1A5VA

Asv integrase core domain with hiv-1 integrase inhibitor y3 and mn cation
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase with a bound HIV-1 integrase-targeted inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule keywords INTEGRASE
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-02-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1a5vA00
3IG1A 2HB5A 1JXBA 5FROA 2ITGA 3OS2A 4DTRA 4CESA 4CEQA 1EETA 2IGIA 2XO7A 4L8RB 3ZT3A 1I39A 1KFSA 4BDYA 2RN2A 1KVAA 4B9MA 1CZ9A 4CF2A 3QIPA 4WE1A 3S3OA 2GV9A 2QKBA 4G1QA 4CJQA 4Y1CA 1BHLA 3AVBA 2ZE2A 3LPTA 4NCGA 4CJKA 4NYFA 4BWJA 1G15A 4LH4A 3SI6A 4Q0BA 1RILA 1SKWA 1VRUA 4CEDA 3OVNA 1RBUA 4CHYA 3L2UA 4F2RA 4DTPA 2KZMA 4HUFA 3L2VA 1VSJA 3QESA 2G8WA 1WSHA 3VA3A 2X78A 2Z1JA 1A5WA 5KTQA 4UQGA 3U6FA 3MXIA 3SUNA 3AVCA 2G8VA 4E7IA 3E01A 3OYGA 1YTUA 4KRFA 2GUIA 4BE0A 1RT7A 4OKEA 3MECA 4LY7A 4OVLA 1UA1A 4Z4CA 2PYJA 3OYHA 4E7HA 3OYKA 4E7JA 3QLHA 4ZTJA 1F21A 3SUOA 3SNNA 3HSTB 1DTTA 3AO3A 4DQIA 3B6PA 4DG1A 3PX6A 4W5QA 3RTVA 3BGRA 1WSEA 2LSNA 4C8MA 1JLBA 1SUQA 4MQ3A 1HQUA 4O5BA 1U47A 4KHUA 1R0AA 4CHNA 4FLVA 4FK2A 1B92A 4E7LA 1SKRA 3HP9A 3WNEA 4J2AA 1UWBA 4KKOA 4FJGA 4F3TA 4FM1A 1TGOA 3LWLA 5EU7A 3ZCMA 2JGUA 3AVNA 2ZQBA 1JXEA 3TABA 4ID5A 2Z1IA 1D9FA 1HNIA 3L3VA 4CJEA 1IO2A 3KIOA 4I9LA 3QEVA 2IS3A 3VQCA 3KLIA 3P83D 4B08A 3HP6A 3EZ5A 1BIUA 3NGYA 4FJNA 1QE1A 5J1EA 3ZSVA 4C8OA 3TWHA 5I3UA 2A1SA 1ASUA 1FKOA 2FBYA 2YHAA 2ATQA 5CYQA 3SV3A 2IAJA 1NKCA 3TANA 4OKKA 3SZ2A 3KD1E 4QOZB 2VG6A 4RW4A 3C94A 1RBVA 4FJLA 1RBSA 1T7PA 3T19A 2PYLA 4CHOA 2B5JA 1S1TA 3MXMA 2KFNA 4O0JA 2Z1HA 3MEEA 4IKFA 4E89A 3SUPA 4OJRA 1RTJA 1ZBUA 2XRIA 2YHBA 3NF6A 5KGWA 4B9NA 5HRNA 3CFRA 