1VSMA

Asv integrase core domain in citrate buffer ph 5.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
total genus 52
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsmA00
4O4GA 4IFVA 4AHTA 3SQ0A 4CF8A 1XI1A 2PZSA 4F2RA 4RW6A 4N41A 3KK2A 3SV3A 3OS0A 1U45A 2B6AA 3NF6A 2GBZA 3M8PA 4CIGA 4HCBA 3NGYA 3P1GA 3M8RA 2A1SA 2X78A 5HRRA 3WNEA 3KIOA 1BI4A 2OPSA 3AO1A 5KGXA 3O3HA 3RR8A 4JRPA 1RCHA 4N5SA 3LAMA 4CECA 2ATQA 3E01A 4KFBA 1JLGA 4DMNA 4EP5A 1RBVA 3VQ6A 5J2QA 1WAFA 1QQCA 4DFPA 4IDKA 4E3SA 1LV5A 4CGDA 4CF1A 4CK1A 4FLUA 4DU4A 1JL2A 1RTHA 4HUGA 1NJXA 3UIQA 5CZ1A 5SWMA 3KLEA 3OYNA 4R5PA 3L2WA 4RW8A 1VSEA 1LW0A 2X6NA 1VK0A 3VQPA 1IO2A 4MQ3A 3SPYA 1WAJA 2DFFA 1KRPA 2E4LA 2XY8A 4CHQA 1ASUA 1NK8A 1T03A 1VSHA 3TR8A 1HQEA 1J9AA 3QEVA 3TI0A 4JRQA 4GMJB 2VG7A 4AHCA 4CFDA 1JLFA 4FM2A 2E6MA 4E7JA 1N5YA 4M3TA 1RILA 1WN7A 3QEPA 1TL1A 4KV8A 3OYFA 4DTPA 1KVCA 1WSHA 3O4QA 5T7BA 3AA2A 4FK2A 3MXJA 4OKJA 1KVAA 4IKFA 3HPOA 3QIOA 4AHUA 4C8KA 4OVLA 2HNYA 3KLGA 1C0TA 2G8KA 2Z1JA 3NE6A 1TK8A 2KQ2A 4CJPA 3VQEA 4LSNA 4FVMA 1B9DA 4OGEA 1NK0A 3LDSA 1EKEA 3L3VA 3SUQA 3DLRA 4E1NA 4DSFA 4DTXA 1VSDA 5KGWA 5C25A 3ZSRA 4K8XA 4DFMA 2YKMA 1Q9XA 1U4BA 4KREA 4CJTA 1NJZA 3PX0A 1BL3A 3S3OA 4KHWA 2OYQA 3DYAA 1KLMA 3VA0A 4F3TA 4NYNA 4Q5VA 4CEDA 1YVUA 3AO5A 4H8KA 3F9KA 4YFUA 3V1QA 2GUIA 2P5GA 3LALA 4DF4A 4CEAA 4UQGA 4B9TA 2HVIA 3HPHA 3KKRA 4F2SA 1K6YA 3TAQA 2P1JA 3G10A 3V9SA 2D0AA 3KLFA 1JLCA 1NKBA 4Z4IA 4CHPA 4G1QA 2XO7A 1J5OA 4B9NA 4QOZB 1TKZA 3ASMA 1NOZA 1JLQA 1SUQA 2EX3A 2HHXA 3ZSWA 3D0PA 4DQPA 3AVIA 3NFAA 4BDZA 3ZSYA 3AO3A 4DLEA 4FZXC 1C0MA 1RT5A 4AHSA 1WSJA 4E89A 4M42A 3MEDA 2X74A 2HVHA 2XY5A 4FJKA 3LP3A 1NK9A 1J53A 2VWJA 4B8CA 4CHOA 3NF7A 5E41A 4O0IA 1L3VA 2JGUA 2QKBA 3P5JA 2KFZA 4DU1A 1IG9A 2DFEA 2GV9A 3CFRA 2P5OA 2D0BA 3C6TA 3MEEA 3QEXA 5HRNA 2OPPA 2ZD1A 5HLFA 4BE2A 3TABA 1G15A 1UWBA 4FLTA 3DLHA 2B4JA 1EETA 2IS3A 4I2PA 3ALYA 4FK4A 1D8YA 1TAUA 4YNQA 4E0DA 1ZBUA 4AHVA 3TANA 3IS9A 4LY7A 1A5VA 2D0CA 3LWMA 1F21A 3NH1A 1C1AA 4CEQA 3HJFA 4RW9A 2HW3A 1VSKA 3VQCA 1C1BA 1CXQA 1U48A 2KZZA 5KRSA 