1X3MA

Crystal structure of adp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 136
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3mA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3mA02
4PKIA 2A3ZA 2P9IA 3RSEA 2P9UB 4CZEA 1K8KB 4ISGA 1X3NA 1YAGA 3UKUB 5KPRA 4K25A 4GNIA 2IVOA 4AM6A 2ASPA 3O08A 1QQMA 5AZJA 3A5OC 3D2FB 2P9LB 3DWLA 5AQIA 1LCUA 4BR5A 4FWKA 4BRKA 3O80A 3QBXA 4FL9A 5AQQA 4CZMA 3VENA 2HOEA 3I33A 3A5MC 2VCPA 3ZEUA 1RDWX 1ESVA 3DAWA 4HWIA 5BRHA 4BQLA 3SMSA 3HM8A 2VYPA 4H0OA 1V4TA 4K43A 1KAXA 3O6WA 3WUHA 4BROA 3SJHA 4BREA 4FPAA 1QQNA 2QWPA 3HI0A 2PAVA 5KQ8A 2FF6A 4CZFA 4EIAA 2YJEA 3QICA 4C23A 3ZETB 4BRNA 3ZX0A 4FO0A 1NGJA 3GOIA 1OKJA 3QDKA 3FR0A 4CZHA 5FPEA 2KHOA 5AQPA 3TU5A 5F1XA 1WUAA 2ASMA 3P4IA 2QW9A 4YDUC 3U8XA 1U6ZA 4DHYA 2NLXA 3CHWA 4MO5A 4JAXA 4A62A 2YHXA 1HJOA 4BRIA 3IFRA 4O8KA 5CE3A 2P9NA 3QFPA 5EVZA 4MLEA 3H46O 4H0PA 2A42A 1JCGA 1XC3A 1P8ZA 2A5XA 3MMVA 1QQOA 2GEMA 3G25A 3VEZA 3BP8A 5AQMA 2P9PB 1MA9B 3GG4A 4B1XB 1X3MA 4BRHA 1BWFO 3ID8A 3C7NA 4M63C 2GELA 5AQKA 4A2BA 1NGEA 3UKRA 2I7PA 3FZHA 3O5BA 4YDUA 3DXMB 1SQKA 4BC3A 3D7EO 1TYQB 3ULEA 1GLFO 1Q18A 3CERA 5ADXA 5AQSA 2QM1A 3A8YA 5F0XA 2D0OA 2ZGYA 3DXKA 2J4RA 5JLFA 5F2RA 3HBTA 2E88A 4E1JA 4JD2A 5AR0A 2IIRA 4BQZA 2A40A 3ATVA 1E4FT 1KXPA 1H1VA 1HX1A 2GUPA 2VWBA 1T44A 4H0TB 4WQ4A 3A5LC 5AFUA 3CQXA 1NLVA 2OANA 2P9UA 3MN7A 1K8KA 3VETA 3UKUA 3BEXA 3SMPA 2ZF5O 4IXCA 1S3XA 4IWVA 3UE5A 2D4WA 3D2FA 3GE1A 2P9LA 3EKSA 4JN4A 4PKHA 3LDPA 4BRGA 4DB3A 3KHYA 2Q0RA 4H5TA 4EHUA 3ATUA 3VF2A 4PKGA 3U4LA 4CBXA 5E26A 1JCFA 2CH6A 1ZBSA 1HKBA 5LY3A 3GBTA 1YVNA 2FSJA 4B9QA 4H5NA 5BPLA 4DCHA 4IO8A 1GLCG 3AAQA 2EWSA 5JICA 3CJAA 1U2VB 5LJVA 2HF3A 3VEYA 4B1VA 5AQWA 4WQ5A 2GWKA 3QB0A 5KPZA 