1CZBA

Atomic resolution asv integrase core domain from hepes
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
147
structure length
141
Chain Sequence
GRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Atomic resolution structures of the core domain of avian sarcoma virus integrase and its D64N mutant.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Avian sarcoma virus
molecule keywords AVIAN SARCOMA VIRUS INTEGRASE
total genus 55
structure length 141
sequence length 147
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1czbA00
1RILA 3ZSWA 3OYDA 1NK4A 1S1VA 5FRMA 3OYLA 4J2AA 2FBTA 4OGEA 3KKRA 4OKJA 3HL8A 3HXMA 3U3GA 3OS0A 3VQ8A 2ZD1A 4JS4A 4FLYA 3VA3A 3DLEA 4TSXA 1VSLA 3C94A 4M45A 4FXDA 4DS4A 2HW3A 3MEEA 4DTPA 1WSGA 4DF8A 2XY6A 4C8LA 1MU2A 3CFOA 4DFJA 1Q9YA 4CEZA 4DWIA 3NF8A 1DLOA 2YHAA 2IDOA 4CHYA 3S3OA 4ZTJA 4ELVA 1JLQA 1RDCA 4FLXA 2KZMA 1LWEA 2BANA 1JKHA 1NOZA 4E7HA 1K6YA 1NK8A 3B6PA 1KLNA 4DFPA 3NCIA 1JL2A 4CEEA 3V1QA 4AHRA 3K5MA 3SCXA 4DLEA 4F4KA 3HP9A 4UQGA 2D0AA 3QEVA 3LWMA 3PUFA 4DQQA 3DLBA 2F96A 3V9UA 1WSFA 5FRNA 2P51A 1S9GA 5SWMA 3OYMA 1NK6A 3NH1A 1CXQA 3EYZA 4FLZA 4M41A 5J2PA 3SUNA 4ELTA 3DYAA 1X9MA 3VQBA 4CJQA 3HPGA 2G8WA 2KTQA 4CHQA 3QERA 2ITGA 3AVHA 4KB0A 4FJMA 4CF1A 3K59A 1KFDA 2VG7A 3VQ7A 1J54A 3AO1A 4E7KA 4FW1A 3DOKA 1RTHA 2DFHA 3RMCA 4EZ6A 4C8NA 2ETJA 2X74A 3ZSRA 4CJTA 2OA8A 4DSIA 2DTUA 4KTWA 3ALYA 1RNHA 1LW0A 4CFAA 1SKWA 3P5JA 1L3UA 3QIPA 2YNFA 4HHTA 2HNZA 3MECA 3NFAA 2B5JA 3DLKA 3OYIA 1BI4A 1YVUA 3RMAA 3L2VA 4E7IA 1BQNA 4I7FA 1FKPA 2GBZA 2YNGA 3ZSOA 3KK1A 1D9DA 3ZT1A 1CZ9A 3LP3A 1T8EA 1HMVA 2KZZA 1VSIA 3SQ1A 4FM1A 2RF2A 3AVCA 3AVLA 3H08A 2FBYA 3OYAA 4W5RA 4B9VA 2HHTA 1NK9A 1B9FA 3VQ9A 2KFNA 3VQ6A 1S9EA 