1YJ9N

Crystal structure of the mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui containing a three residue deletion in l22
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of MLSBK antibiotics bound to mutated large ribosomal subunits provide a structural explanation for resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S Ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 47
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yj9N00
3DLLL 1YJWN 3I55N 1JJ2M 1ILYA 1QVFM 4WFNL 4IO9L 3CCRN 1VQ6N 1K8AO 2ZJPL 2OTJN 3CCEN 1M1KO 1Q82O 1KC8O 4U67L 1VQ8N 3OW2M 3CD6N 4WCEL 1YHQN 1VQON 1QVGM 5MLCQ 1KQSM 1VQ4N 1VQ7N 5GADP 5DM7L 3CCVN 4WFBL 1Q7YO 1NJIO 1S72N 5GAHP 1YJNN 5DM6L 1VQKN 3CC2N 4IOAL 3CCLN 3CCUN 2ZJQL 2ZJRL 1VQNN 1YIJN 5JVHL 2QEXN 3CCJN 3G71N 3CCQN 4WFAL 5GAGP 3CMAN 1VQMN 1K9MO 1K73O 4IOCL 1YI2N 2OTLN 1OVYA 3J7ZO 3CC4N 1VQ5N 3CC7N 5JVGL 1VQPN 3PIPL 3CCMN 5GAEP 1VQLN 1Q81O 3CXCM 4UY8O 3G4SN 2QA4N 3CMEN 3PIOL 3CCSN 1YJ9N 5H1SQ 3I56N 3G6EN 1W2BM 1Q86O 3CF5L 3CPWM 1N8RO 1KD1O 5HL7L 4WF9L 1VQ9N 1M90O 1YITN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S3MA 2GBZA 3LALA 4DKWA 3DLLL 4F3TA 4FK4A 4O4GA 4DSEA 3JSMA 4CF8A 3DXMB 3SMSA 4FLYA 1C1CA 3RSEA 3W3DA 3AY9A 4BE1A 4JD2A 3RRGA 1VQ6N 1NK0A 1L5UA 2PYLA 2ZJPL 3U9ZA 1X9SA 5D3GA 3D2EA 4FZYA 2G8FA 3V1QA 1JKHA 2HHXA 3DXMA 2W42A 4PA1A 1SV5A 3QICA 3QEIA 2VCPA 3GOIA 3THVA 5KI6A 3AO3A 3M8PA 4WYBA 4GNIA 4BRQA 1DEJA 3SQ0A 3TSPA 4OX9K 3T69A 1OH7A 3A5MC 5C24A 4PL8A 4IFVA 2ITGA 3CCUN 3HPHA 1U47A 4BVPA 4M7YA 3TU5A 2QKBA 3NF8A 1IKXA 3CQYA 3KKRA 1HKCA 2O8DB 1RDDA 2RE2A 1UA1A 5LMNK 4Y1DA 4H8KA 4PKIA 1XHXA 1NM1A 3BZKA 3H3NO 5E26A 3DRPA 5IWAK 3UB5A 5LY3A 4KI4A 3HSCA 2FBTA 4LSNA 4B1UB 1QQMA 1XNRK 4DQRA 3EKUA 1S9EA 3CCMN 1XNQK 5AQWA 4DLGA 4JV5K 4CJ3A 1HNVA 4CJPA 2XY8A 5KQDA 4B1YB 3WNGA 4NYFA 3WXIA 1T6CA 2ITMA 4RG8A 2QK9A 2KTQA 1HNXK 2P9IB 4ZTJA 5JLFA 3AARA 4K25A 3CI5A 1XHZA 5H1SQ 2O8BB 3VERA 3VA3A 3OYEA 4NYNA 4JN4A 3V1OA 3I33A 3A2FA 1GOCA 1KSPA 1XC9A 2UUBK 3J8AA 1ASWA 3ZT2A 5C10A 3DXKB 1EXQA 2FBYA 4BDZA 1LCUA 3SJHA 3MXIA 3FFKB 1T03A 1SAZA 2YJFA 4BR5A 5EOYA 3V9XA 