1X3NA

Crystal structure of amppnp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA02
2D0PA 3UKRA 1GLFO 2QM1A 3HM8A 2W40A 3MN6A 2GEMA 5EX5A 4O8KA 1JCEA 5AQTA 2W41A 4FOIA 1BUPA 4EHUA 4K41A 3D2EA 4O5FA 5KPTA 2E2NA 3SMSA 2Q1NA 4DB3A 1NGBA 1LCUA 2NZTA 5AQHA 3BP8A 2Q0UA 2VCPA 1HLUA 2P9IA 2ZF5O 1LOTB 1NBWA 2CH6A 4FWRA 3M1FA 4B1WB 4CBUA 1KAZA 1TUYA 4NB4A 4CZLA 4FWMA 4JN4A 3QB0A 3A5LC 3ZX0A 4XH4A 1YXQA 2CGJA 2P9IB 3QFUA 4FWOA 4FWPA 2BUPA 1HKBA 2IIRA 1U2VA 1MDUB 1Q18A 3I33A 3FE1A 3CQYA 3WUHA 2P9KB 1BDGA 1DKGD 2CH5A 3ID8A 3I8BA 3O4WA 4B1VA 4PKIA 4RTFD 4FWNA 1XC3A 1BA1A 2QW9A 3JXUA 4BR0A 3TU5A 4EAHD 5AFUA 3EN9A 3ATUA 3BUZB 4MO5A 3TPQA 3AY9A 3O80A 1QZ6A 4BC3A 4H0TB 3LM9A 2P9LB 3KHYA 3EKUA 2NRHA 3CHWA 2PAVA 2H3GX 1NGFA 2GUPA 2QWRA 1T6CA 4RCHA 5E84A 3VENA 3H3NO 2GWKA 3A5NC 4FWKA 1NGDA 4BGBA 5EVZA 5BRHA 1XQSC 3CQXA 4C23A 4CD1A 5AZIB 4K42A 3GE1A 2F9TA 3UKUB 2V52B 4BROA 4WYBA 1SQKA 3HSCA 5AQUA 1NGJA 3GDQA 4RWTA 1DEJA 3ZEUA 2ASMA 2Q0RA 4M63C 2QWMA 2D1KA 1NWKA 2F9WA 4Z94A 5KPZA 5F0XA 4BVPA 1J6ZA 1HPMA 1MA9B 3W3DA 5BREA 2P9SA 1NGHA 5EOYA 3ZEUB 1HX1A 1TYQA 2CGKA 3VGMA 2YHWA 3F9MA 3DAWA 3VETA 3VEXA 5KPRA 3ATVA 5AZJA 2P9SB 3CJ7A 4CZJA 2UYTA 2YI1A 5B8HA 4BRNA 4IO8A 3AAPA 4ISEA 2ZGYA 2FSNA 1GLEG 1TYQB 4BRFA 4H0VB 1H1VA 4K25A 4XH1A 5AZJB 4CZKA 3VEZA 1NGIA 2ZGZA 2GTDA 3DXKB 4H0YB 4BR7A 3QBXA 2FF6A 3CERA 1ZC6A 4KBOA 2FLOA 5BPMA 4B1XB 4LC9B 4FPAA 4BG9A 4I6MA 2QWNA 3FZHA 3MK6A 5I9EB 3C7NA 3M6GA 3ULEA 3ENHA 4IZ9A 3GL1A 2D0OA 4K43A 1MWMA 1QZ5A 4PL7A 4PL8A 2P9NA 3DWLA 4B1YB 4WQ5A 3WT0A 3L0QA 5KQDA 2HF4A 1X9JA 5BPNA 5AR0A 3R8EA 3UKRB 2V7YA 3EZWA 3B8AX 3M3ZA 5BPLA 4IWVA 3EL2A 4H0XB 4DCHA 5LJVA 3DJCA 2FSKA 2V7ZA 3D2EB 4JAXA 4QS7A 1K8KA 3O6WA 4AM6A 4ISFA 5AQMA 3LL3A 5AQSA 4DQ8A 4FSVA 3S41A 2QXLA 1S3XA 4FWLA 3LM2A 1IJJA 4E1JA 2QWOA 3AAQA 3VF2A 5KQ8A 3BF3A 2CGLA 3LDOA 2A3ZA 1DGKN 3H3OB 3U9ZA 3LDLA 3O1BA 2ASPA 2D4WA 2A41A 2E2QA 4M7XA 