1ZBFA

Crystal structure of b. halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords ribonuclease H-related protein
total genus 41
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbfA00
4FJMA 2F96A 4CF1A 3OVNA 4OGCA 3I8DA 4GW6A 3LP3A 3P1GA 1B9DA 1QSSA 2G8VA 1CLQA 4B9VA 1TKXA 1BCMA 2A1RA 3OYMA 2FBYA 4CIEA 1XHZA 2P51A 3DYAA 2A1SA 4N41A 4DF8A 4M3XA 1D9FA 1WSFA 1RT3A 1WSIA 4DLGA 1ZBUA 4Q5VA 4CJKA 3K5MA 1T7PA 1JLCA 3K5OA 1B92A 5JS2A 1KVAA 1WNSA 3K5NA 4RW8A 4NCAA 1A5VA 3LANA 3TAEA 2QKKA 3HT3A 5I42A 2P5GA 1BQNA 4C8NA 1HNIA 3ZT2A 1IKYA 3IS9A 1SKRA 2RKIA 2IC3A 4G1QA 4IBNA 3VQ4A 3E01A 1SV5A 3AO5A 4PUOA 1JL1A 4JS5A 4Z4HA 4CJVA 4Z4FA 2RPIA 4OKJA 3IRXA 3SQ1A 1TGOA 4W5RA 5KTQA 4M3UA 1GOBA 4CGHA 3ASMA 2FBXA 3ZSXA 1JXBA 3C6TA 1L3VA 4J2AA 1QS4A 1S1XA 2WONA 4B08A 1VSHA 4DMNA 3KJVA 3LZJA 1SUQA 4I2QA 2BE2A 3KLEA 2YHBA 1KVBA 4CJEA 3LP0A 3PX0A 3C94A 4B9UA 3MXJA 5FDLA 4KHWA 3IAYA 3M8RA 3NCIA 2VG5A 3TAPA 3BDPA 1I3AA 4CFCA 1RDDA 3SV3A 4PQUA 4J2BA 3T3FA 4Y1DA 4NCBA 3T1AA 2HB5A 4DG1A 5E41A 4XIUA 3M8PA 1KVCA 1TKZA 1ZBFA 4H8KA 2YHAA 2HHVA 4E7LA 4CEAA 5T7BA 2Z1HA 3OYEA 3MXIA 1NK6A 2YV0X 3S3MA 4YNQA 5HROA 2ETJA 1NK4A 2AJQA 1HYZA 3OYFA 3AA2A 4CEDA 1C1AA 3AA3A 4DSFA 1NK0A 3HPGA 4KI6A 2YNFA 2XHBA 1QSYA 4AHCA 3MECA 2FBTA 1NK9A 3NGYA 3AA4A 1S1VA 3QIOA 3SYZA 4FM0A 4DFPA 4ID1A 3NGZA 3QNNA 4FK4A 4CEQA 3RMAA 4CJLA 4CHYA 2XY6A 3ZSRA 2OA8A 1LWCA 4FLWA 1IKXA 4CFBA 3LWMA 4CK1A 2EX3A 1T03A 3QEPA 3SQ0A 3ZT3A 4RW9A 1J53A 3QLHA 4OKEA 3V9WA 3QNOA 4DSLA 4RW6A 1LW0A 2VG7A 3NBPA 4DF4A 2PY5A 3WNHA 1XWLA 4FLUA 2XRIA 3AVJA 5FRNA 1NKCA 1S1UA 3VA3A 3ITHA 4CF2A 3V9UA 2OPSA 2G8IA 3L3VA 2IS3A 4KREA 4MQ3A 1VSFA 3K59A 2P1JA 1SKSA 3L2QA 4FXDA 4F8RA 1LWEA 1HQEA 3HO1A 4OGEA 4CGDA 1X9SA 4AHTA 2HNYA 5K14A 4CIGA 1IKWA 4CFDA 3V4IA 1HPZA 5SWMA 1XC9A 4DU3A 4B9NA 4DQIA 1HMVA 2ZD1A 3QETA 1GOAA 3SI6A 2JLEA 1J9AA 4CHZA 2Y1IA 4FJLA 3S3NA 3NE6A 1NJWA 1WAFA 3VQQA 4CJ5A 3ZT0A 3HXMA 2DFFA 4R5PA 2Q3SA 1U47A 4FJ7A 1RBTA 4GMJB 1TKDA 3VA0A 2O4IA 2GUIA 2X6SA 5KI6A 3M8SA 1YT3A 3AV9A 2KFNA 1QSLA 4NYNA 1QTMA 5CZ2A 5I3UA 3CM5A 4CHOA 