3NCIA 1L3VA 3PX6A 4I6MA 4FM1A 3T19A 3CG7A 1FW6A 4CF1A 3SBGA 3LZIA 3HOSA 4Z94A 4OGEA 3N4QA 4XH1A 1VAZA 3V1RA 3O1WA 2XY7A 1VSLA 4CK3A 5SZTA 3O1BA 3AO4A 4DFPA 1KTQA 4JK7A 3AGRA 1VSMA 4CHPA 3KLGA 3AO1A 3LP3A 3CCVN 5C2FA 1HKBA 3G25A 3J80O 3IG1A 4PWDA 2V52B 4AQYK 5FPEA 3VN5A 2OZMA 1SKWA 3LDSA 4NB4A 2ZGYA 1J5OA 2QKKA 3FZMA 3LPTA 4KH5A 1I3AA 1IV0A 2QWQA 1NJWA 4H5NA 4HTLA 3K2PA 4B9LA 5TKYA 4EAHD 4FWQA 4DSJA 2YI1A 3LANA 3TWHA 4V19S 1TKZA 5AQOA 1N34K 3KK3A 1MWKA 1Q18A 3CQXA 4A59A 4A57A 2GX9A 1YVUA 3R6MA 3CC4N 1LWCA 3M8SA 5I3UA 5BR8K 1UAXA 4CGJA 3JYTA 1U04A 4EP4A 4J2BA 4BRKA 5B8HA 3V9SA 1JLBA 1WUAA 2G8UA 3E66A 4QS9A 2YKNA 5C42A 1HLUA 4FW2A 4CD1A 4W5RA 3ZT1A 2PFUA 1JXEA 2X78A 1BL3A 1LW2A 1B9DA 4FLVA 1HJOA 2E6MA 4DFMA 4DQ8A 2HF3A 3EE9A 1NK7A 4NLBA 4DWIA 3EZWA 2ASMA 1SS6A 2RF2A 2ZGZA 4BRDA 4CJFA 5LJWA 3NVKA 2NRRA 1ZBSA 1KD1O 2CH5A 4L3QA 4MO5A 2E4LA 5AQUA 3B8AX 4EZ6A 3AVFA 3I0SA 1S1WA 1N36K 3RMCA 4BR4A 5AQRA 1O13A 4JNEA 4KB0A 2YX6A 4LH4A 3O80A 4DTRA 1OVQA 3VGMA 2QWOA 3QB0A 2IOCA 3U3GA 2A6AA 3SPYA 1S22A 1VQ8N 1BUPA 4FZZA 3OYIA 2A5XA 3VGLA 3AGKA 1IKWA 4PUOA 4XEIA 1QVGM 2HBLA 1QSYA 4KRFA 1HR0K 4WQ4C 5AJ3K 4W5QA 1ATRA 4AM6A 4C8MA 1NGEA 2YCHA 3DLRA 3DOKA 1LWFA 3OYDA 3JXUA 1RNHA 4KTWA 4FSVA 3G10A 1B92A 4BRAA 2P9PA 1BDGA 5TKWA 4BDYA 3PX0A 2XO7A 2UUCK 3HP9A 1HYVA 5CYQA 3O3FA 1O1WA 5E84A 3VEOA 4AHCA 1CXUA 2QXLA 4DQSA 3ENHA 3OHRA 2D0BA 2NZTA 3THXB 3AVCA 3THYB 3ZEUB 4DF8A 3HJFA 4A5BA 3OJSA 1VSKA 4FPAA 3V9WA 4DV7K 1HRHA 3G4SN 2O8EA 2HNZA 4JLHA 5HRPA 4YDUA 4JKAA 3DI6A 3O3HA 3CERA 3L4IA 4KKOA 1T6DA 2P9NB 4EHTA 3H3OB 1U45A 5J1EA 5AQJA 5BN9A 4FXDA 4M3YA 4H5TA 4YNQA 3NMUA 1LAWA 4CW7B 3VQEA 1HPZA 1I39A 3T1HK 4E0DA 4J2AA 4CEFA 4B3OA 5FPNA 3AVNA 4BRFA 1BU6O 2BH1A 1OH8A 1ZBFA 4CGGA 1Q8IA 3KK7A 1EQYA 3LM2A 4FZXC 3SZ2A 3O9SA 3OY9A 4ICLA 5CYMA 5A2QO 3ATVA 1RILA 1XMOK 3WEEB 4H5VA 2E20A 5BPNA 1A5WA 1NGAA 3VQDA 1QSLA 4DSFA 4L8RB 2VG5A 4K8ZA 5M1KA 2R7YA 1NGJA 5F2RA 2IIRA 4GVEA 3T1AA 3H08A 4K42A 3OYHA 1RT7A 5JS1A 3VQQA 3O5BA 4BC3A 1I94K 5EVZA 1KQSM 4DFJA 4H0VB 1TYQA 4DTMA 3PSIA 3P39A 1VK0A 2Q36A 5AQNA 1S1UA 3SNNA 4CGIA 3QLHA 4J2EA 4JKCA 3EEQA 3SQ2A 