1X3NA

Crystal structure of amppnp bound propionate kinase (tdcd) from salmonella typhimurium
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
394
structure length
394
Chain Sequence
FPVVLVINCGSSSIKFSVLDVATCDVLMAGIADGMNTENAFLSINGDKPINLAHSNYEDALKAIAFELEKRDLTDSVALIGHRIAHGGELFTQSVIITDEIIDNIRRVSPLAPLHNYANLSGIDAARHLFPAVRQVAVFDTSFHQTLAPEAYLYGLPWEYFSSLGVRRYGFHGTSHRYVSRRAYELLDLDEKDSGLIVAHLGNGASICAVRNGQSVDTSMGMTPLEGLMMGTRSGDVDFGAMAWIAKETGQTLSDLERVVNKESGLLGISGLSSDLRVLEKAWHEGHERARLAIKTFVHRIARHIAGHAASLHRLDGIIFTGGIGENSVLIRQLVIEHLGVLGLTLDVEMNKQPNSHGERIISANPSQVICAVIPTNEEKMIALDAIHLGNVKA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of ADP and AMPPNP-bound Propionate Kinase (TdcD) from Salmonella typhimurium: Comparison with Members of Acetate and Sugar Kinase/Heat Shock Cognate 70/Actin Superfamily.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Propionate kinase
molecule tags Transferase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 139
structure length 394
sequence length 394
ec nomenclature ec 2.7.2.15: Propionate kinase.
pdb deposition date 2005-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1x3nA02
4BRCA 4WYBA 5AQSA 4EAHD 4H0VB 4BRPA 4BRQA 3H1QA 5EX5A 3VEOA 1TYQB 2P9KB 5LJVA 4H5WA 1QQMA 2FF3B 3WQUA 3BP8A 5AQNA 4HWIA 4C23A 4BRKA 4CZIA 4NO7A 4QS7A 3AAQA 3J8AA 4DB3A 3OHRA 3D2EB 3WEEB 5BPMA 3JS6A 2NLXA 2D4WA 2CH5A 1E4GT 4JD2B 5BN9A 3A5MC 4XEIA 4H0OA 4CZHA 2GUPA 2IVPA 5AQUA 4ISEA 4FWKA 3WQTA 1BUPA 3ZX2A 4IXCA 4BR9A 1NWKA 4BR7A 4MO4A 3DXMB 2V7ZA 3UB5A 3VETA 1NLVA 1NGIA 1NGGA 3QFPA 3O1BA 2P9IB 3M1FA 1BWFO 3FFKB 3U9DA 3WXKA 5KQ8A 1H1VA 3B8AX 2QWRA 1Z05A 5LY3A 3C7NB 1KAZA 1NGCA 3ATUA 3QB0A 5AQQA 5EY4A 1WUAA 5F1XA 2OANA 3HM8A 4F9OA 3SMPA 3ULEA 1R59O 3UKUA 5AQZA 2V52B 5AQGA 3ID8A 4FWRA 3SMSA 3WUHA 4BG8A 3VEWA 1KAXA 3M3ZA 4FL9A 3QBWA 3VF2A 3KVGA 4FWPA 4BGBA 3GG4A 5KPTA 3RSEA 1X3NA 3VEZA 5F0XA 2EWSA 2E1YA 3CERA 1TUUA 4BQZA 4K42A 2D1KA 4PL8A 1XQSC 5BREA 3FGUA 3IDHA 3VEYA 2YCHA 1NGEA 1GLEG 4Z94A 1HUXA 1U2VA 5AZIA 5ELZA 1MDUB 2FF6A 3EN9A 4IJAA 1Z6RA 2DPNA 1KXPA 2D0OA 3CJBA 1K8KA 1GLBG 3SJHA 5JICA 2ZWHA 1GLFO 1SZ2A 3GOIA 4K25A 3H3NO 4FSVA 2E88A 2FSKA 