The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI8 K; 5BR8 K; 5IWA K; 4JI7 K; 4JV5 K; 4V19 S; 4CW7 B; 4LF4 K; 4DV3 K; 4DR6 K; 5AJ3 K; 4DR4 K; 4CVN E; 2UUB K; 2ZM6 K; 2UUA K; 4LFC K; 4JI6 K; 2HHH K; 4JI4 K; 4LF6 K; 5LL6 Z; 3JAM O; 4LF8 K; 4DR1 K; 3T1H K; 4X64 K; 4YY3 K; 4B3T K; 1XMQ K; 1I94 K; 1XMO K; 3OTO K; 4DV4 K; 1J5E K; 4YHH K; 4DV1 K; 1HR0 K; 2E5L K; 4X65 K; 4DR3 K; 1N32 K; 4AQY K; 5IT9 O; 2VQE K; 5LMN K; 4DV5 K; 4JI3 K; 4JYA K; 4LF7 K; 1IBL K; 1IBK K; 2UU9 K; 4JI5 K; 4B3R K; 4DR7 K; 4GKK K; 5A2Q O; 5LMU K; 1HNZ K; 4DUZ K; 3T1Y K; 3J81 O; 2UXD K; 1N33 K; 4X66 K; 2F4V K; 1HNW K; 1IBM K; 4B3M K; 4DR5 K; 4KHP K; 2VQF K; 4B3S K; 4OX9 K; 1HNX K; 1N36 K; 4LFA K; 3J7A P; 4NXM K; 1XNQ K; 4X62 K; 4JI1 K; 4DUY K; 4DV7 K; 2UXC K; 1XNR K; 4GKJ K; 3J80 O; 1N34 K; 4DV0 K; 4JI0 K; 4K0K K; 2UUC K; 4DR2 K; 4LF5 K; 1FJG K; 4NXN K; 4JI2 K; 4LF9 K; 4DV2 K; 4DV6 K; 2UXB K; 4LFB K; 5FLX O; 3J7Y P; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KWI A; 3PX0 A; 1VQN N; 5LY3 A; 3SUO A; 3NF7 A; 3PV8 A; 2GEM A; 3VEW A; 1XHZ A; 3CHW A; 2D0B A; 2ASM A; 4C1N I; 3P1G A; 2QXF A; 4CJ7 A; 2XRI A; 4HTU A; 3V9W A; 3D2E A; 1SKS A; 3DMJ A; 3HTV A; 1W2B M; 4JI4 K; 3PSI A; 4PHT X; 4Z94 A; 5KQD A; 2OTJ N; 3MN5 A; 5CZ2 A; 4F2R A; 4YOY A; 5C0Y A; 3F9M A; 1J5E K; 3HZ6 A; 2B6A A; 3VER A; 3DJC A; 3OVN A; 4BRP A; 1ITG A; 4CZK A; 4EZ6 A; 1W97 L; 2OPP A; 3UIQ A; 1KLM A; 3OYI A; 5J2N A; 3CFP A; 2P9P A; 4DR3 K; 2GWJ A; 3NVK A; 4Y1D A; 4BGA A; 3TSP A; 3F9K A; 4CER A; 2GBZ A; 3QIP A; 3UKR B; 1UA0 A; 2UU9 K; 4LY7 A; 3QDK A; 5BRE A; 4GMJ B; 1RDA A; 3TAP A; 4LD0 A; 3ENO A; 3ALY A; 1Y64 A; 3T1Y K; 2HHV A; 4KB1 A; 5AZI A; 4B9M A; 4CEQ A; 3VTI A; 4IFE A; 1TUY A; 2WBN A; 2JWK A; 4OLA A; 2NUB A; 4ID1 A; 5MLC Q; 2EHG A; 3SYZ A; 4FWP A; 1GLF O; 3LPU A; 1U2V B; 3QEW A; 4OVL A; 3UKU A; 3TTC A; 2KTQ A; 3TWH A; 1IH7 A; 1WAJ A; 1P8Z A; 4WQ4 