1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
5ADXH 1HJOA 2FF6A 4H0PA 2ZGZA 1YXQA 3FGUA 2D0PA 5JLHA 3CJ7A 3O1WA 4BQLA 2BUPA 3LDNA 4FL9A 3WQUA 5KPRA 1NWKA 4B1ZA 4BRKA 4BG9A 1TYQB 1NGGA 2YCHA 3EL2A 3VETA 1JCGA 4CD1A 2GWJA 4O5FA 2HF4A 2QWPA 4H0VB 1KAXA 3UKRB 3L0QA 1K8KA 5BPMA 4EHTA 1R59O 2VWBA 3VGLA 3U4LA 1EQYA 4YDUA 5E26A 5FPMA 3FFKB 4CZHA 5AQZA 4JD2B 2VCPA 1XQSC 3FR0A 2GUPA 3CQYA 1RFQA 3HTVA 3HZ6A 5LJVA 4BRIA 2P9LB 3ATUA 4ISEA 3VENA 3C7NB 5AQWA 4CZFA 3M6GA 4B9QA 3D2EB 5ELZA 3ZX2A 1U6ZA 2IVNA 4BC3A 1TUYA 4JNEA 5EVZA 3GE1A 4EHUA 3MK6A 3CERA 4CZKA 1G99A 3HI0A 5EY4A 3VGMA 2IVOA 4BVPA 2CH6A 4BQZA 1GLAG 5AZIA 5AZJA 2ITMA 3GBTA 3O80A 2GWKA 4H5RA 2VYPA 2E2PA 5I9EB 5KPZA 1V4TA 1GLLO 4QS9A 3RSEB 1HKCA 3AAPA 2IVPA 3SMSA 3H1VX 4IJNA 2CH5A 2E2NA 4CZGA 3CJCA 1H1VA 3AY9A 3MN9A 5JICA 2P9PA 1ATSA 2CGKA 1QZ5A 2P9NB 4ISFA 4XH5A 4E1JA 4M63C 2D0OA 4QS8A 4FWNA 3A8YA 1CZAN 5BRFA 3EZWA 3QMLA 4HWIA 2Q2RA 2A3ZA 2A42A 1LCUA 2A5XA 4GY2B 2E8AA 3ENHA 1HLUA 2GTDA 1SZ2A 4EFHA 3D2EA 3DXMA 2ZF5O 3TU5A 4WQ5C 2V52B 3VERA 3ZETB 4AM7A 5AQOA 3M1FA 5F1XA 3VEVA 3ID8A 3EKUA 4BR4A 4BRAA 1GLJO 1T44A 5AQUA 3F9MA 4FOIA 4RTFD 2ASOA 4JHDA 2QWRA 2WUSA 3M3ZA 4H03B 3D7EO 4PKGA 3UKUB 4A2BA 3JS6A 4JN4A 3QICA 1V4SA 5AR0A 3CJBA 1S3XA 1WOQA 1XUPO 3S41A 4F9OA 2P9IA 2NZTA 3BP8A 3CIPA 1MWKA 2GEMA 3I8BA 1IG8A 2CGLA 2D4WA 1GLDG 4WQ4A 3H46O 1NM1A 3O08A 3HSCA 3WXJA 4BGBA 2BTFA 2NLXA 3EN9A 4FWPA 3WT0A 4FSVA 3SLCA 1BWFO 3WEEA 1NMDA 4FWOA 4BREA 2QM1A 2F9TA 4B1XB 4BC4A 3FLCO 2ASMA 3VF4A 3CJ9A 3MN5A 2W41A 3EO3A 5ADXA 2E1YA 3QDKA 1XC3A 5AQFA 1MDUB 4EIAA 2FSJA 3B8AX 5JMVA 3LDPA 3VOVA 2P9UA 2PBDA 4CZEA 2J4RA 2V7ZA 4I6MB 4O8KA 3H1QA 4CZIA 3FZLA 3KVGA 3J8AA 1ATRA 3CI5A 3P4IA 3ZEUB 4FWRA 2FXUA 3AARA 4NO7A 3QB0A 1BG3A 3ULEB 3CJAA 3ENOA 1DGKN 3W3DA 5AQGA 3O5BA 5EXWA 1U2VA 3DJCA 3H6EA 4H0TB 3MDQA 4AM6A 4FWKA 1Q18A 4BR7A 4K43A 4FWQA 4M7XA 3FE1A 1Z05A 5JLFA 