1YI2N

Crystal structure of erythromycin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yi2N00
5JVGL 1VQ6N 3CCSN 2QA4N 1Q86O 1YITN 1VQKN 3PIOL 1YI2N 1VQ9N 3CMEN 5HL7L 2OTJN 3I56N 5GAGP 1YJWN 1KC8O 3G4SN 1K8AO 3CXCM 1VQ7N 1K73O 3CCLN 1NJIO 5GAHP 1JJ2M 1N8RO 3CC4N 5GAEP 4IOCL 1QVGM 5H1SQ 3CMAN 1YJ9N 3CCJN 1KQSM 1M90O 3CCEN 1K9MO 2OTLN 1VQON 3CPWM 3CCMN 1VQPN 4IO9L 1YIJN 4WFBL 3CC2N 4WF9L 1VQ5N 1ILYA 2ZJQL 5GADP 1VQ4N 3OW2M 3CCRN 3CD6N 1YHQN 1VQLN 5MLCQ 3G71N 3CCVN 3CC7N 1Q7YO 2ZJPL 4WCEL 2QEXN 3CCUN 3CCQN 1M1KO 3DLLL 1W2BM 1OVYA 3J7ZO 1Q81O 5DM7L 4IOAL 1VQ8N 4U67L 5JVHL 1Q82O 1YJNN 4UY8O 3G6EN 4WFNL 3PIPL 3CF5L 5DM6L 1QVFM 1VQNN 4WFAL 1KD1O 3I55N 1VQMN 2ZJRL 1S72N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5D3GA 2BDPA 2YKMA 3FR0A 1RT6A 1NGHA 4RG8A 4RW9A 3P39A 1KC8O 4CD1A 1TK5A 5C12A 3QEIA 4NCAA 5GIOA 2ETJA 2NRHA 4CJ5A 4B1VA 2B5JA 4PL8A 4LSNA 4FJ7A 4CJQA 4N76A 3KK1A 3CYMA 3O4QA 3WXKA 4E7HA 1HRHA 4IOCL 3OS1A 1L3SA 4Z4IA 4FPAA 5KGWA 2VGMA 3LP0A 1TUYA 1VSDA 4CBWA 2V7ZA 2QK9A 2W40A 3I8BA 2OTLN 3HZ6A 4UQGA 2UXBK 3PSFA 2HHQA 4JI2K 3VQ4A 4FJNA 3VOVA 3HI0A 3NVKA 1YF5L 1SZ2A 3CCMN 4B3OA 1EP4A 3R6MA 3VEWA 1TYQA 5ADXA 1JL1A 4PKIA 5AQXA 1HKGA 3F73A 1NBWA 5BREA 4BR2A 3J81O 3CPEA 3TPQA 1HYVA 3CCRN 1D9FA 1L5UA 4DF8A 5AR0A 2OYQA 3KLEA 3WQTA 3ENOA 2X6SA 3NCIA 1HPZA 4BC4A 2FBVA 3EZ5A 4CGGA 3QICA 3QFPA 1JLFA 4Q5VA 2ZD1A 1NWKA 1ZBUA 3C95A 2VCPA 5CHIA 3S9HA 3M8SA 1EETA 4Z4FA 4JNEA 1NJXA 3HBTA 3LDSA 3K0SA 4B3RK 4F2SA 5EU7A 3MEEA 2A3ZA 3OBYA 3DMJA 5BN9A 2HHWA 2QWQA 2YJFA 5AQUA 5B8HA 5FLXO 1VSHA 1L3VA 4DV5K 1S72N 4K8ZA 4CF8A 2GV9A 4ZHRA 1XC3A 1S1UA 2KTQA 3AVKA 3U8XA 3O08A 3AO2A 1XQSC 2XHBA 4CGIA 1FKPA 4CHNA 4DF4A 5AQPA 5GINA 1U45A 3FGUA 1IJJA 2HOEA 3K5NA 3GOIA 4AILC 2F8TA 2JWKA 2OCEA 3ITHA 4CHYA 4H5TA 2O8BB 1ITGA 3OYBA 3OYCA 4KHQA 3FZHA 1GOBA 2E1ZA 1K8AO 4CEDA 1LV5A 4LSLA 4BRQA 4LH4A 4YOXA 4BWMA 1JJ2M 3BP8A 3L6QA 3ID6A 4BDPA 4J2BA 4J2EA 4DV1K 1X9JA 3HXMA 1IKYA 3ZT3A 1OH8A 1D5AA 1WAFA 2HNYA 1N32K 4RW7A 4CJ7A 1UA1A 2RE2A 3LM9A 3NVMA 