1BI4B

Catalytic domain of hiv-1 integrase
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFLIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the catalytic domain of HIV-1 integrase free and complexed with its metal cofactor: high level of similarity of the active site with other viral integrases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords INTEGRASE
total genus 45
structure length 143
sequence length 153
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bi4B00
4TSXA 2G8WA 4IDKA 3SPZA 4Z4GA 1RTHA 5FRNA 4H4OA 4N76A 3K59A 4Z4IA 3HPGA 5KGXA 3K58A 2E6MA 3V1RA 4LH4A 3TARA 3AVIA 4ZTFA 1JKHA 4KHSA 4DTXA 4CJVA 1NK4A 1RT4A 3AO5A 4IG3A 3NBPA 1F21A 4YFUA 4KHWA 3UIQA 1RT3A 4DTOA 4CCHA 4C8MA 1D5AA 3K5LA 3PX4A 1NJYA 3LZJA 4FK2A 3ASMA 1WSIA 1SL2A 1UAXA 1D8YA 1W0HA 1EKEA 5HBMA 3V81A 3E01A 4CHOA 4FLXA 4W5TA 4FJ7A 2KW4A 3SUNA 3SYZA 2HNDA 1VSIA 4CJWA 3SPYA 3LAMA 4JLHA 4RW7A 5DMRA 4FJKA 2HNYA 4M3YA 3PX0A 4DFPA 4F3OA 4C8KA 3AA4A 3WNEA 1HYVA 4IFYA 4ICLA 4ID1A 2QKBA 2HHXA 1UA1A 4KPYA 1EXQA 1A5XA 1BIZA 4I7FA 3SI6A 4FLUA 3L2VA 3CQ8A 4CIEA 1XC9A 3OYLA 4B9SA 3SQ0A 1S6PA 3KLHA 1XHZA 2DTUA 2VG6A 1RBUA 3WNHA 4M41A 5HRPA 3DLEA 4ELTA 2Z1JA 4IFVA 3T19A 3JYTA 3ZT4A 3V9WA 3K5OA 1DLOA 4QOZB 4Y1CA 1RTJA 3K2PA 4ZHRA 3P83D 3TAFA 1TL1A 2A1SA 4KB0A 3VN5A 4E7LA 4FXDA 5E41A 3ISNC 4AH9A 3TWHA 1B92A 4OKJA 3RRHA 3IS9A 3OYIA 3T3FA 4KHQA 1MU2A 1U47A 4CEEA 3NF6A 1Y97A 1S1WA 4O0IA 3OYBA 4CJ4A 2X6SA 4PUOA 2G8IA 4JS5A 1KCFA 3NGZA 3BDPA 2OZSA 4KB1A 1TK5A 4BDYA 4WE1A 2HB5A 2P1JA 4DS5A 4Z4EA 1RBVA 4FLZA 3ALYA 3HO1A 4B8AB 4DQPA 4FJNA 4CK2A 3L8BA 1VSHA 1WNSA 1U49A 4CJEA 3B6OA 4DQIA 1EETA 2IS3A 1WSGA 2X74A 2YNHA 4CHPA 1HJRA 4B9VA 1K6YA 3O4NA 3CFRA 5CYMA 1U48A 