1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
4LY7A 2HB5A 3DI6A 2G8WA 3B6OA 4CEBA 4JLHA 3SV4A 3L8BA 4M3RA 1DLOA 2HW3A 4H4MA 3KK1A 2KW4A 4FJNA 4G1QA 4CFBA 1NKEA 4OJRA 1TKTA 4OKKA 3T1AA 2Q3SA 3SQ4A 3RMCA 1JXEA 3QLHA 4BE0A 3DM2A 4CK1A 3NH0A 4I2PA 1IH7A 3RR8A 1Z26A 3LP1A 4IG0A 4O55A 2P51A 3SZ2A 5J2PA 4CJLA 1SL2A 2IOCA 4CE9A 3NE6A 2JLEA 2X6NA 3DLBA 1UOCA 3QEXA 2RF2A 4ID1A 4FJJA 1NK9A 3T3FA 3ASMA 2HVHA 1F21A 1TVRA 3QETA 4M3TA 4FJ7A 4DTSA 4Z4FA 3OYKA 2XY8A 1J9AA 4KTWA 4W5QA 4DSLA 1S1UA 4CGGA 3OYIA 2IDOA 4B08A 1S1VA 4DTRA 5I42A 1SV5A 4DS4A 4CJWA 3DMJA 2DFHA 1C0TA 3QNOA 4DU1A 3ZSOA 4F8RA 2ZQBA 3LP0A 3RRHA 1UA0A 1GOCA 1BCOA 3DRPA 4CHOA 4IDKA 4JS5A 1VSKA 3KK3A 4BE1A 4FLTA 1U4BA 1NOYA 3M8RA 2OZMA 4FLYA 2HHWA 2ZE2A 5DMRA 3KTQA 4NCAA 3SYZA 5D3GA 3LP3A 4CGJA 4E7HA 1C1BA 4TSXA 2YNFA 4OGEA 3LALA 1TK8A 4DTXA 1D9FA 4CJ4A 5DK5A 3ZSXA 4CGHA 4DTJA 4IBNA 4FJ5A 2OYQA 4CJFA 1BIUA 4F2SA 3NAEA 2D5RA 1L5UA 2R7YA 4DMNA 3MXIA 2G8KA 4I2QA 4MQ3A 2PY5A 4F4KA 4FJIA 3AA4A 2Y1JA 4KHNA 3WNHA 3OYHA 1QTMA 3DRSA 4B9VA 3D0PA 2VG5A 3QEVA 3DOKA 3HSTB 4E7LA 4M3WA 3PX4A 4BWMA 1ZBHA 3VQAA 1IG9A 4CJTA 4CEOA 3NF9A 1NOZA 2YV0X 4RW7A 4FK0A 1ASUA 1KVAA 1WSFA 3SUOA 3L2RA 4KHUA 4J2DA 2VG6A 4HUGA 4R5PA 3MECA 1EP4A 1RT2A 4DTOA 3BDPA 2IC3A 2FBTA 3ZSZA 1S1TA 1SKWA 3OYMA 2HMIA 3I0RA 3CYMA 1I3AA 1ZBFA 4CEFA 1T05A 1RBSA 4C8OA 1HNVA 3P1GA 2A1SA 1BCMA 1ZYQA 1TL3A 4PQUA 1HYSA 3O4QA 1HYZA 3D45A 2BANA 4CHNA 1SL0A 5HRNA 1EETA 1B9DA 1S9EA 5CZ2A 4BE2A 5FROA 4CHYA 5C24A 3RTVA 1JLEA 1RDDA 1LAVA 4CEQA 3KLEA 3V1QA 1JLFA 1EX4A 3LDSA 3VQ5A 4CCHA 2YNIA 3ZT4A 1WLJA 3AVNA 1ASVA 4O5BA 4CJUA 3UIQA 4I9LA 4J2BA 4CEEA 2KFZA 3ALYA 3O4NA 5CY4A 4PA1A 4FLZA 5SZTA 1D9DA 2E6LA 3LP2A 4CIEA 4DSKA 5CZ1A 2YHAA 3M8PA 3O3HA 4H8KA 1S6PA 3SUNA 4EZ6A 2QKBA 1TGOA 4M42A 2HVIA 1VRTA 3QNNA 2Z1GA 4DU3A 1BQMA 3C95A 4O4GA 3AVGA 1X1PA 3IG1A 4FW1A 3MEGA 4RG8A 4M41A 1HMVA 3ZT0A 1D5AA 4CJKA 3AV9A 5SWMA 4DLGA 5EU7A 4KRFA 1VSMA 3AVCA 3C6TA 3CFOA 4Z4HA 2WONA 3DLEA 3SPZA 4Z0UA 4KI6A 1N5YA 4JRPA 1QQCA 4FLUA 4OKJA 4DG1A 1VSFA 