1BHLA

Cacodylated catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
151
structure length
133
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 43
structure length 133
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bhlA00
3C94A 4IKFA 4KB0A 3LALA 1GOBA 2GBZA 3AVNA 4O55A 3P5JA 4DSEA 4B9TA 3V9WA 4DFPA 1JL1A 3ULDA 1KVBA 4NYNA 4FLXA 4E0DA 1ZBHA 2OZSA 3OS2A 3LP1A 5I3UA 4DMNA 1EX4A 3K5MA 5HROA 5HLFA 1C1AA 2ATQA 3RRHA 3HXMA 5J2MA 4E7HA 3U6FA 1BI4A 4CJTA 3VQ7A 3O3FA 4E3SA 1KCFA 4CEOA 1HYSA 4DF4A 3ZSVA 5C42A 3VQEA 4B8AB 2B4JA 3TANA 1RT4A 4YFUA 4PUOA 4CJEA 3RMAA 1VSKA 4FM1A 5KTQA 5D3GA 4BE1A 3ZSWA 3DRPA 5KI6A 3PO4A 3DLKA 1HNIA 3OYIA 1LV5A 4I7FA 3WNHA 4OVLA 1UWBA 3OYBA 4DQSA 4OJRA 1RTDA 1LWCA 1JLFA 4FZXC 4L8RB 1QHTA 3NH1A 2G8VA 3KLFA 3M8SA 1L3SA 4ELVA 4BDPA 3VN5A 3OYFA 4FJJA 4XIUA 3L8BA 2P5OA 3KLEA 3OYGA 3M8RA 1FKPA 3VQ8A 1X9SA 4KFBA 4DSKA 4ELTA 3RWUA 4JS4A 3L2RA 2JLEA 1SL2A 1S1WA 1YT3A 2Y1JA 2DTUA 3HT3A 1W9HA 4CESA 1UA0A 2A1RA 4FLTA 4PY5A 3DRSA 3I0SA 2FBTA 4B3OA 4M3ZA 1HMVA 1TKXA 2IOCA 4O44A 4CJWA 3LZIA 3ASMA 5I42A 3DMJA 4AILC 1SL1A 4FJLA 1MU2A 1LAWA 2WONA 3L2UA 4CHOA 1RTHA 1U49A 4DTNA 2ZD1A 4CHPA 4CFCA 3ITHA 4EP4A 4K8XA 4CJLA 1RBSA 4PA1A 1T05A 2HHWA 3OYKA 1TGOA 4CIEA 3OS0A 4OKKA 3EYZA 4C8LA 3C6TA 4DQPA 4FJ8A 4Z4IA 3HPHA 1LWFA 1VSFA 3KKSA 4CJFA 1VSHA 2X74A 4B9UA 2G8IA 4CK3A 4KI6A 4LD0A 4FCYA 3EY1A 5C25A 3OJSA 4IG3A 4KKOA 4KI4A 1BCOA 4M3RA 2F8SA 2HHTA 4ZTFA 4ICLA 3F73A 1I3AA 2G8UA 3NHGA 1EETA 3DLEA 4C8NA 4CEFA 1JLBA 3QETA 1XC9A 2VWKA 1C0UA 1D8YA 4AHRA 1ASVA 1IH7A 3CFOA 4QAGA 4M3YA 4BWJA 3RR8A 3PX6A 4IFYA 1WSIA 5HBMA 1CXUA 3NDKA 3PUFA 3HVTA 5FDLA 3KD5E 3IS9A 1TKDA 4E7LA 3KLIA 4CJUA 4DTPA 2BE2A 2E4LA 3MAQA 1L3UA 2LSNA 3B6OA 1B92A 3C95A 3HJFA 4N56A 1KTQA 2YHAA 1HJRA 4CGDA 3SUOA 1KVAA 1SUQA 4M45A 4W5TA 3SQ1A 1KLNA 2IDOA 2Z1HA 5J2NA 4H8KA 1JKHA 1BHLA 1W0HA 3HYFA 3RMBA 1ASWA 1ITGA 5CY4A 1NK6A 4NCBA 2F8TA 3FFIA 1BISA 4BE0A 4OGEA 4OKEA 3TABA 4I9QA 4OKJA 4B9NA 4KHNA 4KHWA 4O5BA 3AA5X 4O0IA 3HP9A 4GW6A 1S9GA 5HRNA 3SJJA 3LAMA 3V9XA 4IBNA 1IKYA 3A2FA 4KO0A 3LAKA 3LPUA 5HRRA 