2BDPA 1XHXA 1C6VA 1WSEA 3QESA 1RBTA 4IDKA 3LZIA 3AA3A 1NOYA 4B3OA 1JLEA 4O0IA 1KVCA 4CEOA 3LP1A 1VRTA 3AO2A 2B4JA 3DMJA 3OJUA 3I0SA 4AHTA 1JXEA 3M8SA 4ZTFA 3RWUA 4CJEA 1J9AA 3NF6A 1Q9XA 2GUIA 3P83D 3SPZA 4B9NA 2QKKA 1WSJA 1BIUA 1VRUA 4CHPA 4B08A 5J1EA 1BIZA 1TGOA 3LPTA 3NF9A 1N5YA 3TAPA 3QO9A 4NYNA 4DMNA 5KGXA 3OYGA 4BACA 3QEIA 4Z4FA 2Z1HA 3CYMA 4FM0A 4F8RA 4KAZA 2A1SA 1HYVA 1LAWA 1WAFA 4HUGA 3K2PA 2ATQA 3TAQA 4KI6A 4FLUA 4J2BA 4CJWA 3IRXA 3NAEA 4FLTA 3PY8A 1KCFA 2IS3A 3L2UA 3VN5A 4FJ9A 1G15A 4M3UA 5KGWA 5E41A 1SKRA 4FJHA 4DSKA 3G0ZA 4DQIA 4KTQA 3V9ZA 1NJZA 4L8RB 4K8ZA 4LSLA 4W5QA 2YV0X 4DQRA 1U48A 5CZ1A 1S1WA 4FCYA 3SV3A 2OPRA 3DRSA 5HRSA 4E3SA 4B9MA 3LDSA 2D0CA 1BCMA 1TVRA 3AA5X 4XIUA 4DQPA 1TL3A 4M3XA 3BDPA 4B9SA 2G8VA 4OJRA 3NHGA 2O4IA 4IFVA 1I3AA 1ASVA 4DG1A 4LY7A 1L3TA 5C24A 1RT7A 1B92A 4O0JA 4Z4CA 3OS1A 4E89A 1HNVA 2G8IA 4JLHA 4E7LA 2FBVA 3F9KA 3VQ5A 5CYQA 2IOCA 4Q5VA 1D9FA 1LWFA 4KHYA 4E1MA 3HPHA 4J2EA 3S9HA 1BQMA 3TWHA 3M8PA 5CY4A 1TKTA 3WNFA 4KI4A 2KW4A 3SQ2A 3C6UA 3NH0A 3O4NA 3T19A 2RKIA 3JSMA 1T05A 4KFBA 3WNGA 1D5AA 4CFCA 5HRNA 3AVGA 4CEAA 3ZT2A 3CQ8A 3LPUA 1FXXA 5HROA 1ITGA 3IS9A 2HVIA 3TAGA 4M3TA 2R7YA 2YKMA 1LAVA 1RBUA 2QXFA 3VQPA 3K5OA 2KQ2A 1JXBA 4OKEA 4FJGA 3VQDA 4CEQA 4M3YA 2WOMA 4FVMA 1RT4A 2E6LA 4CHOA 1S1UA 4DTUA 3O4QA 3IAYA 1RT6A 3PX0A 4OVLA 5I42A 3I8DA 4CK3A 2Q3SA 4DSLA 5D3GA 3QINA 3SYZA 2OYQA 5HP1A 1NJYA 3ZSQA 3ZSXA 4CJ5A 1RBRA 4PY5A 5HRRA 3V81A 1RTDA 3L2RA 3OYNA 2RN2A 4IG3A 4OKKA 4N76A 2DFFA 1ZBHA 1JLAA 2IC3A 4QAGA 3M8RA 3ZT4A 4DFKA 3ZT0A 3SQ4A 4B8AB 1F21A 1J53A 1RT1A 4M3ZA 2Z1IA 4CEDA 1KSPA 2OPPA 3SPYA 4RG8A 1RBSA 1HJRA 1QSSA 3V9XA 3AVJA 3ASMA 1NJXA 2HHXA 1NK7A 4RW8A 3WNHA 1VSMA 3OJSA 4BE1A 1GOCA 1IG9A 2D5RA 