C; 2X6N A; 4ISF A; 4FJ8 A; 4X62 K; 5AQV A; 3L3U A; 4FWR A; 4G1Q A; 3ZX2 A; 1U47 A; 4DV0 K; 4JI0 K; 4XH4 A; 2A5X A; 2O8B B; 1QHA A; 4ZTF A; 3PO5 A; 2AJQ A; 3ATU A; 3EKU A; 4JD2 B; 5ELZ A; 4KHQ A; 1NGH A; 4BRC A; 1BU6 O; 3NH2 A; 3PO4 A; 3RSE B; 2P51 A; 1RDB A; 1K8K A; 4BVP A; 3MXM A; 4O0J A; 3VQ7 A; 3SQ4 A; 3L2R A; 3QFU A; 2XY8 A; 2UUB K; 1A5X A; 3FGU A; 4LFC K; 4DB3 A; 4M3Y A; 2PZS A; 3OYN A; 3AO3 A; 4K43 A; 3QET A; 2D4W A; 4HCB A; 3C0B A; 3ZSY A; 1KAZ A; 3CFO A; 1RBV A; 3JAM O; 4AF1 A; 2QWP A; 1CZB A; 3AO1 A; 1D8Y A; 3D2F A; 1HNV A; 1D9F A; 3OYK A; 3F2K A; 1VRU A; 3AVC A; 4TSX A; 3DWL A; 4R5P A; 3U6F A; 1NJI O; 1ILY A; 4I2P A; 1BGX T; 3LWL A; 3SZ2 A; 1RFQ A; 2X78 A; 1KD1 O; 4IKF A; 1LAV A; 2P9S B; 5C24 A; 3KLG A; 4FK0 A; 4FW2 A; 2NRR A; 3V9Z A; 3ZSZ A; 3SPY A; 1I39 A; 4CJE A; 2O8E A; 2RKI A; 4QOZ B; 2UXD K; 1Z6R A; 4K25 A; 5CE3 A; 4IOA L; 4CEB A; 3EKS A; 1UAX A; 3O08 A; 4JN4 A; 4CFB A; 2HND A; 1WSE A; 2ZE2 A; 1NKC A; 3MXI A; 1REV A; 4CF2 A; 3C6H A; 4BR0 A; 3K58 A; 4B08 A; 4LFA K; 3HYF A; 5K14 A; 3K57 A; 3DXM B; 2ZGY A; 4DQP A; 3THW B; 3VMF B; 4CJU A; 4E7L A; 2NRV A; 2G8F A; 4FOI A; 3CIP A; 1RT7 A; 4JI1 K; 4Z4H A; 2IGI A; 3KK2 A; 1QSS A; 3O3F A; 2FBT A; 5GAE P; 3JXU A; 2O8D B; 3G71 N; 2A6A A; 3WNE A; 3EN9 A; 1TKX A; 3CCS N; 1FJG K; 1LCU A; 4C8N A; 4WF9 L; 5C25 A; 3M3Z A; 2HB5 A; 5AQH A; 2UXB K; 3BP8 A; 4KHW A; 3IAY A; 3KK3 A; 2HHQ A; 4CEA A; 4JV5 K; 1NK7 A; 3RWU A; 4FJ5 A; 4RWT A; 5F2R A; 2W42 A; 3NGI A; 1MU2 A; 2HHH K; 1NMN A; 4E1M A; 4O5F A; 1VQ5 N; 4CK2 A; 3OS2 A; 2XHB A; 3LM2 A; 1NWK A; 3AO2 A; 4KH4 A; 4ICL A; 2Q97 A; 2D0A A; 2FSN A; 1VSE A; 1T05 A; 3SCX A; 3IDH A; 5AFU A; 2FBV A; 4EIA A; 1WB9 A; 3EYZ A; 3WT0 A; 3M8P A; 4FWS A; 4E1J A; 1C1C A; 1RTH A; 1ASU A; 4A5A A; 4FLX A; 2E5L K; 3CPE A; 5AQN A; 1N8R O; 4CGD A; 4H0X B; 5KGW A; 3DLR A; 3VEZ A; 4BRQ A; 3O4N A; 4LC9 B; 1B9D A; 2O8B A; 