1ZBFA

Crystal structure of b. halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribonuclease H-related protein
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbfA00
3VA0A 3TANA 4FYDA 1RDAA 2X6SA 2OPQA 3PY8A 3P83D 1TVRA 4CJLA 5CYQA 5CZ1A 3NGYA 4CEAA 4KTZA 4DSIA 3OS0A 3BDPA 4IKFA 2HW3A 1BISA 1T7PA 4CJ4A 2IGIA 5JS2A 3V4IA 4KI6A 2KZZA 1VRTA 1TKDA 3V9XA 4LH4A 1C1AA 4C8LA 4N41A 3OYKA 4KHYA 3AVNA 2VG6A 3CFOA 4Z0UA 3S3MA 1RILA 4N56A 1BL3A 1S1VA 1WNSA 3C94A 3LP3A 4LSNA 1XI1A 1XC9A 1U4BA 4CHZA 4OKEA 3HPHA 1D5AA 2ITGA 1NOYA 1JLCA 3DLBA 4M3WA 3SQ1A 1RNHA 1S1XA 2G8KA 2YNIA 1JLAA 3O3GA 2JGUA 4DTNA 1TK0A 2YHBA 1HYVA 3AA2A 3O3HA 3OJSA 4CGIA 1TKZA 3ZSVA 1MU2A 3C95A 4I9LA 4CHQA 4W5QA 1RT2A 3C6UA 3DM2A 3RR8A 2F8TA 4CIEA 1VSLA 1LAVA 3AVHA 4CE9A 3PO5A 1EX4A 4DSFA 4KB0A 4PA1A 3DOKA 2E6LA 3K2PA 3K57A 3RMBA 4Y1CA 1KFSA 2VG5A 5HRRA 4OLAA 1EETA 3AVBA 3AO2A 4KHQA 2FBVA 1VK0A 3QERA 1QE1A 4DS4A 3NF8A 3U3YA 1KVBA 4JLHA 4E3SA 1BIZA 1F21A 3L3VA 4CFCA 3OS2A 4FCYA 3RR7A 1NJXA 3NH1A 4DSLA 3HL8A 3LPUA 3HVTA 1NJZA 2DTUA 3HT3A 4ICLA 3K5MA 1NK8A 5I42A 1C6VA 1X1PA 3AVIA 5J2PA 1VSIA 3HM9A 4CIGA 2ETJA 5EU7A 3SUPA 1JL1A 4CJPA 3OYHA 2KFNA 4B9MA 3AVMA 1JL2A 3C6TA 3K58A 3CQ8A 4IFYA 2OA8A 1L3TA 3VQEA 1NKCA 4M3RA 3UIQA 3V9SA 4ELUA 2B6AA 3OYIA 1HNIA 5KRTA 2BE2A 1KTQA 1L3VA 1BI4A 4W5NA 3QESA 4LD0A 4HCBA 3OYMA 1ZYQA 1LWFA 3QINA 4CHPA 1S9GA 2Z1HA 4DTOA 4IBNA 2LSNA 3ZSYA 3NHGA 4CCHA 4FLTA 4W5OA 3HO1A 3K59A 3HYFA 3AO5A 2IC3A 2DY4A 3TWHA 4FM1A 1Q9YA 3KLGA 4FLVA 4FK2A 1CLQA 1UOCA 1W0HA 4LY7A 3ZT1A 2Z1JA 3ZSRA 3IG1A 3KLHA 3AV9A 2WOMA 3SPYA 3JSMA 3TI0A 4NCAA 4CERA 3AVGA 4PWDA 1QHTA 1X9SA 4RW7A 2ATQA 3NBPA 3BGRA 2KQ2A 1QQCA 2WONA 4B9SA 4BWJA 1SV5A 4F8RA 3I0RA 4FJ8A 3RMAA 1QS4A 3ZSZA 4Q0BA 1NK5A 3L3UA 3VQCA 1ASWA 4KHUA 4BDPA 3I8DA 4HUEA 3VQ6A 4FM2A 3HJFA 4KFBA 3OYFA 4DF8A 3OS1A 4F3TA 3S3NA 1ASUA 3G0ZA 1RT4A 2OPSA 2HHXA 1EXQA 4EZ6A 4G1QA 4Z4IA 3V1RA 2RPIA 4XIUA 3U3GA 4IG0A 1IO2A 1I39A 4OPJA 4DTUA 1NK0A 4DSKA 3QEIA 1XHZA 3L2UA 3DRRA 4Q5VA 5D3GA 4FJ9A 1LWCA 3HP6A 1JXEA 3NFAA 1KCFA 1CXQA 1VRUA 4OKKA 4AHCA 