5AQTA 3KLIA 4GV3A 4DU1A 1VRUA 3S41A 3TTDA 3T69A 4H5WA 4IJNA 3ZT2A 1TL1A 4YOYA 1E4FT 2YKNA 4YOVA 4EP4A 1C0FA 4CIFA 2UUCK 4DV3K 1QZ5A 5JLHA 3SPYA 2ZJQL 2D0PA 4M3ZA 4OPKA 3PUFA 4AM7A 3HOTA 1T6CA 4B3TK 4ICLA 4JYAK 5CY4A 2XY5A 4E7LA 4KTQA 2X78A 4ID5A 2A5XA 3RR7A 1KRPA 1WSEA 3SLCA 2UYTA 3TI0A 3TU5A 3E9OA 3M8PA 3ZT4A 1ASVA 1T03A 2RPIA 3L8BA 5JICA 3V9WA 4DV6K 3SQ1A 2NUBA 1CZ9A 4NLCA 3CQYA 3K9JA 2ZJRL 5FROA 5FPMA 5JVGL 1WOQA 1LOTB 4I9LA 4FJMA 4BRGA 1NJWA 3CMEN 1BCOA 4DSLA 1VSJA 1IBMK 3E9PA 5BPLA 4BG8A 4NLBA 5GAGP 5AQRA 1NOZA 4JKDA 4CIEA 3HVTA 3B8AX 1JCEA 3CXCM 4LY7A 2YNHA 3D2EB 3VQDA 3AVFA 2LSNA 3TTCA 4FCYA 2HHHK 1R0AA 3SQ2A 4I6MA 5FDLA 4AQYK 1EWRA 4CZLA 3VQ7A 4OVLA 3NMUA 5H1SQ 2QWNA 3WXJA 3V9UA 1J54A 3NF8A 5IWAK 3O3FA 5E84A 1HNIA 1NU0A 3KVGA 4NCGA 1OH5A 1HKBA 4GVEA 1XMQK 3RTVA 1VSFA 4JI5K 4DWIA 3CETA 2F96A 3AGRA 1TK8A 1BG3A 4KBOA 2G8FA 1E4GT 3T1AA 3ZSQA 1CZBA 3L2VA 1JKHA 3JS6A 4JKEA 3IG1A 1ATSA 4RW4A 4B3MK 4GKKK 1Y97A 3AVJA 2KFZA 3C94A 4XH4A 1GOCA 3VN5A 4DS4A 1WSIA 5AQOA 3CD6N 4KI6A 4ISEA 3DXMA 1HQUA 2CGKA 3CCVN 4CF2A 4KH5A 4F8RA 4BC3A 3OYDA 1U48A 1NGEA 3S3OA 2Q97A 3E66A 1SKSA 3HSTB 3VEYA 3IMXA 1RTHA 4JRQA 3MN6A 4L8RB 1R59O 1K6YA 1EXQA 2A1RA 2E5LK 3VTHA 3AVNA 4LF7K 1DTTA 3ZETA 4M3WA 4JI3K 4FZYA 3UB5A 5AZJB 2KZZA 2IVOA 1VQNN 4F3TA 2E4LA 4LF5K 2O8EA 4W5TA 4IBNA 4GW6A 3FZLA 4IZ9A 3H08A 1RILA 4JKAA 3R9PA 4FZXC 4KRFA 4B1XB 4CJPA 3AVAA 4PKGA 3WT0A 4AF1A 3PIOL 2XO7A 1WSGA 3MN7A 4C8NA 1S1TA 5EOYA 3H3OB 4DTJA 1WLJA 2P9NB 4BG9A 1HNZK 4Z4EA 5AJ3K 1IV0A 2IAJA 4R79A 4DR3K 3U4LA 2HHVA 4DFPA 5C2FA 2DFEA 5M1OA 3TAGA 1HJOA 4HVJA 2YHYA 4BQZA 4KPYA 1N8RO 3PY8A 2QXLA 4WQ4C 4H4OA 4FWNA 3ZT0A 4DFKA 2Y1JA 3V81A 1ZBIA 1CLQA 4EAHD 4DLGA 3L3VA 3UKUB 3FZKA 1HQEA 3H1QA 3P1GA 3C65A 1TUUA 3EY1A 1JXBA 4JK9A 3KD1E 3G10A 3VMFB 1ZBSA 1MDUB 2YNIA 1OH6A 3FFIA 3BF1A 4C8OA 1NLVA 3OW2M 3VEXA 2FC0A 3THYA 3K57A 3O9TA 1LW0A 3WXLA 1WN7A 3VERA 4BGBA 2W41A 2A41A 3LP1A 5AQKA 4O8KA 1DGKN 4BDYA 5HOOA 2V51B 4B9VA 5F1XA 4LFAK 3VQPA 1UAXA 4CBXA 1BQMA 2QI2A 5FPNA 3U9DA 4V19S 