1W2BM

Trigger factor ribosome binding domain in complex with 50s
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
source organism Escherichia coli
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1w2bM00
5HL7L 5JVGL 3CCRN 1YJWN 1VQ8N 3CCJN 1N8RO 5JVHL 3G4SN 1VQ6N 3CCQN 4IO9L 2OTLN 1VQON 1VQMN 1JJ2M 1M1KO 3CD6N 5GAEP 3CC4N 3OW2M 3I56N 1QVFM 3CCEN 2ZJQL 3G6EN 3PIPL 1W2BM 5DM7L 1M90O 3G71N 1S72N 3CMEN 4WCEL 4U67L 1KQSM 1VQ7N 1VQ9N 4WFAL 1YJNN 3I55N 5DM6L 1YI2N 2ZJRL 3CCSN 4WF9L 5MLCQ 5H1SQ 3CCUN 1YHQN 4WFNL 3CF5L 2QEXN 1YIJN 2OTJN 1VQ5N 1ILYA 1YITN 3DLLL 4IOAL 2QA4N 1OVYA 1K8AO 1VQPN 3J7ZO 4WFBL 4IOCL 2ZJPL 3CPWM 1Q7YO 1YJ9N 3CMAN 3CCMN 4UY8O 1VQ4N 1VQNN 3CCLN 1KD1O 1K9MO 1K73O 3CC2N 3CC7N 3CXCM 1Q86O 1NJIO 1QVGM 1Q81O 1KC8O 3PIOL 1VQLN 1Q82O 5GADP 1VQKN 3CCVN 5GAGP 5GAHP
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OKJA 1X9WA 2G8WA 1I39A 3AGKA 5AZIA 3OYBA 4B1WB 3VQCA 5SWMA 1S1XA 3H3NO 3DXMA 2A6AA 4JNEA 4M45A 4F2RA 2WTUA 3HP6A 2RN2A 3TABA 4LF6K 1IO2A 2FBVA 3O3FA 1X9JA 1VQ6N 3SQ0A 1NJYA 3OYGA 3HXMA 3B6OA 1TYQB 4JN4A 4FLXA 1XI1A 3ENOA 4ISFA 1HX1A 3NF9A 3WXKA 3N4PA 4KH5A 5ADXA 1P8ZA 4ILGB 2OANA 5F2RA 3DM2A 1CZAN 4HTUA 4DU4A 3MDQA 2Q1NA 3MXMA 4E3SA 4WYBA 5DM7L 4YOYA 3CM6A 4BRDA 3C6UA 3WEEA 4W5TA 3U6FA 4KHSA 3OYEA 2XY6A 3BDPA 4F2SA 3ZT1A 1EXQA 3L2UA 5AQWA 1YI2N 3I0SA 3MX2A 3EKUA 5MLCQ 4DTXA 1X1PA 4KAZA 4OPAA 2AJQA 1HJRA 3OYMA 3OS1A 1UA1A 2O8FA 1IKVA 2D4WA 3LPUA 1KFDA 4LFAK 3VEXA 4AH9A 3HO1A 3K59A 4CZIA 1JLQA 1EQYA 2VG7A 4RTFD 1IKYA 2IVOA 5JLHA 1TKXA 3DWLA 4NLCA 3MXIA 4HUFA 2NUBA 5AFUA 3NF6A 1ZBFA 3HPGA 2VGMA 1XHXA 1YAGA 4DG1A 2ZE2A 3U4LA 3D7EO 2YJFA 4JKAA 3O4NA 2V7ZA 3H6EA 3ZSVA 5I9EB 4FLTA 4AQYK 2A42A 3J7AP 4KHWA 4JK8A 4F3OA 3O6WA 3O9TA 2W40A 2PZSA 1KD1O 1RDCA 3RSEA 3KVGA 3LAMA 4M3RA 4DTOA 4R79A 3SPZA 3VENA 3O5BA 1E4GT 1YTUA 4JD2A 1BISA 1VQLN 5F0XA 2O8DA 5GADP 4Y1DA 1E3MA 4N47A 3HTVA 1VSKA 3CCRN 2IGIA 3IKMA 4X65K 5C0YA 1KFSA 4O0IA 3SMPA 1RBRA 1LW0A 4CZHA 3EE9A 3I33A 1NK9A 1S1TA 4CJPA 1I94K 2IC3A 3U9DA 4N41A 4H0XB 2P1JA 2P9IB 2W41A 3VQ5A 