The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)(UUU).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16s ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
29
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF8 K; 5LL6 Z; 4K0K K; 4DV1 K; 5IWA K; 4YHH K; 4DV6 K; 3J80 O; 1N36 K; 4X64 K; 5FLX O; 1IBK K; 1N34 K; 4LF4 K; 1IBM K; 4B3S K; 4X62 K; 4JI3 K; 4DR4 K; 5LMU K; 4DR6 K; 4JI4 K; 1HNX K; 4DR1 K; 4NXN K; 4DV4 K; 4DR5 K; 4CW7 B; 4GKK K; 1XMO K; 3J7A P; 4DV0 K; 4V19 S; 3J81 O; 2UXB K; 5A2Q O; 4DR3 K; 4B3M K; 4LFA K; 4DV5 K; 4DV3 K; 1J5E K; 2UXD K; 1I94 K; 4DUY K; 4DR2 K; 4X65 K; 4JI2 K; 5LMN K; 4LF5 K; 4JI1 K; 4JI7 K; 4DV2 K; 3T1Y K; 2UUC K; 4B3T K; 4LF9 K; 3T1H K; 4LFB K; 4KHP K; 4JI0 K; 4AQY K; 4GKJ K; 4CVN E; 1HR0 K; 4DUZ K; 1XNR K; 4X66 K; 4YY3 K; 2VQF K; 5BR8 K; 1FJG K; 2VQE K; 1XNQ K; 4LF6 K; 2HHH K; 4LF7 K; 1IBL K; 1HNW K; 4JI8 K; 4JYA K; 4NXM K; 2UXC K; 2F4V K; 4JI6 K; 1XMQ K; 4DV7 K; 2ZM6 K; 1N32 K; 5AJ3 K; 1HNZ K; 3OTO K; 4JI5 K; 2UU9 K; 5IT9 O; 1N33 K; 4B3R K; 4JV5 K; 4OX9 K; 4LFC K; 2E5L K; 3JAM O; 3J7Y P; 2UUB K; 2UUA K; 4DR7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ASO A; 5FPE A; 4PA1 A; 3UKU B; 3KJV A; 3L2Q A; 2OCE A; 2X74 A; 4IG3 A; 3OJU A; 3ZLJ A; 2RPI A; 3P31 A; 3A0I X; 5DM7 L; 3SCX A; 1TAQ A; 1FKO A; 3THX B; 4XH1 A; 3C6U A; 2BAN A; 2IVN A; 3SAG A; 4X62 K; 5CZ2 A; 1RTD A; 4RTF D; 1EWQ A; 1OVY A; 4JKE A; 3H3N O; 4DR6 K; 3H6E A; 1VSH A; 1MA9 B; 3U3Y A; 1NGA A; 4CZL A; 5LY3 A; 1DLO A; 1WSH A; 4GV6 A; 5E41 A; 3LDN A; 3TU5 A; 3PO4 A; 4IOA L; 3QEP A; 2IVO A; 2CH6 A; 4ELT A; 4N76 A; 5HBM A; 2E1Y A; 2JGU A; 2V52 B; 1JJ2 M; 1REV A; 3GE1 A; 2I7N A; 1BA1 A; 3VQB A; 3RMB A; 4FL9 A; 5BRE A; 2FF6 A; 5F1X A; 3MWT A; 1BDG A; 3VF6 A; 2OTJ N; 3V1Q A; 3ZT3 A; 3AO3 A; 5M1P A; 2P5O A; 4J2E A; 5C0Y A; 4EAH D; 1ESV A; 3SUN A; 4NCB A; 3C7N A; 2GBZ A; 3CPW M; 1TUU A; 4ISE A; 4ICL A; 4EHT A; 1S72 N; 1SS6 