The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3T1Y K; 4KHP K; 5IWA K; 5LL6 Z; 4JI7 K; 4X66 K; 4JI5 K; 4LFA K; 4LFB K; 4LF5 K; 4JV5 K; 1XMQ K; 2F4V K; 4LF8 K; 4YY3 K; 4DV7 K; 5IT9 O; 4X64 K; 4JI2 K; 4DV4 K; 4DR2 K; 2UXB K; 1N33 K; 4JI6 K; 1XMO K; 4GKK K; 1IBL K; 3JAM O; 3J80 O; 4DR1 K; 1HNX K; 3J7A P; 1XNQ K; 4DV0 K; 2VQE K; 1HR0 K; 4LF4 K; 4DR5 K; 1J5E K; 4DR4 K; 4NXN K; 4B3S K; 4CW7 B; 4LFC K; 4JI1 K; 4DUZ K; 3OTO K; 1FJG K; 2ZM6 K; 4YHH K; 5LMU K; 1HNZ K; 4DV2 K; 4DUY K; 5FLX O; 2HHH K; 2UUB K; 2VQF K; 4JI4 K; 3J81 O; 1N36 K; 4DR3 K; 4V19 S; 5BR8 K; 3T1H K; 4GKJ K; 4DV3 K; 5LMN K; 1I94 K; 2E5L K; 4B3M K; 2UU9 K; 4DR7 K; 1N34 K; 5AJ3 K; 1XNR K; 1HNW K; 2UUC K; 4JI8 K; 4DV5 K; 4DR6 K; 1IBK K; 4LF7 K; 4DV6 K; 4JYA K; 4CVN E; 4JI0 K; 4B3T K; 4B3R K; 2UUA K; 4AQY K; 4DV1 K; 4X62 K; 4LF6 K; 4JI3 K; 4LF9 K; 4OX9 K; 4K0K K; 3J7Y P; 2UXD K; 1IBM K; 2UXC K; 4X65 K; 1N32 K; 4NXM K; 5A2Q O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O9Q A; 2IGI A; 4QAG A; 4NB4 A; 5IWA K; 1QZ5 A; 3OYC A; 5CZ1 A; 1P90 A; 4DFP A; 1M1K O; 2VGN A; 4LFA K; 2P9K B; 4BAC A; 3TR8 A; 4JV5 K; 2ETJ A; 4PUO A; 2HHS A; 2NRZ A; 3S3M A; 3NH0 A; 1X3N A; 4CE9 A; 4RWT A; 1IG9 A; 1BDG A; 1C0M A; 1NJW A; 1WN7 A; 3L2Q A; 3EKS A; 1X9J A; 3CC2 N; 4GKK K; 3E9L A; 1WSI A; 4B9Q A; 1VQM N; 5KPZ A; 4BRQ A; 1QQM A; 1LW2 A; 3CQY A; 2FXU A; 5EVZ A; 4B3S K; 2H3G X; 3MN9 A; 1QSS A; 4FYD A; 4IO9 L; 3HYF A; 1UAX A; 3FZM A; 4MO4 A; 1S1T A; 3NAE A; 1BHL A; 4K25 A; 2A1S A; 2NUB A; 3U3G A; 1FJG K; 2GV9 A; 1W9H A; 3LM9 A; 4IEE A; 1VSD A; 3ZSV A; 1S1X A; 1L3V A; 3LP1 A; 1RIL A; 2QWQ A; 4DUY K; 3LP0 A; 3AVH A; 5AQI A; 4FLY A; 1SQK A; 4OKE A; 3WXK A; 4W5T A; 1BA1 A; 3M3Z A; 4CF0 A; 3J8A A; 2GBZ A; 1Z25 A; 3CPE A; 3CPW M; 5JVH L; 3V1Q A; 3H08 A; 3RTV A; 1TK5 A; 1RTI A; 3ENB A; 5E84 A; 1MA9 B; 4WQ5 A; 4O5B A; 2RE2 A; 4E0D A; 1C0G A; 4DR7 K; 2Y1J