1ASUA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain crystallized from 2% peg 400, 2m ammonium sulfate, hepes ph 7.5
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PLREPRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHFERGENTKTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 55
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asuA00
5J2MA 4IG0A 4Z4FA 4FK0A 4FZYA 4OKKA 4CJSA 4HUGA 3TAPA 2YKMA 4FJMA 2XRIA 1C1CA 5KGWA 1LW0A 1S1UA 3AO4A 3QO9A 1Z26A 4OKJA 3JYTA 4DQSA 1Z25A 3O4NA 3LANA 4OLBA 4M3YA 3L8BA 4N5SA 1RT2A 3KK1A 1JLAA 3KK3A 4Y1CA 2XHBA 5DMRA 4RW8A 3TAQA 1QSSA 4DF4A 2HHTA 3KKSA 2AJQA 3K5NA 4CJRA 3B6PA 4IKFA 4I9LA 1BIZA 1GOCA 1RTHA 4CHPA 2FBTA 4FJXA 3OYAA 4FJJA 3SUNA 2Q3SA 1XWLA 3NH1A 2OA8A 4FW1A 1RTIA 3OYBA 4NYNA 2FBXA 4EP5A 4F3TA 1FKOA 4Z4CA 2E6MA 4GW6A 3L2RA 4FLXA 3SUPA 4DSIA 1QQCA 2HNYA 3A2FA 3M8PA 4AHCA 5HP1A 3KIOA 4FZXC 4CF1A 3HJFA 2IDOA 4DTRA 3NGYA 1BI4B 2HHXA 2W42A 2OYQA 4MFBA 3K5MA 4AH9A 4CJTA 3SUOA 2GBZA 4M3ZA 1KLMA 1SKRA 1QSLA 4LH4A 3HPHA 4DU1A 1TK8A 3D45A 4CHYA 3ZSVA 1VSFA 1B9DA 2DFHA 4AHSA 3K57A 3SI6A 2HMIA 2X78A 4HCCA 1LWCA 5HLFA 4QOZB 1U45A 3F9KA 3NBPA 4CJUA 4FJHA 3ZSRA 3O3GA 3RMCA 3HYFA 4DU3A 2G8WA 4O44A 3VQEA 4W5NA 4F2SA 1X9WA 5CYQA 3OYJA 1YTUA 1EP4A 2F8TA 3NAEA 3OYKA 4M3TA 1DTQA 5SZTA 4FLVA 3NF9A 3CFRA 1U49A 3TARA 1L5UA 3QNNA 2QXFA 1BQMA 3NF6A 3P1GA 3KLIA 1A5VA 3LP0A 1DLOA 1EXQA 4RW9A 4I9QA 1MU2A 2BE2A 4KPYA 3HVTA 2Z1GA 3IS9A 3NDKA 1KVAA 1JLBA 2FC0A 3MEDA 4E7JA 3TABA 4IFVA 1QHTA 4DSKA 4KFBA 1WSHA 3AVFA 1VSHA 4YFUA 1WSEA 2ZD1A 1KCFA 1VRUA 5EU7A 3NH0A 4CJLA 4E19A 3D0PA 4CEFA 2P5OA 3SCXA 1NK0A 3L2VA 1ZYQA 5CZ2A 3I8DA 1XHZA 4FJIA 4Q5VA 4JRPA 4FLUA 1W9HA 