1WSJA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (k87a/h124a)
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGAAGHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribonuclease HI
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 50
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsjA00
5DMRA 1QTMA 3K57A 1QE1A 5D3GA 4CEBA 3AVBA 1TKXA 1KVBA 3VQ5A 1F21A 3OJUA 2XY5A 1YVUA 1NOYA 4Y1CA 4I9LA 3EY1A 1J54A 1TKTA 2VG6A 3K5MA 3KK1A 1A5VA 3DMJA 4KV8A 4ZHRA 3KLHA 1BISA 2P1JA 3LPTA 1Q8IA 3MECA 2BE2A 2I5JA 4DU3A 1LWEA 4CFDA 3M8SA 4JRPA 1IKXA 1XWLA 3V9XA 4FLVA 4IDKA 4W5TA 1NK4A 1NK8A 4FJKA 2F96A 2IS3A 2FBVA 2ETJA 4CJRA 4FLUA 3OYCA 4ELUA 1RILA 4N41A 1TK0A 4KAZA 4OGCA 4KI6A 3AVGA 3AVFA 3V1QA 2IOCA 4FJJA 5J1EA 1RT3A 4CFBA 4AHTA 3DRSA 2F8TA 1W9HA 2X74A 1WAFA 3O4QA 4LH5A 4DLGA 2BANA 5J2MA 3VQBA 3QO9A 4CHYA 3MEGA 1XC9A 2OZMA 4FJLA 4KTQA 3LALA 1X9MA 3AA2A 5HBMA 1XI1A 4AHSA 4DFJA 4E0DA 2DFHA 1A5XA 1RTIA 3TAMA 4JS5A 5HP1A 4KHQA 4OPJA 1T03A 1S1VA 1C0MA 4HUGA 2DTUA 3AVAA 1S6PA 1VK0A 3C6TA 4O5BA 4YFUA 3MXMA 2OPPA 1KRPA 3PY8A 4QOZB 1U4BA 2G8FA 2DY4A 1SUQA 3CM6A 4CERA 4CGGA 1B9FA 2X6SA 3G10A 2AJQA 1TAUA 3RR7A 4C8MA 5T7BA 2KTQA 1BQMA 4OLAA 1UA1A 3AVJA 4DU1A 4MQ3A 3CFPA 4KHUA 3TABA 3CQ8A 3ZSQA 4E7JA 4CJSA 5HLFA 1SKSA 1S6QA 2HMIA 2D5RA 4CF1A 1SL1A 2YHBA 4CJFA 3LAMA 2NUBA 3B6PA 1HPZA 1RBVA 4CEFA 3E01A 3FFIA 3V4IA 4CJ4A 3SNNA 2RPIA 4HHTA 2YNFA 4B8CA 1BHLA 3HM9A 4DU4A 1T05A 3TWHA 4PY5A 1QQCA 4DTPA 2G8KA 3NH0A 4ID1A 4ELTA 3VQPA 2KZZA 5HRSA 2Q3SA 4M3WA 4FJXA 3TANA 2G8UA 4CEOA 4IFVA 3SUNA 4CESA 4IFYA 2DFEA 4O0IA 1BIZA 3NCIA 3M8PA 4O55A 1TAQA 3L2UA 4O0JA 4J2AA 4CEAA 1SL0A 3KLIA 3VQ7A 1SKRA 1RDAA 2YHAA 4CFAA 2XHBA 2G8WA 1KFSA 2VWJA 4CJLA 4CK1A 4FYDA 1ASWA 4YNQA 3SZ2A 3TAQA 1VSFA 5FRMA 1YTUA 3QEXA 3HPGA 3NGIA 3LAKA 4KI4A 4CJQA 3OYIA 3G0ZA 2EHGA 2OPSA 3OYGA 2HHUA 2DFFA 1WSIA 3KKSA 3S3MA 2FBYA 4CGFA 1KTQA 1N5YA 3AVCA 3DLGA 3OYHA 3ALYA 1BL3A 1ZYQA 3NBPA 3O3FA 2PYJA 1ZBIA 4IG0A 3L2RA 5JS2A 4F3TA 1RT5A 2IDOA 3S9HA 4PQUA 3AA4A 1J5OA 3ZSVA 1SKWA 1RTHA 3OJSA 2XRIA 1X9WA 4B9SA 3VQQA 3PO5A 2QKKA 3UIQA 1DLOA 3AVLA 