1ZBFA

Crystal structure of b. halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribonuclease H-related protein
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbfA00
4ICLA 1VSJA 4J2AA 3H08A 3AVMA 3TR8A 3IS9A 3OYNA 4QAGA 3K57A 2KZZA 1VRUA 3ZT0A 4CGDA 4CHOA 1HQEA 1ITGA 2Q3SA 4Z4CA 4CHQA 3LWLA 3M8RA 4QOZB 1U49A 1G15A 2OPSA 2ZE2A 5DK5A 1D8YA 4N47A 3LAMA 1KTQA 1NK9A 3TAMA 3UIQA 2Z1IA 1TV6A 3NGIA 1IO2A 3AO3A 2G8FA 2HMIA 5K14A 4KO0A 1TL3A 5CZ1A 4Q0BA 3KK2A 4KPYA 3I0RA 1HNVA 2DFHA 3DLGA 2HVHA 4AHVA 5SZTA 3AVLA 2F8SA 2KZMA 4CF2A 4DSJA 4CECA 4AHCA 2RKIA 2I5JA 4LY7A 4CJPA 3K5NA 3PV8A 1XC9A 4CJKA 4CFAA 4B8CA 4DS5A 1HYZA 2WONA 3NF9A 3K59A 2HHTA 2RPIA 1KLMA 3AVIA 3P5JA 2XY7A 5KGWA 1QS4A 3NH1A 4CGJA 1B9DA 1S6PA 2YKNA 1KFSA 4FW1A 2F96A 3KKSA 3KTQA 4KHUA 4CFBA 3QIOA 3TAGA 1U45A 1YTAA 1RBRA 2BE2A 1RBTA 3O4NA 4CHPA 2G8KA 3K5OA 3VQ5A 4ID5A 1KVBA 3PX6A 3HM9A 4FYDA 1RTHA 3AO5A 3LPUA 3A2FA 3S3NA 1SV5A 3K5MA 4B8AB 5J2NA 3K5LA 4DSEA 4DFPA 2D0AA 4CGIA 4DG1A 3T1AA 5KRSA 4W5OA 3HP6A 3K58A 2E4LA 4O4GA 2VWKA 2B4JA 2P1JA 3MECA 4CEFA 4E1NA 3HL8A 4OPKA 4JS4A 1Q9XA 1VSLA 1Z25A 1ASUA 4LH4A 4CK3A 1ZBIA 3OYMA 5J2QA 1TKZA 1DTTA 4FJ7A 3WNGA 1TKDA 1HMVA 4M41A 1W9HA 4OVLA 4Y1DA 1D5AA 3VQAA 3OS2A 1MU2A 3OYHA 5C25A 4FJNA 4ZHRA 2XRIA 4CK1A 3L2VA 1SKSA 2O4IA 2YKMA 4O5BA 4HCCA 3AVHA 2XO7A 4HHTA 3I8DA 1XWLA 3IRXA 5KTQA 1A5WA 3CYMA 3QETA 2YV0X 4HUEA 2X78A 1S1UA 3V9WA 4DTJA 3QESA 4O55A 4HUGA 3ITHA 1C1CA 2D0BA 1XHZA 3TABA 4OJRA 4PQUA 4CF9A 4EZ6A 1TK5A 2QXFA 1GOBA 1S5JA 4FJIA 1L3UA 3DRSA 3B6OA 4JRQA 5HP1A 3V9UA 3DLEA 4CFCA 3SI6A 3OYJA 4FVMA 3KLEA 1D9FA 1IKXA 1YT3A 1HRHA 4LSLA 3LDSA 1QE1A 3QEVA 4Z4HA 4CJ4A 4JS5A 2PYJA 3L2RA 2A1SA 3U3YA 4KREA 1SUQA 3SQ1A 1QSSA 1NK0A 1VSEA 4DTMA 1ZBFA 5KRTA 4CEDA 3JSMA 1Z26A 3DYAA 4KFBA 3OYBA 5EU7A 4PWDA 3OYEA 2Y1JA 1CZ9A 1S1TA 4DSIA 4CF1A 3QLHA 3VQEA 3TI0A 2NUBA 4FK0A 3RMBA 1BISA 3ALYA 1RT5A 2GBZA 1N6QA 4KRFA 1X1PA 3S3MA 1RTIA 4DSFA 4B9LA 5HRPA 4DS4A 4DTOA 1F21A 1S1XA 2YHAA 4IG0A 1LV5A 3C94A 1SKWA 4M3RA 3OYGA 3ZSWA 3OYAA 3SQ2A 2ATQA 2HHWA 4CJEA 3NAEA 1L3VA 2X74A 