3VQQA 2EX3A 4CGFA 3TAQA 2D0AA 3DRSA 3OYJA 3K58A 4FJ7A 1RNHA 5DMRA 4I7FA 4LD0A 4N76A 4DMNA 3RMBA 3SYZA 1HRHA 1KLMA 1ZBHA 4LH5A 4QAGA 3WNFA 3DLKA 3NF7A 3V1OA 3O3HA 1NJYA 4YNQA 3C6TA 3AVGA 1KVBA 3F9KA 1HYZA 3V9XA 1TL1A 4H8KA 4R5PA 4BACA 1SL0A 4CJ3A 1EKEA 3VQ5A 4AHSA 1WSIA 3NCIA 3V9ZA 1U45A 3P1GA 1KSPA 4FJHA 4KB1A 3NDKA 1HMVA 4FVMA 4PA1A 1RT4A 4PUOA 2HW3A 3G0ZA 3NBPA 2OA8A 4ID1A 2OPRA 1X9SA 4OLAA 1YTAA 5K14A 3VQ4A 3HK2A 3RWUA 2A1RA 1QS4A 3I0SA 3IRXA 1XHZA 1UA0A 5HRPA 4CGDA 1GOAA 4M3WA 3C95A 1LV5A 3AA2A 4J2BA 1N6QA 2OPQA 4DLEA 1SKSA 1NK0A 1L3UA 4I2PA 3AO4A 3OYLA 3VQDA 4FJXA 2X6SA 1IKWA 2VG5A 1WNSA 3ZSOA 2XHBA 3AVLA 3U3GA 4E3SA 1BGXT 4F3OA 1YT3A 4Z4HA 2OZSA 1QQCA 1HQEA 4CIFA 3L3UA 3O3GA 1RT6A 3OYEA 1NK5A 4FZYA 3H08A 1VSEA 3ALYA 3KK1A 2YNGA 5I42A 3SUQA 3I8DA 3DRPA 1HJRA 3K5MA 1NOYA 4N41A 4CJRA 4H4OA 4DSKA 3OYFA 4CK1A 3CG7A 3HYFA 4DSFA 3PV8A 2DFHA 1HYSA 4DU1A 3I0RA 5C25A 1X1PA 3LANA 4H4MA 1BQNA 1Y97A 4M45A 3CFOA 1C0TA 4W5RA 4O0IA 4AHVA 3LAKA 3V9UA 1RT3A 1FK9A 4GW6A 4DQSA 1XI1A 3K57A 4CGIA 3RMAA 1NOZA 1JL1A 4AH9A 3V9WA 4FJKA 3RMCA 2Y1IA 4M3TA 4KI6A 1L5UA 1VK0A 1WSGA 4FZZA 1Z26A 2HNYA 1NK4A 4FYDA 2YNHA 2E4LA 4DWIA 5FRMA 1JLGA 2HHTA 2E6LA 4RW8A 3SQ1A 3MEGA 4M3YA 4Z4EA 1TAUA 3AVKA 1TVRA 3AA5X 3L2WA 4IG3A 2XY8A 4KAZA 4OGEA 1BQMA 3EY1A 3OS1A 1S6PA 4CEBA 4FJMA 1NKBA 1J5OA 1U04A 4KHNA 4E1NA 2P5OA 3KK2A 4KV8A 3O3FA 2KQ2A 3SPYA 2RF2A 1T03A 4B8CA 4DS5A 4JS4A 3F73A 1CZBA 1S1XA 2RPIA 3SQ4A 4FJIA 1WLJA 4M3ZA 4AHTA 4DSIA 1LWEA 1BI4A 1LW2A 2G8IA 1BI4B 3IS9A 1MU2A 1K6YA 3V1QA 5E41A 3TAPA 4K8ZA 3L2QA 4JRPA 4DFJA 4DF4A 3QEXA 2I5JA 2G8FA 1TK8A 3SJJA 3K59A 2Z1GA 4DTNA 4PWDA 3OJUA 3RR8A 4M3XA 5J2PA 3DLHA 4J2DA 1S9EA 4Y1DA 4DFKA 1O1WA 