1ASVA

Avian sarcoma virus integrase catalytic core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-resolution structure of the catalytic domain of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Avian sarcoma virus
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 49
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1asvA00
4E3SA 4CE9A 3QLHA 3KJVA 4FM0A 3HVTA 4EZ6A 3AVLA 1YTAA 3KIOA 1X1PA 3AO1A 3DRPA 3PX4A 1X9WA 3ZT2A 2E4LA 3C6UA 1N5YA 4F2RA 1HYZA 4JS5A 5C25A 3LP1A 3NGYA 4UQGA 4FM1A 3B6OA 1WSEA 2HNYA 1UWBA 3DMJA 4CJKA 1HRHA 4BDZA 3WNGA 3OYIA 3ZSRA 3HYFA 2XY8A 2Z1GA 4CJSA 1HYSA 4BE2A 5CZ2A 4CFBA 1IG9A 4FJ9A 2PZSA 1F21A 4HCCA 1RTIA 3AVJA 4CEDA 4M3TA 5HLFA 1JLGA 1TKDA 3F9KA 4DLGA 1HQUA 1I3AA 3CM6A 2XRIA 3H08A 4DTJA 1NOZA 3S3OA 1B9DA 3KK2A 3TAPA 1L3SA 4F4KA 4FZYA 4FLZA 2RPIA 4CGJA 1TK0A 5JS1A 3NH2A 1NK7A 1SL0A 3ZT0A 4C8MA 3K2PA 2EX3A 1WNSA 3HT3A 2B4JA 3HP6A 1VSHA 2F8TA 5KGWA 1NK8A 1VSDA 3KD5E 4DFMA 4DTMA 3RRHA 1FXXA 2YNGA 4FLVA 3NHGA 2ETJA 1ZBHA 4FK4A 2LSNA 4CF2A 1IO2A 4DG1A 1L3UA 1TKZA 4CJ3A 3M8RA 3ALYA 3TANA 4ELUA 2IOCA 4CF1A 4CJPA 4TSXA 4PA1A 3LP3A 1UAXA 3DRRA 3OYCA 3OS1A 3SI6A 3A2FA 4IKFA 3F73A 4AHRA 3AV9A 4F3OA 2JGUA 1TL1A 2QKBA 3RR7A 4OKEA 3DLBA 4CHOA 3O4NA 1NK0A 3ISNC 4E7LA 3V1RA 4Z4GA 1JL2A 4FJGA 4KV8A 3QIPA 4G1QA 3KLHA 2VWKA 3ZSQA 4N41A 1DTTA 3LAMA 1JLAA 4FZZA 2O4GA 3ZSZA 1QS4A 2IC3A 4XIUA 3MXIA 4L8RB 5FROA 4FLWA 2HB5A 4FJ5A 4M3YA 3DOLA 2DY4A 2IS3A 1FK9A 5KRSA 4KPYA 4DSLA 2D0BA 3AVNA 2YNHA 4CERA 1T7PA 2YHAA 1S9EA 1A5VA 2FBYA 3NAEA 3MEEA 1CZBA 3IG1A 2P51A 4O4GA 4BWJA 4FJXA 1S1VA 5SZTA 4E7IA 2G8FA 3LZJA 4DTNA 3SZ2A 5KTQA 4KO0A 1BI4B 1VRTA 4B08A 3HM9A 4AHSA 3LWLA 4Z4IA 1VSKA 