1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
3CCEN 3G71N 5GADP 3CMAN 1Q82O 1QVGM 2ZJRL 4UY8O 5GAHP 1K73O 3OW2M 5GAEP 1YJWN 2OTLN 4WFNL 1N8RO 4IO9L 5HL7L 1Q86O 4WFAL 1K9MO 2OTJN 1YITN 5JVGL 5H1SQ 1VQ7N 3CCJN 3CCLN 3CCRN 5JVHL 4WFBL 1VQLN 1VQ5N 1NJIO 1KD1O 1VQNN 1S72N 3CCVN 1Q7YO 3CCMN 1KQSM 4WCEL 1M1KO 1KC8O 3G4SN 5GAGP 1QVFM 2ZJPL 3PIOL 1YHQN 3CC7N 1M90O 3CPWM 1W2BM 4IOCL 5DM6L 3CMEN 5MLCQ 3CD6N 3CC2N 1YJ9N 3I55N 1JJ2M 1YJNN 1VQ8N 1OVYA 1Q81O 5DM7L 1VQ9N 1VQPN 4WF9L 1YIJN 3CF5L 1YI2N 1K8AO 1VQMN 3CCUN 1ILYA 3PIPL 3G6EN 2QA4N 1VQ4N 3CCQN 4U67L 2ZJQL 2QEXN 3CC4N 1VQON 1VQKN 4IOAL 3CCSN 1VQ6N 3I56N 3J7ZO 3DLLL 3CXCM
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K42A 2QWNA 3AO3A 4XH5A 5AQXA 3U3GA 4FSVA 2KW4A 3QDKA 4CHQA 3IG1A 2HMIA 4DB3A 3A5OC 3PUFA 5KGXA 1NGIA 1J5EK 5GAHP 3U3YA 3SQ2A 4JI7K 3SQ0A 2VGMA 5GAEP 3VA3A 1NK6A 2ETJA 2Z1JA 4BWMA 3AA4A 3NHGA 4JKDA 3LDPA 4LF6K 4MFBA 5D3GA 3T1YK 1C0GA 1JXBA 4KPYA 4LFAK 4CF8A 3SNNA 1MWKA 3CETA 4JK7A 4QS9A 3J80O 4DQQA 1GOCA 3DXMB 4E0DA 2FSNA 4DTNA 4KHYA 4EZ9A 1LAVA 5AZJB 4KAZA 2YNFA 3QEPA 3MN9A 4DS5A 3THXA 3GDQA 1CLQA 5KQ8A 3THWA 1G15A 1S6QA 2O4GA 3A8YA 3SK3A 3ALYA 4CJWA 3UE5A 4E1JA 4KHWA 4MO4A 3OS2A 1V4TA 4B1YB 2O8DA 5F1XA 3ZEUB 4CIEA 4I6MA 4J2AA 2G8IA 4HVJA 1VAZA 4CEBA 4CJFA 1OVQA 4CFBA 1KRPA 3FFIA 4JLHA 3RSEB 2F8SA 3IMXA 3NH2A 1X1PA 4QS8A 4CGHA 3T1AA 3KK2A 5F0XA 2A6AA 3TTDA 1QS4A 3NGYA 4CIFA 2WBNA 3ZETB 1LW0A 1XHZA 2QA4N 4YDUC 4BR0A 3OYIA 3THVA 1IV0A 3VF2A 4IG0A 2NZTA 3R9PA 2P5GA 1C0UA 1NJXA 4C8KA 4H0OA 1J9AA 3QNOA 1Z6RA 1A5XA 5HRPA 1N33K 2FXUA 4CEQA 4LC9B 5KRTA 4KH5A 4FCYA 1HKBA 3TPQA 3UKUA 4CJPA 4B9MA 2V52B 2O8FA 3HP6A 1QE1A 4CZHA 1HYZA 4M3WA 2D0AA 3PY8A 3M8RA 3MDQA 3AVGA 4H03B 4FXDA 1SKWA 4BGAA 4E7KA 4CEFA 4CHZA 3KJVA 3ZT3A 3TWHA 2YHYA 4W5QA 4NCAA 3JAMO 4R79A 4FJXA 2IVPA 4CJ4A 5H1SQ 3ZX0A 3AGRA 1K8KB 4Z4GA 1YTUA 2YKMA 1RNHA 4I7FA 1NJIO 4N47A 5AZJA 3AVBA 4M3RA 4NB4A 2VQEK 4ZTFA 5AQLA 3TSQA 3F5TA 4HTUA 1S1UA 4WCEL 4FM2A 4DR3K 3F9MA 3EYZA 1Q9XA 4CF9A 