1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
2PZSA 4OGCA 4FJGA 4CJPA 3CQ8A 3RMBA 3LWMA 3LPUA 4E0DA 4KTZA 1JLFA 3OS1A 3BDPA 1QSLA 2FBVA 2JGUA 3TABA 2G8UA 4Z4FA 1LAWA 1KVAA 1S1XA 1NJZA 3LAMA 4FZXC 1YTAA 1RTIA 3THVA 4O4GA 4B9VA 3SUOA 2QKBA 3VQQA 3HP6A 4B9NA 3NDKA 2HHVA 2E6LA 3HPGA 1WNSA 3ZT3A 3QIPA 4Z4CA 2OZMA 1S9EA 1NOZA 4FVMA 4I9LA 1VSFA 4DF4A 3RMDA 5CY4A 4CHYA 4DWIA 4AHVA 3OYKA 2OA8A 1IKWA 3AO4A 4M3UA 1JLAA 1LV5A 4OKEA 4IBNA 4FJIA 1ASVA 2WONA 4CJSA 4AH9A 1NK9A 1J53A 3RMAA 1VSJA 4C8MA 3WNHA 3PX0A 3SCXA 3DM2A 4BDZA 3O4QA 3LAKA 2XY7A 3NF7A 1X9WA 4I7FA 2HB5A 3IS9A 1S1UA 3SUPA 4KTQA 3HVRA 2A1RA 3QEVA 1VRTA 4DTOA 1JLQA 2OPSA 4KKOA 3VQ9A 4DTRA 2X78A 2FBXA 2IDOA 4CEEA 4DLGA 2F8TA 1RT5A 4Q0BA 4CHQA 3OJSA 1EETA 4Z4IA 3L2VA 3HPHA 1NK6A 4F2SA 1T03A 3LP0A 3VQ6A 1UAXA 3V1RA 1HYVA 2IAJA 4FW2A 4G1QA 3SPYA 5KI6A 3D0PA 2ZE2A 1TVRA 4GW6A 3ITHA 4CJFA 2VWJA 4DFPA 4FLWA 1NKEA 1LW2A 3NFAA 2OZSA 4E7JA 3T19A 3MXJA 3DRPA 1R0AA 3SJJA 2HHQA 1RBTA 2GUIA 2VG7A 3LP3A 3VQ7A 3QEWA 4M3YA 2QK9A 1NK8A 4DQPA 5HRRA 2YNFA 1KLMA 3VQPA 1RTJA 1TL3A 2IS3A 1BIUA 3DLRA 4KO0A 4CGFA 4DSLA 4CF8A 1REVA 4CJ3A 1FKOA 4DSIA 3VQ5A 2AJQA 4CJRA 2F96A 2OPPA 4IG3A 3K57A 5J2MA 1NK4A 4PA1A 1KVCA 1KRPA 4IKFA 1CXQA 3V1QA 3K58A 1TGOA 3LANA 3DYAA 4DG1A 1KVBA 2D0BA 2X6NA 3DI6A 3QIOA 1HJRA 4EP4A 4QCLA 2KZZA 2HMIA 5CZ1A 3K5MA 1NK0A 4QOZB 1VSHA 3VQ8A 1L3SA 3V9XA 3C94A 3NBPA 4I2QA 4DF8A 1SV5A 4OGEA 3ASMA 2GBZA 2ZD1A 4O44A 1YT3A 4HTUA 4Z0UA 4FCYA 3O3FA 4C8KA 4E7HA 1D5AA 4KPYA 2YHAA 3AVGA 3OYCA 1KTQA 3OYLA 4KHSA 3ZSOA 2D0AA 3V9UA 1EX4A 3TANA 2A1SA 3NF9A 1BL3A 4ZHRA 3PY8A 4KHWA 4M3WA 3V9SA 4CK3A 4F4KA 1JL2A 4RW6A 1ASUA 1RT6A 4DU1A 5K14A 3NE6A 2XHBA 1DLOA 1C0TA 2GV9A 4DMNA 4KB1A 1RT2A 5KGWA 1TKTA 1U48A 4K8ZA 5HRNA 4NCBA 3AVNA 3AO5A 4MQ3A 4BE2A 1GOBA 2BE2A 2OPRA 4OVLA 3K5NA 4PY5A 4DFMA 3O3HA 4IFYA 2B4JA 1VSLA 2BDPA 3TAFA 3NH1A 1CLQA 3TAGA 1HYZA 2YNIA 1HRHA 4FJHA 2IC3A 2B5JA 4CERA 4PUOA 4CEZA 3LP1A 3VN5A 4B8CA 5J2QA 2VWKA 4CF1A 1WSGA 4B08A 1IKYA 4EZ6A 4LSNA 2R7YA 1NOYA 3DOKA 3L2UA 1SKWA 