1VSMA

Asv integrase core domain in citrate buffer ph 5.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 52
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsmA00
3LALA 4R5PA 3HPHA 2KW4A 2YHBA 1RBVA 4HUEA 3L8BA 4FM2A 4DQPA 1FXXA 2FBVA 2YNHA 4CCHA 4DFMA 3AVBA 1Q8IA 3CQ8A 4W5RA 4J2BA 3K5LA 4OVLA 3QEPA 3OYHA 3AO5A 4LSNA 1IH7A 4OLAA 4KV8A 1RT5A 3M8PA 1RDBA 4ID1A 3MXMA 2R7YA 4DLGA 1UWBA 1W9HA 2QKBA 1IKWA 3ZT0A 3AO2A 2GUIA 3KK2A 4CF2A 3L2WA 3SQ1A 1RDCA 1BIUA 4CJ3A 4M3XA 1WSIA 4DWIA 3NCIA 4OGCA 4JS5A 1XI1A 3DM2A 3I0SA 1ITGA 2KFNA 1TK5A 1HJRA 2XY5A 3CG7A 4DLEA 2PY5A 1S1UA 3SCXA 2O4GA 4B8CA 2KTQA 4DTPA 3HT3A 2WONA 4CEEA 3QLHA 3RMBA 3TANA 2P5GA 4M3RA 4FJ8A 4EZ6A 1K6YA 1IKXA 4RW9A 5HRSA 3IAYA 4CECA 3KD1E 1L3UA 2QK9A 3OS2A 3SUNA 4KTWA 3AO1A 1VRTA 1TL1A 3PUFA 1NK6A 3DOLA 4CEZA 5J2MA 4CJVA 4EP5A 3VQBA 4CGJA 3V9UA 4E1MA 4ELVA 1UA1A 1MU2A 4OPKA 4GVMA 1BHLA 3A2FA 1KVCA 1EXQA 2XY8A 3P5JA 1UOCA 4MFBA 4DU1A 1ZYQA 1TKTA 1TAQA 1U49A 2X6SA 4PWDA 3ZT4A 2OPPA 3KK3A 4PA1A 1BQMA 1JLBA 1S9GA 1S6QA 2ZQBA 3RMDA 3OYAA 1QSSA 3AVJA 2G8WA 4I2QA 1BI4B 1RBSA 4CJPA 5J2QA 4CK1A 1NK9A 4E3SA 1QQCA 4B9TA 3DLKA 3CM6A 1SUQA 4O55A 3SPYA 1JL1A 3OYJA 2KZZA 4FK0A 4F2SA 2EX3A 3IG1A 4M3YA 3L3VA 3K59A 4DS5A 4QAGA 3V81A 3OYCA 3V9ZA 1D8YA 1JLGA 2HHSA 3O4NA 4F3OA 4CEOA 4DSEA 2HNDA 4BDPA 1NOZA 2E6MA 3DI6A 3SV4A 4AHUA 1LAWA 1RT2A 1WSFA 3S3NA 1RBRA 5DMRA 2OPQA 1RT3A 4Z4IA 5CZ1A 3RR7A 3MAQA 3LPUA 4E7IA 3KJVA 4KRFA 3NF7A 1EETA 1HNVA 1YTAA 4DTXA 1L3SA 3NF9A 1J54A 1FK9A 1HRHA 1D9FA 1KTQA 3NF8A 3VQ8A 1UAXA 3O3FA 1ZBUA 2IAJA 3L2QA 3AVFA 1KSPA 4HCCA 2KFZA 4HCBA 4PQUA 1JLAA 3RR8A 4QCLA 3NGYA 3PX6A 4C8OA 4DS4A 1RCHA 3TARA 5C25A 4M45A 3K2PA 3MEEA 1SL2A 3OYKA 2BE2A 1CZBA 1S9EA 3DRPA 4FK4A 1ASVA 5HLFA 4DTRA 3DLRA 1HMVA 3I8DA 1VSJA 3ZSZA 1ZBFA 2XO7A 1LWEA 3EZ5A 3K5OA 3SQ0A 4ZTJA 4DSJA 2ETJA 4N56A 4RW8A 3LPTA 1ASUA 4K8XA 3V1OA 