3HVRA 1W0HA 3EZ5A 1DLOA 3HPGA 3NAEA 4EP4A 4DLGA 1NK4A 1RT6A 3RR7A 3DRPA 4CGJA 4DTOA 4B9LA 2Z1GA 4CEOA 4KHNA 4DF8A 3SI6A 1RT2A 4GW6A 4M45A 3TAMA 3DLBA 4B9SA 1ZBFA 2YNIA 1RBTA 2YNGA 3NBPA 4CGFA 1JLEA 4KHQA 4W5NA 3LANA 4CEFA 4KB0A 4DFKA 3HO1A 1EP4A 1WSIA 4FLVA 3QEWA 1TK0A 3KLIA 4FLZA 1RT7A 4E7HA 3I8DA 3PUFA 3HK2A 4IBNA 1RTDA 3C95A 2Q3SA 1IKWA 3QESA 1UA1A 1D9FA 4FW1A 1KFSA 1ZBLA 1WSGA 3V9ZA 4OJRA 3VQAA 3ZSQA 2HHQA 3LP2A 4PUOA 1REVA 4I9LA 3QETA 1S9GA 3B6PA 1U04A 2WOMA 1UOCA 2VG6A 3TWHA 3C94A 1KSPA 1BCMA 1KVBA 2VG5A 3OYJA 2BDPA 1RBSA 4CHNA 3K5OA 1Q9YA 1KLNA 4NCBA 3MECA 1Y97A 1NKEA 4FJGA 4J2BA 3THVA 3ITHA 3ZSOA 4CEEA 4HHTA 4FLYA 4E7LA 3NGIA 3HL8A 3V4IA 5JS1A 4CJUA 4O5BA 1IH7A 4FJIA 1WSEA 5FRMA 2BANA 4QAGA 5J2PA 3HYFA 2JLEA 3A2FA 3AVGA 3C6UA 1MU2A 1TV6A 3H08A 3F73A 3V6DA 2Z1HA 4ZTFA 2G8FA 1RDCA 3TARA 1S1WA 2KZMA 1HPZA 3HXMA 3SZ2A 1HNIA 4ZTJA 3CFOA 4IG0A 4CIFA 3OS1A 1S1VA 1VSIA 1YTAA 3OS2A 4DS5A 3V9WA 4O44A 1QSSA 3AVHA 4FJ7A 4PWDA 3JYTA 4BDPA 1Z26A 1S6PA 4C8MA 1NK6A 1NK7A 2ETJA 3TAFA 3VQ7A 3CM5A 4IG3A 1X1PA 3ZT0A 3VQBA 4ZHRA 3DI6A 1HRHA 1GOBA 4FJJA 4N76A 1BI4B 1WNSA 4HUFA 4Z4FA 2O4GA 3V1RA 2IOCA 3EY1A 1TGOA 3K2PA 4CEBA 4CK2A 2OPQA 4K8ZA 3HVTA 4LH5A 2YKNA 4OKKA 3NF8A 3ZT1A 3WNGA 4WE1A 1NK5A 3HT3A 3SQ4A 3VQQA 1X9SA 2KFNA 1RTJA 3QNOA 4C8OA 4FZYA 4H4OA 4E7IA 1B9FA 1HYZA 3AVLA 1JKHA 1T05A 3QNNA 1S1XA 1HMVA 3SQ1A 3ZT3A 2F8SA 3U3YA 3FFIA 3AVMA 3B6OA 4FZZA 4W5OA 1RT4A 3CQ8A 3SCXA 4C8NA 4FW2A 3IG1A 1KFDA 4CJSA 3L2QA 1I39A 3G0ZA 4CHYA 2Z1IA 1IKVA 3AA3A 2HNDA 1CZ9A 2XRIA 1Q8IA 1TKTA 1XC9A 3U6FA 3V9UA 3K58A 4CF0A 4FCYA 4CGHA 4OGCA 3TAGA 2DTUA 4KHUA 5CZ2A 1CLQA 3L2RA 1O1WA 5HROA 4B08A 4DSKA 2EHGA 3AO4A 1RDAA 4HTUA 2HHUA 4E1MA 2G8HA 4CIEA 1EX4A 4O0JA 1FK9A 3PX6A 4W5TA 4DTMA 1BISA 1CZBA 3IAYA 1Z25A 4CJEA 1TAQA 1NKCA 3QLHA 3O4NA 1JL1A 4NCGA 4FJMA 5HRPA 2R7YA 1ASWA 1S9EA 2NUBA 2DY4A 4Z4GA 1RNHA 2B5JA 4CFBA 3K57A 3OYLA 1QS4A 2Y1JA 4IFYA 3PX4A 3SPZA 2BE2A 2ZQBA 4ICLA 2PYJA 4KI4A 3VQDA 3ZT4A 2F96A 4CJFA 2DFHA 4Z4EA 4EZ9A 4Z4CA 1W9HA 5FRNA 3I0RA 4W5QA 4B8AB 1L3TA 3ZSZA 3DM2A 3HSTB 4EZ6A 