1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
4IO9L 4WFBL 1Q81O 2OTJN 1K8AO 1QVFM 1YJ9N 3CCJN 1S72N 3OW2M 2ZJQL 3CF5L 2QEXN 3G6EN 1M90O 3CCEN 3CCSN 1JJ2M 1YI2N 5H1SQ 5HL7L 1KQSM 3CD6N 3G4SN 3G71N 3CC4N 3CPWM 3PIOL 5GADP 1Q86O 2ZJRL 3CC7N 4WFNL 5JVGL 4IOAL 1Q7YO 1VQ9N 1K9MO 5DM7L 4IOCL 1VQLN 4U67L 1VQ8N 3CCMN 1YITN 3DLLL 1M1KO 1Q82O 5GAGP 1VQON 3CCVN 4UY8O 1YJWN 3CC2N 3CMAN 4WCEL 1VQ5N 2ZJPL 5GAEP 3I56N 3PIPL 5GAHP 1W2BM 1VQ7N 1N8RO 3CCLN 1K73O 3CCQN 3CCRN 5MLCQ 1KD1O 3CMEN 1YJNN 1VQ4N 1YHQN 3CCUN 1QVGM 5JVHL 3CXCM 1VQKN 4WF9L 1KC8O 1ILYA 2OTLN 1VQMN 3I55N 1VQ6N 3J7ZO 1NJIO 1VQPN 1OVYA 2QA4N 1YIJN 1VQNN 5DM6L 4WFAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BPLA 4IO9L 3TWHA 3SPZA 4BR2A 3NAEA 4BRMA 4LF7K 3O9TA 4JKDA 3E66A 2VYPA 3O9QA 3CPEA 3AV9A 4IFYA 2XO7A 1NNEA 5BPNA 3O8MA 3SBGA 4BVPA 1WOQA 1TGOA 2PBDA 2X6NA 4FYDA 1TK5A 1ZC6A 1HQUA 1GOCA 2GTDA 4H0XB 5GIOA 3OYBA 4KAZA 2B4JA 4BRGA 4WQ4A 4H0YB 2WUSA 2HHVA 4X64K 3P39A 2YHAA 4Z4CA 4NLCA 2UU9K 3HL8A 3AVMA 2FF3B 2HBMA 4GV9A 2ZJRL 3HJFA 4KTWA 4IO8A 2IC3A 1CXUA 3V9UA 3OBWA 3RVCA 1K8KB 3WNHA 3ZT0A 1TAQA 2QWNA 4WYBA 3TSUA 3ALYA 5AQNA 4KB0A 1VQON 5FDLA 4B9QA 2Z1IA 1P8ZA 3SQ1A 1RT2A 3ZT3A 5C42A 2I7NA 4CEDA 1J6ZA 1Z26A 1NMNA 3PO5A 3T19A 2V51B 4DTOA 4DUZK 3CQYA 4IG0A 3WXJA 4YOUA 3VA0A 5EVZA 1D8YA 3LP1A 1Z6RA 3OYJA 2DTUA 1D4XA 3WNGA 2P9PA 1HPMA 4E89A 3DYAA 1XI1A 2YHXA 1D5AA 1RT1A 2F8TA 1TKXA 1U2VB 3H08A 1HLUA 3BF1A 5LMNK 4LFAK 1BIZA 1T44A 1U4BA 3LL3A 4DKWA 2A5XA 4JI4K 2D0AA 1CXQA 3QEPA 2VGNA 1S72N 1EP4A 3K5NA 1CZ9A 4B1XB 4BRPA 2HBJA 4BRCA 5I42A 4MO5A 4CD1A 1TVRA 4CBXA 3FFIA 2V52B 4GV6A 2RKIA 4KH4A 4BROA 3D2EA 3VF4A 3RMAA 1HJOA 2KHOA 3AO4A 4BE1A 4A5BA 3VTIA 3OTOK 3WXMB 4PL7A 4BVOA 4IOAL 1T6CA 4K25A 1UA0A 2ETJA 3EE8A 4H0PA 3ZSZA 3WNFA 4PHTX 3ZSQA 3NE6A 2ZGYA 1NK6A 3P5JA 4FJIA 4CJ3A 2NRZA 4DR6K 1MWMA 4FPAA 4RG8A 3HP9A 2NRTA 2GUPA 1QE1A 2Z1HA 2BANA 5FPDA 3NH1A 3THYB 2QXLA 2FBVA 4CJKA 4KI4A 3RMBA 3T3FA 1S9EA 1XNRK 3S3MA 2O8DA 1IH7A 1SZ2A 4B9MA 4HCBA 3NVKA 4PKGA 1O13A 3RWUA 