1VSMA 3AVKA 3QO9A 4N5SA 4HUGA 2HVIA 2HHSA 1KLNA 5HRNA 4DF4A 2G8VA 4CF2A 3L2UA 5DK5A 4HHTA 3KTQA 1IH7A 4FZXC 2VG5A 3ZT2A 4CGIA 4DTMA 1B9DA 1FKOA 5C24A 3C95A 1S1TA 2P51A 4W5QA 1QQCA 4JS4A 1VK0A 1ASUA 1WAFA 3TI0A 3NAEA 3QETA 3NGYA 4CJLA 3ZSZA 4FJ5A 1RCHA 2PYLA 4RW6A 3ZCMA 2DFFA 1RBSA 3RMDA 3CG7A 1SL1A 3VQ7A 2OA8A 3DMJA 4CHYA 3H08A 3S3MA 3HXMA 2QXFA 1IO2A 3LPUA 4CHZA 4AHUA 3D45A 3CM5A 3C94A 3O3GA 3QNOA 4DSKA 1A5VA 4CF9A 5J2QA 4J2DA 1GOAA 1LAWA 4AHCA 4FVMA 4AHSA 3LDSA 3ZSOA 2XRIA 3VQ9A 1LAVA 4OLAA 2HHVA 3NE6A 4CEFA 2HVHA 3DLGA 1Q9XA 1LV5A 3P5JA 5CZ2A 3V4IA 2HHWA 5J2MA 4KI4A 1JL2A 4DFMA 1NK7A 1HYZA 4F8RA 4I9LA 1TKTA 3ZSYA 4H8KA 1X9WA 4OLBA 1TV6A 4CFBA 3OJUA 3U3YA 3VQEA 4FJGA 3O3FA 3KK3A 3VA3A 3LPTA 5HP1A 1NOYA 4FJ9A 2YNIA 3OYMA 4PA1A 1A5WA 3WNFA 4DMNA 4XIUA 4BE0A 1DTTA 4O0JA 1NK5A 1YVUA 1IKWA 2GUIA 3TAGA 1RT6A 4K8ZA 4CE9A 4LH5A 3KLEA 3HJFA 3HPHA 4AHRA 4KREA 4QCLA 5JS1A 3M8RA 2XO7A 1QSYA 3RMCA 4DLGA 4W5OA 1C6VA 2ETJA 2OPSA 2AJQA 1J5OA 3O3HA 1UWBA 4J2EA 3LZIA 2ZE2A 3D0PA 4B8CA 1RDAA 4FM0A 1SKRA 4DG1A 5CY4A 4LY7A 4DTPA 2BDPA 2D0BA 4CERA 4CJQA 1CLQA 2RN2A 2PZSA 3C6UA 1GOBA 4E19A 4KRFA 2G8FA 1NKEA 3QLHA 5KI6A 3HP6A 3L3UA 2VWJA 3HPOA 4DSIA 1KFSA 4RW8A 4ELVA 3DOKA 4QAGA 4Q5VA 3U6FA 5D3GA 3RTVA 3CFPA 3TABA 3RWUA 3VQ6A 2Y1JA 1L5UA 1WSHA 1NKCA 1BL3A 1JLGA 4FCYA 4HCCA 3AA5X 2XY8A 5HROA 3LAKA 4ID5A 2KZZA 4FZYA 3AVAA 2DFHA 4BDPA 2EHGA 2Q3SA 1VSJA 1WAJA 3NCIA 4B9MA 3AA2A 1RBTA 4CK3A 3K57A 3QINA 4ZTJA 1ZBFA 4E7IA 3M8QA 3S3NA 4FW2A 2KFZA 3ZT3A 4CF1A 1RTDA 4ELUA 4M42A 1TVRA 1S1XA 4E89A 3LWLA 4HCBA 5JS2A 3SUQA 2E4LA 1RDDA 4FLTA 3THVA 2QKKA 1RDBA 3FFIA 4CF8A 1TKDA 1RTIA 2BANA 2IAJA 4DSLA 2QK9A 4FJMA 4BE1A 2YKMA 1UOCA 4F3TA 2E6LA 4LSNA 4CEOA 4DQRA 