1EXQA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic core domain
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
154
structure length
147
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQEDGIPYVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the HIV-1 integrase catalytic core and C-terminal domains: a model for viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 44
structure length 147
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-05-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1exqA00
1GOCA 3AVNA 1C0TA 1NK6A 5I3UA 3G10A 1XI1A 3JSMA 3C6UA 4CJ5A 3HT3A 3DRSA 3WNHA 1ITGA 2RKIA 1UA0A 3L2QA 4CJLA 4FJ7A 2B6AA 1NOYA 2G8WA 2ZD1A 2XY5A 3ZCMA 5HROA 3I0SA 1J5OA 3DLHA 2HHXA 1A5WA 3V1QA 3EZ5A 4CJTA 3AVFA 1NK4A 1J53A 4UQGA 1T7PA 1HYZA 1TAQA 3VQDA 4CJUA 3S9HA 4XIUA 1KFDA 3QESA 2Z1GA 4DS5A 4OGEA 1SL2A 4F8RA 3WNEA 4CK2A 5C42A 3DOLA 4F4KA 3NH1A 3SI6A 3I0RA 3L2WA 1VSIA 3OYCA 4Q5VA 4M3WA 4IDKA 4QCLA 1X1PA 4DTMA 4B8CA 3DRPA 3QERA 3NGZA 2YHAA 3KTQA 3DLRA 4CK3A 4OKEA 4DTNA 4BE2A 3LZJA 2HNYA 2P5GA 2F8SA 4HUGA 3RMCA 1TKXA 4FM0A 1KFSA 2DY4A 4IG0A 1BQNA 1WAJA 2IGIA 4FJ5A 3NE6A 3CQ8A 4ID5A 4CF1A 3OY9A 3NF8A 2IS3A 3DYAA 3UIQA 1RBTA 3L2UA 1VSLA 4G1QA 4C8KA 3A2FA 3OYLA 3KLFA 1EX4A 2HVHA 3DOKA 4FJHA 1RTIA 5KTQA 3OJSA 3ZT3A 3AVMA 4CHQA 1TKTA 4B8AB 2ZE2A 3RRHA 1T8EA 4PUOA 2E6MA 1BIUA 1ZBFA 4FZXC 2ETJA 3WNFA 4LH4A 3CFRA 4FJXA 2VG6A 3K5NA 2XY6A 1S1TA 4JRQA 4FLWA 1NJYA 1NJXA 4EP5A 3U3GA 4Q0BA 3HL8A 4RW4A 3V9WA 4FJGA 2KZZA 5HRNA 4W5TA 1REVA 3O4QA 4N5SA 2KW4A 3T3FA 4FXDA 3TR8A 2HNZA 2IAJA 3D0PA 4DFPA 3MXMA 3BGRA 2KFZA 4Y1DA 3AVLA 3LPTA 4RW8A 3QEPA 1K6YA 2JGUA 3NGIA 4K8ZA 1FK9A 3AA5X 3M8SA 3ZSZA 1TKZA 4J2BA 1RDDA 5KRSA 3WNGA 4FK4A 