3UIQA 5HBMA 2XO7A 1IKVA 5FDLA 4FJ5A 4E19A 4JRQA 1J5OA 1WAJA 3TR8A 4F3TA 1Z25A 4ICLA 4F2SA 4NYFA 3K58A 3QEXA 3TANA 1X9SA 1T03A 4Q0BA 4DQSA 3EY1A 4FJ7A 4Z4GA 1Q8IA 4CEFA 4MFBA 4AH9A 3QETA 1SL0A 2X78A 1O1WA 1VK0A 4ID5A 4DS5A 3DLRA 3DLHA 4CK2A 4O5BA 3OYFA 2X6NA 1BCOA 3MXMA 1I39A 1UA1A 1NJWA 1HNIA 2HMIA 4AHUA 3NGZA 4GMJB 1YTUA 3AO3A 3V6DA 3DM2A 4DTXA 1ZBIA 1YT3A 1LWCA 1VSFA 2RPIA 4KO0A 3K5NA 3PO4A 2OPSA 3T3FA 4CJ4A 3KLIA 5JS2A 4C8OA 1WN7A 3AVFA 4CHZA 1KTQA 3A2FA 4I9LA 4I9QA 4LH4A 3CG7A 4W5TA 3QNNA 4CGDA 4CJVA 4CJKA 4DTNA 1R0AA 2IAJA 4OLAA 3IG1A 4G1QA 3NH2A 3OYCA 2QKBA 1U04A 2Z1GA 4PUOA 1X9WA 3G10A 1SV5A 3CM5A 3KKSA 4FLVA 4ELUA 2B6AA 3QNOA 1CLQA 3SQ0A 2VWJA 1FK9A 3KLHA 4CJFA 2XY5A 3HP6A 3SUPA 1NK5A 4PQUA 4DU3A 1HQUA 3KLEA 1L3VA 1SKSA 4O4GA 4CFBA 4HUEA 1REVA 4FK2A 1CZBA 3PV8A 4BDZA 4O55A 1C1BA 4FW2A 4RW6A 4Z4HA 3SZ2A 1C1CA 1L5UA 2YHBA 4HCCA 1TAUA 4CIEA 4LH5A 3AVAA 2VWKA 2P5GA 4DTJA 3NGIA 1QS4A 3RMBA 4FK0A 1SL1A 1UAXA 3VQQA 3O3GA 1T7PA 1BL3A 3DI6A 4CK1A 3DOLA 4FJJA 3S3MA 4FJNA 1X1PA 4H4OA 3HVRA 3RR8A 4H4MA 3O3HA 4CEBA 2DY4A 4Z0UA 3OS2A 3AV9A 1ASUA 1BHLA 1C0MA 4GW6A 4ZHRA 4IBNA 2Y1IA 1U47A 2X6SA 2WONA 4I2PA 3ZSZA 4EP4A 3ITHA 4CF9A 4CCHA 1NKEA 3C6TA 2AJQA 3AO5A 4N5SA 3L8BA 3LWLA 1GOBA 1VSJA 4Y1DA 4B8CA 1BGXT 1Y97A 3ULDA 3U3YA 3OYHA 4DSJA 3OYEA 2HHQA 3AA2A 4KRFA 3AVIA 3V9WA 4FJ8A 4CESA 1W0HA 3L3VA 3VQCA 3DRRA 2BGGA 4CF2A 1KVBA 1RBVA 3KLFA 3ISNC 1QTMA 3C95A 2G8KA 4B9TA 4J2DA 3SUQA 4FYDA 4CF0A 1EP4A 4DTRA 4F2RA 4FJKA 1VSKA 2HHVA 3CM6A 1BISA 2VG5A 4CJSA 5C25A 4W5NA 2HVHA 4BWMA 3L2QA 4HVJA 2HNDA 3ZSYA 1IO2A 1XC9A 3EZ5A 3LALA 3QLHA 4PWDA 1VSDA 3SNNA 4Y1CA 2G8FA 1RTJA 1TK0A 1TK8A 3TAFA 3L3UA 3ZT3A 4FJIA 4KHSA 1D8YA 2O4GA 4CJRA 1VSEA 4N47A 4WE1A 1RT5A 3AVBA 