1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
3VQCA 4OKKA 1KVCA 1GOCA 3ITHA 1DTTA 3LAMA 3KLFA 2WONA 3RMCA 2QKBA 1CXUA 2D0CA 2KQ2A 3ZCMA 3MECA 4HUGA 5HBMA 4DFJA 4E0DA 2Z1JA 4RG8A 4AHSA 2HHUA 1ASVA 4PA1A 4E7HA 4DU1A 2P5GA 1WSFA 3AA3A 3AV9A 2O4GA 3VQPA 1T8EA 2JLEA 2DFFA 3V9WA 3WNFA 4CEBA 2AJQA 4EP4A 3DLRA 4FJKA 1VK0A 4CIEA 4YNQA 3CFPA 1KVAA 3CFRA 4M3WA 2HVIA 4B9VA 3V1OA 3HYFA 2HW3A 2D0BA 3AVHA 1I39A 4AHUA 4CFDA 2XY7A 1LWCA 4B9MA 3QLHA 2HHWA 3KIOA 3PV8A 2E6LA 1UWBA 2HB5A 3KLHA 3RMAA 2KW4A 1RDBA 3ZSVA 5HRNA 4E7IA 4CGHA 3NGIA 4FK4A 4IBNA 2D5RA 3SUNA 4J2EA 4LD0A 4CEOA 3SPZA 3NFAA 3WNHA 4KTQA 1TKDA 3EYZA 1ZYQA 1DTQA 3ULDA 5HRSA 2G8IA 4E1NA 5FROA 3KLEA 3MAQA 3KTQA 3O4NA 1RDDA 1U48A 1IKWA 1FK9A 3AO2A 4CFCA 4UQGA 4IKFA 2RPIA 4FJXA 3QIOA 3LP0A 1NOYA 4YFUA 4Y1DA 1JKHA 4F3OA 3SZ2A 1D5AA 2A1SA 1XC9A 2BGGA 1JLBA 1SKSA 2ZQBA 4CHQA 4E19A 4OLBA 1Y97A 4DF4A 4DU3A 3AVIA 3SV3A 3P1GA 2KTQA 4CERA 3MEGA 2VWJA 4B8AB 2JGUA 4IG3A 5HLFA 2G8UA 4FJNA 1CZ9A 3PO5A 4CJPA 3AA5X 4OVLA 1Z25A 3HVRA 1EX4A 3AVFA 4OGCA 4DF8A 5D3GA 3H08A 4FCYA 4M42A 4B3OA 3NH0A 2RKIA 4ELUA 4DU4A 5FRNA 1JLEA 4JS4A 4KB0A 2XY5A 1TKXA 5HRRA 3TWHA 4O55A 4LH5A 4FLYA 3CM6A 3TAPA 4CF8A 2OPPA 1A5XA 3K2PA 4DFMA 2DTUA 5HRPA 4LSLA 1SUQA 1YT3A 1J53A 3L2VA 1UA0A 1BI4B 4NYNA 3NBPA 3DLHA 1L3UA 2PYLA 4OJRA 4DTSA 3HO1A 5E41A 1BIUA 3THVA 3V81A 1NK8A 1XHXA 4F4KA 2ATQA 1ZBIA 2OPQA 3KK3A 4M3UA 3S3NA 1HNIA 1D8YA 1QQCA 4F2SA 3T1AA 1RT5A 4O0IA 2OYQA 3V9XA 3WNEA 5CZ2A 3LZIA 1L3SA 3L3UA 2R7YA 3B6PA 1LW0A 1UAXA 2P1JA 5C24A 1S1VA 2OZSA 4B9TA 4DSLA 5CYQA 3TAMA 2DFHA 3I0RA 1CLQA 3VQ6A 1RT7A 2YKMA 2Z1IA 3NGZA 3DLKA 1GOBA 4E7KA 3O4QA 4NCGA 3WNGA 4N47A 2HHQA 3L3VA 4KAZA 4IDKA 3NGYA 3O3GA 4DQIA 4DSKA 3CQ8A 1NKCA 2HNZA 1VSFA 4HCBA 1RILA 2YNFA 3RRGA 3LWLA 4CGGA 2BDPA 4C8LA 3I0SA 1BHLA 4CJKA 3HP9A 3S9HA 3MXMA 1NKEA 1HRHA 3VN5A 1TK0A 1HYVA 4Y1CA 1RT4A 1F21A 2D0AA 4FK0A 3DRPA 4DS4A 1S9EA 1WN7A 1RBTA 4FM2A 3QNOA 3MXJA 4QAGA 3TAEA 4BDYA 3LWMA 1HYSA 4CJQA 4O5BA 1RBSA 4FLVA 3HVTA 4AHVA 3KKSA 5KRSA 4FLZA 3VA3A 4FZYA 