1WSIA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/k87a/d134n)
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
152
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 45
structure length 152
sequence length 153
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsiA00
3O4QA 3AA2A 4I9LA 3LWLA 1GOAA 4CF1A 3TAGA 4FJ9A 4W5TA 4JRPA 4CESA 2X6NA 4DTUA 4F2RA 3VQPA 4CF9A 3HXMA 1ASVA 3NF8A 1ASUA 1B9DA 2YNFA 4BDZA 3SUPA 3HT3A 1VRTA 2YKNA 3AVJA 4CJTA 4Q5VA 4ZTJA 1QTMA 3WNGA 1KCFA 4JRQA 1WSIA 4CEOA 4PUOA 4DSJA 5HP1A 2IOCA 4W5NA 1IKVA 1JLBA 1IKYA 3VQBA 3HP9A 5C24A 5K14A 4FLYA 2XY7A 3ASMA 3U3YA 1BIUA 4MFBA 4CJSA 1K6YA 5SWMA 4R5PA 2R7YA 1C1BA 3VQ9A 3KJVA 4DU3A 4DQIA 1WSGA 1T7PA 4JS4A 1WN7A 1ZBIA 4FCYA 4FM1A 4OKKA 2ITGA 1SKWA 4B9TA 4J2AA 4FJJA 1BQNA 2VG6A 1YVUA 3AA5X 3RR7A 2O4IA 1TKZA 3S3NA 1LW0A 1S1XA 3ZSVA 4OPJA 1DLOA 3OJUA 2OA8A 4CJRA 3RR8A 4J2BA 1A5VA 1U04A 2FBXA 1JXBA 4CERA 1KVBA 4CEZA 4E0DA 3A2FA 5JS1A 3MEGA 1NKBA 2YNIA 4PY5A 1D5AA 1L3VA 1KSPA 4FM2A 1QHTA 4LH4A 1RDDA 1ZBFA 2GBZA 3L2QA 5FRNA 4ELUA 4Z4FA 3QEPA 3KLIA 4Y1CA 3I8DA 4FJXA 5HRSA 3CM5A 1X9SA 4EZ6A 5CY4A 4Z0UA 1BHLA 1LWCA 1QSLA 1RBSA 3AO5A 3VN5A 4E19A 1J5OA 1S1VA 5D3GA 4FVMA 2YHAA 3ULDA 4LSLA 2HHSA 1XHXA 2FBVA 4CEQA 1U48A 5E41A 1BIZA 3BDPA 1W9HA 4LY7A 3DRPA 4E7JA 4Z4CA 4I9QA 1BQMA 3NH2A 2KQ2A 3VQCA 3OJSA 3HM9A 3K5LA 1ZYQA 1BI4B 1VSKA 2G8KA 4KHYA 1NK6A 3MXJA 1KRPA 1FXXA 3F9KA 4O0IA 2G8HA 2Y1IA 4DF4A 4KKOA 4IBNA 1A5XA 4FJMA 1UA0A 4KTQA 1HJRA 1LWEA 1B9FA 4M41A 2AJQA 3IG1A 1RBUA 4W5RA 1U49A 4CIGA 1S1TA 3WNHA 4HTUA 3MXIA 4HUFA 4E1NA 1Q8IA 2Q3SA 1TV6A 3CG7A 3K5MA 1NOZA 2F8TA 3LP1A 1HYSA 3DYAA 4HHTA 2IDOA 1HNIA 1BL3A 1D9FA 3UIQA 4DSLA 1BGXT 3OY9A 3TAEA 1JLEA 4I2PA 4OJRA 1QSSA 2OPSA 2I5JA 4HCBA 3TABA 2IAJA 1WSJA 4PA1A 3AVLA 4B8CA 4CJLA 1KVAA 2VWJA 5KRSA 1LW2A 4Q0BA 4DFMA 4DTJA 3RRGA 3NGIA 1D8YA 4KI4A 1J9AA 4N47A 4O5BA 1X1PA 4AHSA 2BANA 1TL1A 3AVAA 4CF0A 4CECA 4CGIA 1DTTA 1VSLA 2YNGA 4BACA 3SYZA 4KHWA 2ZD1A 4KV8A 3AO4A 3VQ4A 4CJ4A 4CJVA 2W42A 4BE1A 3SCXA 4NCAA 3KLFA 3ZSXA 1QSYA 1Z25A 2HHUA 1WAJA 1UAXA 4FJLA 1RT5A 4CEFA 4L8RB 