2XHBA 3AVMA 2GV9A 1WSHA 4DTSA 1A5WA 3HK2A 1WLJA 1EETA 2FBXA 2I5JA 1JLBA 4OGCA 4FJLA 1TKXA 2XRIA 4W5OA 1IKYA 3K57A 4FZZA 1UWBA 3QEWA 2YNHA 1U49A 3BGRA 3FFIA 1IKXA 3PO5A 4AHSA 4DU4A 1RDBA 3AA4A 3D0PA 4DSFA 2JGUA 1Z26A 5K14A 5KI6A 5FROA 3V1OA 4HTUA 3SJJA 1S1TA 1DTQA 1JLFA 3ZCMA 2JLEA 4DLGA 3AVKA 3OVNA 4E0DA 4O44A 4YNQA 4LD0A 3SI6A 3RTVA 5J2MA 3NDKA 3OYJA 4KHNA 4DF4A 4AILC 2XY8A 4AHCA 4M42A 1NKBA 3DLGA 4E7JA 1A5VA 1S1XA 4PA1A 3LP2A 4CIGA 2OZSA 3KTQA 2F8SA 2E4LA 1U45A 3DRPA 1GOAA 4GVMA 2EHGA 4FZYA 1TL1A 4Z4EA 5DK5A 4CECA 5KTQA 2LSNA 1RT2A 4EP5A 2IGIA 3KK2A 4DSEA 4CJ3A 1KLMA 4NCAA 5CYMA 3SUOA 3QIOA 2PZSA 1YTAA 4ID1A 3OYKA 1QQCA 4RW7A 4BDPA 4RW9A 1JLCA 3NGYA 3TAMA 3F73A 1KRPA 4CGHA 3OY9A 3V4IA 4AHVA 4H8KA 4KHQA 1L3SA 3MEGA 3RRHA 1JL1A 1SUQA 3TABA 2W42A 4FZXC 2ZE2A 4IKFA 5I3UA 1U4BA 3KD5E 4HCBA 5SZTA 1C1AA 1HYZA 3S3NA 1QSYA 4KREA 3NF7A 1ZBUA 3MXJA 3V1RA 4FM2A 1FKOA 4BWJA 3AO4A 3TI0A 4N41A 1HQEA 3NBPA 2A1RA 1BI4B 1TKDA 1ASWA 4KTZA 3WNEA 3SV4A 2P1JA 3LP0A 1XWLA 3HT3A 3QEPA 4CGIA 1TK5A 3V9SA 2YKNA 5T7BA 3PX6A 1S5JA 2ZQBA 4CF8A 4CJPA 4DTMA 1NKCA 3L2WA 4QOZB 3MEDA 3U6FA 1NK0A 1ZBFA 2NUBA 4IG0A 5HRPA 3CFPA 3NE6A 4JS5A 2HB5A 1CXUA 1RDAA 1UOCA 1W9HA 2E6MA 3VQ4A 4DU1A 1ZBLA 1N6QA 4KHWA 2FC0A 4Z4IA 4M3WA 3HO1A 4CFDA 4N56A 4DTOA 1S6QA 1WNSA 2HHSA 4YFUA 4CJUA 1B9DA 3AVNA 4BE0A 1TAQA 3M8QA 4B9UA 2G8HA 3I0RA 2PYLA 1VSHA 2OZMA 4CERA 4KKOA 3KK3A 1C0TA 1RTIA 5C42A 3VQAA 2PYJA 4C8MA 1TV6A 4E1NA 5KRSA 3LZJA 1QSLA 3VQEA 3RRGA 4KPYA 2BE2A 1A5XA 4CIFA 3MXIA 3E01A 3K5LA 1EXQA 2Y1JA 4F3OA 3KIOA 1HPZA 3VA0A 3KJVA 2HNYA 3D45A 4FLWA 1LV5A 2F8TA 3THVA 3HJFA 1TKZA 2EX3A 4BE2A 4OPKA 3RMDA 2YNIA 4QCLA 4LSNA 5J2QA 4C8KA 5CZ2A 4FK4A 1QHTA 2Z1JA 2HHWA 4M3RA 1EX4A 4IFYA 3KLGA 