5F0X A;  4BAC A;  4CFB A;  3OS2 A;  1D4X A;  3CCR N;  3NH1 A;  3R8E A;  1QTM A;  2A41 A;  1YF5 L;  3M1F A;  3H3N O;  2QWQ A;  5JVG L;  3ISN C;  1IKW A;  1L3S A;  1Z6R A;  5EY4 A;  2XY6 A;  5I42 A;  3T3F A;  1RIL A;  4CK3 A;  3RMA A;  4DLE A;  4CZK A;  1S6Q A;  5AQN A;  4BC3 A;  5A2Q O;  4C23 A;  3ITH A;  1BIZ A;  1JKH A;  2YHW A;  3CPE A;  1VQL N;  3KWG A;  3P31 A;  3ALY A;  4YOW A;  5BPM A;  4JHD A;  3J7A P;  1N6Q A;  2BH1 A;  5LJW A;  4OX9 K;  3NCI A;  2YKN A;  4B3T K;  1BI4 A;  3ZET A;  4F4K A;  4BWJ A;  3LAN A;  3AO4 A;  4FPA A;  1CZA N;  3H45 C;  3F73 A;  3JS6 A;  2ETJ A;  2CGJ A;  2FXU A;  3TAF A;  4AM7 A;  2VWJ A;  2P9I A;  5C24 A;  2E88 A;  3ZX2 A;  3J7Y P;  2HMP A;  1RTD A;  4RG8 A;  4RW6 A;  5M1O A;  1D9D A;  3QES A;  1G99 A;  4L3Q A;  4J2A A;  2UXB K;  2GBZ A;  3OY9 A;  3J7Z O;  5E41 A;  3KK3 A;  4LF8 K;  4BDP A;  1BI4 B;  3KZB A;  2W6K A;  3VA3 A;  3S3N A;  1SKS A;  3VES A;  3NHG A;  4CJU A;  3OVN A;  4KFB A;  1H1V A;  2P9I B;  4FLT A;  3CJB A;  3NGZ A; 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 4CW7 B;  3IS9 A;  4PL8 A;  3CFR A;  3KD1 E;  1LW0 A;  1LAW A;  1U4B A;  3C6T A;  3WUH A;  1LOT B;  3CCQ N;  4CIF A;  4OVL A;  3CME N;  4B3O A;  1Q86 O;  1VSL A;  3AVC A;  1L3U A;  3B6P A;  4JI1 K;  5LMU K;  3THV A;  5T7B A;  1HYS A;  3ZSO A;  1DT9 A;  1U2V A;  3CCS N;  3RRG A;  4O55 A;  3NGI A;  3P4I A;  4CJW A;  4F9O A;  3EE8 A;  5I9E B;  5C12 A;  3AVN A;  3BUZ B;  3L2W A;  4KO0 A;  4E7J A;  2KHO A;  4FSV A;  3AY9 A;  3MN6 A;  3AO1 A;  3HZ6 A;  4HUG A;  1BO5 O;  1UA0 A;  4E89 A;  4N5S A;  1YVU A;  1IKX A;  4DTO A;  2OPR A;  1FKP A;  2Z1H A;  1HMV A;  2W6L A;  5HP1 A;  3Q7B A;  3W0L A;  3RSE A;  1OH8 A;  4FJN A;  4CEZ A;  5BRF A;  1U2V B;  2Y1J A;  4M3Y A;  2YX6 A;  3AO5 A;  3PX6 A;  1K9M O;  1L3V A;  2YNG A;  2QA4 N;  3VQ7 A;  4JNE A;  3TSQ A;  3S9H A;  4FPB A;  2P9U A;  2NRH A;  3MN5 A;  1YUW A;  1HLU A;  5FPE A;  4F3T A;  1D5A A;  1ASW A;  4BRH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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