4QS7A 4CBXA 3VESA 2HMPA 3A5MC 5AQTA 4CD3A 5KPTA 1QHAA 1BUPA 2NRHA 2EWSA 1TYQA 4WQ5A 3H3OB 1SQKA 4H0OA 2I7NA 4XH4A 3UKRA 4HTLA 5BPNA 2E2QA 1GLBG 3R6MA 2P9KB 5BR9A 3IDHA 4CZLA 5EX5A 5FPEA 3O1BA 3AAQA 5AQMA 1BO5O 1NGFA 3HM8A 3VGKA 1RDWX 4JD2A 4B1UB 4IXCA 1QQOA 2YHXA 4NB4A 3ZEUA 4DB3A 4PL7A 3BUZB 4BC5A 2FSNA 2E20A 3I33A 1HKGA 3BEXA 2YHWA 4BGAA 4BROA 2P9LA 3U9DA 4BRMA 3D2FB 3C7NA 3QBXA 4BRCA 4BR2A 4H5NA 3VEWA 4FPAA 2IIRA 1NGEA 4DHYA 2E2OA 4BRFA 1RGIA 3O6WA 3WUHA 1BOTO 4J8FA 3FZMA 4MLEA 1J6ZA 2E1ZA 4H5WA 1LOTB 4K42A 5BRDA 2Q97A 3VPZA 1P8ZA 2QWNA 3FZFA 4EAHD 1HPMA 3SMPA 5AQKA 4H0YB 2Q31A 4Y0WA 1KAZA 2A41A 3LDQA 3UE5A 4H0XB 5LJWA 2QW9A 5AQXA 2F9WA 2UYTA 5FPNA 4BR9A 1QZ6A 3RSEA 2Q1NA 1DEJA 3KHYA 4XEIA 5BN8A 1K8KB 3TPQA 3JXUA 4MO4A 3VEOA 1NLVA 1QQMA 1ZXOA 5AQQA 1BA0A 3VF2A 3HBTA 1T6CA 3O4WA 3U9ZA 2P9NA 4LC9B 3A5NC 1T6DA 4A2AA 4BC2A 3R8EA 4CJ7A 4MO5A 2ZWHA 2AP1A 3GL1A 3DXKB 1X3MA 2AA4A 2HOEA 3FZHA 4B1YB 3A5OC 1SAZA 1JCEA 1E4FT 4BVOA 1TUUA 4DCHA 1NBWA 5AQYA 3MN6A 4B1VA 4FO0A 3ZETA 3WXIA 2FF3B 4Z94A 2V7YA 4KBOA 4RCHA 2Q36A 5BN9A 3VF6A 5AQHA 2PAVA 2H3GX 5KQ8A 4FWSA 5AFUH 2KHOA 2QWQA 2OANA 3R9PA 5AZJB 5AZIB 4K25A 3UKUA 4BG8A 3A5LC 4BRPA 2CGJA 3LM9A 3U8XA 5BPLA 3WXLA 2I7PA 4K41A 3IMXA 2Q0UA 2FSKA 1GLFO 3L4IA 3WXKA 5AFUA 2P9SB 4A61A 1DKGD 3C0BA 1HX1A 3O8MA 4FPBA 2P9PB 5FPDA 2GELA 4BRLA 1ATNA 4WQ4C 4XH1A 3G25A 1NGIA 4IO8A 3MCPA 1MWMA 3DXKA 3ZX3A 2DPNA 3VEXA 5AQRA 1ZBSA 2QWOA 1X9JA 3CQXA 4L3QA 3LDOA 1S22A 3MMVA 3MN7A 5BREA 1NGHA 3DXMB 1NGBA 1BDGA 5AQLA 2A40A 1YUWA 1GLCG 4MLHA 2QXLA 3ZX0A 4C23A 3DWLA 3GG4A 2ASPA 4BRGA 4WYBA 4BRNA 3GDQA 3L6QA 3LDLA 4I6MA 5CE3A 5AQVA 4YDUC 5F2RA 3QBWA 4JHDB 4A62A 1MA9B 2W40A 1E4GT 3H45C 4BR0A 4CBUA 2YJFA 5F0XA 1IJJA 4RWTA 2P9IB 1NGAA 1QQNA 3ULEA 4H5VA 2E88A 5AQJA 3SJHA 4FWLA 3UB5A 1Z6RA 1NGCA 4FOEA 2P9SA 1Y64A 5AQNA 3SK3A 3LL3A 5BRHA 1X3NA 1KAYA 1ESVA 4CBWA 1JCFA 1HUXA 4H5TA 4CZJA 