A; 1RDD A; 4IOX A; 4MDA A; 4CJL A; 4FCY A; 1WSF A; 4CJ3 A; 1QVG M; 1KVA A; 3K2P A; 4MQ3 A; 3HBT A; 5C2F A; 1EWQ A; 2PYL A; 4IFV A; 4DS4 A; 2QKK A; 1NKC A; 3ZT0 A; 1HYS A; 2Z1H A; 1VSL A; 1U4B A; 1ZBS A; 5M1K A; 1RTH A; 3M8R A; 5CY4 A; 3TAP A; 4I9Q A; 1Y64 A; 3NBP A; 4CZE A; 3QFP A; 1QSL A; 3SJH A; 1K8K A; 1T7P A; 3OYN A; 5J2N A; 1SL2 A; 5A2Q O; 1BCM A; 1KAZ A; 4B9L A; 1N8R O; 1QHT A; 5F0X A; 1VQ8 N; 1BI4 A; 3VF4 A; 1NJZ A; 1S22 A; 3VTH A; 3C94 A; 4LFB K; 3U8X A; 1OVQ A; 2OZM A; 4F3O A; 4CIE A; 1KLM A; 3MEG A; 3TAM A; 4WFA L; 1O13 A; 4PL7 A; 3DLH A; 4CHQ A; 1JCE A; 1SZ2 A; 1JXB A; 3NVM A; 4BGB A; 4EP4 A; 2HHT A; 1GLB G; 4DV4 K; 4DR2 K; 2FSN A; 3TSP A; 3GG4 A; 4FLU A; 3L0Q A; 4M63 C; 3CFP A; 1NKB A; 4B9T A; 2QWR A; 3O9T A; 4BRD A; 1VQ6 N; 1J9A A; 3QEP A; 3LPT A; 1C1B A; 1BUP A; 1Q82 O; 5KQD A; 2BTF A; 5AZJ B; 4DR1 K; 1NU0 A; 3LWM A; 2VQE K; 3CYM A; 1J5O A; 4DR5 K; 2KLA A; 5JVG L; 4A5B A; 3NF6 A; 2NRV A; 4DTU A; 4BRP A; 1RGI A; 4CI6 A; 1TYQ A; 1UWB A; 1GLA G; 2E6M A; 4KH6 A; 3U9Z A; 3CM5 A; 1ATR A; 1RT5 A; 3I33 A; 4FSV A; 2ZM6 K; 3A2F A; 5TKY A; 3VQ6 A; 4B08 A; 5DK5 A; 4DU4 A; 3A8Y A; 4DV2 K; 1CXU A; 4KB1 A; 5C25 A; 2YCH A; 4JI4 K; 4FLX A; 4FZY A; 2IAJ A; 1S3X A; 5LJV A; 4O0I A; 4KTZ A; 4AHV A; 5KPR A; 4OVL A; 4CEC A; 1YAG A; 3PO4 A; 2W41 A; 5TKW A; 2ITG A; 3AVI A; 5BR8 K; 5JS1 A; 4MLE A; 2DPN A; 4BDY A; 3CJC A; 3A5O C; 4KI6 A; 1I94 K; 3SQ0 A; 2PZS A; 5CHI A; 2ZGY A; 3OYK A; 4FK2 A; 1YJW N; 3V1O A; 1NGC A; 2V7Z A; 4BC5 A; 3MXI A; 2HBK A; 4CJK A; 1KVB A; 3MED A; 4LF7 K; 5GIN A; 1EXQ A; 5JIC A; 3QEI A; 2UUA K; 4DV1 K; 3K57 A; 3OYD A; 4FPA A; 4LF9 K; 4KAZ A; 3BY5 A; 4OPJ A; 3OYB A; 1VSM A; 2A3Z A; 1RTJ A; 4CZG A; 2UXD K; 5BRH A; 4CD3 A; 4CGF A; 1J53 A; 3ZSX A; 3GBT A; 1SKW A; 1KC8 O; 3LDO A; 4CHZ A; 4KHQ A; 3WNG A; 1E3M A; 1RT7 A; 3P39 A; 4YDU C; 2PY5 A; 3LM2 A; 4IWV A; 5AQT A; 4GV6 A; 4DQI A; 