3NCI A; 2X6S A; 4M41 A; 3IRX A; 4H8K A; 1DTQ A; 3THY B; 1QZ6 A; 1GOC A; 3RSE A; 5EY4 A; 3O80 A; 4J8F A; 1VSF A; 5GAG P; 3AVM A; 5AQI A; 4BVO A; 3OYH A; 1JJ2 M; 4H0T B; 4M3U A; 5B8H A; 5FRO A; 4DFM A; 4WFA L; 3D7E O; 3V6D A; 4CGJ A; 3VOV A; 1ZBF A; 3DI6 A; 3UE5 A; 2Z1I A; 3FZH A; 4B9U A; 4ISG A; 1GLL O; 1ATS A; 4Z4E A; 1LWE A; 3QO9 A; 3N4Q A; 3ZT3 A; 4B8A B; 3P39 A; 1VQ6 N; 3GG4 A; 4FZY A; 1S72 N; 5GAH P; 2A41 A; 4DLG A; 4DSK A; 3CD6 N; 3CCM N; 4FZZ A; 3TTD A; 1UWB A; 5AQP A; 3DLB A; 4NYF A; 5KRS A; 2WON A; 3L4I A; 5CZ1 A; 3HRG A; 3LZI A; 4DU4 A; 5EVZ A; 1GOB A; 1WLJ A; 4QAG A; 4MDB A; 3E9P A; 1Q18 A; 2ZM6 K; 2VYP A; 3N4P A; 3VQB A; 3AGK A; 4FYD A; 1BQM A; 4MQ3 A; 5JS1 A; 3AA2 A; 4M3T A; 4CGH A; 2P1J A; 5C2D A; 1YIJ N; 5GIO A; 3LDO A; 4CCH A; 4LF6 K; 3AVG A; 1LWC A; 5KI6 A; 4X64 K; 1HUX A; 4M3W A; 3WUH A; 2RF2 A; 2NRZ A; 4BC5 A; 4DTR A; 3VPZ A; 5JMV A; 5C2F A; 3DXM A; 3TAE A; 4YHH K; 1G99 A; 2G8U A; 4G9Z A; 4CBW A; 3WEE A; 4B1Y B; 4KO0 A; 4PA1 A; 1BWF O; 1NK4 A; 4FJ7 A; 1VQ9 N; 2O8D A; 1TKZ A; 5F1X A; 2O8C B; 1HQU A; 1C0M A; 1KFD A; 5LMN K; 3RTV A; 4NO7 A; 4DSF A; 1X9J A; 1HKC A; 3LAM A; 2NZT A; 3QIO A; 1YJN N; 2VG7 A; 3U9D A; 4CZM A; 4EHT A; 3ISN C; 5HOO A; 4MLE A; 3O4Q A; 1EWR A; 1XC3 A; 3E66 A; 4PKG A; 2F7T A; 1HKG A; 4E7J A; 1ATN A; 2E88 A; 4Z4G A; 1KQS M; 2H3G X; 1KC8 O; 4KB0 A; 4WYB A; 1XC9 A; 3VEV A; 3LDL A; 1DTT A; 3WQU A; 4J2D A; 2VQF K; 2NRT A; 2BDP A; 1SL1 A; 4RW6 A; 4DS5 A; 4FWM A; 4A2B A; 4JAX A; 3A5N C; 3LM9 A; 2HOE A; 1RBT A; 4KTQ A; 5I9E B; 5AQX A; 3SV4 A; 1BG3 A; 5HLF A; 3BDP A; 1KTQ A; 2HW3 A; 3WXJ A; 2QWL A; 3DRR A; 4BWM A; 1RIL A; 1YHQ N; 3H45 C; 5DM7 L; 1N5Y A; 3L2U A; 3SUP A; 1VAZ A; 1R59 O; 5KQ8 A; 2NRX A; 3TAB A; 1NJX A; 3SPZ A; 4Z0U A; 3I56 N; 4M3X A; 1HJR A; 4EP5 A; 3O8M A; 1RT6 A; 3A5M C; 4DQQ A; 5HBM A; 4DV3 K; 1HX1 A; 1RT3 A; 3THY A; 4DR6 K; 4DR4 K; 4CVN E; 1D5A A; 