The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
139
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sequence length |
394
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structure length |
394
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Chain Sequence |
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Salmonella typhimurium
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| publication title |
Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Propionate kinase
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| total genus |
139
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| structure length |
394
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| sequence length |
394
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| ec nomenclature |
ec
2.7.2.15: Propionate kinase. |
| pdb deposition date | 2005-05-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00871 | Acetate_kinase | Acetokinase family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GLJ O; 1NGF A; 4CZE A; 4BRF A; 5BN8 A; 1Z6R A; 4LC9 B; 1WOQ A; 3VF2 A; 3MMV A; 3LDP A; 3UB5 A; 4FOI A; 1ZC6 A; 4CI6 A; 3C7N A; 2FXU A; 2W41 A; 3MN7 A; 3JS6 A; 4FWN A; 4BC4 A; 1TYQ B; 3FLC O; 1HLU A; 3M6G A; 2ZF5 O; 3VEW A; 4BGB A; 4BRI A; 3WXK A; 2H3G X; 4H0V B; 4HWI A; 4BR9 A; 2GUP A; 2QWP A; 1T6D A; 1XQS C; 3IDH A; 4BRM A; 3WXJ A; 2GWJ A; 2I7P A; 3LDN A; 1X9J A; 3R9P A; 2BUP A; 2WUS A; 3L6Q A; 3WEE A; 2QWQ A; 3I33 A; 1HKG A; 1NGC A; 3C0B A; 4BVP A; 4XH5 A; 3A0I X; 4A2A A; 2CGL A; 5AQT A; 5AR0 A; 2CGK A; 4H5W A; 4H0X B; 3VEY A; 1OKJ A; 1NGD A; 3VEX A; 1BUP A; 3VET A; 4PL7 A; 2P9K A; 1S22 A; 2QWO A; 2VWB A; 3FZF A; 3RSE B; 5AQV A; 4J8F A; 2Q0U A; 3QB0 A; 5ELZ A; 3D2E A; 1MWM A; 4DB3 A; 3CJB A; 3HM8 A; 1E4G T; 2GWK A; 3QFU A; 4O5F A; 3WT0 A; 4BG8 A; 5AZI A; 3TPQ A; 4PL8 A; 3BUZ B; 3W3D A; 4B1X B; 3J8A A; 3CJC A; 1QQO A; 1RFQ A; 5EX5 A; 4EHT A; 4FWP A; 4BR5 A; 4H5N A; 4RWT A; 2Q0R A; 1NMD A; 1BA0 A; 3MCP A; 1X3M A; 4BRH A; 4IXC A; 4BC3 A; 2A5X A; 4CBX A; 3U4L A; 4H0P A; 4BQZ A; 3DJC A; 5AQP A; 4H5V A; 3L0Q A; 4WYB A; 1HKB A; 2P9S B; 1KXP A; 4FWK A; 4FWQ A; 1HPM A; 4I6M A; 3VEV A; 2QM1 A; 5AZJ B; 3D2F B; 3D7E O; 3W0L A; 2IVO A; 4GY2 B; 3HTV A; 4MLH A; 3QFP A; 4BGA A; 5JMV A; 2E2N A; 2BTF A; 4EFH A; 3EO3 A; 3DXM A; 1TUU A; 3CET A; 