2WUSA 4FOIA 2ITMA 1C0FA 2W41A 3D7EO 4JN4A 3CJ9A 4IWVA 4O5FA 4CZJA 5BRDA 1IJJA 4DQ8A 4A62A 1S22A 3P4IA 1NBWA 3S41A 4B1VA 4BVOA 3CHWA 3H3OB 3VOVA 2BTFA 4BG9A 2QM1A 4BRFA 3C0BA 3ATVA 3SK3A 1T6DA 5FPMA 3MDQA 1G99A 5AFUA 3MN5A 2P9UA 5KPRA 5E26A 4E1JA 4PL7A 4XH4A 3A5OC 3GL1A 3UKRA 2CGLA 5AQHA 3KZBA 3ULEB 4WQ4A 4CD1A 3FZLA 3UKUB 4H0PA 1LOTB 5BRHA 3M6GA 4WQ4C 4WQ5A 5AZJA 1NGJA 3DXKA 1D4XA 2A41A 4H5VA 4BRMA 1JCFA 4B1XB 2GWJA 3HSCA 3UE5A 5KPZA 4GNIA 5AQWA 3RSEB 5FPNA 3U8XA 1IG8A 4JNEA 5TKYA 4EHUA 5EXWA 2A42A 2F9WA 4CZMA 5BPLA 2HF3A 2QWOA 1U2VB 5AZIB 3W0LA 3BF1A 3GDQA 3VEVA 1T6CA 1QQNA 4FWQA 4I6MA 4KBOA 1HJOA 1Q18A 1K8KB 4BC2A 4K41A 1HKBA 3R8EA 3U9ZA 2VWBA 4QS9A 2J4RA 3BF3A 3EZWA 1KAYA 3QMLA 3LDQA 4B1ZA 3A8YA 2YHYA 3R9PA 4YDUA 3LL3A 4BC3A 1OKJA 3D2FA 2QWQA 4L3QA 5AFUH 5AQIA 4ISGA 3VESA 3EKUA 4RCHA 3VF6A 2QWMA 4H0XB 3O6WA 4GY2B 4H5TA 4BC4A 4IZ9A 4BRHA 2IVOA 5I9EB 2P9UB 3CETA 2I7NA 4EFHA 3MN7A 3UKRB 5BPNA 2HF4A 1JCGA 2E1ZA 2VYPA 3MN6A 4MLEA 4BRLA 3FZHA 1XUPO 4H0TB 5AZJB 3DWLA 3O08A 3O4WA 1CZAN 4PKHA 5CE3A 3JXUA 3DXKB 1BO5O 4BGAA 1MWKA 1Y64A 4BRGA 4CZEA 1MA9B 3L4IA 1GLAG 2W40A 4H0YB 2E2NA 3H45C 4B1UB 5ADXA 4FWOA 3GE1A 3O8MA 4CZGA 3GBTA 3FZKA 3W3DA 2Q0RA 4AM6A 4CZKA 3QDKA 2A5XA 1SQKA 5AQMA 2UYTA 1V4TA 2YHXA 4I6MB 3MN9A 2GWKA 1ATSA 1ESVA 2GEMA 1J6ZA 4FWMA 2AP1A 2Q31A 1ATNA 3FZMA 4M7XA 4M7YA 2E20A 4MO5A 5AQXA 3FZFA 4K43A 2YI1A 3SLCA 1TUYA 2A6AA 2GELA 3D2FB 2ZGZA 3BUZB 4Y0WA 3VEXA 3CJ7A 5AQOA 4JD2A 5E84A 5BN8A 3DAWA 3CJ1A 3WT0A 4J8FA 4BVPA 2ASMA 4JAXA 2VCPA 4H03B 4PKGA 2KHOA 4CZFA 2ZGYA 2P9LA 4ISFA 3IUCA 3HBTA 2A3ZA 1U6ZA 1SAZA 3KHYA 3CIPA 5JMVA 4NB4A 3O5BA 4WQ5C 3FE1A 3I8BA 3C7NA 1QHAA 1GLLO 5ADXH 4IJNA 4FO0A 3VERA 1P8ZA 1DKGD 3WXJA 4A2AA 4FWNA 3LM9A 3L0QA 5BRFA 5JLHA 1RDWX 1X3MA 4DHYA 4JHDA 3MCPA 4O8KA 3QBXA 5AR0A 4CBXA 2IIRA 5F2RA 3AARA 3O1WA 5AQVA 1BU6O 4BC5A 1NM1A 4B1WB 5FPDA 4H5NA 3VGMA 5JLFA 2YHWA 4BR0A 1JCEA 5AQFA 1GLCG 4XH1A 4M63C 3QICA 2PBDA 3IFRA 1XC3A 2I7PA 2NZTA 1BG3A 2Q36A 4BRNA 4BQLA 1NGFA 5EOYA 4BRAA 3VPZA 3BEXA 3A5NC 1HPMA 1MWMA 1BOTO 4EHTA 5AQRA 3F9MA 3H6EA 4H5RA 3QFUA 2P9PA 2Q2RA 1V4SA 4BR5A 2QWNA 3ENHA 1ZBSA 1GLJO 4YDUC 2CGKA 2ASPA 2E2PA 5AQLA 2FXUA 2D0PA 