3EE8 A; 3NVM A; 4IG3 A; 3MCP A; 3VGM A; 4I9L A; 5GAD P; 4Q0B A; 4IO9 L; 3RR8 A; 5AFU H; 3TAM A; 3VF6 A; 3LP0 A; 4F8R A; 1HJO A; 2E2P A; 2E4L A; 4CK1 A; 4WFN L; 2QA4 N; 1I94 K; 3WXM B; 4CES A; 2Y1I A; 5AZJ A; 4N56 A; 2ETJ A; 1LV5 A; 1W0H A; 1NBW A; 3S3O A; 1TAQ A; 3NBP A; 1Q9Y A; 1WSJ A; 4B9Q A; 3MEC A; 1NOY A; 5SWM A; 1S5J A; 1X3N A; 3L4Q A; 4H0V B; 3WNH A; 1VSK A; 2P9N B; 2OYQ A; 4RTF D; 1WNS A; 3CJB A; 4E1N A; 3L2W A; 1HYS A; 3HPH A; 1NGE A; 2VWK A; 1C6V A; 3FFI A; 4DUZ K; 3VGL A; 3HP6 A; 5FPD A; 3TAG A; 2IAJ A; 4A61 A; 2YKN A; 3VQ6 A; 4KPY A; 4CF1 A; 3ID6 A; 1HNW K; 1BQN A; 4AHT A; 3H1Q A; 4I6M B; 1CZ9 A; 2YNF A; 2HHT A; 3DXK A; 1S1T A; 3CJA A; 4CJR A; 4CI6 A; 2DPN A; 2YV0 X; 3G10 A; 1NGF A; 3MWP A; 1N36 K; 3SAH A; 4BR4 A; 2LSN A; 1UOC A; 3V1O A; 5HRR A; 1HRH A; 2HVH A; 1Q8I A; 2QXL A; 5HRN A; 1XHX A; 4RG8 A; 2ZGZ A; 4C8L A; 1HNI A; 2YNH A; 2P9I A; 1VHX A; 3F5T A; 3ZLJ A; 4IJA A; 3LAN A; 4PKH A; 3BUZ B; 4OJR A; 3BY5 A; 5FLX O; 1K9M O; 1U6Z A; 4O55 A; 4DF8 A; 1BIU A; 4PWD A; 4DTX A; 2E2O A; 4CJ5 A; 4WCE L; 4FLZ A; 1R0A A; 3PIP L; 3CYM A; 1KLN A; 3DLL L; 1RBU A; 1RTJ A; 3O1B A; 1N6Q A; 2P5O A; 3RR7 A; 4BC3 A; 4CZJ A; 2F8S A; 4FK2 A; 4JKD A; 2IVN A; 2Q1N A; 3J8A A; 1SKW A; 3CFR A; 3T1H K; 5I42 A; 4YY3 K; 3NMU A; 3VA3 A; 4DSJ A; 3QER A; 3TAQ A; 1WN7 A; 4Y0W A; 5E84 A; 1ZBL A; 1EO1 A; 4CZE A; 3JS6 A; 3CCE N; 3SAG A; 3TSU A; 3V9S A; 4B9V A; 4FLV A; 1E4G T; 1A5V A; 1N32 K; 4DTU A; 2RE2 A; 4CZF A; 3KLE A; 1HPZ A; 3FLC O; 1S1U A; 4JYA K; 3P4I A; 3KLF A; 1K6Y A; 3A5O C; 2W6K A; 4K8Z A; 3KD1 E; 4B3R K; 1LAW A; 5H1S Q; 2YNG A; 3VEN A; 4CF9 A; 3LP3 A; 2ZJR L; 4ILG B; 3FE1 A; 2KKZ A; 1RGI A; 3J81 O; 1L3T A; 3TR8 A; 3T7Z A; 3OYM A; 1SV5 A; 2IOC A; 3VQ9 A; 3AV9 A; 4KV8 A; 1TK8 A; 1T8E A; 4CZL A; 1QQO A; 1VSJ A; 3B6P A; 4BRL A; 4OX9 K; 1FKP A; 4JK9 A; 5DM6 L; 4CIG A; 2VGN A; 5FPM A; 3S3M A; 2P9L B; 5M1K