The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
|
structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| molecule keywords |
hypothetical protein
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Thermus thermophilus
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| total genus |
18
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| structure length |
98
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| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NMN A; 1NU0 A; 3PSI A; 1IV0 A; 2OCE A; 1OVQ A; 3BZK A; 1VHX A; 3PSF A; 3BZC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AHV A; 2JWK A; 5EVZ A; 5J2P A; 1C1B A; 5BR8 K; 1EP4 A; 2V52 B; 4JS5 A; 1IG8 A; 3VGL A; 2XY7 A; 4W5N A; 2I7N A; 4YDU A; 1RT6 A; 2D1K A; 5F1X A; 2HND A; 5MLC Q; 3VTH A; 1XC3 A; 2UXC K; 3E01 A; 5AZI B; 2W40 A; 4A5A A; 1WAF A; 3QB0 A; 3I33 A; 3VEY A; 4DQ8 A; 4BDP A; 1VAZ A; 2BDP A; 2NNW A; 2UXD K; 4H8K A; 4C8N A; 1S5J A; 4CJR A; 5JLH A; 4FJX A; 4JLH A; 3QNO A; 1HNW K; 2QWN A; 4PA1 A; 4B3M K; 3E9P A; 2E6L A; 2AJQ A; 2O8E B; 5E41 A; 1NJI O; 4N5S A; 3UB5 A; 4WFA L; 3CFR A; 5CYM A; 3CC4 N; 1JJ2 M; 4E7K A; 2NRR A; 3RRG A; 4K43 A; 3LZJ A; 3DM2 A; 1RBU A; 3MN9 A; 2YHB A; 4OPJ A; 1Z26 A; 4C1N I; 4JRP A; 4KFB A; 2HOE A; 2ZM6 K; 5LY3 A; 3D2F A; 3F2K A; 3OYF A; 1WN7 A; 3TAQ A; 4BRC A; 5JS2 A; 4CIE A; 3WNF A; 3G0Z A; 5BRF A; 4NYN A; 1FKO A; 4CF2 A; 4HWI A; 1BCO A; 3TAF A; 3MX5 A; 1TL1 A; 1T6D A; 4B3O A; 3FZF A; 2NRZ A; 2IIR A; 3CET A; 5IWA K; 3OYE A; 3ZT1 A; 4X62 K; 3VQ9 A; 1EET A; 2VQE K; 2W6L A; 1BG3 A; 3F73 A; 4Z0U A; 4H5N A; 1KVC A; 1RT4 A; 5F2R A; 1YVN A; 3RR7 A; 4FPA A; 4A2B A; 1TAQ A; 2YHX A; 4JAX A; 4O8U A; 1ESV A; 3O3H A; 1TK0 A; 4Z4F A; 3VEZ A; 2DFH A; 5BN8 A; 3ENH A; 2IDO A; 4CJK A; 3L2R A; 4A61 A; 4EFH A; 4DQI A; 2QK9 A; 2VWB A; 3DRR A; 2WTU A; 2QWP A; 4OLB A; 3CJ1 A; 2DTU A; 1SS6 A; 4FK4 A; 4YDU C; 2G8I A; 3QER A; 4K8Z A; 1NK6 A; 2VGN A; 1RIL A; 4Y0W A; 5FRO A; 4XIU A; 1JXB A; 3L2W A; 1SKR A; 4JYA K; 2Y1I A; 2KFZ A; 1QQC A; 4BRH A; 4A62 A; 3FGU A; 2BUP A; 3JSM A; 5D3G A; 3HBT A; 2P9I A; 3QEV A; 4LF6 K; 3LM2 A; 4IXC A; 2UUB K; 4F2R A; 1RDU A; 5M1K A; 4DS5 A; 3L2V A; 4CGH A; 4BRO A; 4HUG A; 3LDN A; 3VQB A; 1K9M O; 4JI5 K; 1ZC6 A; 4LF4 K; 4JKH A; 4BVO A; 1HYS A; 3CFO A; 1HPZ A; 2OZM A; 1KD1 O; 4OKE A; 4ELT A; 3MCA B; 4BQL A; 3E9L A; 4XEI A; 4OGC A; 4FWK A; 4BGA A; 4CF1 A; 4CEZ A; 2X6N A; 1E4G T; 3J7Z O; 4CER A; 2HMI A; 1SZ2 A; 3I8D A; 1HQU A; 2EHG A; 3K58 A; 3H45 C; 4AM7 A; 3F9M A; 3FR0 A; 5BR9 A; 2O8C A; 4CJE A; 5JLF A; 1V4T A; 5JS1 A; 1J6Z A; 3NAE A; 3PX0 A; 4GVE A; 4FJ8 A; 1VQ7 N; 4BDZ A; 4KTZ A; 4IZ9 A; 1IBM K; 2GUI A; 2GWJ A; 3KTQ A; 3QLH A; 5CE3 A; 2XY8 A; 2DY4 A; 1XWL A; 1LV5 A; 3QES A; 1NKC A; 1BHL A; 1QVF M; 4FJL A; 1RDA A; 3AO2 A; 5KTQ A; 1GLB G; 3ZT3 A; 5TKW A; 3OYD