1WOQA

Crystal structure of inorganic polyphosphate/atp-glucomannokinase from arthrobacter sp. strain km at 1.8 a resolution
Total Genus 80

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
NAPLIGIDIGGTGIKGGIVDLKKGKLLGERFRVPTPQPATPESVAEAVALVVAELSARPEAPAAGSPVGVTFPGIIQHGVVHSAANVDKSWLNTDIDALLTARLGRPVEVINDADAAGLAEARYGAGAGVKGTVLVITLGTGIGSAFIFDGKLVPNAELGHLEIDGHDAETKASAVARERDGLSWDEYSVLLQRYFSHVEFLFSPELFIVGGGISKRADEYLPNLRLRTPIVPAVLRNEAGIVGAAIEIALQH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (14-19)S2 (23-30)TI1 (20-23)AH3 (123-134)AH1 (51-67)S3 (35-44)S6 (90-91)TII1 (101-104)TIV1 (46-49)EMPTYTI5 (73-76)AH2 (106-114)S4 (78-82)O1 (82-84)S5 (86-87)TIV2 (86-89)TI6 (94-97)3H1 (99-101)S8 (118-122)S10 (153-159)TIV3 (149-152)AH6 (195-213)S9 (143-149)TII2 (137-140)S12 (173-174)3H2 (169-171)TIV5 (158-161)S11 (162-164)AH4 (179-183)AH5 (185-191)TIV6 (173-176)S14 (217-221)3H3 (223-230)TVIII1 (215-218)S15 (241-243)TVIII2 (244-247)TIV7 (246-249)AH7 (249-262)TI2 (30-33)S7 (104-105)TI7 (135-138)S13 (177-178)3H4 (232-234)TI4 (68-71)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Arthrobacter sp.
publication title Crystal Structure of Bacterial Inorganic Polyphosphate/ATP-glucomannokinase: INSIGHTS INTO KINASE EVOLUTION
pubmed doi rcsb
molecule keywords Inorganic polyphosphate/ATP-glucomannokinase
total genus 80
structure length 253
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.63: Polyphosphate--glucose phosphotransferase.
pdb deposition date 2004-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1woqA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1woqA01