5FPMA 4NO7A 4HWIA 1P8ZA 4H5TA 1BWFO 4A2AA 3IMXA 4J8FA 1U2VB 4BRDA 2GWJA 4CZHA 4WQ5C 3GG4A 1MWKA 4PKGA 1XUPO 5E26A 5CE3A 2IVNA 5LJWA 4H0PA 4FO0A 5JICA 2P9PA 1T6DA 1HJOA 4BRGA 3SJHA 2Q2RA 3WQUA 2ITMA 3VF4A 4EIAA 4JD2A 3FLCO 1BO5O 1GLAG 4EHTA 3OHRA 3CJBA 1RGIA 3H1QA 3VESA 1E4GT 3D2FA 5AFUH 1T44A 3MMVA 3FZKA 3BF1A 4JD2B 4EFHA 3FZMA 2AA4A 1IG8A 1NMDA 5AQLA 3RSEA 5LY3A 4M7YA 4MLHA 4FWQA 4JHDA 3U4LA 4BC5A 3SK3A 5ADXA 5JLHA 2QWPA 4BC2A 3QICA 4BRHA 3VEWA 2HF3A 5AQWA 3RSEB 3BEXA 1HKGA 3CJ1A 4BVOA 3HZ6A 3QDKA 1RFQA 3ENOA 5AQYA 3LDNA 3A5OC 5ELZA 1S22A 4XEIA 2KHOA 3G25A 5TKYA 4FOEA 2A42A 4CZIA 5AQQA 4CZMA 3QBWA 3VEOA 4BR5A 4CI6A 2V51B 1JCGA 5BRFA 3U9DA 1R59O 2FF3B 1YAGA 2E1YA 1G99A 2Q36A 3ZETA 3HI0A 1JCFA 1Z6RA 2AP1A 2P9UA 3VGKA 2HMPA 4PKHA 3A5MC 1GLDG 4H5RA 3WEEA 3FZLA 3KZBA 1QQMA 3EKSA 1EQYA 3JS6A 4IJNA 3WXLA 1GLBG 1WOQA 2VWBA 3O1WA 4B1UB 2A6AA 3GBTA 2HOEA 2YHXA 1X3MA 4B9QA 3WEEB 3LDQA 3MDQA 4QS9A 4MLEA 3L6QA 2EWSA 4GNIA 2J4RA 4B1ZA 2YJEA 3FGUA 4CZGA 4BRMA 3VPZA 5EY4A 4AM7A 1QHAA 4I6MB 3H6EA 2ZWHA 3MN5A 3FR0A 1U6ZA 3C7NB 3IDHA 2YCHA 3ULEB 3QFPA 5BN8A 5FPDA 1YVNA 4H5VA 3SMPA 5JLFA 2PBDA 2P9NB 2NLXA 4A62A 3U8XA 4BR2A 1NGCA 1C0GA 4A2BA 2Q97A 4YDUA 3CI5A 3ZX3A 4CBWA 4CZEA 2IVOA 2E88A 3R9PA 1CZAN 4BREA 4FPBA 5FPEA 1K8KB 1NM1A 1Y64A 2OANA 5AQPA 2E2OA 3CJAA 5AQRA 4BR9A 1ATRA 2QWQA 1RDWX 3MN7A 3VEYA 1ZBSA 4CJ7A 3P4IA 1BA0A 3O8MA 5AQVA 4CBXA 5JMVA 2A5XA 2E2PA 1NLVA 5AQOA 4CZFA 1D4XA 1SAZA 4H5NA 1NGAA 3C0BA 1HKCA 3WQTA 2P9KA 5AQKA 4CD3A 4F9OA 2IVPA 3KVGA 4BGAA 4FWSA 5AQFA 2E1ZA 1V4SA 3FFKB 3QMLA 3HTVA 2DPNA 3LDPA 5EXWA 3FZFA 4QS8A 3VOVA 2P9PB 4WQ4A 4YDUC 1QQOA 5AQXA 4BRCA 2E8AA 2P9LA 1BG3A 2VYPA 4BRKA 1ESVA 2ASOA 3A8YA 4HTLA 3IUCA 3A0IX 5AQZA 5BRDA 1YUWA 4BQZA 3DXMA 4BR4A 3GOIA 3WXJA 3D2FB 5AQGA 3WXKA 2A40A 3O5BA 1C0FA 3VGLA 3J8AA 3R6MA 4JHDB 3DXMB 4BRPA 4DHYA 1KAXA 1GLLO 5AZIA 3W0LA 1BOTO 2YJFA 1KXPA 5BN9A 3UKUA 4L3QA 