1Y97A

The human trex2 3' exonuclease structure suggests a mechanism for efficient non-processive dna catalysis
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
230
structure length
214
Chain Sequence
AGMSEAPRAETFVFLDLEATGLPSVEPEIAELSLFAVHRSSLENPEHGALVLPRVLDKLTLCMCPERPFTAKASEITGLSSEGLARCRKAGFDGAVVRTLQAFLSRQAGPICLVAHNGFDYDFPLLCAELRRLGARLPRDTVCLDTLPALRGLDRAHGYSLGSLFHRYFRAEPSSAEGDVHTLLLIFLHRAAELLAWADEQARGWAHIEPMYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Human TREX2 3' -> 5'-Exonuclease Structure Suggests a Mechanism for Efficient Nonprocessive DNA Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Three prime repair exonuclease 2
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 214
sequence length 230
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.2: Exodeoxyribonuclease III.
pdb deposition date 2004-12-14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1y97A01
1WSGA 4CJ3A 2A1SA 3NF6A 5HRPA 2VWJA 3AO3A 4B3OA 1TK8A 3OYJA 1QSLA 1HJRA 3MEGA 2G8UA 2EHGA 1RTHA 1QSSA 3V9UA 4CIFA 3BGRA 2FBTA 1LW2A 2ETJA 1RT6A 4C8NA 3VQDA 2VG5A 2X74A 4CK1A 3CFOA 2OPRA 3L3UA 4KB0A 4OLBA 1JL2A 4CJWA 4FM2A 4JLHA 3CG7A 4Y1CA 4O0IA 1Z26A 1J53A 4C8LA 3TABA 3V6DA 4FJ8A 1W9HA 3QESA 1B9FA 4DQIA 3U3YA 5JS2A 5SWMA 4NYFA 2QK9A 3PX4A 4DWIA 2F8SA 1WSJA 3I0SA 1NJYA 4ZHRA 2X6SA 3D45A 1FKOA 3V1QA 5HP1A 5DMRA 4CESA 1I3AA 4DTRA 4QOZB 1Q9YA 4KO0A 4M3YA 2P5OA 2DTUA 1RNHA 1RT7A 4CE9A 2HVIA 4BE1A 1XHZA 3VQPA 3DMJA 4CJ5A 4FLVA 1D9FA 2F96A 4M41A 4IFYA 1LWFA 2FBXA 3IAYA 4F3TA 4Q5VA 3ZT2A 5J2MA 3KD5E 3TAMA 3AO1A 1S5JA 2P51A 3K5OA 1O1WA 1RBVA 3O3GA 4CJQA 2A1RA 4IKFA 5FRMA 3OS1A 3FFIA 4F2RA 1RT3A 2D0CA 4LSLA 4UQGA 3PY8A 3H08A 1KTQA 3F9KA 3G0ZA 1IG9A 1IO2A 1GOAA 1NK5A 1GOCA 1ASUA 2QXFA 1D9DA 4OKJA 3IRXA 5CYMA 4KKOA 1VK0A 4DQRA 1TKDA 