The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
238
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structure length |
238
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Chain Sequence |
SEFLTVRLSSQKEADIPWLVWSAEQQEVIASGQVAGWEALHEIESYADQRSVVVLLAASDLILTSVEIPPGASRQLENMLPYLLEDEIAQDVEDVHFCVLSKGRETADVVGVDRLWLRACLDHLKACGFDVKRVLPDVLAIPRPEHGLAALQLGDEWLVRKSTTQGMAVDAQWLSLLAASDWVQNEGEYLPLQALTPLPELSLAETQEWRYEPSGLVMQLLTQEALTSKFNLLTGSFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The X-ray Structure of the Type II Secretion System Complex Formed by the N-terminal Domain of EpsE and the Cytoplasmic Domain of EpsL of Vibrio cholerae.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
General secretion pathway protein L
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| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Vibrio cholerae
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| total genus |
58
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| structure length |
238
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| sequence length |
238
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| L | PF05134 | T2SSL | Type II secretion system (T2SS), protein L |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BH1 A; 1YF5 L; 5TKW A; 4PHT X; 1W97 L; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MA9 B; 4C8N A; 4OPK A; 1WOQ A; 3OYN A; 1N34 K; 3FLC O; 4B3T K; 2IAJ A; 4A5A A; 1VK0 A; 3I0R A; 5LL6 Z; 4DSE A; 4EP4 A; 3M8R A; 2WC9 A; 2VGN A; 4X65 K; 3DLB A; 4CK2 A; 4FK4 A; 3VF4 A; 3TAE A; 1BOT O; 1YXQ A; 3VQB A; 2X74 A; 4KHN A; 2QXL A; 3SV4 A; 3M8Q A; 1K9M O; 3EO3 A; 4BC2 A; 1TL1 A; 4B8A B; 2F8S A; 2A5X A; 4H5R A; 1BWF O; 3GG4 A; 1X3M A; 4R79 A; 4Z0U A; 1BIZ A; 3IG1 A; 2I7P A; 4IO9 L; 1E4G T; 2KTQ A; 2EHG A; 4MO5 A; 3O4W A; 2QWO A; 1REV A; 3AAQ A; 1SAZ A; 5KQD A; 4FLY A; 2Q36 A; 1N8R O; 4M3R A; 1T8E A; 4FLT A; 4B1Z A; 1JCG A; 2KLA A; 2ZQB A; 3MX2 A; 4YOT A; 4DFK A; 1TAU A; 2HBK A; 1LOT B; 2FBY A; 1O1W A; 3NGI A; 4Z4F A; 1Q7Y O; 5AQK A; 3VQE A; 4BRE A; 3VGM A; 1GLE G; 5CYQ A; 2XY8 A; 1NU0 A; 3E01 A; 1RT7 A; 2P9U A; 3VA3 A; 1WB9 A; 5GIN A; 3HPH A; 4CF0 A; 4Z94 A; 3ZSX A; 5A2Q O; 4A59 A; 4IFY A; 4IZ9 A; 1VRU A; 4OJR A; 3VQA A; 5K14 A; 3ZYY X; 4IOX A; 5FPN A; 1G15 A; 2PY5 A; 2QEX N; 2F8T A; 3EN9 A; 4N41 A; 1RIL A; 2YX6 A; 1ATN A; 2O8C B; 4FM2 A; 4PKH A; 1GLA