1YJWN

Crystal structure of quinupristin bound to the g2099a mutant 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
2040608010012014016018001020304050
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
TI1 (3-6)EMPTYS4 (101-103)TI2 (39-42)S2 (43-49)TI3 (51-54)AH3 (78-95)S3 (56-62)3H1 (64-69)AH4 (114-125)TII'1 (104-107)O1 (108-110)TII1 (110-113)3H2 (133-135)AH5 (139-143)AH6 (145-152)AH7 (169-180)TVIII1 (157-160)TIV3 (181-184)AH1 (11-15)S1 (33-38)AH2 (20-28)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Ribosome/antibiotic
publication title Structures of Mlsbk Antibiotics Bound to Mutated Large Ribosomal Subunits Provide a Structural Explanation for Resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S RIBOSOMAL RNA
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1yjwN00
1VQ4N 3CCLN 5GAEP 4WCEL 4IOCL 1YJ9N 1VQ8N 5HL7L 1M90O 2QA4N 5GADP 1YJNN 1ILYA 3CMAN 1KC8O 3PIPL 1JJ2M 3PIOL 5MLCQ 1YHQN 3I56N 1VQ6N 1YJWN 3CC2N 5GAGP 1OVYA 5DM6L 1VQ7N 2OTJN 3G4SN 1K73O 4WF9L 1N8RO 3CCEN 4IO9L 3CD6N 2ZJRL 4IOAL 3G6EN 3CPWM 2OTLN 3OW2M 1VQMN 1YI2N 1VQPN 2ZJPL 3G71N 3CXCM 3CF5L 1YITN 3CCUN 2QEXN 1VQLN 1QVFM 1VQ5N 3DLLL 1VQKN 1Q7YO 1KD1O 3CCVN 1VQON 4WFNL 1Q82O 3CC4N 1S72N 3J7ZO 3CCQN 1Q81O 3CCRN 5GAHP 5H1SQ 1M1KO 5DM7L 4UY8O 1NJIO 1VQNN 1QVGM 5JVGL 1VQ9N 2ZJQL 5JVHL 3CCSN 1Q86O 1YIJN 3CCJN 3CC7N 4U67L 1K8AO 3CMEN 3CCMN 1W2BM 4WFBL 1KQSM 1K9MO 3I55N 4WFAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWNA 4CF9A 4YNQA 3V6DA 2IVOA 4RW4A 2DPNA 3WUHA 3I0RA 5AQYA 4H0TB 1XMQK 4BVOA 3RMCA 3D2FB 1BIUA 2O8BB 3KLFA 2KHOA 1LOTB 5TKWA 4LFBK 1HQUA 2FBVA 4AH9A 1GLCG 1JJ2M 1VSJA 1SAZA 3MEEA 4MDAA 2WFBA 3SCXA 1W7AA 1CZ9A 2UYTA 3QO9A 1GOAA 1WSFA 5AJ3K 4EZ9A 3KK1A 4ELVA 2RE2A 1JCGA 