1ZBFA

Crystal structure of b. halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribonuclease H-related protein
molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus halodurans
total genus 41
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbfA00
4M3RA 4OPJA 4I2QA 1S6PA 3TANA 2RF2A 1RT5A 4NYNA 3O3FA 3RMAA 2KQ2A 1KLNA 1NK8A 1TL3A 4CJVA 5JS2A 3OVNA 4ZTFA 3V1RA 2O4IA 3L3UA 3D0PA 1SL2A 2QXFA 5FROA 3A2FA 1RT7A 4O5BA 2G8IA 1C1AA 4CGHA 1ZYQA 4Z4GA 4RW8A 1JL1A 1S9EA 1RDAA 3CFOA 1VRUA 2VG5A 3DOLA 2G8WA 4K8ZA 3KD5E 3VQQA 1ASWA 1JLCA 3KD1E 3AA2A 3ZT2A 1QSLA 2BGGA 1VSJA 3K2PA 5JS1A 3DRSA 1N5YA 1IG9A 3AVMA 3LZIA 4CK1A 4MQ3A 1S1XA 1Q9YA 3AA5X 1SKWA 1SKRA 1I39A 4EZ9A 3QLHA 4FVMA 3UIQA 4M3TA 3L2QA 3RRHA 3V9XA 2G8UA 2KZZA 4GVMA 3ZSVA 2DTUA 1KTQA 3S9HA 1U49A 1TK8A 3VA0A 3PO5A 1D8YA 1RBRA 3SUPA 1UA0A 2XHBA 1A5XA 1NOYA 4H4OA 3T19A 3ZSZA 4FJJA 3KK3A 4DS4A 3ISNC 3QERA 4ELUA 2KW4A 1J54A 3DM2A 4N47A 3ULDA 3ZT0A 4KFBA 4DQPA 5C24A 4KTQA 4IFVA 3IRXA 4E19A 3JYTA 4OLBA 4Y1DA 4KTWA 3QIOA 2YKNA 3NCIA 3V9SA 4Z0UA 4CJEA 4TSXA 3VQEA 4DTXA 2RPIA 4O44A 5E41A 4DQQA 3SUQA 4CFCA 4CIEA 4FJ8A 2XY5A 3DLEA 4CEZA 1ZBLA 4CERA 3MEGA 4CHQA 2HNYA 1C0UA 3OY9A 3LWLA 3C94A 4BDZA 4ID1A 4CJWA 4BE2A 1NKCA 2OPQA 4CJKA 4DU1A 3OYMA 3AVKA 3OJUA 2IGIA 3OYCA 4DFPA 2PYJA 2YHBA 4Q5VA 4F3TA 4CIGA 3LAMA 4CHOA 5DMRA 3SJJA 4KHSA 2EX3A 1TV6A 1BIUA 2FBXA 2WONA 4F2SA 1Z25A 5C42A 1Z26A 2E6MA 3CFPA 4W5QA 4OPKA 1SL0A 2OA8A 3NDKA 5I42A 3QEVA 1VSEA 3OYGA 4CGGA 3V9UA 1RT6A 1KVAA 1C1CA 2OPSA 4JS5A 4DFKA 3DOKA 1S9GA 4PA1A 4M45A 5J2PA 4DS5A 1JXEA 2FC0A 4C8MA 4DU4A 4LSLA 3QESA 2HB5A 3C6UA 4RW4A 1NK9A 3AVCA 3VQ7A 4FZYA 1CXUA 1KFDA 4DU3A 3KLFA 4M3WA 3HP9A 4FM1A 1BISA 4CJ3A 4DTUA 4JRPA 5HBMA 3IG1A 3G0ZA 1JL2A 1WAJA 3KKRA 3VN5A 1BL3A 2NUBA 3VQAA 4CE9A 2Y1IA 2VWJA 2GBZA 3PX4A 1Q9XA 2EHGA 2X74A 4BDPA 2B6AA 2HHWA 4N56A 3V9WA 4E7LA 4F8RA 2Z1JA 3CM5A 2ETJA 3OYBA 1RTDA 4LH5A 1ZBUA 5J2NA 4ZHRA 1SKSA 1DTTA 3NE6A 3QEPA 4DTPA 4CCHA 4Z4IA 4DTSA 1NK5A 3THVA 3RMCA 4Z4CA 4FJXA 5HP1A 1FXXA 3V9ZA 1NJYA 1D9FA 2QKKA 4RW9A 3U3GA 4CFAA 3HT3A 2Z1HA 3PX0A 3SQ2A 