1BIUA

Hiv-1 integrase core domain complexed with mg++
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three new structures of the core domain of HIV-1 integrase: an active site that binds magnesium.
pubmed doi rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 48
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1biuA00
1RDDA 3ZSWA 4CEDA 5KTQA 3OYKA 1WAJA 4KB0A 1HYVA 3NGIA 3AA5X 3VQ8A 4M3XA 3QEWA 3K5NA 2E6MA 3KK3A 4Z4FA 4JLHA 2G8VA 2F8TA 3KIOA 3PX6A 1U49A 4FM0A 1TGOA 1VSKA 3V9WA 2KZMA 5C24A 4N76A 3QEPA 3PY8A 1CXQA 2VWKA 3K59A 4KTWA 3DLGA 1HQUA 3K5LA 3L2RA 4CHNA 3ZSOA 4B9NA 2PYLA 1FXXA 4DQPA 3B6PA 2OYQA 2HVHA 3AV9A 3DRRA 3WNFA 3A2FA 5KRTA 1TV6A 5HRNA 3SZ2A 1NOYA 2WONA 3HO1A 2XY8A 3F9KA 4DTRA 3LP2A 4DFMA 1Q9XA 3V1QA 1KCFA 4CIFA 2B5JA 3OVNA 4CK2A 4J2AA 4C8OA 3OYAA 3QETA 3M8QA 3OYMA 2P5GA 2X78A 1YT3A 3V81A 3DM2A 3TAQA 4M45A 1D5AA 4KKOA 3MXMA 3CFOA 1HPZA 3M8PA 3KLFA 4FJKA 4B3OA 1Y97A 3DYAA 3TWHA 2RPIA 3U6FA 3QNOA 1GOBA 4LD0A 1REVA 3DOLA 1FKPA 5CYMA 3OJUA 1QQCA 4BDZA 2HW3A 1BGXT 3QERA 3T19A 1B92A 2IGIA 3QLHA 3WNEA 1U4BA 4DWIA 4CFCA 4QCLA 3CG7A 5KI6A 4DSKA 3TARA 2A1RA 4FCYA 2IC3A 1BCMA 1S9GA 4CJPA 3QEVA 4CGGA 4KHQA 1L5UA 2PZSA 1SL1A 4OLBA 3IS9A 3D45A 4Y1DA 3AVCA 4FJHA 4CF1A 3K5MA 4I7FA 4H4MA 2X74A 4IBNA 1NKEA 3LWMA 4RW6A 4DSIA 3AVFA 4FLTA 3NF7A 1EETA 4CJKA 2FBVA 5J2PA 1UAXA 4FJJA 4Q0BA 3K2PA 1B9FA 3V9UA 5D3GA 4F3TA 1J9AA 4CEBA 1RTHA 3VA3A 1HRHA 1TK5A 4W5RA 4J2BA 4H4OA 2QK9A 1D9DA 4CGIA 1C0UA 3RMBA 1Z25A 1SKWA 1RBUA 4W5QA 2G8HA 1EP4A 1WN7A 5FRNA 1NJXA 3NGZA 2F8SA 3LANA 4OVLA 4EP4A 1J53A 3KD5E 3ZSQA 3JYTA 3VQ4A 4FJMA 1RTJA 3LP0A 4QAGA 4C8KA 1W9HA 2ZQBA 1SKSA 4O55A 4F4KA 4ZHRA 4CJUA 2HHXA 