1BISA

Hiv-1 integrase core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
146
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWAGIKQEFGIPIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 44
structure length 146
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1bisA00
4ZTFA 3FFIA 2OPQA 1A5XA 3VQ5A 1L5UA 1XWLA 1DTQA 1GOAA 4FJNA 3AVCA 3AVGA 3D0PA 5DK5A 3L2QA 3NF8A 3OYBA 1KLMA 3L2UA 1LW2A 1WSHA 3QLHA 4NCGA 4DQRA 4CGIA 3KK3A 3NCIA 1Q8IA 4W5OA 2QK9A 5HRRA 1NK7A 4CJKA 4Z4FA 4Q0BA 3TAFA 1B9FA 1W0HA 4DSLA 1QSLA 4E19A 4FM0A 4YFUA 4ELUA 3KLGA 2G8HA 1N6QA 3SNNA 2E6MA 1ITGA 1LWEA 1BQMA 3LPTA 4CF9A 4N76A 4QOZB 2WOMA 3T3FA 4DFPA 4CHYA 1G15A 1Y97A 3ZSQA 3SQ1A 2A1RA 1ZBLA 4KKOA 4MQ3A 4OGCA 1NK0A 2DY4A 1BGXT 3QEVA 1BISA 1CLQA 3RMCA 4DTUA 1VSIA 2XY7A 3OYKA 5CYQA 3QEIA 4E7JA 1WAFA 4E3SA 5KGWA 3V81A 4E7HA 3HJFA 4CEQA 2OZMA 4KTZA 1Z26A 1U48A 2IAJA 4M42A 4FLYA 1J9AA 1RT1A 4KPYA 1RDDA 4HUEA 3AVIA 3SCXA 2FBTA 3PV8A 4PA1A 1QS4A 3DLRA 4CEEA 4KHYA 1YT3A 3SUPA 4M3ZA 3AO4A 2IDOA 3MXMA 1RBTA 3MECA 3K5NA 1T7PA 3KLFA 2RPIA 3PX4A 2E6LA 4QAGA 2Y1IA 4GMJB 4CIGA 4OGEA 4CCHA 3ZT3A 4UQGA 1HYVA 4DTNA 3ZSYA 4CJVA 4EZ9A 4F4KA 4M3WA 2P1JA 3ZSZA 2KZMA 3CM6A 3SI6A 3OYMA 4AHUA 1NJWA 4BDPA 3AO2A 4FZYA 2WONA 3DLEA 4BDZA 4FLZA 4DS5A 5J1EA 1HQUA 4BDYA 2OPRA 1YTAA 2Z1HA 4PY5A 3P5JA 4CEBA 4DS4A 1IKXA 3LPUA 3QINA 1VSEA 3RMAA 4FJHA 3LP1A 3VQDA 4KREA 3K5MA 1BIUA 1ASUA 3OYDA 3V9SA 3RR8A 4M3TA 1X1PA 4LSNA 3SZ2A 3THVA 4FJ5A 3RTVA 4OLAA 4HCCA 4RW7A 1EXQA 3VQBA 4FJ8A 4FXDA 4BE2A 4HCBA 4CF8A 4E1MA 1TK5A 4NYNA 1RT5A 3DOKA 3WNEA 2PZSA 1JLQA 1BHLA 1SKSA 1N5YA 4CHOA 4B08A 2PY5A 1NOZA 4IG0A 3PX6A 1VSFA 1ASVA 1NK9A 4FJLA 4PUOA 3MEEA 4OKJA 3LZJA 3SUQA 1NKBA 2YHAA 3NE6A 1JL2A 4CJ5A 3QEXA 1T8EA 4W5QA 2VG7A 1L3TA 3NF9A 3V9WA 4CEOA 4CECA 1U47A 2NUBA 4E1NA 3V1RA 1RTJA 3QEWA 1TAUA 1BQNA 2YNIA 3F9KA 5CY4A 1HRHA 4F8RA 4Z4HA 1WAJA 1J5OA 1RTHA 1RT2A 3D45A 1HMVA 1S5JA 1KLNA 1WN7A 3C95A 2OZSA 4I2PA 4HVJA 4FK2A 1T05A 3B6PA 1U49A 2X6SA 5HP1A 2ETJA 4KI6A 4Z4EA 1IO2A 4FVMA 4CJRA 4JS5A 1C1CA 1HNVA 3SV4A 2HVHA 1TVRA 3PY8A 4Y1DA 3PO4A 4ZHRA 2HHSA 