5B8HA 4IJAA 3ATVA 4DQ8A 4JAXA 3CJ1A 3WEEB 3A0IX 3OHRA 2FLOA 1NGJA 4GNIA 1NGDA 1KXPA 3QFUA 4IZ9A 1GLEG 3LM2A 2ZGYA 3BF3A 1YVNA 4IWVA 1ZC6A 4M7YA 3VEYA 4B1WB 2V51B 2YHYA 3DAWA 3IUCA 2A6AA 3WQTA 2P9KA 3QFPA 2YJEA 4PKIA 2P9UB 5KQDA 5E84A 4BRDA 1YAGA 1OKJA 5LY3A 2HF3A 3FZKA 4PL8A 2Q0RA 4PKHA 3W0LA 5AQSA 4BRHA 2D1KA 3GOIA 3H3NO 3KZBA 1C0GA 1WUAA 3BF1A 4CZMA 1D4XA 4FWMA 1BU6O 5TKYA 3CHWA 3D2FA 5AQPA 2YI1A 4BR5A 1C0FA 3VEZA 4BRQA 4CI6A 1BA1A 2QWLA 3EKSA 3IFRA 1U2VB 2QWMA 4ISGA 3CETA 5EOYA 5AQIA 1HKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KB1A 1HJOA 2XRIA 2FBTA 1YXQA 5K14A 3U3GA 2X78A 4PHTX 1KRPA 4DV5K 3O9SA 4DR2K 1IKXA 4WE1A 4DU4A 1TYQB 1WLJA 1NGGA 2YCHA 1JCGA 3UKRB 1KAXA 1R59O 2VG7A 3KTQA 2F96A 3U4LA 4CGGA 5E26A 1VSMA 3EYZA 2XY7A 1W2BM 3SAFA 1LAVA 3MWTA 5AQZA 3SV4A 1B9FA 3QINA 3CQYA 1WSGA 5LJVA 1FKOA 3ATUA 3VQQA 1XWLA 3PV8A 3C7NB 1NK9A 3CCUN 5IT9O 2ZM6K 4DV6K 3F5TA 3ZX2A 4FJKA 4NCAA 4B9VA 1BHLA 5EVZA 4K8ZA 3NF7A 3G6EN 4CF2A 3T3FA 1QS4A 2IOCA 3CERA 3OYIA 4OGCA 5EY4A 1KLNA 1HNIA 5AZIA 1LV5A 1K9MO 2ITMA 3RMDA 3O80A 5M1FA 2VYPA 3DI6A 3PLAA 1OH8A 3PSFA 1V4TA 3RSEB 4E0DA 2IVPA 3VQ5A 1XMQK 4DU3A 2CH5A 2E2NA 4GKJK 4CZGA 3EE9A 5CHIA 4PY5A 4AHCA 1VQ8N 1TKDA 2HHSA 4AHUA 2DFEA 1ATSA 1YJ9N 4JRPA 1S9GA 4FVUA 4GVMA 3DYAA 5TKWA 1BCMA 2HBJA 1RDDA 3KK3A 4CJ5A 1HNZK 2GTDA 3KWIA 4EFHA 1VSKA 3D2EA 4JI4K 2ZF5O 2RHKA 2YNGA 5LL6Z 3VERA 3ZETB 1M1KO 4NLCA 5AJ3K 4AHTA 4L8RB 1GLJO 3U6FA 1NK4A 3OBWA 3OYCA 3D7EO 3UKUB 4IG0A 4A2BA 4OKJA 4FVMA 4FJNA 1RDUA 2IS3A 1RT3A 2W6KA 3BP8A 3SBGA 1OH7A 2GEMA 2PY5A 2O8EB 4KAZA 2HBMA 4WQ4A 1JLCA 3F2KA 3H46O 2KQ2A 3O3HA 4B08A 3L2QA 3WXJA 3EN9A 1EO1A 1K6YA 4DF4A 3WEEA 2QM1A 2F9TA 4BC4A 3THXB 3QO9A 5FDLA 2W41A 1HNVA 3EO3A 4JK9A 3VQ8A 1Q81O 4DFKA 5HROA 4EIAA 5JMVA 3N4PA 4YOVA 4CZEA 2J4RA 4I6MB 4ILGB 1BGXT 1WSEA 1SKSA 3SQ1A 4OJRA 3VQAA 4CJVA 1ILYA 3CI5A 1O1WA 3AO4A 3AARA 4Z0UA 3QB0A 