4QCLA 4CEFA 3DLHA 2KFZA 1VRTA 3F9KA 3SV4A 2IGIA 3OJSA 1HYVA 3KD1E 1Y97A 3I0SA 5KGXA 4OPKA 3ZSWA 4DU4A 1MU2A 3ZT4A 3NGIA 4FW1A 4DTMA 4RW4A 1TK0A 3DLGA 4DTSA 1Z26A 5HRSA 3L2UA 1FKOA 1NJYA 2Z1IA 4CERA 4W5OA 2OPPA 3M8QA 4EP4A 2HHXA 1CZBA 1C0MA 1IKVA 5J2MA 3SUOA 1C1CA 4B8AB 2XY8A 2W42A 2E6LA 3AVFA 3KLFA 4UQGA 4CEEA 3AVCA 3AVKA 3HK2A 5DK5A 4N47A 4EZ6A 4WE1A 3RMCA 4DTRA 4N5SA 3OYIA 1X1PA 1TAUA 1XHXA 1ASVA 3C95A 5C24A 4DFMA 1VSEA 2QK9A 3OS2A 3K5LA 4E7KA 3NH0A 4TSXA 4DTPA 4KHSA 4IFYA 4E7JA 4DSIA 1QE1A 3OY9A 2X74A 3ZSZA 4DTXA 1UWBA 3PX4A 1Q8IA 4C8MA 3TAMA 1X9WA 1L3UA 3NF6A 1DTTA 3O3HA 4FJ8A 3MEDA 2QKBA 4DSKA 3VQ7A 3AO4A 2D0CA 4W5QA 4LSLA 1U04A 3OYHA 3DLKA 4DTUA 3HJFA 3AO2A 3AVGA 1VSIA 1ITGA 4M45A 4CJUA 1HRHA 1TK8A 2YKNA 3WNEA 4O55A 3HL8A 1BQMA 1EKEA 2IDOA 4E7IA 1U48A 1RT1A 2DFHA 3OYBA 4KAZA 4PY5A 2XY5A 1VSJA 4CJRA 1BHLA 1EP4A 5EU7A 4B8CA 2X6NA 2HMIA 1RT2A 4KTWA 1WSEA 4CGGA 4AILC 4CJQA 4DFKA 2Y1JA 2LSNA 1W0HA 4FJ5A 3OYLA 2P5OA 1JLQA 4CK3A 3VQCA 2HW3A 5J2QA 1TKTA 1RT6A 1VK0A 3B6PA 1KCFA 1GOCA 3S3OA 2D5RA 3NF7A 4AH9A 4E19A 4M3TA 4CJPA 3VQBA 1YTUA 3QO9A 2Z1GA 3AVMA 1NKBA 4CEZA 3FFIA 3KIOA 3KK1A 1RDAA 1UOCA 4EP5A 1RNHA 3CFRA 1R0AA 1NJZA 4M3YA 4I7FA 1Q9YA 3ZSYA 1SL1A 5JS1A 2WOMA 4FLZA 1WLJA 2NUBA 1L3SA 4KB0A 3AA5X 1UAXA 1W9HA 4DSEA 1D9DA 1S1TA 4IKFA 4CJTA 1KFDA 1ZBLA 3LP1A 2HHQA 2RF2A 4O44A 3QIPA 4OLAA 1LW2A 3LZIA 1NOYA 3VQDA 3DOLA 4OPJA 1BL3A 4KTQA 4FVMA 4E1NA 3NH1A 4FLYA 3B6OA 3VQ8A 3SQ2A 3NDKA 3RMBA 4CGFA 1BIUA 1EX4A 2KTQA 4FW2A 3AVHA 4HCCA 1ZBIA 3LALA 4CHPA 1IH7A 3OS1A 3TR8A 1FK9A 3QESA 3RRGA 4FM1A 4FJGA 1C0TA 4W5NA 2G8UA 3G0ZA 3TARA 3TI0A 4LH4A 4FZXC 3O3FA 2HHTA 4HVJA 4YFUA 1BGXT 4BACA 4M41A 1JLFA 3CG7A 1LWFA 3LAMA 1CXQA 4HTUA 4FCYA 1U45A 3V6DA 1ZYQA 1T8EA 3SPYA 4F4KA 4KHNA 4I9LA 1DLOA 3RTVA 2HVIA 3PUFA 2DY4A 1XI1A 3NFAA 2OPRA 3AVIA 4DQQA 1NK5A 4BDYA 3HM9A 4DU1A 3DI6A 3HPOA 1IO2A 5FROA 1VSMA 4LH5A 3WNGA 3NF8A 5HRNA 1KLNA 1HJRA 1ASUA 4CHNA 2BANA 1NJXA 4C8LA 2GBZA 1BIZA 3OYKA 4GVMA 4B9LA 4FLTA 4FZYA 1KLMA 1HQUA 1J54A 1CXUA 3DLRA 5C42A 5J1EA 3VN5A 4DS5A 3TANA 3K58A 3MAQA 