1SUQA 3DOKA 4K8ZA 4PWDA 1U48A 3OY9A 5CY4A 3AO5A 4ID1A 4EP4A 3AVGA 3AVMA 1JKHA 1TKZA 1DTTA 4G1QA 3NH2A 1C6VA 1IKYA 4M45A 3ULDA 4F2RA 4NCBA 1TV6A 4KHSA 4Q0BA 4KREA 1VRTA 4CGDA 1D9DA 4PQUA 1SKSA 1RBSA 2OZSA 3AVJA 1HQEA 1J9AA 3G10A 4CEOA 3EY1A 5J2PA 4B3OA 1J54A 4E1NA 3LWLA 2IC3A 3C6TA 3LWMA 3KLHA 4CEAA 4BDYA 1RT6A 3AVKA 2HHVA 3V6DA 5CYMA 4W5TA 1VSKA 4CESA 1RNHA 1TAQA 5C24A 1HPZA 3V9ZA 4CHZA 3TI0A 1X9SA 3V1RA 4FJ5A 5I42A 1LAWA 3TAGA 4PY5A 4QAGA 1KTQA 3BDPA 3C6UA 3CM6A 4CHOA 1S1VA 1K6YA 4FCYA 4BACA 3DRPA 4DTUA 4E0DA 1HNIA 2KQ2A 1ZBUA 1NOYA 5HBMA 3OS2A 3ZT0A 1KFSA 2DTUA 1UA0A 3CM5A 4DS5A 3V81A 1X9MA 2HW3A 4B9NA 2BGGA 2E6LA 3RTVA 3ZSQA 4FJGA 3KD5E 3SUQA 3PO5A 4L8RB 3DLKA 4NYFA 3OYNA 4DF8A 3CQ8A 1NJYA 4DTOA 2D0AA 5KRSA 3V9XA 3LAMA 4CK1A 1T05A 3IAYA 3F73A 4DSEA 4K8XA 4FYDA 2IOCA 3VQ7A 1GOAA 4DTPA 3KTQA 3IG1A 3G0ZA 4RG8A 3VN5A 1YTAA 4B9VA 4DU4A 4LY7A 4ELTA 1HMVA 1WN7A 1ITGA 1RDAA 4CEDA 4FJNA 3U3YA 4FJ8A 1ASVA 1O1WA 1JL1A 2HVHA 4BE1A 4OKEA 4ZTFA 5T7BA 2O4IA 1WSIA 2VWKA 1REVA 3KJVA 3KK2A 3MAQA 2PYJA 4H4MA 1HJRA 4DTJA 2PY5A 3NFAA 1JLGA 2YNIA 3OS1A 3OYCA 1LWEA 2ZQBA 4O4GA 3OS0A 1L3UA 3HK2A 3AO2A 3QLHA 4CIEA 4Z4IA 2DY4A 3AV9A 3ISNC 3VQ6A 3DMJA 4ZHRA 1LAVA 2OPSA 4JLHA 5JS2A 3RR7A 3DRRA 1SL1A 4KHYA 1U47A 3ASMA 4CHQA 3PX4A 1S6QA 4CJ5A 3HPOA 1UOCA 2LSNA 4E7HA 3AA2A 3HSTB 4KO0A 3SV3A 1VSJA 4CEZA 2BDPA 1F21A 4KB0A 4YNQA 1HRHA 1VSIA 1RILA 3WNEA 1VSMA 1A5WA 4CJPA 3MXJA 1IO2A 3KLEA 1EKEA 3DLRA 4E89A 4DWIA 3K59A 1RT4A 3AA4A 4DTNA 2QK9A 3I0RA 4J2AA 4CE9A 4B8CA 3VQQA 4E1MA 4CGFA 1QTMA 4CJ4A 1JLFA 1CXUA 1ZBFA 3ZSYA 4DLGA 2XO7A 2PYLA 3TAFA 1EETA 1Q9YA 2ETJA 4F3OA 4OJRA 4HVJA 1C0UA 2VG7A 3VA0A 4O5BA 1NK6A 4FXDA 4FLZA 4CF2A 4N56A 3SV4A 