1NGHA 4EIAA 2E2NA 3O8MA 4BRIA 4FWNA 4CI6A 2A42A 1V4SA 1X9JA 4WQ5A 4YDUC 1TYQA 3I8BA 4WYBA 2HMPA 1MWMA 2BUPA 4FOEA 2P9UA 3CJBA 2QM1A 2YI1A 5JLHA 3A5OC 3L0QA 1XUPO 1NMDA 1BOTO 4B1WB 4BGAA 1U2VB 5AQMA 4EHTA 2CH5A 3ID8A 3HI0A 3WQTA 1BDGA 4BR2A 1K8KA 2UYTA 2QXLA 3O4WA 5AZIA 4WQ5C 3FZHA 3I33A 4BREA 3ZEUA 2GWKA 3J8AA 1RFQA 2AP1A 4CZLA 4PKIA 4AM7A 1GLAG 4CBUA 1NGJA 3MN6A 4M63C 4BRHA 4QS8A 4CZMA 1C0GA 3QICA 3IFRA 3EL2A 2FSJA 5KPZA 2FSNA 4JAXA 3HBTA 3JXUA 3DWLA 3A8YA 5E26A 5F1XA 4NB4A 2QWMA 2AA4A 2GEMA 3VF4A 3WXIA 3BP8A 3UKRA 3LDPA 4FWQA 4A2AA 1GLDG 2V7ZA 4RTFD 4BR5A 2FXUA 4BRPA 3BEXA 3HM8A 5E84A 4BVPA 4JHDA 3VENA 4BRFA 4A61A 3O1BA 5KPTA 3MN9A 1SAZA 2VYPA 3WUHA 3D2FA 1KAZA 3FZMA 5F2RA 4RWTA 3QMLA 2P9PA 1MWKA 3MMVA 2E20A 5LY3A 1GLFO 3CJ9A 3EN9A 5FPDA 4JN4A 4BRCA 4BR0A 2F9WA 5BRDA 4BG9A 2YCHA 1BA0A 3ZETB 4MO5A 5AQVA 4I6MA 4J8FA 4QS9A 3VOVA 4FWSA 3H3NO 1X3NA 1YVNA 5AQYA 2VWBA 3EZWA 2YJFA 1U6ZA 2QWNA 5AQGA 3DAWA 1RDWX 3C7NA 3FGUA 2IVOA 4IJNA 5AR0A 4FOIA 4MLEA 4DCHA 1WUAA 4DHYA 5FPMA 5AQHA 4BRNA 4EFHA 2Q97A 4CZIA 2ZGZA 3VEYA 3AAPA 2A41A 4KBOA 3CHWA 3FZLA 3EKSA 2F9TA 4K43A 1BG3A 3WXKA 3AARA 2ASMA 2ZWHA 4CZEA 5AQKA 3L6QA 5LJVA 3ULEB 3DJCA 3GDQA 4M7XA 4BVOA 1CZAN 3M3ZA 3KHYA 4FWPA 5AQQA 5CE3A 4HTLA 2BTFA 2FLOA 2KHOA 1DKGD 3CERA 4H0YB 4BC5A 1Q18A 3R8EA 4YDUA 3ZX0A 3H46O 4EHUA 3U8XA 5BN8A 3F9MA 3LM2A 2A3ZA 4CBWA 5AQNA 3TU5A 5KQ8A 3FE1A 2VCPA 3EKUA 1S22A 5AQUA 4BG8A 1NM1A 1BUPA 4CZJA 1QHAA 3CJ1A 3CI5A 4JD2A 2NRHA 3VEWA 3D2EA 4MLHA 4E1JA 3VERA 5JICA 3MDQA 1HKGA 2QW9A 4BC2A 1ZBSA 2E88A 2IIRA 4XH5A 5EX5A 4JNEA 3B8AX 2P9KA 3R6MA 5AFUA 3O6WA 3H1QA 2P9LB 1Y64A 1GLLO 1NGBA 3ENOA 1GLCG 3RSEB 1H1VA 1HKBA 4GNIA 4FPBA 1NGGA 2IVNA 3QBXA 3H3OB 5FPEA 3O5BA 2H3GX 3U9DA 4IWVA 3CJAA 2QWOA 3IUCA 1S3XA 2E2OA 2I7PA 3DXKB 5BPLA 1TUUA 4B1YB 4H5TA 4JHDB 3ENHA 1NGCA 3HZ6A 3TPQA 5AZJA 3D2FB 4CZHA 4XH1A 2Q31A 3VEXA 2P9PB 4H5VA 1V4TA 3KVGA 1J6ZA 2YJEA 3WXJA 3QDKA 2A40A 2P9SB 1TUYA 3DXMA 4CZGA 2CH6A 2QWRA 1YXQA 4H0TB 3ATVA 3WQUA 1XC3A 2QWLA 5I9EB 4FWKA 2J4RA 2YHWA 4H0PA 2Q0UA 5AQZA 1JCGA 4EAHD 1Z05A 