4KTZA 3T1HK 3KLFA 2VQEK 1FKPA 3ZX0A 1L3UA 4EP4A 5D3GA 3QO9A 3CC4N 4BC2A 1SL1A 2YHBA 2DY4A 1ZBUA 3VESA 3JSMA 2Z1HA 2QTDA 4Z4EA 4CFBA 1ATNA 3NDKA 1BWFO 3E66A 3HVRA 3V9ZA 2QW9A 1KQSM 3AO4A 4CJWA 4CEEA 3AGRA 1C1BA 3NE6A 4AHVA 1QS4A 4KH6A 3TARA 5C2DA 2FXUA 4EHTA 3I8DA 2G8FA 4BR9A 4YORA 3CF5L 2UUCK 1FJGK 3A5LC 3K58A 1Q9YA 2OTJN 3D2FA 2W6LA 3BF1A 1VQ5N 1RDDA 2VWBA 3SJHA 1Z6RA 3KLHA 4Z94A 3CFPA 2YKMA 3MK6A 3FZLA 3R6MA 4KFBA 3T69A 1KLNA 4OO1J 3E01A 3ZSXA 1L3SA 3PX0A 2UUBK 3NMUA 3BEXA 3G25A 5AQLA 3O9RA 4Z4IA 5EXWA 3OYLA 2E2QA 4DV4K 5C25A 2PYLA 3HL8A 2P9KB 1K6YA 3LWLA 3L2RA 3MCAB 1EO1A 1DT9A 1GLFO 1KC8O 4DV5K 5C15A 3AVFA 4PHTX 1W0HA 3WQUA 2HHXA 4LFCK 5KPZA 3THWB 2Q2RA 1HUXA 3QIPA 4BE0A 4A5BA 4H5NA 3ZETB 1VSIA 5IWAK 1BUPA 3LP2A 3CJCA 3MEDA 4I2PA 2KW4A 3BUZB 5JVHL 1IH7A 3BGRA 3C95A 3M1FA 3KHYA 4MQ3A 5HOOA 1YTAA 1WSFA 1JLEA 1RDWX 5C42A 3IDHA 4FCYA 3VGMA 4B9UA 1G15A 3SI6A 4RWTA 2G8VA 4CJUA 5I42A 4HUGA 2AP1A 1OVQA 1C6VA 3MN7A 3TI0A 1QHTA 3ZT2A 3AVNA 2IS3A 3W3DA 4QCLA 4M7XA 3AA3A 1C0UA 1BL3A 2G8UA 2FSNA 4HCBA 4C1NK 4DR1K 3LP3A 2OCEA 5IT9O 3ULEB 2IDOA 1HR0K 4DV2K 5ADXH 3DMJA 4JK7A 1Z26A 4CF0A 2RPIA 1NJXA 5AZJA 1SAZA 4MO4A 1X3NA 2GBZA 4DSLA 2QWRA 4AHUA 4DTRA 2HHTA 3Q7BA 2HB5A 3LPTA 3OYFA 3VEOA 4IKFA 4IFEA 4BR7A 4BVOA 3THXA 3AVGA 3N4QA 4DCHA 1EETA 2HBJA 1T6DA 4CF1A 4DR3K 5FPEA 4PL7A 4JYAK 2EWSA 4UY8O 4W5OA 1YF5L 1IG9A 3VTIA 3AVBA 1NJZA 3WUHA 1BDGA 1BCMA 1ITGA 1S6PA 3OS0A 4FK2A 4K25A 1NK4A 1XNRK 1WAFA 2HOEA 2PBDA 3V1QA 2R7YA 4IXCA 4E1NA 4DF8A 1WBBA 5HL7L 1C0FA 1RDBA 1VSEA 4CESA 4AM6A 2JLEA 2E1ZA 3U3GA 5BREA 1RCHA 1N8RO 4I2QA 1UOCA 4F9OA 3M3ZA 4CIFA 4Y1CA 1LAVA 3CJAA 2E6LA 1V4SA 3SCXA 2OTLN 4FO0A 1Q18A 1KSPA 4JHDB 4ZHRA 3QIOA 4YOXA 1NWKA 1GLCG 2ASPA 3THYA 3NF7A 1KVAA 4A61A 2FBXA 4DFJA 2ZJQL 1S1WA 1IBLK 1HNWK 1W2BM 2XY5A 3O1WA 2E6MA 5CY4A 1S3XA 2YHXA 4I9LA 3TSUA 3CMEN 4CJ7A 1VQ7N 3LDOA 4DV3K 2A1RA 2X74A 2GX9A 4IDHA 3EEQA 4X62K 3EKSA 3QEIA 1L5UA 1X9SA 3A5OC 4BQLA 1YT3A 4Z4CA 4FLZA 3ITHA 3M8QA 2IIRA 3HBTA 3L3VA 1RBTA 4CD1A 4FM2A 3C7NA 3FZKA 2QA4N 2D0CA 4WQ5A 4A2AA 