1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
5010015020025030035040045001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
50100150200250300350400450400300200100
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV8 (66-69)S1 (8-10)TIV5 (41-44)TIV1 (12-15)S3 (33-35)S2 (16-18)TI1 (62-65)TIV3 (23-26)AH1 (50-62)S6 (101-102)TIV6 (42-45)TIV7 (65-68)TIV25 (234-237)TIV9 (72-75)O3 (179-181)S4 (78-80)O2 (132-134)TIV13 (134-137)S5 (87-89)AH5 (153-158)TIV10 (91-94)TIV12 (127-130)O7 (343-345)TIV11 (103-106)AH2 (109-117)AH3 (120-127)TIV29 (283-286)AH7 (184-190)AH4 (139-148)TIV14 (148-151)AH6 (166-173)TIV15 (159-162)S7 (163-165)TIV16 (173-176)TIV24 (230-233)TIV22 (210-213)TIV23 (212-215)TIV21 (208-211)TIV17 (190-193)TIV18 (191-194)TI4 (194-197)3H1 (203-207)TIV19 (195-198)TIV20 (207-210)AH8 (246-253)S10 (289-294)S8 (263-266)TII1 (258-261)S11 (298-305)TIV27 (266-269)S9 (270-273)O5 (279-281)TIV28 (276-279)O6 (296-298)TIV30 (284-287)AH10 (376-400)AH9 (311-318)TIV31 (318-321)TII'1 (322-325)TIV32 (319-322)3H2 (328-331)TIV33 (331-334)TIV34 (332-335)TI'1 (340-343)O8 (346-348)TVIII2 (348-351)TII'2 (353-356)TI7 (369-372)TI8 (373-376)TIV36 (370-373)AH11 (417-424)O11 (434-436)TIV37 (404-407)TI10 (412-415)TI9 (411-414)S13 (431-433)TIV38 (436-439)TIV42 (451-454)TIV43 (457-460)TVIII3 (453-456)TI13 (461-464)TIV45 (460-463)O1 (106-108)O10 (367-369)3H3 (425-427)AH12 (439-447)TI12 (447-450)TI2 (71-74)TI5 (334-337)AH13 (481-484)TIV46 (477-480)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