4Q5VA 4KTZA 3NH2A 3TWHA 2GV9A 2P1JA 1RT7A 4CIFA 3MEGA 2VG7A 3OYGA 3F9KA 3V9SA 4KHQA 3VQ6A 3AVNA 3BDPA 4ICLA 1NKBA 2OZMA 4DF8A 4FJ7A 4B8AB 4HUFA 3KLHA 3QEVA 3HP6A 2RKIA 4N47A 4CEFA 4DFJA 5KRSA 3ASMA 3RRHA 3OYDA 3OYLA 2HHTA 5CYQA 4CHOA 1KCFA 1NOYA 5C42A 4FJNA 3TI0A 4E1NA 4CJEA 5J2NA 4M3UA 4FM0A 1LWFA 4DMNA 3MXIA 1B9DA 4FCYA 3LP1A 5DK5A 1D9DA 5KGWA 3AV9A 2YHAA 4ZTFA 3ZT3A 1NK0A 1CLQA 4ELTA 3O3HA 3HYFA 4W5OA 4OJRA 3OJUA 4O0JA 4O4GA 1NJXA 4PUOA 4KI4A 3MECA 4AHSA 2G8HA 4I7FA 1RTDA 4CEQA 2PZSA 4NCGA 4HTUA 1I39A 4Z4CA 3AVAA 4KAZA 2W42A 2YKNA 4C8NA 2OYQA 1Q9XA 1S1VA 1S1TA 4Z4EA 2DFEA 4NCBA 4E89A 4DTJA 3BGRA 4N5SA 3V9XA 1EP4A 3AO3A 4M41A 1QSYA 4B9VA 4F2RA 4B3OA 1SKSA 3DRRA 1O1WA 2VG6A 3WNHA 3TAFA 4FK2A 3TAGA 4DU3A 1Q9YA 2YNGA 4TSXA 1VSHA 1SKRA 5J2PA 1LWCA 1BISA 3KK1A 4CK3A 4FM1A 4I9QA 1SKWA 2X6NA 3OYNA 1JLQA 4CJ4A 5KTQA 2A1SA 4J2DA 3KKSA 2Z1IA 1WAFA 1GOAA 3LP0A 2I5JA 1C0UA 5KRTA 4YFUA 3QERA 3SQ4A 1X9WA 1C1AA 1L5UA 5D3GA 5FRNA 2OPSA 1WSGA 4OPJA 3OYEA 1YT3A 2RN2A 3B6OA 3ZT2A 3LZJA 3SZ2A 5HROA 4KHNA 1CXQA 4H4OA 4JLHA 1B92A 1G15A 1VSEA 4LH4A 4LH5A 4LY7A 2YKMA 4AH9A 1LW0A 4JRPA 1U48A 3RRGA 1KFDA 4MQ3A 3VQ4A 4DQQA 3ALYA 1S1WA 3AO4A 1KVAA 1SV5A 4IDKA 3RMAA 1VSMA 1RT6A 2FC0A 4FW2A 1HPZA 5EU7A 4CF0A 1RILA 4Q0BA 4FJMA 2ZD1A 3K57A 3U3YA 2HHXA 3QO9A 4CIGA 4CGFA 2HW3A 4FLYA 1RTHA 1VK0A 3O3GA 3TAPA 3SNNA 3CM5A 4AHCA 1VSLA 3DYAA 3KTQA 2D0AA 3AVHA 3NGIA 3QNNA 4FJGA 2KZMA 3TAEA 4J2AA 1A5WA 3TABA 1JLCA 2HB5A 2Z1HA 3HP9A 3OJSA 4FXDA 1HYZA 3M8SA 4Y1DA 4IKFA 5E41A 1HNIA 2G8FA 2BDPA 3I0RA 1VSFA 3LP3A 3VN5A 3KLGA 3NGZA 4DSIA 4KKOA 4IFYA 5C24A 3HVRA 1TKZA 3NF6A 3P83D 4JS4A 1KRPA 5KGXA 3SUOA 1XHXA 4IBNA 1RT4A 3VQDA 2A1RA 3VA3A 1J9AA 3C95A 3HL8A 3LWMA 4CGGA 5SZTA 3NBPA 2RF2A 4GMJB 1XHZA 2QKKA 4IG3A 3RMCA 3CYMA 1RNHA 3C94A 4FJXA 1RT1A 1T05A 1TK0A 1IKYA 3AA4A 3VA0A 4DF4A 2G8UA 1FKPA 2DY4A 3HPOA 1UA0A 3VQEA 