4HHTA 2G8WA 4KRFA 2FC0A 4M3TA 4BDYA 3CM5A 1QQCA 3MECA 1NJYA 4FJXA 4FLZA 4CHOA 1J5OA 3KLIA 4DU4A 3KK1A 4DQSA 4CFAA 3PV8A 3AA2A 3L3VA 3ZCMA 3NGIA 1C1BA 5FROA 4W5OA 4JRQA 4CFDA 3CFOA 4DTSA 4B9LA 2KFZA 4OKJA 4DFJA 2KW4A 4N47A 3HPOA 3S3OA 1SL2A 4CJVA 3QEXA 3OYEA 1TKDA 4FJNA 1YTUA 4CHZA 4OLAA 3VA3A 3G0ZA 1QE1A 2X74A 3AVLA 1DTQA 1TKZA 3ISNC 4CHPA 2OPQA 3TAMA 1JXBA 4O0IA 1WSEA 4FJ8A 3M8PA 4E89A 1QSYA 5KRTA 1CZBA 1JLBA 3VQAA 4KAZA 4M3ZA 4Z4GA 4O5BA 2HNZA 1BI4B 3HVTA 5HRSA 1WSFA 3OYBA 3MAQA 3MEEA 1W9HA 4OKKA 4CJ4A 5KTQA 3NCIA 3AVCA 2PYLA 3O3GA 4FM1A 2BGGA 4OLBA 1I3AA 2G8FA 3OYFA 4AHCA 3RMCA 5CYMA 1BIZA 4CEFA 3RR7A 3KLGA 4E19A 2YKNA 3RR8A 2DFFA 2X6SA 3MEGA 5CZ2A 1S9GA 1JL1A 4F2RA 1B92A 1TAQA 3B6PA 2HHXA 2YKMA 4AILC 4BACA 4IDKA 4CJUA 4HUEA 5DMRA 1Z26A 5FDLA 4CJEA 1VSMA 4ELUA 3PO4A 4NYFA 1Q9YA 1A5XA 4IG0A 4NCGA 4KHQA 1DTTA 2RF2A 4I9QA 4CIGA 1TKXA 1EP4A 3AA5X 4DSKA 4CEDA 4FYDA 4JRPA 1RT3A 2P1JA 2YNHA 3QERA 4LY7A 3SUNA 1VRUA 4CFCA 5E41A 4W5TA 1SL0A 1L3UA 3QEPA 1SUQA 1GOCA 3LALA 1RBUA 4GMJB 4HVJA 3LZJA 1S6PA 4JS4A 1ZBLA 3LPTA 3HT3A 1HNIA 4CJWA 2KZMA 1JLEA 3TAQA 1Q9XA 2QXFA 4PQUA 1I39A 1FXXA 1BQMA 4DSJA 3DRSA 3L8BA 3G10A 2E6MA 2PYJA 1A5WA 1WSIA 2HHWA 3K5LA 4DTMA 2G8KA 3ZSYA 3JSMA 1S5JA 3AVIA 3WNEA 1C1AA 1O1WA 4CGDA 5J2NA 1IH7A 1XI1A 4F8RA 4LSLA 4KI4A 2HHSA 4I2PA 1L5UA 4FZYA 4CJ5A 3D45A 3S3MA 4CFBA 3SQ4A 1XC9A 3I0SA 3IRXA 4ELVA 4LD0A 3RWUA 3PO5A 2G8HA 4L8RB 1VSDA 1F21A 4KFBA 2D5RA 4KV8A 4BWMA 3VQDA 5J1EA 1RBSA 3L2WA 1N6QA 1KFDA 1NJXA 3ZSQA 1U49A 1QTMA 1XHXA 3IAYA 4DQIA 1G15A 1RT7A 2ZQBA 1RTHA 4B8AB 2W42A 4CJKA 1VK0A 4HUGA 3OS2A 4XIUA 3P1GA 1LW0A 3V4IA 3QNOA 3AA4A 1TV6A 2NUBA 4FJ7A 3K5OA 3AVKA 3DRRA 5C25A 4KHUA 3EYZA 3DLKA 4DS5A 4J2BA 1K6YA 1WSHA 2Y1JA 1EKEA 2Z1HA 3T1AA 4ELTA 4FJ5A 1NK7A 4E7LA 3HP9A 3V1OA 2Q3SA 3V9WA 3I8DA 3U3YA 4CEAA 4ID5A 1ITGA 4CEQA 1IO2A 1U47A 1WLJA 4DS4A 4CHNA 4HCCA 4F3TA 4FJJA 2YHBA 3HXMA 1WN7A 2P5OA 4TSXA 3CFRA 2JLEA 4CECA 3P5JA 4DTJA 1X9MA 2RKIA 1BQNA 4DU3A 4F3OA 4DSFA 2ATQA 2EHGA 3EY1A 3HK2A 4PWDA 2O4IA 1VSEA 3M8QA 