4QOZB 3TAMA 1UOCA 2IAJA 3HPOA 3RRHA 2FBYA 3ZT0A 3TAGA 2ITGA 3L3UA 3ZT1A 4O0JA 1ZYQA 2P51A 2XHBA 1DTQA 1NJZA 4JS4A 3DOKA 5CY4A 2Z1GA 3TAEA 4CJ4A 3DMJA 1JLBA 4KHNA 3AVAA 1HYZA 2XRIA 4MQ3A 4CJVA 5T7BA 3OYIA 1IKVA 4CHYA 1DLOA 3SQ0A 1QSYA 1WSHA 3VQBA 1RT5A 1VRTA 3PX4A 1NK6A 1SL0A 1G15A 1LWFA 1NKCA 1YTAA 2AJQA 1JXEA 3VQQA 2GUIA 3O4NA 5CZ1A 4DU1A 1X9SA 3RR7A 2HNYA 4AH9A 1J54A 2F96A 2YNGA 1T05A 3SPYA 1IH7A 1RDBA 1JLGA 3LZJA 4DS4A 1QS4A 1VSMA 1JLAA 3G0ZA 3ZSVA 2QXFA 4PQUA 2Z1IA 3MXIA 4I9LA 4M3YA 3MEEA 5HRSA 4FJ7A 4M3ZA 1ASVA 4JS5A 3C6TA 4FLZA 1XI1A 1X1PA 2HHQA 4M3WA 3OYEA 3O3GA 4CJWA 4CF0A 3C94A 5CYQA 1HNIA 4DTPA 4N56A 3S9HA 3VN5A 4HUGA 1ZBHA 3MXJA 4RW9A 1BQNA 3SQ2A 2KZZA 2G8KA 4CESA 3OYBA 1K6YA 2Z1JA 4CGDA 2P5OA 2ATQA 1XC9A 2KFNA 1T7PA 5K14A 1TL1A 4AHVA 2DFFA 5C42A 1S6QA 3HXMA 1HQEA 3KLGA 4FLWA 1KVCA 3PX0A 1JL2A 4CJEA 1D9FA 4HVJA 3ITHA 1RT3A 1VSHA 3D0PA 3DLRA 1L3UA 4B9MA 1KFDA 3NH0A 1MU2A 3OYFA 1KTQA 1NK4A 1RT4A 1KVAA 3T1AA 2OPRA 3TABA 2BGGA 2O4IA 4KHYA 3I0RA 3KJVA 3K57A 3FFIA 4FW2A 1VK0A 5FROA 1A5XA 4OPKA 4BE0A 4FLUA 3RMDA 5KRSA 5I42A 1C0MA 1QSSA 3ASMA 4E1MA 4DQIA 3EYZA 3AA3A 4HUFA 1WSGA 2OZMA 1IG9A 1ZBFA 1RBRA 3VQ9A 4DF4A 1JL1A 1RBTA 4EZ6A 1VSDA 4HCBA 2KFZA 4KFBA 4M3RA 4KHWA 1QSLA 4F8RA 4BE1A 2HVIA 2B6AA 4B8AB 3QIPA 1IKYA 1ZBUA 4YFUA 3SQ4A 3VQ7A 2O4GA 1HNVA 3AVKA 2GBZA 1KFSA 4TSXA 4LY7A 1EXQA 3SUNA 4LSLA 3VQDA 2BE2A 3AA2A 1VSLA 1SUQA 1UWBA 4Z4IA 5DK5A 3KD1E 2BDPA 1TK8A 1IKWA 2D5RA 3HM9A 1RT6A 2WOMA 5JS2A 2YNIA 4LH4A 1LV5A 4CJ5A 1ZBLA 4H8KA 2JGUA 5KGWA 4FM2A 1C1CA 3ZSZA 4DG1A 1J5OA 3AO5A 4B8CA 4I2PA 4B9UA 5J2NA 3CYMA 4E7KA 3LPTA 4CJTA 4FJ8A 1RDCA 1QE1A 4AHUA 3MAQA 4DLEA 4GVMA 2LSNA 3KTQA 2A1SA 2YNFA 4CE9A 