1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
1ZBIA 4JS5A 3V9ZA 4DU3A 3P83D 4BE2A 4C8KA 1BGXT 1RTJA 3HPGA 4E7KA 1Q9XA 1L3VA 3LZJA 3LAMA 3QEXA 4KTWA 4Z4EA 1BIUA 1IH7A 3ASMA 4KV8A 3WNHA 4LD0A 3ZT1A 1VSFA 4FJXA 1BHLA 1RBRA 4FCYA 4M3UA 2AJQA 4ELTA 1VSLA 3AVGA 3JSMA 4DLGA 3ZSXA 3QEPA 2HVIA 1QE1A 5JS2A 1C0TA 4FJGA 4HHTA 2KW4A 4DF4A 3O3GA 2YNGA 1L3SA 1YVUA 3DLHA 1J53A 2QKBA 3VA3A 3SUOA 4KTZA 1NK5A 2DY4A 1NK7A 2NUBA 4O0IA 3U3GA 3K58A 3UIQA 1QSSA 4FJHA 2KTQA 1D5AA 4E7JA 5J2PA 1XI1A 3AVFA 4FZYA 1C1BA 3AA4A 3CQ8A 1Q8IA 4H4MA 3OYKA 4KHWA 1X9MA 3OY9A 4CIGA 4BE0A 5DMRA 2F96A 3KD1E 2RF2A 4DQIA 4FLYA 1SKSA 4CCHA 1RDCA 2YNIA 1BI4A 3LPUA 4E3SA 2HHWA 3ZSZA 4W5OA 2ITGA 3SI6A 4BE1A 3OVNA 2ATQA 3VQ4A 4CJ4A 3KLGA 2XY5A 4KTQA 4M42A 1D9DA 2HHSA 2BGGA 1KTQA 1S5JA 3HYFA 5I42A 3VQ5A 3HPOA 3OS1A 1IKYA 1QQCA 4BACA 4NCGA 4RW4A 3HSTB 2HHTA 3L2RA 2VWKA 1T05A 1RDDA 4M3ZA 1ZBUA 5HRSA 3SV3A 2E6MA 4E19A 4DU1A 3TAEA 3CFOA 1FK9A 1HNVA 1TK8A 4XIUA 3SQ4A 4F3TA 1RT7A 3ALYA 1T03A 1NJYA 1S6PA 2OPRA 3CFPA 4FM2A 3L3UA 5C42A 4FK4A 1RTDA 3VQBA 4I2PA 1SUQA 1HJRA 3QEIA 1CLQA 3QNNA 1B9FA 4IG0A 3VQCA 3AO3A 3ZSRA 1TVRA 2HHQA 3KK1A 4Z4GA 1J5OA 1RT2A 3CM5A 3OS2A 1QSLA 4M41A 4NYFA 1Z26A 3NF8A 2G8FA 4OGCA 1VRTA 4NYNA 2IGIA 3THVA 3ZSQA 3HXMA 4DQRA 3TWHA 3QINA 3AVMA 4FK2A 3AVAA 4YFUA 3KKSA 3I8DA 4E89A 3AVLA 1RILA 4C8NA 3NGIA 4KAZA 4QCLA 3AVHA 3AVCA 3I0SA 4J2BA 1I39A 1BCMA 3KK3A 1ZBFA 4JS4A 1RTIA 3TR8A 4CJPA 2KZZA 3PX6A 2HHVA 4I9QA 1BISA 2G8HA 1EP4A 4DFJA 2PYLA 3DLRA 1EX4A 1BIZA 1FXXA 3U6FA 1KCFA 2IAJA 1L3UA 2YHBA 4CJSA 3BGRA 3AVJA 1VSIA 4WE1A 3VQPA 3KJVA 4LSLA 1EETA 3SNNA 4FZXC 3LANA 4PWDA 3FFIA 2IOCA 3ZSWA 4R5PA 4F4KA 1X1PA 4DFMA 5KI6A 4DTJA 4BWMA 4BWJA 2B4JA 5HRNA 4KREA 4FLVA 4CGIA 4OKEA 5EU7A 4M3TA 1RBTA 1ZYQA 4CEAA 4EP5A 4F8RA 1I3AA 4G1QA 1WNSA 4N47A 1KRPA 3D45A 2DTUA 4CJ3A 2EX3A 4CFCA 4KPYA 4DSFA 1CXQA 3HPHA 4KHNA 4FLZA 3ZT2A 3KLIA 3EYZA 4BDPA 2IS3A 3IS9A 3JYTA 4NCBA 4B08A 1XC9A 2PYJA 1NJXA 4FJIA 1C0MA 3DLKA 4MQ3A 2OYQA 4QAGA 1U47A 4KO0A 3OYJA 3V81A 1TL3A 3AO5A 1CZBA 