1Y97A

The human trex2 3' exonuclease structure suggests a mechanism for efficient non-processive dna catalysis
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
230
structure length
214
Chain Sequence
AGMSEAPRAETFVFLDLEATGLPSVEPEIAELSLFAVHRSSLENPEHGALVLPRVLDKLTLCMCPERPFTAKASEITGLSSEGLARCRKAGFDGAVVRTLQAFLSRQAGPICLVAHNGFDYDFPLLCAELRRLGARLPRDTVCLDTLPALRGLDRAHGYSLGSLFHRYFRAEPSSAEGDVHTLLLIFLHRAAELLAWADEQARGWAHIEPMYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Human TREX2 3' -> 5'-Exonuclease Structure Suggests a Mechanism for Efficient Nonprocessive DNA Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Three prime repair exonuclease 2
total genus 66
structure length 214
sequence length 230
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2004-12-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1y97A01
1ASVA 1S1UA 2E6LA 4E19A 3TAQA 3CG7A 4RW9A 1L3TA 1RDAA 3VA0A 3QERA 2G8VA 3OS1A 4HVJA 2ATQA 4LD0A 3HVTA 4AHVA 3DLRA 3LP1A 1WLJA 3OS0A 1GOAA 4N47A 1NJWA 4M3UA 1YTUA 1YT3A 2YNHA 4FJJA 2HNYA 5I3UA 2HHWA 3AVJA 4DU3A 2G8FA 4FLYA 4CJQA 3EY1A 2X6SA 1FKPA 5KGWA 3P83D 3F73A 1NK0A 3ZSOA 3NFAA 4CF0A 4EZ9A 4F3OA 4FJIA 1S9EA 4CEZA 3SUPA 3LWMA 3AO5A 3CFPA 4ZTJA 3K2PA 4E7JA 2GV9A 4CE9A 5HRPA 3O3FA 4AHTA 2IGIA 5C24A 1ZBLA 4G1QA 2E6MA 3V1OA 4CEQA 3K5LA 5HRNA 4LSNA 1L3UA 2FBXA 2XRIA 1TV6A 3HYFA 1UWBA 3NF8A 4FW1A 1TK0A 4B9NA 4BDPA 1Z25A 2Z1IA 4KO0A 1RBRA 3VQAA 3CFRA 1QTMA 4QCLA 1TKXA 1HMVA 5FDLA 3QEIA 1WSJA 4L8RB 4FJ9A 4KHNA 3F9KA 4CGHA 4DQQA 3RMDA 4Z4EA 3KLIA 2X74A 1S1WA 4H4OA 4IG0A 3ZSRA 3TAPA 4ELTA 3DLHA 4DS5A 3EYZA 4RW6A 4E0DA 1NKCA 5KTQA 1BL3A 2YV0X 3QEXA 4CEDA 4CGFA 4Z4GA 1XHXA 3NDKA 4CF1A 1JXEA 1TKDA 4I7FA 5CYQA 3CYMA 1ASUA 4KFBA 1ZYQA 3KJVA 4DU1A 1JLEA 1RT2A 1VRUA 4DTUA 3OYBA 1MU2A 2KTQA 