The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
25
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV5 K; 4DR6 K; 4LF9 K; 4JV5 K; 4LF7 K; 1XNQ K; 5A2Q O; 3T1H K; 3T1Y K; 4LF5 K; 4DV7 K; 4JI2 K; 1HNX K; 1I94 K; 2UXB K; 4B3R K; 2HHH K; 4JI3 K; 4JYA K; 2E5L K; 1XMO K; 1HNZ K; 4CW7 B; 1HR0 K; 2UXD K; 4YHH K; 4JI1 K; 4KHP K; 1IBL K; 1HNW K; 3J7A P; 5LMN K; 4X62 K; 2ZM6 K; 3JAM O; 1XNR K; 1N36 K; 4DR5 K; 1N33 K; 5LMU K; 3J81 O; 1N34 K; 4AQY K; 4DV6 K; 4DR3 K; 5IT9 O; 3J80 O; 1XMQ K; 1FJG K; 1IBM K; 4X66 K; 4LF4 K; 4JI5 K; 5IWA K; 4LFA K; 4X64 K; 5LL6 Z; 2VQF K; 4DV3 K; 4YY3 K; 2VQE K; 4X65 K; 4JI8 K; 4DR4 K; 4LF8 K; 2UU9 K; 4DV2 K; 5FLX O; 4JI0 K; 4B3S K; 2F4V K; 4DV4 K; 4B3T K; 1J5E K; 4DR2 K; 3OTO K; 4GKJ K; 1N32 K; 4DV1 K; 4V19 S; 4GKK K; 4JI6 K; 4NXN K; 2UUB K; 4LFB K; 4OX9 K; 2UXC K; 4B3M K; 2UUC K; 4DV0 K; 4LF6 K; 4JI7 K; 4LFC K; 5BR8 K; 4K0K K; 1IBK K; 4DR1 K; 3J7Y P; 4JI4 K; 4CVN E; 2UUA K; 5AJ3 K; 4DUY K; 4NXM K; 4DR7 K; 4DUZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WBB A; 4DV5 K; 1E3M A; 2HHS A; 1WOQ A; 2A1R A; 1YHQ N; 4LF5 K; 3SAG A; 3QML A; 3LWM A; 4GVM A; 1GLE G; 1T05 A; 2P5G A; 3WNE A; 3FZM A; 3QNO A; 1SV5 A; 4O8U A; 1TAU A; 2P9S A; 3V1O A; 3W3D A; 1HMV A; 2Y1I A; 1T03 A; 1QHT A; 1K73 O; 4ID5 A; 3R9P A; 4DHY A; 3VEV A; 5C10 A; 3JSM A; 1HJO A; 3TAP A; 5CYM A; 3LDO A; 4ELV A; 3P5J A; 4KTQ A; 1RT3 A; 4IO8 A; 4CGF A; 2W6L A; 3HBT A; 4WQ5 C; 4FLU A; 1N34 K; 5M1N A; 4DV6 K; 1KQS M; 5AQT A; 2V7Y A; 4DU4 A; 3DLH A; 3WXI A; 4FK0 A; 1KXP A; 1D8Y A; 4RWT A; 1G15 A; 2G8I A; 1VQ7 N; 1XWL A; 1IH7 A; 3OHR A; 4NLB A; 4DV3 K; 1EP4 A; 1NGI A; 5DM6 L; 1S9G A; 3G4S N; 4E7I A; 3OVN A; 5AQU A; 5BPL A; 4IDK A; 4O5F A; 2VCP A; 3BDP A; 3FFI A; 4FVM A; 4AHC A; 3BGR A; 3SYZ A; 1DTQ A; 2E2P A; 2AA4 A; 3CJC A; 4CJV A; 3VTH A; 3VEX A; 3EO3 A; 1CZB A; 4H0Y B; 3O80 A; 2YHW A; 3A8Y A; 2QW9 A; 5HRN A; 