3TR8A 2G8HA 3KD1E 4MLHA 1FK9A 4OKEA 4BRIA 1U2VA 1Y64A 4WFBL 4CIEA 3E9LA 3AAPA 1EWQA 2B5JA 1VK0A 1IJJA 2I7NA 3SK3A 3VEZA 3ATUA 3H3OB 1YJ9N 2JWKA 1XNQK 4AHTA 2JGUA 4IBNA 1TKZA 2Q31A 1NKCA 3CC7N 2YI1A 2F8SA 4K41A 3OYKA 3TAMA 2HMPA 1C0TA 4NCBA 4GV3A 4HWIA 4F4KA 1Q82O 3V6DA 4KHNA 5AQOA 1XUPO 4LD0A 2UXDK 5E41A 1TAUA 2GUPA 4FWNA 3KK3A 3VPZA 1YJWN 3IRXA 3JS6A 3QINA 3SBGA 1XQSC 2I7PA 4KI6A 4FJ8A 2D5RA 3RMCA 2HHVA 4W5RA 3O3HA 5EU7A 4FJMA 3TANA 1SS6A 4GMJB 4H5RA 4GW6A 1VQMN 4ID1A 4BRAA 4CJRA 4K8ZA 3UB5A 5GIPA 4ELUA 3E9OA 4OKKA 3CD6N 4YDUA 2O8EB 1LWFA 3VQQA 4BR4A 4CFCA 2E2PA 4CK3A 3F73A 2P9LA 4O44A 1HNIA 4U7BA 1BI4A 4ZTJA 3HRGA 2UU9K 3AVHA 4CJLA 1XC9A 5CHIA 1NGBA 4K42A 1NGIA 3PX4A 4E7LA 1X9MA 2ZGZA 3WNFA 4BRHA 3VTHA 3AARA 3O1BA 3O80A 4W5NA 5M1NA 3J80O 3CYMA 1QZ5A 1T05A 3K9JA 3HOTA 1LW2A 3KD5E 3OA9A 2OZMA 4KKOA 4M3WA 4O8UA 1TKTA 5T7BA 3EZ5A 4OJRA 1YITN 4IOAL 2NZTA 4H5TA 4BC4A 1CLQA 5FPDA 2E20A 5B8HA 4Z4GA 1KAZA 2GELA 3ATVA 3ZX2A 4CJ3A 2ZJPL 5M1FA 1T44A 4C8MA 5DMRA 3VERA 3LANA 2BTFA 3TSQA 3ULDA 3ZLJA 2QWNA 3L2WA 3TAGA 3MECA 4B8CA 4BREA 2YNIA 3K5NA 2P9UA 3K9KA 4CK2A 4X66K 2HW3A 4E7IA 3SPYA 1BIUA 4YY3K 1ZXOA 1Q81O 5TKYA 1YUWA 2DPNA 2P51A 4O0JA 5AQQA 3JXUA 3O4QA 1NGAA 2PFUA 3OS2A 4DV6K 4E7KA 5J2MA 3C6HA 4DUZK 1NBWA 5TKWA 4B3RK 1NK0A 1WSGA 2VYPA 4KREA 3AVKA 4DLEA 3VF4A 1WLJA 1RFQA 4BRKA 4FVUA 2X78A 3D6RA 2Z1JA 4DB3A 2E5LK 4KHYA 3ENHA 1JLBA 3FFIA 2UXBK 4RW8A 4KBOA 3M8SA 4FZXC 3QLHA 3CG7A 1RDAA 3SQ1A 4EZ6A 3AY9A 3P1GA 4DTPA 3QEVA 2YNGA 1BIZA 4IFVA 4KTWA 1WN7A 4FJIA 3QESA 4B3TK 4CEQA 4IJNA 3ZYYX 5AQSA 4EZ9A 2GV9A 3MEGA 1UAXA 1WSHA 1BA0A 4CJFA 3CERA 4BC3A 1NM1A 4CJ4A 1FKOA 2A3ZA 1WBDA 2O8CB 4DU1A 1ATRA 3L2VA 1M90O 1BQNA 4B9QA 4WQ5C 4E1MA 1MA9B 3TSPA 3QMLA 4EP5A 1ASVA 4DFKA 3PY8A 4FW1A 4BRCA 2JWLA 2O8BB 3G10A 3EZWA 4CVNE 3WNEA 1ZBHA 3P39A 1YVUA 4YOTA 1MU2A 4KB0A 4LH5A 4CGJA 1KVBA 5AQMA 4CHZA 3F5TA 3CI5A 1T3VA 3D2EB 2DFEA 2NRXA 2P9PB 3TPQA 4BWMA 4FJHA 2FLOA 4BVPA 1HRHA 3WQTA 1BHLA 4BRGA 2YJEA 4H8KA 3UKUA 3TWHA 2YHYA 1ATSA 1OVYA 1L3TA 4G9ZA 3UKRA 4E89A 1H1VA 2YNHA 1S1UA 