3KTQA 2HVHA 4O4GA 3KLFA 1RDBA 4F4KA 4CECA 4LSLA 3QNOA 1C1AA 3QEVA 4DG1A 3L8BA 1CZ9A 4H4MA 4K8XA 4CJVA 5JS1A 1GOCA 5K14A 3SV4A 3K5LA 1JLFA 4CF8A 1X1PA 3ZT0A 3RTVA 3AA5X 3QIPA 4FVMA 5EU7A 3LZJA 3K59A 4H8KA 4E3SA 3T3FA 1N6QA 4C8KA 4FLZA 4W5NA 4B9MA 2RF2A 3KD1E 4KHNA 1ZBUA 3ZSXA 3RRHA 5FDLA 4CJWA 1R0AA 1ITGA 4DFPA 2XY8A 4E7LA 2PYLA 2F8SA 3AVNA 5FROA 3K58A 5J2NA 1Q9YA 3KK2A 4FM0A 4KO0A 3P83D 4C8LA 4R5PA 3AVMA 2Y1IA 4B9TA 3NGZA 3TAEA 4FLXA 1IKYA 2OZSA 3QEWA 1RDCA 4KREA 3DLKA 3AO4A 3WNHA 4GVMA 1KSPA 3V9WA 5CY4A 1NK0A 4NYNA 4DS4A 4GMJB 4CJ3A 2QXFA 4B9UA 4E7HA 1S1TA 4FJNA 1HYVA 1FKOA 2Z1HA 2KFNA 4NCBA 3F9KA 1C0TA 1NK9A 3JYTA 4DTJA 3SUQA 2KQ2A 3TR8A 2OYQA 4M3ZA 3DRPA 1CZBA 1TL1A 3T19A 1VSJA 4E1MA 4DSLA 4DSIA 1I3AA 4FM1A 3L3VA 4FLWA 4AILC 4DF8A 1GOAA 3HYFA 4W5OA 2OPRA 4I9QA 4I2PA 4FJGA 1SL2A 3VQ9A 1O1WA 4DQIA 3TARA 4NCAA 3CG7A 4IG3A 1RT6A 1NKEA 1UWBA 4NYFA 4CHPA 3O3GA 4DQPA 4CF2A 4M42A 2FC0A 3LP3A 4WE1A 2HHSA 2E6LA 3SQ4A 3AV9A 2GBZA 1JLBA 1C0UA 2YKNA 3V6DA 3TAFA 3ZT1A 4FJ8A 5CZ2A 3NF7A 5CYMA 4C8NA 3B6OA 4FJMA 3U3YA 4PA1A 2YNIA 1JLEA 1TGOA 4CGHA 3RMCA 1D9FA 4B8AB 4CJTA 1TKDA 1HJRA 2BGGA 2VWKA 1JKHA 2JLEA 3PV8A 1KFDA 3SPYA 1RTDA 3ZT4A 1JLQA 1MU2A 1BI4B 3NFAA 4BE1A 1IG9A 5J2PA 4DF4A 3QEPA 1HQUA 1VSMA 3QLHA 3NH1A 5E41A 1IO2A 3DOLA 2BDPA 4Z4IA 1JLGA 2D0BA 4OPKA 3LANA 1HNIA 1D9DA 1VSDA 4CHQA 4PUOA 4QCLA 2IAJA 3VQCA 2E6MA 3RMDA 3EYZA 3I0SA 3SJJA 4F2RA 4DSKA 5KTQA 2B5JA 5KRSA 1U48A 4CIEA 2HW3A 3OYBA 3NGYA 4W5RA 1CXUA 1JLCA 1X9SA 2VG5A 1WN7A 3CFOA 4CJPA 2IGIA 2YNHA 4I7FA 4LY7A 4E89A 1Z26A 3OYKA 3TI0A 3MEDA 1KLNA 1DTTA 3VA0A 1LWFA 1VSIA 1WAJA 2RKIA 1D5AA 4J2EA 4KHWA 2O4GA 2X6NA 3I0RA 3L2QA 2FBTA 3D45A 3C6UA 1NK7A 2GUIA 4M45A 1NK5A 3ZT2A 3DLRA 4Y1DA 4DTNA 4DWIA 3OYLA 4FK4A 3OVNA 4MFBA 5KI6A 4AHUA 1RTJA 3QETA 1BCMA 1LW0A 2Z1JA 3NF9A 1LAWA 3K5OA 4CF9A 1TK5A 2O4IA 3JSMA 1HMVA 4E19A 2WONA 4K8ZA 4LD0A 5J2QA 3HXMA 4DMNA 4FM2A 4DQSA 4DTUA 1NKCA 4KHYA 4HUEA 2G8IA 2QKBA 3A2FA 4F8RA 4RW7A 2G8VA 3C94A 3EZ5A 4DTOA 3NHGA 1U04A 3QINA 3V1OA 3LZIA 3NDKA 4DTXA 4CEQA 4CFCA 5HROA 4F2SA 1S9EA 1BIUA 1L3SA 4LH4A 4B9NA 3MEEA 