1XUPO

Enterococcus casseliflavus glycerol kinase complexed with glycerol
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
YVMAIDQGTTSSRAIIFDRNGKKIGSSQKEFPQYFPKSGWVEHNANEIWNSVQSVIAGAFIESGIRPEAIAGIGITNQRETTVVWDKTTGQPIANAIVWQSRQSSPIADQLKVDGHTEMIHEKTGLVIDAYFSATKVRWLLDNIEGAQEKADNGELLFGTIDSWLVWKLTDGQVHVTDYSNASRTMLYNIHKLEWDQEILDLLNIPSSMLPEVKSNSEVYGHTRSYHFYGSEVPIAGMAGDQQAALFGQMAFEKGMIKNTYGTGAFIVMNTGEEPQLSDNDLLTTIGYGINGKVYYALEGSIFVAGSAIQWLRDGLRMIETSPQSEELAAKAKGDNEVYVVPAFTGLGAPYWDSEARGAVFGLTRGTTKEDFVRATLQAVAYQSKDVIDTMKKDSGIDIPLLKVDGGAAKNDLLMQFQADILDIDVQRAANLETTALGAAYLAGLAVGFWKDLDELKSMAEEGQMFTPEMPAEERDNLYEGWKQAVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of Enterococcal Glycerol Kinase in the Absence and Presence of Glycerol: Correlation of Conformation to Substrate Binding and a Mechanism of Activation by Phosphorylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Enterococcus casseliflavus
total genus 85
structure length 487
sequence length 487
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2004-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
O PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1xupO01
3A5MC 1T6DA 5BN8A 3FFKB 1XQSC 3BEXA 3VOVA 3EO3A 2Q0RA 2YHYA 3LDQA 3VEVA 2GWJA 4FO0A 4H5NA 3VEOA 3VF4A 5KPRA 3O1WA 4EIAA 4CD1A 2CH5A 4FWRA 2E1ZA 2VCPA 1NGBA 4FSVA 1P8ZA 1X3NA 3JS6A 3H3NO 4H0TB 1E4FT 3O08A 2PBDA 1HLUA 4MLEA 5BRDA 2FSKA 2I7NA 2FSNA 5BPMA 3C0BA 3D2EB 4CI6A 3O4WA 4BROA 4BGAA 1Z05A 4EFHA 4HWIA 1YVNA 3MDQA 1NLVA 3WXLA 2D0PA 3RSEA 5KQDA 2A40A 1KXPA 4XH5A 1DGKN 4FWOA 4BRPA 2YHXA 2D0OA 3VEXA 3VGKA 1JCFA 2QXLA 1S3XA 4AM7A 2E2NA 4EHUA 3BP8A 3LDOA 3OHRA 5BREA 3FZKA 3FZLA 5LJVA 3HBTA 1YUWA 4QS9A 4FPAA 3M3ZA 3MN6A 2V7ZA 3CHWA 5AQLA 3QICA 1ZBSA 2P9LA 3CJ7A 1KAZA 3CQYA 3ENHA 3A5NC 4JD2B 3VGLA 2E2PA 2Q1NA 3VEZA 3SK3A 5BPLA 5EXWA 1YXQA 2Q2RA 3SMSA 5AFUA 3QBXA 5KQ8A 3DAWA 1HX1A 4QS8A 4H5WA 3HM8A 2Q31A 3ZX3A 4CD3A 4BVOA 2P9LB 1C0GA 2ASOA 2NZTA 3D7EO 4O8KA 4FWLA 3BUZB 1LOTB 2ITMA 4IJNA 4BQZA 4BRGA 5AQNA 4JAXA 1OKJA 1NGDA 2J4RA 3VETA 1NGJA 4CZHA 2V51B 4BRCA 2Q0UA 2Q36A 1GLLO 4BG9A 3EKSA 5TKYA 2AP1A 5AQZA 3GE1A 4FPBA 3ZETA 1XC3A 4CZGA 1R59O 