3KLI A; 1MDU B; 1NM1 A; 4CF8 A; 2VG5 A; 4CBW A; 2OYQ A; 3J7Z O; 1G15 A; 2F4V K; 5BRE A; 4CES A; 4C8N A; 3L2W A; 1IKV A; 2KFZ A; 1VSJ A; 2YNI A; 4JKE A; 3S3O A; 2QW9 A; 1C6V A; 2HOE A; 1ZBI A; 3O4N A; 4H0T B; 4HUG A; 4WE1 A; 1VSH A; 4A2B A; 1FKP A; 5AQV A; 3OS2 A; 3S9H A; 3F2K A; 3DRR A; 4H5T A; 4Q5V A; 3CCS N; 1NGD A; 2PAV A; 3VQ8 A; 4M41 A; 4JD2 A; 3RMA A; 4JEP A; 3EY1 A; 1A5X A; 3NDK A; 4H0P A; 3RMD A; 4LF4 K; 3V9Z A; 3TU5 A; 4CF1 A; 4CJR A; 4KKO A; 4RG8 A; 3N4Q A; 3FLC O; 1R0A A; 4CW7 B; 1QS4 A; 2P51 A; 4U67 L; 3H3N O; 4DMN A; 1B9D A; 2P9U B; 4KV8 A; 2GUI A; 4I9L A; 1QHA A; 3SV3 A; 1NKE A; 4FJI A; 3GDQ A; 3NH1 A; 2O8B B; 1RT4 A; 1RNH A; 1R59 O; 2ZD1 A; 4MDB A; 2O4G A; 2P9L B; 3R1X A; 1SL1 A; 4IJA A; 2YNF A; 2CH5 A; 4M7X A; 3O3H A; 5I42 A; 1N34 K; 2DTU A; 4AM6 A; 2F8T A; 2WBN A; 4CFA A; 1NOY A; 5SZT A; 3RWU A; 2EWS A; 5SWM A; 4DF4 A; 1I3A A; 3ZET B; 4O8U A; 3WT0 A; 4B3T K; 1S6P A; 2P9L A; 4FW2 A; 2P9N B; 3ZX0 A; 3VA0 A; 4OPH A; 2NRX A; 4HTL A; 4JI3 K; 5AQG A; 4CFB A; 1TAQ A; 1VSK A; 3OJS A; 4B3O A; 5GIO A; 1VQN N; 2IOC A; 2UXC K; 2AJQ A; 1QQO A; 2E1Z A; 4NXM K; 3ZYY X; 1BQM A; 1QTM A; 2HHU A; 4R79 A; 3P38 A; 3MWT A; 2V7Y A; 5CZ2 A; 3UKU B; 1TVR A; 2I5J A; 4BC2 A; 4IDK A; 4FWL A; 1S1U A; 5B8H A; 4I7F A; 3DMJ A; 4XH1 A; 1SV5 A; 3GL1 A; 2E2N A; 5BPL A; 4JI6 K; 4CJE A; 1XMO K; 2VWB A; 1TGO A; 4KFB A; 1W0H A; 4FLV A; 4ELU A; 3ZT4 A; 2IIR A; 4IG3 A; 3HO1 A; 1NMD A; 2ZJQ L; 4RCH A; 1RT1 A; 1ZBF A; 1RFQ A; 1XHX A; 1LAV A; 2UYT A; 1KCF A; 3LDL A; 3FFK B; 2HW3 A; 3ZEU A; 2YNH A; 5BPM A; 5HRR A; 2O8F B; 3AA2 A; 2NRR A; 4DF8 A; 2D0O A; 4FJL A; 3V9S A; 1JLA A; 4C8K A; 3SJJ A; 4CJ5 A; 4FK0 A; 3U9D A; 3OYA A; 4E7L A; 5AQX A; 1OVY A; 4BRG A; 2RF2 A; 1W2B M; 1Q18 A; 2DFE A; 2ASM A; 3KK3 A; 4JN4 A; 4FLZ A; 2OCE A; 3C6T A; 4DLE A; 1TKX A; 4CBX A; 3CFR A; 1KLN A; 2GX9 A; 2D1K A; 4H5W A; 2X6N A; 1J6Z A; 4CK1 A; 