1W2BM

Trigger factor ribosome binding domain in complex with 50s
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RRNA
molecule tags Ribosome
source organism Escherichia coli
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1w2bM00
1JJ2M 3CMEN 1VQNN 1OVYA 1W2BM 2ZJPL 1QVFM 4IOCL 3CXCM 4IOAL 2ZJQL 1YJNN 5DM7L 3J7ZO 3DLLL 3CCSN 1QVGM 2OTJN 3G71N 4WFNL 4U67L 3CCQN 1YITN 4UY8O 3G6EN 1N8RO 4IO9L 3CCEN 1Q81O 3PIOL 4WCEL 5GAEP 5GAGP 1Q86O 3I55N 5GADP 1K8AO 1ILYA 1M90O 3CC7N 3CCMN 4WF9L 1YIJN 5GAHP 1VQLN 5HL7L 4WFBL 3CF5L 4WFAL 3CC2N 5JVHL 1M1KO 1VQKN 3CCUN 3CCVN 3CC4N 1YHQN 1VQ9N 5H1SQ 5DM6L 1KQSM 2QA4N 1K9MO 5MLCQ 3CPWM 1YJ9N 1VQON 1Q82O 1YI2N 2OTLN 3CD6N 3PIPL 1Q7YO 2ZJRL 1VQ5N 5JVGL 1VQ6N 1K73O 1VQ4N 1KD1O 2QEXN 1S72N 3I56N 1NJIO 3OW2M 1YJWN 1KC8O 1VQ7N 1VQMN 3CCJN 3CCRN 3CCLN 3CMAN 1VQ8N 1VQPN 3G4SN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DYAA 1N36K 3C65A 2F8SA 4I9LA 1C1BA 5IT9O 2E4LA 2ZJPL 3TAPA 3CXCM 2ZWHA 4IOAL 4YOUA 1GLDG 4BQZA 1ASUA 4BRAA 2RE2A 2P9PB 4H5VA 1QS4A 4HUGA 4C8KA 4KH4A 5C25A 3AO5A 1QE1A 2YNGA 3H3NO 2XO7A 4B9QA 3KZBA 3QBWA 1CXQA 2QW9A 3VQ8A 4CFAA 5F0XA 3OYHA 5JS1A 1FKPA 2YCHA 1ATSA 2P5GA 2D0CA 3OBYA 4Z0UA 2HHTA 4B9VA 1DLOA 5IWAK 1NK6A 2BANA 3AVFA 3ATVA 4FWOA 3A2FA 4CESA 5SWMA 3AVBA 3RSEA 5BR8K 4ILGB 4EHTA 2NRXA 2O4GA 2W6LA 2QWLA 1C1CA 4JAXA 3DXMA 2UYTA 4N41A 3SQ0A 4YOWA 3CHWA 4CCHA 2VWJA 3BP8A 4KTQA 3L8BA 1NK9A 4BRGA 1LAVA 1X9JA 3VOVA 1DTTA 3NHGA 3VF2A 1NOZA 4BRIA 4DV4K 1JKHA 1Y64A 4DQIA 1KAZA 3VF6A 3B6OA 2KKZA 3AAPA 1WN7A 2O8BB 4CZFA 1N34K 4KTWA 1SKSA 5AQNA 3HM8A 4AHUA 4JNEA 3VENA 4CEEA 4B1XB 5HOOA 1Q7YO 2ZD1A 4BACA 4JKHA 5C10A 1NGFA 3LP3A 3HXMA 4FW2A 4LSNA 4J2DA 4AF1A 5I9EB 3C6TA 2G8HA 3I56N 2ZGZA 1YT3A 4LFCK 2QXLA 3HI0A 4KI6A 1J6ZA 3IUCA 3S3OA 1S9GA 2X74A 3KJVA 4E3SA 3THXA 2V7YA 4I6MB 4MO4A 3T69A 2D1KA 3MWPA 5HROA 4V19S 3E66A 4DU1A 4R79A 1OVYA 3ZT1A 2W42A 3U3GA 3UKRA 2NRWA 1RBRA 3NH1A 1LAWA 2DFEA 1K8KB 3LL3A 3HO1A 3D2FB 3HT3A 4BRMA 3SQ4A 4DV2K 3QEIA 3QINA 1X9WA 4YORA 4PL8A 4CJEA 5JS2A 3G71N 1RDCA 4WFNL 2YHBA 4DSKA 