1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
molecule tags Dna integration
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
1CXUA 1YT3A 3HPOA 4B8CA 3VA0A 3RRHA 4E7JA 4KB1A 2ETJA 3LANA 3ZT2A 1CXQA 3KKRA 3SUQA 3THVA 1NKBA 1IG9A 3WNHA 3C95A 3CM5A 2OPQA 5CY4A 1IO2A 2JGUA 4O0IA 1D8YA 3AVLA 2D5RA 2F96A 3NAEA 4EZ6A 4ID1A 3BGRA 5C24A 3VA3A 2HNDA 3OVNA 4FLWA 3ITHA 3DM2A 2NUBA 5DK5A 4CHYA 3NFAA 3KD1E 4BWMA 5D3GA 5CYMA 4M42A 3NGZA 4CCHA 4LH4A 2HMIA 3WNGA 4Q0BA 2I5JA 3AO1A 3PV8A 4W5OA 1ZBHA 2QKBA 3VQQA 4CIEA 4J2AA 1JLAA 2VWKA 3O3FA 4DTNA 3O3HA 3AVBA 4KTZA 4M3RA 4YFUA 4KPYA 4E19A 3VN5A 2ZD1A 3AV9A 5E41A 3AA3A 3L2RA 2FBYA 3OYNA 1KFSA 4DTRA 4CGFA 3OYLA 5HP1A 5C25A 4JRPA 2QXFA 4DSIA 1RBRA 4FJLA 1TKDA 3TAPA 3QNOA 3PO5A 4KHUA 4DQSA 4B9SA 1L3VA 2HNZA 4I2QA 4B8AB 3LZIA 1U04A 4LSNA 4HHTA 4CHQA 3KLGA 3KK1A 1D5AA 4FZZA 4CHNA 1RCHA 1C0UA 1QHTA 3QO9A 4DQRA 4Y1CA 3NH1A 1QTMA 1LWEA 4PY5A 3OYBA 2OPPA 1WLJA 4KREA 4DU1A 1ASVA 3VQ9A 1F21A 1LAWA 4E7LA 4DS5A 3M8PA 4FK2A 2OPSA 1S6QA 3MEGA 4RW8A 4CJ3A 4DS4A 4OKKA 2QKKA 2KTQA 2D0BA 3QIPA 2YHAA 1HNVA 4KFBA 2VG7A 5FDLA 4B9NA 3CM6A 2P51A 2Z1GA 3OS2A 1BQNA 2HVIA 1LWCA 3WNFA 1TVRA 4R5PA 4KV8A 1HYVA 1ASWA 1VSJA 4CGJA 2OPRA 3LP2A 3JYTA 1D9DA 2G8HA 2GV9A 1LWFA 3E01A 1NJWA 3ZSYA 1RT4A 1G15A 1XHXA 4W5TA 3L2VA 1ZYQA 1RBSA 1I39A 3DMJA 4KTWA 3QIOA 4O4GA 5CZ2A 4HVJA 4CF2A 4E1MA 4XIUA 3RR8A 1TKXA 3PO4A 1RT1A 4EZ9A 3OYFA 5KTQA 3RR7A 3I0RA 1BQMA 4K8XA 4WE1A 3OYMA 3I0SA 4M41A 4N5SA 4Z4IA 1HJRA 4OPKA 3KJVA 3PY8A 3MXIA 1BCMA 3DLBA 4CHZA 3QERA 3MECA 4CIFA 3C6TA 1VSHA 2F8SA 4CK3A 2RN2A 3AO3A 4FYDA 3M8QA 4DU3A 4E89A 3KK3A 3UIQA 3DRSA 3ISNC 3M8SA 2HHQA 3ALYA 4OLAA 4CGDA 1KCFA 4IDKA 1C6VA 1NK4A 1B9DA 1ITGA 4B08A 4HTUA 4FLZA 2VG6A 4KB0A 4NCBA 4KHWA 3VQCA 2OA8A 5FRMA 4F3TA 3QESA 4AILC 1B9FA 2YHBA 4AHCA 3L2UA 2KFZA 4IG3A 3O3GA 1UWBA 2YKNA 3SYZA 2HB5A 5KI6A 4FK0A 2HHVA 4DF8A 2DY4A 3MEDA 3SI6A 4Z4FA 4Z4EA 3EY1A 4QAGA 4IKFA 1WAFA 3LP3A 4IFYA 1L3UA 1NKCA 3OYGA 4AHVA 4CJVA 1NK5A 1KSPA 1WSGA 3LZJA 1JXBA 1A5VA 1XHZA 3TWHA 4M3XA 3NDKA 3M8RA 2HNYA 3VQ4A 