3G25A 3R8EA 3WXIA 2GUPA 3WXJA 3VEYA 3EZWA 3IDHA 2OANA 4WQ4C 1MWKA 5AQXA 4NO7A 4BREA 2FF6A 4RCHA 4IXCA 3GG4A 3KZBA 1CZAN 3A5MC 4DHYA 1QQMA 3JS6A 5AFUA 4K41A 4BRDA 1JCEA 4H0XB 4BRIA 4B1ZA 1DEJA 3W3DA 1TYQA 1QQOA 2HMPA 3D7EO 4H0OA 3C0BA 1XUPO 3UKUB 4J8FA 4BRLA 3VGLA 4BRHA 5AQQA 1GLLO 3D2FB 2FLOA 3M1FA 4XEIA 4YDUA 3HI0A 4F9OA 3MCPA 3P4IA 1X3NA 4WQ5A 3VOVA 2Q1NA 4CZEA 3DJCA 4PKGA 4CI6A 1X9JA 3D2EA 4BRKA 3DXKA 2P9LA 5AQYA 3F9MA 3SMPA 4BC5A 2P9PB 1YXQA 3WEEA 1SAZA 2YJEA 2YJFA 3O08A 2W41A 5AFUH 3LDNA 5BN9A 1HKGA 3MN7A 3LL3A 3O5BA 1GLAG 1BDGA 3H6EA 3UKRA 5JICA 2F9TA 3MN9A 3VGMA 1YAGA 4PL7A 3RSEB 4BQZA 5FPDA 4A2AA 4RWTA 5ELZA 4FWLA 1HPMA 1U6ZA 2NZTA 2CGLA 2FSNA 4H5TA 3A5OC 3WXLA 5BRHA 1Q18A 1NGGA 4A61A 4BG9A 2P9UA 1GLBG 3WEEB 3FLCO 5B8HA 2E1ZA 2H3GX 3O1BA 3O80A 3LDOA 4E1JA 4WQ5C 2E2NA 2I7NA 2D1KA 3A5NC 5F0XA 4B1YB 1NGJA 4LC9B 3LM2A 4CBXA 4CZGA 3GL1A 4H5RA 5AQHA 4O5FA 4EHTA 1HJOA 3L6QA 4BR9A 4H0PA 1TUYA 3O6WA 5JLHA 2FXUA 2QWOA 1NGDA 5AR0A 1KAZA 1BOTO 3FZHA 5AQSA 4JHDA 4CZLA 5KPTA 5KPRA 1NGFA 2ASMA 4DB3A 2V7YA 3H3OB 3EKUA 5AZJA 1V4SA 1QHAA 1S3XA 2QWLA 2E88A 1V4TA 3BEXA 3FE1A 4KBOA 2J4RA 4XH4A 1NMDA 2QWNA 1S22A 3ULEA 5E26A 4JN4A 3GDQA 3FZFA 2D0OA 5AQRA 2QWMA 1TUUA 3DXMA 4BRAA 3VEOA 1DKGD 5F1XA 1YUWA 2PAVA 3CI5A 4B1XB 2AP1A 3C7NB 1E4GT 3H46O 5AQNA 1WUAA 4FL9A 4BGAA 3U9DA 2E20A 2GWKA 2HF4A 1NGHA 5AZJB 3ZEUB 1BG3A 2VWBA 4IJAA 3ULEB 5BPLA 3QFUA 4WYBA 3MDQA 3ZX0A 1JCFA 2V7ZA 5AQPA 1MA9B 1ZBSA 2ZGZA 4MO4A 4FWNA 5F2RA 2QWQA 2ASPA 4CZKA 2P9NB 5AQUA 4CZHA 1ZXOA 4ISFA 3L0QA 5BRFA 1K8KB 3CJBA 5EX5A 2W40A 3CERA 2P9KB 3FZKA 1GLFO 1RDWX 2Q0UA 5AQGA 3O8MA 2Q2RA 3TU5A 4CJ7A 4QS8A 4IWVA 5FPMA 4CD1A 4K25A 2ZF5O 5AQWA 4CZIA 1NGEA 4FPAA 4XH5A 3FGUA 2F9WA 3FZLA 3L4IA 4O8KA 4H5VA 3CQXA 4H0VB 3R6MA 5LJVA 4FOEA 3S41A 5TKYA 3IMXA 5BPMA 3FR0A 2E2QA 3LDQA 3VPZA 3QB0A 2P9SA 1TYQB 3H45C 3IUCA 2A5XA 2IVNA 1Z6RA 1Y64A 2YI1A 3HTVA 2Q36A 3ZX3A 2VCPA 4FWKA 5EY4A 2CGKA 4C23A 4PKIA 3GOIA 2GTDA 5ADXA 1MWMA 3R9PA 2UYTA 3GBTA 3CQYA 3ID8A 4HWIA 4BC4A 3MMVA 4I6MA 4FWMA 4ISGA 4K43A 4CZFA 2E8AA 2P9IA 2PBDA 1WOQA 4B9QA 3D2EB 3DXKB 