3K9JA 3EKSA 3WEEB 3JSMA 3KTQA 3MEEA 2HVHA 4CF9A 1WBDA 3RVCA 3A0IX 3AGRA 5KRSA 3MXMA 3BF1A 4ID5A 3NGZA 2O8BA 3ZETB 3ZSZA 4K25A 3MECA 4LH5A 1TL3A 3OA9A 4U7BA 2RKIA 2Z1JA 3CJ1A 2HBJA 2A6AA 1BUPA 3CFPA 4KHSA 4BRNA 4DB3A 3G0ZA 3HZ6A 3SUOA 1GLAG 4LF7K 1RT2A 3JXUA 3OYEA 4R5PA 1WUAA 2J4RA 3WNGA 1K6YA 4JK9A 4H0OA 4F8RA 3VESA 3KVGA 5E41A 3KHYA 4PHTX 4CEOA 3KLHA 3CJBA 4CJPA 2QA4N 4HTLA 1L3SA 3L2VA 1R0AA 4IKFA 2F4VK 2PBDA 1HUXA 1WSJA 1OH8A 4B08A 4KBOA 4CGIA 1WAFA 4PA1A 1E4GT 1IO2A 1VQ6N 4F2RA 3FLCO 4DTUA 2ETJA 3WEEA 3TANA 2I7NA 1NJIO 1BCMA 4ELTA 2UUBK 3OS0A 2WFBA 1BWFO 3LAMA 1VSMA 4I2PA 3DLEA 1KTQA 3R1XA 4GY2B 3V9UA 4AHSA 4J2AA 2YHYA 3HSCA 1A5VA 3JS6A 4DV7K 5HRRA 4M3WA 1KAYA 4DG1A 3HVRA 4FW1A 4GW6A 4X65K 3D2EB 4H4OA 4E1MA 4DR4K 1EX4A 5LMUK 2JWLA 3O4WA 5K14A 2UUAK 2WUSA 4N47A 1SAZA 3O5BA 4BVPA 4B3MK 4B8CA 5HLFA 1NGIA 4A61A 3O4QA 4DMNA 1NJWA 2HSTA 5HP1A 3J81O 3QEWA 2ATQA 4AILC 3VQBA 3LPTA 3CETA 4CZLA 2YKNA 3NGYA 4QAGA 1NK4A 4CK1A 4MDBA 2G8KA 4N5SA 3WUHA 3RWUA 3DJCA 3GE1A 2XHBA 5BREA 4DFPA 2O8FA 4CEBA 3W3DA 3R8EA 3KLIA 4OPKA 4DSJA 4M3RA 4B3RK 3ULEB 1D9FA 4FJ5A 3SMSA 3UE5A 3BGRA 4A62A 2EX3A 1RGIA 4FVMA 4DQQA 3S9HA 4CFDA 1S1VA 3OYFA 4OLBA 2KFZA 4M42A 1JLBA 2GTDA 2P9LB 2A40A 2R7YA 3VQEA 3I0SA 4HWIA 1NK8A 3K5OA 4CI6A 2ITGA 3LANA 4CD1A 4BG9A 1QQOA 3QICA 3WNFA 1HR0K 2AP1A 3H1VX 5GIOA 1RBUA 3ZEUB 1XC9A 1VQ7N 3VETA 1VQMN 4B9NA 3ISNC 3ENBA 5GINA 1VRUA 4DV5K 4CZGA 3G4SN 4DFKA 2IIRA 4CGFA 4HVJA 1RCHA 4ZTFA 4LC9B 4DR5K 3AVHA 4EAHD 2FBYA 4KB0A 3RRHA 2RN2A 4FM1A 1W7AA 4EP5A 2GUIA 3QIPA 2VG5A 4BR5A 4ZTJA 4J2EA 2GEMA 3CCSN 4F2SA 4M45A 1DKGD 2Q31A 3DM2A 3V1OA 3QESA 3QBXA 4XH5A 1X3MA 3TTFA 1HX1A 4BDZA 4IXCA 5FPNA 1HYZA 5KRTA 4CBXA 5LJWA 4H4MA 2XY5A 3ZX3A 3LDQA 4FJ9A 3KK1A 3LAKA 4BRQA 4KHYA 2V52B 4B1VA 2P9LA 3CCEN 2HHUA 2ASMA 2D0AA 3H6EA 5GAEP 3S3NA 3D45A 1ZXOA 2YNIA 5DK5A 5EXWA 1MWKA 2E8AA 1G99A 4AHVA 3D7EO 3ZSXA 3LDOA 3V1QA 3VTIA 1A5XA 1IV0A 3RMBA 3BY5A 3K5NA 5HL7L 1EP4A 5AZIB 3KK2A 4JRQA 4LSLA 4C1NK 3WXLA 4O4GA 2ASPA 5AQGA 1NMNA 4IEEA 3EN9A 3KWGA 2VQEK 3V6DA 3OYNA 4FWSA 3SPYA 