The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-10-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LFA K; 1N32 K; 4DV7 K; 2UXB K; 4B3M K; 4JI6 K; 1J5E K; 4DR6 K; 2VQF K; 4GKK K; 5IT9 O; 4LF8 K; 4LF5 K; 4DV5 K; 4X62 K; 4JI0 K; 4DR1 K; 3OTO K; 5BR8 K; 1N33 K; 4B3R K; 1IBK K; 2HHH K; 4DR2 K; 2UU9 K; 4CW7 B; 4GKJ K; 3T1H K; 1HNX K; 4DR4 K; 5A2Q O; 4JYA K; 3J80 O; 4B3S K; 4X64 K; 5FLX O; 4AQY K; 2UUA K; 2UXC K; 4DUZ K; 4V19 S; 4JI5 K; 2UUC K; 2UXD K; 2E5L K; 4YHH K; 4DV0 K; 4LF4 K; 4X66 K; 4JI2 K; 1HNW K; 2F4V K; 4JI8 K; 5LMN K; 1FJG K; 1XMO K; 4DR3 K; 4JI4 K; 4CVN E; 4LFC K; 3J7Y P; 1HR0 K; 4JI7 K; 2UUB K; 4DV6 K; 4DV4 K; 4DV2 K; 1N34 K; 4LF6 K; 4LF7 K; 4DV1 K; 1XNR K; 4OX9 K; 1HNZ K; 4KHP K; 3T1Y K; 1N36 K; 4B3T K; 1IBL K; 3J7A P; 4DR7 K; 1XNQ K; 4JV5 K; 4LF9 K; 4NXN K; 4JI1 K; 1XMQ K; 2ZM6 K; 3J81 O; 1IBM K; 5LL6 Z; 4NXM K; 4JI3 K; 4X65 K; 2VQE K; 5LMU K; 4DUY K; 4K0K K; 4DV3 K; 3JAM O; 1I94 K; 5AJ3 K; 4LFB K; 5IWA K; 4YY3 K; 4DR5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A5X A; 4FZX C; 4W5T A; 2AP1 A; 4FVU A; 4CF8 A; 3ZET B; 4IG3 A; 2VQF K; 4GKK K; 5IT9 O; 3V9W A; 1VQN N; 5M1Q A; 1YJW N; 4PKH A; 3KLE A; 1QSS A; 3LAK A; 1LWC A; 3H1V X; 3NBP A; 1K8K A; 4DTX A; 1KRP A; 3AVB A; 2JLE A; 3LDO A; 1S9G A; 5AQS A; 2F96 A; 5CZ2 A; 4KAZ A; 4IOX A; 4JYA K; 3P1G A; 4GW6 A; 1CZB A; 2KW4 A; 3JXU A; 2E6M A; 1BCM A; 4AQY K; 2P9I A; 1NGF A; 3G6E N; 3EE9 A; 5AQO A; 4BRI A; 3LZJ A; 1VQ5 N; 1HYZ A; 3A0I X; 4U7B A; 1UA1 A; 4HTU A; 1G15 A; 4CJF A; 1IV0 A; 3LZI A; 1YIJ N; 4ID1 A; 2HB5 A; 1L3U A; 1S72 N; 1BGX T; 4DV0 K; 2G8F A; 1ZC6 A; 2HHV A; 1J54 A; 2WTU A; 2NLX A; 3OYN A; 2WOM A; 4A61 A; 4BRE A; 3VEY A; 2O4G A; 1RTJ A; 2XO7 A; 1T44 A; 3ASM A; 4LD0 A; 1BA0 A; 2XHB A; 4M63 C; 3CCJ N; 3HXM A; 3K2P A; 4NB4 A; 2OPQ A; 4AM7 A; 4FWR A; 2P9N B; 4IJA A; 4CJ7 A; 1TK0 A; 2CH5 A; 1EX4 A; 4CHZ A; 1JLC A; 4U67 L; 2HBK A; 1NWK A; 4BRK A; 2YJF A; 4M7X A; 4BDP A; 3TAR A; 2ETJ A; 3OW2 M; 1QQM A; 4IDK A; 3CC4 N; 4A59 A; 3JS6 A; 3T1Y K; 1Z6R A; 4FJ8 A; 5E84 A; 4DR7 K; 4YOT A; 1WN7 A; 4FWS A; 3THW B; 3H45 