2KW4A 2G8VA 1B92A 1WN7A 4LY7A 4CJWA 1L5UA 2X6SA 3NE6A 3U3GA 1QTMA 4NCBA 4GVMA 4FJLA 2A1RA 2HNDA 3OYAA 1BCMA 3T3FA 1ZYQA 1RBVA 3TI0A 1NK4A 1U47A 3AVKA 1RT4A 4B9VA 4H4OA 4FJIA 4J2AA 4KHYA 1S1WA 1Z25A 2BANA 3M8QA 1IH7A 4E7JA 3KKRA 4F2SA 3SCXA 1TV6A 2F96A 4H8KA 4CGGA 3QEIA 2OYQA 2YNFA 5C42A 4KI4A 3VA0A 1IKXA 2GV9A 5KI6A 3HPOA 3EYZA 4CF9A 1YVUA 3PO4A 4PY5A 3BGRA 5J1EA 4DU4A 3MXMA 3ASMA 3LANA 4CJ5A 4EZ9A 1TKTA 3U6FA 5FRNA 1LW0A 2HHVA 3L2RA 4CEOA 3CG7A 1HJRA 1XWLA 4IG0A 2OPSA 2HHSA 4HUGA 4KB0A 4DTXA 3CYMA 2DTUA 3QESA 1NK5A 1C1AA 2G8IA 1BIUA 3QEPA 4CK2A 3M8SA 4F3TA 1VSMA 3L2WA 3CFPA 2OPPA 4E1MA 3SYZA 2RN2A 3TABA 4FXDA 3VQ6A 4Z4HA 2QKKA 1RT6A 3K5MA 1HMVA 3OYBA 4JS4A 1RT3A 4KRFA 4NYNA 4OGEA 4CJTA 1NOYA 1KRPA 1QSSA 4FCYA 3SQ1A 3HJFA 4B9NA 4Y1DA 2A1SA 4OPJA 1NJXA 4CGFA 4RW6A 1JLQA 4CJEA 1XHXA 1KLMA 1HPZA 2GBZA 4CFDA 3HPHA 4AHCA 4CEFA 4N5SA 3SPZA 4KREA 4KTZA 3O3GA 4OVLA 1TVRA 5KGXA 4B9SA 3OS2A 1YTUA 3HXMA 3NFAA 4LSLA 1GOAA 1ITGA 1W9HA 2DFHA 1N6QA 1CXQA 4NYFA 4FLUA 3DLHA 5HRNA 3KLGA 3ZT4A 3ZSYA 4AILC 4DTRA 1KCFA 4DFJA 3TAGA 1D9DA 1TK8A 3K58A 3MECA 2VG7A 1C1BA 2OA8A 5J2QA 3JSMA 1S6QA 2OZMA 1GOCA 4DTOA 1RT1A 1WAJA 4DSKA 2O4IA 1JLCA 5HRRA 2OPQA 4M3RA 4HUFA 5I42A 4O44A 2BDPA 4FJNA 4FYDA 1WLJA 4E7KA 3V81A 3DRSA 5J2MA 4AHUA 2HNZA 3O4QA 1EX4A 4HUEA 4I2PA 4E1NA 1VRUA 2JLEA 1NKCA 1QSLA 2KQ2A 4LD0A 4E19A 3CQ8A 4Z0UA 3L2VA 1LAVA 4QOZB 1NKBA 1T8EA 4KHNA 1RDDA 4JRPA 3SQ2A 3LP2A 1U4BA 3HSTB 3VQ8A 4KHQA 5CY4A 1D5AA 4HCBA 4JRQA 2YHBA 2HW3A 1CLQA 1U45A 4ID5A 1Q9YA 2FC0A 3P83D 4JLHA 1SKWA 4GMJB 3VQ4A 2XY6A 3SJJA 4RW7A 3ZSXA 3TAEA 3NDKA 1TAUA 1GOBA 1HNIA 4CHYA 1RDCA 3B6PA 4CHNA 3VA3A 1C0TA 3AVMA 3OYLA 4DFPA 3HL8A 3PX0A 3LAKA 3G10A 