2FBYA 2G8WA 2LSNA 1S5JA 3OY9A 1LW2A 3KLHA 1DTQA 2X6SA 2HMIA 4F8RA 4DTJA 1D5AA 3LPTA 3HP6A 4M3RA 1LWCA 4H4MA 5HP1A 2HB5A 3LPUA 3S3MA 4KHYA 4FLXA 4CK3A 3RRHA 1SV5A 2RPIA 4N56A 1GOCA 1A5WA 2AJQA 1QSLA 1FKOA 3I0SA 4BE1A 3RMAA 3L2VA 1SL1A 4CESA 4FJNA 3CYMA 1VSFA 2YV0X 2FBXA 1C6VA 1VSJA 4CERA 1TVRA 4DFJA 1SKWA 1S1TA 1HYSA 3AVNA 1NJWA 1S6QA 1VRTA 3S3NA 3AVKA 1ZYQA 3RWUA 3U3GA 5JS2A 2QKKA 4CHZA 4HCCA 1QHTA 1J54A 4LH4A 3QEIA 3CFPA 1ZBIA 4CJWA 3KK1A 4BWMA 1HJRA 4AH9A 4JS4A 4FJHA 3NHGA 5C42A 2OA8A 4KO0A 3SUOA 2BGGA 1ITGA 2G8UA 3AV9A 1TK5A 1L3SA 2E6LA 1TL3A 3K5LA 2ZE2A 4CJ4A 1T7PA 1BGXT 3NF9A 4JS5A 3L3UA 1YT3A 4OLBA 2VWKA 4HUEA 3VN5A 1SKSA 3OYEA 4GVMA 2IAJA 4CE9A 1BQNA 3KKSA 3KK3A 3EYZA 2G8VA 4FLWA 3O3FA 3PO5A 4I9QA 3OJSA 3LWLA 3RMBA 3MXIA 3NCIA 3MEGA 4KI6A 4M3UA 3L8BA 1ZBHA 2FC0A 4HVJA 5J2MA 2Y1IA 1L5UA 3PV8A 3LP0A 3DMJA 4DSLA 4KTQA 1LAWA 4B9UA 2KTQA 3VQ9A 1XHZA 4ELVA 3OYIA 4PA1A 2FBTA 4E7KA 3PY8A 2OPRA 3RTVA 4M3WA 1NOYA 1GOAA 3IRXA 3SUNA 3SUPA 4CCHA 1VRUA 3NGZA 3AVAA 2A1RA 3BDPA 4CF9A 5J1EA 4FXDA 4KB1A 4RG8A 5CYMA 3ZCMA 3TAPA 4PQUA 4O55A 4NCAA 4ELTA 1CXUA 1LWEA 2PYLA 1I3AA 3AA5X 2I5JA 1FXXA 4Z0UA 3O3GA 4FJ9A 3KD5E 3LP1A 3OVNA 4DWIA 3ZSXA 4CJQA 4M3ZA 4CJVA 4L8RB 1WLJA 2OZSA 2HHVA 1JXEA 1TKXA 2P51A 3DRRA 4Y1CA 1VSMA 4CFCA 3VQ4A 4DG1A 3KD1E 5KRTA 1BHLA 3HP9A 4KTWA 4AILC 4LD0A 3MAQA 3CM6A 3LZJA 1R0AA 2G8IA 4Z4HA 1C0UA 3OYMA 5I42A 3MXMA 3DLKA 2W42A 5D3GA 3WNFA 4DQSA 3LZIA 3T19A 3WNHA 1KCFA 1WSFA 5EU7A 3OYBA 1HNVA 5CYQA 2IDOA 3SYZA 4DQRA 3QERA 2WONA 1YTUA 3TAEA 3NH2A 1S1UA 3OJUA 3S9HA 4QCLA 4BE0A 1RDDA 3KJVA 4FJ8A 4J2AA 5J2NA 4DS4A 1LAVA 4ID1A 3DRSA 4JLHA 5KI6A 3NH0A 3SQ2A 2HHSA 5FDLA 1NJYA 4CF2A 3BGRA 2YNFA 2QXFA 3AVCA 3ISNC 4B9MA 1SKRA 3DOKA 1IKXA 1RTIA 3VA3A 4J2EA 4KHSA 4Y1DA 1EXQA 1RBRA 3D45A 3L2UA 3HM9A 4BDYA 1X9MA 2HHTA 3LAKA 1TKDA 5HRSA 3T1AA 4KKOA 5K14A 3DOLA 4TSXA 2F8TA 3AA4A 4DU3A 4CJ3A 3AO2A 1BIZA 4KTZA 2D5RA 2HNZA 2RKIA 1RT3A 4RW7A 4CGIA 4CGGA 4DSEA 2IGIA 4ID5A 1SL0A 1FKPA 3V81A 2OZMA 1BCOA 4FM0A 4B9VA 4FJ5A 4OKEA 1A5XA 1IKYA 5FROA 2ITGA 1N6QA 1DTTA 1RDBA 