C; 4EFH A; 1VSE A; 1TK8 A; 1NK4 A; 4DSI A; 3SJH A; 2A42 A; 4J2D A; 3QEW A; 2HNZ A; 2QWL A; 1BHL A; 1I94 K; 1DTT A; 1SKR A; 2DFF A; 1N8R O; 1LWE A; 4OKJ A; 1RT4 A; 4H5N A; 4BRO A; 4PKG A; 1LW0 A; 1GLE G; 2BAN A; 4B9Q A; 5KRS A; 4LF5 K; 1NMN A; 1TL3 A; 3BUZ B; 4CJ4 A; 3O9S A; 5BR8 K; 1N33 K; 3VA3 A; 3QML A; 3WNF A; 4Z4C A; 1VRU A; 4DR2 K; 3O1B A; 4RW6 A; 2UU9 K; 1JLF A; 3NF8 A; 3WXL A; 4GKJ K; 2GUP A; 3BF1 A; 1I39 A; 4KFB A; 3EEQ A; 4JKE A; 4GV9 A; 4CI6 A; 1Y97 A; 1BL3 A; 4M45 A; 4X64 K; 1Z25 A; 2OAN A; 2YKM A; 3M8R A; 5FLX O; 1C0M A; 3C0B A; 3AO1 A; 2GTD A; 4QAG A; 3VQ7 A; 2HND A; 5BN8 A; 1C0T A; 3KWI A; 4DUZ K; 4L8R B; 5FPN A; 1X9M A; 3EN9 A; 1LAW A; 4O8K A; 2OTL N; 1Q18 A; 4B9N A; 1OH6 A; 1YHQ N; 2KQ2 A; 3SPY A; 1L3V A; 2E88 A; 4CZL A; 3L4I A; 4JI4 K; 3CET A; 4YFU A; 3ZYY X; 1OVY A; 2JWL A; 3KIO A; 1IJJ A; 1X9W A; 3L2V A; 2ZGY A; 1S1X A; 3C6T A; 1BI4 B; 3EL2 A; 3OVN A; 4RW4 A; 3NMU A; 4I7F A; 3CHW A; 3WXK A; 1GOB A; 4LF7 K; 4BVP A; 4YOW A; 5EX5 A; 3V1R A; 3CM5 A; 3KWG A; 1JXB A; 1KTQ A; 4KHP K; 3OBW A; 3FZK A; 1F21 A; 1HMV A; 3ZSW A; 1X3N A; 1GLC G; 4KTW A; 4K25 A; 2OPS A; 2YHY A; 4FM2 A; 1BDG A; 5JVH L; 3CER A; 4QS9 A; 4YOX A; 1DGK N; 2D1K A; 3A5N C; 4CBX A; 3L6Q A; 2X74 A; 1NJX A; 1VK0 A; 1EQY A; 2W40 A; 5AQN A; 4FLW A; 3PSI A; 2P9N A; 2OZS A; 2LSN A; 3KD5 E; 3DLK A; 3RMA A; 2P5O A; 1VQK N; 2KFN A; 4LFB K; 3O4W A; 1U47 A; 2Q1N A; 4B1Y B; 1HYV A; 2CGJ A; 3DLE A; 3ZCM A; 2P1J A; 3THW A; 3PUF A; 3V4I A; 4IOA L; 4OJR A; 3E66 A; 1BO5 O; 4CJW A; 3SQ1 A; 1VSF A; 5JVG L; 5C25 A; 1I3A A; 3ZX2 A; 3TAP A; 1HNI A; 4AHV A; 1HNX K; 3M3Z A; 1QS4 A; 1HJR A; 3MN6 A; 3HRG A; 5HRR A; 4AF1 A; 1C0U A; 3OYK A; 1YTA A; 3P5J A; 3UKU B; 2X6N A; 4TSX A; 1HKG A; 5FPM A; 1OKJ A; 2HF4 A; 3VF2 A; 5E26 A; 4B9V A; 1ATN A; 1TKX A; 4PWD A; 4KO0 A; 1E4F T; 2I5J A; 5HL7 L; 2PYL A; 4B1Z A; 4LFC K; 4HWI A; 1TYQ B; 3FR0 A; 4LY7 A; 3NDK A; 3CD6 N; 5CE3 A; 2Z1I A; 3K5N A; 5GAG P; 4K8Z A; 4DF8 A; 3LDL A; 5HOO A; 2FF6 A; 4GY2 B; 2RF2 A; 3DRP A; 3KD1 E; 5AQK A; 1RT6 A; 4KV8 A; 5CY4 A; 3I8B A; 3NFA A; 4BVO A; 4H0Y B; 3QER A; 4H5R