4KO0A 3ZT1A 4IFVA 1D9FA 3C6UA 4CIFA 4OKEA 3RWUA 2QK9A 3ZSQA 1S9GA 3PX6A 2I5JA 4CFAA 4OLAA 5CY4A 4Z4FA 4NYFA 3VQBA 2VWKA 4C8MA 4CK1A 1NK7A 1NKBA 3SPYA 1GOAA 3AVAA 2HNYA 4BDPA 1FKPA 4KHWA 3EZ5A 1RT3A 1TKZA 1WAFA 3CG7A 4E89A 1X9WA 2YNHA 1HQEA 3OJSA 1NJYA 3IAYA 4Q5VA 4ID5A 1KTQA 2HHSA 2B5JA 4H4MA 1HNVA 4I2QA 3OYLA 3NCIA 4E1MA 4FJJA 1REVA 3NAEA 1KFDA 1XWLA 3AVLA 4AHTA 4KHNA 1O1WA 4DTJA 3CM5A 4DSJA 2F96A 4EZ6A 1IKXA 2YHBA 2XY6A 4O0JA 1J9AA 3VQ9A 1VSJA 3K5MA 3DLGA 1NJZA 1L5UA 4K8XA 3VQDA 4B9SA 3PX0A 1B92A 1LAWA 4CEQA 4FJMA 4CGIA 1A5VA 3OYBA 3V1QA 2OZMA 3L2UA 4FJIA 1KCFA 2F8TA 2IC3A 1KVBA 4OPKA 4KTZA 3RMDA 1NJWA 1T05A 1NOZA 3DOKA 2XRIA 1VSHA 3NF7A 3TI0A 4C8KA 1S5JA 5SZTA 3SQ0A 2A1RA 4I2PA 4CF1A 2X74A 3PUFA 5KGXA 1WSHA 3ASMA 4CJTA 3U6FA 1SKRA 4CE9A 1W0HA 4HVJA 3PY8A 3C95A 1RT1A 2X6SA 1X9SA 5J2PA 1VSIA 1RBVA 3LPTA 2KZZA 4CHZA 4CJEA 4DLGA 3SI6A 3LALA 3S3OA 3RR7A 4J2AA 3ZT2A 2Q3SA 4N56A 3D0PA 1LV5A 4J2BA 3SNNA 1ZBHA 2IDOA 1MU2A 1FXXA 3DYAA 3IS9A 4AH9A 5KI6A 3OY9A 4CGFA 1RTIA 3QIPA 1HJRA 1S1XA 4EP5A 1RTHA 3E01A 1N5YA 3KD5E 3PX4A 1BI4A 2ZE2A 3AVKA 3QETA 3V4IA 1HYZA 1TK5A 1C1AA 2DY4A 4DTMA 4GW6A 1K6YA 1QE1A 3P83D 1CZBA 1RTDA 1C1CA 4CJUA 4PY5A 3ZT4A 4CJ5A 2KFZA 2HVHA 2Y1JA 1JXBA 2FBTA 1LW2A 4CF2A 3SUPA 4B9NA 4FLTA 4C8NA 4CJ3A 3NF8A 4CESA 4DQRA 2PZSA 3QNNA 4PQUA 3QEIA 2IAJA 1CXQA 4Z4IA 1NJXA 3PO4A 2KZMA 3HXMA 2PYJA 1RDAA 1NK6A 1SL0A 4CJRA 1QSYA 3HK2A 1BGXT 2FBXA 4DMNA 3KJVA 3M8SA 1C0MA 4LY7A 1YTAA 3JSMA 3DOLA 5EU7A 3F73A 4CF9A 3OYNA 2Z1GA 1B9FA 4JRPA 4FLXA 1J5OA 2Y1IA 3NH2A 4GMJB 2KFNA 2WOMA 5J2NA 2O4IA 1RDCA 2G8FA 4KHSA 3K5OA 4ICLA 3SV4A 2HHTA 4B08A 3OYKA 3CYMA 3RRHA 3OYFA 1KRPA 1HPZA 5DMRA 4FVMA 4TSXA 5KGWA 3OS2A 2OA8A 1SL1A 3BGRA 3L8BA 3DM2A 1ZBFA 4ELTA 3KK2A 4CEZA 4L8RB 4CF0A 3QEPA 2HHXA 3M8QA 3S3MA 1LWFA 4CJLA 3NF9A 3TAGA 1ZBUA 5KTQA 1QHTA 3OYCA 3NHGA 3NDKA 3RR8A 1TL3A 3OYHA 2XY8A 3HJFA 3QO9A 1VRUA 5HP1A 3ISNC 2ZD1A 4JS5A 1KSPA 3C94A 1WSEA 4CIGA 4CHOA 2HMIA 4CJSA 3SCXA 3ALYA 1B9DA 3V1RA 4OPJA 1VSEA 4CJWA 3V9SA 2ETJA 1BQMA 1S6QA 4FJ8A 