1VSMA

Asv integrase core domain in citrate buffer ph 5.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 52
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsmA00
3KLEA 3AO1A 1IG9A 1DTTA 1YTAA 3OYAA 3HK2A 3DYAA 4FJKA 1U47A 5FDLA 3MAQA 4ZTFA 2HHQA 1SUQA 4FLUA 3SUQA 3MEGA 4WE1A 4DTRA 3SV3A 2E6LA 2KZZA 2YHBA 4ELTA 3HXMA 3SQ1A 4LH5A 3SQ2A 3NCIA 3F9KA 4E7KA 3TARA 1TAUA 4O0IA 1I39A 1NJWA 1TV6A 2VG7A 2Z1IA 3V1OA 3BDPA 3IG1A 3LWMA 4KHYA 1VSEA 1MU2A 1WSHA 3HYFA 5DK5A 1L3TA 2ZQBA 3CFRA 4KPYA 4FJ7A 2D0BA 1FK9A 1RDBA 3O4NA 2OZSA 5KI6A 2OPRA 3VN5A 2KZMA 3QLHA 1S1TA 1BIZA 1ZBLA 3CQ8A 3L8BA 4FZXC 4B3OA 4M41A 4RG8A 4B08A 4O55A 3VQ7A 1HMVA 4J2DA 1IKXA 1CXQA 3HVRA 4M42A 3RMDA 3SYZA 3O4QA 2XY8A 1WN7A 5HRRA 1WSEA 3DOKA 3O3FA 3S3OA 4PQUA 1U45A 4DTUA 4OVLA 3PO4A 1ZBUA 3AO3A 3O3GA 4FJJA 4OJRA 3L2UA 3JYTA 1ASVA 2JLEA 4CEOA 4RW7A 1UA1A 4DSFA 5HP1A 1LV5A 3V9XA 1JLCA 3ZSYA 1RT6A 1NK9A 1BQNA 3LP3A 3LAMA 4CJWA 3NF8A 1WNSA 2HNYA 2IAJA 3C94A 4GMJB 1TAQA 2YHAA 1UOCA 4CEAA 1BCMA 2O4GA 3CM6A 3V1QA 3ZT4A 5HRSA 4E19A 2XO7A 4FM1A 3SNNA 4DFJA 4ELUA 1J54A 4OLBA 1SKRA 3RTVA 1NKBA 1LW0A 3KLGA 4EP5A 3EZ5A 3WNFA 4B9TA 4FJXA 3QNOA 3LALA 1RNHA 1G15A 2HHSA 1QE1A 3NF7A 3OS2A 2HHTA 5HLFA 4CIGA 1ITGA 4E7LA 1HQEA 1TGOA 1CZBA 3C6UA 5I3UA 3MXIA 4KAZA 5E41A 2Q3SA 2B4JA 4KTWA 3K57A 3AVIA 1D9FA 2KW4A 1LWCA 4AHSA 5SZTA 1HRHA 3OS0A 2F96A 2OPSA 3L2WA 3AV9A 3ZT3A 4CJ3A 4FM2A 2OA8A 2QK9A 3H08A 4DF4A 4QOZB 1HYVA 1SL2A 3AVCA 3KK1A 4F3TA 4FJHA 4DFKA 4DSKA 2GV9A 3NF6A 3OYHA 1EKEA 1S6QA 4F2SA 3OYEA 3TAQA 3QIOA 4E7HA 5CZ2A 3VQ8A 1U49A 3RMAA 4I9QA 3U3YA 2KTQA 3MEDA 3K5NA 3RRGA 1L3VA 1BISA 3B6PA 3VQPA 4CEZA 1RDCA 4IDKA 3ZSXA 3D0PA 4ELVA 2IC3A 4UQGA 4KI6A 2JGUA 4I7FA 1K6YA 5EU7A 1KFDA 2XY5A 1TVRA 4DSLA 1IH7A 2YKMA 3QEXA 1ZBFA 3HPHA 2WOMA 4N41A 1T05A 3VQDA 4NCAA 1D5AA 2G8KA 3OY9A 3V9ZA 4PA1A 4K8XA 4DU4A 1BHLA 1RTHA 3ALYA 1CZ9A 4BE1A 3MXMA 3DLKA 4CJTA 3TAGA 4CERA 1LAVA 4CIFA 2I5JA 1QSSA 2XY6A 4KRFA 2Z1GA 2HW3A 4DG1A 2X74A 1GOCA 3RR7A 2HVHA 1X1PA 1WAJA 1YVUA 4GVMA 4IBNA 4KKOA 4KI4A 1CLQA 3HPGA 3KIOA 1KTQA 3AO4A 