4N41A 1YTUA 1D5AA 3TR8A 3VQBA 4FJIA 1UOCA 1NJZA 4PWDA 4AHSA 3KK2A 3K2PA 1B92A 3WNEA 4FJ9A 1S1XA 4I7FA 5HLFA 2PYLA 4CGDA 1D8YA 3DLHA 3AO4A 3LDSA 4QCLA 4FZZA 4YNQA 4KTWA 2BGGA 4CCHA 4J2AA 1C0MA 4DU1A 1HQEA 4OGEA 1BGXT 4HUFA 4DTPA 4CFCA 1IKVA 3DLRA 3DRRA 3OY9A 3OYIA 3HT3A 1QSYA 1U48A 4H4OA 1KVCA 3VN5A 3VA0A 3L2WA 3ZSWA 2HHQA 4C8KA 4RW7A 3TANA 3C94A 5KRTA 2HNZA 1W0HA 3E01A 3KK1A 3NHGA 1SL0A 4OVLA 4F3OA 3M8PA 1BIUA 2VG7A 2WOMA 5CZ2A 4CFBA 2RF2A 1WNSA 3MECA 1QQCA 3SPYA 1RBTA 3AVLA 3G10A 3V9WA 1KVAA 3NGIA 3ZT3A 4W5TA 4L8RB 2RPIA 2Z1IA 4FW2A 1J5OA 1ZBHA 3AVNA 4CEFA 3VQ7A 5EU7A 1N6QA 3RMCA 1EXQA 5HBMA 4ELTA 4AHTA 5KGXA 1JLCA 1ZBIA 2O4IA 3KLGA 1X9MA 4MQ3A 4ELVA 1IH7A 1LAVA 1JXEA 4DU3A 1U47A 2EX3A 3VQ4A 3SUNA 4B9MA 1JLGA 2HW3A 1KSPA 3LP1A 3VQAA 4OKKA 3O4QA 3V9SA 4BACA 4E7HA 3LWLA 2HVHA 1IKXA 3AA2A 1Z25A 1QHTA 2ZE2A 1C1AA 1VSJA 3P83D 1JLFA 1VSKA 4RW4A 3PX0A 3CQ8A 1TK5A 3U6FA 3AVMA 3LP3A 1RT2A 4CERA 4CJFA 1J54A 3V9ZA 3LALA 3L3VA 3SQ0A 1BISA 3O3HA 5CYQA 3LWMA 4CEAA 1WSFA 3K5LA 4DLEA 4M3WA 2O4GA 2W42A 3KK3A 3AO2A 1L3VA 3LP2A 3QINA 1JXBA 4W5OA 3ZT4A 4CEEA 3B6OA 4E7KA 3C6TA 1EETA 4RW6A 2PY5A 3DLKA 2GUIA 1NKBA 4Z0UA 4KHSA 3KLHA 1S1UA 3HL8A 3ZSVA 4Z4HA 1HYVA 4PA1A 3RRHA 3SI6A 1GOBA 2QKKA 3P1GA 3K5NA 4IBNA 1XC9A 2OPPA 1HYSA 1RTJA 3HK2A 1JL1A 2KQ2A 2P1JA 4DTJA 2XRIA 3L2UA 4CEZA 1WN7A 4ELUA 4C8OA 2YNGA 1VSIA 4K8XA 3HM9A 1HPZA 4TSXA 1JLBA 3SYZA 3V9XA 4Z4EA 5CZ1A 1SKSA 4CGFA 1X1PA 4HCCA 4FJKA 4G1QA 3DLGA 2XO7A 1X9WA 4B9VA 1HRHA 3O4NA 1S1WA 3C95A 4C8MA 4N56A 4HHTA 2XY6A 3SQ4A 4JS4A 4DQSA 2KW4A 1U4BA 4JRQA 1LW0A 4BE2A 4CK3A 4HCBA 4FVMA 5J2NA 4EP5A 3EYZA 4CGGA 1KFSA 4I9QA 4CF2A 4FJ7A 1KLNA 1BL3A 4IG3A 2YKNA 1IKYA 1WSEA 3MEDA 3ZCMA 3SUPA 3KKRA 1NKEA 3AA5X 3OYEA 5J2QA 2DY4A 4CJUA 3KKSA 4HUGA 4FLTA 2ZQBA 4GVMA 4FLXA 1K6YA 4AHRA 3P5JA 