2KZZA 2OTJN 3O8MA 4YOVA 3TSPA 2Q31A 5HBMA 5BN8A 4W5QA 3CG7A 1OVQA 3VEOA 4Z94A 4CK3A 3CD6N 3VENA 2G8FA 4FJKA 3IDHA 1RT5A 4QOZB 3ZSOA 2VGMA 4BC2A 4FWPA 4FWRA 5J2NA 1WAFA 1VSDA 1S1XA 2I7NA 4KO0A 4CK2A 2FXUA 1KD1O 2W6KA 2DFFA 1GLLO 4DSLA 2HF3A 4B1YB 4YOXA 2W41A 3T1YK 3TWHA 3QEPA 3CCRN 2FSNA 3AA3A 5KGWA 3BDPA 1VSEA 1JCEA 4PL8A 4JS4A 4PKHA 1KRPA 4Z0UA 3NFAA 1ATRA 4AHCA 2W42A 3L0QA 1VQ9N 3QEXA 1RILA 3L3UA 3CCSN 4YFUA 1XHXA 3LL3A 3HRGA 4I6MA 3DLEA 1FK9A 1Q86O 2E1YA 2G8HA 3WQTA 4C8NA 3LP3A 3AA2A 4Z4FA 2NRHA 4CGFA 4FJMA 2GBZA 1RDBA 3VQDA 4NB4A 3FZKA 4WFAL 4F2RA 3ZSWA 2IVNA 2O8CB 2DY4A 5FROA 4CI6A 4I6MB 2EX3A 4EHTA 1VQ8N 4DCHA 2QA4N 1KFSA 4O55A 3R3LA 1RDAA 4KHUA 4ELUA 2GUIA 4HUEA 5C0YA 1V4SA 3U3GA 3C95A 3VQ4A 5BN9A 4FJNA 1TV6A 1V4TA 4AHUA 3CFPA 1WSJA 4LF9K 1EO1A 5KTQA 5GIOA 3HM8A 3NMUA 3M5RA 1NJZA 1CXQA 2QWQA 3S3NA 3S3MA 3NF9A 4E19A 4DQQA 4FOIA 5AQRA 4FXDA 4QS7A 1MU2A 3QEVA 4LF4K 4UQGA 2UUCK 1JKHA 3L2VA 5CHIA 2ASPA 1RT2A 3DXMB 1L3VA 3OYEA 1WUAA 3BF1A 3RWUA 1ZBIA 3TTDA 4RW6A 3SQ2A 3OYKA 2ZE2A 1Q7YO 3DRSA 4KI4A 4J8FA 4NCAA 3M1FA 5DMRA 3OYGA 1RT1A 3CC4N 2HVIA 4GMJB 3OA9A 1VSMA 4DQSA 4B9QA 3HOTA 4CJ4A 2G8UA 2JLEA 1N32K 3MCPA 5HRRA 4LH5A 1Q8IA 4C8OA 4DV1K 3J81O 1UWBA 3THXA 5IT9O 1NMDA 4CEFA 4EFHA 2WC9A 2PYLA 5AZIA 3J7YP 5F0XA 3L8BA 3WXMB 4B9LA 1GLFO 2I5JA 2OPRA 3AAQA 4CHNA 4KTZA 3THXB 1SKRA 3CCLN 4OGCA 3KD1E 4CEBA 1WSEA 3VF2A 3L3VA 1EQYA 5AZIB 4CHPA 5FRNA 3EL2A 5KQ8A 1S9EA 1RFQA 3VQQA 1OH8A 4FM2A 3NBPA 3K9KA 4CJVA 2QWRA 4V19S 1VSHA 3FZHA 1CLQA 1J5OA 2O8EA 4B8AB 3VGKA 2OYQA 1VQ6N 5C25A 2VWJA 3OTOK 1J54A 5CY4A 1ITGA 4BREA 3OYIA 1WBBA 1OKJA 3NAEA 4XH4A 3LDNA 3J8AA 4IDHA 1LCUA 2VWBA 3LP2A 4M3UA 3F2KA 3VQAA 2X78A 4FJGA 3C65A 2O8EB 5AQTA 3JSMA 3BZKA 4QAGA 4JKCA 4FWMA 4CJQA 4LF8K 4CJFA 4CF2A 2A6AA 