1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
4DG1A 3CFRA 5I3UA 2ETJA 4LSLA 1S5JA 4E7IA 3NH1A 3QESA 3AVMA 1BCMA 1JLQA 1LW2A 2RPIA 1HNIA 3LZJA 2XY5A 4BDPA 2NUBA 1O1WA 1NKCA 4PQUA 1HMVA 3C94A 3SYZA 4CIEA 3OYKA 4DU1A 3SPYA 2HW3A 1KFDA 3LP1A 3U3GA 2OPSA 2KFZA 2FBVA 2X6NA 1CZ9A 1QQCA 4Z4HA 1WSEA 1S6PA 3RRHA 3ZT3A 3DLHA 2VWKA 5FROA 3L2WA 2F96A 1VSLA 4FJGA 2P1JA 4DQIA 1TKXA 1NK5A 2PY5A 3ZT4A 4CJLA 3SV3A 1RTHA 3SQ2A 3AA2A 1JXBA 3FFIA 3G10A 3VA3A 1YT3A 1IG9A 4N47A 4CJWA 2KZMA 3SCXA 4CEOA 3THVA 1L3SA 3NE6A 4B9UA 3C6UA 4CHYA 4E1MA 4M3WA 3OYLA 4ZHRA 3OJSA 1SKRA 3PO4A 4Z4IA 3MXMA 3NFAA 4B08A 1D5AA 3V4IA 4IFVA 3SQ4A 3KD1E 4CGIA 4FK0A 4Z4GA 1ZBIA 4EZ9A 3ZSWA 3SV4A 4DF8A 4CJFA 4RW8A 5DK5A 4E7LA 4ID1A 4KV8A 3VQEA 1JKHA 1CXQA 4W5TA 1BI4B 3L2RA 4Z4CA 3OYJA 4FM1A 4HCBA 2G8IA 1RILA 2IDOA 1JL2A 5SZTA 4JLHA 4KI6A 1WSGA 3KIOA 3LPUA 3ZSQA 4CEDA 2IC3A 3CFPA 1S1VA 2QKKA 4EZ6A 3RRGA 1BGXT 4NCBA 1RBVA 4AHVA 3NGYA 1Q8IA 1KLNA 1BQMA 4CGGA 1RT1A 4FZZA 4B9SA 4FJLA 3DYAA 1HNVA 4LSNA 2OA8A 2D5RA 4CJ5A 3P5JA 4B8CA 3VQPA 1ITGA 1ZBUA 3MECA 3VQBA 5KRTA 4KHNA 3K5MA 1RDAA 3HYFA 3MXIA 1WSFA 3TWHA 5DMRA 4E89A 1YTAA 4HUEA 4J2AA 1WN7A 3HK2A 3NF9A 4F3OA 1R0AA 1FKOA 4FK4A 1LWFA 1NK0A 3KK3A 4FJKA 3T3FA 4OKKA 2XY8A 3I8DA 1HYSA 3AA5X 2GBZA 3K59A 3I0RA 3NHGA 1RT7A 3S3MA 3LANA 3F73A 3VQDA 4E19A 3OYGA 3VQCA 4CJEA 4FM0A 4DTJA 1UWBA 4Y1DA 4F8RA 3QEIA 3V81A 2E6LA 3O3HA 4DF4A 4CJPA 2F8TA 3VQ7A 4W5RA 3QEPA 4IG0A 4FK2A 4AHRA 3AO3A 5CYQA 2EX3A 4DSLA 4FCYA 3TAEA 4FJXA 3OYFA 2YNGA 3K5OA 3SUQA 2KTQA 3AVHA 4FLVA 1RT5A 1WAJA 1XHZA 2PYLA 3PY8A 3VQ8A 1JLAA 3QIPA 3D45A 3SZ2A 4CK1A 3TAMA 3LZIA 4OJRA 4KTQA 4BE0A 4KHWA 3WNFA 4OKEA 3K5LA 2RKIA 1RNHA 3DRRA 1SKWA 4OLAA 4BE1A 3NAEA 1RTIA 1IKWA 2BANA 1TK0A 4TSXA 4CE9A 1MU2A 5J2MA 1QSYA 3ULDA 3MEDA 4DFKA 1HPZA 5KGXA 1KSPA 3MEEA 5J2QA 1GOBA 2B5JA 1C1BA 4OPKA 4KI4A 3QNOA 1S9GA 1IH7A 4LY7A 4ICLA 4DTOA 4Z4EA 2BE2A 4HVJA 4DLGA 2Y1IA 4N41A 1L3VA 4HUGA 4KB1A 2Z1IA 3P1GA 3CM5A 1BCOA 4PWDA 2HVIA 2X6SA 1F21A 2QXFA 3QIOA 4CGFA 3QEVA 1KCFA 3AVNA 1SKSA 