3MN6A 3UB5A 1MWKA 3FFKB 2E20A 3QBWA 1Z05A 3ZETA 4NO7A 3BF1A 4FWLA 3EKUA 4BC5A 2ZWHA 5ADXH 1NGIA 4XH4A 4O5FA 1HLUA 3QFUA 2ITMA 3FZFA 1DKGD 2DPNA 5AQZA 1RGIA 1NGGA 5JLHA 1BO5O 3MCPA 2YHWA 1QZ6A 4FOEA 3A0IX 3M1FA 4B1ZA 3CI5A 1DEJA 5AFUH 4CD3A 3VGMA 3VGLA 1J6ZA 3FLCO 2W40A 3EN9A 5BPNA 4H5WA 4BRDA 4FWMA 4DQ8A 3VF6A 1GLEG 2FSKA 1GLBG 1QZ5A 4IZ9A 2P9PA 5AQVA 3CQYA 4FWSA 3CETA 2CH5A 4RCHA 1Y64A 3WEEB 5AQOA 4AM7A 1NGDA 4IJNA 2E1ZA 2YHYA 3CJ9A 3DXMA 1YXQA 1IJJA 3VPZA 2P9KB 1TYQA 3SLCA 3VERA 3U9ZA 1DGKN 2I7NA 3L4IA 4H0VB 1R59O 1XQSC 2GWJA 2CGKA 2E2NA 4BRLA 3O4WA 4BC4A 2E2OA 3LDQA 2Q1NA 3BF3A 5EY4A 1T6DA 3VEOA 3HSCA 3H45C 4H5RA 3WXKA 2FLOA 2P9SB 3CJBA 4FWPA 4K42A 1WOQA 5AZIB 4CJ7A 4H0XB 4BRFA 4CZIA 4F9OA 3GDQA 4KBOA 5BPMA 1S22A 5BR9A 2PBDA 3WXIA 4NB4A 2IVPA 5E84A 4BR4A 5FPMA 4BGBA 3J8AA 4M7XA 3JXUA 4BR9A 4EHTA 5AQTA 4BVPA 4ISFA 1YUWA 2E2QA 1U2VA 3H3OB 4PL8A 3U9DA 2UYTA 3VEXA 4B1WB 4A2AA 3I8BA 1NGFA 3CIPA 4EFHA 2QWRA 5ELZA 3VEVA 3BUZB 2E2PA 3L0QA 3LDLA 5AQNA 1BUPA 2ZGZA 3B8AX 4I6MB 2ASOA 3IDHA 1NWKA 2V52B 2V7ZA 3MN5A 1ATNA 3KVGA 4FWQA 3M3ZA 4BR7A 2HF4A 1C0GA 3ZX3A 1ATRA 1GLDG 4WYBA 2A6AA 4BRCA 3AARA 1ZC6A 4BR0A 1KAYA 1GLLO 1G99A 2QWQA 1BDGA 3C0BA 5JMVA 2V7YA 5BN9A 4CZJA 1XUPO 2E1YA 3VOVA 3VF4A 3WT0A 3JS6A 1NGHA 1GLAG 5AQLA 4ISEA 1BG3A 1TUYA 2D1KA 4MLHA 2H3GX 3S41A 4K41A 3IMXA 3WEEA 1NMDA 1SAZA 2Q31A 3O1BA 1GLJO 3CJCA 2P9KA 2YI1A 4JHDB 2F9WA 3D2EB 3H1VX 2GTDA 3CJ7A 3EZWA 4FWOA 3R9PA 2CGLA 4MO4A 2AA4A 4FSVA 3A5NC 4H5VA 3LDNA 5AQFA 3EL2A 3AY9A 3FZKA 3MN9A 5AQGA 3FZLA 4JNEA 1RFQA 3AAPA 4QS7A 2D0PA 4FPBA 5AQXA 3WQTA 2WUSA 1SZ2A 2BTFA 5BN8A 5KPTA 2W41A 4GY2B 2P9IB 3RSEB 3F9MA 1BA0A 2P9SA 3QMLA 1NGBA 1NBWA 4BC2A 1LOTB 5AZIA 5AQRA 1BA1A 3TPQA 2Q36A 5AZJB 3HZ6A 