1YHQN

Crystal structure of azithromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 49
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yhqN00
3PIOL 5HL7L 3DLLL 1VQKN 1VQPN 5DM7L 3CCVN 1YJWN 4WFBL 1N8RO 1W2BM 1M1KO 5H1SQ 1M90O 4WCEL 4IO9L 1Q7YO 1VQ8N 1VQMN 1YITN 3CMEN 1Q82O 2QA4N 1YIJN 1VQ9N 1OVYA 3CCRN 3CC2N 4IOAL 1K73O 5JVGL 1KQSM 3CC7N 3CCLN 1YHQN 1K8AO 1KC8O 1Q86O 4IOCL 1VQNN 1NJIO 4WFAL 3CXCM 3I56N 3G71N 1Q81O 5MLCQ 3CPWM 1VQ5N 2ZJPL 3G6EN 3OW2M 3PIPL 5GAGP 2QEXN 3CCEN 3CMAN 1VQ4N 1ILYA 1YJNN 2OTLN 3CCJN 5GAHP 3CCUN 5GAEP 1YJ9N 4U67L 3CD6N 1VQ6N 1VQLN 3CCMN 1JJ2M 1VQON 1QVFM 5GADP 1QVGM 4UY8O 5DM6L 3CF5L 2OTJN 3J7ZO 3CCQN 1YI2N 2ZJRL 1S72N 3CC4N 3G4SN 3I55N 1VQ7N 3CCSN 5JVHL 1KD1O 4WF9L 2ZJQL 4WFNL 1K9MO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BUPA 1S9EA 4FW2A 1VQKN 3ATUA 1N32K 3CJCA 1JXBA 1X1PA 3CCVN 3CJ9A 3FZMA 4M41A 5BPNA 2IVOA 5E26A 3F5TA 1Q8IA 3OYAA 4QCLA 4DLEA 4BE2A 5C10A 4J2BA 4IFVA 3MX2A 4FWLA 3DAWA 4M3UA 3WXJA 4GV9A 4LH5A 4E7KA 3QB0A 2P9UB 3OJUA 4I9QA 3ZSXA 4CJPA 3Q7CA 3TSUA 5JLHA 3C7NB 1CLQA 2PY5A 2J4RA 2KZMA 2Z1GA 2P9KA 2QKBA 4JKGB 1OVYA 4FWKA 2YJEA 2YHAA 3IUCA 4CEOA 3CCRN 5M1FA 1EX4A 4M3YA 3ZETB 3SUQA 3WEEB 3A8YA 3H6EA 4CD1A 3GE1A 4WYBA 1NK4A 1D9FA 4XH5A 4DFPA 4O0JA 2I7PA 4RTFD 5AQXA 3SBGA 4GV3A 4CGDA 4JI0K 2X78A 3KD1E 4FM0A 4IDHA 2FLOA 5AQQA 1IH7A 4DTUA 4PA1A 2BANA 5AQUA 4DQ8A 1NM1A 5JMVA 2G8VA 4KKOA 4B3OA 4CZFA 4CZMA 2KHOA 3AO5A 1BWFO 4O55A 4JI6K 3KHYA 4YY3K 1EO1A 3QFPA 3C0BA 4JKBA 4X65K 2NRTA 2PFUA 4IG3A 1VSKA 3LDSA 5AQVA 2VCPA 3TTFA 4B1YB 3RRHA 4M3TA 4KREA 1NGEA 4OLAA 5LJVA 5GADP 5J2MA 4E7LA 4H03B 2OTJN 4JEPA 4CERA 1I39A 3NE6A 4DLGA 1OH5A 2V7ZA 3RTVA 4PQUA 3G4SN 1UA1A 3TU5A 5AQNA 1HNWK 5IT9O 3QMLA 1S6PA 1KAYA 3THWA 4LY7A 3M8QA 3K5LA 2O8EB 2HOEA 3SBTA 1T6DA 4DV7K 3BF1A 2E1ZA 4FJXA 3L6QA 5EY4A 4WFBL 4BR2A 1QSLA 2F96A 2ATQA 3QEWA 5CR4A 1TAQA 4K42A 4N76A 1BI4B 1W2BM 4E7IA 4BQLA 5AZJB 3R9PA 5HOOA 3AVJA 4DSLA 5M1QA 4EP4A 3H1VX 1S5JA 5BRFA 4DQRA 4M7YA 5FROA 4AHCA 4O5FA 4BC5A 1QE1A 4K25A 4RW7A 