1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TI1 (3-6)AH1 (11-15)EMPTYS4 (101-103)S1 (33-38)TI2 (39-42)3H1 (63-65)S2 (43-49)TI3 (51-54)AH3 (78-95)S3 (56-62)3H2 (67-69)AH4 (114-125)TII'1 (104-107)TII1 (110-113)3H3 (133-135)AH5 (139-143)AH6 (145-152)AH7 (169-180)TVIII1 (157-160)TIV2 (181-184)AH2 (20-29)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
1JJ2M 1YJNN 1VQ7N 4WFBL 5GAGP 3DLLL 2QEXN 3PIPL 1YHQN 1M1KO 3CMEN 1VQMN 1YITN 1S72N 1YJWN 1Q7YO 3CC7N 5H1SQ 3CCVN 3OW2M 3CD6N 1VQKN 1YJ9N 3CCEN 5DM7L 1YIJN 5GAEP 1KQSM 1K9MO 4IOCL 1YI2N 1OVYA 3CCSN 1K8AO 1VQ8N 1ILYA 1VQLN 2QA4N 3CCUN 4WF9L 4U67L 1QVFM 3I56N 3I55N 1QVGM 1VQON 1Q86O 2ZJRL 3G6EN 3G71N 3CMAN 5MLCQ 1VQ5N 3CCLN 1N8RO 1VQ4N 3CF5L 1VQNN 5JVHL 3CCJN 4IO9L 3CCQN 2ZJQL 1W2BM 1K73O 5DM6L 4UY8O 3G4SN 5HL7L 3CC4N 5GADP 5JVGL 5GAHP 3CXCM 1Q81O 1VQ6N 3CCMN 2ZJPL 1Q82O 1KD1O 4WFNL 3PIOL 4WCEL 3J7ZO 1KC8O 2OTJN 1NJIO 4IOAL 3CCRN 4WFAL 3CC2N 1VQPN 3CPWM 2OTLN 1M90O 1VQ9N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W41A 4GV9A 4DTOA 4DLEA 2V52B 4DU3A 3ID6A 4IFEA 5AR0A 4CJKA 2A42A 1N5YA 5DMRA 3RMAA 2Z1HA 4CJ4A 3CFRA 1HYVA 3LP3A 1Q9XA 4BDPA 2KHOA 4DTNA 1B9DA 3NDKA 4DHYA 3I33A 1FJGK 3LZJA 1RDBA 1YXQA 4XH1A 4CD1A 3U8XA 1BO5O 4CIFA 4CJQA 5I9EB 4X62K 3G10A 2NRWA 4F4KA 3MCPA 1I94K 4X64K 2I7PA 1JLEA 4Y0WA 3HZ6A 2AP1A 2PAVA 1IKWA 4KHQA 5AFUH 3DMJA 4IXCA 4HWIA 3I0SA 3CCUN 3DXMB 5KRTA 3DRPA 3HXMA 3SYZA 3L8BA 4CJPA 2FSNA 1WOQA 3SV3A 1JKHA 3OYBA 4CEQA 4IZ9A 3KLGA 3LDNA 3ZEUA 3VGKA 4DQPA 3U3GA 3THVA 3MN9A 1BI4A 3SMPA 4CIEA 3RRGA 4C8OA 1UOCA 2YHBA 5M1KA 3ZEUB 3LALA 1BI4B 1KVCA 4BE0A 4BC3A 1K6YA 3TI0A 3VQBA 5LMUK 1TAQA 4JKBA 4JKDA 3WQTA 3AA2A 4DQSA 3H46O 1G15A 1S1UA 1HRHA 4DFPA 3CQ8A 2E1ZA 4DTXA 1T6DA 4YHHK 3OBYA 1NK0A 3V1OA 5JVGL 3QEIA 4DR4K 1NKBA 4KPYA 4FM1A 2WFBA 4DV7K 4WQ5C 4H0PA 4WCEL 3BUZB 4B9MA 3HSTB 3QIPA 2XY5A 5HOOA 5E41A 4FLYA 5JICA 3MXIA 