3V4I A; 1S1U A; 4A5A A; 3VQ4 A; 4H5W A; 4QS7 A; 4CJS A; 1R0A A; 3TAG A; 1KLN A; 4Z4G A; 2XY6 A; 2QKB A; 1SUQ A; 1B9F A; 4BWJ A; 4DSI A; 1WAJ A; 3LL3 A; 3HP9 A; 4PKG A; 1K8A O; 4JI7 K; 1Q86 O; 4IOX A; 1LAW A; 1NWK A; 4H8K A; 1CXU A; 4RW8 A; 3NH1 A; 5C42 A; 3SZ2 A; 2BDP A; 5AQS A; 3ZSV A; 1VQ9 N; 4BGB A; 4E1J A; 1J5O A; 1IJJ A; 2D1K A; 3CC4 N; 1KSP A; 3THX A; 5GAH P; 2OA8 A; 2FXU A; 5GAG P; 3LAM A; 4K43 A; 1NGG A; 1Z26 A; 2FF3 B; 3ID6 A; 2IIR A; 4CGG A; 4Y1D A; 5J2P A; 3O4Q A; 4O44 A; 1UWB A; 2XY7 A; 5C2D A; 1TKZ A; 4CBU A; 4JS4 A; 4J2E A; 1U47 A; 1RBV A; 2YNG A; 3QBX A; 4ISE A; 4E1M A; 4KFB A; 2YNI A; 1RDA A; 5AQH A; 3JAM O; 3OYI A; 3A5O C; 1YXQ A; 4F2R A; 5E26 A; 3KHY A; 4BG8 A; 4BDY A; 4MO5 A; 3KLH A; 3SUP A; 4KTW A; 4Z4E A; 4BR4 A; 1VSD A; 2UYT A; 1NG9 A; 4FWL A; 4FJJ A; 2YHA A; 2Q31 A; 4XH5 A; 1QE1 A; 4FWO A; 5KQD A; 4XIU A; 2PFU A; 3QO9 A; 3AA2 A; 4FK2 A; 3C65 A; 3CJA A; 4RW4 A; 2UU9 K; 3OYB A; 2KZM A; 1MDU B; 2A41 A; 1O13 A; 3LP0 A; 3AO4 A; 1A5V A; 2X74 A; 3VQB A; 2BAN A; 3BY5 A; 3CER A; 5BN9 A; 3OA9 A; 2Q0R A; 2KTQ A; 3L4I A; 4W5T A; 2PBD A; 3KWG A; 5CYQ A; 4H0X B; 3U6F A; 3G6E N; 4FW2 A; 1C0G A; 5JVH L; 1SKR A; 1CZ9 A; 1NU0 A; 5FRN A; 4CEO A; 4CEB A; 3VF6 A; 3G10 A; 2VGM A; 1IG8 A; 4FJH A; 4O5B A; 4DLE A; 2O8B A; 4F4K A; 2XHB A; 4FJ5 A; 4FWM A; 4DS4 A; 4CJF A; 2NRT A; 2ASP A; 2P9P B; 3QEV A; 1ZBS A; 2P9N B; 3KKS A; 2G8U A; 1JJ2 M; 1ASV A; 3C7N B; 5GAE P; 4PQU A; 1Q18 A; 1VSL A; 4A62 A; 3RMB A; 3S3N A; 4FO0 A; 5KPZ A; 4FLV A; 1YTU A; 1KVC A; 5GIN A; 3VPZ A; 2QA4 N; 3UKU A; 2HHH K; 3CIP A; 4JI3 K; 4JD2 A; 3R8E A; 3SMS A; 3CCU N; 2Q36 A; 3K9J A; 3T3F A; 4CHO A; 1NK9 A; 1OH6 A; 4M3Z A; 3A0I X; 4I6M B; 3ZT4 A; 2IVN A; 3MN7 A; 3NF7 A; 1WSJ A; 1ATS A; 4X62 K; 3CJ7 A; 3MWT A; 3NAE A; 1CXQ A; 2P9I A; 3DJC A; 3O9T A; 2QM1 A; 1YJ9 N; 2E1Z A; 4JLH A; 4N41 A; 1BHL A; 4CED A; 4Z4C A; 3J80 O; 3KD1 E; 4CZK A; 