4BGBA 4CJSA 2KHOA 3J7ZO 3KTQA 3OYAA 2F4VK 3AA5X 1EX4A 1O13A 3ZEUB 1TL3A 1OH6A 5AQPA 3L4IA 3SAFA 4CZKA 4PKGA 4JS4A 4AF1A 1P90A 1JLCA 3K57A 4DR4K 4QAGA 4J8FA 2CGJA 3QNNA 2OA8A 4I6MA 3PV8A 5AJ3K 2A5XA 2GUIA 1S5JA 3PIOL 5C12A 2KKZA 1XHZA 5GAGP 1RTHA 4BG8A 3FGUA 2FF3B 4YDUC 3NAEA 4JKHA 3ZSQA 4DTMA 4NLBA 3L6QA 3KJVA 3S3MA 1S22A 2YNFA 4JI3K 3V1OA 4B9NA 1ZYQA 5M1KA 2OYQA 4PQUA 3A5MC 3D45A 2DTUA 1RBSA 4H4OA 1VQON 4ELTA 4BE2A 1KAYA 1NGFA 2P9SB 5E26A 1K8KA 3HT3A 4RCHA 1ZC6A 5HLFA 4DSJA 3SNNA 2QM1A 3OY9A 2KZMA 2ASOA 3I56N 3U9ZA 1KTQA 1HNXK 3MCPA 4GNIA 1U04A 3DXKA 4FPAA 4A5AA 4BQZA 3AVIA 2DFFA 2FBTA 4WFAL 5KGXA 1N36K 4B1UB 3VEVA 2PYJA 1TK8A 4NYNA 5BRHA 4HCCA 4KRFA 1VAZA 4FK4A 4DQQA 2HHWA 4LSNA 4N56A 4LH4A 1ZBLA 1Z05A 1UA0A 3IUCA 2D0AA 2W42A 1C1CA 2V7YA 5JS1A 2HHUA 5HRRA 3C6AA 1VRTA 5BN8A 1W7AA 1VSJA 3O3GA 3VQDA 3HI0A 4O5FA 5AQTA 3T19A 4JKBA 3OBWA 1WOQA 4H03B 5C24A 4H4MA 1HNZK 1ZBSA 3H1VX 1J53A 4E7HA 3RVCA 3F2KA 3K2PA 3VQAA 3OYDA 1Q86O 2ATQA 2BDPA 1RT7A 1U49A 3PX6A 1YVNA 3HJFA 2CH6A 3VETA 1IG8A 2BUPA 2D1KA 3LZJA 3LALA 4B8AB 4MDAA 3W0LA 2IVPA 1N5YA 4FJLA 2NRTA 4KHPK 4M3XA 5GAHP 5CE3A 3C0BA 3EE8A 1QZ6A 2BANA 1WB9A 1QHAA 1QQNA 3VGLA 5KPTA 2KTQA 4JRQA 3PUFA 2B4JA 1XMOK 1S6QA 1RT3A 3BF3A 5C10A 1XC3A 3A5NC 1DTTA 4CHOA 1RTIA 4LC9B 1D9DA 3QDKA 3KK7A 3GOIA 3VQBA 1SKWA 4KV8A 1OH7A 1JJ2M 4OPKA 3VQ7A 2NRVA 2HVHA 4GVMA 2YHAA 4XIUA 5KGWA 4DV1K 3VQEA 4YNQA 2IOCA 2ZF5O 1JCEA 3G6EN 3LM9A 2Q0RA 3H46O 4CEBA 4JK9A 4E1JA 5LY3A 1A5WA 3ZSYA 4BR5A 3TAPA 3FE1A 3H08A 2A41A 3AVCA 5AZIB 4BG9A 1YJNN 2XY8A 5AQVA 4BE1A 4NXMK 4XH5A 3WXMB 3DXMB 2OPPA 3S41A 3T1AA 1JLFA 3AO3A 4CF8A 3T7ZA 4GKJK 1NLVA 2F9WA 2F8TA 4OGCA 4WQ4C 1JLAA 4DFPA 3T1YK 4FK0A 3DLRA 5CYMA 5A2QO 4JI5K 4B9TA 5KQ8A 1IV0A 2FF6A 2ZGYA 1TGOA 2BGGA 4JKGB 3WEEB 3ALYA 4DR2K 1UWBA 3CJBA 1O1WA 5AQJA 2V52B 3HYFA 4CZJA 5FRNA 4BWJA 3WXJA 3EYZA 1EP4A 2YHWA 5AQZA 5FPNA 1CXQA 4MO5A 1DLOA 3U3YA 3MWTA 2NNWA 2O8FB 2ZD1A 4OLBA 2RHKA 4JI7K 2QKKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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