1NKCA 2HW3A 2HB5A 3O3GA 3OS0A 1GOCA 2OZMA 3ZSVA 4KB1A 4DTRA 1WN7A 3RMAA 1NJXA 4OKJA 3V6DA 2IDOA 2KW4A 4CGHA 1CXQA 4B9MA 2Z1HA 4J2EA 3KLIA 1BI4B 1NOZA 3NF8A 4Z4EA 1QQCA 3P83D 5DMRA 1IKWA 1NJWA 3BGRA 1BL3A 3AVFA 5J2MA 2X6NA 1KVAA 3CM6A 1VK0A 3EZ5A 4Z4GA 4EP5A 1IKYA 2KFZA 4KHYA 1B92A 4CE9A 3JYTA 1R0AA 4DFKA 4FLUA 4CJ5A 3OYKA 4DSKA 4FJJA 1FK9A 3V1OA 1BIZA 4E3SA 2X6SA 2ZD1A 4FLTA 3PX4A 1K6YA 4RW8A 1XHXA 5HRRA 4H4OA 3VQBA 4M3YA 1NKEA 1LWFA 2BGGA 4FLYA 2E6LA 1JLGA 4F4KA 4NCAA 1TAUA 3OYDA 1YTUA 4KV8A 3C95A 3SQ0A 2XHBA 3RTVA 3SNNA 4N41A 1U47A 1VSHA 4F3TA 1TL1A 4PA1A 3QO9A 1TK0A 2HNYA 4E7HA 5CY4A 1SL2A 3OJUA 4B08A 4CJQA 3V9ZA 3QEPA 3CFRA 4CEZA 1LAWA 1T7PA 2W42A 5I42A 3HVTA 1U4BA 2YHBA 4H4MA 4FJKA 4AHRA 4NCBA 3SYZA 2IGIA 4BDPA 2GV9A 1FKPA 1HJRA 4F3OA 1RT1A 4DTPA 4CJVA 2IOCA 4FJMA 1FKOA 3VQ8A 3ZSQA 4BDZA 4DF8A 1BCOA 2VG7A 5I3UA 2XY8A 5HRNA 1X9SA 3NE6A 2HNDA 4FLWA 3QNOA 4HUFA 3NFAA 5E41A 4OGEA 1C0MA 1CZBA 1ASWA 5C42A 4CEOA 4BE0A 3IAYA 3AVAA 3OYCA 4CHYA 4E7KA 4C8LA 4J2DA 4QCLA 1REVA 3SV4A 1KSPA 4B9TA 4ELVA 3T3FA 1SKRA 2YNFA 4I9QA 4J2BA 2YNHA 3VA3A 4DU3A 1QSLA 3PX0A 5FRMA 1L5UA 4FJXA 4BACA 3ASMA 3EYZA 2VG5A 1NJZA 3KLFA 4IDKA 4C8NA 5CYMA 4DWIA 4OLBA 1S6QA 4B9UA 3LANA 5SWMA 4C8OA 4BE1A 4W5QA 1D9DA 1JL1A 1RDDA 3CFOA 3L8BA 3HP9A 4FJ9A 4PUOA 1C6VA 2G8VA 3OYIA 4YNQA 4DTUA 3AVJA 1LAVA 3DLBA 4AHTA 3V9XA 4AILC 3DLHA 4CJLA 1JXBA 2FC0A 3DLRA 4GMJB 4RW7A 3HYFA 2JLEA 4KTQA 3RWUA 3RRGA 3HJFA 1BIUA 4CEAA 3NHGA 2KQ2A 1W0HA 1C1BA 2O4GA 2IC3A 2QKKA 3AO1A 4R5PA 3DMJA 3NF6A 4CEBA 1HNIA 3KK3A 1S1WA 3OJSA 3K2PA 4CJ3A 1LW0A 4DLGA 3V4IA 4OKEA 1SL0A 3RR8A 4AH9A 3AO2A 4TSXA 5HRSA 4C8MA 1IH7A 4L8RB 4FM0A 1JXEA 3TWHA 4OKKA 3QEIA 4RW9A 2Z1JA 1JLQA 3G10A 3RR7A 3ZT3A 3ZT2A 1RT3A 3AA4A 4KHSA 4DQPA 4M3XA 4CEEA 1TK8A 1RT6A 3KJVA 3OS1A 3QEWA 3AA2A 4I2QA 2Y1IA 3VA0A 2PY5A 4I9LA 3QEXA 4E19A 3VQPA 4EZ9A 4FJ5A 4LH5A 1NK8A 4ELTA 5FDLA 3TAQA 1JLAA 3HXMA 1T8EA 4I2PA 4N56A 4ID1A 1UAXA 1WSJA 3AV9A 3E01A 3MXIA 2PZSA 1C0TA 1QHTA 3AVNA 4C8KA 5HBMA 3LZIA 4E7LA 3AA3A 1KLNA 3O4QA 4FM2A 4DTSA 4B9VA 1HYVA 2P5OA 4IFYA 