1FKPA 1Q8IA 5KRSA 3RTVA 4M3XA 2XY5A 1Y97A 3L2QA 2HHUA 3TAEA 3RRHA 3QETA 1MU2A 4RW4A 5I3UA 4CGHA 3M8SA 1KLNA 1RDCA 1Z25A 3C6UA 4FJKA 3M8RA 1X9SA 1SKSA 1S1VA 1NJWA 4GVMA 3ZT0A 1NKCA 3L2RA 1D9DA 1W0HA 3ALYA 4O0JA 4AHTA 2FBTA 3OJUA 4DLEA 1WSJA 2Z1JA 3TARA 1LWEA 3H08A 4H4OA 5EU7A 3MXIA 4KREA 1BISA 4ICLA 3PX6A 3LP2A 2P51A 3HYFA 1S1WA 3MXMA 3VA0A 4FK2A 3V9ZA 3KD5E 4BE0A 4ZTJA 3U3GA 2Z1IA 3KK2A 2IOCA 3KIOA 5DK5A 2O4GA 1T05A 2XY8A 4BDPA 3ZSVA 3UIQA 2XY6A 4NCAA 4CGGA 4CJLA 1RDBA 4CJTA 4E7IA 3SYZA 5FRNA 4H8KA 4FLYA 4IFVA 1L3VA 3NF8A 1TAUA 4W5NA 4K8XA 1WAFA 4FM0A 3P83D 1LWCA 1HMVA 3VQEA 4N5SA 3KLHA 4Z4HA 4B9TA 2LSNA 3LWLA 4E1MA 1SL1A 3SPZA 3KTQA 1CZ9A 3OYDA 1C6VA 3OYJA 1ZBFA 1ZBUA 3LZIA 4BWJA 3VQ4A 4DTUA 3TI0A 4W5QA 3AV9A 2F8SA 4B3OA 4C8LA 3NF6A 2WOMA 4FLUA 1L3TA 4C8OA 4CESA 5JS1A 1RNHA 1BHLA 3DLEA 3ZT2A 3AO3A 1TK5A 3NH2A 2DFEA 3KKRA 1ZBHA 4FW1A 2ITGA 3NGYA 2HNDA 4CIEA 3V81A 1QHTA 1X1PA 1HPZA 4FLTA 3E01A 4CEBA 3IG1A 3SZ2A 3RRGA 3AVBA 3OYIA 4KI6A 3AO2A 2BANA 4JLHA 4AHSA 4CK1A 3AVMA 3T3FA 4O55A 2G8IA 3PUFA 4QAGA 2KTQA 5C42A 1HQEA 2I5JA 1SKRA 5T7BA 3AA3A 2PY5A 1S1TA 1S6QA 4CGJA 4DFKA 4H4MA 5JS2A 3OS0A 1RILA 4Z4EA 1T7PA 3DLHA 2OYQA 4HCBA 3SUQA 2DY4A 2XRIA 4OJRA 4R5PA 4YFUA 5SWMA 3KJVA 4DTNA 4RW7A 3DLBA 4DTPA 3HSTB 4RW9A 3QESA 1IKXA 4J2EA 4JS5A 3QNNA 2VG6A 3KD1E 3DLGA 3WNGA 4EZ9A 1FK9A 5C24A 4M42A 1UOCA 1LWFA 3OYHA 2IGIA 4CGIA 3ZSZA 1ASWA 4AHUA 1RT1A 4YNQA 3HJFA 4FLVA 3BGRA 4FK0A 2RN2A 1UWBA 3MEDA 4DQRA 1ZBIA 3FFIA 1JKHA 1C1CA 1NKBA 4LH4A 1J54A 3SV4A 3SI6A 1XHZA 2HVIA 1KCFA 1HYSA 3ZT1A 1BI4A 4OPKA 4W5RA 2XO7A 3S9HA 1GOAA 1JLCA 4M45A 5HBMA 4CEOA 1NK5A 4FJ9A 4KTWA 1BCMA 2DFHA 1BCOA 3AVJA 4OPJA 5HP1A 4M41A 4KB0A 1JXEA 3U6FA 4KHNA 3QINA 4FXDA 4FLXA 2YV0X 3S3NA 4CF0A 3OYMA 1RTDA 1C0UA 1KSPA 1IKVA 1HNVA 3KLFA 3HM9A 3F73A 1CXUA 3F9KA 4FM2A 3SV3A 5HROA 1RT4A 3OVNA 1UA0A 1UA1A 3QEIA 3EZ5A 4DTXA 4CJQA 1EXQA 4NYNA 1J9AA 1B9FA 4M3RA 3NH0A 3K59A 3SQ2A 1U45A 3LDSA 1QSSA 1KFSA 3JYTA 3HO1A 4N56A 3SQ0A 3A2FA 4RG8A 1IG9A 4B9MA 3VQCA 4WE1A 1QS4A 1N5YA 2HVHA 