1DTQA 3QLHA 2FBTA 3EZ5A 4CHYA 3QETA 1XHXA 3NFAA 2XY7A 2Y1IA 4CIFA 4GVMA 3TABA 1N5YA 5CYQA 3A2FA 1D9FA 4CF8A 3ZT4A 3O3HA 3WNGA 4C8OA 2B5JA 3RMCA 1ZBHA 3LZIA 1HQUA 5HBMA 4M3XA 3NF7A 4CEZA 4CJRA 2XY6A 3O3FA 2RN2A 4CE9A 1RDBA 2WOMA 1UOCA 4CGJA 3AA2A 3SJJA 3KIOA 3PY8A 3F9KA 4CFBA 2JLEA 4IDKA 4IBNA 4J2DA 4KRFA 3MECA 3LP3A 4M45A 3HJFA 5CZ1A 1RDAA 4CF1A 1KFDA 3K2PA 3PUFA 4B9NA 1U48A 3OJUA 5SWMA 2Q3SA 4HTUA 3V6DA 2DFHA 4CK2A 3LWMA 4N5SA 3K5MA 3RMAA 3F73A 2X74A 3VQ6A 5FDLA 1LWFA 2ETJA 2ZD1A 3LP0A 1SKWA 1RBUA 4CJWA 1K6YA 1WSHA 4BDYA 4LH4A 4C8MA 2Z1HA 5CYMA 4CK3A 3SYZA 1JLGA 2ZE2A 3AO1A 3RRHA 4EZ9A 3TANA 3HL8A 3OYEA 2PZSA 4N41A 3LP2A 3M8RA 1A5VA 3O4NA 4Q5VA 3K57A 3AVBA 2Y1JA 2DFEA 4RW9A 3AA5X 2HMIA 4Y1DA 4CECA 3MEGA 1CZ9A 3OYLA 3V4IA 4IKFA 3T1AA 5HRPA 4I7FA 4CF0A 1JXBA 4EZ6A 3CYMA 2P1JA 5K14A 4N56A 3LAKA 4FLXA 4DFPA 4ZHRA 2Z1IA 4W5RA 1WN7A 3AVNA 4E7LA 3QIOA 3L2QA 1U4BA 4C8LA 1WAJA 3G10A 1IO2A 4AHSA 2D0CA 4CEOA 4CGGA 1XHZA 1HMVA 4FJ8A 3C6UA 3TARA 2QK9A 4IG3A 4RG8A 1TGOA 4Q0BA 2FBXA 3NE6A 4DSLA 3OYDA 4HUFA 4FLTA 4W5TA 3ZT3A 4B8CA 1BQMA 3SPZA 1NK8A 3NAEA 1VSHA 3PO4A 2P5OA 4KHQA 3T19A 2P5GA 4B3OA 1L3TA 1HRHA 4M3RA 1VSDA 2OPQA 3NHGA 3BDPA 1WAFA 1S9EA 1VSMA 1ASUA 2HB5A 3DLGA 5C25A 4HUGA 1S1XA 5CY4A 1ITGA 3RR8A 4NCAA 1TL1A 4DQQA 3LALA 1ZBLA 3KD5E 3DM2A 4CJLA 4H8KA 3M8SA 4KHSA 1S1UA 4I2QA 1VSKA 3T3FA 4OJRA 1HYVA 1RTHA 4CHZA 4B9LA 1Z25A 1YT3A 2X78A 2VWJA 4FJ7A 4OLBA 3DYAA 4ELVA 2HNZA 4E1NA 2YHAA 2GBZA 4O0JA 1QHTA 4PUOA 4LSNA 3DLBA 1SL2A 4MFBA 2EHGA 4CGHA 4DTSA 4OGEA 3DLEA 1BCOA 1JL1A 1XWLA 3V9WA 3TI0A 3MXMA 2GUIA 4LH5A 3K5NA 3ULDA 1TK5A 4JRPA 1NKBA 3L3VA 4DS5A 1WSFA 3MXIA 1HYSA 5CZ2A 1UAXA 2HNYA 3AO2A 2HNDA 4KHUA 5JS1A 3SUPA 2F8SA 3L2UA 4DLEA 4CJEA 4CHOA 4Y1CA 5D3GA 1MU2A 3TAMA 3VQQA 3V1OA 4OKJA 1D8YA 3DRSA 1X9SA 3WNEA 3HVTA 1WSEA 4DTXA 1NK9A 2OA8A 4JRQA 1SL1A 3PX4A 1YTUA 2B6AA 3LPTA 5KRSA 3QERA 3VQ7A 1RBSA 2OPSA 3KKRA 1U04A 4H4OA 1UWBA 4E0DA 3RR7A 4Z4CA 1A5XA 1C1AA 1L5UA 4ELUA 1JLCA 4AH9A 3P5JA 2D0BA 3AV9A 1NKEA 1J9AA 5KRTA 2FBYA 4RW8A 1RBVA 