4XIUA 4B3OA 4O0IA 4DTXA 4B9SA 3PO5A 1B9FA 1KFDA 1EKEA 2EHGA 3KK1A 3SV3A 1KVCA 3LP0A 3U3GA 4DFMA 3TAPA 2QK9A 3KD1E 2DY4A 2DTUA 2D5RA 2G8HA 2F8TA 1L3SA 1CXUA 4FK4A 4E89A 4IFVA 1WAFA 3ZSOA 2IS3A 1NK5A 3PY8A 4MFBA 4DQSA 4DQIA 1VSDA 1WNSA 4AHUA 1LW2A 4N5SA 1WSEA 4JRPA 3QINA 4FLZA 3U6FA 1HQUA 1RNHA 4ZTJA 1FXXA 4HCBA 3L2WA 1TKTA 4DU4A 3QNNA 5D3GA 3SUQA 2KFNA 4W5RA 2VWJA 2XY6A 3SJJA 3LWMA 2IAJA 1BGXT 4DQQA 4W5NA 2KTQA 3CFPA 4OGCA 1HPZA 2FBVA 3FFIA 3DOLA 3B6PA 1LWEA 2YNGA 3HPGA 1JLBA 1RDCA 1JL2A 4DSLA 4FLVA 3M8PA 4CGGA 1J54A 4YFUA 5JS2A 2ETJA 3QERA 3S9HA 3MAQA 4BDYA 4Z4IA 3VQ9A 1RILA 4DFJA 2OPPA 3ULDA 4FJHA 1JKHA 2R7YA 4CGFA 5HLFA 1S1VA 4Z4FA 3L3VA 3L3UA 1Q9YA 1JLFA 2HHQA 4E0DA 4CFDA 3SPYA 4CF0A 3TARA 1BI4A 1RBVA 4CIEA 1NK4A 4F2SA 3OYFA 1QTMA 4E7IA 1J5OA 1VSKA 4JLHA 4CJWA 3V1RA 3G0ZA 3V81A 2OYQA 4FZZA 4UQGA 3M8SA 3SPZA 1WSHA 2PYLA 4MQ3A 4FLXA 2HHUA 1QSYA 3AA5X 3MEDA 4LD0A 4OLAA 4GVMA 4DLEA 1UA0A 1U48A 4CK2A 3KLHA 3HT3A 2AJQA 1JLEA 4KTZA 4I7FA 1CLQA 3WNFA 1C0UA 1A5VA 4FCYA 4HTUA 4ELUA 4K8XA 3AO4A 3LP3A 3HPHA 4CERA 2BANA 1EP4A 2OA8A 4CJTA 4O44A 3RMDA 1IG9A 1RDBA 3MXMA 1T03A 1NK6A 1N5YA 3EY1A 4M3UA 5FRNA 3SUNA 2DFFA 4CIGA 4FZXC 1DLOA 3P1GA 3V1QA 3WNHA 2G8IA 3CG7A 3SCXA 1WSGA 3TAEA 4DF4A 4RG8A 4K8ZA 1X9WA 1RCHA 3KKRA 3AVGA 3HO1A 2ITGA 5JS1A 4KHWA 3BDPA 1S9GA 2FBYA 4DQRA 4KI6A 3SQ4A 1SL1A 2LSNA 4W5TA 3THVA 4IKFA 1DTQA 5HROA 3NGYA 2YNIA 1VRTA 4KAZA 4O0JA 4FK2A 4NYNA 4GW6A 2OPRA 1U04A 1UWBA 2GUIA 4KKOA 2RF2A 3KIOA 3VQ6A 3NGZA 1UA1A 4BWMA 3VQDA 4M3ZA 3CM5A 1UOCA 4F8RA 3C6TA 3DM2A 2BDPA 3AVKA 3IG1A 4LSNA 3RRHA 3LALA 5KI6A 3S3OA 1Q8IA 3M8QA 2B6AA 4CJFA 3ZSXA 1RT4A 4FW2A 3AVBA 3F73A 1GOAA 1NJYA 1RBSA 1ZBUA 3QIPA 2OZSA 1EETA 4M3TA 2QKBA 4CESA 2FBTA 4CEQA 4CJSA 4EP4A 4PY5A 1TAQA 5C24A 4KHNA 1ASVA 1RBUA 1XI1A 3NF7A 1WSFA 5J1EA 3NH2A 2ZQBA 1BHLA 1I39A 1NKBA 5T7BA 3PUFA 3ZSYA 3ZT4A 2JGUA 1TKXA 2VG6A 5FROA 1J9AA 3VQCA 1WSIA 1VSIA 4CJUA 3OY9A 3MEEA 1ZBLA 4CF8A 3HVRA 3O3FA 3L2UA 4M42A 4FJLA 4M3WA 4E1MA 1TGOA 1IKVA 2D0CA 3DRPA 4FM1A 3ISNC 1RTDA 3I0SA 1BCMA 1WLJA 2HNZA 3D0PA 1HYSA 