A; 1HNZ K; 4CIE A; 4DLG A; 2E8A A; 5AQM A; 1RDD A; 4BG8 A; 3MEG A; 5AFU A; 1Q7Y O; 2VYP A; 3VEW A; 3VEV A; 1U49 A; 4NCA A; 4IFE A; 4NXN K; 3QO9 A; 3NF6 A; 1YIT N; 2A3Z A; 4DTU A; 1BI4 A; 3AV9 A; 1XHZ A; 4CK1 A; 3NGY A; 1O1W A; 3C6H A; 1QZ5 A; 2ASP A; 2IVN A; 3L4Q A; 4DU4 A; 3AVK A; 1T8E A; 4EZ9 A; 3CME N; 4XEI A; 4M3Y A; 3A5O C; 2F9W A; 4JI6 K; 4B1X B; 5H1S Q; 4DR6 K; 1T3V A; 3TAB A; 1Q82 O; 5C2F A; 2HBL A; 4Y1D A; 3OTO K; 1S1U A; 3CCV N; 1KAZ A; 1XWL A; 1GLA G; 1W9H A; 1YAG A; 4E0D A; 3NF7 A; 4YOY A; 3CJ9 A; 3AVG A; 4KHN A; 3DAW A; 2IIR A; 3O9Q A; 2V51 B; 2ZGZ A; 3SAF A; 3P31 A; 3CC2 N; 2W6L A; 1S1V A; 3KK3 A; 3WT0 A; 3GBT A; 3DYA A; 2NUB A; 4BR2 A; 3B6P A; 2IAJ A; 4FSV A; 1T03 A; 4CEA A; 3VA0 A; 2HMI A; 2D0C A; 3IDH A; 3O8M A; 2BE2 A; 1HKB A; 1VSD A; 4K8X A; 4NLC A; 4BRD A; 3S3M A; 1RT7 A; 2QW9 A; 1X9J A; 1XC9 A; 1W0H A; 2P9P B; 2G8I A; 1EXQ A; 1CZ9 A; 1IKY A; 3BF3 A; 2NRX A; 4NCG A; 5MLC Q; 1GLD G; 3R6M A; 4AM6 A; 3GG4 A; 2HHT A; 1WOQ A; 1XUP O; 4BDZ A; 3U4L A; 3SK3 A; 5KQ8 A; 4E19 A; 3ID8 A; 1Y64 A; 1NOZ A; 3KLF A; 1QHT A; 3M8P A; 2NZT A; 2ZJR L; 4UY8 O; 2W42 A; 5KI6 A; 4H4O A; 3T1A A; 3MDQ A; 2FF3 B; 5M1K A; 4DQR A; 4HVJ A; 4F2S A; 1TYQ A; 4DQP A; 1WNS A; 4B9L A; 1IBM K; 4KI4 A; 1C6V A; 4FM1 A; 3AAQ A; 5LMU K; 2HST A; 2O8F A; 1OH5 A; 4IG0 A; 4BRC A; 4CHP A; 4CD3 A; 3OHR A; 4BWJ A; 2P9S B; 2P9L B; 3O80 A; 5T7B A; 3DLL L; 3TAN A; 4NYN A; 3VTH A; 2FBX A; 3MN5 A; 5C24 A; 4DV7 K; 4FJG A; 3JSM A; 2QWR A; 2YNG A; 4CHO A; 3HM8 A; 2HHS A; 2BTF A; 3WNH A; 1ZBI A; 1KFS A; 4CGD A; 2F8T A; 1RTD A; 4M3T A; 4BR0 A; 4DG1 A; 1KCF A; 1TL1 A; 1EWR A; 3RMC A; 4OLA A; 3WXJ A; 4KB1 A; 2D0O A; 3EE8 A; 1J6Z A; 2F9T A; 3O5B A; 4K41 A; 4WYB A; 4BR4 A; 3FLC O; 3NGI A; 3THY B; 2UXC K; 1M1K O; 3RSE B; 4N5S A; 4C8N A; 4J2A A; 4RCH A; 3U3Y A; 2GX9 A; 1VQ7 N; 5JIC A; 3D2E B; 4GVE A; 3AVM A; 2O8D B; 3OYF A; 5AZI A; 5LMN K; 3CC7 N; 1XMO K; 4DR3 K; 3O4Q A; 4JNE A; 1NK0 A; 3H6E A; 4FOI A; 1KFD A; 5I42 A; 3THV A; 4BQZ A; 5AR0 A; 2A41 A; 5GIO A; 4WFA L; 4DFJ A; 4CHN A; 2X6S A; 2HBJ A; 2XY7 A; 1IKX A; 3HST B; 1QE1 A; 