2OANA 1RTHA 3P4IA 4BE0A 3KKSA 1V4TA 1JXBA 1XMOK 4E1JA 1YVNA 4FCYA 1WSGA 4RW8A 2P9SB 1KXPA 4JI1K 3GDQA 1U47A 3F5TA 2YKMA 3CPWM 3CJAA 3I8BA 3R6MA 1TUYA 1VSFA 2BTFA 2KZZA 3QFPA 3ENHA 2FBXA 3EE8A 5JVGL 4GVEA 3T7ZA 4BC3A 1CZ9A 3HPGA 3IKMA 1KD1O 2HHVA 3HBTA 1ZYQA 1QSLA 4L8RB 4RTFD 4FWQA 2OPQA 2Z1IA 3TAMA 1DEJA 2IOCA 3CJ9A 4H5NA 2P9IB 3A5LC 3UKUA 2H3GX 4ISGA 4C8OA 4CERA 5CYMA 4DLEA 2ZJQL 2WONA 1GOAA 2Q1NA 5HRSA 5F1XA 2YI1A 1QVGM 1E3MA 3FZMA 4OO1J 3LWLA 3ZCMA 4OKKA 3FZFA 3KLGA 1W0HA 4WQ4C 4U67L 3QB0A 5A2QO 2E6MA 4KPYA 5LJVA 3G6EN 3DWLA 1N8RO 4E7KA 4IO8A 2P9SA 5E84A 1Q81O 1XHZA 3AO3A 3JYTA 5B8HA 1BIUA 1B9FA 4NO7A 4CEQA 2P9UB 3CYMA 5BRHA 4BWJA 3V9ZA 3O6WA 3PUFA 4CHOA 4YOYA 5KPTA 1N5YA 4IDKA 1BISA 1S1TA 2W41A 2QWQA 5LY3A 4FLWA 3CC2N 4PY5A 3J7YP 1S6PA 3ZT4A 3H3OB 4K42A 4GV9A 1X9MA 4FLTA 1C0MA 2ZE2A 3SYZA 3AA5X 3AVNA 1JXEA 3TAQA 4ELVA 2E20A 3TPQA 3SZ2A 2GELA 4N56A 1UWBA 3LP1A 4KHUA 2OPPA 1RDAA 4M3UA 3CD6N 3SI6A 3NDKA 4KREA 3PSFA 3TI0A 2XRIA 3DLRA 1B9DA 3BEXA 2QEXN 3VGLA 3VQCA 4M63C 1ATNA 1ZBIA 4B1UB 3HVTA 1MDUB 5GIPA 1WNSA 3RTVA 4KHNA 1EXQA 1C1AA 4ZHRA 4CGDA 2VWBA 4DV0K 2IVOA 1S6QA 2YNHA 5KI6A 2WBNA 1RT4A 4BREA 1RT3A 1BL3A 5JICA 3U8XA 4E7IA 3LP0A 1NGDA 5DM7L 3NGIA 4IWVA 3KLFA 5CY4A 1J5OA 3MN7A 4IFYA 4TSXA 1TV6A 3F2KA 4OVLA 3JAMO 3TARA 4HUEA 3SJJA 3QEXA 2E2NA 4O8UA 4KV8A 3NMUA 3N4QA 3MCPA 3HTVA 3THWB 4BRFA 3SMPA 1NBWA 1TKZA 4UQGA 4DQ8A 2QI2A 3P1GA 3L3UA 4JKDA 1HPZA 3M3ZA 2F9TA 4B3SK 4DTOA 5EX5A 2CH5A 2WC9A 3SV3A 3AVIA 4DU3A 3QFUA 3NBPA 1K8AO 3K2PA 3SNNA 1NKEA 4I2QA 3HRGA 3QDKA 4QCLA 4PKHA 1OH7A 4DTXA 1U4BA 1VQLN 4OGEA 4GV6A 3FE1A 1CXUA 5BPNA 4ELUA 1BQMA 4FLZA 5T7BA 4CJLA 2E6LA 4DQSA 4DTSA 2RPIA 3A8YA 1T03A 4FLVA 2F8TA 1NG9A 4CBUA 4CF1A 4GKKK 3TSPA 1NJZA 1VQ9N 5DM6L 3ZYYX 5AQVA 2VG7A 2YHWA 3SBGA 3DLKA 1YJ9N 1Q82O 1W9HA 3EZ5A 3VQ4A 3VMFB 3Q7CA 2YNFA 4B9LA 4CJKA 2A42A 2PAVA 3MX2A 3T19A 1HPMA 1ZC6A 4CBWA 4CIGA 4IZ9A 3LDPA 1LCUA 2IVNA 4IJNA 3QNOA 4H5WA 1IBMK 4GKJK 1UAXA 4WQ5C 4Z4HA 3ZSRA 4FPAA 1C0TA 3CPEA 3GBTA 4CEZA 3E9PA 2P9PA 4DFJA 2G8VA 1VSJA 3TTDA 3HPHA 1OKJA 