1JXEA 3GBTA 2OYQA 3R6MA 3TABA 2CGJA 1QSLA 1JLQA 1EX4A 3SUNA 3AO4A 4OJRA 2ITGA 5F2RA 4A5AA 2Q0RA 3HM8A 1XHZA 1YJWN 3UIQA 3PSFA 3IRXA 4H4OA 1WAJA 1EXQA 4DLGA 4LH4A 4F2SA 1VQKN 5HROA 4PHTX 1NMDA 3LL3A 3HM9A 4JI0K 4IO8A 3NMUA 3NGZA 3K9KA 2Y1JA 4IOCL 2D4WA 1V4SA 4DFJA 2A40A 3CJBA 4W5RA 5ADXH 5AFUA 2FSJA 4B9NA 1NOYA 3LAMA 3AA3A 3I56N 5AQQA 4CK2A 2NUBA 3CERA 4DTRA 4AHRA 5AZIA 4DU1A 1B92A 4K25A 4AHCA 4CBXA 5C0YA 3CM5A 2E2NA 5AZIB 3HSCA 3WXMB 4NYNA 2G8KA 2BDPA 3T69A 4OX9K 4X65K 4RW6A 4MQ3A 2HMIA 3C6TA 1O13A 4BQZA 2XO7A 4A57A 3QESA 4PY5A 4PUOA 4E7JA 1NK4A 3JXUA 5M1OA 3VQQA 1S6PA 1FKOA 3MCAB 2LSNA 4DSLA 4EP4A 1TKTA 2I7NA 3ZETA 4HCCA 1H1VA 2QWOA 1ASUA 4YNQA 4NLCA 4JS5A 1BG3A 1Q82O 3L4QA 4M3WA 1TL3A 2GUPA 3BGRA 4KKOA 3V9ZA 5C2DA 3KD5E 1GLLO 3SJHA 1DGKN 1X9MA 1WSIA 5HRNA 1ASWA 4CJUA 1E3MA 1X3NA 2FLOA 4KB0A 1VSKA 2Y1IA 2FBVA 4KI6A 2A1SA 1VHXA 2X6NA 1TVRA 4BR2A 1QSYA 5EY4A 3NE6A 1I3AA 3ENOA 2UXCK 1EKEA 3EZWA 5J2NA 5C42A 1X9JA 1RTIA 2QW9A 1D9DA 4Z94A 1DEJA 5CY4A 2UYTA 1NG9A 4MDBA 4CI6A 4FK0A 3QLHA 4C23A 5I42A 4DSJA 1IG9A 3EO3A 3IAYA 2XY8A 3BEXA 5AQWA 3LM9A 3F9MA 4O44A 5AQFA 1ZBLA 3SI6A 5CE3A 3BZCA 3WNFA 3TTCA 2GV9A 5EX5A 2QA4N 4FSVA 4G9ZA 4U67L 5ADXA 4B9LA 3D7EO 3MEEA 4PWDA 1QTMA 3DXKA 1QHTA 4F2RA 3L0QA 2W40A 2CH6A 1JLGA 3HYFA 3QDKA 1OH5A 2HBJA 2UUCK 2HHTA 3MDQA 2QWMA 1UWBA 2QTDA 3O9RA 4B9TA 1HQUA 4PKHA 4B1YB 3SUPA 5TKYA 1T3VA 3OJSA 4B8AB 2G8HA 5AZJA 2VWBA 3P5JA 1RT7A 1VK0A 4DF4A 2O8BB 3F73A 3CJAA 3CC4N 5GADP 1SAZA 5AZJB 3CXCM 4RW4A 1KXPA 2Q0UA 3M8RA 3QEPA 3O9QA 4B1XB 2DFEA 1RT1A 4A2AA 3TWHA 4Z4CA 1GLJO 1BWFO 3NF7A 3NH2A 3PIOL 4F9OA 2WC9A 3HVTA 3B6PA 2GX9A 4M7XA 3V9SA 1D8YA 2DFFA 4BC4A 4BE1A 2YKMA 3MEGA 2ITMA 4C8KA 4H0VB 3HK2A 4E1NA 2O4GA 3L2QA 1D5AA 4FWPA 2E5LK 3DLHA 4PL8A 1GOBA 1U45A 3AVJA 2P9SA 1BIZA 2A41A 2HNYA 3T7ZA 3WNHA 2E2QA 1A5VA 4AHSA 3F5TA 1M1KO 1BUPA 5C15A 1XQSC 2P9SB 4CGJA 3L3UA 3Q7BA 3K5MA 