4W5O A; 5AZJ B; 4CZG A; 1M90 O; 3AGR A; 2PFU A; 4A62 A; 1JJ2 M; 1KAX A; 1XQS C; 3M8Q A; 1S1T A; 1RBU A; 1WSH A; 3HP6 A; 3C94 A; 1N36 K; 1NGB A; 4MLE A; 5BN9 A; 3HSC A; 3BP8 A; 4C8O A; 4O55 A; 3FE1 A; 4JKC A; 3FZL A; 1WAF A; 1EKE A; 1UAX A; 4FLX A; 4BRN A; 2QKB A; 4JHD B; 3N4P A; 1U2V B; 3C7N B; 5AQX A; 4JRP A; 5AQH A; 3O1W A; 4CER A; 4BRH A; 1NM1 A; 3U6F A; 3K0S A; 1ZBH A; 4J8F A; 1SL2 A; 3F2K A; 4OPA A; 3CCE N; 2D0A A; 1NK6 A; 1Z05 A; 2NRT A; 4FXD A; 2HVH A; 4FO0 A; 3VQP A; 2HW3 A; 2GWK A; 5IWA K; 4FVM A; 3L2R A; 3RMD A; 2QXF A; 1N32 K; 3CCM N; 2HMP A; 3PX4 A; 4DFM A; 3DJC A; 3SMP A; 3SAH A; 2FSJ A; 3QBW A; 3U9Z A; 3CI5 A; 1RT3 A; 4BC3 A; 4BQL A; 3VQ9 A; 3I0R A; 3ZT0 A; 4E1M A; 2P9U B; 4JKD A; 1JLG A; 2OPR A; 4E1J A; 4DB3 A; 3CFO A; 3ZSX A; 3TAF A; 5DM7 L; 4DF4 A; 1RTH A; 3MEE A; 3H46 O; 4BRF A; 1RDC A; 3IFR A; 3SUQ A; 1RDA A; 3HVR A; 3SUO A; 5SZT A; 3OYJ A; 2A1R A; 4FJI A; 3RTV A; 3J80 O; 3ATU A; 2E6L A; 2P9S A; 1S9E A; 2P9L A; 3PX0 A; 4GVM A; 5K14 A; 4ID5 A; 3ZSQ A; 2DFH A; 5EU7 A; 4E89 A; 4V19 S; 4BR5 A; 1V4T A; 4O5F A; 1NK5 A; 4CGH A; 3KLH A; 4JEP A; 3QEP A; 4BY9 C; 1HNW K; 3M5R A; 5CYQ A; 4PL7 A; 4DSL A; 4WE1 A; 4H0P A; 1T7P A; 4FZZ A; 2JGU A; 3HI0 A; 4ILG B; 4QOZ B; 1VAZ A; 5C2D A; 4I9Q A; 4K43 A; 3J7Z O; 4FL9 A; 1B9F A; 4BE0 A; 1WBB A; 3HPH A; 4Y0W A; 2IC3 A; 1WAJ A; 4OKK A; 4JAX A; 4IZ9 A; 5J2N A; 5KPZ A; 3THY A; 4WQ4 A; 1RIL A; 3AA3 A; 3RSE A; 3VQ6 A; 4BC2 A; 5GAH P; 4JK8 A; 4MFB A; 3SLC A; 4E3S A; 1DT9 A; 2YJE A; 3D2E A; 1HX1 A; 4B3T K; 1YXQ A; 4FW1 A; 5AQP A; 2IVO A; 4YOU A; 4RG8 A; 1NKE A; 4H0V B; 4LF9 K; 1NMD A; 5HRP A; 3OS2 A; 4WF9 L; 3V1Q A; 1RNH A; 3F73 A; 5ADX H; 2F7T A; 4CED A; 4DUY K; 3T19 A; 2O8B B; 3OYG A; 3K59 A; 3ULD A; 4IJN A; 4ISG A; 3WUH A; 4DFP A; 4JRQ A; 2EHG A; 1U4B A; 5EXW A; 2A6A A; 4N47 A; 3A5M C; 3QNO A; 4BAC A; 3FFI A; 1VSH A; 2UYT A; 1JKH A; 1WSI A; 4CJR A; 1J9A A; 5M1N A; 1J5E K; 2OYQ A; 2G8H A; 5AQR A; 4JHD A; 3MK6 A; 1NKB A; 2ZQB A; 1U2V A; 2I7P A; 1RT1 A; 3C7N A; 3MX2 A; 4CZH A; 3L3U A; 4IXC A; 4DQ8 A; 4A2B A; 2GUI A; 4ILH A; 2HHU A; 5GIN A; 4WQ5 C; 