3ZT2A 4FLTA 3ZSQA 3LWLA 4FJLA 1QQCA 1S9EA 1NK8A 3AO5A 5J2PA 3SCXA 3CYMA 2HMIA 1S6PA 1X9MA 4BDZA 2KQ2A 4DSJA 2X6SA 4CHPA 1NK6A 1Y97A 4Z4GA 5CYMA 4CF1A 4FK4A 1D8YA 1JXEA 4CF0A 1KLMA 2G8WA 2P5GA 3M8PA 4M3XA 3K59A 3OJUA 4KV8A 2B5JA 1W9HA 1CXUA 3KLFA 2ATQA 3AA5X 1RBRA 3VQQA 3SV4A 4IG3A 1L3UA 1QSYA 3F73A 2Z1HA 3LPTA 1QHTA 4LY7A 3K5MA 3RRHA 3DRPA 2OYQA 3KLHA 4EP4A 3L2VA 3VQCA 3NE6A 2FBTA 1XHZA 4BDPA 4F3OA 4DS5A 1Q9YA 2PYLA 3ULDA 4LH4A 3KK3A 3PX4A 3C95A 1W0HA 4I2PA 4W5NA 1RT5A 1S1WA 1VSIA 1T7PA 4FLYA 1VSLA 4CJEA 2PYJA 4CGHA 3K58A 4YNQA 4FLZA 4KTQA 2X6NA 4JRPA 3AA4A 1ASWA 4RW9A 1KVBA 4NCGA 3QERA 1HNIA 3NF9A 4B8CA 3CG7A 4L8RB 2GUIA 3AO2A 3OYGA 4LSLA 4M3YA 3SZ2A 4FK2A 2YV0X 4KREA 1ASUA 4OPJA 1Q8IA 4DTMA 5T7BA 3AVNA 3IAYA 5KGXA 1NJZA 3V9SA 2HHWA 4CJ4A 3OYKA 1VSDA 2X78A 1TL3A 4CJQA 3OYCA 4HCBA 1WSJA 3LDSA 4M3TA 1IKYA 3LP2A 3PO5A 3TABA 4M3ZA 1UAXA 4DTJA 4LSNA 3OJSA 1X9WA 3CM5A 5HRNA 4FJIA 4FJ5A 4C8MA 4KHSA 3V81A 4Q5VA 4RW8A 2RN2A 1DTQA 1QTMA 1D9DA 2G8HA 3G0ZA 5C24A 1RT4A 4H4OA 3WNHA 1B92A 2HVIA 4CJSA 1KVAA 5HRPA 1KRPA 2HNZA 1WSIA 4HHTA 2BDPA 3ITHA 3NH1A 2P1JA 1IKVA 1A5XA 2DFEA 4CESA 3TWHA 1BGXT 2XRIA 3TAEA 3PX0A 3G10A 3M8RA 1NKCA 3RWUA 2QKKA 1C0UA 3LZJA 2YNHA 4DMNA 1GOBA 1RBUA 1TKZA 4JS4A 4FLWA 2OPQA 3ISNC 4ZTJA 5KRTA 1XC9A 4FJMA 1JL2A 3HO1A 2AJQA 2F8SA 1NK5A 2FBXA 3EY1A 1XI1A 4C8LA 3U3GA 1VSKA 1XWLA 4IFYA 4CFAA 5KTQA 2YKNA 4DQRA 4AHCA 2HB5A 4BE0A 3IRXA 4CK1A 4CIEA 3NH2A 3NGIA 4CJLA 4H8KA 1REVA 4KFBA 4XIUA 4HUFA 3ZSZA 3LANA 3NH0A 1BCOA 4OLAA 4FW2A 4DQIA 3NBPA 3KJVA 1RBVA 4PY5A 5FRNA 1JXBA 3T3FA 1JLBA 5K14A 1BQMA 1A5VA 1S5JA 4B9VA 4DS4A 4O0JA 3QEWA 4I9LA 1SL0A 4M3RA 2YNGA 2IOCA 3P1GA 4IKFA 3S3MA 1O1WA 1R0AA 4Y1DA 4CJVA 3AVHA 3QEVA 4DU1A 3VQAA 4HVJA 2A1SA 1JL1A 3DLHA 4J2AA 4KHQA 4CEEA 2P51A 4AH9A 1QS4A 4LD0A 3L3UA 1FKPA 4NYFA 3K5LA 4DSEA 4QAGA 3QIPA 4TSXA 3OVNA 4J2EA 3CFOA 3OYJA 1S1XA 4YFUA 2PZSA 4C8OA 3OYDA 4ID5A 1RT7A 5HROA 4CGJA 4FK0A 1N6QA 2GBZA 3MEEA 1NOZA 4CFCA 4HUEA 4B8AB 4HCCA 1WLJA 4DQQA 4O4GA 4CK2A 1SV5A 4F2RA 3NDKA 2QXFA 4CHYA 2R7YA 3PUFA 4CEQA 4E1NA 4EZ6A 3LP1A 