5AZIA 3SK3A 2P9LB 4M63C 4FWQA 1ATSA 3VEXA 5I9EB 1RGIA 4BRNA 4BVPA 2QWPA 2V52B 4YDUC 4K42A 3UKRB 1NM1A 1GLJO 3FZMA 4B1UB 4EIAA 1QQNA 3HZ6A 3MK6A 4CBUA 2FF3B 4AM6A 4BRCA 1P8ZA 3O4WA 2KHOA 4FO0A 1IJJA 4ISEA 3UB5A 3WUHA 5ADXH 1NBWA 2BUPA 5KQDA 1ATRA 1KAXA 1HUXA 3LM9A 1BA1A 2P9UB 3ENHA 3BF1A 1T6DA 3CHWA 5KQ8A 3HM8A 3CETA 2EWSA 3HBTA 3UE5A 1ATNA 4BR2A 2V51B 3VF6A 3VERA 3LDPA 2QM1A 4JD2A 3BF3A 4AM7A 4BC2A 1NLVA 2NLXA 2Q0RA 3ENOA 1SQKA 4BC3A 3SMSA 4BR0A 3OHRA 4BVOA 4B1VA 2ZWHA 3VETA 4MLHA 4HTLA 2CH6A 4H0TB 5E84A 4CZMA 4WQ4A 1HLUA 4A62A 2QWRA 1HKBA 2IVPA 1HX1A 2BTFA 2QW9A 4JHDB 4BRFA 3BP8A 4H0YB 4GY2B 1Z05A 4NB4A 2VYPA 3VEWA 4H5WA 4FPBA 1LCUA 5BPNA 3ATVA 2E2PA 3GE1A 3QDKA 3TPQA 3QBXA 1QZ6A 5CE3A 2ASOA 3DAWA 3EKSA 5AQVA 3CJCA 2D4WA 5AQLA 4BR5A 4BROA 4CZJA 1EQYA 3A8YA 3DXMB 3W0LA 4FWOA 4MLEA 4H03B 1NGBA 4JNEA 1NGCA 5AQZA 3JXUA 4XH1A 4H5NA 3SJHA 1NGAA 5AQTA 3ZX2A 3QICA 3UKUA 3AY9A 3I8BA 4RTFD 5EVZA 5JMVA 2FSJA 3J8AA 4DCHA 3H1QA 2YHXA 3D2FA 3O1WA 3CJ7A 3VENA 1C0FA 3QMLA 2E2OA 3SLCA 5BN8A 2Q97A 3CIPA 1DGKN 4BRQA 5LJWA 3I33A 3ATUA 2A40A 2HF3A 5EXWA 2IVOA 4PKHA 2P9PA 3H1VX 4EHUA 4BGBA 1SZ2A 2DPNA 1H1VA 1ESVA 5LY3A 3IFRA 2GEMA 1G99A 1U2VA 5AQOA 3RSEA 1GLEG 2I7PA 3WQTA 2AA4A 3AARA 1HKCA 2YHWA 3CJ9A 4Y0WA 1BO5O 4PL8A 1BA0A 3B8AX 1QZ5A 3EN9A 1BU6O 4QS7A 4DQ8A 4IZ9A 2P9SB 3M6GA 3QFPA 4FWSA 5AQJA 3U8XA 1R59O 5BREA 3CJAA 4L3QA 1GLDG 1C0GA 2FSKA 4FOIA 4M7YA 5AQMA 3WT0A 1U2VB 3VEVA 3KHYA 1XQSC 1KXPA 1D4XA 5JLFA 2YHYA 1JCGA 4EFHA 1NWKA 2HOEA 4EAHD 4I6MB 4BG8A 2GELA 2P9IB 3VGKA 3A0IX 1NGIA 4BR4A 4CBWA 5AZIB 2IIRA 1KAYA 3MN5A 2A3ZA 2A42A 4IJNA 2QXLA 5EOYA 4BR7A 3M3ZA 3U9ZA 3VESA 1J6ZA 3HSCA 2CH5A 2GWJA 3VEZA 2YCHA 1RFQA 1T6CA 3WQUA 2E1YA 3ZETA 2NRHA 5AQFA 3LDLA 1XC3A 3A5LC 4FWRA 4BQLA 5AQKA 3QBWA 1E4FT 1LOTB 2A6AA 4Z94A 1OKJA 4IO8A 4FWPA 5KPZA 2Q31A 3H3NO 