2YNHA 1KRPA 3AVBA 3V1OA 4LSLA 3SUPA 4CGIA 4Z4CA 4DTRA 3LPTA 3M8QA 4O0JA 3VQBA 4CEZA 4B9VA 2YNGA 3NE6A 2OPSA 2Y1IA 1S9EA 3V6DA 4I2PA 4YNQA 3ZCMA 3UIQA 3HPOA 4CJRA 3PX4A 1RTJA 1Q8IA 2HNZA 4KTZA 4E89A 1NK8A 1QSSA 2HB5A 1SKRA 4K8ZA 5J1EA 4M3XA 4BE2A 4W5RA 4C8MA 1CZ9A 3NGIA 1NK9A 1TAUA 3ZSOA 4DFJA 2QK9A 4IDKA 4FK4A 1C1BA 4DTMA 3AO5A 3SI6A 3WNFA 3V4IA 2G8FA 2PY5A 2JGUA 3SV4A 4FK2A 4OPKA 3PY8A 4FJXA 1SL0A 1WN7A 3JSMA 3LANA 4DF8A 4KPYA 4CF0A 4MFBA 4Z0UA 1KFDA 4CERA 2BANA 1L3TA 4DQIA 4AHTA 4LH5A 3DM2A 4FZYA 1RBTA 2YNFA 1RDCA 1WNSA 2XY8A 2X6NA 1HNVA 1YVUA 3TAPA 3K5LA 2OPPA 3KD1E 2DFEA 4M3TA 4F3OA 3MXMA 2P51A 1IG9A 4KTWA 1HRHA 4JLHA 3LWMA 1IO2A 3U3GA 5E41A 3QNNA 3S9HA 2PYLA 3V1RA 4B8CA 4CGFA 1RDBA 1VSJA 3CM5A 4AH9A 4ELUA 2OPRA 3O4QA 5K14A 1FXXA 4Z4HA 3VQ5A 3C6UA 4CF9A 2EHGA 2Z1IA 5FRNA 2FBVA 4DU3A 4BDYA 3NGZA 1BL3A 4E7KA 1BCMA 2Q3SA 3PV8A 2OYQA 2RKIA 3VQDA 3KLGA 2HHVA 2KW4A 4F4KA 3SYZA 1NK0A 3DLGA 4RG8A 3ALYA 1ZBLA 5J2QA 2HVHA 3DLRA 2I5JA 3VQQA 4CEAA 1RILA 4KHSA 1FK9A 3NAEA 4R5PA 1VSLA 2KQ2A 1SKSA 1J5OA 1QSLA 3SQ4A 1F21A 4UQGA 4DSIA 4ZHRA 1TK5A 4FK0A 1CXQA 4FJIA 1VSIA 1U04A 1S6PA 1Q9YA 3O3HA 1BGXT 1TL1A 1REVA 1TVRA 3DRRA 3SCXA 3AO2A 1TK8A 1KSPA 1B9DA 4N47A 3ZSQA 1KFSA 1JLAA 4GMJB 1S5JA 3BGRA 3SV3A 3VQAA 4E1MA 1ASUA 4Q5VA 5KRTA 5DK5A 4CJSA 3OYCA 4M3WA 4BDZA 4CEEA 2O4IA 1KLMA 3AA4A 4H4OA 3T1AA 3VQ6A 1JXEA 3ISNC 2XO7A 3LDSA 2DFFA 3K59A 4J2BA 4KHUA 3G0ZA 2OA8A 3RR7A 3SNNA 2OZMA 3LWLA 1IKXA 3PO5A 1CZBA 2A1SA 4E7IA 1IKVA 4CECA 4FW1A 3S3NA 4TSXA 3AVIA 4DSJA 4PQUA 2QKKA 5C24A 3AO3A 3V9ZA 2Z1JA 4DQRA 3O3GA 3TAFA 1C0MA 1WAJA 4Y1CA 3VA3A 4CHQA 3DLBA 4CJQA 3LP3A 4PWDA 2HVIA 1RT1A 3SZ2A 5EU7A 3TAGA 3L2QA 1BQMA 4EP5A 2P5GA 3PX0A 3SUNA 4B9LA 3DOLA 3NF9A 2B6AA 4MQ3A 4FM2A 5CZ1A 3QIPA 3OYEA 4HHTA 2X6SA 3OYLA 4F8RA 1EXQA 3NGYA 3DI6A 1D5AA 3AVJA 2FC0A 4FW2A 3QEXA 3KKRA 1TKZA 3SQ0A 4KREA 1BI4B 3ZT3A 4DSLA 3RRGA 1RBRA 4I9LA 5J2PA 2RF2A 4F3TA 4AHUA 1NKCA 3AVHA 1RT3A 4EZ6A 3AO1A 2GV9A 4FZZA 3V1QA 1G15A 4FJ5A 5HRSA 3KK1A 2DY4A 2RPIA 3VQPA 3RMCA 2NUBA 4KHYA 3MEGA 4DFKA 2VG6A 4OLBA 1Q9XA 1Z25A 1TAQA 3M8PA 