4FLZA 4E7KA 1ZBLA 2F8TA 1WN7A 1JLCA 3AO2A 3UIQA 3OYDA 1Q9XA 4FJ9A 3PX4A 4CF1A 1SL1A 1T8EA 2HNDA 3G10A 3M8PA 3CYMA 1QSYA 3BDPA 4B9SA 4PY5A 2YNIA 4C8LA 3HJFA 4N56A 3QEIA 2DFEA 4FM0A 1TKZA 3OYIA 1ASVA 3NGZA 3HO1A 2BDPA 4CHZA 4CJFA 3T1AA 3OYCA 3JSMA 2DFFA 1NJWA 1Q8IA 4DTOA 3T3FA 1REVA 2QKKA 1BL3A 3HL8A 5FDLA 1GOCA 1BIZA 1U48A 1J9AA 2F8SA 3KK3A 1D8YA 3L2RA 3LDSA 3LP1A 3CQ8A 4Z4IA 1C1AA 5HP1A 3S3MA 3SV4A 2YNFA 2IC3A 4CJ4A 3M8SA 1NJXA 3OJSA 3MAQA 3ZSQA 3KJVA 4O44A 4C8NA 4E1MA 3HXMA 3KLHA 3TI0A 2IDOA 3DLGA 3NH0A 3C6UA 2E6MA 3ASMA 4CF8A 3NFAA 4ZHRA 4KPYA 3QERA 3DM2A 5HRRA 4K8XA 1A5VA 2Q3SA 3AO5A 1VSIA 2XY5A 2KFZA 4CJWA 4CFAA 1RTIA 1WAFA 3DI6A 1KFDA 2YV0X 4DSJA 2HHXA 3KD5E 1C0UA 5HROA 1JKHA 4CJVA 1RDCA 1RTHA 4CK2A 4KHYA 1B9DA 1RT5A 4KFBA 4FLUA 4FZXC 3LP0A 4RW7A 1X9WA 4KHQA 3RRHA 4KI4A 5CYMA 4CIGA 3LP3A 1SV5A 4GMJB 2QK9A 4CHQA 4ZTFA 3V6DA 4OPKA 1NK9A 5CZ2A 3ZSXA 3OYBA 1LAWA 1LWCA 2D5RA 3NHGA 2OYQA 3AV9A 3V81A 3THVA 3O4QA 1FKPA 1VRTA 4IG0A 4W5OA 4KHWA 4Z4GA 4RW6A 4RW9A 4FJ8A 3HM9A 4HTUA 2Y1JA 4FK4A 4LSLA 4FCYA 2FBXA 1S1WA 4BE1A 3QINA 1X9MA 1J54A 3LP2A 2HNZA 3HPGA 3DLBA 3D45A 4ICLA 1J53A 4DQQA 1C0MA 4JS5A 3HVRA 1TK5A 4DTJA 1UAXA 1ITGA 4CEFA 1XC9A 4DTSA 3NF9A 2OZMA 5SWMA 4NCBA 3ZSYA 1XHXA 2B4JA 3LWMA 1JLFA 4LSNA 1S1VA 2X6NA 3SQ0A 1FXXA 3VQ9A 4EZ6A 4FJJA 3HT3A 3NH2A 4NYNA 2G8UA 1LW0A 3JYTA 2GBZA 5JS1A 3L8BA 4FLYA 3VA0A 4CJPA 4FK0A 4GVMA 4CJUA 5DK5A 4IFVA 4CEOA 3KLGA 4CF9A 3LALA 1KCFA 1WSJA 2VWJA 3ZT0A 4B8AB 4CJ5A 1C6VA 3D0PA 3TAEA 3PX0A 2FBVA 2P1JA 5T7BA 3HPHA 2HVHA 4OGCA 1TV6A 4HUEA 1C1CA 4CEZA 2HHQA 2AJQA 3LAMA 4CE9A 4N5SA 1S1UA 3NAEA 4CJSA 4CGGA 3OS0A 4B9VA 4CK3A 3QNOA 3K5OA 4DS4A 3WNGA 4CEEA 1RDAA 3SPZA 5D3GA 