1YTAA

Crystal structure of oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in escherichia coli
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
180
structure length
180
Chain Sequence
SANENNLIWIDLEMTGLDPERDRIIEIATLVTDANLNILAEGPTIAVHQSDEQLALMDDWNVRTHTASGLVERVKASTMGDREAELATLEFLKQWVPAGKSPICGNSIGQDRRFLFKYMPELEAYFHYRYLDVSTLKELARRWKPEILDGFTKQGTHQAMDDIRESVAELAYYREHFIKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Oligoribonuclease, the lone essential exoribonuclease in Escherichia coli
rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
molecule tags Hydrolase,translation
source organism Escherichia coli
total genus 61
structure length 180
sequence length 180
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2005-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1ytaA00
1KVAA 4B9VA 3QLHA 4HTUA 1I3AA 4Q0BA 3AA2A 2OPRA 1VRUA 4DSFA 4FK0A 4C8MA 3BGRA 2HHVA 3K59A 4DS4A 1SL0A 1U45A 4KO0A 4CGGA 2IAJA 2KFZA 2YNGA 1TV6A 2NUBA 1NK9A 1HYVA 4KI6A 1HNIA 4DU4A 3V1RA 3HPHA 1DLOA 4CHYA 3JYTA 3AVBA 4CEQA 3TAPA 4KHUA 3S3OA 4AH9A 4LY7A 4N56A 1J53A 3UIQA 4F3TA 2KZZA 1IKWA 1VSJA 1TAQA 4CGDA 4F3OA 1X1PA 1IO2A 2Z1HA 1T05A 3OYMA 2FC0A 3C6UA 3VQ7A 5HRPA 2F8TA 1KSPA 3LDSA 1RDCA 4I2PA 1TL3A 4CK2A 3OYBA 1U04A 3VQ5A 3T19A 3VQ9A 3KK3A 3OYFA 4C8OA 3QEWA 1TKXA 1XWLA 4ELUA 4LH4A 4B8CA 1TVRA 4F4KA 4C8NA 2KTQA 1KLMA 2B6AA 1VSEA 3V1OA 3OY9A 1BHLA 1HRHA 1VSFA 5K14A 4W5QA 1RDAA 4O55A 4B8AB 4DTMA 5T7BA 4HUFA 1JLCA 2FBXA 3A2FA 4E7HA 4B9LA 2JLEA 2HHSA 3SV3A 1NOYA 3SQ4A 3SQ1A 3DRPA 3ZSVA 4OPKA 2F96A 2W42A 4FLTA 3SI6A 4CK3A 3MXIA 1SKWA 1IG9A 4LSNA 4KKOA 4FXDA 4F2SA 3P83D 3OYEA 1JLAA 4EP4A 1X9SA 4FJIA 3OJSA 3LZJA 3K58A 3TABA 3S3MA 4DQQA 3CM6A 1LAVA 3AA4A 4DTJA 3MEGA 3AO4A 3IS9A 3ZCMA 3OJUA 4FLUA 1TK8A 1QS4A 