3VEVA 3VERA 1QQNA 4A61A 4BRAA 4BRIA 1TUUA 5ADXH 3L4IA 5AQIA 2WUSA 1BU6O 1KAYA 4H5WA 2I7PA 3MCPA 1GLJO 3H46O 4BRLA 3HBTA 4WQ4C 4IJAA 4IXCA 3CJCA 2FSJA 3ZX2A 1NGEA 4H03B 1OKJA 4MO4A 4FL9A 2GELA 1NGGA 2BTFA 3SLCA 3EO3A 1ATSA 4H0OA 2QWLA 3ZETB 4BQLA 1SZ2A 3CIPA 3H1VX 3CETA 2E20A 3WXIA 2P9UB 1V4TA 4Y0WA 5FPNA 3DXKA 4GY2B 3CJ9A 4JNEA 1E4FT 2I7NA 4XH5A 4ISGA 5AQNA 1ATNA 1WUAA 2YHYA 2Q31A 3D7EO 3UB5A 1Z05A 1ZXOA 5BR9A 3IFRA 3AARA 3UE5A 5F1XA 1GLCG 5F2RA 3VF6A 5AQJA 4BG8A 4BRQA 3H45C 1X3NA 3O08A 3MN9A 1HUXA 4BC4A 2FXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D0PA 4FM0A 4DLGA 3MN6A 3HM8A 2W40A 1C0TA 2HW3A 1HQEA 1JCEA 4IFEA 3OTOK 1QVGM 2LSNA 3SMSA 3O3FA 1NGBA 1LCUA 4CF9A 2ATQA 4JI2K 3DLBA 3VA0A 1T7PA 3I0RA 3PO4A 2CH6A 3OS1A 1QTMA 1KFSA 4CZLA 1BQNA 3V9XA 1VSFA 4TSXA 4CEBA 3QERA 5HP1A 4CHQA 2OTLN 1U2VA 4KHUA 1Q18A 3ENBA 1JJ2M 2WONA 4X65K 2P9KB 1QSYA 2A1RA 3S9HA 2G8HA 4KAZA 3I8BA 3O4WA 1CXUA 4PKIA 4RTFD 3OYIA 3T19A 2QW9A 4DV6K 3TTFA 5AFUA 4FXDA 1TKZA 2ZQBA 3G71N 4BE2A 3TAEA 4H0TB 2P9LB 1VSIA 1KVBA 4AH9A 4M42A 1NK4A 1VK0A 3L3UA 1KD1O 3SJJA 1RT7A 4BGBA 5BRHA 1XQSC 3MEGA 4O44A 2O8DA 4E3SA 4CD1A 5AZIB 3GE1A 3UKUB 2O8CB 3HSCA 5AQUA 1TAQA 3VTIA 1HNVA 4W5RA 2F9WA 1ASWA 4BVPA 5JVHL 5JS1A 3M8QA 1HX1A 1TYQA 1JLCA 2YHWA 3DAWA 3K2PA 5KPRA 3ATVA 5AZJA 2JWLA 4CW7B 2P9SB 1Z26A 4FJHA 2UYTA 5B8HA 1VSMA 4BRNA 4IO8A 4CK2A 3HP6A 4FJ5A 3E66A 3SQ0A 4NXNK 3LAMA 3ZT0A 2O4IA 2GTDA 3DLKA 3HRGA 4BR7A 1FW6A 3QBXA 3TAMA 3NBPA 2OPRA 3L2QA 3AVGA 1KQSM 4PQUA 1K9MO 3AO2A 2DTUA 3ULEA 4IZ9A 3GL1A 2D0OA 4K43A 4GV6A 3TSPA 2NUBA 1MWMA 2NRZA 3RMDA 1BI4B 4B1YB 4WQ5A 4JI4K 1RT4A 5DM6L 1XHZA 1KVCA 3LP2A 4FLYA 3UKRB 5GINA 2A1SA 4RW6A 4H0XB 3E01A 3DJCA 3D2EB 4J2AA 4JAXA 4ISFA 3KK7A 3TAPA 3DRSA 4LF9K 3S41A 1L3TA 2QWOA 3AAQA 4U67L 4DF8A 2G8KA 1OH5A 4DFMA 3ITHA 3LWLA 2YKNA 4HVJA 2UUAK 4DUZK 4NLCA 4IEEA 3HPHA 3L2VA 3J80O 4HWIA 1IG9A 3L2UA 3IRXA 4OVLA 