3CCUN 4M7YA 3G25A 2PYJA 2PZSA 5AQNA 3MN7A 4BG9A 4RWTA 4A57A 3MX2A 3I8BA 2A42A 1IKXA 4IJNA 5HRPA 1NGBA 2O4GA 4DFJA 4BRAA 4NYFA 4EP5A 4NO7A 3I0SA 3PSIA 4BC3A 3MXJA 4HWIA 4KHWA 4BRDA 3SAFA 1BGXT 4X66K 1O1WA 1S5JA 4FLVA 3KK3A 5AQHA 3HM9A 3V9SA 5EXWA 1TAUA 4CECA 5ADXH 3KLGA 1C0UA 3PV8A 4RG8A 4M41A 5EOYA 2D0OA 3EKSA 4H0OA 4DSIA 3DLRA 3HXMA 5E26A 4DUZK 2I7PA 2NZTA 3MN6A 3LAMA 5AQOA 3MX5A 3H3OB 4BRQA 5AQJA 1NNEA 1NBWA 4GY2B 5ADXA 4KB0A 2HBKA 4DTRA 3MXIA 4TSXA 1U45A 3FFKB 1T7PA 4CZLA 3QB0A 3QIPA 3A5NC 4YORA 4YY3K 5JLHA 1NOYA 4KHYA 2E6MA 4AHRA 3SI6A 4KAZA 4JD2A 1NGHA 4IO8A 1IKYA 2IDOA 5AFUH 3IKMA 4O44A 4C1NI 5CE3A 1NK7A 3V9ZA 3KJVA 2GEMA 1BA1A 1JXBA 4DV6K 4CEDA 5M1OA 1FKPA 4XEIA 5AFUA 1OVYA 3OYMA 3ZX0A 2GV9A 3WXJA 4RW7A 3AVJA 1ZBSA 4JD2B 5KRTA 3K58A 4Q0BA 4A61A 4CFAA 3CJ7A 3GOIA 3H46O 3AA5X 1NGIA 1HYSA 2E6LA 3MN5A 1S6QA 3ISNC 2JWLA 4IJAA 3VEZA 4DU1A 1NMNA 4PHTX 3GBTA 3IG1A 4JYAK 4C1NK 2G8VA 2HB5A 4CF8A 4WFNL 4CHYA 1YTUA 1BWFO 4JI8K 2OZMA 4OX9K 2BDPA 3LDQA 5J2QA 3L2UA 4NXMK 2HNDA 4FL9A 3HJFA 5JLFA 2VCPA 1WLJA 3K57A 5HLFA 2QWMA 1KAZA 2ITMA 1MWMA 5AQIA 4BVPA 4CJKA 2P9PA 3ID6A 3AY9A 2VWKA 5C12A 4DB3A 4ICLA 4DU4A 3CHWA 5KPRA 1N5YA 3CM6A 1NK9A 4KI6A 2NRRA 1IBKK 3WXKA 3R8EA 3CJBA 2YKNA 4U67L 2P5GA 1IV0A 4JRQA 1VSFA 4OPAA 3J80O 4H5TA 5AQUA 4LF7K 2IOCA 2QM1A 1BO5O 3K59A 4OJRA 3MWTA 1C0FA 2P9PB 3V1OA 3K5NA 1ESVA 5B8HA 1RBTA 3GE1A 3ZETA 2D0PA 3KVGA 4F3TA 3BP8A 3G0ZA 3SAHA 3OYDA 3IUCA 3TAQA 2BANA 2VYPA 2ZGZA 4IXCA 3HI0A 4FLZA 1YJ9N 4IWVA 3V1RA 3CPEA 1ZBLA 1EWRA 4AHTA 3CYMA 4FZYA 3WQUA 4GVEA 4L8RB 1T6CA 4H0VB 3CMAN 1P90A 2JWKA 1C0MA 4H0YB 3RTVA 4BR9A 5AQGA 3ZETB 1T03A 3SV3A 4LD0A 4GV6A 1X1PA 4WQ4A 1U4BA 4FJ8A 5LJVA 3ENBA 4CERA 3PY8A 3AO4A 4CBWA 1NKCA 2YHXA 2P1JA 4BGBA 5LMUK 4KHQA 3EE9A 2V7YA 