5BR9A 3THYB 4OLBA 4KHPK 4XH1A 3K5LA 1MU2A 4BREA 3HTVA 3LDSA 3SUNA 1BU6O 2PY5A 1HNVA 2NNWA 1JCGA 1VSEA 4IOCL 4O0IA 4NXNK 2IOCA 4C1NI 2IVOA 3AVNA 3R3LA 5EVZA 2V7YA 4AM6A 5LMNK 4DR7K 2NLXA 1U45A 3RR7A 4MLEA 2JLEA 3VQ9A 3FR0A 1FXXA 1REVA 4JKCA 1YIJN 1KLNA 3L2UA 3WQUA 4CCHA 4CK2A 2B5JA 4CI6A 3HPGA 4F2SA 3VGMA 3AY9A 1ASWA 3M1FA 1HLUA 1UWBA 3A5NC 5EOYA 2RPIA 1NK0A 3K59A 3QETA 4IZ9A 1BQMA 3SLCA 4CZGA 3U6FA 4HUFA 1HX1A 4AQYK 2NRWA 4CK3A 1L3UA 4KREA 1BHLA 4HUEA 3TU5A 3AGKA 5CYMA 4BG9A 2V51B 1WN7A 4E7IA 4DFMA 1S9EA 1ASVA 1HMVA 4I2PA 4JS4A 3OBWA 4C23A 1SL0A 4FJJA 4BRDA 4NLCA 1VK0A 4RWTA 3RWUA 4BR4A 1WAJA 4FM0A 3CCRN 4OO1J 4BRGA 1W97L 4CJQA 2KZZA 2ZM6K 4QS7A 3LDLA 1GOBA 3SV4A 5F2RA 1E4GT 3AVHA 2WOMA 1WAFA 3ZT0A 1L3SA 3TAEA 3S3NA 3QBWA 4DTUA 3THYA 2QWPA 2F9TA 4DV7K 3FZHA 1QQOA 2E1ZA 3BDPA 4RW6A 4IJAA 4JI6K 5AQMA 4LF9K 3PO4A 1M90O 5FLXO 1NMDA 1ATRA 2F4VK 4MO5A 2G8UA 4H8KA 1W2BM 2Y1JA 2HBMA 2PFUA 2RHKA 1YJ9N 3VTIA 3RMCA 3U9ZA 3V9UA 4JS5A 3K9KA 4ILJA 1TKDA 2F9WA 3KD1E 4CJRA 4RW7A 1NK5A 5J2NA 1HR0K 3DLBA 4DLEA 4X66K 2OYQA 2HBKA 3T7ZA 3R8EA 2XY8A 3CCQN 4FK2A 2QEXN 2O8EB 2HHWA 4BROA 4BDYA 1VQKN 5HP1A 3P1GA 2PAVA 4ID1A 3M3ZA 4IOAL 1CZ9A 2NRHA 5AQWA 2UYTA 4IFVA 4H0PA 4JV5K 1SQKA 3K57A 3DLLL 1C0TA 1VSKA 1RT4A 4FL9A 3C7NA 1QVGM 3S3MA 4CEEA 5AQYA 4H4OA 4FWQA 5TKYA 1RBSA 4H0XB 1WBBA 4ISGA 1HPMA 4DTXA 4B9LA 4M3UA 4M63C 1QZ6A 2BANA 2PBDA 1UOCA 1K9MO 2KFNA 1RT3A 3BZKA 1S9GA 4KB1A 2DPNA 1WBDA 3EKSA 4N41A 3CCJN 3CJCA 5TKWA 4AHUA 1P8ZA 1VQ5N 4GVEA 1EKEA 3CHWA 1U2VA 4C8NA 4L8RB 3VQQA 4CZFA 4CZEA 2E6LA 4BRKA 3CCVN 4H0VB 4EFHA 3VEWA 2P1JA 2P9KA 1KC8O 2CGLA 4DSIA 2BUPA 3NAEA 4FOIA 2OPRA 1NU0A 2VWBA 4I9LA 1DT9A 3VQBA 2Q1NA 3AVLA 2UXDK 1YJNN 4KHUA 3L6QA 4YOVA 4MDBA 3OYDA 4QOZB 3AVCA 3CJAA 1TYQA 4KI6A 1SS6A 4B1ZA 4FJ8A 1YAGA 2W42A 1OH7A 4CBWA 5AQPA 5FPEA 1Q9YA 2CGJA 3HPOA 3ZCMA 4DLGA 4H5RA 3FLCO 3TSUA 1ZYQA 3CQYA 3SV3A 1XWLA 1HYSA 3CM5A 2W6KA 1KXPA 3ZLJA 1C0FA 4G9ZA 1RDDA 1CZBA 4IEEA 2HHTA 4CEOA 2HOEA 4CJVA 2O8BB 1GOAA 4CZLA 1SAZA 2VCPA 2P9NB 1RT1A 