4B9TA 4CZHA 1MWKA 2XY6A 5E26A 3TSUA 2HBJA 4H0PA 3VQ8A 3ZSQA 1RT3A 1HJOA 4B9UA 4BRGA 4FCYA 2Q2RA 4MDBA 3NCIA 3THYA 4EIAA 3CMAN 3S3NA 1HRHA 4O55A 3C6UA 4EHTA 3H1QA 3VESA 3OYFA 4FM2A 1NK0A 1QS4A 2FC0A 4ZTJA 3BF1A 3FZMA 1NMDA 1IG8A 2YNIA 3L2WA 3VQQA 1U45A 3SK3A 4JEPA 4KB1A 4BRHA 3RSEB 3BEXA 3DLEA 1VQ9N 3HZ6A 3QDKA 3THWB 2YHBA 4JYAK 3LDNA 3NVMA 2YNHA 1S22A 2KHOA 3G25A 5KGXA 4IOXA 1EX4A 3VQAA 5AQQA 3WNFA 3T1YK 3SBTA 2V51B 2W6KA 3U9DA 2WC9A 3WNHA 4LH4A 3AA5X 3HI0A 3JSMA 2AP1A 2Z1JA 4L8RB 3VGKA 3ZT3A 3G0ZA 4DS4A 1RDAA 3FZLA 1A5XA 4WCEL 1QQMA 1J54A 2D0BA 4IJNA 3WXLA 2XY5A 1WOQA 2VWBA 3BY5A 4I7FA 5DMRA 4CERA 3GBTA 4JKEA 2YHXA 4B9QA 4GV3A 1NKBA 4NCGA 3V1OA 4A5BA 5EY4A 3THXA 1QHAA 4I6MB 2ZWHA 2F8SA 3ZSOA 4CE9A 3C7NB 3IDHA 2QEXN 3AVAA 5FPDA 4DSLA 1YVNA 3SMPA 1XMOK 4Q5VA 4CFAA 2KZMA 1KCFA 3KIOA 3SBGA 2Q97A 2OYQA 4C8OA 1YITN 3VQ7A 3QEVA 4E0DA 3R9PA 1R0AA 1K8KB 1NM1A 5AQPA 1YJWN 5C15A 4CGGA 2E2OA 3KLEA 5AQRA 1S5JA 5DK5A 1ATRA 2QWQA 4DFKA 3MN7A 3VQBA 4YFUA 1LAVA 3LP1A 3CYMA 2BE2A 1ZBLA 4CJ3A 3OA9A 2OA8A 3TSQA 3OYNA 2A5XA 5AQOA 1NLVA 5C2FA 4B9SA 5TKWA 4FYDA 1SAZA 1HNWK 3C65A 2P9KA 5AQKA 1CLQA 4OO1J 4DTNA 3NMUA 5AQFA 3AVJA 3HO1A 4ID5A 5EXWA 4AQYK 3PO5A 2P9PB 3OYLA 1XMQK 4CEFA 1O13A 2P9LA 2GX9A 4BRKA 2VYPA 2ASOA 1MU2A 4HTLA 1XHXA 1S9EA 4JKBA 1K8AO 3A0IX 3CCLN 2IAJA 2YX6A 1YIJN 2HHTA 3O9UA 3GOIA 2X74A 1RNHA 4YOTA 3O5BA 4M45A 4F8RA 2UXCK 3R6MA 4JHDB 3DXMB 3E9PA 3NH1A 4CF0A 3O9QA 3QO9A 3E1YA 5AZIA 3W0LA 3QEPA 1NK6A 4M41A 3UKUA 4L3QA 1QQNA 3SUOA 2O8CA 4CFBA 1S9GA 3B6OA 1SL1A 1TUUA 1KRPA 3L4IA 5AQIA 2WUSA 1HYSA 1OH7A 3MEEA 4O5BA 4CHNA 1U49A 1GLJO 4V19S 3VQPA 3H46O 1JLFA 3HBTA 4IJAA 2HHXA 4H03B 1OKJA 4X64K 2DY4A 4MQ3A 4FL9A 2BTFA 1Q9YA 3SLCA 5MLCQ 1RDUA 3EO3A 5IT9O 4OKKA 2QWLA 3ZETB 4FVMA 3H1VX 3HVRA 4BY9C 3CETA 3CC2N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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