4FOIA 3TSQA 1BG3A 3VMFB 4IOAL 3HBTA 3TAPA 3CETA 3RSEA 3V4IA 4V19S 1KVCA 1TGOA 3LDPA 4ILGB 1EQYA 3VGLA 1RTJA 4PL7A 4LF4K 2HBJA 2QXLA 4CZHA 3SPZA 4WFAL 4DV6K 2O4GA 1JLCA 2D5RA 3CPWM 1ZBHA 4G9ZA 2P9IB 4H0YB 4JN4A 3V9SA 4LSLA 3CI5A 4BACA 4O0IA 3OYGA 1WSFA 2QM1A 1SUQA 4C8LA 3CCUN 1CZ9A 5GAEP 1TUYA 1NGBA 4DR3K 1C1CA 4DQPA 4U67L 4C8MA 1JLGA 2OPPA 2ASMA 3SLCA 1DLOA 5LJWA 1WBBA 2YNHA 4FJLA 3SZ2A 4WQ5A 3UKUB 4WQ4A 3D6RA 3ULEA 2P9PB 4DS4A 3O3GA 2E8AA 3O6WA 4BRIA 1S72N 1EWQA 2CH6A 2KZZA 2CGJA 1T03A 1TKTA 4BRHA 3LZIA 3T7ZA 3AVAA 2P9LB 2YHWA 3DI6A 3G25A 4CK2A 1BA1A 3WT0A 5KQ8A 4F9OA 3CJBA 3VQBA 3MK6A 4C1NK 3OJSA 3BGRA 3O9QA 3AVNA 4KTWA 3EKUA 4JS4A 4ID1A 1DEJA 1GLEG 1M1KO 4BY9C 3NGZA 2OPQA 5JICA 2E2OA 3PV8A 3LL3A 1Q9XA 4AHTA 4DV3K 4ELVA 1QQOA 3S3OA 1DKGD 4CEFA 5BRHA 3P5JA 2E2NA 1ZBUA 4IO8A 3VTHA 3CCLN 5AQYA 3ZSVA 1NK0A 1WBDA 1Q86O 3BUZB 4YHHK 3HZ6A 2ASPA 3KLEA 1OVQA 1TUUA 1WAJA 4IKFA 4H5WA 1VAZA 5FRMA 1LW2A 4BRFA 3AO1A 1NG9A 2FSNA 3LDOA 1K8KB 5CE3A 1O13A 3QDKA 4NLCA 2OTLN 2YCHA 1WLJA 2AA4A 5GAHP 1JL2A 1QZ6A 3G0ZA 4LD0A 1CZAN 4BRPA 3H3OB 5FRNA 4ELUA 4XIUA 3HYFA 1LWEA 2R7YA 1FJGK 3K58A 1ZBIA 3ZEUA 4JD2B 4KB1A 1WSIA 2ASOA 1RTDA 4IFEA 3THYB 4BWMA 5LMNK 3Q7BA 5C12A 4CK3A 3QLHA 3ZT2A 4J8FA 5DM6L 4I9LA 3MWPA 3VQ7A 4CVNE 4JI3K 3PX0A 1LOTB 4CHNA 1DTTA 1HKBA 4E3SA 3DLHA 4Y1DA 1J53A 1KD1O 3OHRA 4O5BA 1HJOA 4BRKA 4MFBA 1S1XA 3B8AX 3SK3A 3VQPA 5I42A 2EHGA 2DFEA 4CECA 3FLCO 1VQPN 3I0SA 2O8FB 2P9UA 3AA3A 3SYZA 4FJ5A 2IIRA 2HHXA 4DFKA 3AARA 3C7NA 2H3GX 3M6GA 1C1BA 3DJCA 3O1WA 1GOBA 1T7PA 4JKGA 4MLEA 1N6QA 4Y0WA 3VQDA 4DTRA 2KQ2A 3ZETA 4IO9L 2QWMA 3AA4A 1TK0A 4IJNA 3WEEA 1C1AA 5BPMA 4OVLA 5KPTA 3LDNA 1ATNA 3ULDA 3VETA 1BQMA 1NGJA 5D3GA 1L3TA 4IEIA 4CJFA 1SL1A 4CJUA 2Q97A 1VSDA 4MO4A 4K0KK 5KPZA 2YX6A 3ZT3A 2W6LA 3K0SA 3L2QA 4CZIA 2HW3A 3E9LA 4PL8A 5EOYA 1BU6O 4FK0A 3O08A 4H0PA 2YNFA 4CGIA 3OY9A 3WXIA 1HPZA 4M63C 1T05A 2E6LA 1TL3A 1S1VA 2VG6A 3OYCA 5GAGP 2XY5A 4FLUA 4NYFA 5AZIB 1EXQA 1MWKA 4EHUA 3HSTB 4CIFA 1Z05A 2E6MA 1NKCA 2HSTA 4MQ3A 1BA0A 4BC3A 1ZYQA 4BROA 3KKRA 