3TR8A 4W5QA 4FJNA 4OGCA 2BE2A 1Z25A 5KGWA 4AHTA 3CFPA 3HM9A 1VRUA 4BWMA 3AVKA 3DLGA 5JS1A 1NJYA 4OPKA 1BL3A 2Z1JA 4RW4A 3SPYA 2HNDA 1KCFA 1C0TA 4CJKA 4CE9A 3NHGA 3VQ6A 5HBMA 4N47A 3P5JA 4E7JA 4GW6A 5JS2A 3S9HA 1U4BA 1T03A 1JLFA 1A5WA 3KK2A 3PY8A 4DFPA 3LAKA 4B9NA 1KFSA 5CYQA 3HP9A 3OYMA 1IO2A 2XY7A 4N56A 2DFHA 1JLEA 3M8QA 3DOLA 4Z0UA 1RTIA 3L2QA 3O3HA 4E89A 3C6TA 1X9SA 3HJFA 2DTUA 4DU3A 5SWMA 3BGRA 2YNIA 2FBVA 3DM2A 3QINA 4H4MA 5CY4A 4CEFA 1VSFA 1EETA 2E6MA 3DI6A 4HTUA 1VSMA 4G1QA 4CJPA 4E0DA 4CHZA 2EX3A 1HYZA 4FW1A 4K8ZA 2VG6A 1EX4A 4FJGA 2O4IA 2FC0A 3EYZA 1NJXA 3DRSA 3T19A 4CJUA 1J5OA 1TK0A 1HYSA 4ZHRA 1TK5A 1RT3A 2KFZA 4DSIA 3A2FA 3AVFA 3TAPA 3S3NA 1U48A 2HHXA 3DRRA 1C6VA 3ZCMA 4CGFA 2W42A 3UIQA 3SQ0A 3LP0A 4C8KA 5D3GA 4IFVA 1L3SA 2BGGA 3HVTA 1I3AA 4CFDA 4AHUA 4CJ5A 3KTQA 4FVMA 2ITGA 3V4IA 1WAFA 2D0AA 3JSMA 4E1MA 2D0CA 1U04A 3ASMA 4OKKA 4CK3A 4B9UA 1XHXA 1ZYQA 4B9LA 4FZZA 4FJ8A 2HHVA 3I0SA 1NOYA 5DMRA 2E4LA 3DMJA 2ETJA 3RMBA 3TAMA 2B6AA 3SQ4A 1EXQA 1NK4A 2PY5A 3VA0A 4Z4EA 4Z4HA 4KO0A 3AVGA 2FBYA 1HNVA 3NGZA 3LZIA 3QESA 1C1AA 1YTUA 3AA2A 4CJRA 1IKWA 4KB0A 4BE2A 1F21A 3V9UA 3PV8A 3NAEA 2G8UA 3OYLA 1RT1A 2IS3A 1SKWA 4BWJA 4I2QA 4DTXA 4B9MA 1NK0A 4KHUA 4OKJA 3OYNA 1TKTA 3MECA 5FRMA 1RDDA 2DFFA 4J2BA 4QCLA 3T1AA 5J2QA 2F8TA 3VQBA 3AVJA 4W5TA 5C25A 1RILA 4PWDA 3HP6A 4DLGA 1C0MA 3AVLA 4CF9A 3M8SA 3LPUA 4CGGA 5J1EA 2Y1JA 3OYBA 4FYDA 3VA3A 1VSJA 4CECA 2OZMA 4C8NA 3AA3A 1N5YA 4CHQA 1RTDA 1B9FA 3I0RA 4OGEA 4M3UA 1VK0A 2NUBA 2ZD1A 3IS9A 3QO9A 3KD5E 2QKBA 4W5OA 4O5BA 4ID1A 1RBTA 4Z4FA 1S1VA 3FFIA 3L2RA 4AILC 4NCBA 1NK7A 4Z4IA 5FROA 1FKOA 1RTJA 4N5SA 2RKIA 1LW2A 4AHRA 1JLQA 3WNEA 3U6FA 1KLNA 5KRSA 4CEDA 3VQ4A 3VQ5A 4EZ9A 1JLAA 3B6OA 4HUGA 2VWJA 5J2MA 2VWKA 1RCHA 1QSLA 4CJFA 3WNGA 1JLGA 1S9GA 3VQ9A 3SPZA 1T8EA 3OYFA 1C1CA 4FCYA 4FZYA 4Z4CA 2VG5A 4CGIA 1TKDA 3QNNA 5I42A 3AVMA 1J9AA 4BACA 4RW6A 3QEIA 2OPPA 2ZE2A 3SUPA 4DLEA 3L3VA 3SJJA 4FJ9A 1BI4B 1J53A 1JKHA 2YNFA 1Z26A 3KLIA 4NYNA 4OKEA 4CGDA 1SKSA 4CEBA 4DQSA 2G8VA 1KSPA 3RR8A 4FXDA 3I8DA 1C1BA 1HPZA 2D5RA 4DF8A 