3OYDA 1VSLA 1T8EA 4NYFA 3SV4A 2RF2A 1U47A 3KTQA 3SJJA 4FK0A 4Q0BA 1JLAA 5CY4A 4CJ5A 4E19A 3V9XA 4FM1A 4ELUA 3ZSVA 4KAZA 2O4IA 2HHWA 4I7FA 1SL2A 2YHAA 3T3FA 3RMDA 4CJRA 2IC3A 1L3UA 4B3OA 2YNHA 3JSMA 2XY6A 2RN2A 4KRFA 4OPJA 4OPKA 1RBUA 4DTSA 3OYGA 4F3OA 4DTNA 4DQQA 1LWFA 3VQ5A 1U49A 1QE1A 1D9DA 4CFAA 3QIPA 5I3UA 3M8SA 4FYDA 3PO4A 3K5NA 3OYKA 3RMCA 3SNNA 4C8LA 1RT1A 3M8QA 3OYCA 4CJKA 1XWLA 4M41A 4FJLA 1XHXA 4CEZA 4DTRA 4BACA 4W5RA 5SZTA 3K59A 5DMRA 3AVBA 1X9WA 2XY7A 3QO9A 3NDKA 1B92A 1ASVA 3V1OA 3ULDA 4J2DA 5HBMA 4OLAA 5C24A 4DSIA 4RW4A 4F4KA 4LSLA 3OYAA 1QSYA 3CG7A 3K5MA 5DK5A 4XIUA 1QTMA 3AVFA 4DSJA 4M3XA 3QINA 4MFBA 3RRGA 1KTQA 4N47A 3AVJA 4KPYA 2QK9A 3DLEA 2PY5A 4CJLA 1BQMA 1BIUA 4AHRA 4BWJA 5KTQA 4DTUA 1HYVA 2YHBA 3DLGA 3VQ8A 1UA0A 2FBVA 2KW4A 4I2QA 1C1CA 4FJXA 4M3YA 3ZT2A 3OYHA 1JXBA 4PY5A 3P83D 1UAXA 1HQUA 2XHBA 4DQIA 1JLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1R59O 2PZSA 2FSKA 4BRCA 2VGNA 1NGCA 3OS0A 4CIGA 1RFQA 5A2QO 1TYQB 3P1GA 3CCUN 1IG8A 5GAEP 5JS1A 1BI4A 3RR8A 1NMDA 3OBYA 4NB4A 4PKGA 5EVZA 3LAMA 3Q7BA 5AQGA 4EP5A 1JLGA 4DMNA 1RBVA 1WAFA 4JI7K 3M3ZA 1LV5A 4CF1A 5JVGL 4DU4A 5I9EB 1RTHA 5CZ1A 5SWMA 4R5PA 3TU5A 4RW8A 3L2WA 1KRPA 1Z05A 2E4LA 2F9TA 4FSVA 1HNZK 3TR8A 1J9AA 3R1XA 4CFDA 4I6MB 4M3TA 3TTFA 3QEPA 4KV8A 3OYFA 4DTPA 4FK2A 3MCPA 4JI4K 3CCLN 3KLGA 4WQ4A 1Q82O 1B9DA 5AR0A 4AQYK 3L3VA 4MDAA 4DSFA 4X62K 1E4GT 1VSDA 2Q2RA 4BY9C 3GOIA 1Q9XA 4KHWA 3FGUA 3MN6A 1HKGA 1W7AA 1SAZA 2P9SB 1YVUA 2P5GA 4FWNA 4E1JA 4QS9A 3KHYA 3J80O 4CHPA 4G1QA 2E8AA 3D0PA 3NFAA 4YY3K 3AO3A 4FZXC 4M42A 3MEDA 1DGKN 2HVHA 3MK6A 3LP3A 1NK9A 1J53A 3NF7A 2P9LB 2JGUA 4DU1A 2GV9A 4DV1K 3G25A 3QEXA 1J6ZA 3M6GA 4BE2A 1G15A 3LDPA 1TAUA 5ADXH 4YOXA 2P9PB 1F21A 4B3RK 1C1AA 4CEQA 3HJFA 4YOTA 3O5BA 4IZ9A 2HW3A 1U48A 2KZZA 5C10A 4WQ5C 5KRSA 1NGEA 3HVRA 3ATUA 1K8KA 4BRHA 1HNWK 4B9LA 3DRPA 4YHHK 5LJWA 2UUBK 3MX5A 3M5RA 5LY3A 1C0GA 3C7NB 3CJCA 2IVPA 3BZCA 4B9SA 2YNIA 4KHQA 3LANA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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