4CIEA 1X9JA 2DY4A 1NU0A 1HNVA 1WN7A 4U7BA 4DR5K 3UB5A 1R0AA 3VERA 4B08A 2UUAK 1T8EA 1XC3A 1MU2A 4BVPA 4BR9A 4CJSA 4DSFA 4H5RA 2OZMA 4YOTA 3AV9A 1S1UA 3A5NC 4LFCK 3H46O 4BQZA 4DG1A 3N4QA 2ITGA 1UWBA 1S1TA 3J7ZO 2O8EA 4HTLA 2FSKA 4RW6A 3NF9A 3ZSWA 4PKHA 4DHYA 4PUOA 4H8KA 3VEZA 4IWVA 1NLVA 3V1OA 1BI4A 5BR8K 1D4XA 5AZJA 5AQZA 2ZM6K 4JYAK 4NLBA 3K59A 3LAMA 4HVJA 3U9ZA 3LPTA 4OGEA 1ZBFA 4AM7A 1EWRA 1ASWA 3IKMA 2WBNA 4O44A 3TWHA 3I8BA 3IS9A 5CHIA 3D2EB 1HPMA 2D0BA 3VQEA 5HRNA 3TABA 3AVBA 4DU3A 4CHPA 2NRVA 4E1MA 4C8KA 4A59A 4CF9A 1HX1A 4CBXA 3PO5A 1NOZA 4BDPA 4ILJA 4CF2A 4BDYA 3F9MA 5BPLA 1TL1A 3LM9A 1K73O 1VSIA 1RTHA 1MA9B 1RDAA 4K8ZA 3NCIA 1K8AO 2P9IA 4FJ8A 2P9NB 2GBZA 3T69A 1KC8O 4CJEA 4DF4A 4FVMA 1TK8A 3OS0A 3MXMA 4FJ9A 2AJQA 3KLGA 3CJ1A 3L4IA 5FPDA 4ISGA 1VQ5N 4H0XB 1LAVA 4FM2A 4JK8A 3AGRA 3CCEN 2VGNA 4Z4IA 5SWMA 3KLFA 5F0XA 2Z1HA 3LP1A 4JI5K 3CCJN 4L3QA 5M1NA 4KTZA 4IJAA 1GLLO 1YJ9N 1OKJA 4CJ7A 2OANA 3D2FA 2Q31A 5HLFA 1VQ6N 5KGWA 2DFHA 4AF1A 3PLAA 5BN8A 3R1XA 4FZYA 3QFUA 4B9QA 1HYVA 4CIGA 4E0DA 1RBRA 5I3UA 5KRTA 4FWPA 1QVGM 4UY8O 2Y1IA 2P9LA 2HHTA 2HHQA 2D0AA 4M3RA 4BRAA 4BRCA 1BO5O 1SQKA 3O9UA 2Q0UA 1WNSA 3IG1A 4CFDA 1NBWA 2GWKA 3W3DA 3NDKA 1IKYA 2B5JA 2ZE2A 5DM7L 2I7NA 2A41A 4M3XA 5TKYA 1G15A 1NK8A 3VGMA 4YOYA 2B6AA 2VWKA 5CYMA 3KK1A 1NNEA 3NGIA 4JRQA 3VA0A 2QWPA 3NH1A 1U49A 2FC0A 2P9SB 4DTJA 2HB5A 4KHWA 4HWIA 1N34K 3CMEN 1VHXA 2GUPA 1C0FA 4B1UB 4BRLA 4ISFA 3ZSOA 2HHVA 2P1JA 4CEZA 1E4FT 2F4VK 3CC2N 1GOCA 4IG0A 1C0MA 4J2EA 1GLJO 3BDPA 1Y97A 2IOCA 4LFBK 1J6ZA 3TARA 1JKHA 1KVAA 1NOYA 3I56N 3G71N 4CCHA 4B1XB 3U4LA 2RF2A 1LW0A 3L8BA 2HVHA 3NH2A 2ETJA 2X6NA 3E1YA 4FWOA 2FF6A 4DV5K 4KHQA 4Z94A 1NMDA 3DOLA 1EKEA 4JD2A 2O8DB 1F21A 3VTIA 5BREA 4DV4K 4H4MA 3O5BA 2EWSA 3MXIA 3M8RA 2KFNA 3TAQA 1RCHA 5LY3A 5GINA 1A5WA 4EZ6A 2QI2A 1GLCG 1JXEA 5KTQA 1C0GA 4NB4A 4MDAA 3VEVA 4DKWA 5E41A 1NWKA 1IO2A 4DR2K 4GW6A 1RT3A 1UA0A 3EE9A 5KGXA 3L0QA 3ZSYA 4CJKA 3V81A 4DUYK 2D0OA 3MN9A 3T1YK 3SQ2A 2XY6A 4AQYK 2YJFA 3P38A 1B9DA 5AQOA 3BZCA 1VRUA 4BR4A 3SPYA 