1S6PA 1U48A 5EX5A 1HJOA 3NH1A 4JKAA 3JSMA 5AQRA 3JYTA 3N4PA 2OTJN 1IKWA 3P5JA 1QSYA 2Q3SA 4OKKA 3M6GA 3S9HA 3CCLN 3KLGA 4XIUA 4NYNA 3VERA 2ZGYA 4CFDA 2E8AA 3LL3A 5LY3A 3KLEA 3EE8A 4DR1K 3VEZA 5AQHA 3WEEA 2ASPA 5JLHA 1IBMK 1H1VA 3SAHA 4JK8A 3M5RA 2E6MA 2OA8A 1QQMA 3D0PA 4W5OA 4PUOA 1NGJA 4H5NA 1HQUA 3ZT2A 1SKSA 2BGGA 1VSHA 2UUCK 5EY4A 2HSTA 4OKEA 3ISNC 3CPWM 4DF8A 2QWRA 4B8CA 4B3SK 4IJNA 3AARA 1CZAN 2VG5A 3TSPA 4FLZA 4OGEA 1ZBFA 3G0ZA 1SUQA 1JJ2M 3T69A 1GLJO 3AO1A 5DMRA 3V1QA 4ELTA 4M3ZA 3MWPA 1WUAA 4EHUA 3F73A 3IAYA 4ELVA 4FJMA 1QQCA 1RT2A 2WFBA 3SAGA 1K8AO 2WONA 3FE1A 3KLHA 3J7YP 3P39A 3L2RA 4PQUA 1VQ4N 1KVCA 4BACA 4WQ5C 3ZSXA 4RG8A 1YVUA 1UA1A 2KQ2A 3DRRA 2XRIA 4DQPA 3QEIA 2XO7A 4DTJA 4ISEA 1TL3A 4IO8A 1FW6A 3VQ5A 2HHHK 3DAWA 3O9TA 1NK7A 4FWKA 1BI4A 1N32K 4DU3A 1C0MA 3ULEB 2JGUA 3OYKA 3OYEA 3SPZA 1TUYA 3QEVA 2QK9A 3NE6A 3K5NA 1JKHA 5M1KA 3NMUA 2ZE2A 3ZSYA 1YJWN 2OTLN 3SJJA 3DOLA 2O8CA 4CJTA 4DTOA 4JI5K 4Z0UA 2VYPA 1EWQA 1SV5A 2CH6A 3SBGA 2YV0X 3HXMA 4CFCA 5CE3A 2HMPA 4DV3K 1IG9A 4GVMA 4CVNE 4CBXA 1OH6A 4OGCA 3V9SA 1S5JA 4CHPA 4DQ8A 1U4BA 1WSJA 3QIPA 4M42A 3HK2A 3KVGA 3CCMN 3CERA 1BUPA 4K41A 1RT5A 4BR5A 3L3UA 3SYZA 5AQGA 3QLHA 4WQ4A 1NOYA 4YNQA 2J4RA 4FWLA 2F8TA 1BCMA 1RTHA 4G1QA 2Q0RA 1S1WA 3B8AX 3MEEA 1MA9B 1X9MA 3NVKA 4W5TA 2HF3A 1MDUB 4KH4A 5AQOA 3NDKA 5CHIA 1E3MA 4CK1A 3WT0A 5DM7L 5AQSA 3F2KA 5FPDA 4CZJA 5FPNA 2ZGZA 3PV8A 5JLFA 3VQDA 1A5WA 4DSFA 4FWRA 1XI1A 4HHTA 1ILYA 4B9TA 4JKEA 4JHDB 3QEXA 4KKOA 3VQ8A 4B3RK 4YOXA 4WQ5A 1VQON 3I0RA 4FLXA 3O1WA 3VQEA 3O9UA 3VESA 4J2BA 1R59O 3K2PA 4GV6A 3OYJA 3TAPA 4BY9C 5ADXA 1RDAA 3QINA 2O4IA 3KK7A 4O5BA 3I56N 3ZSOA 2QKKA 4O8UA 4DR4K 3G10A 3NH0A 4FJNA 4FVUA 4H4MA 4X64K 3R1XA 3LP2A 3CJ1A 5AR0A 2P9UB 4N5SA 3WXLA 4XEIA 1UAXA 1VRUA 3AO5A 3D2FA 3D45A 1ASUA 5HROA 3T1HK 4AHTA 3HRGA 4BRMA 2F7TA 3O6WA 5ELZA 2GEMA 4JI2K 1BCOA 3H1VX 4CJSA 2P9PB 4IG3A 4KRFA 3AVKA 5KTQA 4FWNA 4GMJB 3O3FA 3ZX2A 5HBMA 4E89A 2X74A 1T05A 4RW4A 4EAHD 4Z94A 1WSHA 3OYCA 2HHVA 3MEDA 2HBJA 3A5MC 4UQGA 