1YF5L

Cyto-epsl: the cytoplasmic domain of epsl, an inner membrane component of the type ii secretion system of vibrio cholerae
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
SEFLTVRLSSQKEADIPWLVWSAEQQEVIASGQVAGWEALHEIESYADQRSVVVLLAASDLILTSVEIPPGASRQLENMLPYLLEDEIAQDVEDVHFCVLSKGRETADVVGVDRLWLRACLDHLKACGFDVKRVLPDVLAIPRPEHGLAALQLGDEWLVRKSTTQGMAVDAQWLSLLAASDWVQNEGEYLPLQALTPLPELSLAETQEWRYEPSGLVMQLLTQEALTSKFNLLTGSFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Vibrio cholerae
publication title The X-ray Structure of the Type II Secretion System Complex Formed by the N-terminal Domain of EpsE and the Cytoplasmic Domain of EpsL of Vibrio cholerae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords General secretion pathway protein L
total genus 58
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF05134 T2SSL Type II secretion system (T2SS), protein L
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.370 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yf5L02
3.30.420.380 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yf5L01
5TKWA 1YF5L 1W97L 4PHTX 2BH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BE2A 3ZSQA 3U3GA 1K8AO 1D9FA 4BC3A 3QERA 3DLEA 4AHSA 5T7BA 3EE8A 3OBYA 3G71N 4H0YB 4LC9B 4CBWA 3J7AP 4E7IA 2CGJA 1JLFA 2CGKA 4FWLA 1KRPA 1X1PA 2NRXA 3LZJA 3QDKA 5EY4A 5ADXH 3CPEA 3AAPA 3V9SA 2HBMA 5FRNA 2HW3A 3RSEA 4A57A 1TKTA 3AO1A 4CF8A 4FJGA 1HX1A 4B1UB 1YAGA 2KLAA 4E7JA 3MN7A 2ZE2A 1HYVA 3L2VA 1CXUA 2E5LK 4M63C 5FDLA 1KAZA 1YVNA 5HROA 4DUZK 3TAPA 1N33K 3D45A 4FPBA 3KLIA 4EP5A 3I8DA 1VQ4N 1GLLO 1TK8A 3TAMA 1TK0A 1NK6A 1YF5L 1NKBA 4M41A 1HJRA 4CZKA 4EIAA 1WSEA 3F9MA 3CJ9A 1ASVA 1TUYA 4IFEA 3I8BA 3IG1A 4CERA 3V9WA 1NJXA 1N5YA 4OX9K 2HHVA 3QEWA 2UU9K 3NF8A 2OYQA 3FZKA 4BRNA 4E89A 1OVYA 4H03B 4FPAA 3SLCA 2XY8A 4DQRA 5LMNK 2NRRA 1TAQA 3OYDA 3O9SA 4WQ4C 1B9DA 3P1GA 5HP1A 1DTQA 4LF8K 4OKKA 4DV5K 3Q7CA 1K6YA 4YDUC 2W42A 