3AO1A 3DM2A 5HBMA 4ZTFA 3TAGA 2PYJA 3K2PA 1A5XA 2E6MA 1SL0A 3V9SA 4I9QA 4QOZB 1C1BA 1RCHA 4H4MA 3QEWA 1U49A 3KTQA 1JLGA 3KLHA 3OYJA 4IDKA 4OKKA 1RT4A 3SNNA 3V1RA 1RBSA 2O4GA 1S6QA 1RT7A 4EZ9A 1G15A 1LAWA 2B5JA 4KV8A 3PX6A 4K8XA 3VQ5A 1D5AA 1S1WA 2OZMA 4O0IA 4HUEA 3AVAA 3AVLA 3LPUA 4HUGA 1WSHA 1RT5A 3OYGA 1N6QA 4CGJA 3KKSA 2FC0A 3BGRA 3KK2A 4AHSA 3OYCA 1RTHA 3LAKA 4FJHA 2YNGA 2XY7A 4CF0A 3NF9A 3O4QA 4CJSA 2ATQA 4PWDA 5KRTA 4B9MA 4CGIA 4PA1A 3DRSA 2OYQA 4F3TA 4CJWA 4I2PA 3KK3A 4KRFA 3I0RA 3V1QA 3JYTA 1S9EA 1BI4A 4MFBA 1JKHA 1WAJA 4C8KA 3C6UA 2OPQA 4M3WA 1RTIA 3ZT1A 3DRRA 2R7YA 1S6PA 2IAJA 4C8OA 3LWLA 2G8HA 1KTQA 2ITGA 2XO7A 1JXEA 1NKEA 4QAGA 3O4NA 4CF9A 3K57A 1ASWA 4RG8A 1O1WA 3NHGA 4HHTA 3ZSQA 3HYFA 3LDSA 3L3UA 3KD5E 4E0DA 4ICLA 3HPHA 1TAQA 4AHUA 3L2VA 3DLEA 4OLBA 4CJ4A 3AVNA 1RBUA 3SCXA 3RMDA 1JLEA 2DTUA 3PY8A 3QEIA 1YTAA 2ZE2A 3MEGA 3SZ2A 4OVLA 1UA1A 2B4JA 3PO5A 4J2DA 1L5UA 1LAVA 3SPZA 4CECA 4CEBA 4O4GA 4L8RB 4O5BA 3QERA 4DFJA 2D0AA 4NYFA 1NK7A 3HVTA 1VSLA 4E7HA 2HHWA 4DSJA 2YNHA 4B9TA 5CY4A 2G8WA 1IG9A 4M3ZA 4M3RA 3CFPA 1TK5A 3G10A 3IG1A 4CF8A 1N5YA 3ULDA 4DS4A 3U6FA 3OS0A 3L2WA 2OZSA 2HNZA 1L3TA 1UA0A 4K8ZA 1TVRA 4ELUA 2VG6A 1NK8A 4FYDA 2KW4A 5HRRA 4DLEA 4Z4IA 2VWKA 5HRPA 3VQAA 4KFBA 4BE0A 1EETA 3SUNA 4ZTJA 4ELTA 4BE2A 1T05A 4CCHA 1C6VA 3T19A 3HVRA 4F2SA 4DTJA 4FJIA 2HVHA 5HP1A 3RRHA 2I5JA 4BWJA 1KFSA 3JSMA 4JRPA 2G8FA 2G8KA 3DLBA 1D8YA 4J2EA 2RN2A 4AHRA 3EZ5A 5J2NA 1I39A 4DWIA 4F3OA 2F8SA 3D45A 4JRQA 5J2PA 1TV6A 3V1OA 3EYZA 1QHTA 3V9ZA 3A2FA 4N76A 2HHSA 4FLXA 4IG0A 3U3YA 1RTDA 1Z25A 4IG3A 1U4BA 2E4LA 3CM6A 3CFOA 3MEEA 2VWJA 4KPYA 1HNVA 3HP6A 1WN7A 3QEXA 3SJJA 4O0JA 4FJNA 3NH2A 2YKMA 1NOZA 3LPTA 4BDZA 3V81A 1ZBHA 4E1MA 3PO4A 1FKPA 5HLFA 2JGUA 1S5JA 1CZ9A 4CESA 3OJUA 3F73A 4KB1A 3ZSVA 4CIFA 3CYMA 3SUQA 3P5JA 1F21A 4LD0A 4FK0A 2D0BA 3RR7A 3HSTB 3KLGA 3DOKA 4AHVA 1YVUA 3L8BA 2KZZA 2PZSA 2B6AA 3ALYA 1RDCA 4JLHA 3CQ8A 4IFVA 3SUPA 3UIQA 4BE1A 3H08A 3TAQA 4FJ9A 3MXMA 4CJFA 3SQ4A 4Z4GA 4KI4A 1TL3A 4Z0UA 1C0UA 1SKWA 4FJKA 5CYQA 1REVA 1TL1A 4BWMA 3U3GA 1BI4B 4DQRA 4FJJA 