4LC9B 1NGAA 4BRNA 3TU5A 3WQTA 4BR4A 3ATVA 1BU6O 2HMPA 2QWMA 3HI0A 1NGIA 5FPMA 5JLHA 1WOQA 4H0XB 3UKUA 2GWKA 2OANA 3H45C 1BO5O 5KPTA 3ZEUA 2A41A 1TUUA 3G25A 4ISGA 4H0VB 4CZMA 4MO4A 5AZIA 4BRAA 2DPNA 3QBWA 3C7NA 4BRIA 1J6ZA 3UKUB 1SAZA 3R9PA 2P9KA 3ZX0A 4E1JA 3CETA 3R6MA 4CZFA 4CZLA 3SJHA 2FXUA 2P9UA 4B1ZA 2GELA 3GG4A 4FWPA 3VF6A 4PL8A 3C7NB 3A5OC 3TPQA 1JCGA 4M7XA 3WEEA 3FZFA 4NO7A 1BG3A 2P9KB 3A8YA 4XH1A 3LL3A 4BRMA 5AQHA 2P9SA 3I8BA 3VEYA 3DXMB 2A5XA 4GNIA 4H0PA 2VYPA 5KPZA 2FSJA 4K43A 4FWMA 4BR9A 1GLFO 1NGFA 1TUYA 3U8XA 5AQPA 4K25A 3QMLA 3VPZA 1U6ZA 1X9JA 4WQ5C 4B9QA 5BRFA 3GOIA 3VENA 1BA0A 3I33A 3CJBA 3FLCO 1XUPO 5AZJA 1GLEG 5F0XA 2QWPA 4B1VA 4CZKA 2CGLA 2GUPA 4IJAA 4RTFD 4FOEA 4K41A 3UKRA 2WUSA 1V4TA 4BVPA 4BRFA 2GEMA 4H0YB 4F9OA 1D4XA 3L4IA 4MO5A 2IIRA 1E4GT 2ZWHA 1H1VA 2AA4A 4A2BA 5AQGA 4B1YB 2V52B 1HKGA 5AQRA 1Q18A 4DHYA 3RSEB 1HUXA 3L0QA 2CH6A 4RCHA 3GL1A 5AFUH 5EVZA 1NGGA 1IJJA 2E2OA 3JXUA 5EY4A 4WQ4C 5AQJA 3A0IX 3LDNA 1RGIA 1ZXOA 3O8MA 1SZ2A 4IWVA 5EX5A 4BR7A 4IZ9A 4CZIA 1NWKA 3FE1A 3O80A 4BQLA 3H1QA 2A3ZA 2D4WA 5AQMA 4PKGA 2D1KA 3H46O 1WUAA 1NMDA 4RWTA 1MWMA 3QB0A 1BA1A 4JN4A 5AQFA 5JMVA 5AQKA 1G99A 4JNEA 3BF1A 4HTLA 5LJWA 1QZ6A 2QW9A 3QDKA 3B8AX 3H6EA 3M6GA 3AAPA 1HJOA 3CERA 1QQMA 4BR2A 1Z6RA 1RFQA 3VEWA 2A42A 1GLAG 3GDQA 2ZGZA 4BRHA 2I7PA 3O5BA 3ZETB 1KAYA 2E8AA 2YHWA 3DXKA 1QHAA 3IUCA 4M7YA 1T44A 4H0OA 4BRKA 5AQWA 3CIPA 4PKIA 2UYTA 4BC4A 3LM2A 1BDGA 3O6WA 4I6MA 4BC3A 4CBUA 5E84A 4BC5A 4EHTA 4IXCA 5JLFA 2HF4A 2GTDA 2BTFA 3MK6A 1S22A 3DXKB 3WQUA 4H03B 2P9NA 1QQNA 3LDLA 4BRDA 3ZEUB 5LY3A 5AZIB 5JICA 4Z94A 3D2FA 1DKGD 1NBWA 5BN9A 3CI5A 4YDUC 1ATSA 3KVGA 1K8KA 3UE5A 1GLBG 2P9NB 2P9IA 4J8FA 4FWQA 3HSCA 1YAGA 3AARA 4IO8A 5AR0A 1NGCA 1ATRA 2E2QA 2YCHA 2P9UB 1TYQA 3U9ZA 2F9TA 2P9PA 3HTVA 5AQIA 2FF3B 5BR9A 2E1YA 3AAQA 3L6QA 1BOTO 3WEEB 3DWLA 2E20A 2QWRA 4A61A 2P9SB 3EN9A 4NB4A 3ENOA 2E88A 3MN5A 2HF3A 4H5TA 3UB5A 4BG8A 4B1XB 1QZ5A 3FR0A 3ATUA 3CJCA 4DCHA 3IFRA 4BR5A 3H3OB 4FWSA 1MDUB 4WQ5A 5F2RA 1CZAN 4JHDA 3KHYA 2IVOA 2F9WA 1T6CA 3D2EA 3M1FA 1NM1A 2CGKA 5EOYA 4B1UB 2YJFA 4XH4A 1HPMA 5AZJB 3KZBA 4ISEA 4A2AA 3VF2A 4XEIA 2PAVA 3UKRB 2KHOA 3F9MA 5AQQA 4JHDB 