4JLHA 4KHUA 3KK1A 4CK2A 4KTWA 3AA2A 1JLCA 1ASUA 4I9LA 2X6NA 3HPGA 4E7LA 4ZTJA 3OJUA 3CFOA 4CECA 3ZSXA 3NE6A 4M3ZA 3ZT0A 3O3HA 4CEEA 2RF2A 5JS1A 3OYDA 4H8KA 1BISA 4DSIA 4CEFA 1VSKA 1UA1A 1EP4A 2PY5A 4HCCA 1BCMA 2G8HA 2Z1HA 4BE0A 4FYDA 3K59A 1S6PA 4DTRA 4KHYA 4BE1A 1IG9A 2GV9A 1Q8IA 5I3UA 3TARA 4CGJA 4PUOA 1DLOA 3HT3A 4FLUA 4OGEA 5J2QA 1LAVA 3OS1A 1EKEA 3JYTA 1Q9YA 1L3VA 1QTMA 4M41A 3HP6A 3LZJA 4FM0A 2X78A 1NK5A 4M3YA 3M8PA 4Q0BA 1LWEA 1S1TA 1I3AA 3HPOA 4DFKA 4RW7A 1ITGA 2GUIA 4DQQA 3VQ4A 4H4OA 1JLQA 1Q9XA 2HNDA 2LSNA 2QXFA 2VG5A 3KD1E 3AA4A 4KKOA 4KB1A 1HMVA 4LH4A 4RW6A 4DG1A 3VA0A 2VG7A 4AHRA 1YVUA 4FK2A 1EXQA 2GBZA 1NK4A 2BANA 3SUQA 3QEWA 1HQUA 4F3TA 3VQ7A 1W9HA 4CEAA 3AVGA 4KPYA 4FLWA 4NCBA 5K14A 4IG0A 2YHAA 1G15A 1VSLA 3OVNA 1JL1A 4CFBA 1JLFA 3IG1A 4DTUA 4DTOA 3SQ2A 4HTUA 3DRRA 4BACA 1XHZA 3L2RA 1SL2A 1RT6A 4EZ9A 1T7PA 1C6VA 1X1PA 3DLEA 4B9UA 4FJHA 2HHVA 3P5JA 2NUBA 3RTVA 1U49A 4BE2A 3HL8A 3VQQA 1U04A 1RNHA 3G10A 3NH1A 3QESA 3BDPA 4KI6A 1RTJA 3B6OA 3TANA 1TAQA 1QSSA 4BWMA 4W5RA 1ZBLA 2VG6A 3AVCA 4C8OA 3LAKA 3U3GA 1U47A 4Z4GA 1QS4A 4FZZA 3TABA 1TV6A 1IKYA 1U45A 1NK9A 1NK0A 4FM1A 2FBVA 1Z26A 4B8CA 3SQ4A 2FBYA 3VQ5A 4O4GA 1BL3A 4CGDA 4HHTA 3V9UA 1J54A 1RBUA 4ID1A 2E4LA 3L2WA 1C1BA 4CJ4A 3G0ZA 4QCLA 1TGOA 5CZ1A 4DTXA 4CHPA 3QEVA 4F2RA 3KLIA 4RW9A 1JXEA 5KRTA 3O3FA 5I42A 2G8KA 4F8RA 4W5NA 4FW1A 4AHCA 1TK8A 3AVJA 1IO2A 1L3TA 2EHGA 3OS0A 4MFBA 4M3XA 3MEEA 4KFBA 4CJFA 4E7JA 1SV5A 2YNIA 5J1EA 3ZSOA 2OPSA 3LDSA 4Z0UA 4CEDA 5J2MA 2G8VA 3KLGA 2E6MA 4Z4CA 3M8RA 2W42A 4ZTFA 4DQPA 3AVNA 3F9KA 4DSEA 2BE2A 3HM9A 1WSIA 2RN2A 4DTNA 3V6DA 1YTUA 1WAJA 3V9ZA 1N6QA 4DS5A 3ZSYA 3VQ8A 4WE1A 4E3SA 3OYEA 4DTPA 4DQSA 1VSMA 3UIQA 4Z4EA 4QOZB 3LP1A 1U4BA 4FXDA 1C0TA 1XI1A 4R5PA 3QINA 3SQ1A 4FJLA 3OYJA 3K58A 5C25A 1X9MA 4KV8A 2YKNA 4FZXC 4PWDA 2IGIA 2XO7A 1WSJA 2DFEA 4JRQA 3LP3A 2EX3A 1T03A 1TL1A 1BQNA 3VQAA 4HUFA 4DSFA 3T3FA 3OYIA 2XHBA 4I9QA 4W5QA 4FJ5A 4N41A 4DFPA 1TKTA 4AILC 1JLAA 1BIZA 3NF6A 1S1WA 3AO3A 3LANA 4FW2A 1TVRA 4MQ3A 5CYMA 5DK5A 3I8DA 