3ZX3A 2CH6A 4BRDA 3WXIA 1ATRA 2FSNA 2QXLA 3A5LC 3ZETA 3H46O 2A40A 4CBWA 2E2OA 4A61A 1HX1A 2P9LB 1YXQA 2P9SA 3O80A 2BUPA 3U4LA 3TPQA 1EQYA 1ZC6A 3FLCO 3ZEUA 1BA1A 1RGIA 2YJEA 1NMDA 4EIAA 3G25A 2H3GX 1BA0A 1NGHA 2E8AA 4XH5A 4BREA 4FPBA 3ENOA 2P9NA 2Q97A 3DJCA 1E4FT 3LM2A 5EVZA 2AA4A 2ASOA 3VGLA 5LJWA 4JHDB 5BR9A 2F9TA 4LC9B 5AQJA 1ZXOA 2V51B 2IVNA 4B9QA 2Q1NA 2E2QA 1DEJA 3VF4A 3LDOA 3LDPA 3FR0A 1T44A 3CQXA 3MMVA 5AQPA 5FPEA 1YAGA 3MK6A 3AY9A 2FSJA 1WOQA 4BR2A 2NRHA 3HZ6A 4A2BA 1GLDG 4B1YB 3HI0A 4CJ7A 5B8HA 1HLUA 3CJAA 1HKCA 2PAVA 2HMPA 3ZX0A 1TYQA 5KQDA 4CI6A 2HOEA 2P9KA 2QWPA 2QWLA 3TU5A 4AM7A 1QQOA 2CGJA 3VGKA 3R6MA 5AQKA 4FWSA 3D2EA 3WEEA 3IMXA 3A0IX 4RTFD 3LDNA 2P9PB 4HTLA 4BR4A 4RWTA 1C0GA 4BRIA 1S3XA 5AQYA 1RFQA 4FWLA 4BROA 2GTDA 3I33A 3ZETB 3CQYA 1DGKN 3EL2A 2V7YA 4PKIA 1X9JA 2P9SB 1NGBA 2FLOA 3DXMA 1QZ5A 3ZEUB 3EKSA 1YVNA 4IO8A 3WXLA 1YUWA 2P9IA 4FOEA 3HTVA 2QW9A 4CZLA 1NGAA 3AAPA 4QS8A 3L6QA 3LDLA 4MLHA 2P9NB 4CBUA 1LCUA 2Q0UA 1QZ6A 1NGDA 4DCHA 5AQTA 2ZF5O 1HKGA 3EO3A 4FPAA 3VENA 4CD3A 1BDGA 3CJCA 3H1VX 2YJFA 3CI5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DTUA 3LWMA 3IRXA 5AQSA 4YORA 1NMNA 4EAHD 1IKVA 1VQ9N 4H0VB 4C8OA 5EX5A 1TYQB 3QEPA 4GVMA 2WBNA 1WSJA 2P9KB 3LPUA 5LJVA 4E7HA 1FW6A 4FK2A 2D0AA 1SL1A 4IG0A 4CZIA 4FJLA 4AH9A 2XO7A 4O44A 3AAQA 3CYMA 4FCYA 2BDPA 3QEWA 5HROA 3MEEA 3KD5E 4HCBA 3SUNA 5AQUA 3DI6A 3TSUA 4FWKA 1YJNN 1QTMA 3ZX2A 4IXCA 3ASMA 3SPZA 3MX2A 1UAXA 3HSTB 1NOYA 2DTUA 3QFPA 3O1BA 3M1FA 1BWFO 3WXKA 3RMCA 3LPTA 1Z05A 2W6KA 4WE1A 3E01A 3ATUA 3QB0A 3I0RA 1Q8IA 3OYKA 1UOCA 3U3GA 1I94K 4BE0A 4EZ6A 1JLAA 3T7ZA 3HM8A 1BGXT 3V1QA 1VSIA 3OYDA 4WFAL 1R59O 5GAHP 3UKUA 2XY7A 2X6SA 3WUHA 4DTMA 3HP9A 4GW6A 5CYQA 3NH2A 4CJ3A 4BGBA 5F0XA 4YOXA 1S9GA 4WFNL 3SZ2A 4K42A 1BIZA 1ASUA 1MU2A 5GAGP 4KV8A 4DG1A 1U2VA 5ELZA 3BZKA 3ZT4A 3BY5A 3VQDA 3OYEA 4NYNA 2DPNA 1VQ4N 1K8KA 3SJHA 5JICA 2O8CA 3MEDA 1O13A 1RBTA 4K0KK 4CFBA 1TK8A 2Y1IA 4FZXC 1TAQA 3B6OA 1RDDA 1C0FA 3D7EO 4JN4A 3O3HA 1OH6A 4FM2A 5BRDA 1KLNA 4CJFA 3P4IA 3S41A 4B1VA 4BG9A 3CM6A 4O8UA 1IKXA 1T03A 3C0BA 2RHKA 5FPMA 2GBZA 1G99A 5AFUA 3MN5A 5KPRA 3SQ4A 2IOCA 4E1JA 3OJSA 4M3ZA 3C95A 5AQHA 