1HRHA

Crystal structure of the ribonuclease h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
130
structure length
125
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the ribonuclease H domain of HIV-1 reverse transcriptase.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 37
structure length 125
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hrhA00
3V9SA 4DQQA 1QS4A 1L5UA 1NJXA 2HMIA 1TK8A 4KKOA 1U4BA 3VN5A 5KI6A 1WSFA 3SQ0A 2G8UA 4CEDA 1Z26A 4KTWA 4LSLA 3HSTB 4B8CA 3HVTA 4DTSA 4DTRA 1L3VA 4FZZA 1KRPA 1XWLA 1X1PA 1S6PA 1RTIA 3L3VA 1NJWA 3KTQA 1K6YA 1NOYA 1KFDA 3DLHA 3SQ4A 4HTUA 1ITGA 4FVMA 3QINA 1A5VA 3TAQA 4F4KA 3LZIA 3VA0A 4C8KA 2XY7A 3A2FA 3H08A 3SYZA 2ATQA 1ASUA 3PX4A 3RRGA 1LWEA 3WNFA 2IGIA 1VRTA 1U48A 3DI6A 1D5AA 3WNHA 3AVJA 5CZ1A 2B5JA 1JLBA 3B6PA 4CERA 4LD0A 2OZMA 1VSHA 2PYLA 2OPSA 3AO5A 3SV3A 3K5NA 2YNFA 1QSYA 3AVBA 2IDOA 4DQRA 4Y1CA 4I9QA 1RILA 1WSHA 1JLFA 1TL3A 1ZBUA 4DFJA 3NF9A 5C42A 2Q3SA 1SL0A 1IKXA 4IG0A 1F21A 2D0CA 1SKWA 2FBVA 4E7KA 3AA2A 4CHYA 4E1MA 1QSLA 3HPOA 1IKYA 1S1XA 1VSDA 3AVGA 5KRTA 3SNNA 3IS9A 3VQBA 5FDLA 4N56A 3OYJA 4DF4A 3SJJA 4LH5A 1IO2A 1Y97A 1YT3A 2G8KA 1U47A 2KFNA 3THVA 3TAGA 1DTTA 1TKTA 2FC0A 4NCGA 1X9SA 5CY4A 1RBSA 1S1TA 4B3OA 4CE9A 3SCXA 4Z4IA 4FJLA 4W5TA 4ID5A 4N47A 3O4QA 4ZTFA 4FJMA 3EY1A 1GOBA 2X6SA 3O3HA 2HVIA 2FBXA 4OPKA 4CEZA 3KJVA 4CJWA 5J1EA 1JLEA 3M8SA 3S3NA 4CFCA 3M8PA 4DF8A 2NUBA 4JLHA 3ZT2A 3K57A 5DK5A 2DY4A 3U3GA 2OPRA 3QEVA 1UA1A 2D0BA 1VSEA 4LSNA 3KK3A 1RBTA 2P5GA 1U04A 1BCOA 4O0JA 4OKEA 3KD5E 4DU3A 2HHXA 4DTPA 3L2RA 4KTQA 2HHWA 3DYAA 3SPZA 4OJRA 4CJ4A 4CF9A 4FM2A 4CJKA 3AVAA 3RWUA 1RBUA 4O44A 5C25A 5SWMA 3HP6A 3OYDA 1BIZA 4CHZA 