4L8RB 4M3YA 1EXQA 2HHQA 3BDPA 2E6MA 1S1UA 4HUFA 1ASUA 3AVLA 4KTZA 3OYIA 2Z1JA 4KB0A 1XWLA 3T19A 4CF2A 3IG1A 4FM2A 4O4GA 4EP4A 5E41A 3HSTB 1BQNA 4C8MA 3TR8A 1TK8A 3V9XA 3DRSA 1Y97A 2ZD1A 3L8BA 2HNZA 1LWEA 4C8LA 2G8UA 4CEQA 1GOCA 4G1QA 4IDKA 1HQUA 1VSJA 3AO5A 3CYMA 3B6OA 1JL1A 4NCGA 4CGDA 4CJSA 1XI1A 4J2BA 3NGZA 4OGCA 1U47A 4FLWA 3OS1A 2ITGA 3VQQA 4DTMA 1UOCA 1VK0A 3V9ZA 1Q9YA 4EP5A 2KFNA 1UA0A 5HRNA 3DOLA 3LAMA 2XY7A 2XRIA 2XO7A 2IOCA 3C6TA 1BIZA 3SQ0A 3RR8A 1IO2A 2HNDA 5KTQA 4CJUA 2P5GA 4PUOA 4FXDA 1QTMA 1VRUA 1RBSA 4CJ4A 3KLHA 4F4KA 4N56A 2X78A 3IAYA 1ZBFA 3TANA 3ISNC 1D8YA 4CEFA 1DTQA 3AA3A 3AVJA 1DTTA 4B9MA 1N5YA 2Y1JA 3MEGA 3NGIA 3AVFA 1DLOA 3OYMA 3CQ8A 1QSSA 4CHPA 1VSHA 4IBNA 4CFAA 3V9WA 4FLYA 1QHTA 2WOMA 3AO2A 4KO0A 3PX4A 2G8KA 4Z4FA 2YNFA 3VQ4A 4F3TA 4FJJA 1W0HA 4YFUA 3S3NA 3DI6A 2FC0A 4FLXA 1G15A 4LH4A 3WNGA 4CEZA 3SI6A 3JYTA 3HPOA 4CJ3A 2RF2A 4E1NA 3KKSA 3NCIA 1VSFA 1TAUA 4I7FA 4CFDA 4E7KA 2DFHA 1VRTA 2YKNA 4FJNA 2WONA 4Q0BA 2VG5A 3L2UA 3RMBA 4CJRA 1I39A 4CEAA 3B6PA 3RR7A 1IKVA 5KRSA 4FVMA 4ZTFA 4DSKA 5CYMA 4M3RA 3HO1A 1U4BA 1U45A 3VQ5A 1SL0A 4B3OA 4FW2A 5EU7A 3ZSXA 3OYNA 4KRFA 4Z0UA 1RDBA 1TAQA 3AA4A 3DLKA 1RT4A 5HP1A 2P5OA 4BDZA 2B4JA 4DU4A 4KAZA 4OPJA 1LAVA 3L3VA 3PO5A 3HPGA 2D0AA 5KI6A 1NK9A 4NYNA 5I42A 4CEBA 1JLFA 1JXEA 4FJMA 2KW4A 4UQGA 1RDCA 1T03A 3RTVA 4OKJA 2HHSA 5FRNA 2XHBA 4DMNA 1S6QA 1WSIA 4FYDA 1RT2A 4I9LA 4MFBA 4CF8A 4FLZA 3P83D 5HROA 3V1QA 3D0PA 4BACA 4CIFA 4RW4A 4DQSA 4M42A 3ITHA 4DFPA 1UAXA 3RMCA 3LP2A 3AVBA 4I2PA 1NK7A 2HHVA 3DLEA 1N6QA 3TAFA 4KKOA 3QINA 4BE2A 1W9HA 3L2VA 1LV5A 1KVBA 2HB5A 3NH0A 3CFOA 4KHUA 2GUIA 4QAGA 1VSKA 4AHTA 3KK1A 5D3GA 4MQ3A 1I3AA 1S1WA 2O4GA 4CERA 3IS9A 4FZYA 4KPYA 4E3SA 1D9FA 4E0DA 3A2FA 4CHZA 5JS1A 2HVHA 1X1PA 5CZ2A 1RCHA 3HT3A 2OPRA 3K5NA 4DQQA 3RMAA 3DLGA 4DSIA 4BWMA 1GOAA 4DFJA 3KLGA 1NK6A 3KTQA 1JLGA 1KVCA 3SNNA 1X9MA 1RT3A 4CFBA 4DTUA 1NKEA 1SL2A 3HPHA 1X9WA 1T7PA 4CGHA 1VSDA 3E01A 3O3FA 3HP6A 4OGEA 4DTSA 4B9VA 4FJ9A 3LWLA 1FK9A 1HYZA 1JLBA 2I5JA 3DRPA 2OPPA 1TL3A 