1U48A 1EWRA 1N5YA 4FWNA 4JK8A 3P4IA 5BRHA 5AZIB 4B1VA 4CFBA 4DU4A 1NJXA 2HHWA 5C0YA 2YV0X 3KKSA 4E1JA 1N33K 3BF3A 1BI4A 3MN6A 4H4MA 4OKEA 2J4RA 2FSKA 3WXKA 3M5RA 4RW9A 1K73O 4OKJA 3SK3A 2ZD1A 4FL9A 2XY5A 1RT2A 1Y64A 4F8RA 1J9AA 1NJYA 1HYZA 5JVGL 5HROA 1JLGA 3CPEA 1RT1A 3CJ1A 4R5PA 3KIOA 4B08A 5AR0A 4HCCA 1S3XA 5HRNA 3F73A 4LY7A 3VTHA 3L4QA 2Z1GA 3NH0A 4JAXA 3A8YA 3S9HA 3O4WA 1NGFA 4ILJA 3ALYA 1HQUA 4H0TB 4DTOA 1BGXT 3OYCA 4KFBA 3RWUA 3LDOA 4FJ9A 2F4VK 2YHBA 1P8ZA 1BO5O 4RW6A 3FZHA 1XWLA 1RBSA 1JLFA 2KHOA 3D2FB 3TAMA 3EL2A 4CEOA 1WLJA 5LL6Z 3VQCA 2F9WA 4M3WA 1VSJA 4MO4A 4CBXA 2XY6A 2Z1HA 1QVFM 4E3SA 3VQAA 3C94A 4JHDA 4JI6K 4H0OA 1HNZK 4YOWA 4PKHA 4DUZK 3ZX3A 1M1KO 3NGZA 4M3UA 4HUEA 3TABA 2B5JA 4FK0A 1A5VA 5AFUA 4CHZA 3PX4A 1SKSA 5FRNA 1F21A 1W0HA 4FLXA 3TAGA 3ZSYA 3H46O 2YNIA 4ID5A 2O8FA 2Q0RA 1J54A 4CESA 4DHYA 4IJNA 3AA5X 3Q7BA 3QETA 3KLHA 4A62A 3CC2N 3ZCMA 3AA4A 2HHUA 3F9KA 2ZJQL 4CHNA 3OS0A 1Z6RA 2ZJRL 4A61A 4FJXA 4FOIA 1YIJN 4FWRA 2A40A 4I2QA 4PHTX 2WUSA 3L2VA 3S41A 1X9MA 1VQMN 4B3RK 1LV5A 1RFQA 3H1QA 1E4GT 2HHSA 2QWRA 3UE5A 3CC7N 3C6AA 4NXMK 3NGIA 2E8AA 5BREA 2E1ZA 3BZCA 3DLGA 4NLCA 1JLEA 3VEYA 2WONA 3DLHA 3MWTA 3VEVA 5ADXA 4KB1A 1JLAA 1ZBIA 2GELA 2D0PA 1RT3A 1RBRA 3OJUA 4W5NA 2QA4N 3DMJA 3N4PA 4QS7A 3AVMA 1H1VA 2FBVA 4F2RA 3ULEA 2Z1JA 4H0PA 2O4IA 1U49A 3DAWA 1IKYA 1NU0A 3PUFA 1Q86O 1NGGA 1BHLA 4DG1A 4DTUA 1NKCA 3IKMA 3HPGA 3THWA 4YOYA 4FPBA 1NNEA 2X6NA 4JKGA 2EWSA 4F3OA 2UUAK 3EN9A 1FK9A 1TV6A 5J2PA 3KHYA 1QZ5A 3DOLA 2NRVA 2GEMA 1K6YA 2GWJA 3A5LC 3R8EA 4GV6A 1GLLO 4E89A 2KZMA 4JKFA 1YAGA 3RSEB 4H5RA 4B9UA 4JD2B 2Q3SA 4GV9A 1HPMA 2O4GA 2HMIA 4DU3A 5C25A 4RWTA 4BE0A 1Z25A 4YOXA 3D2EB 3JS6A 3HM9A 3O3GA 2EHGA 4DTPA 1U4BA 5MLCQ 1BIZA 4B9NA 1L3SA 3KWGA 1HNIA 1WSIA 3P38A 2Q31A 4BG8A 4IBNA 3HVRA 4CZGA 5KPTA 2P9SA 4CJQA 4M3XA 5EXWA 4CF0A 2P5OA 2P9LA 3MN5A 3AVGA 4HVJA 5LMUK 3AA2A 4ZHRA 1VSIA 2JWKA 5C15A 1FXXA 1GLJO 4OPHA 4HUFA 5ELZA 3KK1A 2UXCK 1NGHA 3ZSRA 2HHVA 4TSXA 1J5EK 2E88A 4WFAL 4BE2A 3NGYA 3LAMA 3VQ7A 3O9RA 4O0IA 2KKZA 1NOZA 3FE1A 2NUBA 3ID8A 4IOCL 1SL2A 4DV2K 4IDKA 1VQ5N 1VQPN 3L8BA 1S6QA 4UQGA 1CZAN 