1E4GT 1T6CA 4L3QA 4LC9B 4BVOA 4Z94A 5EXWA 3L6QA 1HKCA 5B8HA 1NGCA 5LJWA 4IJAA 2QWMA 5EOYA 4QS8A 3FZMA 4BRMA 4BRAA 2E8AA 2NZTA 1MDUB 3ZEUB 5KQDA 4XH5A 3DJCA 2IVNA 4FOIA 1KAZA 3EO3A 3R6MA 5AQJA 3MDQA 5BREA 3VESA 1NGAA 4PL7A 1C0FA 1D4XA 4CI6A 2CGJA 3CJ1A 2QXLA 1V4SA 1QHAA 4WQ4C 3GL1A 3WXLA 1BOTO 2A41A 3LM9A 4BRQA 4CZKA 5FPDA 4I6MA 3WQUA 2QWNA 1JCEA 5BRFA 3LL3A 5TKYA 1CZAN 4M7YA 4BG9A 4A61A 3H3NO 4B1UB 1ZXOA 2BUPA 1BU6O 4RWTA 3LM2A 3O1WA 2NRHA 4BG8A 1X9JA 2QWLA 4BGAA 3R8EA 1NM1A 2P9NB 3ENOA 5BRDA 1ATSA 4H0YB 4QS9A 3SK3A 3H6EA 5FPNA 3HTVA 4J8FA 2F9TA 1EQYA 4CBUA 5AQYA 1TUUA 4HTLA 1HUXA 5AQHA 3O8MA 3W0LA 4FWNA 3KZBA 4BRPA 4H03B 5EX5A 3W3DA 3LDOA 3ZX2A 4WQ5C 2QWOA 2YCHA 3OHRA 3M6GA 3C7NB 4B1YB 3ENHA 4RTFD 4XH1A 5I9EB 1HPMA 2V51B 3VEWA 4CD1A 1Z6RA 3UKRB 2FSNA 4Y0WA 4CZGA 4JHDA 3D2EA 3ULEB 2HMPA 3VGKA 2Q97A 4CBWA 4FWRA 2AP1A 3DXKB 2FF3B 1IG8A 3H1QA 2FXUA 5AQUA 3FE1A 4EAHD 3MK6A 4JD2B 1HKGA 2Q0UA 3FGUA 3IUCA 4BR2A 3WXJA 4CZLA 2YJFA 4XEIA 1MWMA 2Q2RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2P9UB 4DTSA 3I8DA 3UKUB 3KK1A 4O0JA 1RNHA 3K9JA 2IVOA 2ASPA 4FLZA 3A5OC 2Z1IA 3OYMA 2P9LB 1YIJN 1JL1A 4H4MA 4YOTA 4BRKA 2Y1IA 4DTJA 3VQEA 2X6NA 1NK8A 4FL9A 3VENA 4K0KK 1QSSA 4B9LA 5M1PA 3I33A 2VCPA 1RDWX 3PX4A 3DAWA 5DM6L 4HWIA 1RBUA 4BQLA 2KTQA 4MQ3A 1IBKK 3HM8A 2VYPA 4DV1K 3WUHA 3DMJA 3O6WA 3OW2M 4BROA 4X64K 3UIQA 2UXBK 3KWIA 5J2QA 4FPAA 4WFAL 1QS4A 5KQ8A 4DR2K 4C23A 3ZYYX 4FJMA 4CFDA 4CZHA 2KHOA 4IOXA 4FCYA 1WUAA 3AVIA 3P4IA 4LH5A 3U8XA 1U49A 4KPYA 2EHGA 4JAXA 4JI4K 4AHVA 1Y97A 4JI2K 3V9ZA 5CE3A 2P9NA 1NMNA 1ILYA 1J5EK 1C0TA 4OPJA 1VSHA 3P38A 4ID1A 1JCGA 1XC3A 3MXIA 4JI6K 4CJTA 2OZMA 3MMVA 4YFUA 4DQQA 4BE1A 3VEZA 4B8AB 2OPRA 4E1NA 2JWKA 1YTUA 3AA2A 2GELA 