4B9VA 4OKKA 5KGWA 2VG6A 3KLFA 4PY5A 4CEQA 4Z4FA 4EP4A 3SPYA 4B9UA 1G15A 1VSJA 4DTUA 3RWUA 5E41A 3DRPA 1JKHA 4M3WA 2KQ2A 1LAWA 1Y97A 2VG5A 2YV0X 3V1RA 3QEWA 2G8UA 1JLQA 4KHYA 3HM9A 4DF8A 4CEFA 1C6VA 2E6LA 4IFYA 3NF9A 2G8IA 1HPZA 1KLMA 5J2MA 1DTTA 3OYCA 5HROA 1NOZA 3I0RA 4FVMA 5J2QA 3IG1A 2QKKA 3QNOA 1F21A 4W5NA 3E01A 4GMJB 2YNHA 2VG7A 4CGFA 4FZZA 3S3MA 4J2EA 1B92A 3SQ2A 1S9GA 3SCXA 1TV6A 4CF9A 1B9DA 1JLBA 3C94A 4AHTA 2QXFA 4AILC 3LP1A 2KFNA 4E7IA 4FW1A 2XRIA 5HRRA 3V9SA 4AHRA 5C24A 2W42A 1RNHA 1TKXA 3OYFA 3RMDA 1W9HA 3L2WA 1QSYA 2YKMA 2JGUA 2OZMA 1S1WA 2X6NA 4CIEA 3U3YA 3MEDA 3CFRA 3TAQA 3AO4A 4O5BA 3SQ0A 1BI4B 4KKOA 2F8TA 5DK5A 4CJQA 3K5OA 1LV5A 1R0AA 2Z1JA 4DMNA 4DTNA 1C0UA 4FJMA 3ISNC 2GV9A 3ZT0A 1DLOA 3OYIA 2KFZA 4DWIA 3VQAA 3OYMA 3HT3A 2XO7A 2DFFA 3LWLA 4B9SA 3VN5A 1LW0A 1KFSA 4M3YA 1SL0A 4CJVA 3KTQA 4FK0A 2PY5A 3V1QA 4Z4IA 4DSEA 3SZ2A 4DTRA 2G8KA 1W0HA 4CJKA 4DSKA 4QOZB 2HW3A 4DTOA 3SV4A 1ASWA 3AVIA 4CF2A 4CJTA 4O44A 3ZSVA 3OYGA 3S3NA 1GOBA 3DRRA 1VK0A 4ID1A 4PA1A 1JLAA 4CEBA 5I3UA 2WONA 2LSNA 3DMJA 3NF6A 2IC3A 3VQEA 3KLHA 2XHBA 3TAGA 2A1RA 4LY7A 4KB0A 4YNQA 4B8AB 5J2NA 5HLFA 4CHQA 3KLEA 1NK4A 1N6QA 1TKDA 4FJKA 4FJ5A 3LDSA 3NGYA 1A5WA 1SV5A 2FBVA 4O55A 5FRMA 3VQ8A 1SKRA 3MAQA 4HVJA 1ASVA 3QO9A 1EXQA 1NK6A 3IAYA 3EY1A 4DQPA 1WSIA 3K5LA 4L8RB 3OYHA 1NK0A 4CJ5A 2HHXA 3NH2A 3AA3A 1FKOA 2BE2A 4K8ZA 2BANA 3QESA 5HP1A 3WNFA 3TAPA 1JLFA 1BL3A 1TKTA 2BDPA 1YTAA 1JL2A 1WSJA 5FROA 3RTVA 4OLAA 4CJFA 4DTPA 1S1TA 3C6TA 1IG9A 2YKNA 3HVRA 1LWCA 3CG7A 4UQGA 2D5RA 1X9WA 4FJJA 4FJNA 1REVA 1EKEA 1KVAA 1RT6A 4KFBA 4JLHA 4O4GA 4CFAA 5KTQA 3SUNA 4FXDA 4DS4A 3OYNA 4GW6A 4DTMA 3TAFA 4DSJA 4PQUA 3DI6A 1LWEA 4HCCA 1BQNA 4I9LA 1TAQA 3M8QA 1RCHA 4AHCA 3NH1A 2X6SA 4FLWA 4ZTFA 4E1MA 1QS4A 1LAVA 3NBPA 4ICLA 4CHPA 4F3OA 2O4IA 1TKZA 1NKCA 4K8XA 1KLNA 4RW7A 3V9UA 4CFDA 2I5JA 4J2AA 1JLEA 4OVLA 4E7HA 1UA0A 3P1GA 3NDKA 3SUQA 1RT4A 2A1SA 1JXEA 3G0ZA 2YNFA 3D0PA 1UA1A 1U49A 1FKPA 5KGXA 3OYBA 3QEVA 5T7BA 2KZMA 1S6QA 3B6PA 4FM0A 1U45A 4KI6A 3RRGA 3H08A 1VSEA 