1KVCA 3JYTA 1VQPN 2VQEK 4DKWA 3DMJA 5JICA 1SS6A 4HCBA 4CIFA 4FCYA 2F7TA 4CEOA 3IAYA 3EE8A 4CZJA 3SMSA 2DTUA 1HQEA 2E2PA 3NF8A 5BR9A 4OPKA 2O8DB 1L5UA 1D9DA 5KRSA 2GUPA 3O6WA 1U47A 3BEXA 1MDUB 4JS5A 2FF6A 4B8CA 4BQZA 3O80A 4RW9A 3M8RA 4Z4GA 4CZMA 3SYZA 3SQ4A 1NJXA 1QQMA 3LZIA 3K5LA 1C1BA 2ZJQL 3QICA 3VQEA 4QCLA 4ILHA 3VQ9A 4BRKA 3KIOA 3ZSVA 3F5TA 3O3GA 4DTNA 5JMVA 3QESA 4M45A 1S1VA 3VGMA 2NUBA 3U8XA 2WBNA 3CM5A 1LWEA 4B9MA 4FJ5A 4O5FA 4I2QA 1NK5A 1LWFA 1XWLA 2P9SA 1ATNA 1T44A 4BG8A 1TL1A 4CZHA 4FW2A 2Z1HA 3KLIA 3V1QA 3HBTA 4MO5A 4HUFA 1NJWA 1RT3A 4PWDA 1LW2A 4CZKA 3PIOL 1WSGA 4I2PA 1YHQN 3QIOA 1ZXOA 3OS2A 1TKDA 4OPHA 1NU0A 2P51A 3B6PA 4FWOA 2QKKA 5TKYA 1C1AA 4BDYA 1SZ2A 4ELTA 2P9SB 1LAVA 3H1VX 1LV5A 2Z1GA 1WN7A 4IZ9A 2HMIA 3IRXA 4CHOA 1BQNA 4FK4A 5BREA 1ZBHA 5CYMA 2FBYA 1VSIA 2P9IB 3EEQA 2NRTA 2D0CA 4K43A 3O3HA 2B6AA 3OYNA 1NKBA 3L2WA 3ZLJA 3OVNA 1DTQA 4JKFA 3ZCMA 4IG0A 2XRIA 4BY9C 1TUYA 4KREA 3HPGA 5T7BA 3LPUA 1S72N 3WNGA 3CCQN 5AQVA 4DV2K 4J2DA 3T1AA 5D3GA 3TAGA 4E1NA 4HTLA 3TAPA 3LPTA 5GAHP 1T05A 4DR6K 3EY1A 1M1KO 3VA3A 3H3NO 5EVZA 5AQLA 3D45A 4PQUA 3V4IA 3QDKA 4B3TK 2B4JA 4B9TA 2ZM6K 1DKGD 2VG5A 1SL1A 1RNHA 2WONA 2OA8A 4CFCA 1RBRA 1UA1A 1QTMA 3K0SA 3CC7N 1J5EK 5LJWA 1YTAA 4M63C 2Q2RA 4BGAA 1NGGA 1P8ZA 3HVRA 5AQWA 4JKDA 3QNOA 4CF1A 4DF4A 1NGEA 4M3TA 3C0BA 3VEXA 1DTTA 3SUOA 1QZ6A 2O8CA 3F9KA 2HVHA 1IG8A 1DT9A 3H08A 4CCHA 1X9MA 4HHTA 4K42A 1QHAA 1XMOK 1I94K 4CJPA 4AQYK 2AA4A 3TARA 3SJJA 2RHKA 4ISEA 2A41A 4GVMA 2PY5A 3Q7CA 4CGDA 3WNHA 4FLXA 2ZQBA 1SKSA 3SUNA 1YF5L 1BL3A 4CJRA 4FK0A 4HTUA 1VQ7N 3SMPA 4JLHA 5C24A 4J2BA 4KFBA 4CJUA 3LZJA 5GIPA 1K73O 1CXUA 1YXQA 3TSUA 4K0KK 2JGUA 1KAYA 1NGJA 4FM0A 4N76A 1VK0A 4GW6A 4BE1A 4CJ5A 3TSQA 3G6EN 3DLBA 4B3MK 2E20A 3ID8A 1RDWX 1RBVA 2XY6A 