3ZCMA 4A2BA 3L2VA 2I7PA 2G8VA 3O5BA 4YDUA 3PV8A 4BC3A 1OH8A 2HHWA 2A1RA 4JKGA 3A8YA 4IO9L 4MDAA 4FJ5A 2J4RA 4UY8O 4JV5K 3SPZA 2HNZA 4E1JA 4BQZA 1E4FT 4W5NA 2VWBA 3DLLL 3SNNA 2P9UA 3DLEA 4M3YA 3HPOA 3CXCM 3UKUA 4GMJB 4CJRA 2NRXA 3DOKA 4E0DA 5KTQA 1S3XA 4RG8A 4CFAA 2P9LA 3EE9A 3LDPA 4BRGA 1L3TA 4J2BA 4DTRA 4JK9A 2QKBA 4CF1A 4W5TA 3VF2A 2GBZA 3NAEA 4CBXA 2AJQA 5LY3A 4K8ZA 3TAPA 2DY4A 1NKCA 4IO8A 1OVYA 1GLCG 5FRMA 4B3RK 2E6LA 4WQ5A 4GKJK 4OPAA 1A5WA 4AHTA 4DKWA 1MWKA 1LAWA 4OGEA 2E20A 4YORA 2RN2A 3ZSOA 1TK8A 4JS4A 5C25A 4FLWA 2ZD1A 3NBPA 4OKKA 1TAUA 4XH4A 4O5FA 2PY5A 2KW4A 1K6YA 2DPNA 3I56N 5JLHA 2YHWA 1DTQA 3RR7A 3VQ5A 3M1FA 5C12A 4CD3A 5K14A 1GOBA 2OPPA 5FRNA 3FLCO 2ITGA 2QK9A 4CHPA 4BRDA 4FWMA 2VQEK 4RW4A 5HRNA 1GLBG 3CQYA 3G4SN 3QERA 2CH5A 2Z1HA 1VSJA 5AQOA 4DTNA 4JI1K 1RTDA 3TARA 1XNQK 1D9DA 2P1JA 1IV0A 3V1RA 3KKSA 3MEEA 2VGNA 1IJJA 2P9KB 2F7TA 3MECA 3DYAA 3TSPA 2I7NA 3K0SA 2Z1GA 3AGKA 4FLUA 2E2NA 3C6UA 3OY9A 3V4IA 3TABA 5EY4A 3AVFA 4E7HA 4B9SA 4DTPA 3H45C 1P90A 4CESA 3WXKA 2P9SB 3CJBA 1SKSA 5AZIB 1A5VA 4H0XB 4BRFA 4F9OA 4KBOA 5BPMA 5BR9A 4BE0A 2PBDA 2HMIA 3HM9A 1BCMA 2HHVA 4YOYA 3J8AA 4BR9A 4LH4A 5AQTA 4DTUA 3AO4A 3KIOA 4KRFA 1YUWA 2HHSA 3G71N 3E66A 1NKBA 3F2KA 4B1WB 4CGGA 1WBDA 3I8BA 5C42A 4R5PA 1NGFA 4OGCA 2QWRA 4A5AA 3RTVA 1WLJA 3B8AX 2ASOA 1NWKA 2GX9A 1OVQA 3MN5A 3THXB 4FWQA 3OS2A 4BR7A 1FXXA 1SUQA 3V9WA 1ATRA 3NH1A 4KREA 3ENBA 2KZMA 2A6AA 2XHBA 4BRCA 1BHLA 3AARA 5GIOA 2PZSA 1GLLO 3KTQA 4E7LA 3K9KA 3OTOK 1HNZK 1U4BA 2LSNA 5JMVA 2HVIA 4CIGA 2BANA 3VOVA 1HQUA 3WT0A 3HO1A 1BCOA 4FJGA 1XC9A 1BG3A 4ZTJA 4ELUA 5T7BA 1TK0A 3V1QA 3J81O 3V6DA 1O1WA 3OBYA 3QEVA 1BGXT 2DFEA 4IFVA 4NXMK 1UA1A 2O8FB 4DFKA 3CQ8A 2P9KA 3OYJA 4JHDB 2BH1A 2GTDA 4YOUA 