4AHRA 4MFBA 1W9HA 5J2MA 3TAMA 1UOCA 3DRRA 3V1RA 4DFMA 3ZSWA 4I9QA 2HHSA 3DMJA 1EXQA 1KTQA 4F2SA 2O4IA 4FLTA 1NK8A 1D9DA 4I2QA 5FRNA 2XY7A 2FBTA 1XWLA 4FXDA 1LWFA 4DF8A 2YKMA 4EZ9A 3AVHA 3K2PA 2OPPA 5HRSA 2HMIA 3AA3A 3LZJA 3AVIA 4W5TA 3SCXA 3VQBA 5JS2A 5KI6A 1I3AA 3VQ7A 3K5NA 2BE2A 1DLOA 4Z0UA 4BDPA 1VSKA 4DTMA 3AVFA 1C1BA 4M3RA 2QXFA 4CERA 5C24A 4B9LA 4AILC 4IFYA 3EYZA 4FM2A 3PY8A 4B9UA 4F8RA 4OPJA 3FFIA 2P51A 2EHGA 4CGJA 1HPZA 1RCHA 5CZ1A 1QHTA 3WNHA 4DLGA 1QSSA 4CFCA 4CECA 3V9SA 1RDBA 1S6QA 2O4GA 3KTQA 4XIUA 3NH1A 4W5NA 2YKNA 3QIOA 4O4GA 4CJTA 4E0DA 3M8RA 2G8KA 3NF8A 1U4BA 3KKRA 1KRPA 4DU4A 3QEWA 1L3VA 2BANA 5KGXA 2ETJA 3ZSRA 4M41A 1CLQA 1JL2A 1KVCA 5J2NA 5KRTA 2G8HA 5SZTA 4KO0A 1VSFA 3HVTA 5J2QA 4FLWA 1S5JA 4M42A 5KRSA 3OYNA 4CJLA 4DTUA 1YVUA 3DYAA 3CFPA 3VQAA 1DTQA 1GOBA 1QSLA 3TAGA 3ZT4A 4CEAA 1VSMA 2VG7A 2VWKA 3IAYA 4CGHA 1ZBIA 3A2FA 3ZSZA 4IDKA 4DQRA 3KKSA 2PZSA 4AHUA 1CXQA 4B3OA 3CM5A 3AVAA 3ZT1A 1S9GA 4YFUA 1NJZA 3VQPA 1W0HA 4AHCA 3SQ2A 4CCHA 2KTQA 2D0BA 3RRGA 3RMDA 1NK7A 3DLEA 1TAQA 2HHUA 2DTUA 1JLQA 3ZT2A 3B6OA 2ZD1A 3DOLA 4BDZA 3RR7A 2NUBA 4PQUA 2FC0A 2HVIA 2KW4A 1D5AA 2HHVA 4ELVA 1RTDA 3DLRA 1TKTA 1B9FA 3VQ6A 3TARA 1Q9YA 4B9TA 4KTZA 3LZIA 4JRQA 3AA4A 4CFBA 3QEPA 3OYAA 1Z25A 3TAFA 2F96A 1HNVA 4KB0A 1TKDA 4IBNA 1LAVA 4EP5A 1RBRA 1WAJA 2OPSA 3AVJA 2JLEA 4DFPA 3S3NA 1CXUA 1KLNA 2PY5A 4DQPA 4ELTA 4DU3A 1TKXA 4HCCA 3NE6A 1ASWA 3CM6A 3QETA 1RDDA 2XY6A 1ZYQA 2BGGA 1BCOA 5C42A 2RKIA 4CIEA 2D0CA 1EX4A 4BWMA 4ELUA 4C8KA 3PO5A 4DTXA 4QCLA 2WOMA 3P5JA 3KLFA 3K5LA 3DOKA 4N47A 4M3UA 3KLEA 3VQEA 3ITHA 1JLEA 5HBMA 3PO4A 1NK6A 3S9HA 1WSFA 1TK0A 3OYMA 2B6AA 4HUGA 4RG8A 4FLXA 1BISA 1U49A 1VSHA 1L3SA 1L3TA 4HVJA 