1WSHA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/k87a)
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 43
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wshA00
4CHOA 3NGIA 3OVNA 1BIUA 4E1NA 4KHSA 1VSDA 4BDYA 3TAPA 3TABA 3PO4A 3K5NA 4FJ8A 3OYCA 1Q9YA 1BQNA 4DSJA 4Z4FA 1CZBA 4Y1DA 4RW9A 4FK0A 4AHVA 1U45A 1YTAA 4AH9A 3QLHA 3NAEA 3OYJA 3SQ0A 1JXBA 3DLGA 1IG9A 4CJUA 4DWIA 4CIEA 1KCFA 1RBVA 3D45A 3O4NA 2OPSA 4CF8A 4LH4A 1KLNA 3VQ7A 3QNNA 1ZBUA 3OYLA 4DQIA 2VG5A 1Z25A 4CE9A 1WSIA 4EP4A 4KB1A 3LP3A 2G8HA 3VQ8A 3AA4A 1C6VA 2YKMA 3MEGA 2OPRA 3VQAA 1SL0A 4Z4EA 1X1PA 1QHTA 3DLEA 5EU7A 4EP5A 4XIUA 3TWHA 3QEWA 3HPGA 4UQGA 2Y1IA 3S3OA 1NK8A 4JS5A 3SV4A 4DTRA 2XY7A 1JLCA 3KKRA 3LZJA 3NF9A 2DTUA 4H4OA 1U04A 4ELVA 3V4IA 2DFHA 3ZSWA 1SL2A 3ZT2A 1G15A 5J2QA 4FVMA 3KK1A 5SZTA 3OYBA 1S5JA 4KPYA 2W42A 4DMNA 3V9XA 1JLQA 1NJXA 3KLEA 4ID5A 4IBNA 4I9LA 3V9ZA 2ZQBA 4DFKA 3LP2A 3TAMA 2OPQA 3AA3A 1T7PA 4CF0A 5I3UA 3PUFA 4CEOA 4F3OA 1VSIA 1B92A 2GBZA 1IKWA 2FBXA 1D9DA 1KRPA 4DS4A 3ZSRA 2EHGA 2E4LA 3H08A 4TSXA 1LAWA 1S1UA 4CCHA 3UIQA 3RRGA 4KV8A 1TL3A 4Q0BA 1J9AA 1IKXA 4CEDA 4CGIA 4DSIA 3SI6A 3B6PA 3ZSOA 2E6MA 4OJRA 3QEVA 4IFVA 4KHNA 4NCAA 3QNOA 3I0RA 1L3VA 4CGFA 3V9UA 4J2BA 1YT3A 3K2PA 4ZTFA 4W5QA 3RMBA 4DTUA 4OPKA 1DTTA 3A2FA 4B08A 4EZ9A 2KFZA 3IRXA 5HBMA 3VQPA 3ISNC 4FW2A 1SKSA 5HRRA 2B4JA 2YNIA 4H4MA 1TV6A 3OS2A 1XC9A 1X9SA 2BDPA 4M3WA 3U6FA 1IH7A 4OKJA 4CHPA 1NK4A 4BWJA 3V6DA 3V1QA 2RKIA 3SQ2A 1QTMA 3P1GA 4NCGA 4PUOA 3NHGA 4KO0A 3LP0A 4CFDA 3L2RA 3CQ8A 3C6TA 3VQ9A 3SUQA 1J53A 3CG7A 3K58A 4HUFA 1D9FA 1RT4A 3SNNA 1IKYA 4R5PA 3OYAA 1R0AA 3LANA 3O3FA 4B8CA 5FROA 2R7YA 1T03A 4CEEA 3SUOA 1EXQA 2ATQA 3NF6A 1BI4A 4CJTA 3VQDA 4HUEA 1SKRA 3RR7A 1TKTA 5CY4A 5JS2A 1KVCA 4ZHRA 2O4IA 3KD1E 4FZXC 3LWLA 3MECA 3NH2A 1C1AA 3KJVA 3SJJA 1NKEA 1YTUA 3NGYA 1QS4A 1ZBIA 3SYZA 1W9HA 2X78A 4IKFA 1Q8IA 2OPPA 2IDOA 1N6QA 2HB5A 4BWMA 2O4GA 1EP4A 4HTUA 1WSHA 4J2EA 4KHWA 1HYVA 4B3OA 3TR8A 4M42A 3AVGA 4KB0A 5CYMA 3TAGA 1SKWA 3O3GA 3QIOA 3LAMA 5DMRA 2G8IA 1HYZA 3NCIA 4W5TA 1JXEA 1TKZA 3K59A 