1WSHA 3V9UA 3CFRA 3EZ5A 3TAMA 3CYMA 4CK1A 1CLQA 2HW3A 4HUEA 3T3FA 1NK0A 3K58A 1FK9A 3LP3A 2A1RA 2FBYA 1LAVA 4FLXA 3QIPA 4JLHA 3KK1A 4DS5A 5J2QA 3SI6A 2VG7A 4WE1A 2ETJA 4FK4A 3T1AA 4KHSA 1LAWA 4FJIA 4ID5A 1TVRA 4BE0A 3T19A 2XY6A 1VSIA 1T05A 1VSMA 4NCGA 3ALYA 2XHBA 1HNVA 3AVGA 3ZSQA 4EP5A 5C42A 3AVHA 3NF9A 2XY5A 3EY1A 3NF7A 1NJZA 4G1QA 4N5SA 1KFDA 4FLTA 3KD1E 2F96A 1RNHA 1RILA 3KTQA 1SKRA 2FBTA 4F2SA 4H4MA 2O4GA 4ID1A 4B9NA 1GOCA 1HYVA 2Z1GA 1S1UA 4IFVA 4AHVA 2HHXA 3P1GA 3K5OA 3SUOA 1JLAA 3I0SA 4C8LA 4N76A 3DRSA 4QOZB 4CGHA 2HMIA 4CK3A 2G8WA 2HHVA 4DF8A 3SJJA 1JL1A 4YNQA 5CYMA 2G8VA 4ELTA 4E7HA 3SQ0A 1XWLA 5I42A 3MECA 1QS4A 4FLZA 4J2DA 3PO4A 4CFCA 3SNNA 1CZ9A 3ZT4A 4QCLA 3MAQA 4M3XA 4RW4A 3NBPA 3K57A 4CHOA 3RWUA 1NK5A 1NJXA 1RDAA 2LSNA 2WONA 4CFDA 4KB1A 3PX0A 2YKMA 1VSHA 4CJPA 3B6PA 3RTVA 1NKEA 4NYNA 3C95A 1VK0A 3L2WA 1RDCA 1S6PA 2NUBA 4H8KA 3OYBA 1C0UA 4FZZA 2E6MA 5J2PA 2GV9A 2JGUA 3PUFA 2KFZA 3VQQA 4ELVA 2IS3A 1VSDA 3M8RA 3LAMA 3NF6A 3IRXA 4CGDA 3PO5A 3B6OA 3V9ZA 3ZSOA 3I0RA 3CQ8A 1DTQA 3DLEA 4CE9A 4N56A 4DFJA 3OYNA 3OYLA 4M3YA 2BDPA 2OZSA 2P1JA 3DRRA 4UQGA 1J53A 4C8MA 4E1MA 4DLGA 3AVCA 3LAKA 3LWMA 3OVNA 3O3FA 5HRNA 4M45A 4FK2A 2KZZA 1C0MA 4DU4A 4OLBA 2RF2A 1T03A 1VSFA 1J54A 3QEWA 1BCMA 5EU7A 4E7IA 3PX6A 2DTUA 1FKOA 4KREA 5FRMA 3IAYA 1I39A 2PY5A 4CEDA 2D0AA 2Z1HA 1KTQA 3HPHA 3OYMA 4CHPA 1CXUA 5HLFA 4B9MA 3SPYA 1TK0A 4CJFA 1XC9A 2OZMA 3AO1A 1JLQA 2YV0X 3V9WA 3VA3A 1U47A 5SZTA 1B92A 2JLEA 1BCOA 1ZBHA 4IDKA 1S9GA 3KLEA 4CJQA 1UWBA 1EXQA 1RBRA 4OKEA 3AVMA 4LD0A 4BDPA 3NH1A 1Z26A 3OYAA 2B6AA 1YTUA 1F21A 2F8SA 3DMJA 5FROA 4KB0A 2D0CA 3RMCA 3LPUA 4CHZA 4KPYA 4CIEA 3JSMA 1L3UA 4FLUA 4OLAA 3TAPA 3C6TA 3VA0A 4AHUA 5HROA 2RN2A 4CCHA 1RT1A 4KTZA 3DLGA 3O3HA 1SL0A 4DMNA 3QEVA 1TAQA 4W5OA 1IO2A 3VQ5A 1N6QA 1YT3A 3QLHA 4DTRA 3M8SA 4PWDA 4CJWA 3K59A 5T7BA 4AHCA 3RMAA 3ITHA 1RBVA 1KLMA 3U3GA 3V1OA 2HNDA 3L2VA 4KAZA 4GVMA 1ASWA 3L3UA 2DFFA 4KFBA 4B8AB 3SV4A 3LALA 1KFSA 4KI6A 2EHGA 2HHQA 3NGZA 1C1CA 3AVKA 3ZSYA 3LP0A 4CGGA 4B9VA 2KTQA 2XRIA 4DTPA 1VRUA 2Y1JA 3V9SA 1WNSA 1S5JA 4OGCA 4QAGA 4FXDA 4MQ3A 