4L8RB 4BE1A 1JXBA 3VQ9A 1TK8A 1BCMA 2VWKA 1BI4B 3M8RA 3DRSA 1D9FA 4ID1A 2Y1JA 4FJIA 4DG1A 4IKFA 2HNYA 2RKIA 3CQ8A 2PYJA 2QKKA 5KRTA 2X74A 4B3OA 4E89A 3DYAA 1SV5A 4N56A 3SQ4A 2YKNA 3OJUA 4CEZA 4CJSA 4CGDA 1RBRA 3E01A 4FM2A 3V9UA 4DTOA 4KHSA 4M3XA 2EHGA 4Q5VA 5HROA 4IG3A 1U45A 4W5NA 4E7LA 4J2BA 4FLTA 4DSJA 1S6QA 4DFKA 4M45A 3PX0A 3AVKA 1TKZA 3MEDA 1UAXA 3VQEA 4CJTA 1NKEA 3T1AA 3OS0A 4AILC 3AVBA 3EY1A 1IH7A 2Q3SA 1XC9A 1U4BA 3LANA 3V9XA 1L3SA 1JLEA 5CZ1A 1WLJA 5K14A 2PYLA 4K8XA 3AV9A 1KFSA 4CESA 4J2DA 2KFZA 3HPHA 3HP9A 3OYIA 2ZD1A 4IFVA 2F8SA 4KHUA 3LALA 2D5RA 4AHSA 5J2MA 1XHZA 1VK0A 3U3GA 4HUGA 2LSNA 3S3MA 4KB1A 1C0MA 2HMIA 2ZQBA 2I5JA 1FKPA 1T03A 1KRPA 4Z4CA 4CJPA 1C1AA 3ULDA 3DRPA 5HRNA 3IG1A 4DU1A 4DTJA 4FCYA 1A5WA 2ZE2A 4DTMA 1ZBUA 3CFRA 3KTQA 4B9MA 3VQ6A 4CJEA 3HXMA 2D0BA 5J2NA 3OYFA 5JS2A 4CJQA 4LY7A 1WSFA 4CGHA 2BE2A 3AA5X 3I8DA 3K2PA 4CGJA 3SV3A 3TARA 4EZ6A 4DQPA 4FJ9A 1JXEA 3G0ZA 4F3OA 4B8CA 4H4OA 3K5OA 2FBYA 5EU7A 1UOCA 1LW0A 3L3VA 4CIFA 1X9SA 2GBZA 4RW8A 2JGUA 2W42A 3OS1A 2D0AA 3SYZA 2IOCA 3NBPA 3AO5A 4B8AB 3CG7A 4CF1A 3KK1A 1RTIA 3LP2A 5HLFA 1X9WA 1TL1A 2KZZA 5SZTA 3SQ0A 1IKWA 1RT7A 1QQCA 4GVMA 2ITGA 3AO3A 3M8PA 4O4GA 3LZIA 1S1TA 4FW1A 1VSDA 4BACA 3VN5A 4AHCA 4DSEA 3HM9A 2HNDA 1W9HA 2YV0X 2FC0A 4CK1A 1UA1A 1TGOA 1TK0A 1HNIA 3JYTA 4PQUA 1NJZA 4XIUA 1DTTA 4DLGA 4FJMA 3NGYA 4DMNA 2DFEA 3IRXA 3HPOA 2HHUA 4F3TA 1K6YA 3TAMA 5C24A 4FYDA 2KTQA 1KFDA 4IDKA 2OPSA 4LH4A 1NJYA 2DFHA 4O44A 4FJ7A 2X6NA 3HYFA 3A2FA 4DLEA 3RRHA 1L3UA 3CFOA 3DMJA 3KLEA 4RG8A 4AH9A 3V9ZA 1NOYA 3AO1A 4FJXA 2ATQA 4CHNA 3QO9A 4DTSA 3CFPA 4OPKA 4CJ3A 1SUQA 4I9QA 4N41A 1FKOA 1UA0A 1RNHA 3HVRA 4W5TA 4DFJA 2OA8A 2Z1IA 4RW9A 4B9TA 1QSYA 1XHXA 3AA3A 1J54A 4FLUA 2DTUA 1S1UA 1GOBA 1HPZA 3OYEA 3OJSA 4HHTA 2P5GA 4M3YA 4FW2A 1RT3A 2HHTA 3O4NA 1TV6A 3ZT2A 1RDAA 2A1SA 1Z25A 3AVLA 3DLGA 4CEFA 4IFYA 1RTDA 2XY5A 2B6AA 4CGGA 4FM1A 2E4LA 3K5LA 4KB0A 3SQ2A 2HHQA 4C8LA 3TR8A 3LP3A 4E0DA 3MXJA 4KRFA 3PUFA 3KD1E 1JLCA 4CJUA 3MEGA 1MU2A 1LAVA 1D8YA 4B9UA 3WNHA 3DOLA 3ZSWA 4FJJA 2XY8A 3LWMA 1HYSA 4CFDA 1WSEA 3DLKA 5KRSA 4ICLA 1QHTA 