1CZBA 1O1WA 2G8VA 3ZSRA 3AA5X 2ZD1A 4K8XA 4NYFA 3VQ8A 1XHZA 1RTJA 5KRTA 3SQ0A 2B4JA 2YNHA 3SCXA 1RDAA 3RMBA 4W5NA 4B9LA 3OS2A 3VQCA 4ELVA 1U47A 4CHPA 4RW4A 1IO2A 1WSJA 1G15A 4J2EA 1RILA 1HNIA 1C6VA 3BGRA 2XRIA 3ZSVA 3CM6A 3OVNA 1TV6A 4CGDA 4M45A 1HJRA 3TANA 3TR8A 1NJWA 2OPRA 1RTDA 4KI4A 1QSYA 3TAFA 3IAYA 1YTUA 2KZMA 1EKEA 4DFPA 3IS9A 4LH5A 4CECA 3NF7A 3G0ZA 3AA2A 1RBVA 1XHXA 4GMJB 1QHTA 1WSHA 3ZCMA 4M3XA 3KIOA 4ZHRA 3P83D 4DLEA 4CEZA 4DFKA 1T8EA 3KKRA 1LWEA 3HPGA 1WSEA 1A5VA 4FJKA 4FJGA 3ZSQA 3KD5E 4AHCA 3NF6A 5HBMA 3VQ7A 4CFCA 1JLAA 1DTQA 2E6MA 2FBYA 3V9XA 2O4GA 2X78A 3S3OA 2OPPA 4ZTFA 4AHUA 4QOZB 1RDBA 1XI1A 2FBVA 3TAPA 1LW0A 1RCHA 4GW6A 4RW6A 4CF1A 1HQUA 3MEEA 3V81A 1J53A 4KPYA 3KLFA 3P5JA 5C42A 1SKRA 1C0MA 3OJUA 3NGIA 2Z1IA 4EZ9A 4FYDA 4M3ZA 3SPYA 5HP1A 5FRNA 4W5RA 2QXFA 4E1MA 1LWFA 3ZT3A 3O3GA 4W5OA 3VA0A 3V4IA 3NDKA 3EYZA 1T03A 5J1EA 2XY7A 4CJPA 5HROA 3LZJA 1GOAA 2YKMA 5HRPA 4C8NA 4CJ5A 1U45A 4CHQA 2PYJA 4DFMA 4BDPA 1VSHA 1CZ9A 1RT1A 3LZIA 1X9WA 4B9SA 2P5OA 3AO4A 4CJ3A 4F2RA 3NHGA 2NUBA 3H08A 4CJRA 4E1NA 3KLHA 1NK0A 3OYNA 1NK6A 5K14A 4IG3A 2IAJA 4O0JA 3OYEA 3HVTA 3DLHA 2GBZA 1KLMA 1Q9XA 1KTQA 1KRPA 3G10A 1NK4A 1BI4A 3DLGA 3LWMA 3TAEA 4B9UA 1RTHA 4FJLA 4KFBA 1ZBUA 4CIFA 2BE2A 3LANA 1IKWA 3NF8A 3EY1A 4BACA 5JS2A 1VSLA 3QIOA 3OYCA 3NGZA 2Z1JA 4HUFA 4M3UA 1WNSA 4B8AB 1NJZA 3PO4A 3OYAA 4PY5A 2HNYA 2JGUA 5KRSA 4XIUA 1XC9A 3RRGA 2P5GA 5KGXA 2QKKA 1RBTA 4KHWA 3VQEA 2HNZA 3ISNC 2OA8A 1Q9YA 3HJFA 4DSEA 4DS5A 4DQPA 2ITGA 3ZSWA 1VSIA 2P1JA 5HRSA 1GOBA 3F9KA 4RW9A 3AVLA 4FZXC 3QERA 2I5JA 4DSFA 1QS4A 1Y97A 4Z4GA 1VSDA 4FLWA 3OS1A 4DQSA 3AO1A 4FK2A 1RT7A 2F8SA 1WSIA 4DWIA 5KI6A 3NBPA 5T7BA 4N41A 3LAMA 4UQGA 3MXMA 3AVHA 2F96A 4AHTA 5FDLA 3HO1A 1C1AA 1FK9A 3AVBA 1B92A 2XO7A 1S9GA 3OJSA 1YVUA 1L3SA 1ASWA 4B8CA 1FKOA 2Z1HA 4ID5A 4E7KA 4BWJA 3AVAA 4OPJA 3NH2A 4W5TA 4E89A 1RBUA 1RNHA 4DTNA 3HYFA 3ULDA 4FLVA 3V1RA 3TAQA 4KHQA 1C0UA 3A2FA 1I39A 5HRRA 4CJVA 1HQEA 1RBRA 1RT3A 1UWBA 2RPIA 3LPUA 3M8SA 3MAQA 2XY5A 4KKOA 1SKSA 1NKCA 1KFSA 4DQIA 