2HNDA 4CJ3A 3LP2A 1RBRA 1A5WA 1WSJA 4CK2A 4E89A 1RILA 4ZHRA 4FLVA 2HHUA 2BGGA 1JLAA 2QXFA 3QEVA 3PV8A 5C25A 3DMJA 2EHGA 1VSKA 3ISNC 1BCOA 3V9XA 4CEOA 2PYLA 1JLBA 4KO0A 1LV5A 4KTZA 1DTQA 5KGWA 3VQ6A 1S9GA 2X78A 4FK2A 3O3GA 4KHUA 3TAFA 1Q9XA 2YNIA 4M42A 4NCGA 4Q0BA 1BISA 4B3OA 4N56A 3TWHA 5CZ1A 4CE9A 3ZCMA 5CYMA 3D0PA 1X9MA 2ZQBA 1KRPA 4BDPA 3L2RA 2F8TA 2FBVA 4H4OA 5SZTA 2BDPA 4DQPA 3HP9A 5KRSA 2DFEA 3KLIA 4LSNA 1VSDA 3ZSOA 4HUFA 3KKRA 4KHQA 3VQ9A 3AVBA 1WSGA 1K6YA 3VQEA 3OYNA 4Y1CA 2KQ2A 4FM2A 4DTOA 3RWUA 3DRPA 3S9HA 4F2RA 3P83D 1SL2A 4CFAA 3RR8A 4Z4CA 4ELVA 3THVA 4ID5A 1QQCA 1RTJA 4JS4A 3QINA 3VQPA 3NAEA 1JL2A 3TABA 4KHYA 5D3GA 5FRMA 2IOCA 4DQSA 4FJXA 1FXXA 4FZZA 1VRUA 2KZMA 4HCBA 3AO3A 3WNFA 4E3SA 1HYSA 4W5TA 4Z4EA 2GV9A 2Z1JA 5DMRA 4DTNA 1EXQA 4RW7A 3OYAA 4OJRA 4CHQA 3OYDA 1RDBA 4LY7A 1RBVA 3EY1A 1B9FA 1J5OA 1KSPA 4B9SA 4KKOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQNN 4CF1A 3OVNA 2Q0RA 1NM1A 2GWJA 2G8VA 5F0XA 4WQ4C 1J6ZA 4MLEA 1TKXA 1BCMA 2FBYA 5ADXA 1WSIA 2VQEK 1T7PA 3E9LA 2P9PB 4FWQA 4FOEA 5JS2A 5BPNA 3K5NA 3VTIA 1P8ZA 1A5VA 3TAEA 2QKKA 2P5GA 3THXA 3ZT2A 1SKRA 5HOOA 2RKIA 4G1QA 5KPZA 3RSEB 3VQ4A 4JS5A 1NU0A 5AZIB 1Q82O 1GLAG 4OKJA 1TGOA 3ASMA 2FBXA 1GLBG 1L3VA 2QEXN 1QS4A 4KH5A 4B08A 3LZJA 4BC3A 1SUQA 4I2QA 5AQIA 1T6CA 3NCIA 2F9TA 1RDDA 3SV3A 3D6RA 2UU9K 4Y1DA 3CF5L 5FPMA 3Q7BA 5JICA 2HB5A 2P9PA 1KVCA 1TKZA 4BRIA 4H8KA 1Q86O 3G25A 5T7BA 3MXIA 4DR7K 2YV0X 2AJQA 3VF6A 1NK0A 2XHBA 3QIOA 4DFPA 2BTFA 4FOIA 5BRDA 3BUZB 5AQFA 1LWCA 5F1XA 3CC4N 3QEPA 1GLFO 3QLHA 4RW6A 4V19S 2VG7A 2PY5A 1N33K 3WNHA 2XRIA 3C6HA 4LC9B 3A8YA 3QBWA 3DLLL 3WXMB 1LWEA 3HO1A 4OGEA 1RDUA 1XNQK 4CFDA 2HNYA 3V4IA 4M3XA 4DU3A 4FWSA 1GOAA 4M7YA 5LJVA 4CZIA 4FJLA 1NGCA 3NE6A 4JAXA 3HXMA 4GMJB 1TKDA 5KI6A 2ZGZA 1QSLA 5M1NA 3FZMA 3CM5A 4CEFA 2YJEA 3SV4A 2IGIA 4B1XB 1HYVA 1Y97A 4A2BA 5BR9A 4PL7A 4FW1A 1QVGM 4RW4A 3SJHA 3DLGA 4AQYK 1NJYA 3M8QA 4JI8K 3E9PA 1C0MA 1XQSC 2QTDA 1C1CA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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