3RTVA 1VSKA 5HRPA 2RPIA 4KHSA 3K5MA 3DMJA 1DTQA 4NYFA 3TAMA 2X74A 4KPYA 2XY7A 3L3UA 1ZBHA 4CJLA 4CFDA 4Z4FA 3QEIA 2E4LA 5CY4A 4BE1A 2YNFA 4CEBA 2D5RA 4XIUA 1ASWA 1BCOA 4FJ9A 3SV3A 1ZBIA 1VRUA 5HRRA 1CZ9A 3WNGA 1TGOA 3PO4A 2G8VA 2F8SA 4O5BA 4I2PA 1VSDA 4ZHRA 5SWMA 4FJIA 4DG1A 1JLEA 5I42A 5FROA 1C0TA 4IG0A 4B9SA 2B5JA 3OY9A 3OYIA 5CZ2A 4CFAA 4BDZA 3DLBA 3EYZA 3PY8A 3H08A 4KHYA 1I3AA 5T7BA 4FLZA 3QEXA 3PX0A 4B08A 1NK4A 2HHWA 3DLEA 1RBTA 1NKEA 4CE9A 1BI4A 4RW4A 1ZBLA 1BIZA 3DOKA 1XC9A 1X9SA 4DSKA 2EHGA 3VQCA 1Z25A 3QEWA 3RWUA 4CHZA 2Z1JA 4KO0A 3T1AA 2XRIA 2FBXA 1TKXA 4K8ZA 4FJKA 1D5AA 1Y97A 2Q3SA 2ZE2A 3C6TA 3G10A 4DSFA 3QNOA 1NJWA 4C8MA 4DFPA 1HYSA 1C6VA 2O4IA 2Z1GA 3AVKA 3IS9A 5J1EA 3SJJA 4KHUA 4W5NA 3WNEA 4C8LA 4Z4HA 1DLOA 4CJRA 4CJTA 1BCMA 1FKOA 1BGXT 4O0IA 3SI6A 4HVJA 1JXEA 2DFFA 4CJUA 3M8RA 2VWJA 1JXBA 2LSNA 2QXFA 3VQQA 1T8EA 2D0CA 4FJHA 3DLGA 4KFBA 2JGUA 3HPGA 3SYZA 1GOBA 1TK8A 3V1RA 2JLEA 2HNZA 4N41A 4Z4GA 4DTSA 3AVMA 4LSLA 2E6LA 2IDOA 1VSIA 3JSMA 5HRNA 3LDSA 3NAEA 4FYDA 3CFRA 1X1PA 2FBTA 3AVIA 1B9FA 3O4QA 4UQGA 3ULDA 1NKCA 4E0DA 4DFKA 5HP1A 4WE1A 2OZSA 4RW7A 1BQNA 2ATQA 3AA3A 3HK2A 4L8RB 3MXJA 4CJSA 3ZSRA 4CFCA 3THVA 1IO2A 4ELUA 2HHVA 1RTIA 3AVCA 1J53A 4IFVA 4LD0A 3OYMA 1WSJA 2PYJA 4FZYA 1WLJA 4CGHA 4E7KA 3SUPA 1RDAA 2G8KA 2B6AA 4GW6A 4O44A 3ZSXA 5I3UA 3PV8A 1S1XA 2GBZA 3KIOA 2YNIA 2NUBA 4NCAA 3PX4A 4M3ZA 2BGGA 3CFOA 5JS1A 1S5JA 3LWLA 2DFHA 4W5QA 3HO1A 4OKJA 4CF1A 3F73A 1JLFA 1KVBA 3K58A 4CIEA 4J2EA 4BE2A 4CGIA 3SUQA 1NK5A 4EZ9A 3KLEA 1IG9A 3NHGA 4DTMA 1U45A 3T19A 4B9LA 2OPRA 1IKVA 2X78A 1WSHA 3FFIA 4Y1CA 3V4IA 4FJ5A 3VQ9A 3T3FA 3HJFA 3ZSWA 3SQ2A 3ISNC 3KKRA 4FW1A 4DTOA 4OKKA 4QOZB 3B6PA 1KFSA 3QESA 3L2RA 5HBMA 3M8QA 3K5NA 1TV6A 4C8KA 4BDYA 1EX4A 1WSEA 1Z26A 4B9NA 3VQ7A 2XY6A 3NH0A 1CXUA 4RW6A 1LW2A 2IC3A 4DTNA 1N6QA 1KLMA 1SL0A 1QE1A 4JRQA 1X9MA 3SPZA 3S3MA 4E7LA 