3OS2A 3MXIA 1SKWA 2IOCA 3MAQA 5SZTA 5HLFA 4E7JA 4OPKA 1D9DA 4B9TA 1RT7A 3NH0A 4DTNA 3V6DA 2G8KA 3MECA 5KRSA 4KHNA 4NYFA 3KLFA 3VQQA 3LP0A 1JLAA 3AO4A 5I42A 4DTUA 4KI6A 4PY5A 4GMJB 4KO0A 2XY6A 4L8RB 2YHBA 4Z0UA 5C25A 1S9GA 1ZBUA 1HQUA 3V9UA 4CEBA 2GV9A 3SUOA 3PO5A 4BWMA 2ZQBA 2JGUA 3RR8A 2HNZA 1HNVA 4O55A 4BDZA 2KZMA 4MQ3A 3OYGA 4BE2A 1DTQA 2IGIA 4CESA 3NHGA 4CECA 4E0DA 3RRGA 1QSSA 3OY9A 1NK6A 4NCBA 3DRSA 3NF9A 3KK1A 1L3UA 1J54A 4DQQA 3QERA 1X1PA 3ZT1A 3TAMA 2NUBA 3HVRA 3MEDA 4OGCA 1BIUA 4CJPA 3ZSVA 3SZ2A 1WLJA 4DSFA 3QNNA 4IKFA 3MEEA 2OPPA 1VSDA 3HT3A 2F8TA 4CJSA 4FJHA 1HQEA 3QIPA 3CM6A 2B4JA 4CJUA 4OKEA 1QE1A 2F8SA 1RDCA 3SQ2A 4FJXA 1Z25A 3AVGA 4M45A 1G15A 4Z4CA 4E7HA 2IDOA 3SV4A 3AO1A 4FZZA 3SQ1A 1SV5A 3I0RA 4O4GA 4CFDA 4CIFA 3IG1A 1JLEA 2VG7A 1LWEA 2YNGA 5I3UA 1RT1A 1KSPA 3VA0A 4FJJA 3OYEA 1C1AA 4AILC 3KD1E 5C42A 3L3VA 4IG0A 3QEVA 4FYDA 3PY8A 3AVHA 1O1WA 3LP1A 1EX4A 4YNQA 5FDLA 1ZYQA 1HMVA 2XHBA 1JXEA 2Y1IA 1SKSA 3RR7A 4M3TA 1Q9YA 2LSNA 1D9FA 4PWDA 3KKSA 4E3SA 4CK1A 1NOZA 3QEPA 2JLEA 2X78A 1WSFA 2DFEA 4I2QA 5K14A 1NK8A 4F4KA 4K8XA 3HP9A 4E1MA 1C1BA 1XWLA 3VQDA 4N56A 4FLYA 4B9LA 3VQPA 2X6NA 3AO3A 2RF2A 4C8NA 4FM1A 1L3SA 4RW9A 2HMIA 2P5GA 1VSFA 1JXBA 2Z1GA 3DYAA 4DSJA 4DTJA 4F2SA 1BQMA 1IKVA 1S5JA 4CEZA 3ITHA 3TANA 1U4BA 4E7KA 1IKXA 1RT5A 2R7YA 5KGWA 4HTUA 4AHVA 3VQBA 1GOCA 5T7BA 3KD5E 4OVLA 3HK2A 4C8OA 3OYKA 3M8SA 3TR8A 4DTRA 3NGIA 4CHNA 3TAQA 4KTZA 5CYQA 3QESA 3V9SA 1TAQA 3KLIA 4DQSA 4RW4A 1L3VA 4CJ5A 3KK2A 4CF0A 3QEIA 3K5MA 2Z1IA 2B6AA 3V1OA 2GBZA 4B08A 5HRSA 3LWMA 4M3WA 2HHQA 1BISA 3NDKA 1TK0A 4M3XA 3QIOA 3SUPA 2XY7A 1BCMA 1Z26A 3KKRA 4H4MA 3AO2A 4KTQA 1VSKA 1ZBIA 3L2RA 4CJ3A 4R5PA 5KRTA 3V9ZA 3U3GA 1HRHA 3OYFA 1ASVA 1JLQA 