5AQTA 3VESA 3S41A 4BC2A 2V7YA 2H3GX 4WYBA 3BF3A 2ZGYA 1BUPA 2FF6A 4C23A 3IMXA 2QM1A 5E26A 3SLCA 3MN7A 1V4SA 3CJ1A 2IVNA 4EAHD 4BGBA 3EL2A 4FOIA 4BRLA 3EZWA 5AQSA 1NGHA 5BRHA 3CJ9A 3J8AA 3U4LA 4K42A 2QWOA 4JD2A 4WQ4A 3FGUA 1HKCA 3LM9A 3MCPA 5CE3A 1RDWX 3LDPA 4H5RA 1NGEA 1JCEA 5ADXH 3ZX2A 2A6AA 3P4IA 3DJCA 3R8EA 3A5LC 4O5FA 3SMPA 3H1VX 4QS7A 3MN9A 3VERA 5B8HA 5AQYA 4L3QA 4PKHA 5ADXA 2CGJA 4GY2B 1EQYA 3GBTA 1KAXA 1MWKA 2YI1A 2ASMA 1IG8A 3AY9A 2EWSA 1GLJO 4M63C 3CQXA 3HZ6A 3IDHA 4DB3A 3WXIA 3QFUA 4AM6A 1DEJA 4FWKA 1GLDG 1X3MA 2YJEA 3QFPA 5AQXA 1GLCG 3FZHA 3MMVA 2ASPA 4H5VA 2QWLA 4BR0A 1C0FA 2W40A 5I9EB 4ISFA 4FL9A 1HKBA 2ZF5O 2W41A 1MA9B 3VGMA 2IVPA 5AQVA 4MLHA 2QWNA 2QWQA 2VWBA 4CBXA 5AQUA 1ATNA 2NLXA 1QQOA 4I6MB 3WXKA 4Y0WA 1ESVA 3U9DA 5BPNA 2BUPA 4KBOA 4PL7A 3FZMA 3O1BA 4BREA 5FPEA 3W0LA 4BRQA 5AQOA 4A62A 1Y64A 2FLOA 1SQKA 2Q97A 4CZJA 5FPDA 3ULEA 1U2VA 4CJ7A 4B1WB 3D2FB 3EKUA 2HOEA 3ID8A 3WUHA 3W3DA 4YDUA 1LCUA 5ELZA 4CBWA 3WXJA 1K8KB 1ZC6A 5FPNA 1BWFO 2P9IB 4CZEA 3CJAA 3DXMA 4DQ8A 3WT0A 3ULEB 1U2VB 1TYQB 4FWNA 5F1XA 2P9PB 2NRHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CERA 5BR8K 3EO3A 4A5AA 4AILC 1HNWK 2HNDA 4FO0A 4FJGA 4LF9K 1XNQK 4CHOA 1QE1A 4FWRA 2WOMA 4KB0A 4OLBA 3KLIA 4G1QA 1VSDA 3AVLA 1X3NA 3H3NO 3SNNA 4DFPA 3LZJA 2FSKA 3L4QA 1RDCA 2OZSA 3NMUA 1WSGA 3LALA 5CHIA 3NCIA 4CI6A 2B4JA 3O4WA 4CGHA 4CJUA 4DS4A 2O4IA 2EHGA 4HWIA 3J7YP 3TAMA 1GOBA 3MXMA 1VQ7N 5JVGL 3RSEA 1RTDA 2Y1JA 3AVHA 1DGKN 4KTZA 4YOVA 2VQFK 1Q8IA 2HBLA 4BRPA 1ZBFA 3VEXA 1JCFA 4DG1A 1FKPA 5J2MA 1S3XA 2E2NA 3HP6A 1C0UA 3FZLA 1IV0A 1VQLN 4QS9A 4FPAA 3VQAA 3ZSYA 4B9VA 3QICA 4E0DA 5HOOA 1VSKA 1KAZA 3CJ7A 3ENHA 4KO0A 4ELTA 4Z4IA 4AHUA 4X62K 5KQ8A 1HR0K 4LH5A 4QS8A 3V9UA 3OYBA 4CEOA 3OTOK 4DTPA 4O8KA 3BUZB 3CF5L 1RT4A 3PIPL 4IJNA 5C2DA 4BQZA 5TKWA 4KRFA 5C0YA 3VETA 2V51B 1NK9A 4W5NA 2Q36A 1N32K 3AVIA 3OYMA 4CZGA 3TAQA 2VGMA 2IAJA 3VQDA 3ATVA 1LWFA 1BU6O 2HMPA 4FK2A 2DFFA 1WOQA 1U04A 2F8SA 4H0XB 1S1XA 4B9MA 3J81O 3SV4A 5KPTA 3G25A 4B08A 4MO4A 3CG7A 1TKXA 3G6EN 3QBWA 4BRIA 1LV5A 1RTHA 4IFEA 3HVRA 3R9PA 4FLXA 4DSFA 4NXMK 3V9SA 3SJHA 4JRPA 4N41A 4IO9L 4FWPA 3AA5X 3AO4A 3WEEA 4DV0K 2YKNA 2P9KB 