4X66K 3HO1A 5AQXA 2PZSA 2QI2A 1HYZA 3AVKA 3CD6N 3HP6A 3P31A 2Q2RA 3J8AA 4J2DA 1QQMA 4QS9A 4FJ9A 4B9VA 4FJJA 1C1CA 5FRNA 1YVNA 1KSPA 4JHDA 1SKSA 1K9MO 3O8MA 1IKVA 4JRPA 4JHDB 4JKHA 4O4GA 3HT3A 1QS4A 5C25A 4EZ9A 5F1XA 2ZM6K 1BHLA 5GIOA 4U7BA 4DS4A 3EKSA 4BY9C 4FWRA 1T44A 2O8CA 1TGOA 1KAZA 1S5JA 1GOAA 3A2FA 4CZEA 5KPTA 4KTZA 5LL6Z 2ASOA 4F3OA 2O8CB 4HVJA 2Z1GA 1XNRK 2NRZA 4ID1A 1BA0A 5M1FA 4XH4A 3CCJN 3VEXA 3CCQN 4FWOA 2RF2A 1SV5A 3U9ZA 4CGDA 4W5QA 4N76A 1A5WA 3PO5A 1HNWK 4DSIA 2P9LA 4L3QA 3AAPA 3JS6A 2P9LB 1QSSA 3C95A 4HUGA 4FWQA 3ZSZA 1Y64A 4Q5VA 3A5NC 2B5JA 3CQYA 4M3XA 2OPRA 2HHWA 3HOSA 4O0JA 4JI7K 4CCHA 1JLBA 4M3TA 4CFBA 4JV5K 1KVBA 3U3YA 1TAUA 2YNFA 1XMQK 4MO4A 1MWKA 2D0CA 4FJLA 4C1NK 4FYDA 3M1FA 1VSMA 1QZ6A 4JI6K 3TTFA 1WSFA 5LMNK 3PX6A 2F8SA 1QQCA 2YHXA 2UUAK 4HUFA 2IS3A 3QEXA 3H1QA 1S3XA 4BR0A 1LW0A 3C6UA 1QQOA 4BACA 4FZXC 3OTOK 4JKEA 1NWKA 1TUUA 3O4NA 4QCLA 4GKKK 2HBKA 4AM6A 1CXUA 5DM7L 3DLKA 4DFMA 4GKJK 3HP9A 3WT0A 1KQSM 4KRFA 1VSDA 3RMBA 1HPMA 4IG3A 2KFZA 1S9EA 2KQ2A 1HMVA 4DV0K 1N32K 4Y1DA 3KTQA 1VSFA 1NGAA 1YAGA 3SPYA 2NRRA 4N56A 4LY7A 1VQON 2ZWHA 4CJVA 3CMAN 1C0FA 2VG6A 3B6OA 5GIPA 4KH4A 3RSEA 3VTHA 4OVLA 3C7NA 2OPSA 1N8RO 2Q31A 3VGMA 4H0XB 2IVPA 3FLCO 4BRMA 3RSEB 2HHVA 1BU6O 3C7NB 1NLVA 4FLVA 1GLDG 2YV0X 4ISGA 3O3HA 3AGRA 3LZIA 1ZBIA 1UA0A 4FVUA 3G4SN 2P51A 3FFIA 3OYGA 4BVOA 1FKPA 3OY9A 5HP1A 1Q81O 1IJJA 1F21A 4K8ZA 3VF4A 2JLEA 3LP2A 4O8UA 1DKGD 2ZF5O 1T05A 4AQYK 2E8AA 4CJ7A 3OYDA 1R0AA 4H5TA 5KI6A 2D0AA 3M5RA 1TKZA 2QXLA 2WOMA 3CETA 5FPMA 4J2AA 4CBUA 2O8EB 5AQGA 1VQPN 1VSEA 2GTDA 3THWB 1FK9A 1U2VA 1EQYA 5CYMA 1HJRA 1ESVA 1T7PA 2OPQA 3BF1A 3MK6A 2VCPA 4CD3A 3OS2A 3VA0A 4YY3K 4CZJA 3D2FB 4UQGA 3ZT1A 4DR5K 2HB5A 1LV5A 1RT3A 3ATUA 4AHUA 3O5BA 4MO5A 3G0ZA 4DCHA 3ZX2A 4CJSA 1X3MA 1TK5A 4JI3K 3SQ1A 3AVCA 3KZBA 1IBKK 1D4XA 4BRHA 4BC2A 3K58A 1N33K 3DAWA 1SL1A 1C1AA 2GBZA 3AVNA 1VRUA 5CHIA 