4DU4A 1A5XA 4IFVA 1HMVA 2OPPA 3OYNA 1UWBA 3LP1A 5HRPA 4AILC 2EHGA 4M3ZA 1EP4A 4CJSA 1RDBA 3SNNA 3QO9A 5J2QA 4M42A 1GOBA 4M45A 2R7YA 3MAQA 1RTDA 1QSYA 3T1AA 1IKXA 1FXXA 1YVUA 2D0AA 4GVMA 4ID5A 1KFDA 3OVNA 4NCGA 4OVLA 1U48A 1TAQA 2GUIA 1WSGA 3LAKA 3HPOA 4IG3A 3V1OA 4FJNA 4DSJA 3S3OA 4CF9A 3DLRA 2KFZA 1R0AA 4E7IA 3CM5A 3OYBA 3KTQA 3RMCA 4FZYA 1JLGA 4GMJB 3TR8A 4KI4A 3AVLA 3MEGA 3ZT4A 4ZHRA 1U04A 3CYMA 4HCCA 4I2PA 3DRSA 5CZ2A 4IDKA 5J1EA 5E41A 4N76A 3TARA 1RTIA 3DLHA 4B9LA 1WSIA 3OYCA 1IG9A 3AO4A 3PX6A 3ZT0A 4DLEA 4B8AB 3WNEA 4E7KA 4KREA 4DFKA 5FRNA 4YNQA 4CECA 1DLOA 5J2NA 1QTMA 5KRSA 3OJUA 4TSXA 3QNOA 4EP4A 3TABA 3T3FA 4QOZB 1BCOA 4DQQA 3VN5A 4L8RB 3NH2A 3OYJA 4RW4A 1ZBUA 4Y1DA 2DFFA 3VQ7A 1KLMA 4KTWA 3QNNA 4CIFA 3EZ5A 2ZD1A 1GOAA 4OKJA 4DFPA 4CJUA 2FC0A 3F9KA 4FJIA 1SUQA 4CFDA 1C1CA 2YNHA 3KLIA 1YTUA 2FBTA 4F3OA 4AHRA 4E1MA 5DMRA 2YHAA 3QEXA 3SQ0A 5HLFA 1L5UA 3NF9A 4FLZA 1TK8A 3ZSXA 1NK9A 3TAFA 2D0CA 1B9FA 3WNGA 4BE2A 3THVA 3LZJA 2HHSA 1X9WA 3LWLA 3EY1A 3HXMA 3TAQA 3B6OA 3NGZA 1WAJA 3B6PA 4O55A 1KSPA 4CGFA 1IKWA 3ZT3A 4CFAA 1NJYA 4FK4A 4FJXA 1BHLA 4EP5A 5SWMA 1IKYA 3WNHA 4EZ9A 2VG7A 1B9DA 4O5BA 2NUBA 4CF0A 3ASMA 4CF1A 1L3UA 4J2AA 3SV3A 4Z4EA 3CG7A 2FBYA 3O3FA 4CEDA 2HHVA 1TL3A 1Q9XA 5DK5A 5CYMA 4BDZA 4I9QA 4W5RA 4OPKA 4I2QA 4J2DA 3O4QA 1NKEA 4O4GA 4HTUA 4DWIA 2PZSA 4KAZA 4JS4A 4RG8A 3VQPA 3LDSA 5J2MA 5SZTA 1T8EA 3RWUA 4KHNA 1VSKA 2HHWA 4FW1A 1CXUA 4YFUA 4R5PA 3IAYA 1JKHA 2DFEA 1SL0A 4F4KA 1Y97A 4FXDA 1BCMA 2HHQA 3VQBA 2B4JA 3PX0A 4B9VA 4B8CA 4FM0A 4H4MA 3IS9A 1SL1A 4DQIA 2RF2A 2YKNA 4AHTA 3QETA 3LPTA 1J9AA 1QSSA 1RT5A 1JLQA 1JLFA 1IH7A 3DLEA 4DQRA 5HP1A 1T05A 4B9UA 4QAGA 3ZCMA 1B92A 2OPRA 2IS3A 1RDDA 2P1JA 4E19A 2ZE2A 3VQ4A 3L2QA 3V6DA 3PX4A 3AVFA 2P51A 1RT7A 1X9MA 4J2EA 1S9EA 1TGOA 4OGCA 2BGGA 5HBMA 3AVKA 3U6FA 4JS5A 1SKRA 1D8YA 4NYFA 3SV4A 3SZ2A 4Z4FA 5K14A 4DFMA 4CGHA 1ZBLA 1RT3A 3CFRA 3HSTB 1CZ9A 1WLJA 1VSEA 2IAJA 4RW8A 5CY4A 4M3TA 1S1TA 5KTQA 4DS5A 4FJKA 5FROA 1L3SA 1HYZA 2B5JA 1KLNA 3P1GA 3TAPA 3VQ8A 5C42A 3OYDA 4ELTA 1C0TA 2GBZA 2E6MA 3OYGA 3NGIA 