4CE9A 3JYTA 4CGGA 1WSIA 3HM9A 1XI1A 1KVAA 3KD1E 4NCBA 4OLBA 2HHUA 3LAMA 4NCGA 2QK9A 3LAKA 1RCHA 1IKWA 5EU7A 3T1AA 2XY7A 4FJXA 4RW4A 3B6OA 4KV8A 4HUFA 1C0UA 1RDDA 3CFRA 4DFMA 1UA0A 1ZYQA 4CHNA 4B9LA 2D0BA 1DTTA 3ZSVA 4CGFA 5JS1A 1EKEA 5DMRA 2VG6A 1QE1A 1JLGA 4KHUA 3HPOA 2P5OA 4K8XA 3OYBA 5J2NA 4I2QA 1HRHA 1RT3A 3HYFA 4CGJA 3O3FA 2DFEA 2PY5A 3HSTB 3HVTA 4EZ9A 3LANA 1HYSA 4JRPA 4MQ3A 3MAQA 2KFZA 2OPQA 4R5PA 1SL2A 4OPJA 1S6PA 3P1GA 3TAEA 4BDYA 4KB1A 4CJLA 3PX4A 1KFSA 3TARA 2G8UA 3RR7A 1XHZA 1IH7A 5HLFA 5KRTA 1LW2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MWPA 3ULEA 2J4RA 1S1VA 3OYLA 4J2AA 2E2QA 3KKRA 5FPDA 3U3GA 3OS0A 2FSNA 4TSXA 3C94A 3SAHA 4Z94A 3KVGA 1MU2A 4DFJA 4CEZA 4DWIA 1OVYA 3S3OA 1HR0K 4ZTJA 4BC2A 4IDHA 1LWEA 3ZX0A 1MA9B 1NK8A 4DFPA 3HP9A 4UQGA 2D0AA 3TPQA 2UUBK 3PUFA 2W6KA 2F96A 3K9KA 4M41A 5B8HA 2VYPA 3DYAA 2NLXA 1X9MA 1BUPA 3EKSA 3VQ7A 2VGMA 3DOKA 4B1YB 3RMCA 4C8NA 4CJTA 2X74A 3ZSRA 3ALYA 4CD3A 1L3UA 3QIPA 2B5JA 1YVUA 3CIPA 4E7IA 1EWRA 3M5RA 3TTFA 4A5AA 1HMVA 4BRGA 2RF2A 3AVLA 3OYAA 2NRTA 1NK9A 1GLCG 3VQ9A 4A62A 4BC5A 2BDPA 4BREA 3RSEA 3WQUA 3QESA 4CZMA 3T1HK 3OJUA 4KI6A 1VRTA 3AO2A 2GX9A 4JD2A 4FWOA 3CI5A 2PAVA 2YCHA 2GUIA 1C0GA 3SPZA 2A42A 2CGKA 5A2QO 4B9NA 5EX5A 1E3MA 1BIUA 4U67L 2ZWHA 5JICA 3LPTA 3NF9A 1Q81O 1OH7A 1QZ5A 4JEPA 4YDUA 3LDNA 3VF6A 3O4WA 4FWRA 4C1NI 1YUWA 3R1XA 1OH6A 3N4PA 3THXA 4DSKA 4KTQA 5IT9O 3V9ZA 4W5QA 3C7NB 5CZ1A 3EZWA 4ILHA 2OPRA 5HRSA 1I94K 3U9DA 4DQPA 1V4TA 4CZIA 4RTFD 2HBJA 2E2OA 3BUZB 1ASVA 4YOYA 2Q0RA 3P31A 4LY7A 2V52B 5C24A 4Z4CA 4E89A 4JLHA 2FBVA 3F9KA 3VQ5A 5CYQA 4YOUA 2IOCA 4J2EA 3CC2N 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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