3VF6 A; 4OPK A; 1K8A O; 4FXD A; 2YJE A; 1TK0 A; 5HRO A; 4B9U A; 1NGI A; 1MU2 A; 1VQ7 N; 5C42 A; 3KKR A; 3QLH A; 3ID6 A; 5M1N A; 1TUU A; 2E5L K; 5LMN K; 2KW4 A; 1K9M O; 1KTQ A; 4BR7 A; 3CG7 A; 1RT6 A; 4E1J A; 4BRC A; 3KK2 A; 4JKC A; 3M6G A; 2HBJ A; 3TAN A; 3SQ4 A; 4TSX A; 4LH5 A; 4DHY A; 2ZGZ A; 3I0R A; 3L4Q A; 3P5J A; 1NGH A; 3LDN A; 3KK1 A; 1U2V A; 3VQQ A; 1IO2 A; 3HP6 A; 4DSL A; 4K0K K; 2QTD A; 3P1G A; 4E1N A; 3LAM A; 2NNW A; 1YIJ N; 4ELV A; 3KLH A; 4FZZ A; 4DTP A; 1KSP A; 3M8P A; 3PY8 A; 4JI7 K; 3BEX A; 4H8K A; 3RVC A; 1KXP A; 2Q0R A; 3CI5 A; 1NK5 A; 1JLE A; 3RRH A; 1CZ9 A; 3MN6 A; 4PKH A; 5FRN A; 2E2Q A; 3WXI A; 5HRS A; 3FZH A; 1VRU A; 5AFU A; 4Z4F A; 2FSJ A; 4H0Y B; 3HVT A; 4NLC A; 4BRM A; 4CEF A; 2BH1 A; 1BU6 O; 3V1R A; 3WEE A; 5C10 A; 4IG0 A; 1Q7Y O; 3BZK A; 4UY8 O; 2HB5 A; 5KTQ A; 3C6U A; 4FWO A; 5CR4 A; 2OPP A; 4DSK A; 4H4M A; 3GOI A; 2D0C A; 4M3T A; 1WUA A; 2HHW A; 1Q86 O; 1BG3 A; 1Q81 O; 3QNO A; 4PKG A; 3LZI A; 1WBB A; 2OPS A; 1NNE A; 1C0F A; 3HPG A; 4E3S A; 4JHD B; 4BRE A; 1JCF A; 3OVN A; 3AO2 A; 2ZE2 A; 1VSE A; 2D0B A; 4DTR A; 3P4I A; 3I56 N; 4ILH A; 2HVI A; 3LDS A; 4BDZ A; 3BGR A; 1V4S A; 3DXK B; 2G8K A; 2QM1 A; 4JKH A; 3ZLJ A; 4JHD A; 1RCH A; 4Y1C A; 3E1Y A; 1NBW A; 2OA8 A; 5AQR A; 3VGK A; 1C0T A; 4GY2 B; 4CGD A; 2P9S B; 2YHB A; 1VK0 A; 2QWP A; 1YIT N; 2G8I A; 3VPZ A; 4CHN A; 3HZ6 A; 4R5P A; 4YOV A; 3DRS A; 1SKR A; 3SBG A; 3NGY A; 3THW B; 3H1V X; 3LZJ A; 4CJF A; 4JYA K; 3DYA A; 5FDL A; 3A5N C; 4E89 A; 3AAP A; 1KD1 O; 1MWK A; 4LF6 K; 3THY B; 1NGE A; 3L6Q A; 3LPU A; 5AZI B; 1JKH A; 1NGG A; 3QEX A; 2HMI A; 3T3F A; 3OBY A; 1Z26 A; 3TTF A; 1XI1 A; 3C6H A; 3VQA A; 2HST A; 4CJ4 A; 2G8U A; 4KTW A; 4YDU A; 1Z05 A; 3FFI A; 2OTJ N; 1TKT A; 4IZ9 A; 2FC0 A; 2O4I A; 3MWP A; 2RKI A; 1JL2 A; 4B1U B; 5AQO A; 5JLF A; 4BRA A; 3SPY A; 3OYL A; 3VTI A; 1EP4 A; 2Q97 A; 4M45 A; 3IS9 A; 3S3N A; 4B9V