2KW4A 2O4GA 4Z4CA 2OZMA 3F73A 2AJQA 1BIUA 4ID1A 1A5VA 1LAWA 3LP2A 4CJTA 2HVIA 1RBTA 2W42A 4MFBA 4HUGA 4RW6A 3SUQA 4CGDA 4CEZA 4KKOA 4MQ3A 2F8SA 2X78A 2XO7A 4FJHA 2VWJA 3P5JA 3V1QA 4DFJA 3ISNC 4Z4HA 4AHUA 2D0BA 4DQSA 3AA5X 3KD1E 2DFHA 3I0SA 3TAMA 3OY9A 4KO0A 2G8UA 3QIPA 1HQUA 2Z1IA 3RRHA 3M8PA 1WSHA 4CEQA 2XY8A 1N6QA 4DTXA 2KZMA 2QK9A 3DLGA 4PQUA 2P5GA 4DTJA 2VWKA 1HQEA 3AVCA 3MECA 3QIOA 1T03A 1RCHA 4CJ5A 1SL2A 1TL1A 1U47A 4UQGA 2QXFA 4FVMA 4CEFA 4E7LA 3ALYA 3CM6A 4M3XA 3OYLA 1ZBIA 3NDKA 3SUNA 1LW0A 2Q3SA 3HK2A 2F96A 3CFPA 3JYTA 4CGGA 2IOCA 3T19A 1TK5A 2P5OA 4CFBA 3MXJA 1J54A 4M41A 4B9TA 2HNYA 3KD5E 1HPZA 4B08A 4CJFA 3KJVA 3LALA 3NAEA 4OGEA 1HYSA 2RKIA 1S6PA 2G8HA 3EYZA 1EKEA 4E0DA 3AA4A 3AO1A 3HP9A 3TAEA 1S1WA 3DRPA 4KV8A 2HMIA 4HVJA 2ZQBA 1DTQA 4H8KA 1UA1A 1Z25A 2PYJA 1RBSA 4CHYA 4H4OA 4FJ5A 1WSJA 4DMNA 2X74A 3ULDA 4DTRA 4K8XA 5HROA 3AA3A 4KRFA 2RN2A 3ZSOA 2XHBA 3ZSQA 3IRXA 3LANA 3QLHA 3KLFA 3RTVA 3K5NA 1KVCA 3WNFA 3NH0A 3VQ5A 4BE1A 1BQMA 4KPYA 1BGXT 3G10A 3FFIA 2I5JA 4C8MA 3V9ZA 1SKWA 1D9DA 2X6NA 1VSFA 4CJWA 4O44A 2PY5A 4B3OA 4C8NA 4CGJA 4DTPA 1BI4B 1QSLA 4CEEA 4DQPA 2O4IA 4GW6A 3OYEA 1J5OA 4M3YA 3D0PA 2HNZA 4FZXC 1HNVA 4CEOA 4JRPA 4FJLA 1REVA 1Z26A 4FW2A 4HHTA 3KK2A 5KI6A 3OYAA 1JLBA 3ZT2A 4CF8A 4N47A 4DU3A 1TKTA 3MXMA 4FLXA 4RW9A 4CHOA 1C0MA 4E89A 3VQAA 4C8KA 3KKSA 5C24A 2Y1IA 1BQNA 1G15A 4CK3A 1NKBA 4OJRA 4DU1A 4C8OA 5FRMA 2JLEA 4CJVA 1U49A 2QKKA 1ZBHA 1HJRA 2EX3A 3O4NA 3MEDA 3PUFA 3MXIA 4FZZA 4FJMA 4CJRA 3KKRA 1A5WA 2XRIA 2E4LA 4AH9A 1O1WA 1ZBFA 5HRSA 4DF4A 4PUOA 2YNGA 4DTMA 1I3AA 1LWEA 3NCIA 2HNDA 5JS1A 5KGXA 2IDOA 3NF6A 2D5RA 4I7FA 2HVHA 2Y1JA 5T7BA 3LP0A 5C25A 1JXBA 1FKOA 1NK4A 4KHSA 5FDLA 3MEEA 1WSFA 4CESA 2HHUA 1XWLA 1CZBA 3L2VA 2GV9A 1VSHA 1RT1A 3AVJA 3TAGA 2KTQA 1WAFA 1HRHA 4O0IA 4DLGA 4CF2A 3L8BA 4HUFA 1RTHA 5I3UA 1KRPA 4KB1A 2G8FA 1NK7A 3PV8A 1YT3A 4N5SA 1K6YA 2G8WA 4J2BA 1VSMA 1SKSA 4CJEA 2HHTA 3KLEA 3D45A 1C0UA 1YTAA 3HPGA 4O0JA 1WSEA 4BACA 3S9HA 3AO3A 1VSJA 1ASVA 4CK2A 4DG1A 3VA3A 1RDCA 4FLYA 4B9NA 2OYQA 1TKXA 2XY7A 3M8QA 3DYAA 1KVAA 