3C7NB 1T6CA 1ZC6A 2ITMA 3LL3A 4H5WA 4FPAA 3CJ7A 2W41A 2E2QA 1GLJO 1U2VA 3FFKB 3UKUA 3D7EO 3FLCO 3SJHA 2V52B 4BC4A 4BR7A 3G25A 4BRDA 1OKJA 4FWLA 4FWRA 3BF1A 4ISFA 5JLFA 1ATSA 3UE5A 3WEEA 2PAVA 2P9NB 3W0LA 2FF6A 3CJCA 2E2PA 1T6DA 5ADXA 1NLVA 1GLBG 1HJOA 2D1KA 2A6AA 2HF3A 3FR0A 4IZ9A 3QBWA 3H45C 3MN7A 4A2BA 1X3MA 2A5XA 3ATUA 3MCPA 4LC9B 3WXLA 2Q1NA 2D0PA 4C23A 1HUXA 1DGKN 4CD1A 4B1VA 4B1ZA 5JMVA 1T44A 1MA9B 4XH4A 5AFUH 2ASPA 4CD3A 3LDLA 4FSVA 4JD2B 1HKCA 3D2EB 3HSCA 3VETA 4CZKA 2CGJA 2GUPA 3A5NC 2FSKA 3ZX2A 1TYQB 1SQKA 2ASOA 1IJJA 4MO4A 2P9UB 3HTVA 3U9ZA 1NGDA 3BUZB 1JCFA 3GL1A 2NLXA 3KZBA 4M7YA 5BRFA 3MK6A 2YHYA 4HWIA 2IVPA 1K8KB 1QQNA 1LOTB 4B1UB 5AZIB 1RGIA 3OHRA 2Q0RA 1Z6RA 4Z94A 3GOIA 3EO3A 3ZEUB 4FWOA 1D4XA 2PBDA 5BREA 1BA1A 5AQIA 4K41A 4BROA 4WQ4A 5AQSA 2D4WA 4BR9A 4IO8A 3H6EA 1QZ5A 4BR4A 1NGAA 4Y0WA 5F0XA 3CQXA 4FWMA 2NZTA 5EOYA 4BRQA 1JCEA 2P9IA 2DPNA 1KAYA 1R59O 3DXMB 3VGKA 1E4GT 3GBTA 1LCUA 3UKRB 3C0BA 3VGMA 3SMPA 4QS7A 3CETA 3ULEA 4WQ4C 2Q36A 3H1VX 3VEVA 4GY2B 3VF6A 2W40A 2QWQA 2HF4A 3M6GA 3QB0A 4BRLA 5BR9A 2E1YA 2GTDA 3SMSA 3VPZA 4BRMA 3W3DA 3LDNA 1BO5O 5KQDA 4CJ7A 4FL9A 5ADXH 5ELZA 2QWPA 3UKUB 1NWKA 5EXWA 4ISEA 3VESA 4I6MB 3SLCA 3WEEB 4BRKA 1NBWA 2GELA 3LM9A 5AQTA 3JS6A 3A0IX 3O1WA 5EVZA 1DEJA 4ISGA 1C0FA 4PKGA 2I7NA 3ZX3A 4PKHA 4BRGA 3FZKA 3CQYA 4XEIA 2P9LA 5AQRA 3U4LA 5FPNA 3RSEA 4AM6A 1NGFA 3WT0A 1SZ2A 4NO7A 4O8KA 3AAQA 1YUWA 4CBXA 4DQ8A 3CIPA 4IXCA 1NGEA 2OANA 5B8HA 2ZF5O 5AQLA 3QFUA 1XQSC 3AY9A 3BF3A 3DXKA 5KPRA 2V7YA 3L4IA 4H03B 4H5RA 5TKYA 1MDUB 3A5MC 3MN5A 1QQMA 1YAGA 2HOEA 1E4FT 2YHXA 5BPMA 5AQPA 4B1XB 4DB3A 1ESVA 5LJWA 3IMXA 1ATRA 1ATNA 1EQYA 2P9SA 1P8ZA 3A5LC 5BRHA 5BPNA 4BC3A 4O5FA 4F9OA 4H0OA 4CZFA 1KXPA 5AQWA 1ZXOA 2E8AA 3VEOA 2V51B 3IDHA 2GWJA 5AQOA 2WUSA 3GG4A 1G99A 1IG8A 1KAXA 2CGKA 2P9KB 4H0XB 1HPMA 2ZGYA 1BWFO 3M1FA 2E1ZA 4A62A 2EWSA 