4PWDA 1GOBA 2HHUA 3VQEA 2LSNA 1Q9XA 2WONA 4FLUA 1S9EA 2QK9A 2YNFA 5J1EA 5SZTA 4BDPA 4DSEA 1W9HA 5J2PA 3SPYA 1UOCA 1IKVA 2OZSA 1VSDA 4E7IA 1X1PA 4RW4A 1S1TA 1DLOA 1TL3A 4CFBA 4JS5A 3LP0A 5I3UA 5KGWA 3V4IA 1T7PA 3I8DA 1QS4A 4CEDA 3SQ1A 4CJKA 4ELUA 3BDPA 2B5JA 1BISA 4CJUA 1WSEA 4DLGA 4DQPA 2X78A 1ZBLA 4CEQA 3V9UA 3SQ2A 1NJZA 4FJKA 3T1AA 1XI1A 1KLMA 2Y1JA 1VSIA 4PA1A 4ID5A 1L3TA 4FJMA 1QSYA 1RT6A 3CYMA 1TAUA 1LW2A 3AO4A 4NYFA 4DQQA 4FJNA 3D45A 3L3VA 3QETA 2GUIA 3DLEA 4CGGA 4KHSA 3HO1A 1QSSA 1BL3A 1Q8IA 1MU2A 4I7FA 3L3UA 3NHGA 4CEBA 3TARA 1FKOA 2EX3A 3PX0A 1JKHA 1HQEA 3AVHA 3NGYA 1RTIA 4CHOA 2PYJA 2OZMA 1EX4A 2BANA 2BE2A 3QINA 3TI0A 4HCCA 1S1XA 1VRUA 3NE6A 3T19A 4J2BA 3MXMA 1JLEA 4AHTA 5HRNA 4AHSA 5KGXA 4LY7A 2G8KA 4DTOA 4M3WA 1CZ9A 4BE0A 1NK7A 1YVUA 3ZSQA 4CECA 3SUPA 2ATQA 1RILA 4HCBA 4M3UA 1BIUA 3DOKA 2Z1IA 3L2QA 1SKSA 4FJ9A 3K5NA 2KQ2A 2R7YA 1IKWA 1RT5A 3S9HA 1WSFA 3HVTA 4CJLA 4FZYA 1Z26A 1NOYA 2GBZA 2X6NA 3F73A 4DTPA 1EKEA 1UA0A 1T8EA 4FJXA 2ZE2A 2O4IA 1U4BA 1J5OA 2IDOA 4FJ7A 4B3OA 1VRTA 4PQUA 4CEZA 1LV5A 4FM2A 1TV6A 4O5BA 2VWJA 2FBXA 3SZ2A 4DTSA 3QLHA 3HSTB 3SPZA 2PY5A 3CFRA 3LP1A 4CJQA 3AVIA 4OJRA 1RNHA 4LD0A 3SNNA 2HW3A 4CGIA 3KD5E 1TK8A 1BI4B 5DMRA 4CEFA 1NK8A 3SCXA 1KVAA 1ASUA 3OYKA 4KAZA 1NJXA 1B92A 1FXXA 1YTUA 4QOZB 2HVHA 3DLGA 4YNQA 4CF9A 1NJYA 4HUFA 4QCLA 4W5QA 3S3OA 3V9XA 1NK9A 1QE1A 3U3GA 1BHLA 3RRGA 4RW7A 5K14A 3AVCA 3V9ZA 3DRPA 4BACA 3OYCA 4RW6A 2KW4A 3P5JA 4TSXA 2YNHA 3AVFA 1C1CA 1JLGA 1JXEA 3HXMA 2PZSA 4IFVA 4LH5A 4C8OA 4FJIA 5J2NA 1GOAA 1KTQA 3HM9A 2XHBA 1HMVA 4C8NA 3TAEA 1ZBUA 4E3SA 3ZT4A 2IS3A 4CESA 4GMJB 4CJSA 5KRSA 1YTAA 3LALA 1JLFA 3CFOA 3IRXA 3HYFA 2HHWA 1L3SA 3SQ0A 3DYAA 4W5RA 3ZSZA 3IS9A 1S6PA 1GOCA 3T3FA 2E4LA 5HRSA 4DU4A 3P83D 1J53A 4CJWA 3ZT0A 4DFKA 3KLEA 1NK0A 3OY9A 4Z4HA 4FJJA 4FVMA 3SV4A 2BGGA 1BGXT 3AVAA 5CZ1A 2RKIA 3NH0A 4FLTA 3U3YA 4CEEA 3NF9A 1I3AA 3KKSA 3O4NA 4E7HA 4DTJA 2RPIA 5C42A 4FJHA 2G8IA 3VQ7A 3VQAA 1O1WA 4CJTA 4FCYA 1RDAA 4B9TA 3SUNA 2P5GA 2Q3SA 5HRPA 3D0PA 4CHPA 1R0AA 2YNIA 4H4OA 1HYZA 1CZBA 4AHUA 