2G8HA 2VWJA 3DYAA 1X9MA 1J5OA 4CEDA 3HP6A 3EZ5A 3L2QA 1QSLA 1QE1A 1RT4A 4KB0A 2XHBA 3QEWA 3TABA 1VSEA 3VQQA 3E01A 4B9NA 1RT5A 3K58A 3PX0A 2G8FA 4FLXA 2BGGA 1C1CA 4E3SA 4Z4EA 4HCCA 2HHQA 3AVKA 1WAJA 4CJEA 3HL8A 5HLFA 4OLBA 2KZZA 5CYQA 4DQQA 4LSNA 3PUFA 1YTAA 4KB1A 1W0HA 1Z25A 3RR7A 2FBXA 4DTPA 2KTQA 3K59A 1CXUA 3AA3A 2EX3A 4DQRA 3HP9A 1BISA 1TKXA 3ZSYA 1NJYA 4J2AA 3VQDA 4DFJA 3OYFA 3TI0A 5J2QA 2D0CA 5CYMA 2X6SA 3OS0A 3M8QA 4NYNA 3S9HA 1R0AA 3AVIA 2BDPA 3KJVA 4DTMA 2HHVA 3NFAA 4DF4A 3K57A 3DRRA 1RTIA 3I0SA 2HHUA 2B5JA 2DTUA 4PWDA 4F3TA 1D8YA 4QAGA 1SUQA 3VQ6A 3OYDA 1RDCA 4CK3A 3K5LA 3KLGA 1KVCA 2PZSA 3RWUA 1FKPA 4FJMA 4O44A 4FXDA 2ATQA 4ELTA 4CESA 4KHSA 1S5JA 2GV9A 2G8IA 1L3TA 4I7FA 4F3OA 1TAQA 3S3MA 4LH4A 3TWHA 3FFIA 3AVJA 1SL1A 4HCBA 2D0BA 4CGIA 3SNNA 4CERA 3AVFA 3SUQA 1S1WA 2IGIA 3QESA 2DFFA 4E7JA 1BI4B 2AJQA 1HPZA 3TARA 5FRMA 4LD0A 3L2UA 1QSSA 3C6UA 4O0IA 3CQ8A 3L3UA 1WSGA 2LSNA 2O4IA 3V9UA 2HHXA 1B9FA 4GVMA 1J54A 1W9HA 1BIZA 1JL1A 4BDZA 4FJ9A 3DLKA 1VRUA 3LPTA 4ICLA 4ZTJA 1JLCA 4IFYA 3QEPA 3SJJA 4KV8A 2XY6A 4IKFA 1JXBA 3OY9A 4HHTA 4CGFA 1CXQA 4CF9A 4Q5VA 4PUOA 4CEAA 1JLQA 3TAMA 4Z4IA 4DSIA 3HK2A 1X9SA 4DU4A 1L3UA 3MEDA 2IS3A 1UA1A 3ZT2A 4C8LA 3SV3A 3SUPA 4KHYA 4HTUA 1JL2A 4NCGA 2VWKA 3WNEA 1IKXA 4E7IA 2KFNA 3CM5A 4CJSA 2E4LA 3MXJA 1K6YA 4Y1CA 3B6PA 4DTUA 3CG7A 3PY8A 3VN5A 1KCFA 4N5SA 3HM9A 4WE1A 1U49A 1NK7A 1ZBIA 5I3UA 2HNDA 1WAFA 3QO9A 1TKDA 1NJXA 1HRHA 4HVJA 3QEIA 4FJXA 4N47A 3L2VA 1LAWA 1VK0A 3WNGA 3TAGA 3PO5A 4CIGA 3CFPA 4KAZA 3QIPA 4YNQA 4CHZA 1JLBA 1UAXA 4CJQA 3VQ4A 1IKYA 1ZBLA 4KTQA 4K8ZA 4FJ8A 2Y1IA 3LAKA 3JYTA 4QCLA 3AVMA 3SI6A 4FM2A 1IKVA 3LWLA 3T19A 3NGYA 4CF0A 4IFVA 3OYJA 4LSLA 3V9WA 4E0DA 1A5WA 2YKNA 3KLIA 4E19A 2KQ2A 4YFUA 3HT3A 2W42A 1HYVA 4BDYA 4N76A 3NH1A 4B9MA 4OGCA 1S6QA 3K5MA 1LW2A 3K5OA 4FZZA 1KVBA 3AO2A 1DTTA 2PYLA 2DY4A 5JS1A 3HVRA 3NCIA 1XWLA 5C25A 1JKHA 1EXQA 4FM0A 4AHRA 2ETJA 3ITHA 1BGXT 2HHTA 1L3VA 1JLGA 1TK0A 4AHVA 1REVA 4L8RB 2OPQA 1T7PA 2GUIA 4FJHA 1CLQA 2A1RA 4RW8A 3VA3A 4OVLA 1N6QA 2YNGA 