2WUSA 3U4LA 4QS9A 1T44A 4FSVA 3C7NA 2CGJA 3CJ1A 1IG8A 1X3MA 3ZETB 5BR9A 1BWFO 3DWLA 3ZEUA 3WXKA 1GLCG 3KVGA 4JD2B 3AAQA 3AAPA 5AQIA 5FPNA 4CD3A 3EO3A 4MO5A 1BUPA 4BRMA 4BRGA 4M7XA 3VF4A 2D0PA 1ZC6A 4GNIA 2P9NA 3MN6A 3VF2A 3BUZB 1YVNA 3EL2A 2ZGYA 1K8KA 2P9KA 5FPEA 4BRPA 1MDUB 4A2BA 3FFKB 2A41A 4JAXA 4B1WB 5BRDA 2ITMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVKA 3WXIA 3IDHA 3SV4A 4DQQA 4K8ZA 5AQXA 4MQ3A 4BREA 4DTRA 4IXCA 2WFBA 3RRHA 1CZAN 3A5MC 4DHYA 4K41A 3THYB 2BANA 4H0XB 1DEJA 4WFNL 4FW1A 4CFDA 1TYQA 3V9XA 4DFMA 3HXMA 2OYQA 4H4OA 1XUPO 3ZSQA 4YORA 1KRPA 5H1SQ 4BRHA 1GLLO 1DLOA 2FLOA 4HCBA 4F9OA 4IDKA 4DF4A 2VG6A 3THVA 2Q1NA 3LAMA 3HL8A 2NUBA 4KFBA 4OPAA 4CIGA 3NH2A 4CEZA 4BRKA 3DXKA 4AF1A 1WAJA 4M45A 3TAMA 3I0RA 3SMPA 4JI6K 3QEVA 4CECA 3WEEA 1SAZA 2YJEA 2Z1HA 2W41A 5AFUH 4DTSA 4JKHA 4CJSA 4A5BA 3EYZA 1REVA 2X6SA 3G0ZA 4DR3K 1VSEA 4RWTA 4CHOA 3TARA 3WXLA 5BRHA 2HNZA 1Q18A 2ZJRL 4NLCA 4A61A 2P9UA 1HNIA 3WEEB 4GVMA 3FLCO 2E6MA 5B8HA 1ASWA 1GOBA 5M1PA 3O80A 3P38A 4E1JA 3AVMA 4WQ5C 2E2NA 3H08A 2D1KA 3K5LA 1NGJA 2WC9A 4CZGA 4H5RA 4Z4GA 4CJ5A 3MWTA 3PX6A 3L6QA 1NOYA 3HP6A 4DU1A 1S6QA 5JLHA 2FXUA 3OYNA 2RN2A 5FROA 4CGHA 4KTZA 4KH5A 3PO5A 3SAFA 4DR4K 5C25A 3O9UA 3CCEN 4DB3A 1S1WA 5C12A 4QAGA 3H3OB 3JYTA 2W42A 1QHAA 1QVFM 2VG5A 2QWLA 3CYMA 3V4IA 1V4TA 2E6LA 2HHTA 3FE1A 2YNHA 3MXMA 2QWNA 5E26A 4M3XA 3THXB 2D0OA 4ID1A 2QWMA 1HNWK 4BRAA 1DKGD 4FJ8A 1VSHA 2AP1A 3C7NB 3B6PA 3H46O 2O8CB 1WUAA 3U9DA 4ILGB 2GWKA 1TKDA 3K59A 1X9WA 3L2UA 4ICLA 1NMNA 1UAXA 4FJXA 3NE6A 4DKWA 3MDQA 3MEDA 3ZX0A 1JCFA 5AQPA 3RMCA 1VSIA 2QWQA 2ASPA 4CZHA 2P9NB 4B9VA 4FVUA 3F9KA 3G6EN 1K8KB 4CEQA 2W40A 4Z4IA 5HP1A 4E0DA 3SNNA 1VSMA 1VRTA 3TU5A 4CJ7A 4YOUA 1S1TA 4RG8A 1U45A 3NF9A 4FPAA 4XH5A 1RDUA 1WBDA 4G1QA 2F9WA 3FZLA 3N4QA 3HYFA 1UWBA 4H5VA 4FYDA 1LWEA 5BPMA 