3SJJA 5EU7A 1JLFA 2I5JA 2OPSA 4C8NA 4CFBA 4BWMA 4AHCA 3V9ZA 5J2QA 4Z4GA 2HHTA 1JLQA 1Z26A 3DLEA 4BDYA 3RWUA 4FJXA 4M42A 3L2QA 4AHTA 3IRXA 3V1OA 4FJGA 3MEDA 4GMJB 4O0IA 5KGXA 2QKKA 4K8XA 3K58A 3HP9A 1DTTA 1CXUA 4OJRA 3HVRA 3T3FA 1LW2A 4CFAA 4DF8A 1ITGA 1RTDA 3KLHA 4DFPA 1VSJA 2Z1HA 2PYJA 1GOAA 2KQ2A 3RTVA 3L2UA 3VA0A 4DMNA 4CK1A 3OYJA 3CM5A 4UQGA 2FC0A 3RRGA 4CIEA 1UA1A 4KHSA 5HBMA 4DQQA 5DMRA 3OS0A 4CF8A 3DLBA 2E4LA 1RT2A 2YHBA 3V9XA 2RN2A 4BACA 3SPZA 3L2VA 1S1UA 3LP3A 1JLEA 3AVJA 4LSNA 1U48A 3HYFA 4DSEA 1L3TA 4FZZA 1JLCA 4KAZA 3SQ1A 4G1QA 3OY9A 1X9MA 4HCCA 3SCXA 3S3OA 2D0BA 4PWDA 2HHSA 4OGCA 3NH2A 3O3HA 4ELVA 4FVMA 1WSFA 4NCGA 4KO0A 4Z4HA 4O44A 4CJRA 3LP1A 3EZ5A 4E7HA 3VQCA 4FLXA 4FLYA 3QIOA 4FK0A 3V9SA 3LALA 1W0HA 3KK2A 4DTMA 3QEXA 1SV5A 3DRSA 2YHAA 3S3NA 2KW4A 1CLQA 1BI4B 1NJYA 1TK0A 1C1AA 3V6DA 1BCOA 3ZSYA 4CJSA 3S3MA 4N47A 1TKDA 4DS5A 4DSLA 4ZTFA 2HNDA 3M8RA 3G10A 4PUOA 4GW6A 1RT7A 5FRMA 4FJNA 3VQPA 1C6VA 1S1TA 2PY5A 1TAUA 2OPQA 4ICLA 1L3VA 3RR8A 3CFRA 4DLGA 2IS3A 3KKSA 4Z0UA 3SYZA 5I3UA 4BDPA 4N41A 1TKZA 4FZYA 3LPUA 3ZSRA 2GV9A 1XHXA 3OYCA 4IG3A 4CCHA 3L2WA 4HHTA 2OA8A 4E7IA 1HYSA 4CHZA 1NK5A 1YTUA 4FK4A 4Q5VA 1KLNA 1EX4A 4FZXC 1LW0A 1JXBA 3NF9A 1NK7A 4KREA 2P1JA 1S9EA 2OPPA 4CJFA 1TL3A 3VQ5A 3NE6A 4JRQA 2YKMA 3NAEA 1A5VA 2RKIA 4C8LA 2IDOA 3OS2A 5J2MA 4CF2A 2FBXA 4KTQA 2FBTA 4KB1A 4E19A 2ZE2A 4C8MA 4M41A 1I39A 3U3GA 4B08A 3AO1A 1S6PA 4CJLA 3CQ8A 3ULDA 3ZT2A 3HVTA 3QEIA 2KTQA 4CECA 3IG1A 3MEGA 4DTJA 4KI6A 3AVLA 3P1GA 1ASUA 3KLIA 5HP1A 1NJWA 4FM1A 4HUEA 1LAVA 4NYNA 4PY5A 1I3AA 1BIUA 3V4IA 4CERA 4CHOA 4ZTJA 4NCAA 4ID1A 4E1NA 3TANA 1KSPA 3P5JA 1N5YA 4OKJA 1NK0A 2G8FA 1RILA 1B9DA 4FJIA 3M8SA 