3ZETA 4PL7A 2P9IB 2D0OA 4K25A 3SK3A 4FO0A 5BN9A 5EY4A 3LDOA 4B9QA 3FZFA 2P9NA 3LDQA 4RCHA 3S41A 2FF3B 3VGLA 4BGBA 3QFPA 1BU6O 3GE1A 1HX1A 1QZ6A 4IJAA 5AQXA 3R9PA 4H0VB 1NGIA 4BRAA 5AZJB 3UB5A 2Q2RA 4BQLA 4BQZA 1WOQA 4K42A 5AQFA 4H5NA 3P4IA 4PL8A 3O08A 3O80A 1QQOA 3VEZA 5AQJA 3VF2A 1HLUA 1GLEG 2CGLA 4L3QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TSXA 2A42A 4EZ9A 1M1KO 2ZJQL 5FROA 3J7YP 1TK0A 2BUPA 2QA4N 2HVIA 4O0JA 3CJBA 2QM1A 3VQEA 5JLHA 4J2AA 3A5OC 1Q9YA 1ITGA 3M8RA 4ELUA 4F4KA 1U2VB 2QTDA 4FJIA 4ICLA 2CH5A 1HYZA 3MEEA 2OPPA 4M3TA 1BCOA 2X6SA 2OCEA 3CC4N 4BREA 3ZEUA 1NG9A 3J8AA 2NUBA 1D5AA 4FYDA 1QS4A 4CZLA 1VQKN 4O44A 1NGJA 3MN6A 4BWMA 4QS8A 4CW7B 3EZ5A 3OYJA 3MAQA 3QICA 3IFRA 2ITGA 3HBTA 3R1XA 3A8YA 3ZLJA 2GEMA 3HM9A 3BP8A 4K8XA 4FWQA 2VG5A 4HVJA 2FXUA 1OH5A 4BVPA 1N33K 4DU1A 4BRFA 5CZ1A 3MN9A 1TAUA 3D2FA 4BE1A 3VQ5A 4CK2A 1KSPA 3BDPA 1WSFA 4BR0A 4BRCA 1BA0A 1N8RO 4AHSA 5AQVA 3AVHA 1A5WA 4ILHA 4GV6A 4DQQA 4JS5A 3WXMB 4I6MA 4QS9A 4WE1A 3H3NO 1YVNA 4JKGA 3AVLA 2YX6A 4KAZA 4FLZA 1U6ZA 3SPYA 3CCUN 3V4IA 1KFSA 1XMQK 1RDWX 4LFAK 2IVOA 2HNYA 4I9QA 5AR0A 2I5JA 1K73O 4FOIA 3TAPA 4DCHA 1U49A 4JK7A 1S5JA 4DHYA 3E9PA 1HNVA 1DTTA 4CK1A 4CZIA 4YOYA 2A41A 2D5RA 4KBOA 3J7ZO 2JWLA 3EKSA 2F9TA 2ZWHA 2EHGA 4DTUA 3AVIA 1C1AA 3F5TA 3LP1A 3OJSA 1VQNN 1TKZA 4M7XA 4NCBA 4GKJK 5CE3A 2KHOA 3L4QA 4H0YB 4BC5A 4DFJA 1Q18A 4CEEA 3U8XA 1ASWA 4BE0A 3F9MA 4CEAA 4CBWA 4N41A 5AQNA 3V9ZA 3O3HA 1JLBA 2Q3SA 3KIOA 4LF5K 3CJ1A 3O3GA 4FLVA 1WSHA 3VEWA 2NRHA 4FJ9A 4FVUA 4MLHA 4E1JA 5JICA 3MCAB 1HKGA 3N4PA 1RDDA 2IIRA 4KHSA 4IKFA 5C2DA 4M3XA 2QI2A 4ELVA 4CJEA 2Z1IA 3O6WA 3H1QA 2P9LB 4CF9A 1NGBA 3ENOA 3NMUA 4FZYA 4GNIA 3DLBA 3J81O 1SS6A 2IVNA 3QBXA 3H3OB 1NKCA 3WNGA 1NJXA 3TI0A 1OH6A 2I7PA 3DXKB 5BPLA 1TUUA 1R0AA 4OGCA 4H5TA 5EU7A 2NRWA 3I56N 3KK1A 3HZ6A 3TPQA 5D3GA 3D2FB 4X64K 1NK6A 3VEXA 