4CHNA 2Y1JA 1BGXT 1KVAA 3DLEA 1TVRA 4RW6A 4M41A 5HRPA 1S1UA 3PX6A 1XHXA 4BDZA 3DRRA 4DQQA 3V9ZA 4KTWA 4OKKA 3C95A 2XY6A 1W0HA 2Z1GA 4OKJA 4HTUA 3AO5A 1D8YA 1ZBHA 1L5UA 2R7YA 2XY7A 2X78A 3HO1A 1T7PA 1U45A 4UQGA 4EP5A 1CLQA 2D0CA 4DTMA 3V9UA 4G1QA 1HQEA 1JXBA 4EP4A 4N76A 1VSKA 3S3NA 4FK0A 1WSHA 1YTAA 3AVHA 3KLGA 2QK9A 1IH7A 4JRQA 1EXQA 4CGDA 3O3HA 5I42A 3P5JA 2ZD1A 1L3VA 3OYAA 4OVLA 4CIGA 2OA8A 4JLHA 3S3OA 3V9SA 4KRFA 1B92A 1ZBFA 1WSEA 1JXEA 3U6FA 4CF0A 5KRTA 1IKWA 3CM5A 3AO3A 5CYQA 1J53A 3AO1A 2W42A 3KD5E 4B08A 4FK2A 4FZZA 2KW4A 4W5QA 1RT4A 1VRTA 4GW6A 3ZSWA 1JL2A 3MAQA 1LV5A 4KPYA 2JGUA 3LP2A 3IAYA 3ASMA 5KGXA 3SPZA 1QSSA 1EP4A 4KFBA 4CCHA 3KKRA 3IS9A 2PY5A 3HVRA 3H08A 3OYNA 1DTQA 1U47A 1TK8A 2P5OA 4E1NA 3HL8A 4FJ9A 4BWMA 3PX4A 3WNGA 5SWMA 3QESA 3ZSOA 4JS4A 2HHXA 3ZT3A 4B9LA 5DK5A 3MXIA 2P5GA 2Z1IA 4OLBA 1B9DA 1C1CA 1ASUA 1C1BA 2HB5A 4XIUA 3SQ2A 3HJFA 1LWCA 1VSLA 2YV0X 1JL1A 3OYEA 3VA3A 2KZMA 4BE2A 3QEIA 4CEZA 3OY9A 3HP6A 2HNDA 3U3GA 1RBUA 3TAGA 4CJEA 3K2PA 1NOZA 4I2QA 3NH2A 3NAEA 1IKVA 4RW9A 4E7IA 1KCFA 4FW1A 3SUOA 4AHCA 4RW8A 5HRNA 2HHTA 1CXQA 4RW4A 4NCGA 4Z4FA 4CK3A 4RG8A 4F3OA 2HHQA 4J2DA 1RT1A 3DM2A 3QERA 1Q9XA 4M3XA 4PWDA 1NJYA 1A5WA 4CGJA 2A1RA 4Q0BA 3WNEA 1TKZA 1NJWA 2PZSA 3HK2A 1FK9A 1UOCA 4M3UA 1EETA 1L3TA 3K5NA 5C24A 1UAXA 3AVIA 3TAPA 3DLHA 1NK6A 1VSHA 1TL3A 3DLBA 1HYSA 4CHZA 4B9VA 1FKPA 3RMAA 1ZBLA 4DS5A 4CEDA 4AHVA 3AA3A 3DYAA 3D0PA 1TV6A 3I8DA 4FXDA 1RT7A 3PO4A 1LAVA 1VRUA 2IC3A 4KKOA 4IKFA 3IRXA 1J9AA 2WOMA 4M3RA 4ZTJA 1QSLA 1NJXA 4CHOA 4HUFA 4CIFA 3IG1A 2B6AA 2HNYA 3NE6A 4FJIA 1WSJA 5KGWA 2HNZA 1BI4A 3M8RA 2KFZA 2XO7A 3OYFA 4LSNA 3SQ0A 4Q5VA 3DOKA 4FJHA 2D0AA 3ZSZA 4M3TA 1G15A 4KHSA 4M3YA 1BQNA 4OGEA 5HRRA 1WLJA 4CE9A 4QAGA 3VN5A 4CK2A 4FLTA 4Z4HA 4ELVA 4FZXC 4AHRA 4HCBA 1I39A 4FLYA 3PUFA 4EZ9A 3T1AA 4OKEA 4DFMA 3VQ8A 3LPUA 2OPQA 1K6YA 4L8RB 1WNSA 4CGIA 1QHTA 4BE0A 4DSEA 3SUPA 3PX0A 2ZQBA 3OYDA 5CZ1A 1WSGA 1HRHA 3VQDA 3VQEA 1NKBA 4BDPA 1RBTA 3SI6A 4J2BA 2ZE2A 3HSTB 1JLAA 3ULDA 1UA0A 3KLEA 4DTSA 1T8EA 4FZYA 4DSJA 3RR8A 4KB1A 1RNHA 3P1GA 3OS2A 3ZSRA 1RBSA 3LP0A 3M8QA 4KTZA 