A; 2VQE K; 5GAE P; 2JWL A; 3OA9 A; 1T6C A; 4W5Q A; 3E66 A; 4CI6 A; 2ZQB A; 2D0P A; 3K9J A; 2XO7 A; 4C1N I; 1BU6 O; 1Q82 O; 2UXC K; 5BRH A; 4JI6 K; 1Z6R A; 1ZYQ A; 4KKO A; 2HNY A; 3CQY A; 4BRF A; 4BRQ A; 1N32 K; 1GLC G; 3TAP A; 2NUB A; 4C8M A; 3VQD A; 2O8F B; 1LW0 A; 2YHX A; 2WBN A; 3ISN C; 4E3S A; 4NYN A; 4A5A A; 4E1N A; 2G8U A; 5C15 A; 4OX9 K; 1HPZ A; 2IGI A; 1ZBU A; 2O8E B; 1K8A O; 4M45 A; 1WBD A; 4IBN A; 3VGL A; 1A5W A; 3O9U A; 3VQP A; 1S6P A; 4ISF A; 3ZT1 A; 4Y1C A; 4O0I A; 1RBT A; 1JCG A; 3A8Y A; 1RT1 A; 3IFR A; 3B8A X; 4FLZ A; 1WAJ A; 3DLE A; 3KLE A; 4KFB A; 4O8U A; 1VSL A; 5KI6 A; 3MXM A; 3O4W A; 1NK4 A; 3M8R A; 4HWI A; 5AFU A; 3G25 A; 3TSQ A; 4BRH A; 3DXM B; 5AFU H; 3I8D A; 3CHW A; 4CJE A; 3AV9 A; 1J53 A; 5A2Q O; 1X9M A; 2P9L B; 1NGG A; 4DU3 A; 3CJA A; 1VQ5 N; 4E7K A; 5AQU A; 3OYB A; 1BIU A; 4DUY K; 3VQ9 A; 4NLB A; 3VQ8 A; 2V7Y A; 3AGK A; 1RFQ A; 3CCR N; 4DS5 A; 4ZTJ A; 1QQM A; 2W41 A; 3H46 O; 1BCO A; 2P9I A; 1BQN A; 1VSK A; 3PX0 A; 1Q86 O; 4ELU A; 3CC4 N; 2AA4 A; 4KI4 A; 3K2P A; 2OAN A; 3VEZ A; 4H0Y B; 4FJ7 A; 4XH5 A; 3TAM A; 1ZBL A; 3VEV A; 3L2W A; 2D0A A; 3VQA A; 3DXK A; 5HL7 L; 4CEQ A; 4RW8 A; 4CHN A; 5SZT A; 4QS8 A; 1RBV A; 4IDH A; 3B6P A; 4ELV A; 4BRI A; 1HNW K; 1IKY A; 3V9W A; 2B4J A; 5J2Q A; 4KAZ A; 3BEX A; 4YOU A; 1HMV A; 2Q36 A; 4O0J A; 4BQL A; 2BH1 A; 2UU9 K; 4E0D A; 4KHY A; 2FSK A; 3U9D A; 3FZL A; 4KTW A; 1JL2 A; 1JLA A; 2E6M A; 3AVF A; 3KTQ A; 3J7Y P; 2W40 A; 3VER A; 4DSL A; 3DMJ A; 4GNI A; 1SL2 A; 1U6Z A; 1GLD G; 1C0U A; 4PKH A; 3CC7 N; 4H4O A; 2ITG A; 4CZJ A; 1DTT A; 1NWK A; 1GLF O; 4KH4 A; 5AQP A; 1G15 A; 2ZGZ A; 2RHK A; 4BR7 A; 4YOT A; 3NF7 A; 2PBD A; 3V81 A; 2OZM A; 1S22 A; 3AAP A; 2OPR A; 2P9S B; 1CXU A; 4A62 A; 4OLA A; 2QXF A; 4DTR A; 2HBK A; 3SMP A; 1X3M A; 3QET A; 1SL0 A; 5FDL A; 4W5N A; 4FJM A; 4AIL C; 3HYF A; 1E3M A; 3VEX A; 4CD3 A; 1UA1 A; 4GV9 A; 3TTC A; 4KHN A; 3AAR A; 1RTJ A; 3HSC A; 4HUE