4C8NA 4HCCA 4H5VA 1RNHA 2YNHA 2YJEA 5HBMA 1EETA 4KHQA 2HW3A 1O13A 2D0AA 2HNZA 3OYDA 5CZ2A 2EX3A 2XY5A 1TUYA 1HYSA 4AQYK 4H0TB 3WQUA 3IS9A 4JKGB 3LP3A 1VSFA 5I9EB 4OLBA 3AO4A 2HHSA 2YHWA 4W5TA 1G15A 1RT4A 4CJQA 1T6CA 3CQ8A 1A5XA 4CHZA 3VA3A 1SL2A 1HJRA 4CIFA 4OPKA 4FPAA 3O9QA 4B8AB 4CJ3A 1U47A 1RT7A 1REVA 5T7BA 3O3FA 3V81A 2O4GA 3FLCO 4IG3A 5AJ3K 3KJVA 4DLGA 4BRDA 2PY5A 3BF1A 2FBTA 1WAFA 4H8KA 3UE5A 2P9NB 2P5OA 1GOCA 4KHNA 4IZ9A 1RDCA 1O1WA 4LSNA 3KLHA 5GAGP 4CF0A 3CMEN 3QLHA 3IAYA 3MWPA 1VAZA 2D0PA 1RT3A 1BQMA 2RF2A 4B1ZA 4MDAA 2NRTA 1MA9B 4XH4A 2QK9A 3LDLA 4A5AA 3OYEA 1HKCA 4FJMA 4CZKA 3VETA 2GUPA 3A5NC 4C8MA 3L2WA 4ILGB 1NKBA 1HYVA 3HPGA 1QTMA 2LSNA 2P9UB 3K0SA 1JCFA 2HBJA 2NLXA 5BRFA 3CCMN 1K8KB 1QQNA 1TGOA 1LOTB 4HCBA 4KTQA 3NGZA 3O9UA 1ZBHA 4Z94A 3GOIA 3KK7A 3EO3A 1TL3A 1I39A 5AQIA 4RW7A 4K41A 2QKBA 1EP4A 1FW6A 4JRPA 3SI6A 5HL7L 2D4WA 4KH6A 1FKOA 1LAWA 4BR9A 4IO8A 4B08A 3S3MA 1Q86O 1BIZA 4FWMA 2NZTA 4G9ZA 2E5LK 1Z26A 3CCVN 4FJLA 4B3OA 2HBMA 2WOMA 1E4GT 2G8VA 4MDBA 2Q36A 1HQUA 4GY2B 4KV8A 3ZSQA 2W40A 4J2DA 1IBKK 2HF4A 5BR9A 4CGDA 2GTDA 4BRMA 4C1NI 4DV5K 1QSLA 5IT9O 1EWRA 2OPQA 4E7IA 4E3SA 3D0PA 3F9KA 3CFRA 1VSHA 3QEWA 3DLRA 1U45A 5FRNA 3QO9A 4DTJA 3T19A 4ID5A 4WFNL 3KKSA 4PQUA 2G8UA 4OX9K 2UXDK 5EVZA 3OTOK 1HNWK 4DQIA 3ZT2A 4PKGA 5LMNK 2I7NA 3HSTB 4E89A 4I2PA 4YY3K 1NGFA 4CHOA 3WT0A 4NO7A 3AAQA 3NVMA 1B92A 4IEIA 1NGEA 1MU2A 4M3WA 3HK2A 3P5JA 3QFUA 4E7KA 4H5RA 1QQCA 1YHQN 4FK2A 4DV2K 4R79A 4Z4HA 1YAGA 2YHXA 1J9AA 4LFCK 2YHBA 3VN5A 5AQPA 3DRRA 4B1XB 4CFAA 1C0MA 5LJWA 1VQ6N 1RTIA 1QVFM 5BRHA 5GIOA 4O5FA 3O9TA 3TTDA 5AQWA 1ZXOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CEB A;  1BQN A;  3C6T A;  3TSQ A;  3OYK A;  5AZI B;  3ZSY A;  3CCL N;  4JEP A;  3K59 A;  4O8U A;  2XO7 A;  2KKZ A;  4ILJ A;  3QES A;  3CPW M;  4DV4 K;  3MX2 A;  3C6H A;  5JVH L;  1CZB