2IOCA 5FRMA 3ZSRA 3KKRA 5SWMA 3FFIA 4Z4HA 4KREA 2YNGA 3K5NA 4KHQA 2F8SA 1S1UA 3SYZA 1TAUA 1KFSA 3DRSA 1RT2A 3EY1A 3VQEA 4LSNA 1C0UA 3U3YA 1VSDA 5FDLA 2P5OA 1KLMA 3MEDA 4IFYA 3ZT3A 4NCAA 1ASWA 3HPHA 3LPUA 3OYMA 4DLEA 1KLNA 4FJ7A 1IKVA 1IH7A 1VRTA 1WSGA 4RW8A 4ELVA 1JL2A 4BWJA 4M3RA 3SUOA 4CJVA 3A2FA 4GVMA 3C6TA 4OKJA 4O44A 4W5OA 3QEXA 4DWIA 5HROA 3D45A 1RCHA 1JLGA 3AO1A 2YV0X 4RW4A 3AVBA 5T7BA 4M3TA 5C42A 1UOCA 3MXIA 1R0AA 2OPRA 3TR8A 3TAQA 2QKKA 4FJGA 4W5TA 3RMBA 2FC0A 4N5SA 3K5LA 4CCHA 5JS2A 3ZSZA 1RBRA 3AVMA 3OYGA 4B9LA 4KI4A 4G1QA 2ITGA 3QERA 3DLBA 4FJ9A 3T19A 3L2QA 4K8ZA 4I7FA 2B4JA 1QSLA 2G8WA 2IS3A 1BCOA 1FKOA 2P51A 4M45A 4CK3A 3HSTB 4CHYA 1WLJA 3IRXA 1WNSA 3LP2A 4BDZA 4XIUA 4ZHRA 3DMJA 3TAFA 1SKWA 3OYAA 4HUEA 1D9DA 3SJJA 2B6AA 1EETA 3AO4A 3ZSWA 4KRFA 3DI6A 4J2DA 3K57A 1A5WA 3AO5A 4N76A 4CHNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQCA 4OKKA 1GOCA 1DTTA 3RMCA 2WONA 1SS6A 4JI1K 3MECA 4BRFA 5HBMA 3M3ZA 4DFJA 2Z1JA 2HHUA 4PA1A 3CCUN 4DU1A 3AA3A 3AV9A 3H45C 3T1HK 2JLEA 3V9WA 4E1JA 2A6AA 3OTOK 4B3RK 4AM6A 4EP4A 4JK9A 2UUCK 1IBLK 3C6AA 4H0TB 5JVHL 1XMQK 2D0BA 3GDQA 1I39A 5MLCQ 2XY7A 4B9MA 1X9JA 3QLHA 2HHWA 3KIOA 1JCFA 1Y64A 1XMOK 4NLCA 2KW4A 3U4LA 4CGHA 3NGIA 4FK4A 1TUUA 3NFAA 3WNHA 4A62A 3VMFB 1DTQA 2KLAA 5GIPA 4DCHA 2QXLA 2QWMA 3KTQA 1IKWA 1DKGD 4CFCA 5AQHA 4LF7K 3QIOA 4FJXA 3L6QA 3SZ2A 1K8AO 2O8EA 1SAZA 2HF3A 4E19A 4O8KA 4LFAK 5TKWA 3H6EA 5AZJB 1CZ9A 4Z94A 4MDAA 5A2QO 1MWKA 4EIAA 4M42A 4B3OA 4ELUA 1GLJO 4DU4A 4JHDB 3MX5A 3O80A 2XY5A 3EKUA 5HRRA 3CM6A 5BN8A 3L2VA 1J6ZA 4NYNA 3DLHA 2P9PA 2QWLA 5E41A 3V81A 3THVA 1XHXA 4F4KA 4JKGA 4F2SA 4O0IA 3WNEA 5AZIA 4JNEA 2RHKA 2ZGZA 3A5NC 1L3SA 4FJKA 1S1VA 3FGUA 4B9TA 3D2FB 2Z1IA 4GKJK 2VYPA 4NCGA 5AQQA 4JI7K 4GY2B 3AGRA 2FF6A 4CBUA 3NGYA 2Q97A 3CQ8A 5AQMA 1WB9A 3O9SA 4HCBA 4GKKK 3O5BA 4KHPK 3BZKA 4DV3K 1BHLA 4CJKA 3HP9A 4RWTA 3S9HA 1K8KA 1HYVA 1NMNA 5M1QA 3DRPA 4DS4A 4CZLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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