3AVJA 5T7BA 1QE1A 2O4IA 5KI6A 1JLCA 1T03A 3OYJA 3F73A 4CF9A 1GOAA 1JKHA 4HCBA 1B9FA 3OYBA 3O3GA 3HYFA 3MXJA 5FRNA 4KPYA 3ZSVA 1HMVA 4BDPA 4B9LA 3U6FA 3SUNA 4RW7A 3DRRA 4LH5A 3OYNA 1RILA 4CEFA 1LV5A 3PO5A 2FC0A 3D45A 3PY8A 3ALYA 3O4NA 4KV8A 2X74A 1JLBA 3K2PA 3AA2A 3RRGA 2HNDA 4EZ6A 4M3XA 3VQ5A 1ASUA 4FZZA 4Z4GA 1YTAA 3HXMA 2OYQA 3ASMA 1RCHA 1A5XA 1EKEA 2ATQA 1NK7A 2Z1JA 4B9NA 1XHXA 5KGXA 3NCIA 2RPIA 3OS2A 4NYNA 4CESA 4HVJA 4FM1A 3RMDA 4IFVA 1L3SA 1NK5A 5C25A 4CCHA 4KREA 4M3YA 1Z25A 3C95A 3DMJA 1WLJA 3LPUA 1VSFA 2KTQA 3KD5E 4DF4A 5SWMA 1B9DA 2G8FA 5JS2A 3M8PA 4DFKA 1NK8A 4BE0A 3V1RA 1NJWA 4NCBA 4E7LA 2OPPA 4AHCA 4DQSA 3PX0A 3L3UA 1NKBA 1JLGA 1RDCA 3VA0A 2Y1JA 1RDAA 2HHVA 3NF7A 1BHLA 1KLMA 4Z4IA 4AH9A 2I5JA 3HVTA 1TV6A 2LSNA 1WSHA 4LY7A 3VQCA 1X9WA 4JS4A 4DSLA 4KHSA 4H4MA 1QS4A 4DU4A 2HMIA 1WSJA 3CFOA 5FDLA 3OS1A 1BCMA 4CEEA 2YNHA 3K5MA 2G8KA 2G8HA 4CJSA 4KHQA 1C1AA 3U3YA 2Q3SA 3SQ4A 3TANA 4CERA 1HYSA 3ISNC 4AHSA 1WSIA 1HPZA 1WSEA 4FW2A 3THVA 5CZ1A 2OA8A 3QEWA 4KHUA 2X6SA 1SL0A 4M42A 3ITHA 4F2RA 3KK1A 3OYKA 4Z4FA 3NFAA 3PX6A 1L3UA 3O3HA 2W42A 1T05A 4FJNA 3BDPA 1N6QA 3C6TA 3AO4A 3KKSA 2PY5A 3LWMA 3KLGA 2P5OA 3B6PA 3KJVA 1JXBA 4BACA 5CZ2A 4DSIA 4KB0A 2HHQA 3E01A 4R5PA 4FK2A 1KCFA 1QQCA 4IKFA 5FRMA 3F9KA 4KO0A 3L2RA 1UAXA 1LW2A 3VQQA 1JXEA 3L2VA 4FW1A 2YNGA 4E7HA 4DSJA 3ZSXA 3SZ2A 3ZT4A 3AO5A 4DLEA 1NKCA 4ELVA 2G8IA 1RTDA 2P1JA 1QSLA 4B08A 4KAZA 5SZTA 4FCYA 4CJ3A 3OYDA 3SPYA 2IOCA 2WOMA 4M45A 3SV4A 4CJFA 2IC3A 1VRUA 3QINA 3OYHA 1BIZA 5DK5A 2FBVA 3KLEA 2BANA 3TI0A 1TKDA 3K59A 4CJVA 4BDYA 1HRHA 2BGGA 2YKMA 5KRTA 1NK9A 1FKPA 1N5YA 4M3TA 1EXQA 3TAPA 4N76A 4CJWA 1FKOA 3V9XA 1JLFA 1KVBA 4DTXA 3RMBA 3S3NA 5HBMA 3VQ8A 1JLAA 4N47A 2GV9A 2P51A 4OPKA 