3ALYA 3O3FA 2HW3A 2YHBA 4OLBA 4BWMA 2DFFA 4DSKA 4DWIA 1NK4A 3OY9A 4DSFA 3MXIA 1S9EA 5C42A 3VQCA 3AA2A 4FK0A 3VQAA 1SKWA 1C0TA 4OKEA 3NAEA 4CJFA 3SPZA 3NF6A 4F2RA 4DU3A 4EP4A 4BWJA 1TKXA 3OYAA 4E7KA 1IG9A 2IC3A 3AVHA 1SL2A 4DQQA 1YVUA 3LAMA 3HL8A 3M8QA 4M41A 1SL0A 1C1BA 4O0IA 3QNOA 3L2RA 1BL3A 1WNSA 3TABA 3OVNA 2YKMA 4CERA 3LP0A 1EETA 1U04A 1D9DA 4CHQA 3L2VA 2BGGA 4EP5A 4YNQA 2F8TA 4FZXC 4DSIA 3HO1A 4Y1CA 3KJVA 1IKYA 2EX3A 3C6TA 1KVCA 3KKSA 4CGFA 1X9MA 4CJLA 2VG6A 3V4IA 3OYLA 4OKKA 3RRGA 4RW4A 2G8UA 1JLBA 5KI6A 5JS1A 1CXUA 1VSHA 1CZBA 1ZBFA 3CM5A 3KLIA 4JS4A 2FBXA 4DTRA 4CK2A 4JRPA 2XRIA 1RBVA 3QETA 4B9VA 1CZ9A 1REVA 4J2AA 1WSIA 1LWFA 4M3RA 3OYGA 4KHWA 1WSGA 3HSTB 3AVFA 3EZ5A 1NK5A 4CFAA 1Q9YA 4DTPA 1S1WA 2GV9A 4FLVA 3O3GA 3HK2A 3AVMA 1NJXA 4CFCA 3B6OA 1VSLA 4CF2A 4AHVA 2Z1GA 3I0SA 1NKCA 1TAQA 3RR7A 4K8ZA 1VRTA 3K59A 2YNHA 2YNFA 1YTUA 4CE9A 5C25A 3P83D 3HPGA 5I42A 3F73A 2OPPA 1EKEA 3VQ8A 3QNNA 1S6PA 4KV8A 3KD5E 5FDLA 4B9SA 1C6VA 4CEDA 1L3VA 1I39A 1RCHA 3DLBA 2HHXA 3BDPA 1WSJA 4HUFA 3AA4A 5HRSA 2JLEA 1QTMA 3TWHA 3JSMA 4NYFA 1KTQA 1QE1A 2VG5A 5HBMA 3QERA 3QEPA 1LV5A 1R0AA 4FJKA 3IS9A 2YNGA 3VQ7A 3EYZA 1F21A 1VSKA 3DM2A 3VA3A 4F2SA 4WE1A 2KQ2A 4KFBA 3OS2A 2G8WA 3L3UA 1JL1A 4R5PA 4CF0A 1JKHA 2QXFA 1HYZA 5FROA 4AHTA 4OPJA 1SKRA 4KHNA 3ZT4A 4ZTJA 3QIOA 3VQPA 4J2EA 1BI4A 3K57A 4HTUA 5J2PA 3S9HA 4E7IA 2P5OA 5D3GA 3LAKA 3QESA 3AVNA 4CEAA 1B9DA 2HNZA 1ZBHA 3DRRA 3O4QA 4QCLA 3ZSVA 3K58A 4LD0A 1S1VA 3NH1A 3LDSA 3AVAA 5DMRA 3SJJA 4PWDA 1J53A 3C6UA 2O4GA 4OJRA 3TAPA 4C8MA 3OYNA 1UWBA 4KAZA 3TI0A 3V1QA 3AVJA 4N5SA 3NGZA 3U3YA 1FXXA 3OYCA 3HT3A 4I2QA 3ZSOA 3DLHA 4CHZA 3KK2A 2G8KA 5KTQA 5FRNA 2BANA 4AHRA 4B9LA 2X78A 1RILA 3H08A 5CYMA 3ZCMA 2HHWA 1VSMA 3UIQA 4O5BA 1LAWA 3TAQA 1CXQA 2HB5A 4ID5A 4KTWA 1KVBA 5T7BA 4W5RA 4LH5A 5CZ2A 3CYMA 4H4MA 2B4JA 5J2QA 3T19A 1D5AA 2XHBA 4TSXA 3TAEA 2OYQA 2KFNA 3KLHA 1BIZA 3G10A 2BDPA 4FJGA 3RMDA 4Z4IA 4DQSA 4CK3A 4G1QA 3VQ4A 3NHGA 1ASWA 3ZT1A 2Z1JA 1S9GA 1VSJA 3ISNC 3KKRA 5KGXA 3TAGA 1EP4A 1SL1A 1Q9XA 4DFMA 3PO5A 3M8SA 2HVIA 1RBSA 1ZYQA 1RBUA 4H8KA 4RW6A 3ZSRA 4KHQA 