2BANA 4DU4A 3QETA 4FZZA 2VWKA 3NFAA 1RBUA 1BL3A 3G0ZA 1QSLA 4BE0A 3OS1A 1WAJA 1R0AA 2FBYA 4AHRA 3S9HA 1T03A 2ITGA 4OKEA 4CESA 3JYTA 3U6FA 4B9MA 1WN7A 4CJWA 1QS4A 4KTQA 2B4JA 1NK8A 4FZXC 1NK7A 2D0BA 4I9LA 4EP4A 4KB1A 1HQUA 3LAMA 2HVIA 5JS2A 3QIOA 3L2VA 1TL3A 1JL2A 1YVUA 5FDLA 3OYBA 1C1CA 3LZIA 3MEDA 3L2UA 3V6DA 2HMIA 4AILC 4AHTA 4DQIA 2PYLA 1TAUA 2G8IA 4Z0UA 4KB0A 1U04A 3OYFA 2F8TA 1U4BA 4M42A 4PY5A 1LV5A 4HUGA 1F21A 4DQRA 4M3TA 3LANA 1LAVA 4FLTA 3ZSVA 1TKDA 3U3GA 4ID5A 4FLUA 1NJYA 2F96A 1L3TA 1YTUA 3NH1A 4CK2A 1TVRA 3P1GA 3S3OA 1HYVA 4CEDA 4G1QA 2HHUA 2WOMA 2IS3A 2DTUA 2Y1JA 4CHPA 1REVA 4CJKA 4DSLA 1U47A 1QTMA 1J5OA 4N76A 1JKHA 4H8KA 2HNYA 4H4MA 3IRXA 3LP2A 4NYNA 3TR8A 3V1QA 3HXMA 4BACA 4KHWA 2IGIA 2Y1IA 4FLVA 3D45A 4KI6A 4FVMA 3DRSA 1NJZA 3DLHA 2KQ2A 1XWLA 3LAKA 4CEAA 1C0MA 1RTJA 1S6PA 4CHNA 4F4KA 1EKEA 3AVLA 1QHTA 3V9WA 4B9UA 3KLFA 1W0HA 5K14A 5KI6A 3ITHA 3WNFA 1KLNA 4OGEA 3CFPA 4YNQA 3EY1A 3D0PA 1A5VA 1DTTA 1N5YA 1C1BA 4AHVA 2IOCA 4RG8A 3NDKA 4FJJA 3ZSQA 5CYMA 3ZCMA 2AJQA 4F3TA 4CERA 3AVGA 3OVNA 3C6UA 2VG5A 3AA5X 3TAQA 1GOCA 4DTUA 4HHTA 4CJFA 3UIQA 4CFBA 2P51A 4CHYA 4M3WA 3ZT1A 4BWMA 1A5XA 4CF9A 3NE6A 5FRMA 3HSTB 3VQ5A 4CGDA 1L3VA 3KD5E 4E7HA 4CJQA 4W5TA 3HVTA 2P5OA 1WNSA 3ZSYA 4CF8A 2OA8A 3PO5A 4CJ5A 2YV0X 4E19A 2HVHA 4CHQA 2XHBA 2HHQA 4F8RA 4E7JA 4DQSA 3VQAA 3E01A 3QIPA 3QINA 4BWJA 3VQPA 3ZSOA 3AA2A 3OS0A 3HM9A 4FLWA 1T7PA 1SL1A 4KREA 3KLIA 1HQEA 4FJLA 1RDDA 4OLBA 4FLXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LALA 4R5PA 2KW4A 4HUEA 3CCMN 1DKGD 2FBVA 4CCHA 3AVBA 1VQ4N 1V4TA 3WUHA 4EFHA 4LFCK 4YOWA 3AO5A 3QICA 3HOTA 3M8PA 4A62A 4LFAK 2R7YA 4FPBA 2O8EB 4DLGA 1W9HA 4X66K 1IKWA 3VEZA 5M1PA 3NVMA 4M3XA 1BIUA 4CJ3A 3MN9A 2AA4A 5FPEA 3DM2A 4FO0A 3I0SA 2KFNA 2E2PA 1HJRA 2XY5A 4FWNA 1FJGK 1S1UA 2FSNA 4FJ8A 3TANA 4M3RA 4EZ6A 1K6YA 4CECA 3H46O 3FZKA 5AQKA 5BPLA 2ITMA 