1LWFA 2PY5A 3EZ5A 4F3OA 4FJKA 1XC9A 3VQDA 1T7PA 1BQMA 1SUQA 2JLEA 1EP4A 3LP1A 4CHZA 2XO7A 4IBNA 1RILA 3L8BA 1UA1A 3PY8A 3KLGA 3VQCA 3HJFA 3K5OA 3AV9A 1FK9A 4CEAA 1VSIA 4KHYA 1S1UA 2FBTA 2AJQA 2G8VA 4YFUA 4DFJA 4W5OA 4DWIA 3C6TA 3ZSWA 1WSIA 1VSDA 3U3YA 4KREA 4DTNA 4E0DA 1JXBA 3WNGA 5KGWA 2ZE2A 4B8CA 4AHUA 2YNIA 3WNHA 3L2RA 2PZSA 4J2DA 5CZ2A 1XHXA 2HHUA 3V1QA 4DTJA 4HUFA 4DQSA 2HHXA 1HYZA 1EKEA 5KRSA 4KO0A 1TKXA 4Z4HA 4CK2A 1HPZA 2FBYA 2O4GA 2XY8A 3LAKA 3PO4A 4KPYA 4HCCA 3SQ0A 2X6NA 1XWLA 3K58A 4DQIA 3SV3A 3K5NA 3MEDA 3LP2A 3SYZA 2IAJA 5J2QA 3VQ8A 1SV5A 1S6QA 3SPYA 3M8SA 1TK5A 1WSFA 4LH4A 4CHNA 1X1PA 3OYDA 3NH2A 3LZJA 3QNOA 4I2PA 4AHRA 4FJ9A 4OKJA 1ITGA 4MFBA 4E1NA 4OKEA 3KK2A 3ZSRA 1QTMA 4LY7A 4IDKA 3NF8A 3SQ4A 1X9WA 1CZBA 3NGZA 1TL1A 2OZMA 2P5OA 4ELTA 3QIPA 5J2MA 3CM6A 4FK2A 4KI6A 3H08A 2HHTA 1KLMA 1TGOA 2LSNA 3AVBA 3QETA 4I9QA 1EX4A 2PYLA 2D0BA 1RDCA 2OZSA 4LD0A 4DSFA 1BI4B 3NHGA 4FJHA 2DFHA 3OYKA 4FJNA 4NYFA 3OYAA 2KFNA 3O3GA 2VWKA 3DRRA 4CEBA 4BACA 2Z1IA 4FK0A 3I8DA 5FRMA 4CJFA 2HVHA 2X78A 4B9SA 4KHUA 1A5VA 2BE2A 2Y1JA 4M42A 1HMVA 3V4IA 3SUOA 1GOAA 4AHTA 5KI6A 4DTOA 1WSEA 1QSYA 1GOCA 2XY6A 4W5TA 3AO2A 4ICLA 4PUOA 2YV0X 4Z4FA 4FLZA 4EZ6A 2E6LA 2YNHA 3SZ2A 3AA3A 4KTZA 4CGDA 3L3VA 1U4BA 1RT4A 4I7FA 1NK4A 1LWEA 3CQ8A 1CLQA 3SV4A 3DLGA 1LWCA 3SNNA 2D0AA 3T3FA 1NK0A 1A5WA 1JLAA 4CEDA 4CJUA 3QEIA 1GOBA 1NOZA 4H4MA 1WAFA 1L3SA 3IS9A 1HYSA 2HMIA 1X9SA 4B9LA 4DSLA 1FKOA 1RTJA 2HHVA 4DF8A 5SWMA 3O4QA 2B4JA 3ITHA 5KRTA 3EYZA 4CHPA 4RW6A 4OGEA 4N5SA 4E7HA 4AILC 1XHZA 3OYFA 4DSIA 1J53A 1TKTA 5D3GA 1NJXA 3LWMA 1L5UA 1WLJA 4M3XA 4M3YA 1RDBA 2DFFA 2F8TA 3AVJA 1Q8IA 4F4KA 4CFDA 1ZBFA 1HNVA 3LP0A 5DK5A 3QEWA 1L3VA 3RRGA 4IG0A 3OYEA 1RBVA 1UOCA 2ZD1A 4RG8A 4DMNA 2A1RA 1U47A 1TKDA 1LV5A 2G8FA 2IC3A 1VSLA 2FBVA 3AVHA 3S3MA 1T03A 1QHTA 1RTHA 3OS0A 3RR8A 1IKYA 3OS2A 4FLUA 4DFMA 3HK2A 1B9DA 3K59A 1HQEA 1K6YA 4CGIA 4FLTA 1KFSA 5HRNA 4E3SA 1J9AA 3KK1A 4GMJB 3ZSYA 3TAQA 2E4LA 3KLEA 4WE1A 4O0IA 4E7KA 3E01A 3TARA 4DTMA 1ASVA 1YVUA 5C25A 1RT3A 4DLEA 4FJIA 1NKBA 4QCLA 1I3AA 1SL1A 2WOMA 1VSFA 4OVLA 3OJSA 