3OYHA 1RDBA 3O3HA 2IGIA 3M8QA 3WNHA 1ZBLA 2IDOA 4CFCA 3DRRA 4O0JA 3NGYA 5FRMA 1RILA 2OPSA 4GVMA 2HNYA 3TAGA 3THVA 1CXUA 4RW7A 2QKBA 1C0UA 1R0AA 3RR7A 1D9FA 1Q9XA 3OYLA 1S1XA 4N41A 3LAMA 1WN7A 4E1NA 4CIEA 2DTUA 1G15A 3PO4A 3DLBA 1NK6A 1XC9A 3AO1A 4B9TA 1JL2A 2HNZA 3V6DA 4KREA 1RTJA 4JLHA 3DM2A 2HHWA 4DFJA 1UOCA 4FJ9A 2P5GA 1RTDA 1DTTA 1REVA 3IRXA 4DQSA 3CFRA 4ICLA 4DQPA 1KVCA 2YKMA 3AVAA 1JXBA 1VSHA 2DFHA 1B92A 3AVCA 1JLFA 3HT3A 3QETA 1NK8A 4AHTA 4OLAA 3ALYA 4DSKA 3VQ8A 2Y1IA 3MXMA 2OZSA 4Z4HA 2P5OA 2R7YA 3K57A 4CF8A 5HRSA 2YNIA 2G8IA 4QCLA 4FYDA 3MXJA 4KI4A 3NF7A 4BACA 3O3GA 1ZBHA 3HO1A 1WSJA 3P5JA 4CEFA 3LZIA 1S1UA 4M3WA 1J9AA 3WNGA 1S1TA 4KHQA 1NOZA 3QIOA 1DTQA 2YNFA 3O4NA 3SCXA 4CJKA 4HHTA 3HPGA 1MU2A 4W5OA 4BDPA 4FLVA 1J54A 3AVKA 3M8PA 5HRNA 4DQIA 1I39A 2X6SA 3CG7A 1KTQA 3G10A 3WNFA 3RWUA 4FK4A 1S1VA 1N5YA 2ZD1A 2RF2A 4KHNA 4CJEA 1RT1A 1XHXA 4MFBA 2BGGA 1CLQA 4CGJA 3OYCA 2XO7A 2XY7A 1U48A 3CM5A 1YTUA 4CJ4A 1RDDA 2BDPA 3SPYA 4XIUA 4FJ8A 2VG5A 1RT5A 1QSSA 4ZTFA 4Z4FA 3F9KA 4IFYA 1X9WA 4OGCA 3PUFA 3NH2A 3DRSA 4H8KA 3JSMA 1EXQA 1ZBIA 1VSMA 4LSLA 2Y1JA 1U4BA 4DLEA 4M3TA 1HYZA 3LAKA 4DQRA 1A5VA 4CE9A 3QNOA 3M8RA 4ELVA 4KB0A 3AVNA 1YVUA 4TSXA 4FJMA 4KB1A 4FJKA 3AV9A 5HROA 3WNEA 2XRIA 2QK9A 2FBVA 4RW6A 1LV5A 4FLYA 4CGIA 1RBVA 3KIOA 3OYJA 3IG1A 1Z25A 3NF6A 3QEVA 3KD1E 2F8SA 1IKYA 3IAYA 4DSLA 1BIZA 2A1SA 4BE1A 3AVFA 1XI1A 4DTSA 3AO5A 5HBMA 2P1JA 1HJRA 2YHAA 3VQEA 1EETA 4H4OA 4AHSA 3OS1A 1L3SA 1B9FA 1VSKA 2GBZA 4I9LA 3T3FA 2OYQA 3TAEA 3LWLA 2HB5A 2HHUA 1FXXA 1LW2A 3AO3A 2IS3A 2OPQA 4DWIA 3DMJA 4N76A 1VSIA 4PY5A 2VG6A 2YV0X 3SYZA 1SV5A 2RKIA 5CZ2A 3SV4A 3VQAA 4YNQA 1CZ9A 5FRNA 4GMJB 4BE0A 4K8ZA 2BE2A 4DTNA 4F8RA 4NCAA 2X6NA 4ELTA 4CFDA 4NCBA 1W9HA 3V9WA 3PY8A 3TARA 4RW9A 3VQ6A 1TL1A 2OPPA 5J2QA 