2NRRA 5JMVA 5DM7L 1H1VA 2FLOA 3BY5A 3ULEA 3K59A 1SS6A 5I9EB 1TK0A 5LY3A 1W0HA 3VQEA 3PIPL 5A2QO 3RRHA 1N34K 4KTZA 4YFUA 1J5EK 2P9KB 4CJUA 4H4MA 2CH6A 4O4GA 3HM9A 3ZCMA 1YVUA 3LZIA 1VQKN 1SAZA 3SYZA 1TKDA 4ISFA 2P51A 5HL7L 4BWJA 1LAWA 4FJ9A 4IEEA 2I7PA 4JHDA 3ZSOA 1DEJA 3W3DA 1C1BA 4M3RA 3NH2A 3KK2A 1YJWN 4I2PA 2W6KA 4IFVA 4EZ9A 3SUOA 3I33A 3VPZA 4LF4K 4CF9A 4NYFA 3AA4A 3C7NB 1Z05A 4FWOA 4FXDA 1ATNA 5FPDA 3LZJA 1VSKA 3CERA 3D7EO 3P83D 2QW9A 2E2OA 5BPNA 2HHUA 4CGJA 3SUNA 1BDGA 1K8KB 2WOMA 3OS2A 5E26A 3UKRB 4DTMA 1HUXA 4BC5A 3RWUA 1C0GA 3MCPA 4BQLA 1VSLA 3B6PA 1ZBHA 3DLEA 5LL6Z 1IBLK 1X9MA 2OPRA 4O5FA 1O13A 1SKWA 4FPBA 4FL9A 5F0XA 1S1WA 3MEGA 3TSQA 2E20A 4JK7A 3KK3A 2O8DB 1B92A 3LAMA 2QWLA 1ILYA 3C6HA 3DLRA 4KHPK 2B6AA 3SCXA 1IG8A 2IOCA 3WEEA 3QLHA 3CFRA 4KO0A 5AQQA 3LPUA 4GV9A 3DRRA 1IH7A 1ZC6A 2UU9K 3OJUA 1CXUA 3AAQA 3T3FA 5BRDA 4M3YA 2GX9A 4OKKA 1BIZA 2HSTA 4KB1A 3CCQN 5AQZA 4A2AA 3VEOA 3RSEA 2G8WA 4A59A 3BUZB 4A57A 2NRXA 3IRXA 1ASWA 3QBWA 3WQUA 4HTLA 3ZT1A 4UY8O 3GDQA 1GLLO 2OZSA 4E0DA 1TAQA 3CJ9A 3O4NA 5E41A 2JGUA 1QVFM 4MDAA 4CZGA 1KD1O 3BGRA 2YNGA 3CJCA 3VTIA 3HK2A 3LM2A 4DSFA 3QEPA 3EN9A 4Z4HA 4DQIA 3EKUA 3A5NC 4RCHA 4H0OA 4CJEA 1W7AA 5BRFA 2P9PA 4N56A 1XHZA 3QETA 2Q0UA 4OJRA 3MEDA 3LDPA 3LP2A 1W97L 3MN5A 4CHOA 4FW1A 3OA9A 4X62K 3RRGA 3MXIA 1X9SA 2FSJA 3AVIA 3MMVA 4Y1DA 4WQ5A 2DFFA 5SZTA 4FM1A 1NGDA 4AHCA 3HPGA 4BE1A 3HRGA 4CEOA 1NK9A 2O8CB 1IO2A 3SQ4A 3CQ8A 4CGDA 3HPOA 3VQ9A 4H0VB 1FKOA 3CCEN 5LJWA 1BL3A 3AO4A 4JI7K 4M41A 1VQPN 4PWDA 1OKJA 2IVPA 2AJQA 4CHPA 5JLFA 1BI4B 3QEXA 3DOKA 1SKRA 3V9ZA 2QWOA 1D8YA 2VG7A 5ADXH 1UOCA 1MWKA 1JLCA 4JKFA 4A61A 4HUGA 1IKVA 3R8EA 1BUPA 5AQGA 2UXDK 4M3TA 4YOWA 4W5NA 4BR5A 3V4IA 4FWQA 1U6ZA 1NK7A 2EHGA 4BRMA 1NOYA 2A40A 4DTUA 3J7ZO 1LW2A 3KKRA 4CJSA 4U67L 2E2PA 2QWPA 4AM6A 4M3UA 2HNDA 3M6GA 4RWTA 4W5OA 1BCMA 1Z6RA 4CD3A 4EIAA 5CE3A 4ID1A 4BRAA 4KH4A 1SL1A 3ISNC 2IDOA 4J2AA 1KXPA 1KLMA 3RVCA 4E1NA 1P90A 2ZWHA 3O8MA 2E8AA 5AZIB 2YHWA 4X66K 3DYAA 2P9LB 4MO4A 3ZLJA 2HHSA 2ATQA 3DRPA 