3ITHA 4CJVA 1GOCA 4OVLA 2B6AA 2G8HA 4Z4FA 1T05A 5KI6A 3V1QA 4DQSA 4C8OA 4HCBA 1YVUA 4DLGA 4FJ7A 2QK9A 4OLAA 4KTZA 4CIEA 4DTMA 5D3GA 1ZBHA 2GUIA 3V9SA 1XHZA 4FM1A 4DQRA 1Q8IA 4CFBA 4ELVA 3G0ZA 2XO7A 3L2WA 3NHGA 4M3TA 3TAEA 2HVHA 5J2MA 2G8WA 4Q5VA 4E7KA 2O4IA 4I9LA 4HUEA 2Q3SA 5CY4A 3OYGA 3E01A 5DK5A 4FW2A 4FYDA 1KVBA 3K5MA 3TABA 1L3SA 3LWLA 4FLWA 2PY5A 4DSKA 3SV3A 4O5BA 4E89A 4Z4CA 1HRHA 4F8RA 3V9XA 4ZHRA 1HQEA 1NK5A 3AVIA 3O4NA 3KK2A 1RT7A 3OYDA 3QEWA 4DSLA 1NK6A 1QSYA 4LH4A 4I2PA 5J2QA 1U4BA 1TAUA 3HPGA 4CERA 4DTSA 3IAYA 3HPHA 3PX4A 2P5GA 4DFMA 4OKEA 1JLAA 1LW0A 4N5SA 3ZCMA 4FM0A 5J2NA 1RDCA 4B9UA 1LWCA 4DSEA 2ETJA 1S1VA 3VQ5A 3HJFA 1GOBA 4FLVA 4N41A 4CGIA 1BISA 1TL1A 5HP1A 4DTXA 3I0SA 1JLBA 1X9WA 3HSTB 1S6PA 2BE2A 2HB5A 1KRPA 1WSIA 1WAFA 4Z0UA 1J54A 4CJLA 4B3OA 1RCHA 3B6PA 5HRSA 2P5OA 2WOMA 1VSKA 1UOCA 4CHZA 1VSEA 2LSNA 3OYIA 4CJFA 3AVMA 3SJJA 4FK0A 3PO4A 4FVMA 3QIOA 3L2QA 1JL2A 4DF8A 3BDPA 3MECA 1FK9A 4AILC 1RILA 4ICLA 1HJRA 3AVFA 3MXJA 1NK9A 3DM2A 2XY7A 1XI1A 4FJXA 4FLZA 1SKSA 5J1EA 1EP4A 3SPYA 1BGXT 4EP4A 1BQNA 1NOZA 1VSMA 4J2DA 3NGZA 4KHUA 1B9FA 1WAJA 4LSLA 1CXQA 3AVLA 4CHQA 1D8YA 4KB1A 2HHUA 1RDBA 2P51A 1T03A 2OYQA 2ZD1A 4OKKA 3U3GA 2DFFA 2WONA 3QIPA 4ID1A 4J2AA 1XC9A 1W9HA 1VSDA 3KKRA 2OZSA 4KI4A 3C6UA 3HP6A 1C0MA 3EZ5A 3V1RA 4DWIA 3I8DA 4F2RA 3CFOA 3LAKA 1CXUA 3DRRA 2VWKA 2OA8A 3G10A 3D45A 3HP9A 3LPTA 4W5OA 3WNHA 1BI4B 3T19A 3TR8A 3L2RA 4BACA 1DTQA 3P1GA 4DLEA 3CM6A 3ASMA 4CEBA 4DG1A 3MAQA 2A1RA 2O4GA 3V9WA 3C94A 4JRPA 4W5RA 3SUQA 3M8PA 5CYMA 3ZT3A 3K5NA 4B9MA 3IS9A 1JLGA 3LDSA 1DLOA 4JLHA 2ITGA 3WNFA 3DLKA 4M3ZA 4LH5A 1QHTA 4DF4A 3JYTA 2RF2A 2P1JA 2RKIA 3K58A 3THVA 5FROA 4KB0A 4CHOA 1IH7A 3LANA 3TARA 1RT1A 3RRHA 4KRFA 3VQCA 1EXQA 4DSIA 4AHSA 4B9SA 2NUBA 4BWMA 2DFEA 2Z1GA 3VN5A 1ZBUA 