3RRGA 1TK5A 2ZM6K 4QS8A 4GNIA 5AQKA 1U45A 5C0YA 1S1WA 3VTHA 3ZX0A 3DRSA 3DMJA 3G25A 3QNNA 3HK2A 3P5JA 4KH5A 3J7AP 5J1EA 1Q9YA 4BQLA 3MCAB 4KI4A 3AV9A 4YOTA 2E1ZA 3W0LA 3WQUA 3ALYA 3AARA 5JLFA 5C15A 2O8DB 4NB4A 3HM9A 1ASWA 4C23A 1T8EA 3THYB 3CG7A 1HQUA 1YTAA 3LDNA 2D0PA 4Z4IA 2A1RA 1ILYA 4KTZA 2BDPA 5FLXO 2CH6A 3KKRA 3P31A 1NOYA 1H1VA 5AQWA 3IDHA 1HNXK 4WF9L 4XH4A 3MEDA 1VRTA 1CZBA 3SUQA 4YDUA 5AQMA 3K5LA 1HNVA 1JLEA 5LL6Z 3KIOA 4M41A 1T7PA 4W5RA 5BPMA 5AQUA 3M6GA 3UIQA 3U4LA 4HTUA 1I94K 1LOTB 3J80O 3SCXA 2Q0UA 3MWTA 2YHAA 4PL7A 1UA0A 4BR7A 4DUYK 3UB5A 2E1YA 3SUPA 5CR4A 3BDPA 4DR3K 4DUZK 4IFVA 5EVZA 4E0DA 2O8EB 3HP9A 4ID1A 3CJCA 3MEGA 4I6MA 3EYZA 3IS9A 4AH9A 4CGJA 2V7ZA 3TAEA 4JD2B 4DSEA 1D5AA 2A41A 3AVKA 5C2FA 2GWJA 1JL1A 3THVA 1NGEA 3R9PA 3OW2M 4JV5K 4DV1K 4RG8A 3CCLN 2VG6A 3MN5A 3H1QA 1K8KA 3VF4A 3D2FA 1VQPN 2HF4A 3AO2A 3O8MA 3SJHA 1NMDA 3AO1A 1EKEA 3RR8A 1GLFO 4KKOA 3O3HA 2DY4A 4PUOA 4CJSA 1YXQA 3VEXA 1F21A 4JHDB 3IFRA 1BGXT 3CQ8A 3HOTA 3AVAA 3VEYA 3AA4A 1JLCA 1I3AA 3CCQN 3ZETA 3SV4A 1NGJA 4IEIA 4NYNA 1NGHA 4RW7A 3AVMA 4CIFA 1V4SA 2QWPA 2HHXA 4CGGA 3U6FA 3EKUA 1DT9A 2OZSA 3WNHA 4JI3K 4CF0A 3M5RA 2HHSA 4OPJA 3AAQA 3GG4A 1QTMA 3ZT3A 3HPOA 3SUNA 3I0RA 4FJMA 1RT1A 2O8EA 3J8AA 3BZKA 2OPRA 2BE2A 2Q97A 2QTDA 5AQSA 1VSEA 1W97L 1TKXA 1ITGA 1J54A 1XQSC 4FVUA 4O5FA 1SQKA 4BC4A 5C24A 4WFAL 1XHXA 3TWHA 4DLGA 1ZBUA 1B92A 3OHRA 4KH6A 3T1YK 1HKBA 2E88A 3L2UA 1SS6A 1QQCA 3EEQA 3CC4N 5DMRA 5AQXA 3OYMA 4CF2A 1REVA 3H46O 1RBSA 5M1OA 2NRZA 1X9SA 3M8SA 1ZBFA 4FLYA 4WQ4A 2NRRA 5BRDA 4DTPA 1U48A 4DTJA 3QEPA 4AM7A 3HSTB 2ZJRL 3KK3A 1C0GA 4YY3K 1CZAN 4JI5K 3FGUA 2O4IA 5FDLA 3VGMA 3ZSOA 4DQPA 4A2AA 1KC8O 2GBZA 2KLAA 5M1QA 2IDOA 1HKGA 1HNZK 2AJQA 2QWNA 1UOCA 3OJSA 3LP2A 3C0BA 4LF5K 2I5JA 1N33K 3VQDA 1OVQA 2HHWA 1RTJA 3FR0A 3D2EA 5ELZA 4AHRA 3N4PA 1SUQA 3OYLA 1Z25A 2RF2A 4LF4K 5C12A 4JEPA 1RTDA 2Q0RA 3CFOA 2FF6A 4LD0A 4N76A 4FWRA 5KGXA 1KSPA 1QQMA 4IBNA 5AQFA 4YDUC 4CK2A 3DLBA 1EQYA 4RW4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JJ2 M;  3CME N;  1VQN N;  1OVY A;  1W2B