G; 1YAG A; 3KWI A; 3AA3 A; 1U49 A; 3K5M A; 3ZSV A; 1IBK K; 3CJB A; 4H0V B; 3ENH A; 3LZJ A; 2E4L A; 3ULD A; 4CD3 A; 5CY4 A; 5AQV A; 3V9S A; 5M1F A; 2W41 A; 4K25 A; 4RW6 A; 3LAM A; 5CR4 A; 2JWL A; 3QB0 A; 3V1Q A; 1RTD A; 1U6Z A; 1LAV A; 3NF6 A; 1ZXO A; 3JXU A; 4HUG A; 1FK9 A; 4JD2 A; 5AR0 A; 5C2D A; 4DV0 K; 3A5O C; 2NZT A; 3FZF A; 3O9T A; 1C6V A; 3MN6 A; 3EKS A; 1KD1 O; 3G71 N; 1I94 K; 1JLE A; 3KVG A; 4PKI A; 4HUE A; 3HP6 A; 3CPE A; 1KC8 O; 1NJW A; 3TI0 A; 1QVF M; 4EP5 A; 4YOU A; 1Q8I A; 1QTM A; 3VEW A; 4CED A; 3RRG A; 4K0K K; 4DU1 A; 4OKE A; 3J8A A; 3K57 A; 3L8B A; 3BF1 A; 4HVJ A; 1KFS A; 1VRT A; 1VQN N; 4ELT A; 3AVH A; 3B8A X; 3V6D A; 1RT6 A; 3KK1 A; 1ASU A; 4B3M K; 3BZK A; 3THY B; 4IFE A; 3BGR A; 4DQP A; 2WBN A; 3DLE A; 3MXM A; 3TAQ A; 1W7A A; 4DFP A; 3MEG A; 5B8H A; 1VQ5 N; 2Z1H A; 3E1Y A; 4CF1 A; 2CGK A; 1EWR A; 1BGX T; 3EE8 A; 3SQ1 A; 3J7Z O; 3WXL A; 1NK5 A; 3HPO A; 3LDO A; 4KHP K; 2IOC A; 5AQP A; 3CG7 A; 4BRI A; 5JLF A; 4U67 L; 2RF2 A; 1W9H A; 4OGE A; 3QEW A; 4CF8 A; 1RCH A; 4KH6 A; 1C0T A; 4DUY K; 4R5P A; 4K8Z A; 3OBY A; 3SLC A; 3QER A; 4J2D A; 1B9F A; 1VAZ A; 4DB3 A; 4QS7 A; 3VEX A; 1ZC6 A; 4FL9 A; 4DMN A; 2Q31 A; 4FLW A; 4BGA A; 4BVP A; 2P9K B; 3V9Z A; 3A5M C; 1NM1 A; 4CHN A; 4PQU A; 3VQQ A; 2KZM A; 3O3F A; 4I6M A; 1S1W A; 3O1B A; 3HVR A; 1U47 A; 1VSM A; 3UKR B; 1NBW A; 2HHQ A; 2Y1J A; 1OVY A; 1U4B A; 1QQO A; 4Q0B A; 4X62 K; 3AO2 A; 2VWJ A; 2W6K A; 4WF9 L; 1HPM A; 5EVZ A; 1WNS A; 5AQY A; 4W5N A; 3D0P A; 4B9U A; 4CZK A; 2X6N A; 3WQT A; 4ILJ A; 1TVR A; 1XC9 A; 2YNF A; 2DFH A; 2HBJ A; 5ADX H; 5DMR A; 4DTJ A; 4AQY K; 1TYQ B; 3LAK A; 3MDQ A; 3SYZ A; 5LMU K; 4WFB L; 1E3M A; 1YTU A; 1L5U A; 3LWL A; 3SV3 A; 4FJM A; 2QKB A; 3JSM A; 5FRN A; 3FFK B; 3DXK B; 3LDL A; 1YVU A; 1C0M A; 5GAE P; 2ASM A; 1HR0 K; 4KB0 A; 3L2W A; 1Q18 A; 3ZET A; 2A41 A; 2GBZ A; 4DU4 A; 1U2V A; 1BUP A; 4EAH D; 3C6H A; 2Q0U A; 4CZL A; 5KQ8 A; 5LMN K; 2YKN A; 2UUA K; 5TKY A; 4B9N A; 4KTW A; 3ZSY A; 1HRH A; 2X6S A; 3DMJ A; 1NGI A; 1JL1 A; 1KTQ A; 4BY9 C; 3K2P A; 4FW2 A; 2FBV A; 1W97 L; 4FWN A; 1ESV A; 1B92 A; 1VSH A; 4I2Q A; 2VQF K; 2HHU A; 2W40 A; 2BUP A; 1BQN A; 1HKC A; 4IDH A; 1WBD A; 3SQ2 A; 4FWR A; 5J1E A; 2NRX A; 3PX4 A; 2B5J A; 3NE6 A; 3QET A; 2E88 A; 4H5N A; 2JGU A; 1UA0 A; 4E7J A; 1RBU A; 4RW8 A; 5BPN A; 2B6A A; 1JLB A; 4E7L A; 2X78 A; 2ITG A; 2PAV A; 4IXC A; 3DXM A; 1X9S A; 2PFU A; 4BC4 A; 3OYG A; 4JAX A; 1TKT A; 