1TL3A 4GV6A 3TAEA 5EU7A 1TKXA 1BWFO 1W7AA 4DTJA 4KB1A 1IG9A 3FZHA 4KHQA 1BO5O 1J54A 1RDBA 4B08A 4RWTA 4DV4K 1GOCA 1W0HA 3MK6A 3ZSRA 3N4QA 1J53A 4M3TA 1QHTA 4EHUA 4FWMA 4CJKA 2FF6A 4O5FA 1HNVA 3MX2A 3T1AA 1KSPA 1WBDA 3L2RA 1BL3A 1B92A 5FPNA 1M90O 3R6MA 2QEXN 2QTDA 5AFUH 4OPHA 1EXQA 3CJCA 3GOIA 2E2OA 1Q8IA 4DR5K 3AA2A 4CGHA 1NWKA 1P8ZA 1P90A 4BVOA 3SNNA 4AQYK 5DMRA 3DXMA 1U4BA 1KXPA 2P9PA 3VQBA 4C8KA 3QBXA 1T6CA 2VWJA 1RDDA 2WTUA 4JKDA 3HM8A 2ZM6K 4C8OA 3L3UA 4CFBA 1S22A 4BRPA 1SAZA 1S1VA 2IAJA 2DFHA 5I3UA 2E6MA 1VSKA 1LWEA 3SQ2A 4IFVA 4OVLA 1NGDA 4DSIA 4WYBA 3O9QA 3NAEA 3AVLA 2KZMA 4AHRA 1ZYQA 3QLHA 3BF3A 1OKJA 4DTOA 3RR7A 4FZYA 4BGBA 1NJZA 4FO0A 3BZCA 3O80A 5J2QA 4WFBL 4DSKA 4GY2B 1NGBA 2GWKA 3JS6A 3WEEB 1ZXOA 3D2EA 3ZYYX 1LOTB 1TYQB 3AA4A 4DV2K 5AQJA 3V9ZA 4XH5A 3VERA 5M1OA 5ELZA 1H1VA 1NGEA 4Z94A 5CE3A 1K73O 5AQHA 1N36K 3EO3A 2G8VA 2V7YA 3SK3A 1S6QA 3KZBA 3VEXA 5M1NA 3RWUA 3L8BA 3MCAB 2ITMA 3E9LA 5E41A 2E2QA 3CM6A 4ICLA 4I7FA 1SL0A 4B8CA 1E4GT 4BDYA 2KKZA 3NF6A 5BR9A 1ZBSA 4F3OA 3VQQA 4JD2A 4NXMK 1RBVA 3U9ZA 1X9SA 5EXWA 3S3OA 3K5NA 5EX5A 3ZETA 1QS4A 3E66A 3DRSA 3O1BA 5D3GA 4CGGA 1QSSA 1NK4A 4E1JA 3T7ZA 1A5VA 4DWIA 1IBKK 4FLWA 3PX6A 4B1WB 5KPTA 3VGMA 1VSLA 4DUYK 1S9GA 2YHBA 3VESA 1S1WA 3O1WA 1NKEA 3SJHA 1IKYA 1OH7A 4H5NA 2QXFA 2X78A 1L3SA 4M7YA 1X3NA 1NGGA 3MEGA 1CLQA 4BGAA 2RHKA 3AVNA 1HQUA 4DV7K 4FK4A 4E7LA 5J2PA 5M1KA 1D8YA 1WLJA 2E4LA 2VQFK 4H0PA 4Y1DA 5A2QO 1LAWA 4FM2A 3KK2A 3T69A 1GOAA 1JL1A 3MN5A 4H4MA 2UUAK 4IZ9A 1JLCA 4RW9A 2QKKA 4M3XA 3K5MA 3V9XA 3W0LA 2E88A 3M6GA 1NJYA 1OH8A 2WBNA 4A2AA 2A42A 2FBXA 3LWLA 4JKFA 3P83D 4ZHRA 1LWFA 2Q97A 2JWLA 4CHZA 1HPMA 2Q1NA 3H08A 2HSTA 1YUWA 4G1QA 3OYMA 3V1QA 1YTUA 3ID8A 5ADXA 4M3WA 1YTAA 3KD1E 4CGFA 2OZMA 3C7NB 2G8FA 5HRSA 3AVCA 3ZT2A 1Q9YA 3B8AX 3KWGA 1KLMA 3VF4A 4CE9A 2QKBA 5C2DA 4DMNA 1X9MA 3O5BA 4IJNA 3OYAA 1RBRA 4CGIA 3P31A 2UXCK 4FJKA 2JLEA 4FWRA 3UKRB 3A8YA 5JS1A 4ILHA 5E84A 3CERA 4RW7A 