4CGHA 4GKJK 2A5XA 3DXMA 3GDQA 1XHZA 3OYCA 2CGLA 1K6YA 4M7XA 1S1TA 3VTHA 1UA0A 1XNRK 4CESA 2WUSA 4FPBA 3EN9A 5BPLA 4O4GA 2XHBA 1I3AA 1Q81O 1TK5A 1NK8A 3FGUA 3AVGA 4DTMA 1WNSA 2HHSA 3LM2A 3P1GA 3ZSQA 2UXDK 2FLOA 3LDOA 2DFEA 2KQ2A 1F21A 5K14A 3CQYA 3VA0A 2ZWHA 2KTQA 5JVGL 1QSYA 3ULEA 1NK6A 4JI4K 4ID1A 2XY7A 1X9WA 2V52B 1EXQA 1GLAG 1NGFA 5AZJA 5M1PA 3O3FA 4DV3K 3VN5A 1W2BM 4JEPA 1RBUA 1W9HA 1GLEG 2PBDA 3BGRA 3VQBA 3E9PA 4IEEA 2OCEA 3HYFA 4LC9B 1D8YA 3P83D 3ULEB 5KQDA 3M8SA 3J7AP 4JNEA 3WT0A 2Y1JA 4XH5A 3DJCA 4E7LA 1M90O 1VHXA 3QBXA 5AZJB 2FC0A 1TVRA 3LM9A 5HRNA 4A59A 3OYAA 1SL2A 1RBSA 4DS4A 1ILYA 2F96A 4ZHRA 3S3OA 2ASMA 1BG3A 2UUAK 4JI7K 4WYBA 2HHWA 3S41A 3QNNA 2IC3A 1OH5A 4OKJA 3I56N 5J2MA 3FE1A 1X3MA 3IMXA 4DR5K 2QWNA 5LY3A 2HHXA 4F8RA 1ZC6A 4W5OA 3M3ZA 4H5VA 3FFIA 4DLEA 4CE9A 3RSEA 2GTDA 1FW6A 4WQ5C 4A5AA 3T3FA 3SBTA 3SK3A 2CGJA 3QETA 1N6QA 3CPWM 3AVMA 1A5WA 3OW2M 4J2EA 1XQSC 3HPOA 5CZ2A 1NOZA 4CJLA 1OH6A 1KVBA 1U49A 3OYJA 3DLLL 2QK9A 4M3XA 3DLGA 3AA4A 4PKGA 1LWCA 3O9RA 5I9EB 1HNWK 3RSEB 1FJGK 3AARA 4GV3A 1S9GA 3UKUA 3U3YA 3CJ1A 3LAKA 3OHRA 2X6NA 4F9OA 1VSLA 3WNFA 3QFPA 5KPZA 4CBUA 1NGDA 3O1WA 3KLHA 4ZTFA 3B8AX 2W40A 2Q1NA 5IWAK 4Z4HA 4DTXA 1YVNA 1HYZA 3UKUB 2CH5A 3SLCA 2H3GX 3GG4A 3SAGA 1L3TA 1DEJA 3O9SA 5HP1A 4MDBA 2V7ZA 3NH2A 3O9TA 4KH4A 3QLHA 3VOVA 3LWMA 4M42A 5HOOA 3O4WA 4DFKA 3FZLA 1YAGA 4FJHA 1HNZK 1NGAA 3K5MA 1IO2A 3SNNA 4BQLA 3DAWA 4BR7A 3ZSRA 5BRHA 4CJ7A 4GKKK 2F4VK 5FPNA 3QINA 3DRPA 3VETA 1GLJO 3C7NA 4BRGA 3F9MA 1R0AA 3AVCA 1RDUA 3L6QA 3VEYA 4JI5K 2HHVA 4KKOA 4JKGA 3DI6A 4X62K 2OZSA 4DR3K 2IAJA 4DV4K 2Q0UA 5FPEA 5M1KA 4R79A 3KD5E 3N4QA 1IBLK 2IGIA 3UE5A 4MFBA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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