3V9U A; 4JN4 A; 2HNY A; 4KHQ A; 1F21 A; 1NGA A; 3ZT2 A; 3OYA A; 3O08 A; 4FJ7 A; 4GVE A; 2EHG A; 1X3N A; 4B1X B; 3D0P A; 2X6N A; 1HPM A; 4CIF A; 4O55 A; 2YJF A; 1DKG D; 4KHS A; 3QEW A; 3R6M A; 3AAQ A; 1DLO A; 2W42 A; 2P9U B; 1YI2 N; 4JI0 K; 2YHX A; 1Q81 O; 3KTQ A; 4DMN A; 1QVG M; 5AQO A; 3VQ6 A; 4GMJ B; 4Z4F A; 4UY8 O; 4B1U B; 5C2F A; 1N32 K; 4JI6 K; 1I3A A; 1VSF A; 3A5N C; 4BR5 A; 3TAF A; 1J6Z A; 4F3T A; 1S1T A; 4LFB K; 3VQ8 A; 1ESV A; 4DKW A; 3EN9 A; 2OPS A; 3H45 C; 5CZ1 A; 1Q9Y A; 2ASM A; 3OJS A; 3TR8 A; 3NDK A; 4G1Q A; 3A5M C; 4PWD A; 1TKX A; 5HRO A; 2YHB A; 3S3O A; 1QQC A; 4FW1 A; 5HRS A; 5AJ3 K; 3LAL A; 3F9M A; 1MWM A; 4E3S A; 1ZC6 A; 4DR7 K; 4CGD A; 3THX B; 3HOS A; 2Q97 A; 4BVP A; 3T1H K; 1BA0 A; 2PAV A; 1C1A A; 4KRF A; 3WXK A; 1NK0 A; 1NMN A; 4QS8 A; 5BR9 A; 3SUN A; 3CFO A; 1T6D A; 4B1W B; 3UE5 A; 4B9V A; 1LW0 A; 5EXW A; 4BVO A; 2EWS A; 3RMC A; 2QWP A; 4C8K A; 5AQM A; 2KFZ A; 1KCF A; 3CCS N; 4A61 A; 1GOA A; 3T1A A; 3M8S A; 1NKB A; 3J7A P; 4ID1 A; 5LMN K; 4ZTJ A; 1SAZ A; 4B8C A; 1RBT A; 2P5O A; 3DLK A; 5AQP A; 1NK6 A; 1Z6R A; 3QFU A; 4E7L A; 4KHU A; 1J53 A; 5I3U A; 1X9M A; 4CFD A; 4FOI A; 4OLA A; 1D5A A; 2YNF A; 4KI6 A; 2F8T A; 1EWQ A; 4LC9 B; 3CCE N; 1QQO A; 3VN5 A; 1A5W A; 4CEE A; 5AQJ A; 2IC3 A; 4NCG A; 3TU5 A; 1YUW A; 5HOO A; 1VQL N; 1HJR A; 3OYM A; 2E2O A; 3SBG A; 3AA4 A; 2GEL A; 1NK8 A; 4CF1 A; 3E1Y A; 2F96 A; 2QK9 A; 2Y1J A; 1BCO A; 4JKC A; 5KQ8 A; 5GAD P; 4BRA A; 3SI6 A; 1WLJ A; 4JK8 A; 3CM6 A; 3LP3 A; 3PV8 A; 1GOC A; 4IOA L; 3WT0 A; 1D4X A; 1FKO A; 4CJL A; 3L3V A; 4E1N A; 3NVK A; 4BE0 A; 4BQZ A; 1TKT A; 4AF1 A; 3QNN A; 4O0J A; 2ITG A; 1JL2 A; 4C1N I; 1EX4 A; 2UUC K; 4E89 A; 1VSM A; 1TUY A; 4DQP A; 3I33 A; 3DLE A; 5CE3 A; 4PL8 A; 2RHK A; 1NKE A; 2BTF A; 4H03 B; 1NJZ A; 3MED A; 3R1X A; 4FJ9 A; 3DWL A; 4ICL A; 4DR6 K; 4DTM A; 1VSJ A; 4AHR A; 5FPE A; 5A2Q O; 4RW6 A; 4BAC A; 4YFU A; 2B5J A; 