1TKZA 4FCYA 3VQBA 4KTZA 5J2MA 4CF8A 4N56A 1S1XA 4FW2A 3SQ2A 4CF2A 2X74A 3DOLA 4Y1DA 1NK5A 4B9TA 1ITGA 1NK8A 2F8TA 4AILC 3HPHA 2EHGA 1KLNA 4OPKA 1LV5A 2B6AA 3KKSA 4CK2A 4HUEA 3O3FA 3U6FA 3HXMA 3THVA 3VQPA 3WNFA 3RMDA 4B3OA 1NKBA 3KD1E 4C8MA 1KFDA 1FXXA 3L2WA 4M3YA 3OYLA 1BQNA 3OYGA 2G8UA 4AHSA 4AH9A 4Z4CA 4EP5A 1U04A 3RMAA 5E41A 1U48A 3SQ1A 4MFBA 2QK9A 4OLAA 4JS4A 3AO5A 3U3YA 3ZT1A 4ELUA 3KK2A 3V6DA 2VG7A 3K2PA 5KTQA 4I9QA 3DLRA 4OKEA 4DSJA 3K5NA 1BHLA 1LWCA 1KSPA 3S3NA 3HPOA 3F73A 3PX6A 1Q8IA 2YHBA 3PV8A 1YT3A 3OYBA 4Q0BA 2DFEA 4FK4A 4EP4A 3V9ZA 1A5XA 5J2NA 3L3VA 3V9SA 4FZYA 4NCBA 3C94A 2WOMA 1VSJA 4H4OA 3AO3A 3QINA 3JSMA 1TAUA 1BL3A 2D0AA 2OPSA 4C8KA 1TK5A 2HHSA 3V1OA 1WN7A 4KO0A 4DF8A 1RT6A 3VQ9A 4KREA 1MU2A 1TL1A 2RKIA 5KGWA 2OZSA 4FVMA 3U3GA 3I8DA 3CFRA 4CFDA 2FC0A 4FM1A 4JRQA 2RN2A 4CFAA 3IRXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LY7A 2HB5A 1P8ZA 3B6OA 4CEBA 2HBMA 2VYPA 4M3RA 1DLOA 3ZEUB 2Q36A 1OVYA 4OKKA 1JXEA 3RR8A 4H0OA 4O55A 2P51A 3I56N 3NE6A 2JLEA 3A5NC 2RF2A 3DXKB 1QQOA 4I6MB 3T3FA 4DR7K 2RHKA 3ASMA 4M3TA 3OYKA 2XY8A 1J9AA 3SLCA 1S1VA 4GV6A 5I42A 1SV5A 3CCSN 3GG4A 3P39A 4NO7A 4FWMA 3CCMN 3RRHA 1H1VA 1VSKA 4JD2A 2ZJRL 4FLTA 5DMRA 3KTQA 3SYZA 3LP3A 4CGJA 2E5LK 4JI3K 4CGHA 4FJ5A 5AQQA 1BIUA 3F2KA 4B1UB 4BGAA 3VMFB 2G8KA 4CJ7A 4I2QA 4MQ3A 2P9UA 3AA4A 2Y1JA 1QTMA 3QEVA 4E7LA 4M3WA 1ZBHA 4CJTA 1NOZA 4EFHA 2YV0X 3SUOA 3RVCA 3IMXA 3UKUA 4BRQA 1RT2A 2HHHK 3I0RA 1I3AA 1C0GA 1TL3A 2BANA 4B3TK 3OW2M 1YIJN 4DB3A 1LAVA 4CEQA 3TU5A 3LDSA 2QWNA 3VQ5A 4JKGB 1NNEA 3UIQA 1ASVA 2VCPA 4A5AA 3H45C 4H0VB 4ISEA 1BO5O 3R8EA 4H5NA 3LP2A 1D9DA 4ISGA 4DSKA 2YHAA 4H8KA 3SUNA 3EZWA 3K0SA 2HVIA 1X1PA 3FZFA 2NRXA 3ZT0A 4CJKA 3GE1A 5SWMA 4H0XB 3C6TA 4BVOA 3DLEA 1NM1A 4Z0UA 4KI6A 1N5YA 4LF8K 4OKJA 4DG1A 3AA5X 2QWQA 4K8XA 1XHZA 5DM6L 1RTJA 5AFUH 4W5NA 4B9LA 3OS2A 4ELVA 1U47A 4RTFD 5BRHA 3WEEB 1G15A 4JHDA 1RILA 1U6ZA 1C6VA 2H3GX 3ZX2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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