A; 4HVJ A; 2A5X A; 3BZC A; 4BWM A; 3P1G A; 4FJL A; 1X9J A; 3KLF A; 3MN7 A; 4W5R A; 1EO1 A; 4X65 K; 3DLR A; 1YTU A; 4JI7 K; 3I56 N; 3SI6 A; 4F2S A; 4JHD A; 3LWL A; 2FBX A; 4NCG A; 3DAW A; 4KRE A; 2Q97 A; 3WXI A; 3MDQ A; 4BC4 A; 2FF3 B; 2KTQ A; 3S3O A; 1KVC A; 1RT2 A; 4O55 A; 2P9K A; 1T7P A; 3IUC A; 3KLI A; 4WF9 L; 2RE2 A; 1C0T A; 1B92 A; 2OPS A; 3OY9 A; 5TKW A; 3SQ2 A; 1HPM A; 1NMD A; 3LZJ A; 2UYT A; 2YJE A; 1N6Q A; 1Q9Y A; 2F9W A; 2O8C B; 5BRD A; 4AHC A; 5SWM A; 1XC9 A; 4B9U A; 1S1X A; 3DJC A; 4OJR A; 4M3R A; 3TTD A; 3VN5 A; 3WNE A; 3QLH A; 1UWB A; 2FC0 A; 4TSX A; 5F2R A; 3KWI A; 2XHB A; 4DQQ A; 3H08 A; 4GVE A; 4IJA A; 1BA0 A; 1YHQ N; 1K9M O; 4CEC A; 4CFA A; 2QWP A; 4B9S A; 5ELZ A; 3L3V A; 4FJK A; 2UUA K; 1RDW X; 3AO4 A; 3ZSR A; 4LF8 K; 4H03 B; 5AQL A; 1VQM N; 1BI4 A; 4JKH A; 3T3F A; 3MXI A; 4FWS A; 3SAF A; 1HYZ A; 3OYJ A; 4F2R A; 3G4S N; 4CER A; 1U2V A; 2P51 A; 3GOI A; 4F4K A; 4BE1 A; 5AQY A; 1ITG A; 4B3S K; 4Z4H A; 3I55 N; 4CJS A; 5LMU K; 3PV8 A; 3NAE A; 4ILH A; 3ZYY X; 3PIO L; 1Z26 A; 3ZT2 A; 2DFE A; 4NO7 A; 3TPQ A; 4BAC A; 1A5V A; 1JCE A; 1RBR A; 4M41 A; 3RRH A; 3MAQ A; 3UKU A; 2ATQ A; 3DRS A; 2P9N A; 4EP4 A; 4CK1 A; 2KKZ A; 1WSF A; 2O8B B; 3I33 A; 3Q7C A; 3A5L C; 4CF0 A; 4CJ5 A; 4FJ5 A; 2KLA A; 5JIC A; 2IDO A; 4MQ3 A; 4NLC A; 3AO1 A; 4WYB A; 5AZJ A; 1SZ2 A; 3SQ4 A; 4CJR A; 4H0O A; 3VQ5 A; 3EZ5 A; 3VMF B; 3RVC A; 1RDD A; 5M1K A; 4CES A; 4J2B A; 1EXQ A; 1IH7 A; 3WNG A; 2D0O A; 3P4I A; 3O1W A; 3EN9 A; 3WEE B; 4JKG B; 4BRK A; 1YVN A; 4GMJ B; 1XNQ K; 4OO1 J; 3VEY A; 3QEV A; 2HHH K; 2OA8 A; 2W6L A; 1BIZ A; 2NRW A; 3ZET A; 1NGH A; 4BRA A; 3KD5 E; 3CCM N; 4QCL A; 4OKE A; 1RT6 A; 1YIT N; 4YOR A; 1YTA A; 3FFK B; 4Z4I A; 2J4R A; 3QB0 A; 4DTJ A; 5JVH L; 2NLX A; 3T7Z A; 1VQ4 N; 3IDH A; 1NK7 A; 1VSJ A; 3HVT A; 3LPU A; 2DFH A; 2UUB K; 2Z1I A; 3ZCM A; 1VSM A; 4K0K K; 3LDO A; 3HXM A; 5AQR A; 2LSN A; 3AGR A; 3EEQ A; 1L3V A; 2QEX N; 2GEM