1TK0A 4FPBA 2A1RA 4FJHA 4QAGA 4AM7A 4YOXA 3SLCA 2YNGA 3PLAA 5BRFA 4YDUC 4LH5A 2E2PA 1C6VA 4I7FA 4NCGA 3AV9A 2FF3B 2PY5A 2HF3A 4AH9A 5F0XA 3SMSA 3OYCA 4DR2K 4I2PA 1P8ZA 1HNXK 3G71N 2IVNA 3RMCA 1KAXA 3E9PA 1NJZA 3DXMA 1QE1A 3NFAA 3SJJA 1VQ4N 3TAGA 5FROA 3BDPA 1KFSA 2V7YA 1IKYA 4DQRA 1RT6A 2QWNA 4M3RA 3JYTA 5HRSA 4J8FA 4BGBA 2Q97A 1WB9A 3H6EA 4B1VA 3V81A 1JCFA 3BF3A 3VENA 2IOCA 4CFDA 5BREA 3E9OA 3LP0A 2KKZA 2ZGYA 1GLBG 4H5VA 5BRDA 3LANA 1B9FA 3RTVA 1TK8A 3VMFB 5DK5A 4CEBA 3KD1E 2OTJN 4BR7A 5AQPA 3H3OB 4WFAL 5BN8A 1VQ9N 4FLZA 4DKWA 3KVGA 1VSJA 2ZGZA 5FPEA 2QWPA 4CFAA 4W5OA 1SKWA 3NHGA 3KHYA 4H4MA 4WFBL 3VN5A 4PKGA 1SQKA 1MU2A 4LF7K 4CEFA 1RBUA 2VG7A 3BP8A 2BH1A 3AVGA 4JD2A 1S72N 3MN7A 3H08A 4RW8A 4Q0BA 2FSKA 3AY9A 2YHYA 1DLOA 4ICLA 4JD2B 1J5OA 5J2MA 3OA9A 3J7AP 1XUPO 3H45C 3SAFA 2IVOA 3C6HA 3P38A 5GAEP 1HKCA 3VQ9A 3T1AA 1YI2N 1N6QA 3VQ8A 1Q8IA 3ZSWA 4BR5A 4EAHD 2E6LA 1J9AA 3ALYA 1NM1A 3VQ6A 4IDKA 3VGLA 4CJ3A 4QS7A 1BIUA 2FXUA 1OH7A 5J1EA 4E1JA 2BANA 3V9UA 3ZSXA 2P9PA 3G6EN 2UUBK 1HNVA 3M3ZA 3VEWA 3TR8A 3M8PA 4E7LA 1ITGA 1XHXA 2DFHA 2GWJA 3MX5A 2P9PB 4YOTA 3KLEA 2HHUA 4O5FA 1T03A 4OKEA 1VSIA 2ETJA 4DV1K 3HPGA 4KV8A 1L5UA 3FZHA 3AVMA 3OHRA 1K8KA 1NK5A 4I9LA 4OGEA 4CZGA 1W7AA 5FDLA 3OYEA 2J4RA 4FJKA 3TAFA 1U49A 1J6ZA 2JWKA 4DTPA 3LDLA 1MDUB 1K8KB 1NK7A 4B1UB 3ZCMA 1KLNA 4DQ8A 4CGIA 3HTVA 3WEEA 2E2OA 2KZMA 4CK3A 1HPZA 3THYA 1CZ9A 2IDOA 2Q36A 4H5NA 4NCAA 4A62A 4BR4A 3IKMA 3WEEB 3TU5A 4FPAA 3THYB 2NZTA 3BY5A 3SQ4A 3KK1A 3ULEA 3R8EA 4KHYA 4DMNA 3ASMA 4FW2A 2CGLA 4CECA 3ZT0A 3ULEB 4BRNA 3LPUA 1N36K 4NLBA 1U47A 3KIOA 2X6SA 1KAYA 1NGCA 3WUHA 3SUQA 1EP4A 2VWJA 1BGXT 4CW7B 1S9GA 4M3UA 4RW9A 2XRIA 3CC7N 4FLTA 4IOXA 3AVAA 5H1SQ 4H0TB 3W3DA 3L2UA 3DOLA 5KGXA 4JAXA 1HNIA 3GL1A 3SAGA 1JLFA 3OYAA 1WLJA 1YIJN 3L2WA 5LY3A 4DF8A 1V4TA 4DV6K 4CE9A 3P1GA 1NGFA 2JWLA 4R5PA 3R9PA 2O8DA 4FWMA 2E20A 4CFCA 3NAEA 4DQIA 2HOEA 