4CHZA 1QS4A 1C1CA 3QEIA 1C1BA 3NBPA 1XI1A 2P5GA 3A2FA 4OPJA 1C0TA 1CXUA 1UWBA 3ZT0A 1UA0A 1DTQA 4CEBA 1SKWA 3K57A 2LSNA 4DSJA 1VSHA 4E89A 1ASVA 3RRGA 1XWLA 4JRPA 4CGJA 3QERA 3SUQA 3T1AA 1LV5A 2YKMA 3M8SA 1CZBA 4DTOA 3PV8A 4EZ6A 4CEOA 3S3OA 2ATQA 3NE6A 3PUFA 4DTSA 3OYKA 1RDAA 3SQ1A 2HMIA 4Z4FA 2Z1GA 3QO9A 4M42A 4E1MA 3AA4A 4K8ZA 2Z1HA 2IDOA 2YNHA 1JLAA 5K14A 2ITGA 3NCIA 3SPZA 4I9LA 4FLYA 4BWJA 5E41A 4CHOA 4MFBA 4B08A 4CFDA 4DTUA 4FJHA 4CFAA 2E6LA 5KI6A 4LY7A 4KHYA 4O44A 1S9GA 1WAJA 4CJKA 4IDKA 2DFEA 3QLHA 3SQ2A 3TARA 4H4MA 3D0PA 1EKEA 1F21A 4DQQA 3HXMA 4DFKA 3OYNA 1NJXA 1C0UA 1RDCA 1WSIA 3K59A 2IOCA 4I2QA 4N76A 4O4GA 1REVA 4IG0A 2YV0X 3NDKA 1NKCA 2B4JA 4E1NA 3SJJA 1HNIA 2IS3A 1VSMA 3VQEA 2PYJA 3VQ6A 3OYMA 3ZT1A 2G8VA 3T19A 1R0AA 2B5JA 4FLZA 1KLMA 3RTVA 4DFPA 3JSMA 2BANA 3V1OA 4CF0A 4AHVA 3SV3A 3RMDA 4CHNA 4CJSA 1BI4A 3I0RA 3NH2A 2XHBA 2X78A 3EY1A 1KVBA 1DLOA 1VSEA 4KTZA 1XHXA 1MU2A 3ZSZA 3HVRA 4FYDA 1FK9A 3OYDA 1Y97A 2KZZA 3QNOA 1HMVA 2VG6A 4HVJA 3F73A 2FBVA 3AVFA 3CM5A 3QIOA 3L8BA 4J2EA 4DQPA 1TL3A 4FW1A 4M3UA 4KHWA 2VWKA 5DK5A 3THVA 5FRNA 2FC0A 3HYFA 4RG8A 3ZSRA 4FXDA 1CZ9A 2JLEA 4BDZA 3HPGA 5CY4A 4NCGA 3RMBA 4JS5A 1HYZA 3OYHA 2HHUA 3IS9A 3JYTA 1RTIA 4CK2A 1NK7A 1KRPA 4FZYA 3KD1E 4LH5A 2GV9A 2E6MA 2FBYA 4ICLA 3OJSA 3ITHA 2B6AA 3ASMA 2YNIA 1EX4A 4CJPA 4DMNA 4R5PA 3SZ2A 3T3FA 2HNYA 4NCAA 3TAFA 3V81A 1L5UA 3NH1A 3LPUA 4B8AB 1BHLA 4GW6A 2D0AA 5J1EA 4DLGA 4DS5A 4M3ZA 3DOLA 3I8DA 3NGYA 3TAEA 3DRSA 1S9EA 3AA3A 1TV6A 1VRUA 4AHUA 3VQ5A 2HB5A 4KPYA 2WONA 3OS2A 3LZJA 3CFRA 1X9SA 1FXXA 1JKHA 4DFJA 4Q0BA 2OZMA 2NUBA 4DF8A 4LH4A 5FDLA 3DOKA 3DRPA 3OS0A 3HP6A 1L3UA 4OKEA 4KFBA 4WE1A 4FM1A 4J2BA 4DF4A 1T03A 1BI4B 4CEDA 1BIZA 3KLIA 2AJQA 1NK6A 3IG1A 1TL1A 1U45A 4F8RA 1WSHA 4H8KA 3VQQA 3NH0A 4FJJA 3AVBA 2DFHA 1LWEA 1RTDA 