4DTRA 4DHYA 3ATVA 3MECA 2PYLA 3BF1A 2HOEA 5LJWA 1T05A 4JK8A 4I6MB 1EQYA 1X3MA 3ZX3A 3C6TA 3QINA 2AJQA 3THYA 3THWA 2HHWA 5AQKA 1BI4B 4KHSA 1XUPO 3MMVA 1RBTA 4MLHA 3VETA 4CHYA 1WSIA 2HNZA 2O4IA 1KVCA 5CR4A 1ZBHA 5M1QA 1T44A 3CC4N 5JVGL 3PX4A 3UE5A 1HKCA 3WNGA 4HUGA 4K25A 3SUNA 1GLFO 5KQ8A 3QEXA 2IDOA 1ASWA 2YKMA 4EP4A 3IMXA 3QO9A 1RT3A 5DM7L 3PUFA 3B6OA 2O8CB 3P38A 4JHDA 3M8RA 1DKGD 1SKSA 2KFNA 1EP4A 2XHBA 3C94A 1RTJA 5JMVA 3NHGA 2A1RA 1GOBA 2IGIA 4CFCA 2J4RA 1S3XA 5AFUA 1IBLK 3V1OA 4FM0A 1C1BA 2F4VK 5C15A 2P5GA 4QS7A 3VF2A 4QCLA 3M8PA 4JI8K 3H45C 4BR5A 1S72N 5CZ2A 4J2EA 4H5RA 4BQLA 3LDLA 4CHNA 5HLFA 3ZT3A 4JAXA 4F2SA 4DR7K 4CJPA 3OY9A 4BRFA 2O8EB 3M1FA 3K9JA 3THVA 3FZFA 1B9FA 2IC3A 4LFCK 3O6WA 3CCUN 3CMEN 4CJSA 1CZAN 4FOIA 3V81A 4KHPK 2FC0A 2PBDA 3HO1A 3CJAA 2EWSA 2HBKA 5J2MA 3NH1A 4LH5A 4BE1A 3RMBA 3ZCMA 1U04A 4FJXA 3K9KA 3TANA 4JS4A 4WFNL 2JWKA 2VGMA 1QVFM 2BH1A 3SPZA 1HYSA 3O8MA 4YY3K 3HP6A 2YV0X 4FWQA 2BDPA 3TSQA 4B8AB 1T03A 4BE2A 4N47A 2FBTA 1Q81O 3LZIA 4CEZA 3VPZA 1RDAA 3D0PA 5AQYA 3THXA 2OPPA 2R7YA 3RSEB 4B9NA 4DSFA 2RKIA 3R3LA 4KB0A 3SJJA 4FSVA 5CYMA 2YHWA 4K8XA 3KK7A 3TI0A 3KD5E 3U6FA 4DTMA 3FFIA 4E1MA 1REVA 3VEWA 3O3FA 1C0UA 1L5UA 4DLEA 3SPYA 3QNOA 4E7KA 4H0TB 5AR0A 3BGRA 4XEIA 2VQEK 4AM6A 3VN5A 3FFKB 4CJFA 3O3HA 1LW0A 2PFUA 5AQTA 4W5RA 3IAYA 4K41A 4KI4A 4EZ6A 4DG1A 4BRCA 3SQ1A 4HWIA 4QS8A 2D4WA 2Z1HA 3WNEA 3CIPA 1U2VA 1VQLN 1VQKN 5FRMA 3VA3A 4J8FA 3C6HA 4IJAA 3NVMA 3CF5L 2D0AA 4O0JA 3CMAN 5LY3A 1WSJA 3PO5A 4BROA 2EX3A 4L8RB 3TWHA 3U8XA 5HRRA 3WXKA 2VYPA 2OPQA 2G8UA 4X62K 3JYTA 1XQSC 1NGJA 4CJ3A 3ZT4A 4BC4A 2QWPA 3DLRA 4YOUA 2YCHA 1C0TA 1I39A 4H5TA 4M3RA 4CZHA 4ILJA 2F7TA 3CPWM 2CH6A 1S9EA 4DR1K 4CBXA 4CEFA 1SQKA 2ASMA 4O8KA 2W40A 1S6PA 2YX6A 1HNXK 1IKXA 3H46O 3L2WA 4FVUA 3IRXA 1QZ6A 1WSGA 2FXUA 3I56N 1OH6A 4DV0K 3T1HK 2OTJN 1JLBA 3LANA 3FR0A 1KQSM 4X65K 1TUUA 5BPNA 3HSTB 3TSPA 2QA4N 1WB9A 2HBLA 4GNIA 4A62A 5F1XA 5C2FA 4BRGA 3HL8A 3DXMB 