4KAZA 4CK2A 3MXJA 3ZSWA 3AA5X 1KTQA 4BE0A 1ASWA 3HYFA 4BDYA 2KQ2A 4KPYA 4CF1A 4CGIA 4CJTA 3VQEA 1C1BA 5C24A 3V4IA 5HRPA 5FRMA 3DRPA 2YV0X 3EYZA 4RW8A 3OYAA 1RTJA 3G10A 4CJPA 1NOZA 4E7LA 4W5RA 1EP4A 3CFOA 5CYMA 1KLNA 2HW3A 1CXUA 2OA8A 2OZSA 3UIQA 1A5XA 3U3YA 1HNVA 1HYVA 3DLKA 4CHOA 4IFYA 1NK6A 1TAQA 2VG6A 1WNSA 4B9SA 1SL1A 1NJZA 1WSIA 3V6DA 4PY5A 1IKVA 1JKHA 2IOCA 3VQCA 3NGZA 4FJHA 1QQCA 4NCAA 4FJNA 1ZBLA 1Q9YA 4GW6A 4RW4A 4Z4HA 4DFPA 2DTUA 2HHSA 2G8VA 3I0SA 2YKMA 3K58A 1NK4A 1SKSA 3JSMA 1ZBFA 4I9LA 1BI4B 1N5YA 2E4LA 4DSIA 4CJEA 1WSJA 1IG9A 1LAVA 1KCFA 4DQPA 3AVCA 2VWJA 1HPZA 1G15A 4ZTJA 3VA3A 4M3TA 1EETA 3RMCA 4CK1A 4FJ7A 3TR8A 1SV5A 2R7YA 3B6OA 4CGHA 3MEEA 3QERA 3DLBA 3S3OA 4FJ5A 1BL3A 4FJ8A 4OKKA 1TK5A 3SI6A 2G8WA 4ID1A 4CGFA 4FLZA 1RNHA 1LWCA 3ZSYA 3AO2A 1RBRA 3RMDA 5CZ2A 4C8OA 4OKJA 4Z4FA 4FXDA 3LP3A 1BQNA 3NH1A 4M3ZA 2Z1IA 3HJFA 3LPUA 3KK2A 3DRSA 2HNDA 3NDKA 1B9DA 4BE2A 5J2MA 3L2WA 1QE1A 3MXMA 4CJVA 2D5RA 3KLHA 4E0DA 4KREA 3RR8A 4K8ZA 4CEEA 3CQ8A 4FLWA 3NFAA 5J2NA 4YNQA 1HRHA 3KLIA 3ULDA 1TV6A 1QSSA 2A1SA 3KLEA 2HHQA 3TI0A 1UA0A 4FZYA 3ZSOA 1GOCA 3CG7A 4CEQA 4DTJA 4CJ5A 2W42A 4JS5A 3PX6A 1RBVA 2B4JA 4DTMA 2B6AA 2PYJA 4B9VA 3HXMA 1MU2A 4FCYA 1D9FA 1A5WA 1TL1A 4M3RA 1S1WA 4ELUA 4Z4GA 3VQ6A 4O0IA 3HPGA 5D3GA 2OPQA 1I39A 4E3SA 3QLHA 4DG1A 4CJRA 3AVMA 4IBNA 3WNEA 4H4MA 1C0UA 2WONA 3LAKA 3SQ1A 3NF6A 3V9XA 1VSIA 4PUOA 1WN7A 3RMBA 1UOCA 1T8EA 2O4IA 3LWMA 5JS2A 4CF0A 4DSKA 1HMVA 3FFIA 5DMRA 3SUNA 2D0AA 1HQEA 2X74A 4H8KA 5KGXA 3I8DA 4GMJB 4KI4A 3C95A 1C6VA 1RCHA 3DRRA 4R5PA 1RDCA 4FM0A 1L3UA 3VQDA 4QCLA 4EP4A 2DFHA 1TKZA 3NGYA 2I5JA 1Z25A 3LAMA 4EZ6A 1W9HA 1HQUA 3ASMA 3DLGA 4L8RB 2Z1HA 3MECA 2QKKA 3ZSVA 3OYIA 