4CK1A 4E89A 3DRRA 1EWRA 2O8DB 1MA9B 3LDPA 1TL1A 1S1VA 2OZMA 3P83D 2YKNA 3CF5L 3ZSVA 4XIUA 1L3VA 3TAMA 1GLAG 3ZLJA 1VQNN 2V7ZA 4NXNK 3FZLA 3EYZA 3SCXA 1JL1A 3AO1A 1WNSA 4CJFA 4DR3K 1K73O 3AVIA 3KK7A 4RW7A 4CBWA 5AQZA 1QHAA 2RN2A 3TPQA 3SNNA 3CFOA 1WSEA 4MFBA 4CF1A 4XEIA 1NJXA 3P39A 2P5GA 1DT9A 3O9UA 2HVIA 5B8HA 3CG7A 2ZJPL 2YNIA 2F9WA 4PA1A 3QEVA 4O8KA 1LWCA 3QINA 4RWTA 3KK3A 3OYHA 1KC8O 1L3UA 2O8BA 4FWKA 5IWAK 2XY7A 3ZSOA 2QWLA 5KPZA 1HKBA 3CPWM 4KH5A 3AVFA 1M90O 2PYLA 5FPDA 3E01A 4E1MA 3QNOA 1IBLK 2P9NA 3DI6A 5KGWA 5TKWA 3VEOA 4RCHA 1C0GA 2P9NB 2UXBK 1KRPA 1W9HA 1YITN 5AQIA 3PX0A 3OYFA 2D0BA 3T3FA 4CHPA 1HNZK 2Q3SA 3L2RA 3TAPA 4J2BA 4Z4IA 3CCVN 1HLUA 3IDHA 3MWTA 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3DOKA 4HCBA 1YTAA 3UKUA 2YHAA 1WSJA 5C10A 4BRIA 2D0OA 2G8IA 3OS1A 1GLCG 2NRTA 4IJAA 4DQQA 4KAZA 3UKUB 2G8UA 2IIRA 3QFPA 2P9IA 1WSHA 4BROA 3TSPA 3QB0A 2G8VA 3RWUA 2I5JA 2XHBA 5SWMA 1QVGM 2ZJRL 1YTUA 2P9IB 1UAXA 4DTJA 2EX3A 3THXA 2HBLA 4B8CA 3AO3A 3LP1A 3MXMA 4DB3A 2HVHA 3GG4A 4CEDA 3UE5A 3LDOA 4DV4K 1LWEA 3O9SA 3L6QA 3QBWA 3THXB 4CF2A 3LWMA 5JVHL 5LJWA 3SAHA 4IO9L 1OVQA 4FK4A 1EWQA 4YOYA 3DLGA 2OA8A 4CGHA 1XMOK 4WYBA 3TTDA 5EVZA 4CJ5A 1ZBFA 4L8RB 4CZHA 4DUZK 1EETA 3AVHA 4LSNA 1VSLA 2YHWA 5CZ1A 4Y1CA 1RCHA 4PKIA 4O55A 4WFNL 1HUXA 1KD1O 2DTUA 1HKGA 2ZD1A 4IEIA 2H3GX 3GOIA 2OZSA 5KTQA 1TKXA 3IS9A 3PY8A 4BRLA 1ZC6A 4ID5A 3CQXA 3JAMO 1JJ2M 3H1VX 3HPHA 3D0PA 4KHPK 4KI4A 1XI1A 5JS2A 3HPOA 4K0KK 5HLFA 2O8EA 5AQOA 3THWA 4CHOA 5D3GA 3I0RA 1OH8A 3RR7A 3K57A 1S22A 4GV3A 1SS6A 3WXLA 1ASVA 4FJMA 4DWIA 4PQUA 2HW3A 1ATNA 2QK9A 4ILGB 3D2FA 1QQNA 2NRHA 4FJXA 3DM2A 3HI0A 4F3TA 2V51B 3O4QA 2B6AA 3AGKA 2OCEA 4IEEA 4ISFA 3R1XA 4BR9A 3SQ2A 3OBWA 2D1KA 3HVRA 3K5NA 3D6RA 3H3NO 5BRHA 3RVCA 3IFRA 1RDCA 5J2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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