2A1RA 4B9SA 4CJEA 4AHTA 4ZTJA 3ZCMA 2B5JA 3AVMA 2ZE2A 3OYIA 1U48A 2VWKA 4I2PA 3KLHA 1BIZA 1C0TA 3RTVA 4GMJB 4E7JA 1NK7A 2HW3A 3QINA 4O0JA 1TK5A 2OYQA 3HM9A 3HXMA 3JYTA 1RT3A 2IAJA 2KW4A 2RPIA 1ITGA 2WOMA 2FBYA 3V9SA 1TK8A 1BCOA 4BDPA 4BACA 2QXFA 4PA1A 2BGGA 2KQ2A 4FYDA 3P83D 2D0BA 2PY5A 2OZSA 3LDSA 4CEBA 1CXQA 3U3YA 2QK9A 1S9EA 3AVLA 3ZT1A 3KLFA 4CHYA 4CESA 2F8SA 2Z1IA 4CERA 4FCYA 4ELTA 1EETA 3K5LA 1VSMA 1A5VA 1C1BA 2P51A 3LZIA 4E7IA 1KLMA 3TARA 3AV9A 2XY8A 2OA8A 4FJ7A 1S6PA 3OYNA 3QERA 1QQCA 3KK2A 2HNDA 4FJ9A 4DSEA 3S9HA 4LD0A 4GW6A 4HCCA 2HHWA 4CFCA 5KTQA 1JLGA 3DLKA 4OVLA 1ZBLA 3OJUA 3HP6A 3V1RA 4M3UA 4O5BA 1O1WA 2XRIA 3T1AA 4CJ3A 5J2PA 1KFSA 2P5GA 3RWUA 3K57A 4DTSA 3C6UA 5CYQA 3NFAA 3IS9A 2XO7A 2XY5A 1BQMA 4PWDA 3QO9A 3OY9A 1C0MA 4DLGA 4DSKA 4HUGA 5CZ1A 3CFPA 4E7HA 1L5UA 2G8WA 4KREA 2Z1HA 3HSTB 4DSLA 3TI0A 4FLYA 2KZZA 1RDDA 2ETJA 1X9WA 4CEFA 1BISA 1LAVA 2ZD1A 3NE6A 4RG8A 4FJKA 2LSNA 3OYFA 1DLOA 4O55A 1SUQA 5KI6A 4Z4CA 3ZSQA 4E3SA 2HHUA 2FC0A 3DMJA 4KTWA 3OS1A 4F8RA 4PY5A 4C8OA 5C42A 3RMCA 5HRPA 3DOLA 3ALYA 1LV5A 1S1XA 3AO1A 3OJSA 4YNQA 3AO5A 4K8ZA 1VSJA 3PV8A 1MU2A 2OZMA 3ZSVA 5E41A 1UA0A 2HHQA 4F2RA 3OYMA 4O44A 4HCBA 2HHXA 4NYFA 3TANA 1T05A 1I39A 2VG6A 5T7BA 4NYNA 2P5OA 3L3VA 4PQUA 1ASUA 3PO5A 3DOKA 4GVMA 2WONA 5KRSA 1GOBA 3F73A 4JRQA 3L8BA 4FLTA 2YHBA 4B9MA 4M3YA 4CJQA 3PX4A 3ZSZA 1S1VA 4LSLA 5C25A 3V81A 4DQSA 4CF1A 4M3RA 4O0IA 1NKCA 4OLBA 4FM2A 1S1WA 3AVIA 3MAQA 2HNZA 2YNHA 3BDPA 1ASWA 4AHUA 1KVAA 3ITHA 3SZ2A 3AVAA 1SV5A 5I42A 5FRNA 4M45A 4H8KA 4CJ4A 2JLEA 2FBVA 4MFBA 4DFMA 1XHXA 4FW1A 3ZT3A 4FJIA 4K8XA 1XHZA 1EX4A 4EZ6A 4CEQA 1WSEA 1VK0A 4CFBA 4B8AB 1A5WA 1RTIA 2B6AA 1BHLA 3AO2A 1WNSA 4DTPA 3NH0A 4J2DA 1GOCA 1LWCA 3L2QA 4B9UA 3EYZA 1CZ9A 2E6LA 2DFFA 1JL1A 2VWJA 1QSYA 1IKVA 1NJZA 1HRHA 2GV9A 4FK2A 4FJXA 1RBTA 1J54A 1HNVA 2NUBA 3NF8A 4LH5A 4FJJA 3HPHA 1RDBA 2ITGA 4CJLA 3I0SA 4YFUA 3S3NA 5J2NA 1BCMA 3CYMA 3IG1A 1VSFA 4KTZA 3C95A 4B9TA 3FFIA 3RMAA 1HQUA 1KFDA 1WAFA 4CJVA 3EZ5A 2IC3A 3CFRA 3SCXA 5D3GA 3KD5E 4N5SA 1ZBHA 4OLAA 2HVIA 2RF2A 4RW6A 1NJWA 4CJWA 