1JLFA 1FXXA 1LW0A 4KFBA 3ZSWA 1CZBA 3T1AA 2XY5A 1XHXA 2KQ2A 3PX6A 2RKIA 1WSEA 2IC3A 3JSMA 1X9MA 3HM9A 2FBXA 2D5RA 2FBYA 2YNFA 1I39A 4NCAA 4CGJA 1BHLA 4I2PA 3MEGA 4BACA 1J53A 3SV3A 4DU3A 1KLMA 4DFJA 4C8LA 4O44A 2F96A 2O4IA 1W9HA 3LALA 3EZ5A 1S6QA 2HHUA 4FK4A 4M3RA 1EP4A 3DM2A 4FLVA 1KFDA 4CIGA 3RMBA 2BGGA 1VRTA 2EX3A 3LP2A 2OPRA 3VQ4A 1WN7A 1XI1A 3QEXA 4DU4A 1ZBLA 1T03A 4CJFA 3TAEA 1T05A 2O4GA 3BGRA 4LSLA 3NF8A 4NCGA 3AVLA 3SCXA 3DLRA 2Z1HA 1I3AA 4DSEA 1NK9A 1KVCA 4UQGA 1LWFA 2ZD1A 3EYZA 1QTMA 4M3ZA 3S9HA 2G8UA 5CZ1A 3CFOA 3KJVA 4FK0A 2WONA 1BI4A 3NF7A 3EY1A 1S1UA 1SL0A 4CFAA 1RILA 1VRUA 2WOMA 2P5OA 4HVJA 3NH1A 4N41A 4FW1A 2KTQA 1S9EA 2HW3A 3AVCA 3AVMA 4KV8A 3SNNA 1UA0A 4FM2A 4HUEA 3OYHA 1KRPA 4CGFA 3SQ4A 1FK9A 3DLKA 2D0AA 4JRPA 3KLGA 4DLEA 3PUFA 4KAZA 3VQCA 3F9KA 2KFNA 4Z4HA 1LWCA 2FBVA 1ASWA 4CGHA 2YKNA 1BQNA 4Y1DA 3S3OA 4M3UA 1HYSA 5KTQA 3C6TA 4KHUA 1YTUA 4B3OA 1KTQA 3AVBA 5SWMA 4EZ9A 2FBTA 1B9FA 1FKPA 3F73A 2A1RA 4AHTA 2PYJA 3DLBA 2W42A 1ITGA 3OYNA 2B5JA 2YHAA 4NYNA 4JRQA 1Q8IA 4DS4A 3MXMA 1ZBHA 1YTAA 1CXQA 3G10A 5HRRA 1KVAA 3OYAA 3DRPA 4W5RA 4IBNA 4KKOA 4F2RA 4J2AA 5J1EA 4DTSA 2ATQA 3OS0A 1U45A 4FLWA 4I9QA 1BCOA 3VQAA 3HL8A 1T8EA 4O5BA 3HSTB 4HUFA 3WNGA 4MFBA 4CHQA 3RMAA 1NJXA 1NKBA 1R0AA 2I5JA 2ITGA 1JLCA 2YV0X 4BWJA 3NFAA 3G0ZA 1WSJA 4DFKA 3PV8A 1NJWA 3OS1A 3I0SA 1BI4B 4B9NA 4CFCA 4B9UA 4CEDA 3HVTA 5FRMA 1RT2A 1C0MA 2G8HA 2HHTA 1S1VA 3B6PA 2BE2A 4DF8A 3ULDA 3DLHA 4CJRA 1YT3A 1TGOA 3LP3A 3IAYA 3L2WA 4EZ6A 3ZSXA 1JL1A 4CGGA 3PO4A 4N47A 1HPZA 3OVNA 3NH2A 4W5NA 3LANA 1TKZA 4KTWA 3DOLA 3KIOA 4DU1A 4OJRA 3V1QA 3A2FA 1CXUA 1LW2A 3AA3A 2VWKA 2PY5A 4CEAA 2RPIA 3CYMA 3V9XA 3OYDA 3VQ8A 1HNIA 3ZSRA 1SUQA 1L3TA 4FJLA 4CJKA 3AVNA 