3CG7A 2WOMA 3VQ4A 3L3UA 1S5JA 4AHVA 4CGHA 4CIFA 1XC9A 4ELVA 2QKBA 3AVIA 4AHRA 1JLEA 3K2PA 2NUBA 3THVA 3M8SA 4EZ9A 4KTZA 4BWMA 1NK8A 1NKEA 2KZMA 2YKNA 5J1EA 4HTUA 3DOLA 3RMAA 2VG5A 4ICLA 3T19A 2VWJA 4CJEA 4F4KA 4ID5A 3TWHA 1JL2A 3PX6A 4MQ3A 1KFDA 1R0AA 1HNVA 3AVLA 2HNDA 1S6PA 3WNGA 1BI4A 4OGEA 3TR8A 4UQGA 1RT7A 4DQQA 4KHWA 3HVRA 4DS4A 1SL0A 1YT3A 3K58A 2KTQA 1BIUA 3DLBA 3HT3A 4E3SA 3QEVA 5HROA 5I3UA 2JGUA 1NK7A 4E7LA 3SQ1A 1D5AA 3LP3A 1IH7A 4DFMA 4RW7A 2P5GA 3QETA 4KRFA 3KKRA 4DG1A 4O0IA 2OPPA 1BL3A 2XY8A 3NGZA 4OPKA 1VK0A 3RWUA 2HVIA 2FBYA 3VQCA 1LWFA 1BCOA 3K5OA 3IRXA 1N6QA 3AVAA 5HRRA 5E41A 3AVBA 2DFEA 2Z1HA 3DM2A 3LAKA 4RW6A 4DSLA 3AA3A 4KTQA 5D3GA 1VSDA 4CGGA 3LZIA 1KSPA 4CFBA 2WONA 3QNOA 1TKDA 3QERA 4H4OA 2D0BA 5C42A 1D8YA 1WAJA 3LALA 2A1SA 2BANA 3SNNA 1T7PA 1ZBHA 3RR8A 5C25A 1KLNA 3T3FA 1QE1A 4CFAA 3V9UA 1FK9A 4PA1A 3DYAA 3ZSXA 2Y1JA 1HYSA 3SPYA 1GOBA 4CGIA 3DLHA 1HQUA 3AO3A 3E01A 3VQDA 4B8AB 1WAFA 4CJ3A 3S3MA 4B9MA 3CFOA 1UWBA 4DFJA 3SJJA 3B6OA 2P51A 3S3OA 1L3SA 4C8MA 4RW4A 2G8FA 2D0CA 3V4IA 2HB5A 2EHGA 4CK3A 1RTDA 2KFNA 3MEGA 1C0MA 2B5JA 3NF7A 1RTJA 4NCGA 3M8RA 4Y1DA 1XHXA 4CK2A 4DLEA 3ZT3A 5CZ1A 3OYLA 2QKKA 4KAZA 4CF9A 2D5RA 4M3WA 4JS5A 3AVCA 1RBUA 3MECA 4DMNA 2YNHA 5K14A 3M8QA 1TVRA 1UA1A 5HRPA 4FM2A 4CJWA 4JS4A 3KLGA 4J2BA 1B9FA 3SQ0A 1L3VA 5SWMA 4Z0UA 3EYZA 3CFPA 4Z4EA 3QEXA 3MEEA 4W5RA 4I2QA 1VSLA 4GMJB 4AHUA 2RN2A 4DTSA 3L2WA 4B9UA 2HHUA 1KVCA 4IFYA 3PV8A 2A1RA 3MXIA 2HNZA 2JLEA 3OYGA 4N47A 2Y1IA 3V1OA 4GVMA 3S9HA 4CEEA 4CF8A 4FZZA 1HYVA 3SZ2A 1X1PA 4KHNA 4FJ7A 3C94A 2B6AA 4DSFA 4BDZA 4J2EA 3DLEA 3LP2A 4LH5A 1CXQA 4CEQA 4CJFA 2XY6A 3SQ4A 4OLAA 1NK4A 3VQPA 3ALYA 3SQ2A 4DQIA 1Q9XA 3NHGA 