4HTUA 3AVBA 4KHSA 1NJYA 4FZZA 1WN7A 3AA4A 3HL8A 4TSXA 1C6VA 1WSHA 3HPOA 4Z4HA 1KFDA 3ZT0A 2Z1HA 1C1AA 4CHYA 1NKEA 3SNNA 1QSLA 3MXMA 1S9GA 4PY5A 2R7YA 1CLQA 1Q9YA 4DTOA 3DMJA 2HNDA 2KFNA 4JS4A 1B92A 3AO1A 4E7LA 3SPZA 1NK7A 4HHTA 3KTQA 4KPYA 4HUFA 1HNVA 1A5XA 4CGDA 4KHYA 3OY9A 2XY8A 2XY6A 4CK2A 4YFUA 4N76A 3AVCA 3ULDA 4CF2A 4E3SA 3LP3A 4OGEA 2VWJA 1U47A 2QKBA 4Q0BA 4C8KA 4O55A 2EHGA 4IBNA 4W5QA 4M3YA 3SI6A 4C8LA 3QEPA 4QOZB 2VG6A 2OPSA 2ZE2A 1X1PA 2Y1JA 5HBMA 3KLHA 1VRTA 1WSFA 3B6OA 2PYJA 3V6DA 4MFBA 4LY7A 2FBYA 3C6TA 1HYSA 3DRSA 3BGRA 2XHBA 5CZ1A 2HMIA 4PWDA 3ALYA 3KK3A 3NAEA 1NJZA 4FJHA 1U48A 2B4JA 3ZSXA 1Z26A 2KZZA 2YNIA 1S5JA 3QLHA 1VSIA 1HPZA 3OYCA 3OYAA 2HNZA 2QKKA 4DSJA 4J2BA 1L5UA 2D0BA 1KLNA 3ZSQA 3KD5E 1WSGA 5T7BA 2JGUA 2Z1JA 3DLBA 3RWUA 3K5OA 4R5PA 4DQPA 4CEEA 2QXFA 3DRPA 1CZ9A 2OPPA 2YHBA 4M45A 3VQ8A 3KK1A 4B9LA 4M3WA 4OPKA 1J9AA 3NF7A 4C8MA 4H8KA 4DFKA 1SL1A 4F3TA 1WSEA 1QQCA 3M8RA 4AHCA 4CEAA 3ZT1A 3AO3A 3U6FA 3SQ4A 4NCAA 3KIOA 4CEFA 1D9FA 2ZQBA 1IKVA 1X9SA 5I42A 3AO2A 4B8AB 3NH2A 2KQ2A 3SUNA 3HO1A 2D0AA 3MEEA 2G8UA 2IOCA 4BWJA 3SQ2A 4OPJA 2HHQA 4CK1A 3OS2A 4O4GA 1A5WA 3DLGA 5C42A 3QNOA 4K8XA 1TAQA 2VG5A 4IDKA 1BIUA 4NCBA 1IKXA 1KTQA 3HXMA 3OJSA 4OKJA 3IRXA 3FFIA 4C8NA 1QE1A 5SZTA 2YHAA 5JS2A 4YNQA 4DTRA 3SUOA 1LWEA 3VQ6A 4Z4IA 2JLEA 1BHLA 3L3VA 3NGYA 2FBVA 1LW2A 4WE1A 3SYZA 3M8SA 3V9UA 3OVNA 3S9HA 3SCXA 1LAWA 5KRTA 4ZTFA 1W0HA 1G15A 1VSFA 3TAFA 3NH0A 1TL3A 2KFZA 4CJEA 1SKWA 5CZ2A 3TWHA 5KGXA 4PA1A 1LWFA 1QS4A 3MEDA 3V4IA 4CCHA 4KTQA 3PX0A 1UA1A 1C0TA 4CHPA 3ZSYA 1S1TA 3DOLA 4MQ3A 4FJ5A 2YNGA 4W5NA 1IKYA 1NOYA 4CJUA 1F21A 2PYLA 2FC0A 1NK8A 3QO9A 1TKTA 4FJLA 4O44A 1KVCA 3NF9A 3VQQA 3A2FA 1SV5A 4DFPA 3T3FA 1RTJA 1IG9A 1TGOA 4PQUA 4KKOA 3NH1A 3TANA 2VG7A 1UAXA 1J53A 3RMAA 4XIUA 3PUFA 