2YKNA 3MEDA 3V1QA 1U48A 3VQ5A 4FK2A 4CFAA 1VSJA 3LWMA 4B9TA 4LSNA 3LDSA 4FW1A 4Y1CA 1ZBFA 4DMNA 3KLEA 4DLEA 2XHBA 1LV5A 3L8BA 2DFEA 4IDKA 4LH4A 3K57A 3VN5A 3C94A 1WSHA 3AVHA 3VQPA 3PV8A 4Q0BA 3S3NA 1U04A 3ZSVA 3NH1A 3UIQA 1A5WA 2XY7A 1UA1A 3P1GA 4GW6A 1B9FA 4CEAA 1EKEA 1WSJA 3SQ4A 4FM2A 3PY8A 1XI1A 1UA0A 1KTQA 4YNQA 3SUNA 1RT7A 1ZBUA 4DQQA 3MEGA 4DF4A 4AHTA 3TR8A 4DF8A 1BQMA 4KHUA 4KHWA 1O1WA 3DLKA 3ZSWA 3AA5X 4W5RA 3TAQA 4FLYA 4O55A 3OYDA 4BDYA 1DLOA 1KLNA 3OJSA 5I3UA 4K8XA 4CJUA 4I9LA 3O3FA 3VQQA 2FBXA 4KTWA 1NJYA 4FJHA 3LZIA 1ZBLA 1LWCA 1JLBA 4ICLA 1VSFA 5CYMA 3TAMA 3VQDA 4N56A 4W5TA 1C6VA 3OJUA 3QEXA 4C8OA 4OLAA 5KRTA 2HHUA 5HRPA 4E7HA 3VQAA 4O0JA 1X9SA 3KLFA 4C8KA 4J2BA 3TAFA 4R5PA 1C0MA 2Q3SA 3P5JA 4B9UA 4QAGA 1QQCA 5HBMA 4CEQA 2VG6A 4CF8A 4EP4A 4ZHRA 4E89A 4CIGA 2ZD1A 3JYTA 3ULDA 2D5RA 2ZQBA 2AJQA 2IAJA 3LPUA 4CIEA 4DSIA 3V9XA 1QSYA 2QXFA 2Z1HA 3SV4A 1KFSA 1RILA 3HVRA 4E0DA 3ZT1A 4FJMA 4QCLA 3OYEA 2HVIA 3DLGA 3K5OA 2HMIA 4KAZA 2HHXA 2EHGA 4CJFA 4KFBA 1ASUA 5FDLA 1RBRA 4OPKA 3QNOA 1ASWA 1Z26A 3S3MA 1BISA 1BGXT 2VG5A 5HRSA 3U3YA 4DSEA 3AVFA 4C8NA 3NCIA 3KTQA 1XC9A 4W5QA 4CCHA 3C6TA 1WSGA 1IKWA 4M3ZA 1VK0A 2X78A 4DSFA 3NF9A 3V9UA 3WNFA 1WSIA 3AO3A 3QERA 3QEWA 1RDBA 4CJ4A 4DTPA 3MXJA 1T05A 1SL2A 2PYLA 2KZMA 1BQNA 4RG8A 5C24A 3DM2A 3RTVA 1IKVA 3DLRA 3O3HA 1KVAA 1X9MA 3KD1E 4FJJA 4FJ7A 3NF7A 1NJZA 4CJLA 4CEZA 1IKYA 4CJQA 2BGGA 4OLBA 1RTHA 2P5OA 3K59A 5K14A 2BE2A 1NK6A 3WNHA 1FKOA 1D9FA 4YFUA 5D3GA 1SV5A 4ELTA 3AA4A 3C95A 1WSFA 5SWMA 3T1AA 4KKOA 3RRGA 1RT2A 4OGCA 4DU3A 3G0ZA 1MU2A 2B6AA 1RCHA 1L3TA 1S1UA 4CJRA 2XY5A 4J2EA 3L2QA 1NK9A 4J2DA 4BE1A 1S5JA 2QK9A 2KTQA 3K5LA 3HPGA 2G8WA 4CEEA 3KLIA 1EP4A 