3U3GA 3AVAA 4CHPA 5C42A 3LAKA 3S3MA 4DSIA 2D5RA 4KHNA 2HHTA 4J2DA 3QEWA 3TI0A 2ZD1A 4IFVA 3M8RA 1RT4A 4ID5A 4CHQA 1A5WA 1SL1A 1B9DA 4FJ5A 1BCMA 1VSDA 2HNDA 2X6NA 1VSFA 3AVHA 2KFZA 1ASWA 2KZMA 2XY8A 1RDDA 2JGUA 3OYAA 3VA3A 3BDPA 3MEEA 2HHXA 1S1TA 1TVRA 2HHSA 1RT5A 2RKIA 3AV9A 4FK4A 3OYGA 4M3TA 3AVCA 3TAGA 3O3FA 3NAEA 1SL2A 3TAQA 1WLJA 3EZ5A 3DLEA 4FJGA 4CIGA 1Q8IA 4RW9A 4LD0A 4O0JA 2XY7A 1HNVA 4KHUA 1RCHA 4FLWA 4DSEA 1TKXA 1QE1A 4DSKA 3B6PA 4B9LA 1I39A 1L3TA 1RBSA 4DTNA 2I5JA 3VQ8A 4CF9A 1T7PA 1NK0A 3KJVA 3WNGA 2GBZA 1N5YA 4FK2A 4ZTJA 1L3SA 4QAGA 3C6UA 1CXQA 5KGWA 4W5QA 1T05A 4FJXA 2QKBA 1NK8A 5HROA 2G8HA 1NK4A 3QEVA 4FJMA 3DI6A 2YHAA 4M45A 3ZSQA 5I42A 4B9TA 3QEPA 4CGHA 3RR8A 1NJWA 4KV8A 3OYBA 3OVNA 3AVKA 1ZBLA 5T7BA 1ZBUA 3L2RA 3V1RA 4AH9A 4O5BA 4PY5A 4EP4A 4CEQA 1SUQA 4DG1A 3ISNC 4GMJB 4F4KA 1UAXA 4I2PA 5HRSA 3CFPA 3RR7A 4EZ9A 3AVGA 4E7JA 3LPTA 3NF9A 3DLBA 3LP0A 5FROA 3ZSOA 4HUEA 3HP9A 4E0DA 5I3UA 4OPKA 3KLFA 3QIPA 4DU4A 3SUOA 4NCBA 4DTMA 4KB1A 2RN2A 3MXJA 4M3RA 4Z4IA 3HSTB 1RT1A 4CGIA 4KREA 4BWMA 1WAFA 4FZXC 4FCYA 3RMAA 3L2QA 4XIUA 1T8EA 2IGIA 1Q9XA 1U49A 4KTQA 3KLEA 2OYQA 1LWCA 3PO5A 4B9SA 1TK0A 3HO1A 3OJUA 1YT3A 2HHWA 1IKWA 4PQUA 3VQCA 1ZBFA 1S1VA 3NFAA 3K58A 3QEXA 4ZTFA 3AVJA 4KAZA 1BQNA 1G15A 2IC3A 3DM2A 4E7LA 2Y1JA 3SNNA 3CYMA 1RBRA 3WNFA 3SCXA 1YVUA 4LSNA 3MAQA 3S9HA 1S6QA 4HTUA 4PUOA 3CM6A 4E7IA 4CJLA 1SV5A 1TAQA 2YNFA 4B9UA 4BDPA 4CJVA 3NF7A 3QETA 1FKPA 5D3GA 3K5MA 5KRSA 4Z4CA 1ZYQA 3KTQA 3DYAA 3HPOA 1C6VA 1RILA 1NK9A 4CJ4A 3SV4A 2E4LA 3NGZA 4FLUA 4O55A 4BE0A 2Q3SA 4OJRA 2PZSA 3RWUA 4DSFA 4B9NA 5HRNA 2XY5A 3NF8A 1TAUA 1NOZA 3VQ9A 3AO5A 5C24A 2BDPA 1A5VA 4N5SA 3ZSXA 3MXMA 1U04A 4NYNA 4M3XA 4CJRA 2G8IA 4Z4GA 4DSLA 1JLEA 3M8QA 2BE2A 3LZIA 4FJLA 4W5NA 4RW8A 5C25A 1BCOA 3ALYA 1HQUA 3LAMA 4CF1A 1TKTA 4FM0A 