4YOW A; 1HNX K; 4JKD A; 1JLG A; 2NNW A; 4IDH A; 4NYN A; 4CHZ A; 1RT5 A; 3C0B A; 4B3R K; 3UB5 A; 4Y0W A; 2A40 A; 4CZI A; 5KRT A; 5BRH A; 4HWI A; 5ADX H; 4IEE A; 4Q5V A; 1NGC A; 5EX5 A; 4DTS A; 1HNW K; 4KRE A; 2NZT A; 3GL1 A; 2W40 A; 1K8K B; 5AZI B; 1N33 K; 2E88 A; 3WXM B; 4CZE A; 4HUE A; 2GUI A; 3OY9 A; 4A59 A; 4NCA A; 1DEJ A; 4BWM A; 1CZA N; 4CJW A; 1VQ8 N; 1KAZ A; 1HRH A; 3AO1 A; 2XY8 A; 3MX5 A; 4ILG B; 4ILH A; 3HI0 A; 3LWL A; 1BGX T; 4F8R A; 2RKI A; 1QZ6 A; 4N47 A; 3P39 A; 4WQ4 C; 1IKX A; 2IVO A; 2OAN A; 3RWU A; 1NMD A; 4E19 A; 2KKZ A; 5FRO A; 3TAB A; 2YI1 A; 1QQM A; 4DF8 A; 3HPO A; 3SNN A; 3KJV A; 1JLF A; 1S3X A; 3MWP A; 3DLL L; 2VGN A; 4B9N A; 1T7P A; 3DYA A; 3QES A; 3PO5 A; 4DR2 K; 4AHT A; 3B8A X; 2PY5 A; 4M63 C; 2VWJ A; 3SK3 A; 3DM2 A; 4F2S A; 3KIO A; 5ELZ A; 3FZH A; 3H46 O; 3DLB A; 3VEO A; 1BA1 A; 5AQX A; 3KLF A; 4BRD A; 1LWF A; 1YT3 A; 4BR0 A; 3MEE A; 3WXJ A; 4KHN A; 1L3V A; 2HHX A; 4BRE A; 1JCF A; 3S9H A; 2IVP A; 1VAZ A; 1RTD A; 2HF3 A; 4CJP A; 3IUC A; 4FWR A; 2VG5 A; 5M1O A; 1YVN A; 2G8W A; 2B6A A; 4JI2 K; 1YJW N; 4JKG A; 4CF9 A; 3QLH A; 3RVC A; 2RPI A; 3KD5 E; 4CJ3 A; 4FM1 A; 3LDP A; 1X3M A; 4BR7 A; 4O8K A; 4CJ7 A; 2A6A A; 3CYM A; 1K9M O; 2KHO A; 4E7K A; 5HLF A; 2QXL A; 3CMA N; 4FJX A; 2FBT A; 3HXM A; 1HNZ K; 1RT2 A; 3HPG A; 4HVJ A; 2P9N A; 5J1E A; 3C7N A; 2HST A; 4M42 A; 4PY5 A; 1VQ4 N; 4HUF A; 4CJ5 A; 1RT6 A; 3SJH A; 4GW6 A; 1EET A; 4BRM A; 3TTC A; 3NCI A; 3FZK A; 3V9W A; 4AH9 A; 5T7B A; 2D0B A; 4KKO A; 4N76 A; 5IWA K; 4Z4I A; 1NJY A; 3ZT1 A; 4CJK A; 1TL1 A; 3QIN A; 4I6M A; 1S6P A; 4AIL C; 3DMJ A; 3MXM A; 3DI6 A; 3ZYY X; 2NRW A; 3DRR A; 4CHN A; 1HYV A; 3TSU A; 3PX4 A; 1NGB A; 4K8X A; 3CJ1 A; 1YF5 L; 4H0P A; 2F4V K; 4CEZ A; 3BP8 A; 5F0X A; 3SMP A; 4K8Z A; 1VSI A; 4C8L A; 1J5E K; 3D2E B; 4DWI A; 2Z1I A; 3WEE B; 1UA0 A; 5DMR A; 4CK1 A; 4GKK K; 3EZW A; 4C1N K; 4WFB L; 2RN2 A; 4B9T A; 1L3S A; 