4RTF D; 4WQ4 C; 3O1B A; 2E2P A; 4WQ5 C; 2E8A A; 4YDU C; 3WQT A; 5CE3 A; 3A5O C; 4MLE A; 3VGL A; 3B8A X; 3O5B A; 2P9L B; 1U6Z A; 2FF3 B; 3FZL A; 4WQ4 A; 5B8H A; 4H0Y B; 2YJE A; 4YDU A; 3IFR A; 1K8K B; 3ID8 A; 4FWM A; 1NGH A; 3ULE A; 2GTD A; 3H3N O; 4B1U B; 4GNI A; 2FSK A; 2ZWH A; 2ITM A; 4FPB A; 3M3Z A; 3DXK A; 5AQI A; 4BRD A; 3BF1 A; 3AAP A; 3VEN A; 4RCH A; 1HUX A; 3BEX A; 2YHY A; 2F9W A; 4NB4 A; 5EVZ A; 2YI1 A; 5AFU A; 2HOE A; 1BOT O; 3UKU A; 4QS8 A; 2V52 B; 4Z94 A; 3CJ9 A; 4BC2 A; 4FSV A; 3F9M A; 2D0P A; 2IVP A; 4JAX A; 2IVN A; 4M7Y A; 5AQO A; 1GLF O; 1DKG D; 2A41 A; 2PBD A; 5FPN A; 3WQU A; 1RGI A; 5E26 A; 2D1K A; 3EZW A; 4BRA A; 4BG9 A; 4JNE A; 3IMX A; 4IO8 A; 4CZL A; 5KPR A; 2QW9 A; 2ASM A; 3WUH A; 5F1X A; 4QS9 A; 4BRE A; 3QML A; 2CGJ A; 4BRO A; 1KAZ A; 3LDL A; 2F9T A; 5AQY A; 5AFU H; 1MA9 B; 2P9P B; 3DAW A; 3VF6 A; 4XH1 A; 4JHD A; 5AQZ A; 2QWL A; 1R59 O; 4BRL A; 4CJ7 A; 3ATV A; 3C7N B; 5AQW A; 1JCE A; 4XH4 A; 1SQK A; 2D0O A; 1U2V B; 2AA4 A; 4CZI A; 4JN4 A; 2ASP A; 4JD2 B; 4CZK A; 1P8Z A; 5LJV A; 4NO7 A; 4BRQ A; 3O4W A; 4FWO A; 2PAV A; 3S41 A; 3FGU A; 4BR4 A; 3FR0 A; 3VPZ A; 3HBT A; 4XEI A; 2V51 B; 1NGJ A; 2QWN A; 3HZ6 A; 1ATS A; 3O6W A; 5AQN A; 1HX1 A; 3U8X A; 3SMP A; 4K41 A; 1HKC A; 1NGB A; 3GOI A; 1HJO A; 3GDQ A; 1J6Z A; 4MO5 A; 2A3Z A; 1Y64 A; 3P4I A; 4CD3 A; 2P9U A; 4CD1 A; 4MO4 A; 1IJJ A; 4AM6 A; 4IZ9 A; 1GLB G; 1TUY A; 5AQJ A; 3O80 A; 3O08 A; 5BRE A; 4KBO A; 3MN9 A; 4C23 A; 3RSE A; 3U9D A; 3OHR A; 3QDK A; 5LY3 A; 5BRF A; 2CH5 A; 3QBX A; 3A5N C; 4H5R A; 3GBT A; 2ASO A; 3TU5 A; 1BWF O; 4EAH D; 3MN6 A; 5LJW A; 1JCF A; 4O8K A; 4BQL A; 1KAY A; 2Q1N A; 4CZJ A; 2Q2R A; 2E2Q A; 4L3Q A; 3KHY A; 2QWM A; 3QBW A; 5E84 A; 2P9I B; 1WUA A; 5BRH A; 1IG8 A; 2E88 A; 5F2R A; 1GLA G; 3ZX3 A; 3G25 A; 1Q18 A; 5AQK A; 2HF4 A; 2OAN A; 3MK6 A; 3A5M C; 1QHA A; 1GLL O; 4EIA A; 2P9S A; 3DXM B; 2P9N B; 4H5T A; 3KVG A; 5AQU A; 4ISE A; 5AZJ A; 3D2F A; 3VEZ A; 3ZET B; 3FZM A; 3EKS A; 4HTL A; 2NLX A; 3ATU A; 4A61 A; 3FFK B; 2E2O A; 3H45 C; 3CER A; 1ZXO A; 3EKU A; 1ESV A; 3QIC A; 1XUP O; 3EN9 A; 2UYT A; 1C0F A; 2P9L A; 3M1F A; 3DXK B; 3UKR B; 5BR9 A; 1H1V A; 3H1V X; 2ZGZ A; 3VGM A; 5JLF A; 1K8K A; 5F0X A; 1GLE G; 1ATR A; 3UKU B; 3FZK A; 1BA1 A; 3ZEU B; 5ADX H; 4B1V A; 3R6M A; 5BPM A; 3A5L C; 3VER A; 1NGE A; 2ZGY A; 4FWL A; 4M63 C; 3R8E A; 4H0T B; 4FO0 A; 2A40 A; 3BF3 A; 3FE1 A; 1RDW X; 4FPA A; 3L4I A; 5BPL A; 4H03 B; 3IUC A; 5EOY A; 4M7X A; 3HSC A; 4DQ8 A; 4PKH A; 1QZ5 A; 3AAQ A; 4ISG A; 1Z05 A; 4DHY A; 2E20 A; 4BRG A; 1GLC G; 3AY9 A; 4BRP A; 2W40 A; 4B1Y B; 3FZH A; 1G99 A; 3VES A; 1SZ2 A; 2NZT A; 4CBW A; 2P9P A; 4E1J A; 3LDQ A; 1TYQ A; 1EQY A; 5AQS A; 3LM2 A; 2EWS A; 5AQG A; 3BP8 A; 3ENO A; 2E1Y A; 3VF4 A; 1U2V A; 3GG4 A; 3WEE B; 5KQ8 A; 1NLV A; 3SLC A; 1YXQ A; 4FL9 A; 3EL2 A; 1QQN A; 1BU6 O; 2AP1 A; 4JD2 A; 2V7Y A; 2E1Z A; 2QXL A; 3CJ7 A; 1KAX A; 3WXL A; 4F9O A; 4PKI A; 2P9K B; 1CZA N; 4IWV A; 3O8M A; 5KPZ A; 4A62 A; 4BRN A; 3LM9 A; 5AQF A; 4FWR A; 1YVN A; 3CHW A; 3MDQ A; 2P9U B; 3CIP A; 3D2E B; 3I8B A; 2QWR A; 1NGG A; 2HMP A; 2Q36 A; 3LDO A; 4ISF A; 5AQM A; 5AZI B; 1XC3 A; 2NRH A; 2A42 A; 1SAZ A; 5BRD A; 3O1W A; 3ENH A; 3UE5 A; 1JCG A; 2VCP A; 3VEO A; 1YUW A; 5BN9 A; 1V4T A; 1NM1 A; 1NWK A; 1LOT B; 3H46 O; 3A8Y A; 2FLO A; 4FWS A; 2Q31 A; 5AQQ A; 5AQH A; 2CH6 A; 1QZ6 A; 1MWK A; 5EXW A; 3VGK A; 3VOV A; 2YCH A; 1C0G A; 2IIR A; 4I6M B; 3GE1 A; 1YAG A; 4AM7 A; 4IJA A; 4CZH A; 5BPN A; 1S3X A; 1DGK N; 2VYP A; 2FF6 A; 4H0O A; 3SJH A; 5FPD A; 1BO5 O; 4K43 A; 4BR0 A; 1NGI A; 4CBU A; 5AQL A; 5JLH A; 3ZX2 A; 3CI5 A; 1BG3 A; 3U9Z A; 1T44 A; 4A2B A; 3KZB A; 4B1W B; 2P9I A; 5AQR A; 3H1Q A; 1ATN A; 4B9Q A; 4BRK A; 2V7Z A; 4IJN A; 5AQX A; 3CJ1 A; 4Y0W A; 3LL3 A; 3HI0 A; 4BRC A; 4CZG A; 5KPT A; 5ADX A; 5EY4 A; 3ULE B; 4BR7 A; 2P9N A; 5TKY A; 1NBW A; 2FSN A; 3ZET A; 1V4S A; 3H3O B; 5JIC A; 1E4F T; 4EHU A; 4WQ5 A; 5KQD A; 1GLD G; 1NGA A; 5FPM A; 1QQM A; 3CQY A; 2YHW A; 2J4R A; 3AAR A; 3ZX0 A; 2Q97 A; 3H6E A; 2A6A A; 2DPN A; 3WXI A; 4QS7 A; 5I9E B; 3UKR A; 4B1Z A; 4CZM A; 3DWL A; 1MDU B; 2YHX A; 2GEM A; 4CZF A; 1BDG A; 1T6C A; 2HF3 A; 3SK3 A; 2I7N A; 4FOE A; 5FPE A; 1LCU A; 3MN5 A; 2KHO A; 1D4X A; 3SMS A; 4DCH A; 2D4W A; 4PKG A; 4BC5 A; 4BR2 A; 1DEJ A; 4K42 A; 3JXU A; 3GL1 A; 4BVO A; 3CJA A; 1X3N A; 2FSJ A; 4K25 A; 1ZBS A; 3CQX A; 3ZEU A; 2YJF A; 2GEL A; 4JHD B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GLJ O; 4CHN A; 3VQP A; 1DLO A; 4IO9 L; 4AF1 A; 3SAF A; 3TTD A; 5HRP A; 3P39 A; 3O3F A; 1QS4 A; 3CM5 A; 1HNV A; 3N4P A; 1EP4 A; 1ZC6 A; 1VHX A; 3VQ6 A; 1VSJ A; 5A2Q O; 4F4K A; 2W41 A; 3MN7 A; 4FWN A; 4BC4 A; 1TYQ B; 4C8L A; 3M6G A; 3WXK A; 4U7B A; 3LP3 A; 4ELV A; 3SNN A; 2UXC K; 3V6D