3V4IA 2DY4A 1IKVA 1IKYA 2HHWA 1IKXA 1RT2A 4FJ5A 4HHTA 1IG9A 4J2EA 4NCAA 3AO1A 4O55A 4FW1A 4OLBA 4Q5VA 4KREA 1RT1A 4KTQA 3VQ8A 3LPUA 4CFDA 5HLFA 3QO9A 1N5YA 4FW2A 1NKEA 1QTMA 4CF0A 3HPOA 4DSLA 4BE2A 1SL2A 3NGIA 2X74A 3M8QA 3QNNA 1IH7A 1ZBFA 1RBTA 4TSXA 4CHPA 4EP4A 1T05A 4F4KA 1BCMA 1VSDA 2W42A 2WONA 1HYVA 4KHSA 2KZZA 3O4NA 3ISNC 4OKJA 4HCBA 1VSLA 3TR8A 1A5XA 3OY9A 1EP4A 3U3YA 2P5GA 3ULDA 4Z4FA 5CY4A 4E19A 4DSEA 1TL3A 3MXJA 3VN5A 2R7YA 2IOCA 3AVMA 4KTWA 4JLHA 3MEDA 1JLAA 3PUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IG1A 1YHQN 4PHTX 4IOXA 3ID8A 5FROA 5TKWA 4DTRA 1XNRK 4IWVA 2XO7A 4L8RB 3ZT3A 1KFSA 1TUYA 2Q97A 4CF2A 3QIPA 2OTJN 2QKBA 4G1QA 4Y1CA 1BHLA 4IJAA 4JK9A 4CJKA 3LPTA 2KKZA 1SKWA 4JNEA 4F2RA 4HUFA 3L2VA 2O8BA 1W7AA 1E4GT 3VA3A 5KTQA 1A5WA 2G8VA 2UUBK 3VERA 3E01A 4BC4A 3OYGA 3DXKB 4YORA 2ASOA 3CPWM 4Z4CA 5AZIB 3VEZA 4E7JA 3M3ZA 3AO3A 4LFCK 5AJ3K 5LJWA 1K73O 3SBTA 1ZBSA 1JLBA 4O5BA 4BR7A 3GBTA 4Z94A 4FLVA 3G25A 2O8EB 4JKBA 4LF8K 3MN5A 2JWKA 3IDHA 4FM1A 4H5NA 4GV3A 3LM9A 3ZCMA 2JGUA 1NGAA 2O8CA 3TABA 4ID5A 3THYA 4JK7A 4JKGA 3KIOA 4CD1A 4AM7A 3KLIA 1NMDA 4WYBA 2UXBK 3HI0A 3FZKA 4C8OA 1WB9A 2VCPA 1FKOA 3QFUA 2ATQA 2IAJA 1Q81O 1RBVA 1T7PA 3T19A 4CHOA 2B5JA 1S1TA 5AQVA 4O0JA 3MEEA 4E89A 1RTJA 4NB4A 2YHBA 3ZX0A 5AQIA 2KLAA 4FWSA 4IOCL 3P39A 3DRSA 1ZXOA 2O8DA 1ZBHA 3L4IA 3H3NO 2QWPA 4DV1K 3NF7A 1NGFA 3V1OA 3G4SN 2ZGZA 3AVGA 4R5PA 2DPNA 3EE8A 4A61A 4IEEA 3V9ZA 1U45A 1KSPA 2UXCK 1RFQA 1HMVA 4FVMA 5AQGA 3CD6N 2YHWA 3G0ZA 1MA9B 5BN9A 2UUCK 3I0SA 3OBWA 1LV5A 1M90O 3ZEUA 1GLDG 2OPQA 1QVGM 1SKSA 1L3UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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