1EKEA 3L3VA 3THVA 3OYDA 4LH5A 2HB5A 4CHQA 4XIUA 3LDSA 3QNNA 1LWCA 1T8EA 4Z4EA 1ASWA 3SI6A 4OLAA 4ID5A 4CEAA 1U47A 1BISA 2EX3A 2OZSA 1RT1A 2G8UA 3IAYA 4PA1A 3QINA 2R7YA 4K8ZA 1O1WA 3OS1A 1BL3A 1VSIA 4KPYA 3BGRA 3CFPA 2RF2A 4RG8A 4IKFA 3HL8A 3NF6A 1S1VA 1A5WA 3PO4A 5CZ2A 2YNHA 5C25A 2BANA 3NCIA 1HMVA 3TR8A 4OPJA 4E7LA 4CF9A 4F3OA 3SUOA 2QKBA 1Q9YA 1HJRA 4DSFA 4DTSA 4N5SA 4DU4A 4J2DA 3HSTB 2E6LA 1N6QA 3F73A 1BI4A 4FJLA 3HJFA 5SWMA 4CFDA 3HPHA 4FXDA 3LWLA 1SL2A 3L8BA 4CEOA 4RW4A 4CIGA 1U45A 2HNZA 3NBPA 2HMIA 4DTUA 3SUQA 4BWJA 3AVHA 1CZ9A 3NFAA 4CHPA 3DLKA 2B4JA 4CK3A 3ZSXA 4R5PA 4M3TA 2HHWA 2HHUA 1S1XA 3CM6A 3JSMA 1TKXA 3O3FA 1S5JA 1RBSA 1BQMA 4O4GA 4DSJA 3OYNA 4NCBA 1LAWA 5J1EA 3AA4A 1RBVA 4B9SA 4F2RA 4DU3A 2XY6A 4BE2A 1KVBA 4ELTA 3AVBA 3C6UA 1X9WA 3O4QA 1NK9A 4MFBA 4O5BA 3I0SA 1T03A 3BDPA 4KHUA 1ZBIA 3QO9A 2XY5A 4IFYA 1JKHA 3TAFA 3SNNA 1QTMA 3SUPA 1KLMA 4RW7A 3HK2A 2NUBA 4CGFA 4AILC 4E3SA 1UA0A 1NOZA 5HRPA 3PV8A 4FJ5A 4I9QA 3RMCA 4FJ9A 4CEQA 4AHRA 3EY1A 4IDKA 4CGHA 5E41A 4NYFA 1IO2A 4KTZA 4B9VA 2D0AA 2W42A 3HPGA 3KKRA 4RW8A 1Q8IA 1WSIA 3VQEA 1TKTA 4CEZA 3VQAA 1L3SA 1WSJA 3DRPA 1D8YA 3V1RA 1FKOA 4DQSA 4FK2A 1SKRA 4W5OA 4CEEA 2DY4A 4L8RB 1RCHA 1TAQA 4CGJA 4DFJA 3LAKA 4DFKA 3C95A 2XO7A 3RMAA 3K5OA 3NF8A 4W5TA 2DTUA 2X6NA 4CJ3A 1GOCA 4CEFA 2DFHA 2XY7A 2VG7A 4DTNA 4E89A 3OYLA 5HROA 3UIQA 1YVUA 1C1BA 4KV8A 4FYDA 2Q3SA 4B9LA 4B9TA 5SZTA 1XHZA 1BHLA 1WSEA 4HTUA 4JRPA 5JS1A 1XWLA 4M3UA 1BIZA 5FDLA 3SV4A 2X6SA 3KLEA 1FK9A 1C0TA 4J2EA 3PUFA 1QHTA 3OJSA 3QESA 3E01A 2Y1JA 1VSEA 4W5NA 2HHVA 4Z4CA 4ELUA 4OKEA 1U04A 2JLEA 3LAMA 3ALYA 3H08A 1WLJA 4IG0A 2YV0X 1LWEA 1F21A 3AVIA 3OYGA 3NHGA 2DFEA 3NDKA 4FW1A 3KK1A 