1W9HA 3ZT1A 1UA1A 2RN2A 3QIOA 1S1WA 4CGHA 2B5JA 1CZBA 4CF8A 1VSDA 3HSTB 3VQ6A 3ZSYA 4AILC 3HO1A 3CFPA 1ZBLA 2KQ2A 3OYAA 1Q9XA 1C6VA 3T19A 3HVRA 1FXXA 4DLGA 3PO4A 1U04A 2JLEA 2YHBA 3TAQA 2VG7A 1CLQA 4PA1A 4F3OA 3OYFA 3ZSQA 3DLKA 3QEXA 4FLUA 1RT3A 3JYTA 1L3VA 4W5NA 4CK1A 2XHBA 1SKRA 5JS1A 2QKBA 1ZBHA 4ZHRA 3CYMA 5E41A 1DTTA 4MQ3A 1IKXA 1WN7A 4DMNA 1ASVA 3AO2A 3TWHA 1RNHA 4I2PA 3IG1A 1LWFA 1U49A 1C1BA 1S1XA 2OPSA 4KKOA 4Z4HA 2XY7A 1JLQA 4NCGA 1RT7A 2XRIA 1F21A 1IKVA 2O4GA 3O3FA 1RBRA 5EU7A 4CIFA 1LWEA 1VSMA 4M3RA 3V6DA 4W5QA 1D8YA 3QLHA 4CECA 1SV5A 2DFEA 2OZSA 5J1EA 3LP0A 4FJ8A 3NH0A 4OLAA 3SQ0A 3AO1A 1U45A 2YKNA 4DQQA 3C94A 3OVNA 4I9QA 4CHOA 3K5OA 4HUEA 4E3SA 2D5RA 4CF0A 4J2DA 1LW0A 3LWLA 4Z0UA 3CM6A 1U47A 4RW6A 1HQEA 4DTSA 2D0CA 3HM9A 1RBVA 4O0IA 3HP6A 4IG3A 4Y1CA 1RTHA 1IH7A 3AVGA 4RG8A 4BDZA 3RTVA 4DSKA 4ELTA 1I39A 4CJQA 4KTWA 4KHWA 1Z26A 2DFHA 4CEOA 4B9VA 3OYMA 4YFUA 4CF2A 3KK3A 3MAQA 2BDPA 2FBYA 2QXFA 4CJ4A 4CIGA 3VQ9A 4ELUA 1JL1A 1RT5A 2AJQA 1TVRA 4JLHA 4DTPA 3DLBA 2Z1IA 2A1SA 3NF9A 2HB5A 4AHUA 3P1GA 1SKSA 4KI4A 1S6PA 4PY5A 3AA4A 3KK2A 1VRTA 4CEDA 2GBZA 1I3AA 3H08A 2B4JA 2VWJA 4DTUA 1SL1A 4HHTA 1Y97A 3QIPA 3NH2A 2DTUA 3M8QA 1JL2A 1L3TA 4DWIA 2OPRA 3ZSOA 1S6QA 3SUPA 1LAVA 3NGYA 4ZTJA 2PZSA 3PX4A 4FJMA 3DLGA 3SQ1A 4K8XA 4E1NA 1HNVA 4FJKA 5DMRA 3EY1A 2HHSA 1S9EA 1KVAA 1RT4A 3VQAA 4CGFA 2OZMA 2PYJA 4PQUA 4EP4A 4KRFA 4O0JA 3QETA 1GOBA 3TABA 4L8RB 4FVMA 1J9AA 3SV3A 2YNFA 1X9SA 3SCXA 4FK0A 1C0UA 3SUOA 4GMJB 3AVCA 3OYGA 3RWUA 3T1AA 3VQ7A 3TARA 4FJJA 4M41A 5I42A 4GVMA 1NJZA 1CXQA 1SUQA 2YV0X 2Z1HA 4CFBA 1X9MA 1EETA 4BWMA 4DTRA 1RT6A 4JRPA 1KSPA 3IAYA 5HRRA 3KKRA 1KLNA 1U4BA 4DQIA 4NCAA 2FBXA 1IO2A 1B92A 1YTUA 4I7FA 2VG5A 2G8UA 1NKEA 4FM2A 