4KV8A 4HUFA 4ELVA 4CJQA 3QNNA 4DS5A 3TARA 3M8QA 4F3TA 1HYSA 3AO3A 2OPPA 3HPHA 3RMAA 3ZSRA 1C0MA 2IC3A 3AO1A 4FJGA 2QK9A 1KVBA 1L3SA 4FLXA 4HUEA 3TAEA 2KZMA 3OYGA 4E7HA 4HCBA 2ZE2A 4F2RA 1JLGA 3PO5A 3LPTA 4O4GA 2WOMA 1BQMA 4DQIA 4E89A 1J5OA 1BHLA 2P1JA 4CEFA 2KZZA 3TABA 1IH7A 3E01A 2BANA 4CJUA 1YTAA 3KLGA 3DLRA 3OY9A 2F8TA 2F8SA 3ZT0A 4JS4A 1KFSA 2ZD1A 4HHTA 4DU1A 3NF8A 3OYLA 3V9ZA 2KTQA 1S9EA 4BWJA 4J2AA 3AVNA 2XY8A 4ZHRA 3ZT1A 5HRSA 3SZ2A 4FLYA 3P1GA 1S5JA 1HJRA 2ITGA 3NHGA 3OYHA 4KHNA 2XHBA 4CEBA 3VQ8A 3OYEA 4DTXA 1TKDA 2O4GA 4C8NA 1TGOA 3LWLA 4KB0A 4KHQA 4Z4CA 1RDBA 3IG1A 4F3OA 1REVA 3D45A 3LP2A 5J2PA 3CM6A 4CEAA 5FRNA 4NYNA 4FJ9A 3ITHA 2P5OA 2Y1JA 1X9MA 1B9FA 1BI4A 1VRUA 4DSFA 4FK0A 5KGWA 1XHXA 5HBMA 2G8HA 4M45A 3TAFA 3K5LA 1NKEA 4IDKA 3NH0A 3QNOA 1NK0A 5JS1A 1C0TA 2JGUA 3HL8A 3I0RA 4M41A 4FJXA 4FLVA 5KTQA 1CXQA 1T05A 3HO1A 4E19A 4F8RA 3D0PA 2A1RA 3LALA 5I42A 1NJYA 5CYQA 1RT7A 4CCHA 3K5MA 1LWFA 3LP0A 3QEWA 3HK2A 4Y1DA 2X78A 1RT1A 1TKXA 3ISNC 3OYKA 3NCIA 3QEPA 3TANA 2QXFA 1HNIA 3V1QA 4FK4A 4FLTA 4OGEA 4KFBA 3PX0A 4Q0BA 1S9GA 1JXEA 2DFFA 1FKOA 1JL1A 1SL2A 2YNIA 1ZYQA 4RW6A 3IRXA 3OJUA 1N6QA 1D8YA 3DMJA 4F2SA 1UWBA 4FYDA 1VK0A 4HUGA 4WE1A 2P51A 4DMNA 2PZSA 2F96A 4FK2A 2LSNA 2VG5A 1XC9A 1T7PA 1TAUA 3ZT3A 4W5OA 1KVAA 4BDZA 4PQUA 1VSLA 3QIOA 1CLQA 4AILC 2GV9A 4CHNA 1LAWA 3JYTA 1KLMA 3HM9A 3OYMA 3OYCA 4FW1A 2BE2A 4M3YA 3MEDA 1CZ9A 4K8XA 2FBTA 4C8LA 4RW7A 2JLEA 1Q9XA 4OPJA 2EHGA 5FROA 2Z1JA 4KTZA 2HVHA 4MQ3A 1VSKA 1J53A 4E7JA 4PWDA 1D9DA 2KFZA 3ZT4A 3F73A 4NCBA 4M3XA 4J2BA 1DLOA 2IAJA 4BACA 1RT2A 3SQ2A 5T7BA 1DTQA 2HNZA 4FJKA 1RTHA 3MXIA 4O55A 4DU4A 4B9NA 4GVMA 1JLQA 4B9LA 3K2PA 3OJSA 4FM1A 4I7FA 4FJIA 4G1QA 