3KTQA 1Q18A 4B3MK 2NUBA 4H0VB 4KHUA 3K5MA 2WOMA 4H5TA 3THXB 4BGBA 1TAUA 5FLXO 3SJHA 4KH5A 4IXCA 5H1SQ 1KVBA 4Z4GA 1RT2A 3P1GA 1TYQB 2JWLA 3LWMA 1RT5A 2KKZA 1TKZA 1B9FA 3O4NA 3SCXA 4YOVA 3LZJA 3A0IX 5C2DA 3AO3A 4FPAA 4Z4FA 3HM9A 3TAFA 3SAHA 4DTMA 4LF8K 3HSCA 3VEYA 4FWMA 2PBDA 3ZSRA 4GY2B 5JVGL 1QQCA 4EP5A 1A5XA 1OH7A 1HYSA 4DSJA 4KHSA 4OGCA 4FWQA 2DTUA 3SNNA 4EZ9A 3QINA 5KRSA 2D1KA 4BG9A 1EETA 5AZIA 5B8HA 1QQNA 4KH6A 4RWTA 4W5TA 4FK2A 2ZJPL 4JK9A 3OYMA 3OVNA 5TKWA 2IDOA 3JAMO 3NFAA 5FPMA 1RDBA 3WQUA 1P8ZA 2V51B 4QOZB 4DMNA 3J81O 3MN7A 1UOCA 4YDUC 1QTMA 4J2DA 4DR7K 3OYNA 1KXPA 3EEQA 3CD6N 1FXXA 4JK7A 2UUCK 2JLEA 3PO4A 1SL0A 4Z4HA 3P4IA 1LWCA 3VPZA 3V9UA 1X3NA 4FJ7A 2BE2A 1HLUA 1ATRA 4HUEA 2ITMA 2GV9A 3SMPA 3T19A 2G8HA 3BY5A 3SQ4A 4JLHA 3KIOA 1VQ7N 1K9MO 2FBTA 4CEAA 3ID6A 5AJ3K 1JLFA 3ZSQA 2HVIA 2W42A 3H3NO 5HL7L 2CGLA 4B9UA 1KCFA 2G8IA 4Z0UA 3CJ7A 2RHKA 4M7XA 2Q36A 3D2EA 3OYBA 3MAQA 4BRDA 4H0OA 2UUBK 3CQYA 3DLRA 4NCAA 1BHLA 3O9RA 5HRRA 2UXDK 3ATVA 4CJQA 3QIPA 1ASVA 1KSPA 5AQIA 3HPGA 4CGHA 2F9WA 3CM5A 1ZXOA 3ZYYX 3EO3A 3EKSA 5BRDA 3UIQA 3I33A 4DR1K 2P9NA 1Q82O 5J2QA 3PY8A 1YAGA 3PSIA 3O8MA 3GG4A 3HT3A 4FJJA 3V6DA 3FR0A 4DSKA 3NF6A 2I5JA 1NGGA 4BREA 3L4QA 3U3YA 4FXDA 1YHQN 1FKPA 4DU1A 1JCEA 3SV3A 3TAMA 4B3SK 4IOCL 2ZF5O 4K43A 3KWIA 1Y64A 4B8AB 4BRQA 5IWAK 3LP2A 1BIUA 1IJJA 4DR6K 2KW4A 3BEXA 3HL8A 2LSNA 3RMBA 1TK5A 3FFIA 3AAPA 3LDQA 4B9LA 5AFUA 4DFMA 1VQ4N 5AQSA 2NRZA 4FOEA 4GMJB 3ZLJA 2YKMA 3DLBA 3MX5A 5C2FA 3DXMB 4ILHA 4OKKA 2YHYA 5CY4A 3F2KA 2HHWA 5JS1A 2YNIA 5AQTA 3HPHA 1KAZA 4GVEA 4HHTA 3L2WA 4DV0K 3DXKB 2VWJA 4FWNA 4FZZA 4CI6A 3WNHA 2NRRA 4G1QA 4JKEA 1JLBA 3DM2A 4A62A 3AVGA 4CJTA 3M8PA 1NJXA 3EE8A 3VQ8A 3VOVA 3SAGA 4LSNA 1IKVA 1XNRK 1HR0K 4WFNL 4BRMA 3NF7A 4F8RA 4H4OA 5CZ1A 3WNEA 3I8DA 3ENOA 4BR0A 4LFAK 1A5VA 3O3FA 3OYEA 4W5NA 4JKHA 3P39A 1U2VA 2G8UA 1HKCA 2P5OA 3S41A 2P9SA 4CGGA 4C8NA 1GLAG 1WSHA 1BDGA 3FZLA 1IG9A 1V4SA 2FBXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PIO L;  5HL7 L;  3DLL L;  1VQK N;  1VQP N;  5DM7 L;  3CCV