4E7KA 4Y1DA 1JLGA 2B6AA 4CIFA 4LH5A 5FRMA 4MFBA 4CF9A 3AO1A 4E1NA 2EX3A 4EP5A 3NAEA 4J2DA 3C95A 2HHTA 3I0RA 3ZSWA 3QO9A 1RCHA 3TAPA 4FJLA 3WNFA 4BE1A 3ULDA 3C6TA 4CE9A 2DTUA 3PX4A 2ETJA 3TR8A 5CYQA 3AVHA 1WAJA 3V6DA 3CFPA 5J2PA 3VQBA 2HNYA 1B9DA 1RBVA 2G8VA 1D8YA 3KKSA 4B9UA 4DSEA 3OYGA 4C8NA 2VG5A 4Y1CA 1TK8A 4FK4A 1RDAA 1U04A 3L3UA 3ZSXA 1BGXT 4ID1A 3KK3A 1HQUA 4FZZA 4CCHA 4HUFA 3DMJA 2KFNA 4CF2A 1TK0A 3QLHA 2HW3A 1XWLA 4N41A 3CG7A 3AVFA 2KQ2A 4ZTFA 2YNGA 2QKKA 5HRPA 2P5GA 3B6OA 3CM6A 2FBYA 1RDDA 3CYMA 4UQGA 2RPIA 1C0MA 3ZT4A 3SNNA 3DOLA 5HLFA 3HL8A 4RW8A 1TL1A 4KHYA 1T8EA 5D3GA 3OYAA 3NGZA 4AHRA 5KGXA 3OYNA 3KLEA 4DQQA 2Y1IA 4E3SA 3OY9A 4B9SA 3O4NA 3SQ1A 3ZSRA 1YVUA 1A5VA 3NHGA 1VSIA 4FJMA 3TWHA 1VSKA 5I42A 2D0CA 4CK2A 4N76A 1LAVA 1U4BA 3AVAA 1D9FA 4Q5VA 2E4LA 1ZYQA 5SZTA 2Z1GA 1RBRA 3K2PA 4J2AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OGCA 2Q0UA 1K8AO 2RHKA 1JLFA 3BDPA 2YJFA 2JGUA 4DR1K 1S1XA 3O6WA 2Q2RA 3LAMA 4FZXC 2D0OA 1RTIA 1YIJN 4BRFA 5M1QA 3SUOA 4MDBA 3ZT3A 1WNSA 1BOTO 3TTCA 3MN7A 4FVMA 3CJ9A 4I9LA 3KZBA 1LV5A 4OKEA 4IBNA 1ASVA 4AH9A 1QVGM 5IT9O 2WUSA 3RMAA 3WNHA 3PX0A 1S1UA 3QEVA 1VRTA 3RWUA 2X78A 4DLGA 1RT5A 3OJSA 1EETA 3MK6A 3L2VA 3HPHA 3QFUA 2OANA 1TYQB 1DT9A 4BC2A 3UKUA 1TVRA 2VWJA 4PKIA 1SS6A 2YI1A 3T19A 4RWTA 3DRPA 5JMVA 1R0AA 4BR0A 2BUPA 3LP3A 2VQEK 2IS3A 4KO0A 2VWBA 3VQ5A 4IG3A 4PA1A 2O8DA 4IKFA 3QICA 3LANA 3K58A 4PKGA 3CHWA 1JCGA 2O8FB 2VCPA 5AQYA 4EP4A 5LJWA 4F9OA 3V9XA 4H5TA 4OGEA 3ASMA 2ZD1A 4JK7A 4FWOA 5TKWA 3DLLL 1EO1A 3H1QA 1JJ2M 3TANA 1BL3A 4I6MA 4K0KK 4RW6A 3ZX0A 1NNEA 3DAWA 2XHBA 4IEIA 1C0TA 5KGWA 4KH6A 3ZEUB 5HRNA 4NCBA 4ISFA 1GOBA 5JVGL 4DFMA 3O3HA 3TAFA 1VQ8N 2NRXA 4LF4K 4NB4A 1NBWA 4IJNA 3A0IX 5BPMA 4EZ6A 4LSNA 2R7YA 3DJCA 3DOKA 2G8WA 2OTLN 2FC0A 4M3TA 4O5FA 4FLZA 3CQXA 4CHOA 4DQSA 2E1ZA 3PV8A 1QZ6A 4FWSA 2KHOA 4EHUA 3BEXA 2ZF5O 3AGKA 3MCPA 4H0PA 4IOXA 4BRKA 3CCUN 2D0PA 1ESVA 4OLAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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