1SL0A 4G1QA 1LAVA 4CJ5A 1X9MA 3DLHA 4F2SA 4Q5VA 3AA5X 4F8RA 3F9KA 1WN7A 3DLRA 3DRRA 4KKOA 4MQ3A 3KLHA 4NCGA 3QEVA 1KFDA 1SUQA 3LPUA 4OKJA 4DLEA 2DFEA 1RBVA 4RW9A 3NH2A 4LSLA 1FKPA 1TL1A 3VQ5A 3OJSA 3KK2A 4I9LA 1QQCA 3TAQA 4ELVA 2G8FA 2B6AA 2FBTA 3IG1A 4MFBA 4CK2A 1IH7A 2FC0A 4CEOA 4FJGA 1WSIA 3SJJA 1A5WA 2D0CA 4BDZA 4M3ZA 4IG0A 4L8RB 3OYIA 1Y97A 2ITGA 2XY8A 4ELTA 3VQ6A 4M3YA 4DMNA 4HUEA 2YNGA 1TK5A 4H4MA 3V9SA 4CF0A 4OLBA 1HRHA 2FBVA 3ZCMA 1C0MA 3ZSWA 1NKEA 1VSLA 3C6UA 1N5YA 4KRFA 2Y1IA 1WSHA 4AHRA 5FRNA 4BWJA 1RT2A 2Z1JA 1S1UA 1ZBFA 4FLYA 3OYHA 2Z1HA 2X74A 3TAFA 1C1BA 3DLKA 3L2WA 1VSKA 1RTHA 3PX6A 4M3TA 4PUOA 4FLVA 4CK1A 4CFDA 1TK0A 4DTUA 2XO7A 4OVLA 3NBPA 3SV3A 4N76A 3PUFA 1VSFA 4I2PA 4FM0A 3S3MA 3V1QA 3LWLA 1Z25A 4DWIA 1TAQA 4ZHRA 3QEXA 1W0HA 1UA1A 3LPTA 4BE1A 5HROA 4F4KA 4JRQA 2YKMA 4K8ZA 2DTUA 1C1AA 2WOMA 4RG8A 1SL1A 2YV0X 1RDBA 3NF8A 4Z4GA 1SV5A 3KTQA 1J9AA 3G10A 1EETA 3TAMA 1SL2A 4DSKA 3V1RA 1ZBIA 3MEEA 1S1WA 3OS1A 2DFHA 2ZQBA 1WNSA 2VG5A 1HYSA 3AO2A 4CJEA 4DFJA 3SUOA 4GW6A 2IAJA 1TKTA 4DSJA 4KTQA 5HRRA 3QNNA 2IC3A 3K2PA 1BI4A 4C8MA 1RT7A 4CFAA 4N56A 3NCIA 1JLQA 4NYNA 1U47A 1EXQA 3HL8A 3OYJA 4B9MA 3AA2A 1RBTA 3MAQA 4ICLA 3OJUA 4B9UA 3TANA 4F3OA 3G0ZA 4CJ4A 3S3NA 3ZSXA 3KLFA 2X6SA 4DSFA 1S5JA 3VQPA 4DTXA 1S9GA 2KZMA 4C8KA 4DTMA 4FW2A 4E1NA 4KO0A 3TR8A 2G8WA 4Y1DA 1XC9A 1HQUA 1VSMA 3AVGA 3K5MA 3CFPA 1L5UA 1J54A 3AO5A 3TAGA 3PX4A 1JL2A 1DTQA 4O44A 2BDPA 2KFNA 4UQGA 4DFMA 3DI6A 4FW1A 4FJ5A 3L8BA 1HPZA 3RMCA 3VQ8A 1RBUA 4I9QA 2O4GA 4IBNA 1KVBA 1TGOA 4CF8A 3RTVA 1WSJA 5I42A 1JLBA 3ZSRA 1CLQA 1A5XA 3HPGA 1VSEA 2XY5A 2G8VA 1IKYA 1N6QA 1REVA 3HVRA 4Z4CA 3P1GA 2B4JA 4FK4A 1K6YA 1DTTA 4CE9A 3NGIA 4DQIA 2XRIA 3OYEA 4AH9A 2P5OA 4E0DA 3TABA 3CQ8A 2A1RA 4HUGA 4J2DA 4FXDA 1HNIA 3OYAA 1RTDA 3ASMA 2IOCA 1D9FA 4NCAA 5EU7A 3B6PA 1SKRA 3U6FA 3LDSA 1EP4A 3AVJA 3KIOA 3IAYA 4N41A 4W5NA 2PYLA 1NOZA 1RDDA 4F2RA 4B9VA 3HJFA 3ZSOA 2AJQA 1WAJA 1RTJA 3LAKA 3K57A 3HK2A 4OGEA 3RWUA 3OS0A 1FK9A 3LWMA 5T7BA 4Z0UA 1TKZA 4N47A 4KHNA 1VK0A 2RF2A 3AVKA 3HT3A 3HP9A 2P1JA 3A2FA 