A; 3SZ2 A; 2NRH A; 3QO9 A; 3HXM A; 3F73 A; 1IV0 A; 2D0A A; 5C2D A; 3A5M C; 2WC9 A; 2G8H A; 2Z1I A; 4A57 A; 3AO3 A; 1L3S A; 3QIO A; 4FM1 A; 2ATQ A; 1WB9 A; 3VQ9 A; 4AF1 A; 3BF1 A; 2BGG A; 1HKC A; 4JRP A; 2E6L A; 4IFE A; 1J5E K; 4JKF A; 2E2O A; 1Y97 A; 3D6R A; 2IC3 A; 2V51 B; 3FZK A; 3ULD A; 4F8R A; 4FJN A; 5HL7 L; 3ULE B; 1GOC A; 3QES A; 4KHY A; 4QOZ B; 4ICL A; 4CGI A; 4EAH D; 3K5N A; 1RDC A; 4O0J A; 3RR7 A; 1E4G T; 3CER A; 1IG8 A; 3MN7 A; 3CME N; 4YHH K; 1CZA N; 1QZ6 A; 2W6K A; 1FK9 A; 2OZS A; 1NOZ A; 4IO8 A; 3ULE A; 4CJS A; 5JMV A; 3NGI A; 4FM2 A; 1N36 K; 1NK6 A; 1HYV A; 2G8V A; 1TAU A; 1QE1 A; 1REV A; 5J2Q A; 4DB3 A; 3K5L A; 2G8F A; 1S6Q A; 2XRI A; 3A5L C; 1NJX A; 2JGU A; 5C12 A; 1V4T A; 4DV3 K; 1KFD A; 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4BRO A; 1LW0 A; 2A6A A; 4A5A A; 4HUF A; 4PQU A; 3B6O A; 3ZSY A; 2AA4 A; 3OW2 M; 4KH4 A; 4DQ8 A; 1VSF A; 3SV4 A; 4GV3 A; 3MAQ A; 4KHS A; 4IOC L; 3WUH A; 4KH5 A; 2OPR A; 2NRW A; 1N32 K; 3UKR A; 1EET A; 2A5X A; 3SUP A; 4FM0 A; 5LL6 Z; 1LOT B; 1T44 A; 3UIQ A; 2ZJR L; 4IDH A; 1NG9 A; 2IVO A; 3OHR A; 4BRI A; 4W5N A; 1Q9Y A; 4BVP A; 4ISF A; 4LF8 K; 3VGL A; 4DQR A; 1ZBL A; 4JI2 K; 3D7E O; 4DTM A; 3AVN A; 1Z6R A; 4CJP A; 3G6E N; 1WLJ A; 2F8S A; 3T1A A; 3O3G A; 4JKD A; 2RN2 A; 2CGK A; 3MEE A; 5AQS A; 3OYF A; 3PX4 A; 3KD1 E; 3OYE A; 3OS1 A; 2GEM A; 4M3Y A; 3QER A; 4I2Q A; 4CZI A; 1HMV A; 1L3U A; 2V52 B; 4JD2 B; 5E26 A; 3H46 O; 4N56 A; 3OYG A; 4KRF A; 3CMA N; 3LAN A; 5KI6 A; 3HVR A; 3EL2 A; 3QEV A; 3KIO A; 3Q7C A; 4BVO A; 5AQN A; 2KZZ A; 3VEZ A; 1YF5 L; 3QBX A; 1JLQ A; 3SYZ A; 3WXM B; 4GVE A; 3SUQ A; 2VG6 A; 1ASW A; 1NGJ A; 2YKN A; 3E9P A; 3QNN A; 3UE5 A; 4BE2 A; 2EX3 A; 4FPB A; 3CC4 N; 3T1H K; 4Z4G A; 3KWG A; 3SUN A; 4M3R A; 2BE2 A; 1DEJ A; 1XC9 A; 3CC7 N; 4JK9 A; 1U47 A; 3WQT A; 4RW6 A; 2HBM A; 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