3CM6A 1HYSA 4FLWA 4O8UA 3TAMA 1RCHA 4CF0A 1QSYA 3HJFA 4C8LA 1YVNA 1UA0A 1IG9A 4LF6K 2XRIA 1WUAA 4FLZA 1HMVA 4IKFA 2NNWA 3CFOA 4R5PA 2RHKA 3OJSA 3QNOA 2O8BA 2ZE2A 2PY5A 1BO5O 2PYLA 2F9TA 1GLJO 2DTUA 4DMNA 1S22A 2YNFA 3CPWM 3AVBA 4DTSA 4OO1J 4JD2B 4DQPA 4BRFA 1XC9A 3DXKB 1VQ5N 4NO7A 5GADP 3LAKA 3VENA 4H8KA 4CJ3A 1J5OA 4AH9A 3VGKA 3SV4A 1XUPO 4ILGB 3CJBA 4BRDA 1RDWX 4FO0A 1VQLN 4CHQA 4DU4A 1RDAA 5J1EA 2PBDA 1J53A 3HP9A 1SUQA 1FXXA 2G8UA 4RTFD 2QEXN 3HYFA 1Y64A 2PZSA 3ULDA 1T44A 5CZ1A 3K5LA 4DUZK 3TSPA 4ELTA 4ILHA 4DFJA 2X6NA 4HCBA 4IOAL 4EZ6A 3TTFA 5AQNA 2HNZA 3AVMA 2KKZA 3MAQA 3AV9A 3CF5L 3QEVA 4WFAL 3LALA 4YDUC 3MWPA 5CYMA 4B9NA 3O1BA 4DV0K 4JI1K 1C6VA 3HT3A 2KLAA 4H0TB 2VYPA 4FJ8A 1YI2N 5HROA 1JCFA 5JS2A 4JEPA 1OH7A 2V7YA 1F21A 3CJAA 4B1WB 3DJCA 1KAYA 4B9LA 4PKHA 3SUQA 1HX1A 1RDDA 3M5RA 4H5NA 2D0BA 3FFKB 3KKSA 3P5JA 4MDBA 3CC4N 5GAEP 2YX6A 2P9IB 2GTDA 5AQYA 1JLEA 4FWPA 3SMSA 1WSHA 3NHGA 3U6FA 3SJHA 1NM1A 5KPZA 3BZCA 4CGFA 3J7YP 1ZXOA 3DLGA 4WYBA 2NRVA 5AQHA 1QQCA 1SQKA 3D2EA 2P9SB 3N4PA 3NF6A 3OYHA 4B9MA 3QNNA 2HBKA 2QWRA 3CHWA 3BZKA 5C10A 3ZSVA 2EWSA 2BGGA 4WFBL 5AFUA 4H0XB 2P5GA 3O9SA 2PYJA 4DTRA 1S6PA 4BR9A 1NMDA 3OYFA 4I7FA 4CK2A 3G0ZA 4N41A 3NAEA 3OTOK 1QZ6A 1RT2A 2FF6A 4E3SA 2KFNA 1HPMA 1BISA 3OYNA 5M1KA 1YTUA 3SAFA 4C23A 1Q8IA 3L2QA 3VA0A 4DV2K 5KPTA 4FM0A 1EWQA 1RBSA 3OS0A 3AGKA 3VF2A 4CEZA 4A5BA 3OYJA 4BE0A 4KV8A 3O6WA 3V9XA 4FWLA 2Q36A 2QKKA 3EKSA 3NH0A 1KLNA 1RTJA 4HWIA 3AA3A 5AQJA 4OPAA 2P5OA 2GUIA 2HMIA 3LWLA 5C25A 4GNIA 2YCHA 3IUCA 3QMLA 3PV8A 2D0CA 2OTJN 1N5YA 1U04A 5AZJA 1BGXT 1MA9B 1HNXK 2O4IA 4DR5K 3M3ZA 4AHTA 4B1YB 3AAPA 3BDPA 3C6UA 3OYGA 3HM8A 5AQVA 2FBXA 3V6DA 1RT5A 4DR6K 4KHWA 3MXJA 2O8FA 1NGAA 1X1PA 4JKGB 3IKMA 3ATUA 4AHUA 1VRTA 4YORA 4FJXA 4OGEA 2P9NA 1JLGA 5BRHA 1NK4A 1RT3A 4LC9B 4E7JA 4CECA 3F9KA 4E1JA 1U2VB 4DS5A 3OYAA 1ESVA 3CJ7A 3CCJN 2JWLA 1L3TA 3VQBA 3LDOA 1VQON 3NH1A 3ZETB 5EX5A 4MFBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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