3VPZA 4DQIA 4ISEA 5KTQA 4C1NI 4NB4A 2E6MA 3AVLA 2GELA 2ASPA 3FGUA 2UXBK 4DTXA 2FSKA 4TSXA 4RW8A 2BUPA 3AVBA 4IEIA 3AA2A 5ELZA 4DSKA 2IVPA 4E1NA 1HNVA 1QVGM 1U04A 1ZBSA 4BWJA 4FWRA 4CHZA 4N41A 1ILYA 3LDPA 4Z4FA 4JK7A 4K0KK 4AM7A 4O0IA 4DU4A 1REVA 4RW9A 1NLVA 4YOYA 3FE1A 3H1VX 1EKEA 3CETA 2VWBA 1BI4A 4C8OA 4JS4A 3V1QA 2EX3A 4M41A 3PSFA 2OTJN 3HM9A 3L4IA 4KHSA 2IS3A 4G9ZA 4OJRA 5I9EB 4IDHA 4IFVA 1Q8IA 1HRHA 3ATUA 3L2QA 3T1HK 1XWLA 1LAWA 2UXDK 2KTQA 1MU2A 2PYJA 1LWEA 4DB3A 3R3LA 4DR7K 3L3VA 1RDAA 3M8SA 4JK9A 3LDSA 2F9TA 4BR5A 1GLCG 1KVCA 1UAXA 4F2RA 1W7AA 4DTMA 1DTQA 3C65A 3DXKB 3VEVA 3NBPA 4FWLA 4BC2A 2XRIA 1B9FA 3DI6A 3SAFA 4E7KA 5GADP 4JKGA 4FO0A 3UKUB 4H5TA 2IAJA 3OYFA 4MDBA 3G10A 4DV4K 3V1RA 1VQ9N 4CFAA 5BREA 4OPJA 3IKMA 2HF3A 1XHZA 2A3ZA 4CK1A 2QW9A 4FJJA 5AQYA 2YJFA 1GLEG 2GEMA 5LY3A 1WSEA 5C10A 3OYEA 4ELVA 1IBMK 4DTSA 3L2UA 5E41A 3MXJA 1Z25A 2ZJPL 3QNOA 1B92A 3MEGA 4M3WA 5JICA 3PV8A 2X74A 2YCHA 4M3RA 4CGIA 3QEVA 1VQ7N 1NK4A 3L2RA 2HMPA 2JGUA 3U3YA 4DCHA 1X1PA 5EX5A 3EZWA 2FBXA 2Q1NA 3L3UA 2NRRA 3K9KA 3NF8A 4B8CA 3CXCM 4L8RB 3B8AX 1KC8O 4Z4GA 1HYSA 4KHUA 1T8EA 3I55N 2HHXA 2YNIA 4LF4K 4O0JA 4CGGA 3LANA 3J7ZO 3G0ZA 3EKUA 5F1XA 3AAPA 3I0SA 1MWKA 2E4LA 4WE1A 4WFAL 2PFUA 1NG9A 1FKPA 3RSEB 1LW2A 3DLKA 1BQMA 4FVMA 3VF6A 4JRQA 3CCJN 3DM2A 4AILC 4N76A 4A62A 4BREA 3TTDA 1QQOA 4BR9A 4DHYA 4JD2B 1JJ2M 1CZAN 4HWIA 4JI3K 5AQJA 1HNXK 3NH2A 4BC4A 2I7PA 4B1UB 2HHQA 4DR1K 4CBUA 4AM6A 2JWKA 1X9SA 1BISA 4W5TA 1U49A 1QSLA 1KVBA 3VEZA 3NFAA 3C95A 3C6AA 3OA9A 1NK7A 4B3OA 1ASWA 4N47A 1QSYA 1VQLN 4A59A 2QI2A 2XY5A 1O1WA 4FLWA 1S1TA 2ATQA 1M1KO 1J54A 2KQ2A 3IAYA 4PWDA 4FPBA 3P1GA 4H0VB 4JI6K 4C8LA 3TAPA 4CFBA 2D0OA 2YX6A 3EY1A 4H5RA 4OVLA 2IOCA 1RTJA 1JXBA 1HNIA 3PIPL 2O4GA 1SAZA 5DMRA 3AO2A 1NGBA 1R0AA 4EFHA 4M3TA 1YT3A 1OKJA 5FRNA 3CJCA 1UA1A 3IRXA 3CMEN 3AAQA 4JYAK 5AQWA 3RRGA 4BRKA 4JI5K 4DV7K 3HRGA 1BWFO 1HX1A 3NF7A 2P9SB 1VQKN 5JS1A 4FJ5A 1SS6A 3ZSWA 5AQTA 4KHPK 4W5OA 3V9SA 3TTCA 1VQPN 3QERA 3PX6A 3ZT4A 1NM1A 4B9UA 4CEAA 1ZBLA 4GVMA 3SYZA 