3Q7BA 3ULEB 4FW1A 3PSFA 4H0PA 1LOTB 1U48A 4WQ5A 1OH8A 1KLMA 4DV5K 4JI8K 4CJKA 2A41A 1RTJA 1JCFA 4OLAA 5KPZA 3CCLN 4GNIA 1VQLN 4DF4A 4QAGA 3RR7A 1NG9A 1B9FA 4JNEA 3FFIA 1LW0A 2F9WA 3DOKA 2HF3A 1GOAA 4NXMK 1VQ6N 3BF1A 2HHUA 3KK7A 4HHTA 4B3RK 4K8ZA 1Q18A 1KTQA 4MDBA 4BC2A 3BF3A 4OGCA 2VQEK 3QMLA 3PSIA 3ZSOA 4NCGA 1XMQK 2NRTA 1IO2A 3O9SA 4J2DA 1RDBA 4BC3A 3D2FA 3VESA 4RW9A 4CGHA 2UXBK 4FLUA 2YKNA 3O6WA 2IVOA 5I9EB 3AA4A 4F4KA 1VK0A 3CCQN 1W7AA 4R79A 4Y1DA 1JCGA 3MN6A 4MLEA 5I3UA 4CEZA 1L3UA 5AZJB 3DRRA 4JV5K 1K73O 5CE3A 3OS0A 2UUCK 3K9JA 3DXKB 4GV3A 4DV0K 1MA9B 4O55A 1VRTA 2W40A 2YX6A 3QIOA 1RT5A 4H0YB 3ZSVA 4B1UB 5ADXA 4FWOA 4YY3K 3O8MA 2HB5A 4OKKA 3FZKA 5C24A 4DUZK 4FJ9A 4A5BA 2A5XA 4JKBA 3CCRN 1SQKA 2ATQA 5AQMA 2O8BB 1V4TA 4WFBL 3PY8A 3UIQA 4IFYA 1KCFA 2Q31A 1C1CA 4F8RA 4M7YA 4MO5A 3FZFA 5HRRA 4JK9A 5J1EA 3DMJA 4K43A 2RF2A 1CZ9A 2RPIA 4RW6A 4DS5A 3VQ8A 2ZGZA 3VEXA 1U4BA 4E1MA 1CXUA 1RDCA 5BN8A 4DQIA 4M3YA 3DAWA 4RG8A 1RTDA 1RBVA 5A2QO 4JAXA 2VCPA 4PKGA 2IGIA 3LP3A 3VMFB 4B9NA 3IKMA 4H4MA 3EE8A 4CGDA 4B8AB 3HK2A 1YF5L 3IAYA 3O5BA 4LFAK 3VERA 1P8ZA 1DKGD 3NMUA 4A2AA 1VQKN 3LALA 4UQGA 4DHYA 4JHDA 3ULDA 1NJWA 1Q9YA 5AR0A 4GMJB 3AVIA 4YHHK 4HUFA 1LWEA 4BC5A 4B1WB 4G1QA 1N5YA 4H5NA 2F8TA 4AF1A 5AQFA 2I7PA 3T1HK 1BL3A 4PA1A 1NGFA 5EOYA 4BRAA 3VPZA 1RNHA 3BEXA 2RN2A 1MWMA 3OYLA 3S3NA 1C1AA 1BCMA 4M45A 1S1XA 1YI2N 2O8FA 3NGZA 4PQUA 2QWNA 1JJ2M 1FKOA 1ZBSA 3B6PA 4CEDA 4YDUC 1TKDA 1S1TA 2QXLA 3R3LA 2F4VK 1ZBIA 3RMBA 3SQ0A 3V4IA 4LSLA 1C6VA 3THVA 3U4LA 2D0CA 1U47A 3ZEUA 1RGIA 1N36K 1WSEA 2H3GX 4FM1A 4FJ7A 3KWGA 4XH5A 1KVBA 4FPBA 4I7FA 3HXMA 4M3XA 3DJCA 1C0MA 4CIGA 1SS6A 3TTDA 3OYNA 1WBBA 5EVZA 1YJ9N 2AA4A 5CR4A 5SWMA 5LJWA 1VHXA 2F9TA 3HT3A 4U7BA 1ZXOA 1M90O 3O9TA 2E2QA 3BDPA 3VF4A 1TKTA 3ZSZA 3FR0A 3CQXA 4FK0A 4WCEL 5GIPA 3MK6A 5IWAK 2Z1JA 3OYMA 4BR2A 4A2BA 1GLDG 5B8HA 3SQ2A 4X66K 5LMNK 1XNQK 2P5GA 3L2RA 2PZSA 4I2PA 2O4GA 4WF9L 1VSMA 3C6UA 1BI4B 2PYLA 1ZBUA 2QEXN 2QWPA 3QETA 1HNIA 4IKFA 4UY8O 3VGKA 4ELVA 3R6MA 5KRSA 1YJWN 4PUOA 2P9PB 4HTLA 2Z1IA 4BR4A 4K8XA 4JRPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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