3TABA 1IKXA 3LDSA 1VSMA 1KVAA 5SWMA 2A1RA 4DTXA 4B9TA 1ZBHA 1QS4A 1D9DA 1Z25A 4CJKA 3LP0A 4C8OA 1SUQA 4B8AB 3AVIA 2EHGA 1A5WA 2IAJA 1RT6A 3L2QA 4DU3A 3ZT2A 4O0IA 4DWIA 2HHWA 4DLEA 4B9NA 1TKTA 3MXJA 2DY4A 1HJRA 3I0SA 4HTUA 4DS5A 1SV5A 3ZSVA 1L5UA 2HHXA 3KLFA 1U49A 1B9DA 1YVUA 5C24A 4PA1A 4JRQA 4JS5A 4J2EA 3VA0A 3QO9A 1WSHA 4CJTA 4F2RA 2GV9A 2D0BA 1BL3A 3LWMA 2F8SA 2KQ2A 2P51A 4H4OA 1C0TA 4H4MA 2BDPA 3ASMA 1IKYA 1TVRA 2YNIA 4AHSA 4LH5A 2D0CA 2A1SA 3LAKA 4CGJA 3K57A 4FLUA 3VN5A 4ZTJA 1HRHA 3EZ5A 4FJIA 3DM2A 3O3GA 5CZ1A 4JRPA 1XC9A 3IRXA 2OZMA 4FJ8A 3KK2A 3QEWA 4M45A 2G8HA 3OVNA 2YKMA 3ZT1A 5T7BA 4XIUA 3K58A 4DTPA 1C1AA 3O4NA 1TKZA 4H8KA 1BISA 4AHUA 1RTJA 1L3UA 4GMJB 1REVA 3AO1A 4CIGA 3AVKA 2YV0X 1ZBLA 4I9QA 3QEXA 3V9UA 1TV6A 1LAWA 5CY4A 4YNQA 1KFSA 2Z1HA 3K2PA 2Z1GA 2YHAA 5HRPA 3SUOA 4KREA 3RWUA 3U3YA 1B9FA 2VG7A 1RDDA 3M8PA 2QKBA 2RN2A 4DSEA 3KD5E 2JLEA 3WNHA 1CLQA 3QERA 4M41A 1UA1A 3DMJA 4C8NA 4CJVA 4JS4A 3G0ZA 4CHNA 3HXMA 3M8SA 3HVRA 1TKDA 3S9HA 3QETA 1VSIA 3KLEA 3HP9A 1A5XA 3AO4A 3L3UA 3EY1A 2VWJA 3TARA 5FRMA 4QOZB 2OZSA 3OYCA 4KHYA 4CHQA 3AVCA 3LP3A 1ASWA 3PV8A 2QK9A 4CK3A 1ASVA 1NJZA 1Q9XA 3SQ1A 3V9SA 2IS3A 4RW9A 2Q3SA 4CJQA 2HHTA 1CXUA 1J9AA 5HBMA 3HM9A 4DQPA 4LD0A 5J2NA 2OPQA 4E7HA 1LWCA 1U48A 4DSJA 3LPTA 4W5QA 3JSMA 4M3XA 3SUPA 4PY5A 1C1CA 1C0UA 4F2SA 1WLJA 2OYQA 4NCAA 5JS2A 3EYZA 3NDKA 4CK2A 3HVTA 4DS4A 1FKPA 2YHBA 3OYAA 1B92A 3V1RA 3ZSRA 2HMIA 3T1AA 4AH9A 2PYJA 4HCCA 4K8ZA 5K14A 3AVAA 4GVMA 4DTRA 3U6FA 1NOZA 3ZCMA 4N5SA 4E7JA 3VQ6A 4ID5A 3H08A 3DLBA 2DTUA 1NK4A 1FXXA 1VSEA 3KJVA 2XY6A 1J5OA 2E4LA 2DFEA 1RBRA 1QE1A 4M3UA 5J1EA 3HJFA 2O4IA 2AJQA 1KTQA 2ZQBA 3CM6A 3LALA 4FW1A 2W42A 4QCLA 2HHUA 2X74A 3WNEA 4CECA 5C25A 2BGGA 3SJJA 1NOYA 2FBTA 3SUNA 1NJWA 4R5PA 1K6YA 4KHQA 4FLTA 3TAGA 3ZT0A 4IG3A 5FDLA 4DFMA 1X9SA 1NJXA 4Y1CA 4FJ7A 3ALYA 2G8VA 1EETA 1C0MA 2IGIA 3DOKA 4DSFA 4GW6A 4CHOA 1TL1A 2FBXA 5HLFA 2G8WA 4RG8A 3OYEA 4B9LA 3ZSYA 3NH2A 3SPZA 3RMDA 4CF9A 2VG6A 4KTWA 1RBUA 4DQRA 3KKRA 4O44A 4W5NA 4OVLA 1J53A 5HRRA 3MAQA 