4HHTA 2HNYA 1JCFA 2ZQBA 5KGWA 4EP4A 2OZMA 5ADXH 3ENBA 3KVGA 4HTUA 4W5QA 3CG7A 5FPNA 4DF4A 4R79A 1YTUA 3JS6A 3NGIA 3MEDA 3LWLA 2OANA 3HYFA 1I39A 1A5VA 3J7YP 3U9DA 1GLBG 3M5RA 1BGXT 1YI2N 4FJLA 4M3YA 1TKZA 4E7JA 2VG5A 1B9DA 3L8BA 4QS8A 3MN6A 1TL1A 3AVGA 2HHTA 4CEZA 4CJ7A 3RRHA 3CERA 3PIOL 5C12A 4DSLA 1TAUA 2HNDA 3SAGA 2VQFK 5JVGL 3KKRA 1XNQK 4CJSA 5DM7L 4O44A 3ZX3A 1DKGD 1RDWX 5CYQA 4HUGA 2IVOA 3LM2A 4CJVA 3TU5A 2UUAK 3I33A 3LDLA 5C2DA 4GMJB 1L5UA 5CHIA 2Q36A 4JRPA 3THWA 2O4IA 4CF0A 3GOIA 1J5OA 3MX5A 4K42A 3U4LA 4DU3A 2OPSA 3VGLA 4FK2A 4DFKA 2YV0X 4KHWA 1UWBA 4AHVA 1BU6O 2XY7A 3OY9A 3LAMA 1EETA 4YOTA 4FOEA 2E2PA 5KGXA 4KI6A 4CJFA 4IJAA 2Y1IA 1BCMA 1ITGA 5ADXA 1NK8A 5EXWA 3Q7BA 4O8KA 3T1AA 1JLQA 2GBZA 1BDGA 2OTLN 4BY9C 1IO2A 1VRTA 3HI0A 2R7YA 2NZTA 3O1WA 4LY7A 2P9UA 4FZYA 3BP8A 1OH8A 4EP5A 5DM6L 1ZBHA 3ZSOA 3V6DA 4C1NK 3VENA 1TUUA 3HZ6A 4CZEA 1NOZA 3CYMA 5A2QO 5E84A 4CEQA 2E8AA 4YFUA 4CJ4A 4EZ9A 3ZSVA 4DQ8A 1ATSA 2F96A 5M1NA 2O8BA 4B3RK 3OYHA 1RBTA 3AA5X 1WBBA 1JLGA 1JL1A 1SQKA 1M90O 4DV0K 3V4IA 2V7YA 5KPZA 4ZTJA 4H0TB 1TV6A 3SQ2A 4J2DA 4FL9A 3CFRA 2HVIA 1I3AA 2B5JA 4DTJA 5C24A 2EWSA 3RMDA 3DRRA 1TYQA 4B8AB 2FSNA 4GY2B 3KLIA 4H03B 2QWRA 2NRVA 4KREA 1K9MO 4KB1A 4IJNA 4U67L 3WEEA 2QWMA 4JI2K 3HSCA 3SI6A 3W0LA 4DUYK 5CE3A 1VSIA 4CF2A 4OO1J 3D2EB 1SKSA 2OPPA 2E1ZA 3NGZA 4JS5A 3MN9A 2FXUA 3TTFA 4KTZA 4AF1A 3C7NA 1LCUA 1KXPA 2E20A 3DRPA 4CZHA 1NGFA 5IWAK 2HMIA 5AZIA 5LL6Z 1WLJA 3NHGA 3H3NO 1W2BM 2HW3A 4H5VA 4CJWA 3CFOA 4CECA 1C0MA 3LZJA 1JKHA 5AQOA 1YF5L 4PKHA 3F2KA 1BIUA 2Q97A 3EN9A 4GVEA 4C23A 3ZX0A 1D9FA 2O8DB 1EO1A 2FF6A 4ELTA 4BWMA 1LWCA 5T7BA 1CZBA 1WAJA 2Q3SA 4CE9A 3OYAA 2WONA 1JCEA 4GW6A 3U6FA 4B3SK 4CJUA 4FZZA 5AQXA 3CJ1A 3HOSA 4RTFD 2G8VA 1I94K 1BQNA 2QK9A 1WNSA 1YXQA 4BQZA 3KK2A 3NF6A 4IDKA 4LC9B 1YUWA 4LF9K 1XC3A 1HPZA 3I8BA 4BRFA 3VEOA 1G15A 3ZLJA 1QSSA 4DLEA 3FZMA 2AJQA 4EZ6A 1BI4B 4UQGA 1T05A 3M8QA 4RW7A 4MQ3A 5GIPA 2YI1A 5C2FA 4M3ZA 2A6AA 1VSFA 4M63C 3F73A 3AVFA 1E4FT 4DV1K 4AHTA 3TABA 2NRXA 5FRMA 1RBRA 3JXUA 1MA9B 