4IFVA 3V81A 2I5JA 3VA3A 4OGCA 4RG8A 1TVRA 1EKEA 3RTVA 4QAGA 3QINA 4FZYA 1S6QA 4CJKA 4CFAA 4J2EA 5E41A 3RRGA 1LV5A 1B9DA 4KV8A 1L3VA 1ITGA 4H4MA 4DS4A 4PUOA 2YNFA 1I3AA 3SQ0A 4CJRA 3O4QA 4IG3A 3OYFA 3PY8A 2KW4A 4BE2A 3AVHA 3T1AA 4RW8A 4CEOA 4CF8A 1X9MA 1ZBIA 3VQBA 2W42A 2BANA 3DOKA 1ZBFA 3D0PA 4FLUA 4CJTA 3AA2A 1JLFA 3LZIA 4HUGA 5K14A 1N5YA 1IO2A 4B9VA 4E7IA 2F8TA 2AJQA 1HYZA 2YKNA 3UIQA 2X6NA 2G8IA 3MEGA 3DI6A 1RT4A 3H08A 3HT3A 4BE1A 3AA5X 1TK5A 2B5JA 4I9QA 3L2VA 5KRSA 1C0UA 1Y97A 4CJSA 3QNNA 3AVAA 3JSMA 4K8ZA 1VSJA 3QEVA 4GW6A 3NCIA 1RBTA 2RN2A 4KHQA 3ZT2A 3P5JA 3ZSZA 4AHRA 1HQUA 4E1NA 5SWMA 3TAGA 1XWLA 1NJXA 1J5OA 4CECA 4IKFA 1RBSA 2HHXA 3NE6A 3QESA 1VSHA 3AA3A 4DMNA 3K59A 5FRNA 2GBZA 4O0JA 4FJKA 3ISNC 4NYFA 3VQEA 4CESA 4FZXC 4B08A 1SUQA 4CF9A 4M42A 2X78A 2OPRA 4E7HA 1RNHA 4DTNA 4CFCA 3S3MA 2D5RA 4CJ4A 1K6YA 2RPIA 1TK8A 1JL1A 2PZSA 3NF6A 2IDOA 4EZ6A 2IS3A 2BDPA 4JS5A 3O3GA 1R0AA 3U3YA 3RR8A 1SL2A 4FJNA 3O3HA 4F4KA 1D9DA 2KZMA 3HVRA 1KCFA 2F96A 1EETA 4EP5A 1BQMA 2IC3A 1RT3A 3VQ7A 3PO5A 1T8EA 3L8BA 1U45A 4NYNA 4FK2A 2HVIA 2HHSA 4FJMA 2FBTA 1N6QA 1D5AA 1BI4A 3RMCA 5FRMA 3AVKA 4JRQA 1O1WA 2F8SA 2EX3A 3WNGA 3CQ8A 3L2UA 1REVA 3AVNA 3LZJA 4BDZA 4FCYA 4DSFA 4RW4A 4CFDA 3OJUA 3KLEA 4FJGA 1RBUA 3AV9A 2G8KA 2Y1IA 1RBVA 4FLTA 1JKHA 1FKOA 3I0RA 3S3NA 4OJRA 1RT6A 4GVMA 4N56A 3TI0A 4I2QA 4FJ8A 1S1XA 3KLFA 4OLBA 3ZSWA 1EX4A 2D0CA 3K57A 1RDDA 5C25A 3NGIA 4FLXA 3C95A 1DTTA 4AH9A 4RW7A 1KLMA 4DFJA 3VQPA 3SZ2A 5J2PA 4KHWA 1BCOA 3NBPA 4CJPA 3PX6A 2HW3A 3IG1A 3OYLA 4UQGA 1ASWA 2BGGA 3AO4A 1SL0A 5HROA 4DU4A 2OPQA 2DTUA 5HLFA 1UA0A 5JS1A 1JLCA 3LALA 3RR7A 4E1MA 1KSPA 3HK2A 4M3RA 1QSSA 4DQIA 4BDYA 4NCGA 4M41A 4CIGA 2DFHA 4KREA 3LAMA 4CGJA 1T7PA 1VK0A 1C1BA 2A1SA 3KKSA 1U49A 3DLEA 3LP0A 1LAVA 1CZBA 3S3OA 2DY4A 2IAJA 