3PUFA 1VRTA 1G99A 5MLCQ 1OH5A 2A3ZA 4BRPA 3ZEUB 4GVMA 3CHWA 3TSQA 1UOCA 4MFBA 1TAQA 2OCEA 2X6SA 3MX5A 4EHUA 1U6ZA 1EWRA 1NGGA 4L3QA 1RBSA 4CJPA 5J2QA 4M7XA 3DLKA 1SUQA 1JL1A 4FK0A 4YDUC 3E1YA 4K42A 3V81A 4BR9A 3OYCA 3MN6A 3TSUA 4F3OA 4DSEA 3DI6A 3HRGA 5AQRA 4AHUA 4LF9K 2QWQA 5H1SQ 4CZIA 1RBRA 5AQTA 1IV0A 2UXDK 3RR7A 3THWB 3U9DA 3LPUA 4JKEA 3KJVA 5EXWA 1YTAA 2QWRA 1HRHA 3ID8A 3VQ8A 1D9FA 1HNZK 4HCCA 1KSPA 4MO5A 4BR2A 1S72N 4QCLA 3UKUA 5C25A 2YJEA 5AQNA 3J7YP 1KAXA 1Q86O 5HLFA 3ZSZA 1ZBFA 2BUPA 3EZ5A 4ZTJA 4LF4K 4N56A 1GLAG 4JHDA 3V1OA 4K8XA 4Q5VA 4KTZA 3SMSA 3NH2A 3VENA 2VYPA 3MEGA 3F9KA 3V9SA 3TSPA 4KHQA 2QWLA 4ICLA 3WXIA 1JCGA 4FJ7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LAL A;  4R5P A;  2KW4 A;  4HUE A;  3CCM N;  1DKG D;  2FBV A;  4CCH A;  3AVB A;  1VQ4 N;  1V4T A;  3WUH A;  4EFH A;  4LFC K;  4YOW A;  3AO5 A;  3QIC A;  3HOT A;  3M8P A;  4A62 A;  4LFA K;  2R7Y A;  4FPB A;  2O8E B;  4DLG A;  1W9H A;  4X66 K;  1IKW A;  3VEZ A;  5M1P A;  3NVM A;  4M3X A;  1BIU A;  4CJ3 A;  3MN9 A;  2AA4 A;  5FPE A;  3DM2 A;  4FO0 A;  3I0S A;  2KFN A;  2E2P A;  1HJR A;  2XY5 A;  4FWN A;  1FJG K;  1S1U A;  2FSN A;  4FJ8 A;  3TAN A;  4M3R A;  4EZ6 A;  1K6Y A;  4CEC A;  3H46 O;  3FZK A;  5AQK A;  5BPL A;  2ITM A;  3PUF A;  1VRT A;  1G99 A;  5MLC Q;  1OH5 A;  2A3Z A;  4BRP A;  3ZEU B;  4GVM A;  3CHW A;  3TSQ A;  1UOC A;  4MFB A;  1TAQ A;  2OCE A;  2X6S A;  3MX5 A;  4EHU A;  1U6Z A;  1EWR A;  1NGG A;  4L3Q A;  1RBS A;  4CJP A;  5J2Q A;  4M7X A;  3DLK A;  1SUQ A;  1JL1 A;  4FK0 A;  4YDU C;  3E1Y A;  4K42 A;  3V81 A;  4BR9 A;  3OYC A;  3MN6 A;  3TSU A;  4F3O A;  4DSE A;  3DI6 A;  3HRG A;  5AQR A;  4AHU A;  4LF9 K;  2QWQ A;  5H1S Q;  4CZI A;  1RBR A;  5AQT A;  1IV0 A;  2UXD K;  3RR7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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