1NKBA 4CFDA 3LP0A 5CZ1A 1ASUA 2YHWA 4YDUC 3HPGA 3ZSRA 3VERA 4KFBA 4KH6A 1N36K 4XH5A 5AQIA 3O08A 4N56A 3V9WA 5AQFA 1Q9XA 5GAGP 1C0FA 4DFMA 5HP1A 4OPKA 4BRIA 4JKGB 1IKVA 2RN2A 5DK5A 3PO4A 2HHWA 1WN7A 2BH1A 4BRNA 3ID6A 4RCHA 4FW2A 2ZGZA 4B9LA 1A5WA 4ZHRA 3VGMA 1XHXA 1G99A 2CGLA 3M8RA 3VQ6A 4CZIA 3CHWA 5KPRA 3CCRN 1KLMA 1KD1O 3VQPA 3AO1A 1WB9A 1BA1A 4QCLA 1HR0K 2RPIA 4FJGA 4BRHA 2F8SA 4F3TA 1JXEA 1X9JA 1C1BA 2KZZA 5FLXO 3OYGA 5CR4A 4XIUA 1GLLO 4MO4A 3SUOA 1EWRA 4ICLA 4QOZB 1SV5A 5KRTA 3QO9A 3O9UA 5HRPA 1YIJN 3RR8A 2D0CA 3AVNA 3DLGA 3HVTA 4CF8A 1K8AO 2OPQA 1IBKK 2JLEA 3QBXA 5LMUK 2YHYA 4DS4A 3TSPA 4RWTA 4BRLA 3VOVA 5J1EA 4EHUA 2QWOA 3ZX2A 3S41A 4DSJA 3O4QA 3GE1A 1QS4A 4J2BA 1TL3A 4LD0A 4CHYA 1RTIA 5AQUA 4CIFA 4CEFA 4F9OA 2E1YA 2Z1GA 3KLEA 3NF9A 2RE2A 3E1YA 1X3MA 5FROA 1DGKN 4JI1K 2ZF5O 1KQSM 3OYDA 1YAGA 1NGDA 4A61A 2P9KA 5SZTA 3OYLA 3SCXA 4AH9A 1DTTA 1KTQA 4X62K 2VWJA 4WFNL 5F2RA 2QXFA 1H1VA 1L3TA 4I7FA 4NCAA 4GNIA 3ZEUA 4FWPA 4LFCK 3A0IX 2H3GX 3QIOA 4GV3A 2D5RA 3EE9A 2P9LB 1VSLA 3O4NA 1YITN 3VQAA 3PUFA 2DFEA 1CLQA 4CW7B 3A5MC 3CQ8A 1JLAA 1RGIA 1K6YA 3VETA 5J2QA 5FPEA 3SUNA 4FSVA 4XH1A 4BE2A 5J2MA 3K9JA 5BN9A 3UKRA 3ULEA 3PLAA 1N33K 3I56N 1VSHA 5GAHP 1L3VA 3DRSA 5KPTA 4KHQA 4AHRA 3V81A 1K73O 1C0GA 3BZCA 3JAMO 1VQ4N 2E5LK 3C94A 4KO0A 4DQRA 4DTUA 1ASVA 3MN7A 3BEXA 4Q5VA 2BGGA 1JLBA 2P9NB 2ZWHA 4LF5K 3THVA 1IKXA 4O8UA 5AQRA 1QTMA 1OVYA 3WQTA 3P31A 1L3UA 3AVAA 3M8PA 2IVNA 1E3MA 3DLEA 4Z4EA 1NGIA 1YTAA 2LSNA 4HTLA 5F0XA 1VSEA 3F9KA 2WTUA 3TANA 3VF2A 1TK8A 2HBLA 5BRFA 5AFUA 3QDKA 3ZETB 1HJRA 3R8EA 3DLBA 1NGGA 5HRSA 4DQPA 4CJ5A 3JYTA 3UIQA 1LOTB 3LALA 4FK0A 4EAHD 4E1JA 3CCSN 3BUZB 4WQ5C 1NGHA 1KFSA 3DXMA 3ULDA 4FJXA 3AVJA 3C6UA 3O1BA 3OBYA 4J8FA 1WSFA 3IG1A 4OGEA 4JHDA 3DLRA 4FLXA 1HUXA 1XUPO 2D0BA 4O4GA 5I3UA 4CVNE 5JLHA 4OX9K 4DG1A 3NVMA 3VN5A 4GKJK 3E9LA 1NKEA 3FZHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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 4IO9 L;  4WFB L;  1Q81 O;  2OTJ N;  1K8A O;  1QVF M;  1YJ9 N;  3CCJ N;  1S72 N;  3OW2 M;  2ZJQ L;  3CF5 L;  2QEX N;  3G6E N;  1M90 O;  3CCE N;  3CCS N;  1JJ2 M;  1YI2 N;  5H1S Q;  5HL7 L;  1KQS M;  3CD6 N;  3G4S N;  3G71 N;  3CC4 N;  3CPW M;  3PIO L;  5GAD P;  1Q86 O;  2ZJR L;  3CC7 N;  4WFN L;  5JVG L;  4IOA L;  1Q7Y O;  1VQ9 N;  1K9M O;  5DM7 L;  4IOC L;  1VQL N;  4U67 L;  1VQ8 N;  3CCM N;  1YIT N;  3DLL L;  1M1K O;  1Q82 O;  5GAG P;  1VQO N;  3CCV N;  4UY8 O;  1YJW N;  3CC2 N;  3CMA N;  4WCE L;  1VQ5 N;  2ZJP L;  5GAE P;  3I56 N;  3PIP L;  5GAH P;  1W2B M;  1VQ7 N;  1N8R O;  3CCL N;  1K73 O;  3CCQ N;  3CCR N;  5MLC Q;  1KD1 O;  3CME N;  1YJN N;  1VQ4 N;  1YHQ N;  3CCU N;  1QVG M;  5JVH L;  3CXC M;  1VQK N;  4WF9 L;  1KC8 O;  1ILY A;  2OTL N;  1VQM N;  3I55 N;  1VQ6 N;  3J7Z O;  1NJI O;  1VQP N;  1OVY A;  2QA4 N;  1YIJ N;  1VQN N;  5DM6 L;  4WFA L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5BPL A;  4IO9 L;  3TWH A;  3SPZ A;  4BR2 A;  3NAE A;  4BRM A;  4LF7 K;  3O9T A;  4JKD A;  3E66 A;  2VYP A;  3O9Q A;  3CPE A;  3AV9 A;  4IFY A;  2XO7 A;  1NNE A;  5BPN A;  3O8M A;  3SBG A;  4BVP A;  1WOQ A;  1TGO A;  2PBD A;  2X6N A;  4FYD A;  1TK5 A;  1ZC6 A;  1HQU A;  1GOC A;  2GTD A;  4H0X B;  5GIO A;  3OYB A;  4KAZ A;  2B4J A;  4BRG A;  4WQ4 A;  4H0Y B;  2WUS A;  2HHV A;  4X64 K;  3P39 A;  2YHA A;  4Z4C A;  4NLC A;  2UU9 K;  3HL8 A;  3AVM A;  2FF3 B;  2HBM A;  4GV9 A;  2ZJR L;  3HJF A;  4KTW A;  4IO8 A;  2IC3 A;  1CXU A;  3V9U A;  3OBW A;  3RVC A;  1K8K B;  3WNH A;  3ZT0 A;  1TAQ A;  2QWN A;  4WYB A;  3TSU A;  3ALY A;  5AQN A;  4KB0 A;  1VQO N;  5FDL A;  4B9Q A;  2Z1I A;  1P8Z A;  3SQ1 A;  1RT2 A;  3ZT3 A;  5C42 A;  2I7N A;  4CED A;  1J6Z A;  1Z26 A;  1NMN A;  3PO5 A;  3T19 A;  2V51 B;  4DTO A;  4DUZ K;  3CQY A;  4IG0 A;  3WXJ A;  4YOU A;  3VA0 A;  5EVZ A;  1D8Y A;  3LP1 A;  1Z6R A;  3OYJ A;  2DTU A;  1D4X A;  3WNG A;  2P9P A;  1HPM A;  4E89 A;  3DYA A;  1XI1 A;  2YHX A;  1D5A A;  1RT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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