4DU1A 1RT7A 4Z0UA 4AHSA 5CYQA 4CJRA 1C1AA 2G8UA 3VQQA 3NBPA 4BWJA 4HVJA 4RW6A 3OYLA 4IBNA 3TAFA 4DTNA 3MXJA 3RMCA 1WAJA 3KLGA 4NCGA 3TANA 1LWCA 1Y97A 4CCHA 3LZJA 4WE1A 4KHQA 3ZSZA 4N76A 1J53A 4M45A 3LAKA 4IG3A 2OPQA 3L2QA 4KB0A 3PO4A 4F2RA 5J2PA 4CHZA 4KI4A 4OPJA 1EXQA 3ZT1A 1YVUA 2G8WA 3VN5A 1X9MA 1O1WA 2B5JA 4H8KA 2HVIA 3OVNA 3LP1A 5CZ2A 3VQ7A 2HHSA 1S9EA 4FXDA 3DLKA 2RN2A 4G1QA 4Y1CA 3SUPA 4ZTFA 1NK7A 3LP2A 2XY5A 2EX3A 3SUOA 4RW4A 1VSFA 3C6UA 3HSTB 3SZ2A 3LPTA 3WNEA 1KRPA 3F9KA 4BE2A 3KD5E 4FJGA 3D45A 2A1RA 3NH0A 1L3TA 3CQ8A 3NCIA 2DFEA 1TVRA 2E6MA 1A5XA 4E7JA 1KCFA 2HHXA 4KTWA 2P51A 3DOKA 3V9SA 4CIFA 3HK2A 1JLCA 3O3HA 1ZBHA 3DRRA 1T05A 3ZCMA 3VQ4A 5KGXA 2HHVA 1BQNA 2WOMA 4CHNA 1RDAA 2FBXA 3NDKA 1NOYA 3ZSRA 4DMNA 4FZYA 2P5GA 1RTJA 4FJ8A 1I3AA 4Q5VA 3HPOA 1ZYQA 3AVCA 4NYFA 3MEGA 2Z1GA 1RT2A 3T19A 4B9NA 1BQMA 1VSMA 1EX4A 3DI6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EN9A 2P9IB 1VSJA 5AR0A 3OYNA 3TR8A 3IS9A 5LMUK 1VRUA 4CGDA 2Q3SA 4H5VA 1N32K 5AQMA 3I8BA 3R1XA 1J5EK 4GVEA 5JVHL 2Z1IA 1TV6A 1VHXA 3AO3A 3NGIA 5F1XA 2WC9A 3KK2A 4KPYA 4FWRA 4CF2A 2RE2A 3D2FA 4AHCA 4CJKA 4B8CA 4K43A 4WQ4A 2WONA 3NF9A 1GLJO 1KLMA 2XY7A 4BR0A 2YKNA 1SZ2A 4FW1A 2F96A 3O80A 3K5OA 1KVBA 3AO5A 1M90O 3S3NA 4B8AB 3WT0A 3K5LA 4BC5A 4DFPA 2HBKA 4CGIA 4BC2A 2W6LA 2VWKA 4C8KA 1Q9XA 3HL8A 4OPKA 1VSLA 4LH4A 5AFUA 3KHYA 4X64K 2Q36A 4M41A 2CGLA 3EEQA 5F0XA 3OS2A 1MU2A 3W3DA 3UKUA 3L2VA 3CPEA 3GOIA 2XO7A 4HHTA 3I8DA 1ILYA 4C1NK 1A5WA 5M1PA 3V9WA 3QESA 4HUGA 3ITHA 4LFAK 2WBNA 3TABA 1XHZA 2YX6A 4PQUA 2QM1A 1KAYA 2QXFA 4FWKA 4FWPA 2AP1A 3V9UA 4PL8A 5EX5A 3OYJA 3KLEA 2H3GX 4Z4HA 2A1SA 3VEOA 3CERA 5BN9A 1ZBFA 4CEDA 3EL2A 3THXA 5EU7A 1JCGA 2P9NA 3SBTA 3C6AA 3QLHA 4K41A 5BN8A 1NGGA 5FLXO 2GEMA 3VGLA 4A59A 1RT5A 1N6QA 4KRFA 3OHRA 3S3MA 4DSFA 4H0XB 5AQYA 1S1XA 3C94A 3OYGA 3MCAB 4HTLA 2HHWA 4CJEA 1NKCA 4M7XA 5HOOA 3OS0A 3ZSVA 2ITMA 2Q0RA 3RSEB 4DTRA 1WN7A 2UYTA 1NJXA 2NRZA 1BL3A 3AVFA 1KVAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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