1C1AA 3ALYA 2XY5A 1I3AA 4M3WA 4CFDA 3V9UA 2Y1IA 3DOKA 3C6UA 4FJJA 2VWKA 2GUIA 3HT3A 4I2PA 4FLUA 3NF7A 3VQ4A 1KSPA 3G0ZA 1VSJA 4N5SA 1CZBA 4AHUA 1U45A 3QESA 4AHVA 3KLFA 2XO7A 4KI6A 3EZ5A 1ZBIA 3AVFA 3AVLA 1U49A 4ELTA 5HROA 4CJLA 4J2DA 4CGJA 3K5OA 1UAXA 3AO4A 1LW2A 2YKNA 4BWMA 4E1NA 2YNGA 3AA4A 4CGGA 4QOZB 3OYFA 1HYZA 3DM2A 1R0AA 4KO0A 4AHSA 4W5QA 4W5NA 3KK1A 4DFKA 2GBZA 1BISA 1EX4A 4AHCA 2VG7A 3L2UA 3HP9A 1XI1A 2RN2A 4DWIA 1RDDA 3KKSA 5K14A 1VSMA 2E6MA 4CFAA 3AVIA 3MAQA 3PV8A 3SUPA 4HVJA 4CIFA 1C1CA 1SKRA 4IG3A 2PY5A 4C8MA 1NKCA 4OGCA 4OLAA 1RDAA 4H4OA 1WLJA 4QAGA 5E41A 4IKFA 1GOAA 4EZ9A 5KRSA 2AJQA 1IKWA 3QEIA 4N41A 3T3FA 2BDPA 4CESA 2YHAA 4CHPA 4CIEA 4DSEA 3OS1A 3CFRA 4CEOA 4B08A 1LV5A 4DSLA 1TVRA 4OLBA 3V81A 3C94A 2FBYA 1FKPA 3PO4A 3PUFA 2G8FA 4XIUA 4B9TA 3BGRA 4NYFA 2X6NA 4I2QA 3U6FA 3TWHA 1RT4A 2EX3A 4M3UA 5HRNA 2DFEA 4DTUA 3C6TA 4CJFA 3IAYA 1FXXA 4RW9A 4OVLA 2HHUA 3SPYA 4Z0UA 3NAEA 2IS3A 5I3UA 2YNHA 2OYQA 2QKBA 3VQQA 1JLAA 3OVNA 4YFUA 3VQ7A 3VQ9A 1QHTA 3QETA 3LP1A 3AVKA 2KW4A 1QTMA 4KHUA 3RRHA 1O1WA 4EP5A 2HHTA 3SUQA 3L2VA 2XY6A 4FW2A 3TAPA 3CFPA 1J54A 1L3TA 5J2QA 4B9UA 2RPIA 5SZTA 1EXQA 1YVUA 4RG8A 4AH9A 4CGDA 4M42A 3NE6A 3CYMA 1B92A 1JXBA 2Z1GA 3V1RA 4KHYA 1XHZA 3O4NA 3KKRA 1NK8A 4JRQA 1NK7A 4JRPA 4DLGA 4B8AB 4CK3A 3PY8A 1FK9A 4CFBA 3NGIA 1S1VA 1RTDA 3CM5A 3S9HA 4DTOA 4J2EA 3DOLA 1S6QA 1JL2A 4ICLA 3TAMA 3OS0A 3OS2A 1SUQA 3M8RA 4DFMA 2HHVA 4BDPA 1ZBHA 1W0HA 3OYBA 3P5JA 4UQGA 2YHBA 1WSEA 2RKIA 1KVCA 4CF8A 3VQAA 3F9KA 4TSXA 3S3MA 3K59A 3KD1E 1VSFA 3KIOA 4CHQA 3NH2A 3L2QA 1RT5A 1WAFA 4N76A 4Z4EA 1BIUA 5EU7A 4DS4A 4DQSA 3SUOA 3MEGA 3SV4A 2XRIA 3T19A 3BDPA 4MFBA 1BCMA 2RF2A 4KHSA 3VQPA 1WSGA 3AA3A 