3RTV A; 1W7A A; 3PSI A; 1KVA A; 4OX9 K; 3KLG A; 4KH5 A; 5JS1 A; 1HNV A; 5EVZ A; 2P9L A; 3QIO A; 4BR9 A; 1LWC A; 3SAH A; 2P9U A; 3OYG A; 4K0K K; 3WUH A; 3JYT A; 5EY4 A; 4R5P A; 4JI4 K; 1RFQ A; 2WFB A; 3CM5 A; 2UUA K; 4DUY K; 1XC3 A; 5D3G A; 5AQI A; 2HHU A; 4HTU A; 3E9P A; 3ZSZ A; 2GWJ A; 4RG8 A; 1XNQ K; 5CY4 A; 2Z1G A; 2ZJR L; 4KBO A; 5J2N A; 1SS6 A; 1M90 O; 4LSL A; 1U04 A; 3K0S A; 3O1B A; 3TTF A; 4EP4 A; 4MDA A; 3ATV A; 3V6D A; 2H3G X; 5HRR A; 1TL3 A; 2UXD K; 4DG1 A; 1OVQ A; 1LV5 A; 2HVH A; 3MXI A; 3AVB A; 5I9E B; 5GIP A; 1RGI A; 3RMD A; 4EHU A; 2A3Z A; 5BRF A; 3GE1 A; 4C8N A; 4HTL A; 1WB9 A; 3KK7 A; 1BIZ A; 1HYS A; 4CE9 A; 3A2F A; 2PYJ A; 4M3R A; 4H0O A; 3LDN A; 3CPE A; 2QWQ A; 4W5N A; 4BRG A; 2YKM A; 4FZY A; 3SV3 A; 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5AQV A; 4CF8 A; 2A42 A; 2E6M A; 3MCA B; 1NOZ A; 3ZSX A; 4BC3 A; 5ADX A; 4PKH A; 4PUO A; 3LM2 A; 1RDB A; 1BUP A; 4FPA A; 1N5Y A; 3MK6 A; 3AO2 A; 1Z05 A; 2GWK A; 1P8Z A; 4JEP A; 1NOY A; 3ZT3 A; 4OJR A; 1ITG A; 4N56 A; 2ZF5 O; 3PIP L; 5KRS A; 4NXN K; 1RTJ A; 2D0A A; 1D9D A; 4EFH A; 2P9L B; 3ZCM A; 3SQ4 A; 4ZTF A; 4M3T A; 1BQM A; 2V7Z A; 4CZM A; 1I39 A; 4CIE A; 1GLC G; 5FPM A; 2W6K A; 3MN5 A; 2FSN A; 2FBY A; 3L0Q A; 3AGK A; 3VEN A; 1KRP A; 1HKG A; 4HUG A; 3ULE A; 1KTQ A; 4CBX A; 3VA3 A; 3EZ5 A; 4DUZ K; 4RTF D; 4B1Y B; 3V9Z A; 5C15 A; 5C25 A; 5H1S Q; 4E0D A; 4FZZ A; 5EOY A; 4B9M A; 3S41 A; 3DRP A; 1S5J A; 1E4F T; 3DAW A; 4BE1 A; 2E5L K; 2QTD A; 2OYQ A; 1ZBI A; 3VQQ A; 4PA1 A; 2O8E B; 1C0T A; 4CGH A; 1K6Y A; 4FWP A; 4M3U A; 4YOR A; 1IBL K; 3V1Q A; 1REV A; 1HQE A; 3CI5 A; 3K58 A; 4IG3 A; 3D45 A; 1KLM A; 5KTQ A; 4GY2 B; 4GV6 A; 1EQY A; 3KLE A; 3LM9 A; 3U3Y A; 3VEZ A; 3RMA A; 3AO5 A; 3RR7 A; 1LOT B; 3THW A; 4DS5 A; 1RT1 A; 3K5L A; 4Y1C A; 2HF4 A; 3IDH A; 4DSJ A; 3GBT A; 3P38 A; 3VQC A; 3Q7B A; 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