2Y1IA 4KTQA 1TL3A 3SUQA 4FVMA 4RW4A 5HP1A 1DTQA 1QE1A 4FJKA 4M3UA 2FBVA 4I2QA 2WONA 4ID1A 2YKMA 5DK5A 1CXUA 3QETA 3NGZA 3AVCA 3SV3A 4CFCA 1RNHA 3AO2A 4IFYA 2IGIA 5E41A 2PY5A 3HP9A 4CK3A 1J9AA 1KVBA 2KFNA 1TKXA 3KK3A 4PQUA 3MAQA 3T19A 2P5GA 3NF6A 4K8ZA 3QEVA 5JS2A 1BIZA 3RMCA 4M42A 4DWIA 1HQEA 3OS0A 1RTDA 3I0SA 2D0CA 5FRMA 3CFRA 1U49A 4HTUA 3LALA 3ZSOA 3OYNA 3V4IA 3CFOA 3VQBA 1KFDA 2W42A 1JL1A 1J54A 2Z1IA 5CYQA 2G8HA 1QHTA 4MQ3A 3SNNA 3PX6A 3RMAA 1A5XA 1T03A 1RBTA 1Q9XA 4N76A 3ZT3A 4M3WA 3L2UA 3QO9A 3M8PA 1RTJA 4W5NA 4CHQA 1KVCA 4CGHA 2VWJA 4BDPA 4AHVA 4B8AB 4CHPA 5HROA 1NKEA 4NCAA 2HHTA 1R0AA 2XO7A 1C0UA 3ZCMA 4O5BA 4M41A 3HK2A 1REVA 3KKSA 4DS4A 3OVNA 4Z4FA 2E6LA 3OYKA 3AVAA 4CK1A 5J2PA 4AH9A 3OY9A 2R7YA 4OKJA 1YT3A 3S9HA 2HVHA 2GUIA 1JXEA 2X6NA 3CM5A 4CEBA 1S1XA 3EZ5A 5CZ1A 4FLXA 3SQ0A 1I39A 4DFKA 3K5NA 1JLFA 1LWFA 4BWMA 1VSLA 2KZZA 1VSEA 1JXBA 4DQPA 1Y97A 2RKIA 2DFFA 2Z1JA 2G8KA 3RWUA 3NBPA 3TARA 1LWEA 1BI4A 2RF2A 4BACA 1RBUA 4Q5VA 1G15A 3RR8A 4M3XA 1JKHA 4FK0A 2P1JA 3IS9A 1TAQA 3OYMA 4B3OA 5J2NA 3VQ7A 4ZTFA 4DQSA 2ITGA 2E6MA 3LP0A 1K6YA 4DQIA 3THVA 4I9QA 1ASVA 3OYJA 4EP5A 4KB1A 2FBTA 3AO4A 4H4MA 3RMBA 2HHWA 4CHZA 3BDPA 3QNNA 3OYGA 3L3UA 1LAWA 4W5OA 1RBSA 2ZE2A 3V9WA 2Y1JA 1BCOA 3KK1A 2PYJA 2IDOA 3ITHA 4FJ8A 2I5JA 4I7FA 3AA2A 3EY1A 1L3VA 4DS5A 1EETA 3AA3A 3NGIA 3DOKA 3I0RA 4DU1A 4MFBA 4OKKA 4CGIA 3E01A 3V6DA 1BHLA 4CECA 3NH0A 4Z4EA 1HYVA 1S6PA 4N47A 5EU7A 1RDAA 2WOMA 3FFIA 3D45A 3IRXA 4FW2A 4O0IA 3SPYA 4DSJA 2F8SA 3I8DA 1D8YA 1S9GA 3AO5A 3L3VA 1ZBIA 1LW2A 1VSIA 1FKPA 1BL3A 4KHSA 1C1CA 3QIOA 4DQRA 2D0AA 4CIFA 4C8LA 1UOCA 4DTSA 1W0HA 4Z4CA 1KSPA 1SL1A 1JLEA 3V9ZA 1TGOA 2YNIA 3AVIA 3VQCA 4BE0A 