A; 4CJK A; 1DTQ A; 3LM2 A; 3E9L A; 2DFF A; 4OGE A; 1VQP N; 4YDU C; 3P38 A; 1LAW A; 3CC2 N; 2G8V A; 1H1V A; 3THY A; 3SBG A; 4LH4 A; 2HW3 A; 1NOZ A; 4A61 A; 2Q0R A; 3E9O A; 3C65 A; 3V9S A; 4FJH A; 4Y1D A; 2KZZ A; 2E2N A; 2VCP A; 3CCJ N; 1JCF A; 1LCU A; 3V4I A; 3HJF A; 5AZI A; 4FPB A; 2EHG A; 3LP2 A; 3J7A P; 1DGK N; 3O3G A; 5C2F A; 3J81 O; 3D7E O; 4QS7 A; 4BR9 A; 1Y64 A; 4DV3 K; 4Y0W A; 3C6A A; 3IS9 A; 3G0Z A; 3U6F A; 1JLG A; 2YNH A; 2OYQ A; 3FZM A; 2P9P A; 3ZX3 A; 1BO5 O; 4H5W A; 1YXQ A; 3DM2 A; 2HB5 A; 4B8A B; 3BP8 A; 3EO3 A; 1HRH A; 4JK9 A; 3CG7 A; 3UB5 A; 4IG0 A; 3DOK A; 2XY6 A; 3NE6 A; 1NMN A; 1BWF O; 2D0C A; 2DY4 A; 5C24 A; 1VK0 A; 3I8B A; 4B1W B; 3NMU A; 4PY5 A; 1K8K B; 1QHA A; 2GUP A; 2YCH A; 4CVN E; 3QEW A; 3O9T A; 2A6A A; 3F5T A; 3PX4 A; 3TAR A; 4H5R A; 2G8K A; 4LY7 A; 1S1U A; 1KCF A; 4BE2 A; 3SMS A; 4FZY A; 3BF3 A; 2E88 A; 3VET A; 1IKX A; 1C6V A; 2P9L A; 4JRP A; 1U47 A; 1BG3 A; 3O9R A; 4DF4 A; 1RT4 A; 4YOY A; 1V4S A; 2AJQ A; 4ILG B; 2F4V K; 5AQF A; 4C23 A; 2GTD A; 1NGJ A; 2JWK A; 4DTX A; 3V9X A; 2WFB A; 1JLB A; 1EWR A; 4CEO A; 5AQH A; 4O5B A; 3KKS A; 3SUP A; 2Q31 A; 4FWP A; 2GV9 A; 1NNE A; 2P9U B; 4HCC A; 1T3V A; 3VF4 A; 4DSJ A; 4CZG A; 1QTM A; 1QVF M; 2YX6 A; 3PSF A; 3F73 A; 3ID6 A; 3U8X A; 3VQ6 A; 3L8B A; 4CFB A; 3FGU A; 4PL7 A; 4RW9 A; 2VGN A; 1R0A A; 2ASM A; 2A3Z A; 4B1U B; 4BWJ A; 1N5Y A; 1HX1 A; 5J1E A; 3HVR A; 3ZT0 A; 1GOC A; 5FRO A; 4GW6 A; 4FYD A; 1E4G T; 4CJQ A; 2NRH A; 4NXN K; 3M8P A; 4DFK A; 3NH0 A; 4KO0 A; 4CZI A; 1SAZ A; 4JN4 A; 3ATU A; 5FPN A; 2Y1I A; 3HRG A; 4CBX A; 3QDK A; 1WSG A; 4H4M A; 4DR3 K; 1QE1 A; 1SV5 A; 1HLU A; 3OYC A; 5F0X A; 4FZZ A; 3JS6 A; 4DQS A; 3PLA A; 1BGX T; 2PYJ A; 4B8C A; 2P1J A; 1C0F A; 1K6Y A; 3HI0 A; 2F8S A; 4RWT A; 1VSF A; 4JI2 K; 5EX5 A; 4JI1 K; 3OYK A; 3R6M A; 4DCH A; 1VAZ A; 5GAD P; 4F3T A; 3T1Y K; 1YJN N; 3RWU A; 1XWL A; 1U49 A; 2KQ2 A; 2P9S A; 4YDU A; 1O13 A; 4JI0 K; 