4O0IA 1YTAA 3ZT4A 3SV4A 4Y1DA 3OYJA 3DYAA 3VQ4A 1RTIA 4BE0A 3PV8A 5DMRA 3WNEA 3V9ZA 4DTPA 3OYKA 4CJWA 1I39A 1RTHA 2XY5A 4CHNA 4CIFA 4ELUA 3TAMA 1TKZA 4B8CA 4KI6A 1RTDA 4M3XA 3HM9A 3OYEA 4KAZA 1Q9XA 1JXBA 2E4LA 1NK4A 1BIZA 3MXIA 2HHTA 3AVGA 1A5VA 5HRRA 3OYHA 2OZMA 4CK3A 3OYNA 4W5TA 1KFSA 3QETA 1C1CA 4FK4A 4Y1CA 3L3UA 3KLGA 3RMBA 4IFYA 1VSLA 3VQ9A 3SQ1A 1WNSA 2YKMA 4ID5A 4F2SA 5EU7A 4FXDA 3VQDA 1RT5A 3ZSVA 4CGGA 1NKBA 3KD1E 1SKRA 4B9TA 1IKWA 2HHVA 4FM2A 4GMJB 3LPUA 1FXXA 1JLQA 1HNIA 3LP2A 1KVAA 3OYMA 1HYVA 3CM5A 4AHUA 1BCMA 4DTJA 4KTWA 1U04A 4CJ5A 4HCCA 3M8QA 4CJ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MDUB 4FSVA 1L3TA 2GWJA 1RDAA 5AQVA 4AQYK 3OS1A 1BA1A 1NJWA 2YNHA 1S72N 4IJAA 3QICA 2G8FA 1NK0A 2X6SA 2ZJQL 4F3OA 3U8XA 4CF0A 4FJIA 4CEZA 4YOVA 3AO5A 3K2PA 3O3FA 4DQ8A 3A5NC 3OHRA 1L3UA 2E6MA 2HBKA 4CEQA 5HRNA 4LSNA 2FBXA 1TV6A 3NF8A 1UWBA 4M7YA 1YITN 3QB0A 3CFRA 2PAVA 2HSTA 4X65K 4C1NK 3QEIA 3WXMB 3IDHA 4KHNA 3KLIA 1S1WA 4YHHK 4IG0A 4CZFA 3TAPA 5JVGL 5EXWA 3DLHA 1QZ6A 4E0DA 1BL3A 5ELZA 3LDLA 4CGFA 4Z4GA 3NDKA 4CF1A 5AQMA 1JLEA 1RT2A 5M1QA 3OYBA 5TKYA 1T6CA 5GADP 3MN6A 1YVUA 3NVMA 2QK9A 2AP1A 3ZETA 4CIEA 4OLAA 3L4QA 1NU0A 2UXBK 2NZTA 1T6DA 1XHZA 1Q8IA 4ELVA 2XO7A 3L2WA 3NHGA 2HVHA 2VYPA 1IG8A 4ILHA 1Q7YO 4HUEA 4JKBA 4F9OA 5M1NA 4DKWA 1J5EK 2E1YA 4GVEA 3TABA 3LDPA 3LWLA 4FLWA 2PY5A 4DSKA 3CCEN 4O5BA 4B3MK 3CC7N 3Q7BA 4E89A 4F8RA 4ZHRA 1D4XA 3T1YK 3AVIA 4WCEL 1SS6A 4C1NI 3JAMO 4CERA 4DTSA 4LF6K 3IAYA 1LW0A 4N5SA 5J2NA 4U7BA 2NRZA 5JVHL 5EY4A 2HMPA 1GOBA 2P9SB 1BISA 5AQYA 3WQTA 2Q0RA 1JLBA 3I0SA 4DTXA 3HSTB 2O8BA 1WAFA 3EN9A 5HRSA 2P5OA 2WOMA 3EE8A 1UOCA 4DR2K 3J81O 4JEPA 2O8DB 2Q36A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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