3NBPA 1RT3A 4E7IA 3L3UA 3O3GA 3P83D 1TK0A 2ETJA 3O3FA 3VQ5A 4DTNA 3AVHA 1NK5A 3AV9A 4CJ3A 1T03A 2G8IA 1NKBA 4FZXC 1BGXT 3DLEA 4PA1A 4O5BA 1EKEA 3RR7A 3QO9A 4B9MA 2ZQBA 4KB1A 3ZCMA 4CIGA 4CECA 1X9WA 4KHWA 1S1UA 3ZSXA 4HCCA 2HNYA 3V1OA 1ASVA 1JLCA 1LW0A 3ZSZA 1Q8IA 4LH4A 4LY7A 3QEXA 4KRFA 4CF2A 1NK9A 3L8BA 2HB5A 3QIPA 3RTVA 3ZSQA 3OYNA 1J9AA 4Q5VA 2E6LA 4BE1A 5HLFA 5HP1A 3LANA 3T1AA 3WNGA 4AHRA 4CJSA 3HVRA 3LZJA 1RT6A 4DLEA 1YTUA 3LDSA 4DSJA 3V9WA 2BGGA 5HRRA 4IFVA 4AHTA 1WAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2J4RA 2A41A 4QS9A 1KC8O 2HMIA 1TK8A 4KKOA 3SQ0A 1WSFA 1K9MO 3CCLN 4GKJK 1XWLA 2OANA 2ZGYA 3KTQA 2O8EB 1K6YA 4HTUA 1ITGA 4FVMA 3QINA 3CCSN 4JKGA 3TAQA 4L3QA 1GLJO 3H08A 3F9MA 2ATQA 1QQNA 4BRHA 1LWEA 4YHHK 1U48A 3DI6A 1D5AA 3KZBA 3O08A 3EE9A 1ZXOA 4CERA 3AO5A 3K5NA 4LC9B 1QSYA 5JICA 1NLVA 4Y1CA 3R8EA 4I9QA 4GKKK 3NF9A 2Q3SA 1F21A 5C2DA 3U9ZA 3H6EA 3ENHA 2O8BA 5KPTA 3HPOA 3KK7A 1R59O 2HF3A 2QWLA 3SNNA 3IS9A 3AARA 3VEZA 4DF4A 1Y97A 2W6LA 1RBSA 1S1TA 4B3OA 3BZKA 3SCXA 4B1ZA 4FJLA 4G9ZA 4W5TA 2FBXA 4B1WB 4OPKA 4JNEA 5AQLA 4CJWA 4BRLA 1OH6A 3M8PA 3ZT2A 3K57A 2I7PA 1VSEA 4QS7A 1RBTA 2IVOA 4OKEA 1TUUA 2HHXA 3K9JA 5EXWA 4KTQA 3P4IA 5FPMA 4K0KK 1J6ZA 4CJKA 3TU5A 3CXCM 3CPEA 3MN6A 4KAZA 3CCEN 3MXJA 4KPYA 3AA5X 2KQ2A 4CF1A 3VQEA 1OH5A 5HRPA 2UUBK 1XUPO 3OYAA 4E7LA 4W5RA 5DM6L 3CCUN 4B9SA 3VESA 1SL1A 3BF3A 4NCAA 4Z4HA 3JXUA 2G8VA 3WXJA 1Q86O 4HWIA 3K58A 3B8AX 1BI4B 4I9LA 2E4LA 1VQ9N 2FLOA 3VA3A 4M3TA 2NRZA 3CMEN 4CK1A 2R7YA 4CGHA 3PIPL 3E9PA 4H5NA 3S3OA 1BL3A 2O8EA 4ID1A 4JI2K 5GADP 1MA9B 4C8OA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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