4CCHA 1EP4A 5T7BA 1ZBFA 3V9SA 1X1PA 2P1JA 4FJMA 1VRTA 3NF7A 1HQUA 2ITGA 3SQ2A 1NK7A 1R0AA 3VQ9A 1NK4A 4FLZA 2HHSA 2RN2A 4CJ4A 4CF2A 4Z4GA 1BIZA 1A5XA 3QEVA 2HHUA 3TAMA 1ZBUA 3JYTA 4DU1A 3DLHA 2HHQA 4RW7A 4AHSA 3QERA 4DU4A 1JLQA 1NKBA 3KK2A 4IFVA 1QTMA 3NH2A 4CJ3A 4DQQA 4ZTJA 3TARA 3LZJA 4HCBA 3MXIA 2IC3A 4B9SA 3ZT1A 1UOCA 4KAZA 3P83D 3QEWA 3AO4A 4BWMA 1TKTA 1FKOA 4FXDA 4LY7A 1D9FA 4FM0A 3ZT0A 1C6VA 4QCLA 3AVMA 1GOCA 1DTTA 4OPJA 2QKBA 2XRIA 4W5OA 1X9WA 1JLEA 5FROA 1XI1A 1NJYA 3ZT2A 1O1WA 2XY6A 4CF8A 1SKWA 3I0RA 4Z4EA 1WSFA 4FJGA 2KTQA 2VG7A 4KRFA 3B6PA 3OJUA 1U45A 3V9UA 1RDDA 2IAJA 4AHVA 4M41A 3QO9A 5KGWA 1UAXA 1T03A 4KB1A 1LW0A 2D5RA 3MECA 2XHBA 2IS3A 4FLUA 2XY7A 4N5SA 4HVJA 3T3FA 4CIGA 4KTQA 3K5NA 4C8OA 2DFHA 2HNDA 2WOMA 3QEIA 4KHQA 3CYMA 4FJHA 4CE9A 4F2SA 1S6QA 4ID1A 3WNEA 2AJQA 1HPZA 1RTIA 3VQ4A 1NJZA 2E6MA 3IAYA 1XHZA 1TV6A 1B9FA 1HYZA 4E7JA 4E19A 4QOZB 4G1QA 1RT6A 1QSYA 3NH0A 1WLJA 3DYAA 4DTJA 4AHCA 2FBYA 3TAQA 2W42A 1S1VA 4RW9A 3T19A 1N6QA 4DFMA 3NF6A 3CQ8A 2KZZA 1T8EA 1GOAA 3HL8A 4RW4A 1YTAA 2G8HA 1CLQA 4DSFA 1J53A 3CFPA 1HYVA 3AVFA 3L3VA 3D0PA 2ZQBA 5KGXA 5DMRA 3EZ5A 4FJ9A 4DTSA 2E6LA 4LSNA 3OYHA 1WSGA 1SV5A 4M42A 4LH4A 3OYNA 1J54A 4KV8A 4FVMA 1NK5A 4I2QA 1NOYA 4DTUA 4JS5A 1Z26A 1A5VA 1DLOA 1TK0A 3HM9A 3CG7A 3ZSZA 4O4GA 2X78A 3ZSRA 3K2PA 1QQCA 4HUFA 2ETJA 4GVMA 1I39A 1VSEA 4CEQA 3VQCA 2YV0X 3ZSYA 3QNOA 2HMIA 3HVRA 1RT7A 2G8WA 3OY9A 2YHBA 4J2EA 1JL2A 3L3UA 2HHXA 2YKMA 4CFBA 1RCHA 1RT5A 2GUIA 4E1NA 3OS1A 2FBXA 3OYMA 4DS5A 4DG1A 3D45A 1U4BA 3HPGA 4CFDA 2OPQA 3L2VA 2G8KA 1YTUA 2YKNA 1S1TA 2QXFA 3KLHA 1A5WA 4FLVA 1WSJA 1RBVA 4DWIA 3SPYA 2ZE2A 3LP0A 1QS4A 4FLYA 1S1XA 4DLEA 1L3VA 5CYQA 3OYAA 2O4GA 4N76A 3AVAA 4CFAA 3KK3A 2BGGA 4DS4A 3RMDA 5HP1A 4CJVA 5FRMA 4CGGA 1JLGA 4J2DA 1VSMA 1UA1A 4C8KA 4RW6A 3L2WA 1L5UA 4FJ7A 3ZSXA 3G10A 3U3YA 1KVCA 3QLHA 1NOZA 3DOKA 3SUQA 3TAEA 3IG1A 1LW2A 1X9MA 1LAVA 1J9AA 1DTQA 1XHXA 4HUGA 3OYJA 4W5QA 3QEPA 3HSTB 4FJNA 3V81A 4Q0BA 4NCGA 2D0BA 1D9DA 4ID5A 3OYDA 4M3UA 5JS1A 4DTOA 1BIUA 3QESA 4JRQA 3AA2A 3NFAA 5CZ2A 4CHYA 4FLWA 3CM6A 1WSEA 1RBUA 