4K8ZA 1S1UA 1XHXA 3QEPA 1N5YA 3NF7A 2A1RA 1FKPA 2BDPA 1GOCA 3QEVA 3DI6A 4ZTFA 2YV0X 3PO4A 1NK6A 3M8RA 3ZSWA 4E7HA 1TV6A 3ITHA 2PYLA 1NOZA 3V9UA 5HRNA 4E7JA 3SQ4A 3VQ9A 3L2RA 1LV5A 1S5JA 1VSDA 5KGWA 3SJJA 3SQ2A 4FLWA 4FK0A 2QKBA 4CJQA 3SUOA 4JRQA 3RRGA 3SCXA 3KIOA 3DMJA 4BDYA 1RTJA 1W9HA 4CHNA 4DTSA 1U45A 3AVAA 2G8VA 4F2RA 4NYNA 2G8IA 3LZIA 3V9WA 3H08A 4BE0A 2HB5A 1C1BA 1RBVA 3A2FA 3SI6A 1TAUA 3DLKA 1UA0A 2BANA 2XY5A 4M3UA 4AHVA 4LSLA 2YNFA 2Z1GA 4W5TA 4NCBA 1IKVA 3LWMA 1LW2A 2FBXA 3DOLA 4WE1A 3SYZA 3VQQA 2A1SA 3V81A 3SPZA 4F2SA 3RMDA 1WN7A 1ITGA 1JLEA 4FJGA 4E1NA 4ELVA 4QCLA 4ZTJA 1J53A 1UAXA 3L2WA 2XY6A 1RT6A 1FK9A 4LH5A 4BWMA 3LAMA 1S6QA 4Z4GA 3E01A 3M8SA 4CK1A 4KHWA 4AHSA 4DSEA 2OZSA 4FJ7A 1D9FA 1NJWA 3HVRA 4CJ3A 3VQDA 4PY5A 1DTTA 1RBRA 4CEBA 3NE6A 4KTQA 3KK1A 3K5OA 1Q8IA 3QEWA 4CJKA 1RBUA 3KK3A 4FJJA 3K5LA 4OLBA 4FLUA 2YKMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H0OA 5AQFA 1NWKA 4FYDA 2FXUA 5BN9A 5CYQA 3NGYA 3OS0A 3TSUA 4CZGA 3BDPA 2NRXA 4CBUA 5GADP 4B3MK 5CHIA 3CCSN 3JXUA 3V9XA 1VQ4N 3VGLA 3S3MA 4N56A 1K8KB 1WNSA 3LP3A 4LSNA 5KPRA 4DR3K 4CHZA 4OKEA 1NOYA 5DM6L 4A2AA 4BC4A 2OTLN 1RNHA 1S1XA 2JGUA 5E84A 3AA2A 2QWPA 3UKUA 1MU2A 4I9LA 3LDLA 4CIEA 3AVHA 2HMPA 4YY3K 2VG5A 5HRRA 2VWBA 3AVBA 3AO2A 1GLFO 1TYQA 2FBVA 3D2EB 3NF8A 3U3YA 1BIZA 5AQZA 4FCYA 4CFCA 3MX5A 4DSLA 2DTUA 1NK8A 2BTFA 3SBTA 3O1BA 5EU7A 4FWSA 1Q81O 4B9MA 1Y64A 3BY5A 4EHTA 3CQ8A 2E8AA 4HTLA 3VQEA 1NKCA 1KAXA 3OYIA 3U9ZA 3E1YA 4AQYK 4HCBA 1QVFM 4YOUA 1ZYQA 1LWFA 5BREA 4IBNA 4CCHA 4FLTA 3HO1A 3K59A 1CLQA 1NNEA 3BF1A 4CERA 3TSPA 1KD1O 4FJ8A 1BWFO 2WUSA 3VQCA 1ASWA 4KHUA 4HUEA 1H1VA 2O8BB 1WB9A 1N8RO 1ASUA 5GIPA 4BR5A 4Z4IA 1T6DA 2F9TA 1I39A 5AQUA 1ATSA 4Q5VA 5D3GA 4BVOA 5DM7L 2GEMA 4O8UA 3NFAA 1KCFA 3O80A 1VRUA 2V51B 4OKKA 3TTCA 4DU4A 4CZKA 3AGKA 4AILC 1UWBA 3VTIA 1VQ5N 3OBYA 1RDBA 5ELZA 3MCAB 1EWRA 3G25A 3T1AA 3CC4N 1I94K 1FXXA 4BROA 2GUIA 3HPOA 4IG3A 3V1OA 4JKDA 2ASPA 4CF9A 3CMAN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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