1XHZA 3OYJA 4TSXA 5SZTA 3BDPA 1HNVA 4N56A 3O4NA 3OS1A 3HPOA 1S1WA 3LP1A 3WNFA 2E4LA 4DSFA 4BDYA 2ATQA 3KK3A 1YT3A 3HPHA 4OJRA 3LDSA 2RN2A 3V81A 5C42A 4HCCA 4KB0A 1BCOA 1ASVA 1EX4A 4CJUA 1Z25A 1KVCA 1KLMA 3MXJA 1S5JA 4N47A 4H4OA 3VQ6A 4Z4CA 1QS4A 1REVA 2LSNA 3DI6A 3HVTA 3OS0A 3CFRA 4DQRA 3SYZA 3RMBA 1HYZA 3LWMA 3HP9A 1RCHA 3KIOA 3HT3A 4DLEA 4FW2A 4Z0UA 3V1RA 2ITGA 3AVKA 4E7KA 4N5SA 1SV5A 1FXXA 2EX3A 3VQAA 4ID5A 1NJZA 3VQ4A 3ZSYA 4C8OA 1S9GA 1GOBA 2P51A 3OYMA 4DTRA 4EZ6A 5FRNA 2G8HA 1VSEA 1C6VA 4BWJA 3ITHA 3ISNC 1RT2A 4AH9A 3NF8A 4B3OA 3NF6A 1LW2A 4ICLA 3RWUA 3F73A 3CYMA 1L3UA 1EKEA 2HHWA 2GV9A 1WSFA 1RBRA 1RDDA 3L3UA 2B4JA 4HVJA 1QSYA 4IBNA 4Z4GA 4BACA 2VG7A 3QNNA 1S1XA 4FJ7A 3SQ1A 5C25A 3AO2A 3ZCMA 3L2WA 1U49A 2A1SA 4O44A 3LWLA 3RRGA 3THVA 4FJ5A 3L2VA 3BGRA 2YNGA 3SCXA 2FBXA 3SV3A 1Y97A 3QIOA 4ZTFA 3KJVA 4FCYA 4CJKA 4CEEA 5I3UA 4DFKA 4Z4EA 2HHVA 2YKMA 2HVIA 4CJ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI1K 1NGEA 4BG9A 4B3TK 4JKBA 5D3GA 3N4QA 1YVUA 4Y1CA 3WT0A 3DMJA 2NRRA 1Q8IA 2I5JA 3V9XA 4CJRA 1RILA 1TK0A 5TKWA 5J1EA 2F8TA 1W9HA 4LH5A 1WAFA 3N4PA 3DXMA 5J2MA 3VQBA 4IWVA 3QO9A 5EX5A 3MEGA 1XC9A 4FJLA 2O8CB 1BDGA 4E0DA 4AHSA 4JI3K 1N8RO 2Q2RA 5AQHA 4OPJA 3C6TA 4O5BA 3AGRA 5KPTA 1KRPA 5BPMA 3CM6A 4NLBA 1DEJA 4OLAA 1UA1A 3MK6A 4DU1A 3CFPA 4KHUA 3CQ8A 3CQXA 4CJSA 2HMIA 4CJFA 5GIOA 1NG9A 3DXKA 3V4IA 3SNNA 2YNFA 4UY8O 2NRVA 1T05A 1VQ9N 2Q36A 1M1KO 5EY4A 3U9DA 3O08A 1BIZA 1I94K 4JI2K 3NCIA 4O55A 1TAQA 1SL0A 2E20A 2IVPA 1WOQA 5HL7L 3O9SA 4YNQA 2F4VK 3SZ2A 3FZFA 2Q1NA 5ADXH 4X65K 4CJQA 2OPSA 4GKJK 5A2QO 1ILYA 3S3MA 1O13A 1KTQA 5AR0A 4DR4K 5GADP 3ALYA 4WYBA 1ZBIA 3NBPA 2YHYA 2YJFA 4PQUA 1J5OA 1SKWA 3THWB 3OJSA 1JCFA 1X9WA 2HVHA 4H5NA 4O4GA 4K41A 1RDBA 3KLFA 4OPHA 4GKKK 2ZGYA 1Q18A 1BA1A 1Q82O 4JKFA 4H4MA 4K8XA 4CJVA 2NRWA 5K14A 3SV4A 3PIPL 3VF6A 3UKRB 1RGIA 3HRGA 1QVFM 1NGFA 4FVMA 3O5BA 4HWIA 4E3SA 1NM1A 3RVCA 4B9MA 2QA4N 1R0AA 1EO1A 4E7LA 2PYLA 1VQ8N 5FROA 3WUHA 5J2NA 4A5AA 5M1PA 3AVMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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