4E7JA 3AO3A 3DLHA 2VG5A 4KRFA 3B6OA 4AHSA 1WAFA 3ISNC 1RTIA 1VRUA 2VG6A 1WNSA 3ZT4A 4FLVA 4EZ9A 3MECA 4YNQA 4F2SA 3LZIA 3SV3A 3AVNA 5HLFA 1RNHA 2YKNA 4OKKA 2Y1IA 2G8IA 1S1WA 1VSFA 2VWJA 3P83D 3ZT3A 2G8WA 4E0DA 4DQRA 1R0AA 1IKXA 3NGYA 4Y1CA 3WNHA 4EP5A 2ETJA 4KI4A 3AO4A 4WE1A 1NK8A 5HRRA 3HP6A 2ZD1A 3I8DA 3DI6A 2EHGA 3OYHA 3WNGA 3TAPA 1KRPA 2IOCA 4DTOA 2D0CA 4OGEA 3HT3A 4I2QA 3AVGA 4DTXA 1TVRA 3TI0A 4CJQA 3VQ6A 1RDAA 3PO5A 4IFVA 1CZBA 3NH1A 3AVMA 1NKBA 3U3YA 3AO2A 3ZCMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RDDA 1VQLN 3OYKA 4M3XA 1U49A 4FM0A 2KHOA 3V9WA 5C24A 3GG4A 3DXMB 3K59A 3O80A 3DLGA 4B9NA 1FXXA 3B6PA 1CZAN 3AV9A 3DRRA 4B3OA 3A2FA 3SZ2A 3ENHA 4DTRA 3LP2A 4WQ5A 3C7NA 4JKDA 3UKRB 2B5JA 4DCHA 1N36K 3M5RA 3M8QA 3OYMA 2X78A 4CJ7A 4M45A 4FJKA 5M1QA 3TWHA 2RPIA 1GOBA 4BDZA 3K0SA 1BGXT 1B92A 1U4BA 3OA9A 3CG7A 4DSKA 2VWBA 2H3GX 1BCMA 4KHQA 1L5UA 1SL1A 3GL1A 2O8DA 4CF1A 4IBNA 1NKEA 2A3ZA 4RW6A 2FBVA 4BGBA 3V9UA 3N4QA 4LFCK 2E5LK 3EKUA 4H4OA 1D9DA 3K9JA 3RMBA 3CI5A 3E9PA 1WN7A 1NJXA 3NGZA 5AQNA 4H03B 1NMDA 4QAGA 2ZQBA 1FJGK 4B1ZA 4BRGA 4LF9K 4CJUA 2UUAK 2HF4A 2HHXA 3ATVA 3CCVN 4JI5K 4BR9A 2XHBA 4A57A 4OO1J 3CJ1A 2O8BA 2Z1GA 4XH4A 3TAEA 1E4FT 3AVAA 2XRIA 4MQ3A 3OYIA 3AAQA 1VQ9N 5BPNA 3FZLA 1RT5A 3L0QA 1Q86O 1LWFA 3VQQA 2RHKA 2OCEA 2VGNA 3BEXA 1X9SA 2HNYA 1T05A 3SPYA 1IH7A 1RDBA 1JLGA 3LZJA 1VSMA 3W0LA 3BF3A 3O9SA 2Z1IA 3GBTA 4IEIA 3C6TA 3J7YP 3TTCA 3O3GA 3HOSA 1HNIA 1KAXA 3VN5A 4HUGA 2FSKA 2FSJA 3SQ2A 4CESA 4CGDA 2P5OA 3IKMA 2ATQA 1XC9A 5GAGP 5K14A 3HXMA 1HX1A 3VGLA 3KLGA 4FLWA 1JL2A 5FPNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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