4H8K A; 1Q18 A; 5EY4 A; 4CE9 A; 3ZX0 A; 1JLC A; 2HF3 A; 4LD0 A; 2PYL A; 2QWO A; 1LV5 A; 3WNF A; 3WT0 A; 5LJV A; 3E9P A; 4FWQ A; 4LF6 K; 3MK6 A; 3K5N A; 1A5X A; 2D1K A; 5AQN A; 4JI8 K; 5AQX A; 3RMC A; 4K8Z A; 3DI6 A; 3MEG A; 1NK8 A; 3DRP A; 5CZ1 A; 3CXC M; 1YI2 N; 1VQ8 N; 4MDB A; 5AQK A; 1Q9X A; 4IKF A; 4FW1 A; 4FZX C; 3D6R A; 1JLQ A; 3LP0 A; 3THW B; 3NF6 A; 5KQ8 A; 2B6A A; 3LAM A; 3QIO A; 1NK5 A; 5MLC Q; 1EP4 A; 3SPZ A; 5JVG L; 2FSN A; 3QES A; 4O5F A; 1ZC6 A; 5FPM A; 1NGD A; 3ULE A; 1BIS A; 3C6H A; 4H0P A; 3KIO A; 1VSI A; 4FXD A; 4C8L A; 1BUP A; 1GOA A; 5JS1 A; 3V1R A; 4BRD A; 1IBK K; 3TAF A; 2YNF A; 2O8C A; 5C25 A; 4IFY A; 5D3G A; 1HNV A; 2FXU A; 3HM9 A; 4YOX A; 3V9Z A; 3DLB A; 3SZ2 A; 4K41 A; 3MED A; 1I3A A; 3CQ8 A; 2VWK A; 4FVU A; 2QWL A; 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3S3N A; 3QEI A; 4BRL A; 1WAF A; 4IO8 A; 4KB0 A; 4FK0 A; 4RCH A; 4AF1 A; 2NRZ A; 1XMO K; 2NRT A; 3AVC A; 4M3X A; 4DTU A; 4B9L A; 2QXL A; 3J8A A; 1NK9 A; 3SJJ A; 4Z4E A; 2ZE2 A; 2HST A; 1XC3 A; 1I94 K; 3WQU A; 1D9D A; 3CJ7 A; 1QQO A; 4EIA A; 1NGB A; 2YHW A; 3MMV A; 1E4F T; 1U45 A; 3ZSY A; 4I9Q A; 4DV2 K; 3H1Q A; 4CJ4 A; 3HK2 A; 3O4Q A; 3GL1 A; 3T1H K; 1I39 A; 2I5J A; 4JKA A; 2YHA A; 5AQI A; 1W9H A; 3NGZ A; 1JLF A; 1NJX A; 1YAG A; 5KPR A; 1YF5 L; 3A2F A; 2I7P A; 3N4Q A; 3HBT A; 3K9K A; 3VGM A; 5GAH P; 4E7L A; 3KK3 A; 1U04 A; 4FW2 A; 1HYS A; 3VEW A; 4B08 A; 2QA4 N; 4FJG A; 3EE9 A; 4UQG A; 3ZT4 A; 5JS2 A; 1WNS A; 5EXW A; 3UKR A; 2OPP A; 5AQM A; 4ZTF A; 3IKM A; 4DQ8 A; 3VGK A; 1TL1 A; 4KTZ A; 4RW4 A; 2F9T A; 1IO2 A; 3ZEU B; 2E2O A; 4FJJ A; 4LFC K; 1TYQ A; 4JK7 A; 2GX9 A; 3AVI A; 3IRX A; 2KFZ A; 2D0B A; 3BY5 A; 4I6M A; 4IFV A; 1IG9 A; 3S41 A; 3I0S A; 4XIU A; 4C8N A; 4OGC A; 3WQT A; 1S6Q A; 4EFH A; 3OYM A; 5FRM A; 3OYH A; 2IAJ A; 4IEI A; 1YJ9 N; 2YNI A; 3ZSO A; 1M1K O; 2XY5 A; 3FFI A; 3O5B A; 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