3VQ6A 4W5NA 4HVJA 3TAFA 1TKXA 1BI4B 1WSGA 5KGWA 4NCBA 1FKOA 1U4BA 4FJ5A 5HLFA 1KSPA 3G10A 2HMIA 1RT5A 2HHVA 2KZMA 1TVRA 3MEDA 3MEEA 2XHBA 4M3XA 1LWFA 2YKNA 1RILA 3ZSXA 4ID1A 1NKBA 3CM5A 1DTQA 3HVTA 4ICLA 5KGXA 1Q9XA 3M8SA 1Y97A 3AVBA 2PYJA 2G8VA 1HMVA 5J1EA 4FJGA 3P5JA 3NF7A 2RN2A 4CFAA 3QEIA 3ZT4A 2X74A 4E1MA 1CXUA 3KLIA 3C94A 3OYGA 2KTQA 3CFOA 3NGZA 4B9VA 2YV0X 4IG0A 3VQ4A 1C0UA 3WNGA 1QSLA 3DLHA 2G8FA 1RT6A 4DQPA 4DQQA 1HQEA 2YHAA 4FJLA 1LWEA 4N41A 1HYSA 4CF2A 3AA5X 4CJKA 1RBRA 3VQQA 4DTOA 1YVUA 3VQBA 1W0HA 4Z4IA 5J2MA 1RT1A 3L2UA 2D0CA 2IGIA 4CK1A 5KRTA 3DM2A 4CJSA 5HRSA 5HP1A 4FJMA 3D0PA 1IO2A 1N5YA 3AVJA 1NK9A 1L3UA 4LY7A 4O4GA 3LALA 3HPOA 3U3GA 2YNGA 2G8KA 4CK2A 1UWBA 4JS4A 3OYEA 3M8RA 4CIFA 3B6OA 4CHNA 3PX0A 1TK0A 2QKKA 5K14A 4M41A 4RW7A 4CGGA 1KVBA 5DK5A 1LW0A 3QEPA 5C24A 1ZYQA 4KI4A 4Z4HA 1JLBA 1WSFA 3OYDA 3KK3A 3SPZA 2DY4A 4OGCA 3VQEA 4CEAA 3K5MA 3ASMA 3SUNA 1TAUA 1RT7A 4Z0UA 1XI1A 1GOAA 3JSMA 3S3MA 1BGXT 3K5OA 3M8PA 1U49A 2HHTA 2AJQA 1VSKA 3M8QA 3OYKA 3HP9A 2Q3SA 3SV3A 3HVRA 3KKSA 3HT3A 2IS3A 4RW4A 5SWMA 4FLXA 2FBTA 3AO4A 3VQ5A 2EX3A 2G8UA 2D0AA 2PZSA 4KKOA 4LSNA 2Y1JA 4DQRA 1QSSA 4C8MA 3KTQA 4FLWA 3T3FA 4Z4GA 2VG7A 1RT2A 4W5RA 1CLQA 1D5AA 3HO1A 4DF8A 3VN5A 1UOCA 3L2VA 3IAYA 2X6SA 3ZSYA 4DTNA 3MXIA 1JL2A 3HK2A 4CGJA 1T8EA 3VQCA 3DRPA 3AA2A 1I3AA 3G0ZA 1S6QA 4DFJA 3RR8A 4C8LA 4I7FA 3LPTA 3L2WA 4DU4A 1UA1A 1U47A 1VRTA 1FXXA 3KIOA 1TKDA 1TL1A 3DI6A 4QAGA 4DF4A 3HJFA 1C1CA 1JLAA 1JLFA 4FJHA 3AVFA 3KLGA 3NBPA 4L8RB 4CECA 1FK9A 1VSHA 3LAKA 1WLJA 4CGDA 1HPZA 1RBSA 2JGUA 4BE1A 4DU1A 1K6YA 4FJNA 1UAXA 1NOZA 1VSEA 1TGOA 4WE1A 4N76A 4QOZB 1NK0A 3L3UA 1X9MA 3MXJA 1FKPA 4KFBA 4CIGA 4IG3A 2IOCA 4FLUA 1KTQA 3TAQA 1QE1A 1RTJA 5HRNA 4M3ZA 1RNHA 4DSFA 5HROA 4E0DA 3O3HA 4DFPA 3OYHA 1VSLA 4FM0A 3SQ4A 2HVHA 3HYFA 3O4QA 4J2AA 4BE0A 1WSJA 3V9WA 4E7KA 4KHYA 3LP1A 4CF9A 4HHTA 1RDCA 4OKEA 1VRUA 3HL8A 2P1JA 3AO3A 4CJPA 3QEXA 2BANA 1S9GA 1WN7A 4Y1CA 1L3SA 5JS1A 4KHQA 4KRFA 2A1SA 4DG1A 2Z1JA 3WNHA 3QESA 4W5OA 4DTMA 4KTQA 3DRRA 4RW8A 4IFYA 4FZZA 4DU3A 1ZBFA 1L3TA 4M3TA 