4DFKA 3QEXA 3HJFA 4FZXC 4FZYA 4AHRA 4FYDA 3QERA 4NYFA 2Z1JA 3QIOA 4Z4GA 4RW7A 3C94A 1RTIA 5DMRA 1G15A 1O1WA 3TAQA 2YHBA 1TAUA 2HHWA 3K5NA 1RBTA 4ICLA 1RT6A 2VWKA 4C8NA 3ZT0A 3EYZA 2Z1IA 3CFPA 4B9SA 4F3OA 4HVJA 1SV5A 4FJNA 1MU2A 4FLVA 4DTNA 3QETA 3MXMA 4KHQA 5FDLA 3L3VA 1RT2A 3DLKA 5HRRA 3SUNA 1NJWA 4FJHA 3AV9A 1VSJA 3HPGA 3AO2A 5HBMA 4JS5A 1U45A 1TL3A 4DWIA 4O0JA 4CHYA 3LPTA 4CHQA 1KLNA 1UOCA 3AA4A 3DM2A 5KGWA 3WNEA 1RTDA 1RCHA 4FW1A 4F4KA 4IKFA 3VQAA 1WLJA 3KK3A 3FFIA 4O55A 2QXFA 1SL1A 4DSKA 2X6SA 2KZMA 4H4OA 3SPZA 3L2RA 5I3UA 1VSEA 3SQ1A 3V4IA 3RMDA 3SQ4A 4O44A 3P5JA 5JS2A 4DQPA 4OPKA 1NK9A 2DFHA 3DLRA 3HP6A 4O4GA 3AA3A 2BE2A 2HNZA 3KKSA 3QESA 4FLWA 4M3UA 3G0ZA 2X78A 3D45A 4I7FA 4BWJA 1EKEA 3KLGA 1IKWA 5DK5A 4CGFA 1N5YA 3HL8A 4B08A 4FW2A 3OYEA 4CJUA 4K8XA 2HVHA 1X9MA 3CFOA 4TSXA 3SV3A 1SUQA 2A1SA 3V1QA 3HSTB 1R0AA 2E6LA 4OVLA 5KI6A 3KD5E 1JL2A 2XY8A 4DFPA 1JLFA 4RW9A 1IG9A 3RMBA 5J1EA 4IG0A 1CZBA 1WAFA 2KW4A 1S9EA 4KHUA 1JLCA 1GOBA 3ZSZA 1TKTA 3QNOA 2FC0A 1UA1A 1RTJA 4DLEA 3HVRA 3LZJA 3SQ2A 4K8ZA 4PQUA 1JLGA 3DLBA 5C25A 1Q9XA 2OYQA 4FJ8A 1NJYA 3WNFA 1U4BA 1XHZA 1QE1A 3HYFA 4KHNA 4DTXA 1TGOA 4DG1A 2PZSA 2ZQBA 2G8IA 1BI4A 1HPZA 1NKCA 3CM6A 3AVIA 1T8EA 1ITGA 3HPOA 1JKHA 3S3OA 5CYQA 4XIUA 2OPPA 3S9HA 5J2MA 3VQEA 1NK7A 4CJKA 3LZIA 4CHNA 3ZT1A 4Z4IA 3U6FA 2OPQA 1WSFA 3AVBA 3TANA 1LV5A 2P5GA 2B5JA 4B3OA 4M3WA 4KTWA 3OYCA 3OYIA 1REVA 4E89A 1RDBA 3AVNA 1HRHA 1Q9YA 2HB5A 3ZSRA 2P51A 4Z4HA 2VG5A 3PX4A 4F3TA 3OYKA 1EP4A 1HQEA 3NHGA 4DQQA 4CJ5A 2IC3A 4DSEA 3DOLA 3VQ8A 4HUGA 3E01A 2ATQA 4LSNA 4F8RA 3NDKA 3HO1A 3HK2A 2X74A 3AO3A 1D9DA 4BE2A 2PYLA 4CEBA 5J2NA 2QKKA 3PV8A 2RPIA 3C6UA 4NCBA 4KO0A 4M3RA 2DY4A 3LDSA 2BGGA 4FJ7A 1C0TA 2DFEA 3AVFA 1WSEA 4ZHRA 4CJ3A 3ZCMA 3NH0A 4J2EA 1TK8A 4CGJA 4AH9A 4E7LA 3OYJA 4CF2A 2RKIA 2XO7A 2G8UA 3L8BA 4M3ZA 1NOYA 1TKDA 3TAFA 1S6QA 3PY8A 1IH7A 1I3AA 3KKRA 3ZT2A 3JYTA 3NE6A 4HCCA 3H08A 1L5UA 4CFAA 4CK2A 3NFAA 3ZSWA 4BWMA 3O4NA 4B9UA 4DTOA 3VQDA 4M3TA 2HHTA 3DOKA 3V81A 1RT3A 3M8QA 3V6DA 1X9WA 1S1WA 3KLHA 3K2PA 3OYFA 1NK4A 4C8KA 3TR8A 1HQUA 4DS4A 1W0HA 4DU1A 2PYJA 