1BGXT 3V1OA 3SNNA 3SUQA 3RR7A 3AVBA 1ZBUA 1CZ9A 4GW6A 4DTOA 3AO3A 3L3VA 4J2EA 4FJIA 5HRPA 2YNIA 2QK9A 3CM5A 3LAKA 1C0MA 1UWBA 3V81A 4DU3A 5HLFA 2BE2A 1SKWA 1BL3A 4DS4A 2E4LA 3LALA 2ITGA 4KTZA 1DTQA 2EHGA 1RTJA 4CJPA 1C1CA 1HYVA 3ZSRA 3KLHA 2XO7A 1RDBA 3EYZA 2HW3A 1QSYA 4FZYA 3G0ZA 4RW9A 4FLTA 4IFYA 5CYMA 3L8BA 3HP9A 1XWLA 4QOZB 3FFIA 4CGIA 2QKKA 1TL1A 5KGWA 3ULDA 2Y1IA 4FJLA 1KVCA 3MEGA 4IBNA 4CJKA 2HHTA 4CHZA 4OGCA 1QHTA 2A1RA 1D9DA 2HVIA 3MEDA 3AVKA 3NDKA 4CEBA 1J54A 3ZT0A 3MECA 3LANA 4LSLA 3VQEA 3QNOA 3CG7A 2EX3A 4FLXA 4DFJA 1KRPA 3LZIA 4CFAA 2HHUA 4I2QA 2RF2A 4CIEA 1A5VA 4Z4CA 1ZYQA 1WSGA 3IRXA 3QEIA 4H8KA 4AHTA 4CHNA 4EZ9A 2DFFA 4NYFA 1BQMA 4DF8A 2XY8A 2X6NA 1U48A 2FBTA 4DFMA 3NF6A 4CJRA 2ZQBA 4OKJA 3NHGA 1Q9YA 1RT1A 4OKKA 4E89A 3TAMA 1W0HA 3K58A 4KTQA 3TAFA 4KI6A 4E0DA 4FLZA 4DG1A 4O4GA 3HK2A 4H4OA 1R0AA 1TAUA 3VQ4A 5J2PA 1ASWA 2D0BA 3QO9A 5C24A 4FLYA 1D9FA 4O55A 1KTQA 3P83D 4YNQA 4CGGA 3P5JA 4DQRA 1LWCA 3OJUA 3IS9A 4AHVA 1L5UA 1YT3A 3MXIA 4FLVA 3HPOA 3RR8A 3DI6A 4W5RA 3SYZA 1WSFA 3LP2A 4WE1A 4HTUA 3VA3A 1TK5A 4C8OA 4Z4EA 3K5LA 3PV8A 3HJFA 3DM2A 3KIOA 1VSKA 5K14A 2WONA 3S3OA 4LD0A 4KHNA 4M3UA 3I8DA 1O1WA 3TAEA 3SQ2A 2PYLA 4HCCA 4J2AA 4CJEA 4CHPA 1S9GA 1JLEA 5HRSA 3NAEA 3B6OA 3QEVA 4KB1A 4O44A 4FYDA 3V9ZA 3DLEA 5J2NA 3KD1E 4HUFA 4E7IA 4E7KA 3RMAA 1LAWA 4PWDA 3V9SA 3TAGA 3MEEA 3AV9A 1UOCA 4ID1A 4JS5A 4DQPA 4CGDA 1YVUA 2KFNA 4DU1A 4LSNA 1CXUA 4CEQA 4KFBA 4OVLA 1VK0A 3HPHA 3V4IA 4BE1A 1Q8IA 3ZT2A 5CY4A 3VQBA 1TGOA 4CFCA 3AVIA 4E19A 4FJ9A 4CE9A 1IG9A 1EP4A 1TL3A 4CHYA 4E7JA 4ZTFA 5J2MA 4MFBA 2D0AA 1VSEA 4CEAA 1BCOA 4OPJA 3LP1A 4B9SA 3AVAA 3AA3A 2GUIA 1BI4B 4B3OA 4W5OA 1IKYA 3V9UA 4DTJA 3QNNA 4B9UA 1D5AA 1XC9A 3LP3A 4C8LA 3NBPA 1WNSA 