4FJH A; 4FWQ A; 1TGO A; 3PSF A; 5A2Q O; 2QTD A; 4N76 A; 2DY4 A; 3CCU N; 4B8C A; 2ZF5 O; 2FBY A; 3MMV A; 4FJM A; 4CZF A; 4CCH A; 1QVG M; 3TTD A; 4KBO A; 4DTP A; 3LP3 A; 3KLG A; 4FWK A; 5CZ1 A; 2VWK A; 4ZTJ A; 2CGL A; 5B8H A; 1JCG A; 2ZE2 A; 4BE2 A; 5FRO A; 3OYM A; 5LJV A; 5C15 A; 3K58 A; 4M3W A; 3VES A; 2PY5 A; 5C0Y A; 1NGH A; 2NNW A; 3OYA A; 4CZJ A; 3CFP A; 1HUX A; 3C95 A; 5FDL A; 4KRF A; 3ZET A; 4CJK A; 5HLF A; 2VG6 A; 3OBY A; 1HPZ A; 2DTU A; 4OO1 J; 4CGG A; 3TWH A; 2QWN A; 1VQM N; 4KRE A; 2W41 A; 4B3O A; 3WEE B; 4MDB A; 4IWV A; 1KVB A; 1GLL O; 4OLB A; 3EZW A; 3V6D A; 2Q31 A; 3OYC A; 1NU0 A; 2ZJP L; 3CG7 A; 1KXP A; 1XHX A; 3WQU A; 3IAY A; 4EZ6 A; 4B9M A; 1ATR A; 4NXM K; 2Q36 A; 2ASO A; 3NAE A; 1J5O A; 3DLH A; 3OJS A; 1BIZ A; 4RW8 A; 3TU5 A; 3LM9 A; 3QFU A; 3BEX A; 4PY5 A; 4DU3 A; 4KH6 A; 4CGF A; 3AY9 A; 3ATV A; 3HBT A; 3QES A; 1NNE A; 3RWU A; 2O8C B; 4PL8 A; 4OPH A; 4LF8 K; 3VPZ A; 3KK2 A; 1VQL N; 4E7K A; 3BZK A; 3S3O A; 5JS1 A; 4C8K A; 2HBM A; 2NRZ A; 3V81 A; 3PO5 A; 1QZ6 A; 4CZM A; 2QWM A; 4O0J A; 2PYJ A; 4QS8 A; 3TSU A; 3O4N A; 1RT5 A; 2O8B A; 4JN4 A; 2E2O A; 4JKF A; 3SQ2 A; 3HPG A; 1HYS A; 3C6A A; 2CGK A; 2VWB A; 4CGJ A; 4A5B A; 4KPY A; 4I9L A; 2V52 B; 3E9P A; 3P39 A; 4YOR A; 2YNF A; 4XH1 A; 4HTL A; 3E9L A; 3DOL A; 4EIA A; 4JI8 K; 4J2B A; 2ZWH A; 1WBD A; 1SQK A; 2D0B A; 3PX6 A; 4MLH A; 4FJL A; 2E2P A; 4CF0 A; 1VSL A; 5GIP A; 3LWL A; 4DV4 K; 1TK5 A; 1Q9Y A; 3OA9 A; 1IH7 A; 1IG9 A; 5AQZ A; 3PO4 A; 4O4G A; 4PQU A; 2QI2 A; 3CJA A; 1WB9 A; 1CLQ A; 3WXM B; 4PA1 A; 4CK2 A; 2BUP A; 3LAL A; 3CCQ N; 1IBL K; 4BC5 A; 2G8K A; 3J7A P; 1YVU A; 1REV A; 4BRQ A; 5KPR A; 3CJB A; 3AVI A; 3D2F B; 4RW7 A; 3ITH A; 3O9T A; 4EAH D; 4FW2 A; 4OKE A; 3PY8 A; 3KTQ A; 1NK7 A; 4CF1 A; 5M1P A; 4CEF A; 2ZM6 K; 3OS0 A; 4DTJ A; 5BPM A; 4FLZ A; 3SJJ A; 4C8L A; 1JL1 A; 4M7Y A; 1EET A; 2O4I A; 3CJ1 A; 3MN9 A; 3GDQ A; 3AVN A; 3C6U A; 1RT2 A; 4JK9 A; 3RR8 A; 1JLB A; 3VQ8 A; 1SKW A; 4BDY A; 4YDU C; 3CJC A; 2A40 A; 3VQA A; 4HUG A; 3QBX A; 4OVL A; 2UXB K; 3WEE A; 4FLV A; 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