2P9PB 3A5NC 4HUEA 2Q0UA 5TKYA 5KI6A 4BE0A 4B9QA 4EZ9A 2P1JA 2O8BA 1CZ9A 4OPAA 5GIOA 1WAJA 3VEYA 3VENA 3K57A 4DSEA 4I2QA 1NGHA 4FLVA 3JSMA 1FJGK 1ITGA 5IWAK 3C65A 2E2PA 4IWVA 3LDOA 3AA3A 4Q5VA 4BY9C 4H0OA 3OYGA 4DQQA 4BRDA 3V6DA 3AVMA 1TKDA 3LDPA 2KFZA 1U6ZA 4KHWA 1NK7A 1SL2A 1GLAG 2OPRA 4FJMA 4OLBA 4CEOA 1NM1A 4BR2A 5HBMA 4CHQA 4JKEA 2ASPA 1NMNA 1C1AA 5C24A 4UQGA 1A5WA 1D9DA 1CXQA 1BISA 4YOVA 3NFAA 1QZ5A 2HNDA 5KTQA 4KH6A 3D2EB 4GVMA 1NK9A 3GG4A 4BC2A 1DT9A 2HF3A 3QFPA 4FOEA 4CJWA 4PY5A 1SKRA 4B1YB 5AQGA 4F8RA 2KTQA 3BY5A 2GUPA 3WUHA 3DMJA 1IV0A 1IKWA 2FLOA 1FW6A 1W9HA 4E3SA 2IVPA 3BUZB 4RW6A 1BGXT 4CECA 1BUPA 4JV5K 3CC7N 3KLEA 4M3ZA 4IFYA 4ZTFA 3GDQA 2HHQA 2I7NA 4QAGA 1WBBA 3CCJN 2P9NA 4JD2B 4BRIA 3ZETB 4B1VA 1FKPA 4FWNA 4CJRA 3HSCA 4CEQA 3ZSZA 2XY7A 1HKBA 3IS9A 3HM9A 4RW4A 3VQCA 3H1QA 2BUPA 3QEVA 4NLCA 4OJRA 2ZJPL 1JLQA 3HOTA 2NRWA 4FJLA 5LJVA 4ELVA 3RMAA 2ZGZA 2WUSA 2DFEA 3HT3A 2KQ2A 4XH4A 5C25A 2G8HA 1YJWN 1QVGM 4DV3K 4C8NA 1JXEA 2O8FA 2F8SA 4DTUA 4N41A 1C0GA 2A1SA 4MO5A 1D5AA 1E4FT 4L3QA 4HUFA 4CZLA 1K8KA 3CCVN 1JL2A 3TTCA 5TKWA 2NNWA 4YOTA 4YORA 4GMJB 3VGLA 3OYCA 3TR8A 4CJ5A 1Q86O 3ZX0A 3G0ZA 4BDPA 1DGKN 2W41A 3S3NA 4AM7A 4F9OA 2E8AA 3TARA 1Q18A 2GV9A 3VQDA 3TAGA 4CEDA 4YOYA 3NMUA 4WQ5C 2NZTA 3P5JA 5M1PA 4YNQA 3ENHA 4JI7K 5B8HA 3MAQA 4HVJA 2A3ZA 2P9KA 4TSXA 1HNWK 1U47A 3NBPA 2Z1JA 3WT0A 5AZJA 3OS0A 4KH4A 3PY8A 1MU2A 3A5LC 1HKGA 2FBVA 1TK5A 3BEXA 3MEEA 2ZWHA 2NRHA 1UWBA 1RTHA 3OYIA 3L4QA 2YI1A 3O08A 3RR8A 5KRTA 1ATNA 4DSLA 2D1KA 4HCBA 4FVMA 4ELUA 5BPMA 3QETA 4KTZA 4H4OA 4NO7A 1GLEG 4CGDA 1R59O 4OKEA 3FZLA 3ITHA 3LAMA 4JI3K 2QWLA 4JKAA 3E9OA 3IUCA 1O1WA 4F3TA 5HRPA 2QWMA 4O8UA 3F9KA 4Y1CA 3HP9A 3THYB 3THWB 3HVRA 1U49A 2Z1IA 3HTVA 3T1YK 4FL9A 4MQ3A 1TGOA 3AGKA 3OW2M 3BP8A 3DLGA 1OVQA 3N4PA 1NGAA 1SUQA 3OBWA 4KRFA 2KZZA 1ZBIA 3SBGA 4BG8A 2FSJA 3E1YA 4JKBA 3ZEUA 2YJFA 2HB5A 3D7EO 3T3FA 4NXNK 3EZWA 1XMQK 3GBTA 3OYHA 3ASMA 2YNFA 2HMPA 3K5LA 