2FBYA 3NBPA 1QSLA 4KFBA 3VQ9A 2YNHA 3V1OA 4KHSA 1EX4A 3OJUA 4J2DA 3F9KA 3DLRA 3HL8A 3M8QA 3V6DA 1NJYA 3QNNA 1LW0A 4W5OA 1S1TA 3OS0A 3OYBA 2ZE2A 3CG7A 1EKEA 5HRSA 3NF7A 4Q5VA 1BI4A 4HHTA 4CFCA 1BHLA 3TAPA 3VQAA 4DTNA 3OY9A 3O4QA 3AV9A 1ZYQA 3AVGA 4C8KA 4CF0A 1T05A 2DFFA 1XHXA 3OYHA 4ELVA 1TK5A 4CCHA 1YTUA 1NK8A 1JLCA 3OYDA 1A5VA 4FZXC 4AILC 1C6VA 1KLMA 1WSJA 2B6AA 4I2QA 1T8EA 4ELUA 1KRPA 3PX0A 2ATQA 4M3ZA 3ZSOA 1BIUA 5J2PA 4IKFA 2JGUA 3NF6A 4CESA 1J54A 4RW6A 4FJHA 4AHCA 2PZSA 1S1XA 1HYVA 1TGOA 4IFYA 4WE1A 2HNYA 4ELTA 4N76A 1HQEA 3PUFA 1NKBA 1RTDA 3OS2A 3UIQA 4K8XA 4NYFA 1RBTA 4RW7A 4CEEA 3S3OA 3M8RA 5C42A 4BWJA 1WAFA 1SL1A 1L3TA 4O55A 1CZBA 1U04A 3QLHA 4OLBA 4O0JA 3C95A 3TAQA 3NF8A 3BGRA 2LSNA 4CF1A 2R7YA 1EP4A 3KLIA 4FJ5A 2KZZA 3PX6A 1WNSA 2G8FA 4BDYA 5KGWA 3ZSZA 3TI0A 1JLEA 1Z26A 4M3TA 4O5BA 1S9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZIA 5FLXO 3CETA 3CMEN 3QESA 2O8EA 3FGUA 1MDUB 2XY5A 2NUBA 2VYPA 1HMVA 4CIEA 2NRWA 3LP1A 2KFZA 1O13A 2FBVA 2FSKA 1U6ZA 5FROA 2F96A 3CJBA 4BVPA 1I94K 4DV5K 1TKXA 3EEQA 1HKBA 1C0FA 2O8CA 3SQ2A 5AZJA 2QA4N 3L4QA 4DV6K 5FPNA 3BF1A 1YT3A 3LDLA 1SKRA 4B3RK 4Z4IA 3KK7A 4QS8A 4V19S 2BTFA 3V4IA 3SV4A 3CJ1A 4DF8A 2VQFK 1JKHA 4GKJK 1RILA 2IDOA 2ZGYA 4IOCL 1JL2A 5SZTA 3HSCA 3KIOA 4EZ6A 3LPUA 3ZSQA 1S1VA 3IDHA 4NCBA 5IT9O 2QWNA 1Q8IA 4JI3K 1K8KA 1RT1A 4B9SA 1ZXOA 2D5RA 4B8CA 4C1NK 3MXIA 4IFEA 1JJ2M 4E89A 1YTAA 1WN7A 3HK2A 1TYQB 2P9SA 4LF6K 3O08A 1LWFA 4FK4A 5AQOA 1NK0A 3THYA 2XY8A 3CXCM 1NMNA 5AQTA 3I8DA 3R1XA 4FVUA 1EO1A 3I0RA 3NHGA 1RT7A 3S3MA 4DTJA 4F8RA 3V81A 2ZJRL 4DF4A 3VQ7A 5IWAK 4OPHA 4AHRA 5CYQA 4DSLA 3TAEA 3ID8A 2YNGA 3SUQA 5KQ8A 2KTQA 5GAEP 4FWKA 3NVMA 2NNWA 3G71N 4DQ8A 3D45A 4CK1A 3LZIA 4NXNK 2RKIA 1SKWA 1XNRK 3AY9A 1YXQA 4BE1A 4CE9A 5HOOA 4FWQA 4IZ9A 4KI4A 1C1BA 3QNOA 4LY7A 4B1XB 4HVJA 3R6MA 1L3VA 2PAVA 2Z1IA 5JVGL 1YVNA 3CM5A 1BCOA 2W41A 2QI2A 1GLCG 3UKRB 4CGFA 3U9ZA 1YI2N 3AVNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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