4B08 A; 2OCE A; 2HHW A; 5KRS A; 1ZBL A; 2E1Z A; 1XHZ A; 4CF2 A; 4CJQ A; 4CZH A; 3ZEU A; 3CET A; 4CZI A; 4CHO A; 3J7Y P; 4F2R A; 4N5S A; 4CZM A; 4FJK A; 4FWO A; 4CJ4 A; 1OVQ A; 4YOV A; 3VEO A; 1BA0 A; 4CFA A; 4IG0 A; 4WCE L; 5BPM A; 1JXE A; 1RBT A; 2CGJ A; 3WUH A; 3BEX A; 4M41 A; 1RTI A; 3TTD A; 5GIO A; 3MK6 A; 5AQH A; 3NMU A; 4KHY A; 1KSP A; 4BRC A; 3I55 N; 4DTM A; 3AVA A; 3VF6 A; 4IDK A; 3DRS A; 3H46 O; 5KPZ A; 4BQZ A; 4AH9 A; 4FJ9 A; 4JI8 K; 4OPJ A; 1VQ9 N; 2GEM A; 2RN2 A; 1HJO A; 4QAG A; 1ZBF A; 4G9Z A; 4QCL A; 4H0O A; 3P4I A; 5JS1 A; 1L3V A; 3EE9 A; 2IIR A; 5HOO A; 4B8C A; 3O6W A; 4OX9 K; 1BIS A; 3AGK A; 3C7N A; 4O8U A; 1S22 A; 1QVG M; 2I5J A; 5EOY A; 3U9Z A; 4EFH A; 4FZZ A; 3CFO A; 4IWV A; 3VA0 A; 3O9S A; 3DI6 A; 2G8H A; 1OH5 A; 4O4G A; 1LW2 A; 4CI6 A; 4B9T A; 3OA9 A; 3OYF A; 4CJS A; 2ASO A; 1T3V A; 4LH4 A; 1UAX A; 3AA5 X; 3D2F A; 4UY8 O; 1JJ2 M; 4A2B A; 3CC4 N; 2PYL A; 4FYD A; 1SV5 A; 3KWG A; 5AQQ A; 3VMF B; 4DV1 K; 4JI1 K; 4YNQ A; 4GKJ K; 1ZBH A; 3RSE A; 2F4V K; 1XUP O; 5SZT A; 5HRP A; 3TTC A; 3AVM A; 4CEQ A; 1BI4 B; 3ZCM A; 1GLC G; 1TV6 A; 2HVH A; 1WSH A; 1JCF A; 2WTU A; 3JS6 A; 1LW0 A; 4GV9 A; 2YHB A; 4JS5 A; 3F9K A; 3T1Y K; 1IBL K; 2P9S B; 3VN5 A; 3OYH A; 1RDW X; 4YY3 K; 4CZG A; 2CH6 A; 3TAR A; 2FF3 B; 3ZX2 A; 4DLG A; 2NRV A; 1YIJ N; 3S3O A; 1KQS M; 4DR1 K; 4F8R A; 4DSK A; 1ILY A; 1EP4 A; 3KK2 A; 3AVG A; 3CJ1 A; 2A40 A; 5I42 A; 2W6L A; 3FE1 A; 1KFD A; 1TL3 A; 1TKZ A; 3WNE A; 3EY1 A; 5EY4 A; 3AVK A; 1TGO A; 4M3Y A; 4KKO A; 3DRR A; 5DK5 A; 1VSJ A; 4KRE A; 3K5L A; 3T3F A; 3IDH A; 3THW A; 4EHU A; 3VPZ A; 2HND A; 3MN9 A; 3KLI A; 5C12 A; 1KVB A; 2D0A A; 1Q9Y A; 2YHX A; 2A3Z A; 4L3Q A; 4BR7 A; 3SMS A; 4M3U A; 4NXM K; 4GVE A; 3QNN A; 1VQ8 N; 2FBX A; 1S1T A; 4KB1 A; 1L3S A; 2HHT A; 1JLG A; 3VTH A; 4I9Q A; 4DSI A; 4F4K A; 4CW7 B; 1NLV A; 3SAG A; 4JI2 K; 5D3G A; 3IKM A; 4UQG A; 3P1G A; 1LAW A; 3NGZ A; 1VSF A; 4WE1 A; 1K73 O; 4FWK A; 1UOC A; 4M3T A; 2O8B A; 2YHW A; 3CCV N; 2GEL A; 4LF6 K; 3LP3 A; 4CEA A; 1BIU A; 3S9H A; 4EZ6 A; 4XH1 A; 4C8L A; 2A6A A; 3TPQ A; 3VQD A; 4JKG A; 3VEY A; 3E9O A; 4RWT A; 5JVG L; 1DTQ A; 2F9T A; 1SL1 A; 1QSL A; 4DU3 A; 3VQ4 A; 3LP1 A; 5AQZ A; 3SUN A; 4BRD A; 4B9M A; 3QFP A; 4KTZ A; 2E2P A; 3HPG A; 4F9O A; 4CD1 A; 3QEX A; 4FJ5 A; 3WXM B; 3I8D A; 4YHH K; 4KRF A; 3HOT A; 4DQQ A; 3MWP A; 4B1V A; 2FF6 A; 5FDL A; 1J5O A; 2VWK A; 4X66 K; 1ATS A; 3KTQ A; 1Y64 A; 2P9L B; 