2XRIA 3AVNA 3DLRA 1L3UA 1RTIA 3TWHA 3RR7A 2D5RA 2Q3SA 2IOCA 3NAEA 1MU2A 3VQPA 4DLGA 4HCBA 3PX6A 1QS4A 1WSJA 4HHTA 4W5NA 4FCYA 3HL8A 1N6QA 3ZSOA 1G15A 4CF0A 2KTQA 2OYQA 4KHWA 4B3OA 3K5MA 1ZBIA 1S5JA 4DSEA 3SPZA 3L2UA 4CJPA 3L2WA 1KVCA 4HTUA 4E7IA 3LALA 3TAPA 4LSNA 1L3TA 4E7JA 3OYLA 4HUEA 4F2RA 1RBSA 4FLXA 3WNEA 4CGFA 3DLHA 4OLAA 1KCFA 4KB1A 1Y97A 3KLHA 3BGRA 3NFAA 2IDOA 3VQ5A 4ZTJA 3CG7A 4B9VA 1BGXT 3NH0A 2F8SA 5HRSA 4BE0A 4OGCA 1S1WA 3HPOA 4PQUA 1CZ9A 1QE1A 3LANA 3M8PA 1C1BA 1NK6A 1RBUA 4HUGA 1C6VA 1EXQA 2VG6A 5CYQA 4CFBA 4E89A 3V6DA 4B9MA 4KHNA 2W42A 4FJMA 1IKVA 4CEQA 3HSTB 1JLFA 2P5GA 4J2EA 3AO1A 3HVRA 4Q0BA 2HW3A 3ALYA 1UAXA 3OS1A 3AVGA 5HROA 4FJ7A 1HNIA 3VQBA 4KHQA 4FM2A 2G8HA 4CJTA 1LW0A 4RW7A 2D0CA 3FFIA 1U04A 4NCBA 2DY4A 4NCGA 1D5AA 5K14A 4E1MA 1BCOA 3K57A 1WN7A 4CESA 4JS4A 4DTRA 5KGXA 4IKFA 4J2AA 3T1AA 3AO5A 4FZZA 3S3OA 2QKBA 5CYMA 3VA3A 3V1OA 3DMJA 1RT2A 5EU7A 2HHSA 3P5JA 4CEOA 1U45A 4Z4EA 4J2BA 1HRHA 3NBPA 3QO9A 3S3NA 1NKEA 1TK0A 1WSHA 3M8QA 4L8RB 3BDPA 1CXQA 3IAYA 2QK9A 4B9UA 4PWDA 1RDDA 1U48A 2XY7A 3NGIA 1BHLA 2VG7A 4R5PA 3DLKA 4I9LA 4JLHA 4B8AB 3F9KA 3AVAA 4CF8A 4JRQA 3V81A 3MXIA 4ID5A 1LW2A 3HXMA 1VSMA 1VRTA 3P1GA 3LDSA 2I5JA 4QOZB 4CK3A 4FM0A 3KKSA 5HRPA 3HVTA 4CF2A 1BCMA 2GUIA 4FJGA 4CJSA 1IO2A 1LAWA 2OPPA 1REVA 2ZQBA 3HPHA 3NGYA 3QINA 1JLBA 4FW2A 3DRPA 1ASUA 1JLGA 4UQGA 3NH1A 3LPUA 4FW1A 3MXJA 3U6FA 4BWJA 2BDPA 1TAQA 3KTQA 5KTQA 5HRRA 1RT1A 3AVFA 3OYIA 5FRNA 4XIUA 2P1JA 3OYHA 1YTAA 4CJRA 4CHYA 4CIFA 4CJLA 3TAFA 2YNGA 3RMBA 3HPGA 3HM9A 1TVRA 2BANA 4KKOA 3TAGA 3VQ4A 3ZCMA 4CF1A 2ATQA 3ZT4A 5SZTA 4ELVA 4AH9A 4FLWA 2B5JA 1RCHA 3MEEA 3TAEA 4DSKA 1QSSA 2DFEA 1B92A 3AO4A 3JSMA 4CJ4A 3DI6A 4OJRA 4FZXC 4CJ5A 3KJVA 4FJ5A 1S1TA 5HLFA 1D9DA 3RWUA 4GW6A 3CYMA 4DSJA 2X6SA 4W5RA 1T05A 1WNSA 3QNNA 4M3ZA 1QQCA 1KRPA 4H8KA 1S1VA 3CFRA 4B9TA 2Z1GA 4PY5A 2KFZA 5FDLA 4EP5A 3G10A 1IKWA 2A1SA 4G1QA 1B9FA 5CY4A 3ZSXA 4KB0A 4FJLA 1FKPA 1LAVA 3C95A 2OPRA 4B08A 3WNFA 3B6OA 1VSKA 1NK7A 4IG3A 3AVLA 5J1EA 2RKIA 3HYFA 3HP6A 4CEEA 4M41A 3PV8A 1RNHA 1R0AA 3AVIA 3NF6A 4CEFA 1BI4A 1J5OA 2R7YA 