1RTHA 1RT7A 2B4JA 1LWFA 4DTSA 4FJ5A 3LP2A 3MEEA 4EP4A 3KK2A 4OGEA 2P5OA 1C1AA 5KGXA 1XI1A 3RRHA 3S3MA 5HRPA 3DI6A 1EX4A 2GUIA 4RG8A 3OS1A 4RW8A 3ZT3A 3OYGA 1NK8A 2QKBA 4C8OA 4N41A 4E7KA 3M8PA 4AHTA 4CJEA 4B9LA 1C6VA 4GMJB 4DTMA 5KRTA 1ZBLA 4I2QA 3KIOA 4FJKA 1SKSA 3SUQA 1ZBUA 2HVIA 1Y97A 1KVCA 3TI0A 4FM0A 1L3TA 4EZ9A 2EX3A 3DLHA 3F73A 1YTAA 3BGRA 3SZ2A 1EETA 3TWHA 2E4LA 5CZ2A 1FKPA 4IFYA 2D0BA 3VQ6A 3ISNC 4E3SA 2G8FA 4W5QA 4CFBA 4RW6A 3OYDA 1IKXA 4BDYA 3QO9A 2OPRA 4OKJA 3LANA 4LH5A 1QQCA 3G10A 4GW6A 1L3SA 2IGIA 4AILC 4Z4EA 4ZTFA 1TK5A 4KRFA 3V1RA 3V9XA 3OS2A 1SL2A 1BISA 4IG3A 3D0PA 1HYZA 4DQRA 3OS0A 1TKXA 2QK9A 3NAEA 1CXQA 4CEEA 2KFNA 3HVTA 2HNYA 4M42A 2ZE2A 4CIFA 4CF8A 4DSFA 2D5RA 3QINA 4DQSA 1JXEA 3VQ7A 5CZ1A 4Y1DA 3IS9A 4DSIA 3O3GA 3TARA 4YFUA 1A5WA 3THVA 5KTQA 3QEIA 3QNNA 3OYHA 4CEAA 3NCIA 3L2UA 4FJGA 2YNHA 4FK0A 3NGYA 1HMVA 2WOMA 3MEDA 1RT4A 3P83D
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O4QA 5DM6L 4I9LA 3O9TA 3EL2A 5BREA 2VCPA 3EE9A 3TAGA 3VEWA 4O5FA 1XNQK 3VQPA 3HI0A 1YI2N 1VRTA 1KCFA 4JRQA 4PUOA 4DSJA 2NRWA 4DR2K 4H0TB 1BA1A 5K14A 2R7YA 2NZTA 5E26A 3WXJA 1WSGA 1XC3A 4FCYA 4OKKA 4A59A 3OW2M 1R59O 3RR7A 1X9JA 4OPJA 4FVUA 1DLOA 3EE8A 1YAGA 1Q82O 4NLBA 4J2BA 4CERA 5BPNA 4BR2A 2ZM6K 1HKGA 1GLCG 4PY5A 1D5AA 2JWLA 4BRPA 1ZBFA 3THWA 2ZJPL 4ELUA 4WF9L 3KLIA 4CZGA 4EZ6A 2NRRA 5CY4A 4Z0UA 2GEMA 1BHLA 1LWCA 1U2VA 3H1VX 3O5BA 3HOTA 4FVMA 3LM9A 4LF7K 5E41A 1W9HA 4YOYA 3GL1A 4A2AA 1BQMA 3K5LA 2KQ2A 3VQCA 5AQQA 3HM9A 1BI4B 2G8KA 1A5XA 1Z05A 1UA0A 4YHHK 4KTQA 4M41A 3CJAA 3ZX0A 1S1TA 3I55N 4JV5K 1TV6A 3CG7A 1NOZA 3H6EA 1D9FA 3TAEA 4PKHA 4I2PA 1JJ2M 3TABA 4B8CA 4R79A 1OH7A 4PKIA 4N47A 1X1PA 3SUPA 4KHWA 4BACA 2ZD1A 3SCXA 3AO4A 2W42A 4BE1A 4NCAA 1ESVA 2J4RA 3ZSXA 4WFAL 1UAXA 1NGEA 1C0GA 4CZIA 1YJ9N 3CQXA 4B9QA 3MN6A 3QFPA 4IOXA 1FK9A 1LAVA 3QIPA 5J2QA 1BA0A 1HPMA 4WE1A 2E2NA 1LAWA 4K42A 4NB4A 4ID5A 3ZX2A 4DUYK 4NCGA 3ALYA 1HNVA 5C42A 3AVHA 3O8MA 5MLCQ 2ITMA 1GLBG 3TTDA 2FBTA 4F2SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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