A; 4NCG A; 4FJI A; 4DV5 K; 1T6D A; 1XQS C; 3IDH A; 1XNQ K; 2I7P A; 1J5E K; 3OYI A; 2WUS A; 1WLJ A; 3L6Q A; 3TI0 A; 1NK8 A; 3KKR A; 1NU0 A; 4FZY A; 1NJX A; 3BGR A; 3NAE A; 3QER A; 1S6P A; 1JLC A; 1OKJ A; 3VEX A; 1KVC A; 5HBM A; 3VET A; 2DY4 A; 1TKT A; 1J9A A; 1RT1 A; 1RTJ A; 4CF2 A; 3FZF A; 3RSE B; 3LWL A; 3CM6 A; 3DLB A; 4CJW A; 1BIZ A; 5ELZ A; 3DLR A; 1MWM A; 4M3T A; 2QXF A; 3TSP A; 4CGH A; 2GWK A; 4DR4 K; 4BG8 A; 3TPQ A; 4DV1 K; 3W3D A; 4B1X B; 3AVJ A; 4LSL A; 3SPY A; 2WTU A; 5HRS A; 1G15 A; 3MED A; 4EHT A; 2BAN A; 4BR5 A; 4RWT A; 2Q0R A; 2RF2 A; 2X6N A; 1NMD A; 1NOZ A; 3KLH A; 2P1J A; 1KFS A; 1K73 O; 4PQU A; 4JI0 K; 1QSY A; 4DTM A; 3TSQ A; 3O4N A; 4WYB A; 1HKB A; 1TL1 A; 4FWQ A; 1HPM A; 1C0U A; 1TL3 A; 1A5W A; 3HTV A; 4BGA A; 3L8B A; 2RKI A; 1I94 K; 1FJG K; 4CK3 A; 5JMV A; 2E2N A; 3EO3 A; 1TUU A; 4RTF D; 3EE8 A; 3OYA A; 3SI6 A; 3LPU A; 1VSK A; 3SQ2 A; 4OLB A; 3LAK A; 3AVG A; 5B8H A; 4H0Y B; 3ID8 A; 3WNE A; 2GTD A; 4DV4 K; 4KH6 A; 2HBM A; 3WXM B; 3ASM A; 1RTI A; 3DXK A; 5AQI A; 3BF1 A; 4B3S K; 1EET A; 4DTP A; 3NBP A; 4NB4 A; 4PWD A; 2YI1 A; 1C0T A; 2HOE A; 4IBN A; 3CME N; 3SUO A; 3JSM A; 3RMD A; 2KLA A; 4TSX A; 4PA1 A; 3CJ9 A; 4Z94 A; 4FSV A; 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4E7H A; 3OW2 M; 2P9S A; 3DXM B; 4HVJ A; 5AQU A; 3RWU A; 3D2F A; 4Q5V A; 3E01 A; 3EKS A; 4CVN E; 4HTL A; 2NLX A; 1JJ2 M; 5HRR A; 1KTQ A; 3TAF A; 4FJJ A; 2QK9 A; 1QTM A; 1ESV A; 2UUA K; 1HMV A; 5GIO A; 2HBK A; 3MXM A; 4LD0 A; 1FKP A; 1T3V A; 3M1F A; 3UKR B; 5M1P A; 5BR9 A; 5FRO A; 5JLF A; 2E6M A; 1LW0 A; 3HYF A; 1GLE G; 2GX9 A; 3QIN A; 1ATR A; 1RT2 A; 4E7K A; 3UKU B; 3FZK A; 1TK8 A; 1BA1 A; 3HPH A; 5BPM A; 3VER A; 4LF4 K; 1ZBU A; 1WAF A; 4FWL A; 4A5B A; 2PYJ A; 4WFA L; 4G9Z A; 1XWL A; 2A40 A; 3BF3 A; 1HNI A; 3SCX A; 4I9Q A; 2ZJP L; 3L4I A; 4H03 B; 1XC9 A; 3IUC A; 5H1S Q; 3O3G A; 4PKH A; 3SV3 A; 3AA5 X; 4DHY A; 4IDK A; 3VMF B; 4OKK A; 3OYJ A; 3PX6 A; 3AY9 A; 4IFE A; 3K5N A; 2HB5 A; 2G8K A; 4CJ5 A; 2QA4 N; 5T7B A; 4FJN A; 3NDK A; 3FZH A; 1SZ2 A; 3VQD A; 4V19 S; 1QSS A; 4E1J A; 4O5B A; 3LDQ A; 4FM2 A; 1TYQ A; 3LM2 A; 2EWS A; 1TKX A; 1X9W A; 5K14 A; 3LZJ A; 3VF4 A; 4EP4 A; 4DMN A; 3BY5 A; 1NLV A; 1YXQ A; 4M3X A; 2IDO A; 2HND A; 1QQN A; 2AP1 A; 3DOL A; 4JD2 A; 3SAG A; 4B9U A; 1U49 A; 3IAY A; 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