3TWHA 4ZTJA 3DI6A 4F8RA 3WNEA 4FZXC 3AVGA 3DYAA 1HNVA 3OYFA 1SKRA 4RW8A 3DLEA 3PUFA 4IG3A 4WE1A 3V9SA 1XHZA 3V1OA 4B9LA 1RT5A 3D0PA 1S1TA 3PO5A 3SUOA 4B9MA 4CGDA 4PUOA 4LH5A 4RW9A 3IAYA 4M45A 4KI6A 1WAFA 1TK5A 4CF0A 4CESA 3SUPA 3VQ9A 4CJVA 1SKSA 4HVJA 2YV0X 4DTUA 3HO1A 3QINA 2KFZA 4NCGA 2ATQA 1CZ9A 3RMDA 4B8CA 1J53A 1NJWA 4OJRA 4IBNA 3VQEA 5T7BA 1J5OA 2OZSA 1Q8IA 2X74A 1SUQA 4IFVA 2HHQA 3AVBA 4PWDA 3NF8A 2G8UA 2B5JA 2OPRA 3LPTA 3OYHA 4FLTA 1EXQA 4HHTA 2NUBA 5DMRA 4ELVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KJVA 1YTAA 3DRPA 3ZT2A 4F2RA 1N5YA 1HYZA 2OANA 4JS5A 3NGYA 3O9RA 4A59A 2HNYA 1UWBA 3VEWA 1HRHA 3OYIA 3G6EN 2XY8A 2Z1GA 4CJSA 4BRCA 4BE2A 5CZ2A 4NO7A 1IG9A 1J6ZA 1I3AA 3BP8A 3S3OA 3KK2A 1ILYA 2VWBA 2RPIA 4JKHA 3PSFA 3NH2A 1SL0A 2F8TA 2E5LK 1VSHA 4IEIA 5KGWA 3W3DA 3WXIA 4FLVA 4X65K 5KPTA 4FK4A 1ZBHA 1NWKA 3CJAA 3ALYA 3OS1A 3CMAN 4BRFA 2P9IB 3F73A 2P9PA 2QKBA 3VGKA 4G1QA 4BC2A 5FPEA 1JLAA 2O4GA 1OKJA 1QS4A 3MXIA 1BDGA 2WBNA 1C0GA 4K0KK 4DSLA 2D0BA 4CBXA 4CERA 1T7PA 3SK3A 2FBYA 2V51B 2VQFK 3THYA 4G9ZA 4FJXA 5SZTA 4E7IA 4NXMK 5HOOA 3E9LA 1VQMN 1HKGA 4Z4IA 1VSKA 5AFUA 3CCJN 3THWA 2E1ZA 4RCHA 3OA9A 3NE6A 5AQWA 4GVMA 2HNDA 4YDUA 1BU6O 1RBVA 3TI0A 2Q97A 3AVKA 1RT4A 4DB3A 4BRGA 1U47A 4GV9A 3C7NB 3M8QA 3MDQA 4E7JA 3KKRA 1NMDA 3O8MA 4CGGA 3QEIA 4KI4A 3L6QA 3EYZA 3SAFA 4CZKA 5J1EA 5C10A 3LANA 3VEZA 3L2RA 2FSJA 3CPWM 3HSCA 1NK5A 3LM2A 1S72N 2CH6A 1QVFM 3M8SA 4F3TA 3KK7A 5JLHA 4FXDA 1MWKA 4Z4HA 2O8CA 2ZF5O 1RT3A 4NYNA 1NOYA 4IZ9A 1QSSA 4B1XB 2A1SA 3JXUA 4OPJA 4JI7K 3SMSA 3CCMN 1NJXA 5AQHA 4JI8K 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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