3MXMA 4J2DA 4FLYA 5KGXA 1J5OA 4BDPA 1UAXA 1ASWA 1TGOA 3PX0A 1G15A 1CLQA 5FRNA 4O0JA 3SPZA 3K5LA 1A5XA 5KRTA 2G8VA 1B92A 1T03A 4CHNA 1ASUA 1RT5A 3ZT1A 4W5QA 3AVHA 4CJVA 4HUFA 2RPIA 4B08A 1T8EA 1KVBA 1SL2A 1I3AA 1FKPA 2ITGA 3OYHA 3LPTA 3ZSWA 1TL3A 4KTWA 3VQ9A 1IG9A 4FW2A 1I39A 4W5OA 4CGJA 3QEIA 3DLGA 1HYZA 2Z1JA 1JLQA 4O55A 4C8OA 2ZE2A 4FJKA 3NE6A 1NK9A 1RDCA 3S3NA 4FJLA 2EX3A 3NCIA 4IG3A 2YHBA 4KB1A 1BHLA 4LSNA 3HM9A 1NK5A 1NJZA 2PZSA 4C8KA 4Z4GA 1NJWA 1LW2A 4B9LA 3P83D 3WNHA 3ZSZA 2G8IA 4C8NA 1CZ9A 3AVNA 2P1JA 4CEBA 1JXBA 1C1AA 4I7FA 4Z4HA 4N76A 4DFKA 1S1XA 1WNSA 4H8KA 1WSJA 4DFPA 2F8SA 4FLWA 4QCLA 1BCMA 1JXEA 2O4GA 3O4QA 3QINA 2B4JA 2X6SA 1WLJA 2OPQA 3DI6A 3UIQA 3O3HA 3U6FA 2XY7A 1IKVA 2OPRA 1U04A 1ZBIA 1RDDA 5J2NA 1FXXA 4DSJA 4HHTA 4ZTJA 3VQBA 2YHAA 2G8HA 5HRSA 4BWJA 3LDSA 4M3UA 2G8UA 4OGCA 1U4BA 2HHWA 1RBRA 4CFDA 4EZ6A 3KD1E 3CYMA 3V9SA 1QSYA 3VQ5A 1WSGA 4FVMA 3LZJA 2XY5A 3OYIA 1J53A 1XI1A 2YNGA 3HO1A 4DQRA 1QS4A 1RT3A 3QIPA 3PY8A 1YVUA 3HP6A 1C1BA 3U3GA 1ZBLA 3I0SA 2GV9A 4C8LA 1BGXT 3QEWA 2I5JA 1L3TA 4XIUA 3TAEA 1RBVA 4LSLA 3KLFA 1NJXA 1D9FA 5KI6A 3L3VA 1BQNA 2IGIA 3OYEA 3O3FA 3NGIA 3V9WA 2X6NA 2RF2A 3BGRA 5KTQA 4AILC 1NKCA 4HUEA 1LV5A 4M42A 4FM1A 2HHQA 4CF0A 4N41A 4IDKA 4CERA 3L2UA 4B9TA 4DTXA 2IAJA 1Y97A 4JRQA 2X74A 1N5YA 3ZT2A 4KV8A 3L2QA 4NCAA 2G8KA 4KI6A 1WSFA 3HL8A 4E7IA 3JSMA 3VQAA 2KZZA 4OPJA 3OYFA 3HXMA 3DRSA 4LD0A 3V1QA 4R5PA 3OYMA 3PO4A 4E7KA 4CCHA 3OJUA 1C0TA 4BE0A 1SKWA 5FDLA 1RDBA 3QEPA 4KHQA 3TAMA 4KI4A 3VA3A 3LP1A 5FRMA 3P5JA 4M3XA 1SV5A 4OVLA 4KKOA 2Z1IA 4CJQA 2ATQA 4FM0A 1S1TA 4I2PA 3ZCMA 3QESA 4IBNA 1S9EA 1VSEA 1BISA 2GUIA 3QIOA 4TSXA 1CZBA 3SYZA 3RRHA 1JLCA 2IS3A 2R7YA 1TAUA 