1NOYA 3KIOA 4FK0A 4DTXA 2OPSA 4CECA 4N47A 1TKZA 4B8CA 4Y1DA 4W5RA 4E19A 2R7YA 1KFDA 5SZTA 4AILC 4DFMA 3QNNA 2Y1IA 3S3NA 3TWHA 4YFUA 3HVTA 5J2PA 2G8KA 2OA8A 4F2SA 2KTQA 1S6PA 4AHCA 2G8FA 1TGOA 3OYCA 4E3SA 2DFFA 4KHQA 4DS4A 3HJFA 2OPQA 4OLAA 3L2VA 2OZSA 2D0BA 4KRFA 1BQMA 3ULDA 3LANA 1EP4A 2KFNA 3WNHA 4CIEA 1KCFA 2G8WA 3MXIA 1SKRA 4KI4A 1J9AA 4CF8A 4BDYA 1RDBA 3UIQA 1RBUA 1CLQA 1ITGA 1DTTA 4CJEA 1JLQA 3ZSYA 2IAJA 3V4IA 1UA1A 2HHVA 1VRTA 4ID1A 4OGCA 5HRRA 3PO4A 2YHBA 4CHYA 1A5XA 1QTMA 1YTAA 3HPHA 2F8TA 5JS1A 3TAPA 1VSLA 4CJTA 5KTQA 4KI6A 4FJNA 2Z1JA 3AVIA 3OYLA 3PX6A 3OYFA 1LAWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NF6A 5HRPA 4B3OA 3OYJA 1QSLA 3MEGA 2P9NB 1WOQA 4DQ8A 4BRIA 2FBTA 3I55N 3TU5A 3VQDA 3LDPA 2X74A 4K0KK 3QFUA 4CK1A 4EAHD 3L3UA 3O5BA 3AY9A 2A6AA 4O8KA 3THXA 4C8LA 1Z26A 2KZZA 4FJ8A 3V6DA 4DQIA 1B9FA 1O13A 5JS2A 3U3YA 1SZ2A 2F8SA 3ATVA 4FWPA 2X6SA 1FKOA 3LM2A 4XEIA 5DMRA 4CESA 4DTRA 2HBJA 1Q9YA 4KO0A 4M3YA 2P5OA 4C23A 1RT7A 4K42A 2Q2RA 1HNWK 1HKBA 1D9FA 1LWFA 3MN6A 3O9UA 1S5JA 2P51A 3O3GA 1O1WA 1RBVA 1TUUA 2UXBK 4PL8A 4F2RA 1RT3A 4UQGA 3F9KA 1RGIA 3U9ZA 1W7AA 2VGMA 1IJJA 2JWKA 1YTUA 4N41A 2QM1A 4O8UA 1D5AA 3A0IX 3K2PA 1Q82O 4XH4A 1C0GA 2O8EB 4M7XA 3DLHA 2P9SB 4FZZA 2BGGA 2A42A 4CCHA 4DU1A 1BO5O 1N33K 4H5RA 3N4QA 4I6MB 3OYIA 3DRRA 3HT3A 1U48A 1KVCA 4QS7A 4PL7A 4C8KA 3TANA 1W97L 1W0HA 1HKCA 4OVLA 2P9PA 3M8PA 1C0FA 5CZ2A 2ZF5O 3MECA 3SPYA 4MLEA 3V9WA 4KHPK 4A2BA 1X3MA 4FWSA 4X66K 4L8RB 3FZHA 2Z1IA 4FW2A 1VQ9N 3AVNA 3VQ7A 3WXKA 3RMCA 3A5MC 1EXQA 1VQKN 1ZBIA 5KGXA 2O4IA 4EHTA 2O8DB 3KLGA 1X9MA 3G4SN 4RWTA 4PHTX 5C15A 3VQ4A 5F2RA 4B9MA 1KSPA 1QQOA 4PKHA 3L4IA 3V9SA 4E7HA 3VEVA 1C1AA 3P83D 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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