3NF9A 5CZ1A 4YNQA 4O55A 2YKMA 4FLVA 3ZT3A 4BE1A 3D45A 3TABA 1UWBA 3PUFA 4O0JA 4C8LA 1VSHA 3I0RA 4KI4A 1NJZA 1EETA 1HQUA 4M3UA 4BWMA 4CECA 3MAQA 4FYDA 3O4NA 4CJQA 3QEXA 1BIZA 1HJRA 1ZBHA 2JGUA 2G8KA 3DYAA 1TAUA 1IKXA 3P83D 4DG1A 3B6PA 4IFYA 4BDYA 1VK0A 4AHVA 3MXMA 4CGJA 3TAMA 3K5LA 3LP3A 2HVIA 2IS3A 3KIOA 4DQRA 4KRFA 4AHCA 1IH7A 3OYJA 1JLEA 2HNDA 1KVBA 3O3HA 3VQ9A 1HYVA 4NCAA 3I0SA 1JKHA 4DF4A 3SUNA 4C8KA 4K8XA 1BQNA 4KAZA 4CF9A 2P51A 1JLQA 3SQ1A 3SI6A 3VQ6A 2YHAA 1DLOA 1O1WA 1C0MA 1TKZA 1XI1A 1DTQA 1YT3A 3AA4A 3MECA 4N41A 3TI0A 4FK4A 1F21A 2GV9A 1W9HA 2YNFA 3LPTA 5I3UA 3RMDA 3KLIA 4N76A 3HO1A 4HVJA 2HNZA 3AO3A 4O4GA 5T7BA 3F73A 3RTVA 4QAGA 1KSPA 2KZMA 3M8RA 3ASMA 3TR8A 4C8OA 4FLYA 1T8EA 4AHSA 4C8NA 1YTUA 4B9NA 3ZT1A 3NF7A 2HHQA 1W0HA 3ZSQA 3EY1A 4KV8A 3SCXA 1WSGA 4OKKA 2RN2A 4FXDA 2F96A 3OYNA 1RBTA 2ITGA 1C0TA 4EP4A 1NJWA 4Y1CA 3DLBA 3L2VA 1X9MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AZJA 4I2QA 2RF2A 3CIPA 4NYNA 3SBGA 1N8RO 4H0VB 3OVNA 4ZTFA 3V1RA 2O4IA 5FROA 1E3MA 3DWLA 1RT7A 4RW8A 1S9EA 3CFOA 1VRUA 2VG5A 4WQ4C 3P31A 3KD5E 1ASWA 3AA2A 2BGGA 1VSJA 3CETA 1MWMA 4O8KA 3BZKA 1I39A 4V19S 1ILYA 3RRHA 3VESA 1U49A 3VA0A 2P9KB 1RBRA 3MDQA 3CCRN 5C2FA 4DV7K 3ZSZA 2O8FA 3ISNC 2J4RA 1J54A 4N47A 4BC2A 3PIPL 3TPQA 3IRXA 3JYTA 3W0LA 5AJ3K 3GOIA 4TSXA 2RPIA 4O44A 4DQQA 3DLEA 4YOTA 2OPQA 3VOVA 2VGMA 3AVKA 1DEJA 2YHBA 4CIGA 3LAMA 4CHOA 4KHSA 3IMXA 1BIUA 1Z25A 3CFPA 4OPKA 3O08A 3NVKA 1OH5A 3OYGA 4CGGA 3V9UA 1RT6A 2OPSA 4DFKA 1S9GA 3EKUA 5J2PA 4IO8A 3QESA 3C6UA 5GINA 1CXUA 4CJ3A 4DTUA 4JRPA 1YHQN 3IG1A 3KKRA 4BREA 2NUBA 2Y1IA 4LFCK 3PX4A 4DV5K 4AM7A 4E7LA 4F8RA 2ETJA 1SKSA 2NRRA 4ZHRA 4Z4IA 3THVA 4Z4CA 3C7NB 3V9ZA 2Z1HA 1XMOK 4F3OA 3EZ5A 1XC9A 3VQDA 1T7PA 4NLCA 3LP1A 1RILA 3GG4A 2PFUA 3VQCA 4C23A 1S3XA 4CEAA 1VSIA 4KHYA 1S1UA 4BQZA 4BVOA 1WSIA 1HLUA 3U3YA 4KREA 4DTNA 5AQFA 4AHUA 2YNIA 2PZSA 1K8KA 3O5BA 4DTJA 2HHXA 3WEEB 1EKEA 2YJFA 4KO0A 2I7NA 2XY8A 3VEZA 3SQ0A 3THYB 3SV3A 5B8HA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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