4E7KA 2KQ2A 1IKVA 1O1WA 3AVGA 2XY8A 1LW0A 1S9EA 1LAWA 2VWJA 4JS4A 4FZXC 2HNDA 4PUOA 5HLFA 3L2RA 2G8FA 1TKZA 2B5JA 3K2PA 3ZSYA 4I7FA 4CEOA 3MAQA 4DF8A 2G8KA 3ZT3A 1HQUA 1EX4A 3EY1A 4LD0A 4Z4IA 4JRQA 4OJRA 3I0RA 5DK5A 1UWBA 4W5TA 3L2WA 3KKSA 1VK0A 4CIFA 5C42A 4KPYA 3AA3A 1WLJA 3ZSZA 4EZ9A 4M3YA 1S6QA 1BQNA 2O4GA 3AVIA 3LANA 4OPJA 3VA3A 4E89A 3TAMA 4H4MA 1C0MA 1T03A 3RR8A 3ZSXA 1NKCA 2OA8A 1BCMA 2OZMA 5CYQA 4IKFA 2IC3A 3CYMA 4I9QA 2WONA 1RTHA 1SUQA 4B9SA 1U49A 2QKKA 3ITHA 3TANA 4M45A 4CK1A 1A5XA 4NYFA 3RMCA 3DLHA 5D3GA 4HUEA 1JL1A 3RMBA 4CJWA 4J2AA 1ITGA 3NBPA 5C24A 5HP1A 4CF9A 1U47A 3CFPA 2Z1GA 3D45A 3C95A 4FJLA 1SKSA 4CF1A 3HM9A 3QEPA 4W5NA 2YNHA 1UA1A 4OKJA 2HHTA 2X78A 3AVMA 4CF2A 3S3NA 1JLQA 1S9GA 3AVHA 1HYSA 2BANA 3U3GA 5KGWA 3DYAA 3ZT0A 3KLGA 4CJLA 2QXFA 3VQ4A 4DTPA 1T8EA 3ZT1A 3QEIA 4FK2A 3L2UA 2E6LA 3EZ5A 3NF9A 3B6OA 5CYMA 3KLIA 3ZT4A 3OS2A 4C8KA 1YTAA 4E7JA 5KRTA 4FW2A 3ULDA 2PYLA 4HCBA 3NDKA 3TAFA 4IG0A 1VSLA 1LWFA 4FJXA 1RT3A 3TAQA 1RBUA 1JXEA 1WSFA 4CEEA 4Z4CA 3VQBA 3D0PA 1NK7A 4CCHA 4FM2A 5SWMA 4KHWA 4PQUA 3B6PA 1D9DA 4LH5A 3TR8A 3HXMA 1K6YA 3T1AA 3ZSQA 4FM1A 4DU1A 3PV8A 2A1RA 4M3UA 3V4IA 1C1AA 1QSYA 3ZSOA 3OYKA 1HMVA 3L8BA 4WE1A 2G8WA 1S1WA 2IOCA 3LP3A 1RBTA 1TKDA 5I42A 4GW6A 4CEZA 1Z26A 1L3VA 4G1QA 3L2VA 3DLKA 3NH0A 3SUPA 1A5WA 1BQMA 5FDLA 1WSGA 1UAXA 3ISNC 4CF0A 3L2QA 1NK4A 4EZ6A 1UA0A 1LWEA 5CY4A 3RMAA 4E1MA 3NHGA 1J5OA 1IH7A 1Y97A 5HRRA 1QTMA 1TK5A 2DFEA 4JRPA 4DS5A 2PYJA 1S6PA 2YHBA 4ID1A 2XY6A 4C8LA 1KFDA 3AA5X 4R5PA 3O4QA 3VQCA 4CECA 1JLBA 1N6QA 3RRGA 4CESA 1KRPA 2VWKA 4Z4GA 4QOZB 1FK9A 1Q8IA 4J2EA 1YT3A 3NAEA 1WSHA 4DSJA 4PA1A 2HHQA 5KGXA 2EHGA 4CJTA 4CHZA 4UQGA 1TK0A 4OGEA 4KAZA 3K5LA 1JKHA 1FKPA 2ZE2A 3F73A 3OYNA 1WAJA 2XHBA 4M41A 4EP5A 3SQ2A 3LP0A 4CJPA 3DOKA 3VQPA 