2AJQA 1FK9A 3VA0A 5I3UA 3ITHA 3VQQA 3V6DA 3RWUA 1A5VA 4MFBA 2R7YA 1TKTA 1JLAA 4FLXA 2XO7A 1HJRA 1KCFA 1IKVA 5FRMA 4CIEA 4C8NA 2RF2A 1HQEA 3WNGA 1TKDA 2G8FA 1ZBIA 3RMBA 1KVAA 5HRPA 3L2WA 3KIOA 1GOCA 3WNFA 1NK8A 3NGIA 3SPYA 3NF7A 2IS3A 2G8VA 3C94A 4FZZA 1TL3A 4FLWA 3IAYA 1JLFA 4DU4A 1VRUA 2B5JA 3NFAA 5SWMA 4ELVA 4CJ4A 2P51A 4N47A 4NCAA 3SUOA 2FBVA 3ZSXA 4KI4A 3O3HA 1O1WA 1RT6A 3BGRA 4JLHA 3HP6A 4ELTA 1S1XA 4DQIA 3DI6A 2D0CA 3NH0A 4JRQA 1B92A 2RN2A 3P1GA 3OYJA 4M3UA 1RDBA 4Z4GA 3ASMA 3MAQA 2O4IA 4O55A 4O0JA 4OVLA 2KW4A 1EX4A 3L8BA 3NH2A 5E41A 1NK6A 4B9NA 4DF8A 3QIPA 4Z0UA 1LWCA 3S3NA 3ZT0A 4CHPA 4BE0A 2HHVA 1QSSA 1RT4A 2IGIA 2F96A 3I0RA 3HVTA 3V1OA 3OYHA 4KTQA 4I7FA 4DTXA 3TANA 4CJWA 2GUIA 3LWLA 1I3AA 2VWJA 1XI1A 2G8IA 4C8KA 4GW6A 2QKBA 1C0UA 4DF4A 1DLOA 3U6FA 3S3OA 1KSPA 3NDKA 4NCBA 3SUNA 4FK4A 1BCOA 4LSLA 4CFBA 4KO0A 2XY6A 4I9LA 4IBNA 1RDCA 4C8OA 1JLGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULEA 2OPQA 3VQ5A 3CQYA 1L5UA 3D0PA 3HOSA 3NF8A 4PKHA 1KLMA 1HLUA 4GNIA 5AQHA 1N34K 4NB4A 4W5OA 4FWKA 4CD3A 1B9FA 3EKSA 2O8DB 2QTDA 4DSLA 4E19A 3KLGA 4BR7A 1CZAN 2E6MA 4IEEA 2QWQA 3J7YP 2WOMA 4A62A 4BRMA 3SQ1A 3QEVA 3RMCA 1YAGA 3HM8A 1VSIA 3UKUA 5CYQA 5AQTA 1WAFA 4GY2B 4KTZA 1U48A 1BWFO 4YORA 1YF5L 4IOXA 1RT1A 2YHWA 3G25A 3CCJN 3AVIA 5AQXA 1M90O 1ZC6A 3F2KA 3FZLA 3CC4N 3SUPA 4IJNA 1RBTA 2ASOA 3MECA 2IIRA 3LDLA 3KLFA 3I55N 3PX4A 3ZT3A 4M3WA 1NGFA 1NMDA 3OA9A 3OYMA 4FZYA 3P39A 1VQLN 3EEQA 4BDZA 4FVUA 1QVFM 5J1EA 4BDYA 1GLEG 4DB3A 4CEBA 4DS4A 3LPUA 3QBWA 1FW6A 1VSEA 3RMAA 4JK7A 3WEEA 3K5MA 3V9SA 1VQPN 4M3TA 1X1PA 4MLEA 2GX9A 4FJ5A 4HCCA 3VQBA 2P9IA 4BE2A 4CF8A 1TK5A 4NYNA 3QB0A 2VYPA 4H0OA 2PY5A 4B08A 1NOZA 1QZ5A 3PX6A 4LFAK 4FJLA 2FSKA 3SUQA 4YOWA 1JL2A 3QEXA 4KHPK 1ILYA 1L3TA 3NF9A 4A59A 3V9WA 1T44A 4E1NA 1TAUA 4DUYK 5CY4A 1QQOA 2YX6A 4GV9A 3LM9A 4MDAA 1HMVA 2RHKA 2OANA 4BRKA 5M1PA 3T7ZA 4HVJA 4FK2A 1U49A 2X6SA 4KI6A 3CETA 3CPWM 1J5EK 1HNVA 3SAFA 3PY8A 2HHSA 4JI4K 3VQ9A 1VQ4N 1KXPA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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