2E6LA 3SPZA 4C8MA 1IKWA 2NUBA 1S1UA 3K57A 5FROA 3PUFA 4TSXA 4ICLA 2OPQA 4N41A 4F3TA 3ZSWA 1HJRA 4B9MA 1G15A 2X78A 3SJJA 2F96A 1HQUA 3LDSA 4CEZA 1VSHA 1HNIA 4OJRA 1XHZA 3AVHA 1NOZA 1MU2A 3OYIA 1BISA 1VSJA 5CYQA 1NK0A 2G8VA 3VN5A 1RBUA 4I9LA 4OLBA 2HHWA 4KHYA 1ZBIA 4N56A 4AHRA 4O5BA 2IDOA 4B9TA 5D3GA 4C8NA 1RBSA 2R7YA 3LAMA 4CFDA 1QTMA 4F2SA 1RT2A 3M8RA 1DLOA 3HPGA 1TK8A 1TK0A 4DSEA 1WAFA 4M3ZA 3VQPA 4BWJA 4CGJA 4QAGA 2F8TA 1S5JA 2VWKA 5HP1A 2KZMA 3OYEA 1S1VA 4DSFA 3OS0A 3KLIA 3S3MA 1BI4A 1QSSA 4E1MA 5J2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JLHA 3AVNA 5AQGA 5I3UA 3JSMA 3BY5A 1Q81O 3HZ6A 4X66K 1YJNN 4YDUA 3I0SA 3AVFA 4JI1K 2HHHK 1TAQA 4H0YB 4XIUA 2F9TA 4YOXA 1XC3A 3OHRA 4CK2A 3I0RA 1VSIA 3OYCA 4DTMA 3QERA 4LF4K 1RGIA 2YHAA 4CK3A 1VQ8N 3LZJA 3RMCA 3CXCM 4FM0A 5H1SQ 4CZIA 1BQNA 3CCVN 4UY8O 4JI2K 3NE6A 3IFRA 3OY9A 3NF8A 3CJBA 1RBTA 3OYLA 1EX4A 4BR9A 3AVMA 4L3QA 2NRZA 4DQ8A 4FLWA 5HRNA 3T3FA 2W6KA 3BGRA 4Y1DA 3LPTA 4RW8A 3QEPA 4K8ZA 3AA5X 5C2FA 4J2BA 4WFBL 2WC9A 5KRSA 1C0GA 3AGKA 3BP8A 4JI7K 5AQVA 3HYFA 3OW2M 4KPYA 1XMOK 4FWMA 4B9LA 2A42A 2YJEA 3CJ7A 4LH5A 1RILA 2FC0A 2O8CA 3PY8A 4KV8A 5M1KA 1JLBA 4BRCA 3RRGA 2I7NA 4EZ6A 3VQ5A 1HPMA 2P9LA 3HXMA 4JN4A 4BRGA 2Z1JA 2VWBA 4BROA 2UUCK 1TUUA 5BPLA 4M3YA 4DV2K 4WFAL 4C1NK 3VF2A 4DF4A 2G8FA 5JS2A 2QWNA 4YOTA 3VGKA 3VA0A 1RDCA 3H1QA 1H1VA 1WSHA 3VQCA 5AQLA 2HMIA 1WSJA 2W41A 2NRXA 2YNHA 4CJSA 1C1AA 2QEXN 1N8RO 3SQ4A 4CERA 1KAYA 1HYSA 1QVFM 1LCUA 1HPZA 1WSEA 1E4FT 4FW2A 1NGAA 2ITMA 2HSTA 3ITHA 5AQMA 4WQ4C 1QZ6A 2D0PA 4IXCA 4KH6A 1T05A 3AARA 2OTLN 2F9WA 3C6TA 5AZIA 2GWKA 3ZEUA 3KLGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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