A;  2X78 A;  3JSM A;  4DR3 K;  1WSG A;  3QIN A;  1NGA A;  3CQX A;  4BRQ A;  2PZS A;  4DSL A;  1EO1 A;  2DPN A;  1R59 O;  4CJ4 A;  3DXM B;  3VGK A;  3SAH A;  4LF9 K;  1LCU A;  3UKR B;  4QS7 A;  4WQ4 C;  2W6L A;  5BR8 K;  2WFB A;  4DQR A;  1J5O A;  3QB0 A;  1TV6 A;  2E1Y A;  1S1U A;  3SMS A;  4DSI A;  4A59 A;  1NOZ A;  4DTO A;  3MXJ A;  4CF8 A;  4CJ7 A;  4FL9 A;  3OY9 A;  1IBL K;  3KTQ A;  4ISE A;  3VES A;  3PSF A;  4Z0U A;  1WLJ A;  1SKW A;  1D8Y A;  3PO5 A;  1NBW A;  5AQT A;  3JS6 A;  3CC7 N;  4MFB A;  3A0I X;  1JJ2 M;  1T05 A;  1DEJ A;  1YTA A;  3AO1 A;  4E7J A;  3ZX3 A;  4PKH A;  3FZK A;  3P1G A;  5AQR A;  3U4L A;  3QEP A;  4WFA L;  5LMU K;  3RWU A;  1LW2 A;  4DR1 K;  1YUW A;  3SUO A;  4CBX A;  1L3U A;  3AA4 A;  5B8H A;  5AQL A;  3V9X A;  1BL3 A;  3AY9 A;  3BF3 A;  4CGG A;  3K5M A;  2V7Y A;  4H03 B;  3K58 A;  2VQE K;  3DI6 A;  5HRN A;  3A5M C;  3OYN A;  1Z25 A;  2HOE A;  1E4F T;  1OH7 A;  3LPU A;  5BPM A;  4DR4 K;  4WCE L;  1P8Z A;  4J2B A;  5E41 A;  4Z4I A;  3A5L C;  4DR7 K;  1VSE A;  3LAM A;  2FBX A;  4OPA A;  1EXQ A;  4F9O A;  4H0O A;  3TAN A;  4ID1 A;  2KTQ A;  2KFZ A;  4JK9 A;  3VEO A;  3IDH A;  4EP5 A;  3DOL A;  2GWJ A;  3SJJ A;  2Y1I A;  3GG4 A;  1IG8 A;  3WNF A;  3ZSO A;  2YV0 X;  3OS2 A;  2IGI A;  1X9M A;  1HPM A;  2F7T A;  1BWF O;  3M1F A;  2E1Z A;  1C1B A;  2OPR A;  2UUC K;  3VQA A;  4PL7 A;  4GV9 A;  4JYA K;  4F8R A;  2O8B A;  3VQC A;  4DQS A;  1WSE A;  4FW2 A;  2IDO A;  1N32 K;  4B9Q A;  3FZF A;  3LDQ A;  5KI6 A;  2FF3 B;  3PV8 A;  3SV3 A;  3VQ9 A;  3M8S A;  1HX1 A;  2UXB K;  1NGI A;  4BRA A;  3SCX A;  4HUF A;  3UB5 A;  4BQZ A;  2NRR A;  4K42 A;  4YOW A;  3ZT4 A;  5JS2 A;  3P4I A;  4PL8 A;  3O08 A;  1XC9 A;  1KVB A;  1QQO A;  1BGX T;  4N5S A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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