3ENOA 3W3DA 1HR0K 4IDHA 1L3UA 3G10A 3O4QA 4I9LA 3CM6A 3QNNA 1HMVA 3DJCA 3IRXA 3AGRA 4FJ5A 4E89A 5DM6L 3HK2A 4BR7A 1JLFA 3V9WA 5JLFA 1JLQA 3BGRA 4LFAK 2HMPA 4JKGB 1OVYA 5KPTA 2E6MA 1QHAA 1C0MA 3C6HA 3H3OB 2I7NA 2Z1GA 4DV2K 4CIFA 4HTLA 5BPNA 3NF9A 1EWRA 4CZLA 3SCXA 2XO7A 3S3OA 4DSJA 3HM8A 4CE9A 4JD2A 2JGUA 4IXCA 4NB4A 4DB3A 4OKKA 3KLGA 3BUZB 2FSNA 3J7AP 1ZYQA 3BEXA 4J2DA 2VG5A 1NGEA 4FJHA 3TAQA 4KHWA 3K5MA 1VQ7N 1BOTO 3VMFB 1TKTA 1J6ZA 3ZT1A 2QWNA 3FZFA 4DTMA 4Z4HA 4X62K 3SMPA 1A5VA 4DWIA 4BY9C 2Q31A 2QK9A 2VWKA 5LJWA 2QW9A 5AQXA 3J81O 2F9WA 2UYTA 5FPNA 1C1AA 1YIJN 1KVCA 4IOAL 3JXUA 3PIPL 3VEOA 1KFSA 1QVGM 3CC2N 1J9AA 5AQQA 4CJQA 5GINA 3O4WA 3U9ZA 1TK8A 1TKXA 1T6DA 3R8EA 2ZE2A 3AO2A 1KVBA 1HRHA 3RRHA 5C25A 4YHHK 3QERA 1TGOA 1O13A 1QSYA 3OS2A 1TUUA 4CECA 2OZSA 5AQYA 3MN6A 4B1VA 3WNHA 2FF3B 3VF6A 3VQ6A 2PAVA 3OYHA 5KQ8A 3O9RA 2KHOA 1NKBA 4BG8A 4DUYK 3NHGA 5BPLA 3C6TA 3WXLA 3F73A 3IMXA 5D3GA 1BISA 4Y1CA 2FSKA 1YF5L 3L4IA 2P5GA 4NXMK 3TI0A 2P9SB 2P9PB 3M5RA 2HHTA 4BRLA 4XH1A 4CJRA 2BANA 3MCPA 3DXKA 2DPNA 3VEXA 3MXMA 1VQ6N 3CQXA 2P5OA 3MMVA 5BREA 4QAGA 5A2QO 2QA4N 3DXMB 3G71N 1BDGA 1GOAA 3QEWA 4LFBK 1JLBA 2QXLA 1NU0A 2ASPA 3ZYYX 4HVJA 4WYBA 1RBTA 2OTJN 5AQVA 4YDUC 2YNIA 4QOZB 4CJEA 5H1SQ 3AO3A 4FLWA 1NJXA 1E4GT 3KLIA 3H45C 3LP1A 4CBUA 4Z4FA 1IKVA 1NGAA 4CJ3A 3MX2A 3T1AA 4CHYA 3SJHA 3UB5A 5JS1A 1Z6RA 4FOEA 5HRPA 1GOCA 1JCFA 1TVRA 3M8SA 3TTDA 1HUXA 3VQBA 4H5TA 3OY9A 3QIPA 2R7YA 4N47A 2GV9A 5E41A 3ZSVA 3E9PA 4FK2A 1KXPA 3QFUA 4IZ9A 3LM2A 1VRTA 4C8KA 1ZC6A 1HNWK 2YHYA 3L3UA 3M8PA 2QEXN 1VQON 3S3NA 4IOCL 5KQDA 3MAQA 1HYVA 3AVBA 3OYJA 4PL8A 4F3OA 2Q0RA 5DMRA 4YFUA 1XI1A 3HO1A 1OH6A 1NKCA 4DR3K 2ZJPL 3CFPA 1C0GA 2FBXA 1BU6O 5TKYA 2NRWA 4FLYA 4QCLA 1WAJA 2YI1A 4CEQA 2O8CA 1Q9XA 5EU7A 4C8NA 1NK6A 4BR5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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