3I8DA 1T05A 1LV5A 4F3TA 3KD5E 3QB0A 3IUCA 3KK1A 1IBKK 3ZX3A 1RNHA 2VCPA 4FWKA 1J9AA 5EY4A 2CGKA 4C23A 4JI2K 4YOYA 1LWFA 3GOIA 1MWMA 4DV1K 4F2RA 3GBTA 1SV5A 2ZD1A 3LAKA 4FWMA 1R0AA 2PBDA 4FJ5A 1WOQA 3CCSN 4B9QA 3RRGA 4F4KA 3D45A 1RILA 1ATSA 1RTHA 4YY3K 4JRQA 2OTJN 5GAGP 4BVPA 2QXFA 1XWLA 4K42A 1NM1A 3FZMA 1VSDA 4B1UB 4I9QA 4YOWA 2VGNA 5HOOA 3VTIA 4AM6A 5M1KA 3V1RA 2YHAA 2D5RA 1IJJA 4GV6A 3S3MA 4E3SA 2BUPA 4YOXA 2NRTA 5KQDA 4RW9A 4Y1DA 1HUXA 3TTDA 4AHVA 2RHKA 1BA1A 1YJ9N 1NKCA 5KQ8A 2EWSA 3KK3A 5KRSA 3AV9A 4CJ3A 3UE5A 3NVKA 2XRIA 5C24A 4BR2A 2LSNA 3SQ2A 4AHCA 2QM1A 3T19A 4BC2A 4BE0A 2JWKA 3MX5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AVK A;  3WXI A;  3IDH A;  3SV4 A;  4DQQ A;  4K8Z A;  5AQX A;  4MQ3 A;  4BRE A;  4DTR A;  4IXC A;  2WFB A;  3RRH A;  1CZA N;  3A5M C;  4DHY A;  4K41 A;  3THY B;  2BAN A;  4H0X B;  1DEJ A;  4WFN L;  4FW1 A;  4CFD A;  1TYQ A;  3V9X A;  4DFM A;  3HXM A;  2OYQ A;  4H4O A;  1XUP O;  3ZSQ A;  4YOR A;  1KRP A;  5H1S Q;  4BRH A;  1GLL O;  1DLO A;  2FLO A;  4HCB A;  4F9O A;  4IDK A;  4DF4 A;  2VG6 A;  3THV A;  2Q1N A;  3LAM A;  3HL8 A;  2NUB A;  4KFB A;  4OPA A;  4CIG A;  3NH2 A;  4CEZ A;  4BRK A;  3DXK A;  4AF1 A;  1WAJ A;  4M45 A;  3TAM A;  3I0R A;  3SMP A;  4JI6 K;  3QEV A;  4CEC A;  3WEE A;  1SAZ A;  2YJE A;  2Z1H A;  2W41 A;  5AFU H;  4DTS A;  4JKH A;  4CJS A;  4A5B A;  3EYZ A;  1REV A;  2X6S A;  3G0Z A;  4DR3 K;  1VSE A;  4RWT A;  4CHO A;  3TAR A;  3WXL A;  5BRH A;  2HNZ A;  1Q18 A;  2ZJR L;  4NLC A;  4A61 A;  2P9U A;  1HNI A;  3WEE B;  4GVM A;  3FLC O;  2E6M A;  5B8H A;  1ASW A;  1GOB A;  5M1P A;  3O80 A;  3P38 A;  4E1J A;  3AVM A;  4WQ5 C;  2E2N A;  3H08 A;  2D1K A;  3K5L A;  1NGJ A;  2WC9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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