1N6QA 1WN7A 2E1ZA 5AQUA 4CJQA 1HMVA 4JHDB 3R1XA 1HLUA 2ZD1A 2NRZA 4DFMA 3EN9A 4JKGA 4OKJA 3TSUA 3UIQA 1RT2A 5AQRA 5KPZA 1SS6A 1XNRK 3J81O 1EWRA 3MWPA 2V52B 5GAHP 3VF6A 1V4TA 1TKZA 4CZJA 1KC8O 3PSIA 4N56A 4AHVA 4CZIA 2LSNA 4B9TA 5F2RA 1NJIO 1BOTO 4IG0A 3VOVA 4FXDA 4B3SK 3EYZA 1JLGA 4KREA 1YJ9N 4Z4GA 1NNEA 4CJUA 4GKKK 3LL3A 5GIPA 4NYNA 4H5WA 4N76A 5AQIA 4Z4CA 3F73A 1BA1A 3O4NA 3TAQA 2E1YA 3VQ5A 4CW7B 4K8ZA 5AQMA 2PZSA 3LP2A 3DYAA 2X6NA 3AY9A 3CFRA 2ZF5O 3FZMA 2Q0RA 2WONA 1RBSA 3AO5A 3KLGA 4M3UA 3SCXA 2RF2A 4IEIA 4FW2A 5GINA 2P9UA 2FSKA 3CCSN 4GV3A 3C6UA 4DF4A 1CZBA 5HOOA 3CG7A 4ISFA 1T3VA 3THXB 3P39A 2GX9A 4FJNA 4CK2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5TKW A;  1YF5 L;  1W97 L;  4PHT X;  2BH1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BE2 A;  3ZSQ A;  3U3G A;  1K8A O;  1D9F A;  4BC3 A;  3QER A;  3DLE A;  4AHS A;  5T7B A;  3EE8 A;  3OBY A;  3G71 N;  4H0Y B;  4LC9 B;  4CBW A;  3J7A P;  4E7I A;  2CGJ A;  1JLF A;  2CGK A;  4FWL A;  1KRP A;  1X1P A;  2NRX A;  3LZJ A;  3QDK A;  5EY4 A;  5ADX H;  3CPE A;  3AAP A;  3V9S A;  2HBM A;  5FRN A;  2HW3 A;  3RSE A;  4A57 A;  1TKT A;  3AO1 A;  4CF8 A;  4FJG A;  1HX1 A;  4B1U B;  1YAG A;  2KLA A;  4E7J A;  3MN7 A;  2ZE2 A;  1HYV A;  3L2V A;  1CXU A;  2E5L K;  4M63 C;  5FDL A;  1KAZ A;  1YVN A;  5HRO A;  4DUZ K;  3TAP A;  1N33 K;  3D45 A;  4FPB A;  3KLI A;  4EP5 A;  3I8D A;  1VQ4 N;  1GLL O;  1TK8 A;  3TAM A;  1TK0 A;  1NK6 A;  1YF5 L;  1NKB A;  4M41 A;  1HJR A;  4CZK A;  4EIA A;  1WSE A;  3F9M A;  3CJ9 A;  1ASV A;  1TUY A;  4IFE A;  3I8B A;  3IG1 A;  4CER A;  3V9W A;  1NJX A;  1N5Y A;  4OX9 K;  2HHV A;  3QEW A;  2UU9 K;  3NF8 A;  2OYQ A;  3FZK A;  4BRN A;  4E89 A;  1OVY A;  4H03 B;  4FPA A;  3SLC A;  2XY8 A;  4DQR A;  5LMN K;  2NRR A;  1TAQ A;  3OYD A;  3O9S A;  4WQ4 C;  1B9D A;  3P1G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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