5HLFA 1X9SA 4DSLA 3NF7A 4OGCA 5KRTA 3NF6A 1Q9YA 1UAXA 5HBMA 4B9LA 1JLCA 3MXJA 3HPHA 3ULDA 2XY7A 4GVMA 2XY6A 1T03A 2HHSA 5JS2A 3VQBA 1U48A 4FZXC 4M45A 2D0AA 4JLHA 3WNEA 1KLNA 3HP6A 4CJFA 4CFCA 4OPJA 3KLIA 4O0JA 3AVMA 3V6DA 4FLXA 3C94A 3H08A 3V81A 2EHGA 4KHQA 2HHXA 2W42A 3O4QA 4BDYA 4C8LA 4CF1A 4EP4A 3B6OA 3OYDA 3FFIA 3QEIA 1RDCA 1RT3A 5FROA 4EP5A 3JSMA 4KI6A 1SKWA 5J2QA 3K5OA 3RMDA 4BE2A 3K58A 3RMBA 3V9WA 3QEPA 1U45A 3DOLA 3V1OA 1KVCA 3VQDA 3ZT1A 1NK6A 4J2EA 5JS1A 3K5LA 5J2MA 4FJ8A 1BIZA 4E7KA 1S1VA 1BCOA 3LAMA 3K59A 4KHYA 4CIGA 1XWLA 4CJRA 4CGHA 4FM1A 2DFFA 1LW0A 1IKXA 2IGIA 4DG1A 2HHTA 3ZT3A 4O55A 4H8KA 3AA4A 2G8UA 1X9WA 2A1SA 2E6MA 1U49A 3CG7A 3RMAA 3ZSVA 3AVNA 4KI4A 4DF4A 3QEWA 2KZZA 2F8TA 4ZTFA 1C0TA 3EYZA 4OKEA 4ZTJA 2JLEA 1JL1A 4CEAA 4JS4A 4CERA 4CJPA 2E6LA 3EZ5A 3SQ4A 1KRPA 2OYQA 4DFPA 1QSLA 1T05A 5SWMA 5CYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3W3DA 2ETJA 3LANA 3SUQA 1CXQA 3THVA 4A61A 3CM5A 2OPQA 4WQ4C 4EHUA 4EZ6A 3AVLA 1YAGA 3VA3A 3LL3A 1EQYA 1JCEA 4FLWA 3ITHA 2NUBA 5DK5A 3VERA 4CHYA 3NGZA 4CCHA 1NLVA 3LDQA 2F4VK 3CJ7A 3AO1A 4GKJK 3PV8A 3QFPA 4CIEA 4FWKA 1JLAA 2VWKA 4DTNA 3O3HA 3AVBA 4KTZA 4M3RA 4YFUA 2D0OA 4E19A 3VN5A 2ZD1A 2HBJA 3ZETA 1VQ5N 3L2RA 1KFSA 4DTRA 4CGFA 4FJLA 1NJIO 4DQSA 3VETA 4B9SA 2NLXA 4LSNA 3KLGA 5H1SQ 4FZZA 4H5TA 2UXDK 1C0UA 1OH6A 4PY5A 3OYBA 4L3QA 4K42A 4DS5A 3M3ZA 3M6GA 4OKKA 2D0BA 3QIPA 3R1XA 3H1QA 5FDLA 2P51A 3CERA 2Z1GA 1SAZA 1IV0A 4JI3K 2QWMA 3W0LA 4R5PA 4KV8A 3JYTA 3E01A 1RT4A 5GAGP 3RVCA 3PIOL 3CCMN 1I39A 3R8EA 4XIUA 1IBMK 3RR8A 1TKXA 1BDGA 5LJWA 5AQIA 3OYFA 4K8XA 4DR7K 1RDUA 3OYMA 3EE9A 4Z4IA 1HJRA 3MXIA 1BCMA 4CHZA 2I7NA 1M90O 1IJJA 3AO3A 4GY2B 4DU3A 4E89A 3T7ZA 3KK3A 3ISNC 2HHQA 1N36K 4CGDA 1KCFA 1T6DA 3VQCA 1VQON 4AILC 3CJ1A 4ILGB 1HKGA 4BROA 5AQGA 1TYQB 4NXMK 2DY4A 4QAGA 4AM7A 1RDWX 1L3UA 5HOOA 2VQFK 2W6KA 1QHAA 1NK5A 1KSPA 4WQ4A 4M63C 5AQZA 3KWGA 4M3XA 2QW9A 3NDKA 2HHUA 4BRDA 2QK9A 1S9EA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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