2Z1GA 3OS0A 5FRMA 2BE2A 3F9KA 3NH1A 2F96A 4CJFA 4B9LA 4I2QA 1B9FA 4I9QA 4FLZA 4ELUA 4N47A 1WAJA 4OGEA 1B9DA 4E7LA 4JRPA 4DLEA 3RMDA 1JLEA 4CHQA 3SPYA 4FZYA 3MXMA 4E19A 1HNIA 4F2SA 4FLVA 1HJRA 4G1QA 2D5RA 4E89A 5FDLA 2DFEA 3VA3A 4KI6A 1JKHA 4N56A 1D8YA 1ASVA 4DTXA 1NOYA 2XY6A 3PX6A 4AHSA 1F21A 4C8KA 4AHRA 4DTJA 2I5JA 4CJ5A 4AILC 4F4KA 3SQ1A 2HNYA 4FXDA 3LWMA 2YNFA 4BDZA 3AVHA 1SL1A 3WNFA 3V1OA 4CHZA 2QKBA 4KAZA 1EKEA 3LPUA 4CEZA 3AVKA 2GUIA 1BL3A 4FM1A 1Z26A 4BE2A 1RBUA 1NK5A 1NK6A 1LW2A 3VA0A 3I8DA 2PYLA 4QCLA 3DLRA 2HHSA 4OPJA 3QIPA 2KFNA 3DYAA 4CK3A 1XWLA 3NDKA 3WNEA 3ULDA 3ZT0A 3THVA 3E01A 3EY1A 3TAEA 2F8TA 3BGRA 3AVNA 1S1TA 1TAQA 3DLBA 3PY8A 4IDKA 1RDAA 4FK4A 3AVCA 1RCHA 4AHCA 2X6NA 3DRSA 4JLHA 1RTDA 4CGHA 1A5XA 3CM6A 4B9NA 4CJRA 4MQ3A 4Q5VA 4C8NA 4DS5A 1REVA 3QETA 1NJYA 3SUPA 3RRHA 3T19A 1RTHA 5CZ2A 4F3TA 1J5OA 4OKKA 4KHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YF5L 4E1NA 4MDAA 2D0OA 4MDBA 4BDYA 3W3DA 3TAPA 1BQNA 4Y1DA 4JKEA 4WFNL 1GLFO 3OBWA 3QLHA 3AARA 3CC2N 3DXMB 1IG9A 4CJUA 2OPSA 4CF8A 2KHOA 1KLNA 3VQ7A 4BR7A 4BVPA 4DQIA 1J6ZA 4BRQA 1K8KA 4CE9A 3LP3A 3SK3A 5KPZA 3MEGA 2ZM6K 1X1PA 4JI2K 3VEOA 3H6EA 3DLEA 5EU7A 3T1YK 3BEXA 4A61A 3HOTA 2V52B 4CI6A 1NK8A 3SV4A 1JJ2M 3KKRA 3C6HA 2DTUA 3AGKA 4H4OA 3TSPA 3V4IA 2ZWHA 2QA4N 1G15A 4EIAA 5J2QA 5SZTA 3OYBA 4KH5A 2W42A 1GLLO 3V9XA 1I94K 4CD3A 4ID5A 1Y64A 5BN8A 2OPQA 1NGDA 1T7PA 3FZMA 1B92A 2GBZA 2GX9A 2RHKA 4NO7A 1KRPA 4DS4A 5GAEP 4YOYA 1NGJA 5CE3A 2E4LA 4JKBA 4TSXA 1BOTO 2VGNA 1ZBSA 4KV8A 1J9AA 4BRLA 3SI6A 3CC4N 4JI3K 3NVKA 3TTDA 1HLUA 2P9UB 3I33A 2ZJRL 4EHUA 3V9UA 1YT3A 3K2PA 3RMBA 1RDWX 4Z94A 4DTUA 4EZ9A 4B08A 3IRXA 3ISNC 5HRRA 1X9SA 2YNIA 2O8EA 2UUAK 2VQEK 1Z05A 4BWJA 3V6DA 1QTMA 5FPEA 3SQ2A 4NCGA 2Q1NA 2NRTA 4CFDA 4HUFA 2A5XA 1Q81O 3GL1A 1R0AA 5FROA 1T03A 1HNXK 1GLDG 1SKRA 3QICA 5JS2A 3KD1E 5FPMA 3KJVA 1NKEA 3VGKA 2X78A 4BRFA 1N6QA 4DR7K 2O8FA 3CHWA 3SJHA 1HYVA 4M42A 3O3GA 1DKGD 3IDHA 1TKZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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