3DLG A; 3G25 A; 3KLH A; 3BY5 A; 3KKS A; 3CXC M; 4GVM A; 3O9U A; 3J81 O; 3DRP A; 2O4I A; 4DTO A; 3ZT2 A; 4OPA A; 2KKZ A; 4FCY A; 3RR7 A; 2FXU A; 3VQ6 A; 4GV6 A; 4DQ8 A; 1TUY A; 3TSP A; 3ENB A; 1RT1 A; 2OPP A; 5KI6 A; 1QHT A; 3ID6 A; 5GAH P; 4KHQ A; 2HB5 A; 3QEP A; 1YJN N; 4AHR A; 4NLC A; 1LWE A; 4DV2 K; 3OYJ A; 4B3R K; 1JKH A; 1O13 A; 3T1H K; 1FXX A; 3OHR A; 1WLJ A; 4H0Y B; 4LFB K; 5AZI A; 2HBM A; 4BR0 A; 4GKK K; 3CI5 A; 4A62 A; 1RBS A; 1VHX A; 3PO5 A; 1BU6 O; 1T6D A; 3K9J A; 2OTJ N; 4DWI A; 1NGG A; 2D4W A; 2IC3 A; 4Z4I A; 1HKB A; 3HI0 A; 4A5B A; 1VQK N; 3U6F A; 4FOE A; 3OTO K; 2FBT A; 4LC9 B; 3ATV A; 1R59 O; 4DV6 K; 4NXN K; 2UUC K; 4CIF A; 3THX A; 2CGL A; 4H0T B; 3FZL A; 4H5V A; 2QWQ A; 3ZT3 A; 2YKM A; 2HNZ A; 3DLR A; 2KHO A; 3CM6 A; 2H3G X; 4K8X A; 2QK9 A; 1VQO N; 1EO1 A; 2NNW A; 3ATU A; 1LWF A; 4FM0 A; 3ZSR A; 3O9Q A; 2DPN A; 2O8E B; 2RHK A; 4CJV A; 5I9E B; 2VG5 A; 5AZJ B; 3T19 A; 3WXI A; 4IOA L; 3HRG A; 4N56 A; 3LWM A; 1RDB A; 2V52 B; 3OVN A; 2NLX A; 4AHU A; 4CES A; 3OW2 M; 4WFA L; 3CC2 N; 3VOV A; 3VQC A; 2P9I B; 4YOX A; 1QSS A; 1NMN A; 3CD6 N; 2G8I A; 3L0Q A; 1YJW N; 4JYA K; 2D5R A; 3MMV A; 1T7P A; 1QE1 A; 1EKE A; 4H4O A; 4F3O A; 2P9N B; 3UKU A; 4DSF A; 4KH4 A; 3VQ9 A; 3OYB A; 4JHD B; 3C6U A; 3QBX A; 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3WQU A; 2GX9 A; 3MN7 A; 2HBL A; 5GIP A; 2FSN A; 2DFE A; 1J5E K; 4JK9 A; 3JAM O; 1JCE A; 3DYA A; 4AIL C; 4XEI A; 3LP2 A; 3CQY A; 1K8K B; 3CCJ N; 4M45 A; 3TAM A; 3VEZ A; 3CIP A; 3GDQ A; 4FJI A; 4CHQ A; 2O8F B; 1VSD A; 2E2Q A; 5EXW A; 2HOE A; 2P1J A; 3GOI A; 4BE2 A; 3RRH A; 3QO9 A; 4FLX A; 2QWL A; 1GLL O; 4BRH A; 1J6Z A; 1J9A A; 4WQ5 C; 3SUQ A; 2KZZ A; 2BH1 A; 1J54 A; 4BRO A; 4JKF A; 4NO7 A; 4M7X A; 3LDN A; 3H45 C; 4CFB A; 4IJA A; 1WSG A; 1KXP A; 3O80 A; 3R9P A; 2O8C A; 4NCG A; 4YOR A; 4JK8 A; 2P51 A; 4MDA A; 3NVM A; 3THV A; 4CJP A; 3QML A; 5AQT A; 3D6R A; 5M1P A; 3JYT A; 4IO8 A; 4PWD A; 2QTD A; 1HNX K; 2QWN A; 1CZ9 A; 4FW1 A; 3C95 A; 1IKV A; 3ZX0 A; 2ZJQ L; 4DR7 K; 1Z05 A; 5DM7 L; 1D4X A; 1NGD A; 2GUP A; 4BG8 A; 4JHD A; 3KLE A; 2J4R A; 4E7H A; 4DFJ A; 5AFU A; 3HJF A; 4IOC L; 4CBU A; 4H8K A; 3HP9 A; 1SKR A; 4C1N K; 3CCU N; 3U3Y A; 3V9W A; 3VGL A; 3NF9 A; 4HCB A; 4K41 A; 1RBV A; 1HQE A; 4NCA A; 2D1K A; 4EHT A; 3A0I X; 4E7K A; 1NOZ A; 4JNE A; 2VCP A; 3SK3 A; 3T7Z A; 3LM2 A; 4ILG B; 4H4M A; 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