M;  2ZJP L;  1QVF M;  4IOC L;  3CXC M;  4IOA L;  2ZJQ L;  1YJN N;  5DM7 L;  3J7Z O;  3DLL L;  3CCS N;  1QVG M;  2OTJ N;  3G71 N;  4WFN L;  4U67 L;  3CCQ N;  1YIT N;  4UY8 O;  3G6E N;  1N8R O;  4IO9 L;  3CCE N;  1Q81 O;  3PIO L;  4WCE L;  5GAE P;  5GAG P;  1Q86 O;  3I55 N;  5GAD P;  1K8A O;  1ILY A;  1M90 O;  3CC7 N;  3CCM N;  4WF9 L;  1YIJ N;  5GAH P;  1VQL N;  5HL7 L;  4WFB L;  3CF5 L;  4WFA L;  3CC2 N;  5JVH L;  1M1K O;  1VQK N;  3CCU N;  3CCV N;  3CC4 N;  1YHQ N;  1VQ9 N;  5H1S Q;  5DM6 L;  1KQS M;  2QA4 N;  1K9M O;  5MLC Q;  3CPW M;  1YJ9 N;  1VQO N;  1Q82 O;  1YI2 N;  2OTL N;  3CD6 N;  3PIP L;  1Q7Y O;  2ZJR L;  1VQ5 N;  5JVG L;  1VQ6 N;  1K73 O;  1VQ4 N;  1KD1 O;  2QEX N;  1S72 N;  3I56 N;  1NJI O;  3OW2 M;  1YJW N;  1KC8 O;  1VQ7 N;  1VQM N;  3CCJ N;  3CCR N;  3CCL N;  3CMA N;  1VQ8 N;  1VQP N;  3G4S N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DYA A;  1N36 K;  3C65 A;  2F8S A;  4I9L A;  1C1B A;  5IT9 O;  2E4L A;  2ZJP L;  3TAP A;  3CXC M;  2ZWH A;  4IOA L;  4YOU A;  1GLD G;  4BQZ A;  1ASU A;  4BRA A;  2RE2 A;  2P9P B;  4H5V A;  1QS4 A;  4HUG A;  4C8K A;  4KH4 A;  5C25 A;  3AO5 A;  1QE1 A;  2YNG A;  3H3N O;  2XO7 A;  4B9Q A;  3KZB A;  3QBW A;  1CXQ A;  2QW9 A;  3VQ8 A;  4CFA A;  5F0X A;  3OYH A;  5JS1 A;  1FKP A;  2YCH A;  1ATS A;  2P5G A;  2D0C A;  3OBY A;  4Z0U A;  2HHT A;  4B9V A;  1DLO A;  5IWA K;  1NK6 A;  2BAN A;  3AVF A;  3ATV A;  4FWO A;  3A2F A;  4CES A;  5SWM A;  3AVB A;  3RSE A;  5BR8 K;  4ILG B;  4EHT A;  2NRX A;  2O4G A;  2W6L A;  2QWL A;  1C1C A;  4JAX A;  3DXM A;  2UYT A;  4N41 A;  3SQ0 A;  4YOW A;  3CHW A;  4CCH A;  2VWJ A;  3BP8 A;  4KTQ A;  3L8B A;  1NK9 A;  4BRG A;  1LAV A;  1X9J A;  3VOV A;  1DTT A;  3NHG A;  3VF2 A;  1NOZ A;  4BRI A;  4DV4 K;  1JKH A;  1Y64 A;  4DQI A;  1KAZ A;  3VF6 A;  3B6O A;  2KKZ A;  3AAP A;  1WN7 A;  2O8B B;  4CZF A;  1N34 K;  4KTW A;  1SKS A;  5AQN A;  3HM8 A;  4AHU A;  4JNE A;  3VEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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