4FWOA 4CEOA 2WOMA 5I3UA 4DLEA 1ZYQA 3VQPA 3ZSVA 5GIPA 4CGFA 2Z1JA 2A1SA 3EL2A 2HBKA 4Q5VA 3M8QA 3NVMA 3S9HA 2QKKA 4QS7A 5BN8A 5AQXA 3VTHA 4JKHA 1QVFM 2P9IB 1W97L 2P9SA 2R7YA 3L3UA 3NGZA 2FBYA 4BC2A 1LOTB 3HOTA 5AZIA 1DTTA 1WSJA 1R0AA 3HZ6A 1E4GT 4B9VA 1ASUA 5GINA 4FJKA 1WSFA 3MCAB 4Z94A 3LP1A 1YF5L 5LJWA 1FKPA 2HHQA 3VQDA 3MAQA 2QWMA 4BRMA 4W5QA 2E8AA 1VRTA 4CEQA 2NZTA 4R79A 4Z4FA 3LZIA 3ZEUB 3K5MA 4XH5A 4FM1A 1JXBA 1XMQK 1NKEA 1C6VA 4FOIA 4FW2A 4B9NA 1WN7A 3EO3A 3KLIA 3SBGA 1RT2A 1J53A 2NRWA 3VESA 1EWRA 3LP0A 1D4XA 5KGWA 3EEQA 1IKVA 4DTMA 4CK2A 4CK3A 3WXLA 4E7IA 3HRGA 3WQUA 3ZSXA 3THVA 4LFCK 4QAGA 3THXA 3I0SA 3OYNA 4M7YA 2DFFA 4A61A 2PYJA 4CHNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VQM N;  3SAG A;  1C0F A;  2OTJ N;  1RBS A;  4RW6 A;  2EX3 A;  2CGJ A;  4CI6 A;  4I9Q A;  2QXL A;  1C1B A;  5FPD A;  4CZK A;  2XY6 A;  1WSE A;  3HVR A;  4FJH A;  5BRF A;  4MFB A;  5TKY A;  1CZA N;  1RT6 A;  4FK4 A;  4KB0 A;  3CM6 A;  3HXM A;  2BUP A;  2IAJ A;  4DMN A;  1BU6 O;  4RWT A;  2NRH A;  3OJU A;  3S3O A;  1YHQ N;  1X9J A;  2JLE A;  2QWL A;  1VQ7 N;  3R8E A;  1NM1 A;  2P9N B;  3CCJ N;  2KFZ A;  3SK3 A;  4AIL C;  3M8S A;  3HTV A;  4J8F A;  2F9T A;  3L2U A;  1L3V A;  4HTL A;  3RMB A;  3KZB A;  4DV7 K;  2GUI A;  4NXN K;  5J2M A;  5EX5 A;  4JI3 K;  2RKI A;  1EET A;  3K59 A;  1VAZ A;  4DR3 K;  3KLE A;  4GV3 A;  1HPM A;  1RIL A;  4B3T K;  1FJG K;  4NCA A;  3NF9 A;  3S3N A;  2HB5 A;  2HMP A;  4JKG B;  2Q97 A;  1U48 A;  4CBW A;  1M1K O;  2UU9 K;  4CGH A;  2AP1 A;  4UQG A;  4NLC A;  3FE1 A;  4KH4 A;  3SV4 A;  4BR2 A;  3CPW M;  1S1T A;  3SUQ A;  3TU5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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