4MQ3A 3E01A 4DTSA 4FM0A 3TI0A 3ZT0A 1LWFA 4CHOA 1BIUA 4JLHA 4W5RA 1VSHA 1EP4A 2EHGA 3V9WA 2P5OA 4DWIA 1TL1A 1ZBHA 1TK8A 3ZSOA 4CHNA 1NKEA 4F8RA 3P83D 4PUOA 3MXJA 3KKSA 4FLXA 4KHWA 1RDAA 2G8IA 1BI4A 1LAWA 3NGYA 4IG0A 3OYIA 5C42A 4FLVA 4DTNA 4Y1CA 4DTPA 4F4KA 4M3WA 4BDYA 2RPIA 4E3SA 3QEPA 3OS1A 3ZT1A 3HT3A 2IGIA 2DY4A 3AVAA 1YT3A 4E7IA 3HPOA 1Q9XA 2HHUA 2G8FA 1UWBA 4DQPA 3TAFA 3SI6A 4O44A 3KD1E 4KTZA 3DLBA 1DLOA 3HL8A 4CFBA 4DFMA 3K2PA 4CF2A 4CCHA 3D45A 3THVA 2Y1IA 2WONA 3NFAA 4ICLA 1HJRA 3RMCA 1RT2A 3K5OA 2IDOA 3SUOA 3ZSRA 5CZ1A 4M45A 4KB1A 2A1RA 1FXXA 4KHNA 4DTOA 1HQUA 4CF8A 3QETA 3AVBA 5J2NA 1KVCA 2XHBA 3KKRA 4Q0BA 1S1UA 4R5PA 3TANA 3V6DA 1VRTA 2KFNA 1RBSA 4AHVA 4N76A 1WSGA 2LSNA 3ZSWA 3ZSVA 1WSFA 3DLRA 2RF2A 1LWEA 4MFBA 1UA0A 2BANA 1GOAA 3V1RA 1B9DA 4JRQA 1TKXA 1L5UA 3DLEA 3VQEA 1ZBIA 3PX6A 3HSTB 3SUNA 1SL1A 4B9SA 4JS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QMLA 1DTTA 1YTAA 1Q18A 2A41A 3HK2A 1ATNA 3MEGA 3SV3A 3N4PA 4K25A 4BREA 1EWQA 1Y64A 3M1FA 3F9KA 2IIRA 1X9JA 1TAUA 2O8EA 1G99A 2Z1IA 1QQOA 3IG1A 1VSEA 1OKJA 1RDBA 1NJIO 1SQKA 3DXKB 5KI6A 2OPRA 3VN5A 4A2AA 1BIZA 1W2BM 3CQ8A 4RWTA 4M41A 4YOTA 3VQ7A 4J2DA 3HVRA 2ZM6K 4M42A 3O4QA 2XY8A 4F9OA 5LJWA 3S3OA 3O3FA 2A42A 1RDWX 4OVLA 1IBMK 4FJJA 5MLCQ 3JYTA 3FZFA 4RW7A 4DV2K 4JK9A 3H6EA 3ENOA 1GLDG 1RT6A 3L4QA 2QWPA 3LAMA 4GVEA 2JWLA 2IAJA 2YHAA 1UOCA 3SAGA 4IO8A 2NLXA 1NGDA 3RTVA 4XH5A 1LW0A 4JI6K 3G71N 3WNFA 3LALA 2VWBA 1RNHA 3A5MC 5AQOA 1XUPO 5BREA 3D2EB 1ITGA 4E7LA 2VYPA 4KAZA 3K57A 3AVIA 1D9FA 1VQMN 1HRHA 4X64K 4FM2A 3ZT3A 4CJ3A 2QK9A 3THWA 3H08A 3KK1A 4DFKA 1HLUA 1WBBA 1SZ2A 3OYEA 3O9SA 3VQ8A 3MEDA 4BG8A 1VQPN 1L3VA 1BISA 3VQPA 4JK8A 1DGKN 2WC9A 4I7FA 3B8AX 4DSLA 1IH7A 4N41A 3HPHA 4BRQA 4NCAA 3OY9A 3V9ZA 1RTHA 1N8RO 4CJTA 3E9OA 4CERA 1LAVA 4DG1A 1Q81O 3CC7N 4KKOA 1CLQA 4H0VB 3ZSQA 3BEXA 1QQCA 1NK8A 3AO5A 3SCXA 2KQ2A 4DSJA 4CHPA 5CYMA 5C12A 1D8YA 1KLMA 3K9KA 4YOWA 2CH6A 1T3VA 2B5JA 3A0IX 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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