3HP9A 1ASUA 2G8HA 3P1GA 4FZYA 4Y1CA 3DOLA 2GV9A 4DLGA 3LPTA 4OKKA 3I0SA 4O5BA 4FLXA 1JLEA 3HSTB 2G8VA 5CZ1A 1SKRA 4CFAA 5J2MA 1BCOA 1GOAA 4FJ7A 3OS0A 3NGIA 5J2NA 3PX0A 3NFAA 3SQ0A 4ZTJA 4J2BA 4CEDA 4OVLA 2O4IA 4HUGA 4B9UA 4FJGA 3HJFA 4AILC 3VN5A 1RBRA 2E6MA 1RCHA 4CHOA 3KK2A 4KV8A 3SNNA 4CGFA 5E41A 4M3ZA 4O4GA 5EU7A 1BGXT 3BDPA 3QEXA 3PO5A 2RN2A 3NE6A 2KW4A 4KFBA 1VSDA 5JS1A 3V9SA 2RPIA 4RW8A 4M42A 1WSIA 3C6TA 1ASVA 3MEEA 1T7PA 5JS2A 3DLGA 3M8SA 4AHCA 4B08A 5J2PA 3S9HA 3PX6A 2WOMA 4CJFA 2D0BA 4F2RA 1RT4A 3KJVA 4BDYA 4FCYA 4KRFA 1QQCA 3QIPA 1KFSA 4AHVA 4CERA 3EYZA 4JS5A 2XY5A 1FKOA 4BDZA 4QAGA 1NKEA 1W0HA 3HP6A 4L8RB 3SJJA 4CJSA 1KVBA 2X74A 3RTVA 2DY4A 4Z4EA 3DI6A 3K5MA 1RT6A 3H08A 1GOBA 3ZSRA 4CJ3A 4FLWA 4DMNA 1SL1A 1RT7A 1VRTA 3LP2A 3SPZA 3CQ8A 1C1CA 5KRSA 2B4JA 1SL2A 3K5NA 3L3UA 1RBSA 4M3RA 2E4LA 2Z1IA 3ASMA 3MECA 3FFIA 1BISA 2P51A 4KTZA 2D5RA 4BWMA 4CIGA 4BE2A 3LPUA 4DTUA 3RMDA 4OKEA 4CHPA 1L3UA 2G8UA 3E01A 4FZZA 4W5RA 4DFPA 1TGOA 1EKEA 3U6FA 1KLNA 2D0AA 1LWCA 1WSEA 3QINA 4E7IA 2D0CA 3OYGA 4FM0A 3LALA 1B9DA 3V9UA 1WAFA 1GOCA 1RNHA 1NJZA 1Q9YA 3QERA 3ZSWA 3AVJA 5FROA 1IKXA 1CXQA 4PWDA 4J2DA 1BIUA 5SZTA 1RT2A 4AHRA 3OYAA 3TWHA 3VA0A 3TI0A 2PY5A 4IG3A 3HYFA 3QESA 3SUOA 4CJVA 1NJYA 3NCIA 4OLBA 3KK1A 3KD5E 1QHTA 2EX3A 4RW4A 4CFBA 4ZHRA 3U3YA 5I3UA 2GUIA 1BI4B 4E7LA 4B3OA 4E19A 3SUNA 3NH1A 3RRHA 2AJQA 4HVJA 2FBYA 2KZMA 4N5SA 4K8XA 4YFUA 1QSLA 1F21A 3KKRA 2KFNA 2ZQBA 4HCCA 2HVHA 2JGUA 3OVNA 1L3TA 1C0TA 3OYDA 4IBNA 3NGZA 3VQDA 1C6VA 4ID5A 4DTRA 1ZYQA 1L5UA 5KI6A 4KTWA 2ATQA 4CJQA 3HL8A 4B9NA 3KLFA 1EP4A 3L3VA 1TKTA 1ZBUA 3V81A 1S5JA 1HNVA 4FJHA 4E3SA 3SZ2A 1CZBA 1C1BA 3KLEA 3I8DA 4CHQA 4FLZA 5J1EA 4O0IA 3SUQA 1NJWA 4KHYA 4NYNA 3DLRA 1NKBA 1ZBFA 3VQQA 3OYIA 1D5AA 4DFMA 2I5JA 2FBTA 2HVIA 2HHXA 