2NRTA 1R59O 5AQHA 4CEDA 1XUPO 3H1VX 4UY8O 4M45A 4KTZA 4E7LA 3TPQA 1RT6A 1FKPA 5AZJA 3E9PA 4DTNA 1YVNA 3NAEA 2HSTA 4CIGA 3O6WA 1KAZA 3CPWM 4HTUA 1DTTA 4CZLA 4FWPA 3QEXA 3VETA 3E9LA 3AO2A 3OS1A 4DSLA 3AVIA 2GUIA 4IJAA 4KHPK 4FYDA 3EY1A 1E4FT 4MLEA 1U2VA 4O55A 3EZ5A 3KZBA 1D9DA 3GL1A 3NDKA 2VQFK 4GV3A 3WNHA 1GLFO 4WCEL 3SAHA 4CK1A 5CY4A 4I6MB 1S5JA 5M1OA 1TUYA 2Z1IA 4CZJA 4DV0K 3W0LA 5JS2A 4JKDA 1ASUA 3UKUA 1S72N 3SUPA 3QBWA 4CFAA 5CR4A 2GV9A 3DYAA 4DTSA 3K58A 3L6QA 4CHOA 1SUQA 4N5SA 1SL1A 1VQKN 4OJRA 5K14A 1UA0A 3KLIA 3CCLN 4MQ3A 4CIEA 2ZM6K 2A1RA 1RT5A 2NRWA 4CEAA 3T3FA 2HB5A 1REVA 4DTJA 4BC4A 1N6QA 1Q9YA 2IAJA 1UOCA 3NH1A 4FJMA 1NK4A 4I9LA 5J2NA 3GDQA 1WSEA 3WXJA 1QZ6A 4KHNA 1KLNA 4FJLA 3BF1A 2Q97A 3CYMA 2HOEA 1RBTA 5AQPA 3U9DA 4KBOA 4LF9K 4BWJA 4EP5A 2VQEK 4BRIA 4BR9A 3U4LA 1EETA 1C0GA 1ZXOA 4JKHA 4CBUA 2OZSA 2G8HA 1BIUA 3HXMA 4FLTA 5AQTA 1KVAA 3BUZB 3FZFA 4Z4CA 3I56N 1MWMA 2I7PA 2F8TA 2QTDA 3V81A 4CGFA 1RBUA 1BCMA 2A1SA 4LFBK 4OLBA 3NH2A 4DV6K 4OKKA 4B9QA 1YJWN 2PBDA 1VHXA 1KLMA 4IO8A 1GLDG 3IFRA 2I5JA 4O5BA 4CHYA 2IGIA 3SV4A 3ITHA 3QO9A 4DSKA 1VRTA 2W6LA 4FWOA 4RCHA 5FROA 2OTJN 3QNOA 3LAKA 1C6VA 3MAQA 4YDUC 4FJIA 3K5MA 3PSFA 3F9MA 3C95A 4BC5A 5EY4A 4QCLA 4J8FA 4CEBA 1QQCA 1SZ2A 1DKGD 2E6LA 2HW3A 5I9EB 3P5JA 2HHHK 1NWKA 4Y0WA 1IO2A 4XIUA 1TK0A 1NK9A 3TSUA 3BGRA 4FWLA 3VEZA 4BGBA 1NJIO 1HKGA 5J2QA 5GAHP 4DUYK 4BRMA 2OANA 3M3ZA 4CECA 3UIQA 4JI0K 5IT9O 3TAEA 3QNNA 4RW4A 2HHQA 3C7NA 3VF2A 1RTIA 1X9JA 4DQQA 3OBYA 1GLAG 1S1VA 3SI6A 4B3MK 3FR0A 3K5LA 4BR0A 1T05A 2V7ZA 1HUXA 3K5OA 3VGKA 3VMFB 4ILHA 2QWNA 4FCYA 4E7JA 1LOTB 2IC3A 4ILGB 1VRUA 2P9PB 4BR2A 2IVOA 4RTFD 3DWLA 1NGBA 2B4JA 4DR4K 3PIPL 2LSNA 3SAGA 3FZKA 3OYJA 3FLCO 3L2QA 1GOBA 4B3TK 3IMXA 1TUUA 3WXMB 3MX2A 1ZBHA 3J81O 1RCHA 4IKFA 1HNWK 1QQNA 4KAZA 3A5NC 1ZYQA 4AHTA 4BQZA 2D4WA 4DV4K 4Z4EA 1D9FA 4B8AB 3FZLA 2O8EB 1VSFA 4LFCK 4CEEA 2W41A 5BRDA 1M90O 1VQ9N 1XC3A 1BQNA 5FRMA 1XQSC 1TK5A 1LWEA 1TKXA 3NFAA 4A5AA 2HVIA 1S6PA 3CFOA 4MDAA 2BGGA 5FPMA 4KHWA 5FLXO 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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