3HL8A 3KK7A 4DTSA 3LL3A 5AQHA 2P9SA 3T19A 5IT9O 2GBZA 3IG1A 4E19A 3T1AA 3CC7N 4FW1A 4Z4CA 4ILHA 4K43A 4QAGA 4K25A 3THWA 3VPZA 5HRPA 4OVLA 1X9JA 3OJSA 4B9QA 3GOIA 3I33A 2UXDK 2ZJPL 1WSHA 4CJPA 2QWPA 2ZJRL 5FDLA 3VQ4A 1S72N 3CMAN 4RTFD 3UKRA 4LH4A 4Y1CA 1DTQA 3RWUA 4CJ3A 4Z4EA 4MO5A 4L8RB 2ZWHA 1H1VA 5J1EA 4FLVA 1KLMA 1HPZA 3BZCA 2P1JA 3RSEB 4EP5A 3GL1A 1D9FA 1NGGA 3ZCMA 2HVIA 3KLEA 1SL2A 3LDNA 1RGIA 1SZ2A 4IWVA 4IZ9A 3DLBA 1VK0A 4DUYK 3H1QA 4GV3A 3TSUA 4PKGA 3KK3A 3M8QA 3OYGA 3ITHA 3SAFA 1MWMA 4DSKA 4WCEL 4JS4A 1JL1A 4GVEA 1NK8A 5DM7L 3PO5A 3HYFA 1G99A 4JNEA 4R79A 1IBLK 1IG9A 4N56A 3QDKA 4QCLA 5AJ3K 3CFPA 2O4GA 3WNEA 3CERA 2P51A 3VQQA 1Z6RA 2WFBA 4DR6K 2FBYA 2A42A 3GDQA 3T69A 4C8OA 4OPJA 3V9WA 4CFDA 2EX3A 4DKWA 1T44A 3QEPA 1REVA 4LF4K 2PYJA 4LF7K 3O6WA 4BC3A 4CF2A 4I2PA 4BC5A 4IXCA 1VQ5N 5JLFA 1NK5A 4IFVA 3DXKB 3QESA 2ZM6K 3KD1E 1WBBA 1M90O 4JI5K 1BIUA 3V1RA 3TTFA 1NOYA 1DKGD 1CZBA 3JAMO 3KVGA 3PO4A 3DOLA 4FWQA 3HSCA 4UY8O 3AARA 4QOZB 5AR0A 4YHHK 1KVAA 2FF3B 5BR9A 4CJKA 4V19S 3WEEB 4M3UA 3M8RA 4M3ZA 4FZYA 2QWRA 2P9SB 1YHQN 1JLGA 3QEWA 2GUIA 3NAEA 3UB5A 3ZSZA 4DU4A 3AVBA 4DR3K 3ATUA 3E66A 1EX4A 3E9OA 3SI6A 2OTLN 3THWB 1HRHA 1MDUB 4IDHA 4OKEA 5CY4A 4B9SA 2IVOA 1I94K 2CGKA 2E6MA 2Z1HA 5EOYA 4XH4A 3KZBA 3MEDA 4A2AA 3CC2N 3RMDA 3UKRB 4CJWA 2KHOA 3C6HA 4JHDB 5AQTA 4DLEA 4BC2A 5KI6A 4DR5K 4H8KA 1LW0A 2ZGYA 4C23A 1L3TA 4DV4K 3LP2A 3HRGA 1WSJA 4Z4FA 4EAHD 4BGBA 1RDBA 1NK6A 3U3YA 1KVBA 2X78A 4CJ4A 4CK3A 4DR1K 3J8AA 4BE2A 3I8DA 3ALYA 4WE1A 1NNEA 1RT3A 3QIPA 4JD2A 1HKCA 4U7BA 3MCPA 3THVA 1ZBUA 1FXXA 3KK2A 3O9SA 3ZX2A 3DJCA 3A5LC 1HYZA 3I55N 4OKJA 3AGRA 3OA9A 3P31A 1ZBHA 1WN7A 3KKSA 1N33K 1YJWN 3MN9A 4DV5K 1NU0A 4LFCK 1DT9A 3ULDA 3DRSA 1VQKN 1KAXA 1R0AA 4E3SA 1IG8A 3MX2A 2KW4A 1GLJO 4BWMA 3CQXA 2OYQA 3SBTA 5JVHL 3QFUA 1DEJA 1G15A 3QFPA 5AQXA 2UXCK 4IOCL 3ZSXA 2QWLA 3N4PA 4LSLA 3U3GA 2JGUA 2ZF5O 4DTUA 3F73A 2DFHA 4G9ZA 3VGMA 4CJFA 4FJNA 4DQQA 4CFAA 1VSFA 4FLUA 3SUPA 1TK8A 2QWQA 2VWBA 3HSTB 2P5OA 2O8BA 1QQOA 3B6OA 3U9DA 3TSQA 4OGEA 1K8AO 3D45A 4PL7A 3FFIA 4IEIA 4A62A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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