5HRNA 1TKXA 3NF8A 4CIGA 1NOZA 3LPUA 4HCBA 3VQ8A 2HHSA 3HPGA 2VG6A 4FK4A 1Q8IA 4KHUA 3PUFA 5FROA 2E4LA 2OZMA 1S9GA 4CJKA 2DFFA 2FBVA 3FFIA 4CFCA 2KW4A 4M3RA 3AA5X 3ZSOA 4AHTA 1TK0A 3H08A 1EX4A 3T1AA 1TKTA 2RKIA 1W0HA 3RRGA 1NKBA 4ELUA 3WNFA 4F8RA 1RT1A 1IKWA 3AO1A 4B9SA 3TANA 4CECA 5JS1A 2F96A 1TL1A 4FK2A 4FJ9A 3C95A 3RMDA 4DTMA 4FLTA 3OVNA 3ITHA 2YNFA 1RCHA 2YV0X 4PUOA 3EZ5A 3OJSA 1KRPA 4DQPA 3RMBA 2KFZA 1IKXA 4WE1A 4M41A 3ZT4A 3OYDA 3HP9A 1RBTA 1S1WA 5DK5A 5J2QA 4BE2A 1TK5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J2MA 4IG0A 3D2FA 1E4GT 4H5VA 4CJSA 4HUGA 3QO9A 3O4NA 2A3ZA 4OLBA 4H0XB 4N5SA 4X64K 3TAQA 4RW8A 3ENBA 4OX9K 1M1KO 1TYQB 4CJRA 4RWTA 3F5TA 4FJXA 1BIZA 1RTHA 3FR0A 4FJJA 3WXJA 2Q3SA 4FW1A 3QBWA 4H0OA 2FBXA 3CJ7A 4YOYA 4DSIA 1QQCA 3M8PA 3ULEA 3KIOA 2IDOA 2D0OA 4JN4A 5EY4A 1BI4B 4GV9A 3GG4A 3OBWA 3SUOA 3UKRB 4DU1A 2DFHA 3SI6A 2HMIA 4K25A 4HCCA 2WBNA 1U45A 3NBPA 3C6HA 4CJUA 4FJHA 5KQDA 3O9TA 2G8WA 3CD6N 3OYJA 3A5NC 1DTQA 5SZTA 3NF9A 2BH1A 3NF6A 3P1GA 2Q0UA 1DLOA 4RW9A 4DV4K 2BE2A 3IS9A 1V4TA 3O5BA 5AQKA 1JLBA 4E7JA 3TABA 1HUXA 2E2QA 1QHTA 4MLEA 4KFBA 3KK3A 1NJYA 1WSEA 1X3MA 2A41A 1VRUA 5BN9A 2NNWA 1ZYQA 5CZ2A 1XHZA 2P9PA 4Q5VA 4JRPA 1KAXA 2CGJA 3AO5A 4ID1A 1JKHA 4Q0BA 2ASOA 4CGDA 2Q36A 3EO3A 4WFNL 3VEYA 4CEOA 1YAGA 4E1NA 3LWMA 3C6TA 3KLHA 3GL1A 4EHUA 2HHVA 1VQON 4CESA 3MX5A 5C24A 3TI0A 1X9SA 4CHZA 4FJ5A 3DXKB 4BY9C 4X65K 1N33K 4PY5A 4QAGA 3C6UA 1W97L 3CQYA 3CM6A 4E0DA 1S1VA 1K6YA 3CJ9A 3DRPA 2KQ2A 1ZBUA 5M1FA 5HBMA 1NOYA 3OS2A 3ZT0A 2DPNA 1UA0A 3V81A 1V4SA 2O8EB 1RDUA 3O4WA 4FJGA 4JI3K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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