A; 4B9L A; 2IS3 A; 5AQK A; 1JCF A; 1MA9 B; 2KHO A; 4ZHR A; 3ZSW A; 4EAH D; 1GLC G; 1O13 A; 3NH0 A; 3JYT A; 3T3F A; 3CC2 N; 5AQS A; 2W40 A; 2QWM A; 4PL7 A; 3CET A; 4FM0 A; 1QTM A; 4LH4 A; 4NXN K; 2NLX A; 4BR2 A; 4OPK A; 3LDN A; 1TV6 A; 2CH5 A; 4DV6 K; 3AVI A; 1JXB A; 3DOK A; 3CCU N; 3K2P A; 2F9W A; 4JKF A; 2OCE A; 1TYQ B; 5KPT A; 3C6A A; 2R7Y A; 3VQA A; 5BRD A; 3LP2 A; 4JI7 K; 3ID8 A; 3QEP A; 3ZSR A; 2UYT A; 4CW7 B; 3TAN A; 2ITG A; 3G25 A; 1Z25 A; 3FFK B; 3KWG A; 3K5L A; 1J54 A; 5AQQ A; 5AR0 A; 4CZG A; 2FC0 A; 3THX A; 5EX5 A; 5KPR A; 1BOT O; 3L6Q A; 1BDG A; 3E9O A; 4M7Y A; 4H5R A; 2PYJ A; 1ZBS A; 2ZWH A; 4C1N K; 2HBK A; 3U8X A; 3AAR A; 4L3Q A; 1B9F A; 2Q0R A; 1L3S A; 1S3X A; 4GVE A; 2OTL N; 4FLY A; 2ITM A; 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2OZM A; 4AHS A; 2ASO A; 3CXC M; 4ILH A; 2OPQ A; 2PFU A; 4KI4 A; 2OAN A; 2OPR A; 4LF8 K; 3C7N B; 1J9A A; 1HMV A; 3VN5 A; 5BN8 A; 4NLB A; 3L3V A; 3A2F A; 1XMO K; 3UKR A; 3WNG A; 2ZF5 O; 5AQL A; 3JSM A; 2KLA A; 2F8T A; 4YOX A; 4B1W B; 4FM2 A; 4ISE A; 1Q81 O; 3R9P A; 2HVI A; 3MN7 A; 4OGE A; 3ZT0 A; 4HCC A; 4JS4 A; 1OH6 A; 1TL1 A; 4GV3 A; 3SUN A; 3VQQ A; 1U2V A; 3T69 A; 1T3V A; 1KFS A; 2E1Y A; 2KW4 A; 2AP1 A; 2D1K A; 4E89 A; 3CCR N; 1RNH A; 3DRP A; 3SNN A; 1J53 A; 3HL8 A; 1JLB A; 1GLE G; 4B3M K; 1S22 A; 2ZQB A; 4PL8 A; 1QQC A; 4BDY A; 2I7N A; 3KHY A; 4JKA A; 4M42 A; 3PIO L; 3EZW A; 1Q86 O; 3O4W A; 4JS5 A; 2WTU A; 1ZBH A; 4FWN A; 4FJ9 A; 3IS9 A; 4F9O A; 4JD2 A; 2DY4 A; 3OYG A; 1XNQ K; 3P38 A; 4AM7 A; 1ZYQ A; 3MX2 A; 4CHO A; 1VSM A; 2RPI A; 4OKK A; 3J80 O; 2D0O A; 3B6O A; 3GBT A; 4FM1 A; 4DTO A; 4WQ4 A; 4LF9 K; 4HUF A; 3CF5 L; 4E7H A; 5BR9 A; 2HBJ A; 3ZET A; 2XO7 A; 2A42 A; 3EL2 A; 1QQN A; 3AA5 X; 4FK4 A; 4MLH A; 3BZK A; 4YOU A; 4DQR A; 3VGK A; 4M63 C; 1NK9 A; 3RRG A; 5JLH A; 1KAX A; 1KRP A; 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