5FROA 3SJJA 4G1QA 4LD0A 4GW6A 4EP4A 3DRRA 5EU7A 3I8DA 1TK8A 5J2PA 1JLBA 3OJSA 1NJZA 1REVA 1NK0A 2D0CA 3TAPA 4KHYA 3IRXA 3M8PA 3O4QA 2DY4A 3OYCA 2FC0A 1KVBA 1C0UA 3VQ5A 4PQUA 1N5YA 1RBRA 3ZT0A 1IG9A 4RG8A 1TL3A 1VSEA 3ZSQA 4CGDA 2OZMA 4E1NA 5J2NA 1T7PA 1J9AA 1QS4A 3MXJA 4OPJA 3AV9A 1IKYA 4CJTA 4OKKA 3AVFA 1QHTA 1CZ9A 1N6QA 2OYQA 4Q0BA 2OPQA 4OGEA 1QSLA 4CEQA 4FJIA 1C1CA 3HYFA 1BGXT 4EP5A 3K5NA 1C0TA 3P1GA 3OYJA 3L2QA 1TKXA 3AVJA 4FJ8A 4Z4FA 1TAUA 1X9SA 3DI6A 4GVMA 4DWIA 3QEWA 1RNHA 1U04A 1VSLA 4J2BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G8WA 1RTHA 4N76A 3SMPA 4B1YB 5KGXA 3V1RA 2UUAK 3NVKA 3BUZB 4FSVA 1GLBG 3AO5A 5AZIB 3NBPA 4YFUA 2FSKA 1VQ8N 4ISEA 1D5AA 1U2VA 1D8YA 4CI6A 4H0TB 5HBMA 4JEPA 4LF8K 3U8XA 2E1YA 3CCSN 3O80A 3SYZA 3SPYA 4RW7A 4JLHA 1HKBA 4M3YA 4F3OA 4C8KA 4NLBA 3WNEA 1HYVA 4ICLA 2PBDA 1UA1A 4KPYA 1OVQA 3CQ8A 4PKGA 2O8DA 2VQFK 3H45C 3JYTA 3ZT4A 4JNEA 4QOZB 4BR2A 2WC9A 3TAFA 4KB0A 4E7LA 4UY8O 3O5BA 3TWHA 3IS9A 4KHQA 1U47A 4H5TA 4BC2A 1S1WA 3OYBA 2FF3B 4PL7A 4BDYA 2VGNA 4DB3A 3MN5A 4FLZA 3EEQA 3HO1A 5IWAK 4DQPA 4CK2A 1U49A 2X74A 3FGUA 5AZJA 2HVIA 4FZXC 1IH7A 5LMNK 3L0QA 2ZJQL 1TUUA 3AAPA 2W40A 5AFUH 2P51A 1H1VA 2ASPA 4XH1A 5GAHP 3TTFA 3NGYA 3EZWA 2PYLA 4RW6A 1S72N 2OA8A 1SL1A 2NLXA 4AHUA 3D45A 3CM5A 3QNOA 3CCRN 4J2DA 1GOAA 3LDSA 1P90A 4AHCA 4L3QA 3CC4N 3ZSOA 2XRIA 3VQ9A 4OLAA 1DEJA 4CEFA 3ENOA 3SBGA 1LV5A 3P5JA 3O9SA 5AQLA 2JWLA 1HYZA 3HOSA 3O4WA 2NRZA 4A62A 4F8RA 4OLBA 3TPQA 2A5XA 2V7ZA 4G9ZA 4FOEA 3VQEA 1YITN 4FJGA 5HP1A 1Q81O 2YNIA 5AQJA 4XIUA 1DTTA 1IKWA 4K8ZA 4CE9A 3HPHA 4DLGA 4W5OA 2OPSA 3O3HA 4B8CA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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