4DSIA 3LP1A 3HPOA 1WNSA 4RG8A 4KHSA 4Q5VA 1HPZA 4DFKA 1JLGA 5KTQA 4FVMA 2ETJA 3O3FA 4IFVA 3ZT2A 3PX4A 3CFOA 3HVTA 4B9MA 1NK5A 2HW3A 2YKNA 2Q3SA 1TAUA 3LWMA 3KTQA 3V9XA 4FJJA 4DF4A 1HQEA 1D8YA 4CJRA 4FJNA 1ASWA 1BL3A 2HMIA 1QE1A 3AO2A 4MQ3A 4O44A 4N47A 3HVRA 4DU3A 4DTOA 1NJXA 4E0DA 4CJ5A 4CEAA 4M3XA 4AHUA 4FW1A 5DMRA 3QO9A 4CHNA 3G0ZA 4CEBA 4FJ5A 4DG1A 4IDKA 3DLEA 3QNNA 3V1QA 3K5OA 3C94A 1KCFA 5C25A 4CJUA 2PZSA 3HK2A 1BI4A 2Z1JA 4Z0UA 1X9MA 3V9ZA 4I2QA 4BWJA 4DSEA 4Y1DA 2DFFA 2LSNA 3AVLA 3NF8A 4CGHA 1RTIA 3KLHA 1NK0A 2ITGA 4DTXA 2VG7A 3MEDA 4NCGA 1XHZA 4KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KVAA 4B9VA 1I3AA 4C8MA 3BGRA 3K59A 4KO0A 4CGGA 3VGKA 1OH6A 1TV6A 1NK9A 3JYTA 4OO1J 4ISFA 2V7YA 1IO2A 3O9RA 1T05A 2FC0A 3C6UA 3VQ7A 5HRPA 2A6AA 3ID6A 1KSPA 1RDCA 1U04A 1EWRA 4H0YB 1YJWN 3THXB 1TKXA 4ILGB 1J6ZA 3HBTA 1TVRA 4DR7K 4F4KA 2QWOA 2KTQA 2B6AA 1VSEA 1OH8A 2CGKA 4B9LA 3VEYA 5T7BA 1JLCA 4MDAA 1KXPA 3KWGA 3HRGA 3SV3A 4PL8A 3DRPA 4OPKA 1NBWA 1SKWA 4FLTA 3FR0A 4DV3K 2P9IA 4EP4A 4BR2A 1X9SA 5BR8K 3VERA 5AQJA 2OCEA 3S3MA 2QM1A 4BR0A 4DQQA 1KAXA 3AO4A 4BGAA 1TK8A 4M7YA 1NGEA 1RDBA 1BOTO 1E4FT 3M8QA 1ZBLA 4BRQA 4CFCA 5FRMA 4GVMA 2HNYA 1HNXK 4RW7A 2QKBA 1C0UA 3SMPA 5AQXA 4CZEA 1D9FA 1Q9XA 1DT9A 1S1XA 5MLCQ 4IEIA 2Q2RA 1YJ9N 4CIEA 1ZBSA 1Q81O 4BR4A 2QW9A 4B9QA 4O8UA 2VCPA 3V6DA 1RTJA 4BC4A 1HKGA 4DQSA 1VQON 1K8KB 2YKMA 1JXBA 1VSHA 1FW6A 1B92A 4AHTA 4DSKA 4Z4HA 4X66K 1Q82O 4CZLA 3MXJA 2E20A 5AQNA 2I7PA 3CCMN 1N32K 1WSJA 3NMUA 1IJJA 1S1TA 1NOZA 3LM9A 1DTQA 2YNFA 4BDPA 4FLVA 1J54A 3AVKA 1X3MA 1I39A 4KHNA 1T6DA 4MFBA 1CLQA 4CGJA 4H0XB 3OYCA 4M7XA 4JI4K 4CJ4A 3G6EN 1YTUA 4JI7K 3SPYA 2VG5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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