5J1EA 3S9HA 3HP9A 1GOAA 1S1VA 1RT3A 3ITHA 3QIPA 4OPKA 1J54A 3PX0A 3C95A 1RT5A 3S3OA 3MEEA 4CK1A 1NJZA 4ID5A 4FYDA 3AVKA 4Z0UA 3L2VA 2E4LA 2OPPA 4CJUA 1HNIA 3VQ9A 4CGDA 4DG1A 4HCBA 2O4GA 3HO1A 4CEEA 4DQSA 3DOKA 4FJ9A 1VRUA 1HQEA 1LW2A 1KVBA 3VQDA 4KB1A 1QTMA 1C1CA 3HK2A 2IDOA 3IRXA 3PO5A 3DOLA 4TSXA 4W5QA 4B9TA 1IKWA 3O4QA 4ZTJA 1Q9YA 1HYZA 4F2SA 4BDZA 4KI4A 3CM6A 3OYAA 4CHNA 4Z4HA 2XY8A 1IKXA 3NH0A 2OZSA 4DSIA 2HVHA 4OPJA 1RT1A 3OJSA 2RPIA 3L8BA 3B6OA 4RW6A 4HUEA 1NJWA 3ZSOA 4FJLA 2P51A 3ZSYA 4CERA 2HHUA 2ZQBA 3PV8A 3NCIA 4F2RA 3K59A 2Z1GA 1T7PA 5FRNA 3V9XA 1GOCA 4IFVA 4DU4A 1WSGA 3KK2A 1KSPA 1KVCA 4FM1A 4AHUA 3HP6A 3M8PA 3NGZA 1CXUA 4CEDA 1TAUA 3RMBA 2D0AA 2FC0A 2R7YA 1IKVA 1TK0A 4FW2A 1NOYA 4B9MA 1WLJA 4AHVA 1O1WA 3VA0A 1T8EA 3OS0A 5SZTA 2RKIA 3SQ1A 2G8WA 4N76A 4CESA 2G8VA 3MXJA 4DFKA 4FLUA 3ZCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JS5A 4FVUA 4BE2A 4YORA 1BGXT 3SLCA 3HPGA 4BGAA 4E7KA 2ASOA 1Q9XA 5JICA 5AQYA 1OKJA 3J8AA 1VSFA 5AQKA 3BZCA 1BHLA 2AJQA 2HVIA 1X9JA 1QE1A 4M7XA 4FJGA 1U2VA 4EHUA 2YNGA 1L3SA 1YVUA 3AGKA 3MN7A 5AFUA 2QKBA 2NLXA 4DV2K 1QHAA 3UIQA 3O8MA 3BUZB 1G99A 1XI1A 4FZYA 2ZJPL 3OY9A 4JI0K 4BE0A 5DMRA 3KD1E 2RF2A 3ID8A 2GTDA 4FLYA 4CCHA 1BI4A 4HTLA 4BG9A 4W5OA 2ITGA 4KTQA 4DV5K 4B1ZA 5IWAK 3N4QA 3ENHA 2BGGA 4FSVA 2PBDA 1QVFM 1Z6RA 3FZKA 3R8EA 3HPOA 2GUPA 3T1HK 1YI2N 1K73O 4BACA 3GE1A 4YOWA 4A62A 5LMNK 1VHXA 4FL9A 5HRSA 2E6MA 5AQJA 3CFOA 1HNVA 3CIPA 2P9NA 1GLJO 4BR4A 4JI3K 4FM2A 4FK4A 1NGEA 3CMEN 4I2PA 1SUQA 1HJRA 3THYA 3QNNA 5CHIA 1B9FA 4IG0A 4FWOA 3VQCA 3ZSRA 1TUYA 5JVGL 3KK1A 1J5OA 1RT2A 4M41A 1V4TA 1NGJA 1K9MO 3THVA 3QBWA 4E89A 1RILA 4KAZA 2H3GX 3N4PA 1BCMA 3TR8A 2KZZA 3PX6A 4I9QA 3MMVA 3VOVA 3I56N 2BUPA 2PYLA 3DLRA 1EX4A 3H46O 3EZWA 1EWRA 2BTFA 3CXCM 3AVJA 3CJAA 2A40A 3O08A 3KJVA 4LSLA 4YOYA 2ZGYA 3LANA 3FFIA 1X1PA 3H6EA 4DTJA 4BWMA 4BWJA 2B4JA 4KREA 3SBTA 1RBTA 4CEAA 3VGKA 5AQWA 1HKCA 2DTUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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