4FLYA 1KD1O 1NGGA 3PSIA 1ESVA 1NK9A 1X3MA 2YJEA 3QIOA 2Q31A 4F2RA 3UKRB 3O1BA 2IIRA 3O9RA 1QVFM 3VEXA 2YNGA 3OYLA 3HI0A 4KV8A 3OS1A 3CC7N 5C10A 3DXMA 2FSJA 4KI4A 2HW3A 2KKZA 3D7EO 4LSLA 1NK4A 3LP3A 4AF1A 4FJHA 4N76A 3WNHA 4OJRA 3CYMA 4BE0A 3CIPA 3DXKB 4M45A 4IOXA 4B1XB 1I94K 4GV3A 1DLOA 1VQ9N 4HUGA 2YJFA 3D2EB 3EL2A 5M1OA 3SZ2A 3ZEUA 4LF8K 4RW9A 4B9QA 1T6CA 1IKVA 5JS1A 4HTLA 1B9FA 3E9PA 2ZJQL 4FZXC 3RSEA 3LZIA 3NF8A 2CH5A 2G8HA 3OA9A 3CC4N 3AA3A 3MN7A 1S1VA 4YOUA 5AQIA 4GKJK 3ASMA 5AQJA 4BG8A 3O4WA 5AQFA 3LP0A 3ZETA 4K43A 3RMDA 2Z1GA 1WSFA 4K25A 4DTSA 4Q0BA 4FPBA 2X78A 1T8EA 2OZSA 1DTTA 5AQUA 3EEQA 4YOTA 4CZMA 2P9IB 3A5LC 2H3GX 4ICLA 4KTQA 2A40A 3QFUA 1D5AA 4E7HA 1EP4A 4BVPA 4PL8A 3DM2A 2IAJA 1NGHA 4B9NA 3KKRA 4LFBK 3AVFA 1RBVA 2KTQA 2VQFK 2D4WA 1JLGA 1LWEA 1KCFA 3VETA 4WFBL 4JNEA 3FZFA 2HVHA 3KD5E 3P38A 5C24A 2HB5A 3QEWA 1Y64A 4BC3A 4BRLA 4F9OA 1S72N 3IFRA 4YHHK 1OKJA 4FLVA 1KLMA 3O3GA 3L3VA 2GX9A 4JI3K 1BG3A 1U04A 4YOYA 3AV9A 1K8KA 1RDWX 2CGKA 1DTQA 3TAMA 1YHQN 1NNEA 1C6VA 4GY2B 1ZBIA 1BDGA 2Z1HA 3PSFA 2D1KA 2GBZA 3NGZA 2YNIA 1NGCA 2P9SB 4YORA 4LFCK 3CFRA 4B9VA 3BEXA 4DS4A 5BRHA 5C42A 3PX0A 1GLFO 4CGDA 1BISA 2QTDA 3FFKB 1X9SA 1TV6A 3L2QA 4FVMA 1WSEA 1IKYA 2A42A 1Z25A 2IGIA 3P4IA 2QWLA 1NBWA 3MX2A 3T3FA 3HM8A 5CYQA 1KFDA 1NGAA 5BPMA 2KFZA 3VA0A 3DLEA 4CJLA 3GOIA 3L2WA 3E1YA 1QHTA 1P90A 4DUZK 3HOSA 1EO1A 2E2NA 3E01A 1TK0A 3RRHA 3VQCA 1HNZK 1KAZA 2HHQA 1Z05A 1NKCA 1W9HA 1G99A 3PLAA 4B1WB 5I9EB 1WNSA 2A5XA 3D6RA 3OS0A 4Z4CA 1XMOK 2ASMA 3M8QA 4OPJA 1RTIA 4JK9A 5HL7L 4BE1A 1JLQA 4F3TA 1ZBSA 3SCXA 3MCPA 3AAPA 5C25A 4OPAA 5JVGL 4DV6K 2HNDA 4FOEA 4H0TB 4ILHA 1VQ7N 3ZSRA 3O3HA 4A5AA 5ADXH 4CF2A 1GLBG 4BR9A 3OYBA 1Y97A 1FJGK 3SQ1A 3BGRA 3BF1A 1N36K 2GUPA 3KK3A 4Y0WA 4PL7A 4CGFA 3IUCA 1BWFO 2LSNA 3MK6A 3AAQA 4DU4A 1NGEA 3AVJA 4YFUA 1RILA 3E9OA 1RT6A 3OBYA 2OANA 3KWIA 1J54A 3QESA 4BRFA 3LDOA 5AZIB 5HRSA 5GIPA 3PX4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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