N;  1YJW N;  4WFB L;  1N8R O;  1W2B M;  1M1K O;  5H1S Q;  1M90 O;  4WCE L;  4IO9 L;  1Q7Y O;  1VQ8 N;  1VQM N;  1YIT N;  3CME N;  1Q82 O;  2QA4 N;  1YIJ N;  1VQ9 N;  1OVY A;  3CCR N;  3CC2 N;  4IOA L;  1K73 O;  5JVG L;  1KQS M;  3CC7 N;  3CCL N;  1YHQ N;  1K8A O;  1KC8 O;  1Q86 O;  4IOC L;  1VQN N;  1NJI O;  4WFA L;  3CXC M;  3I56 N;  3G71 N;  1Q81 O;  5MLC Q;  3CPW M;  1VQ5 N;  2ZJP L;  3G6E N;  3OW2 M;  3PIP L;  5GAG P;  2QEX N;  3CCE N;  3CMA N;  1VQ4 N;  1ILY A;  1YJN N;  2OTL N;  3CCJ N;  5GAH P;  3CCU N;  5GAE P;  1YJ9 N;  4U67 L;  3CD6 N;  1VQ6 N;  1VQL N;  3CCM N;  1JJ2 M;  1VQO N;  1QVF M;  5GAD P;  1QVG M;  4UY8 O;  5DM6 L;  3CF5 L;  2OTJ N;  3J7Z O;  3CCQ N;  1YI2 N;  2ZJR L;  1S72 N;  3CC4 N;  3G4S N;  3I55 N;  1VQ7 N;  3CCS N;  5JVH L;  1KD1 O;  4WF9 L;  2ZJQ L;  4WFN L;  1K9M O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BUP A;  1S9E A;  4FW2 A;  1VQK N;  3ATU A;  1N32 K;  3CJC A;  1JXB A;  1X1P A;  3CCV N;  3CJ9 A;  3FZM A;  4M41 A;  5BPN A;  2IVO A;  5E26 A;  3F5T A;  1Q8I A;  3OYA A;  4QCL A;  4DLE A;  4BE2 A;  5C10 A;  4J2B A;  4IFV A;  3MX2 A;  4FWL A;  3DAW A;  4M3U A;  3WXJ A;  4GV9 A;  4LH5 A;  4E7K A;  3QB0 A;  2P9U B;  3OJU A;  4I9Q A;  3ZSX A;  4CJP A;  3Q7C A;  3TSU A;  5JLH A;  3C7N B;  1CLQ A;  2PY5 A;  2J4R A;  2KZM A;  2Z1G A;  2P9K A;  2QKB A;  4JKG B;  1OVY A;  4FWK A;  2YJE A;  2YHA A;  3IUC A;  4CEO A;  3CCR N;  5M1F A;  1EX4 A;  4M3Y A;  3ZET B;  3SUQ A;  3WEE B;  3A8Y A;  3H6E A;  4CD1 A;  3GE1 A;  4WYB A;  1NK4 A;  1D9F A;  4XH5 A;  4DFP A;  4O0J A;  2I7P A;  4RTF D;  5AQX A;  3SBG A;  4GV3 A;  4CGD A;  4JI0 K;  2X78 A;  3KD1 E;  4FM0 A;  4IDH A;  2FLO A;  5AQQ A;  1IH7 A;  4DTU A;  4PA1 A;  2BAN A;  5AQU A;  4DQ8 A;  1NM1 A;  5JMV A;  2G8V A;  4KKO A;  4B3O A;  4CZF A;  4CZM A;  2KHO A;  3AO5 A;  1BWF O;  4O55 A;  4JI6 K;  3KHY A;  4YY3 K;  1EO1 A;  3QFP A;  3C0B A;  4JKB A;  4X65 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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