4W5NA 1VSDA 3KJVA 4N41A 4Y1DA 1Y97A 1C0TA 1VRUA 1WSHA 3OVNA 3LP2A 1ZYQA 3AVGA 2D0CA 4CEBA 3CFRA 4BACA 3SPZA 1RT2A 2VWJA 1T7PA 1JXBA 3AVLA 4NYFA 3I8DA 1HQEA 1NKEA 3K57A 3THVA 4Z4FA 3NBPA 2R7YA 4J2AA 3S3OA 3F9KA 4CK2A 4RW8A 1NJWA 4EZ9A 4OLAA 3K58A 4JRPA 2D0AA 2VG5A 3KTQA 4CK1A 2F96A 3H08A 3WNGA 3RTVA 4CJKA 1U47A 1VK0A 3AV9A 1BQNA 4DLGA 2B5JA 1N5YA 3K5OA 2HNYA 3QIOA 4B08A 4CJ5A 4F2RA 4NCAA 4HCCA 2IGIA 3BDPA 3HK2A 5SZTA 1JLCA 3TI0A 2KFNA 1QE1A 2KZMA 4CHNA 4FYDA 5HRPA 3IRXA 4WE1A 4HTUA 2BDPA 3HP6A 4CGJA 2Z1GA 1IKWA 1ZBIA 1RNHA 4H4MA 5JS2A 3TR8A 3O4NA 4CIFA 1LWEA 3TWHA 1C1CA 4CJPA 1U48A 2PZSA 3ZT4A 2KFZA 3MXJA 1EKEA 2HW3A 4CGHA 3AVKA 1TL3A 1XWLA 1RDAA 3QINA 1WAFA 4HUEA 3VA0A 4DTXA 3NF8A 3P1GA 3S3MA 2PYJA 4CEDA 1S1UA 3AVCA 2YNIA 5CYMA 5KRSA 5SWMA 3MEDA 4CHZA 1NJXA 3HO1A 4OGCA 4FJKA 4CF1A 2EX3A 3AA3A 4IG0A 4B9MA 3MEEA 3E01A 3KIOA 1K6YA 3NCIA 2XY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQJA 1GOBA 2NRHA 3AVNA 2NZTA 3V9WA 1JL1A 4QS8A 5JVHL 1ZBHA 3BZCA 4E0DA 3OS2A 4A5BA 5F2RA 3LP1A 4KH6A 1EX4A 3RRHA 3HXMA 3HRGA 4E7HA 4CJTA 3CPEA 5BN9A 4BQZA 1KCFA 4CEOA 1HYSA 3DXKB 5C42A 1RT4A 1VSKA 4FM1A 5KTQA 5D3GA 3CC2N 3OYIA 5AR0A 3OYBA 1UWBA 4DQSA 4OJRA 3NH1A 3M8SA 4DUYK 3VN5A 4FJJA 3R8EA 1Q82O 1XUPO 1FKPA 4DSKA 2NRWA 4CBXA 3MN6A 1S1WA 3WUHA 1W9HA 2O8DB 4CESA 1UA0A 3CJ9A 4M3ZA 5I42A 2UUBK 4FJLA 3UKRA 3J8AA 4CHPA 2Q36A 4FWMA 4BRAA 3OS0A 3EYZA 4Z4IA 3C6TA 3M6GA 3MX5A 1LWFA 1QQNA 4B9UA 4F9OA 3ZETB 4LD0A 4FCYA 3O9QA 4H5WA 5C25A 4IG3A 4KKOA 3MCPA 5BPMA 1K9MO 4XH1A 3F73A 3THYB 1I3AA 4B1VA 3NHGA 1EETA 1X3MA 1NMDA 1C0UA 2VWKA 1D8YA 4M3YA 3RR8A 3PX6A 3P31A 1CXUA 1YJ9N 3PUFA 4E7LA 3IMXA 1G99A 3VGLA 3J80O 5KQDA 2BE2A 3MAQA 3C95A 1KTQA 3LDLA 3SUOA 4M45A 2IDOA 2Z1HA 1W0HA 4NLBA 1ITGA 5CY4A 4NCBA 1BISA 3H45C 4MDAA 4BE0A 4ILJA 4I9QA 1VQMN 4B9NA 4KHWA 1E4GT 3VESA 3HP9A 3F2KA 3MWPA 4NXMK 5HRNA 4GKJK 2W6LA 3LPUA 2OANA 4C23A 4Z4CA 4O8UA 2P9SB 4CEZA 4FWNA 2Y1IA 3AAQA 3CCUN 3TSQA 3I55N 2HNZA 4E89A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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