A; 1P90 A; 4FOI A; 2Z1I A; 4RW9 A; 4CFD A; 4FLX A; 5GAG P; 3OYH A; 1GLA G; 3K2P A; 4G1Q A; 3CCU N; 2P9L A; 1NOY A; 5AQT A; 1LOT B; 3P83 D; 2KFN A; 4AHR A; 2VGM A; 1Q8I A; 4IOX A; 2BE2 A; 2OA8 A; 4LD0 A; 3VEV A; 3SAG A; 4Z94 A; 1K8K B; 4FZX C; 1D4X A; 2YNG A; 4H0O A; 2HW3 A; 3AVJ A; 3KWI A; 2Z1H A; 3ZX0 A; 3UKU A; 4RW6 A; 1IV0 A; 4HUF A; 3NH0 A; 5DMR A; 2OPQ A; 3PX6 A; 4FW2 A; 3TAN A; 1YTA A; 1EKE A; 4WCE L; 1OKJ A; 3OYG A; 1RCH A; 4PKH A; 3M5R A; 2P9K B; 5FPD A; 4FLZ A; 2O8F B; 3LDO A; 4QOZ B; 1W2B M; 3D2E A; 2IAJ A; 3AGK A; 3WUH A; 1BQN A; 1KVB A; 3SV4 A; 4UY8 O; 3G10 A; 4DB3 A; 2KQ2 A; 3TTF A; 1IJJ A; 2E5L K; 1D9F A; 3E1Y A; 4PY5 A; 3HPH A; 2G8V A; 3SJH A; 4LY7 A; 2HBK A; 4MO4 A; 3P38 A; 4FO0 A; 3D45 A; 1W0H A; 2A3Z A; 2G8F A; 3CER A; 4CHP A; 2QKB A; 4FJM A; 4CZI A; 1YJ9 N; 3CCR N; 2WOM A; 1JXE A; 1NK8 A; 5LJV A; 4R5P A; 2GBZ A; 2IVO A; 1HYZ A; 1J5O A; 1GLF O; 3LP0 A; 3HRG A; 1NK5 A; 3B6P A; 2V51 B; 5IT9 O; 1VQ8 N; 3PSI A; 4RTF D; 4AIL C; 1XUP O; 3OTO K; 3WEE A; 3V6D A; 4NYF A; 4E1J A; 2JWL A; 3K59 A; 3KD1 E; 3OYA A; 2UUC K; 1NMD A; 1LAW A; 2OTJ N; 1ITG A; 3VF2 A; 3U3Y A; 3SQ0 A; 4JI6 K; 3O6W A; 1R59 O; 2E8A A; 3H6E A; 1QSS A; 1SV5 A; 1SKS A; 1Q81 O; 3GDQ A; 4Z4G A; 1J53 A; 4DU1 A; 2O8B B; 3SAH A; 4FZZ A; 2QWQ A; 3SLC A; 1Q86 O; 1RTH A; 3CJ7 A; 4XH5 A; 1SUQ A; 1L3V A; 1ZBH A; 2VYP A; 3MN7 A; 1VQM N; 2VWJ A; 3J8A A; 3N4P A; 1X1P A; 4EP4 A; 3WQU A; 1VSM A; 5BPM A; 4L3Q A; 2IOC A; 2NZT A; 1BDG A; 2ZJQ L; 1YUW A; 1IO2 A; 1RTI A; 3ZSX A; 1U49 A; 1VQK N; 4CK3 A; 1C0T A; 4KHU A; 4WE1 A; 4DFJ A; 1RBV A; 4FPB A; 1T6C A; 5KGX A; 4B9V A; 4LF9 K; 3BP8 A; 3EZ5 A; 3NGY A; 1JLB A; 4GKK K; 3AVN A; 3TAE A; 4ELV A; 3TWH A; 4FK0 A; 1YT3 A; 3SUQ A; 1RBT A; 4IEE A; 4CEA A; 3U4L A; 2FBT A; 4JKG B; 5AQK A; 1XQS C; 4BC2 A; 2PY5 A; 3AO3 A; 1G99 A; 1VQ6 N; 1KCF A; 4JKF A; 2QEX N; 1JLF A; 1KRP A; 4FK2 A; 4CZM A; 2WBN A; 4J2A A; 2W6K A; 4B1X B; 1BWF O; 5GIO A; 2HHV A; 1FW6 A; 1ZBL A; 4I7F A; 2CH6 A; 1QTM A; 1HR0 K; 3HI0 A; 3OYI A; 3WXK A; 2QTD A; 3M8R A; 4CJW A; 1O1W A; 1HUX A; 1J9A A; 4CW7 B; 1IBL K; 1BQM A; 3F5T A; 4J2B A; 1ZBI A; 3IKM A; 4BG9 A; 4YOR A; 4I9L A; 3DMJ A; 1UOC A; 3ZSY A; 5B8H A; 4BRE A; 4O55 A; 2QI2 A; 4GNI A; 4BR5 A; 3K57 A; 1WSE A; 1NKE A; 3QEW A; 3VQD A; 4WF9 L; 1MWM A; 3NFA A; 3VQE A; 5SZT A; 2YV0 X; 2ASM A; 3MMV A; 3QNN A; 4ISG A; 3TAM A; 3M8S A; 3NMU A; 1BOT O; 2D4W A; 3J7A P; 1ILY A; 2P9P A; 3C0B A; 4GV6 A; 2F96 A; 2IVN A; 3ZSR A; 1VQN N; 2QWL A; 2PAV A; 2VG7 A; 3CMA N; 1JLG A; 3L0Q A; 4Z4E A; 4CGG A; 1VQL N; 4M41 A; 3T1A A; 4AHU A; 5GAD P; 3CCM N; 1X9J A; 1E4F T; 1RT1 A; 4EAH D; 1F21 A; 1HNZ K; 2Z1G A; 3N4Q A; 2YNI A; 5ADX H; 3L2U A; 5F0X A; 3F9K A; 3NHG A; 3SV3 A; 3AY9 A; 1VSL A; 4B9S A; 3CM6 A; 1NGF A; 5ADX A; 1RGI A; 3K5L A; 4DFM A; 5HBM A; 4KHY A; 4FM1 A; 4BVP A; 1JCE A; 1WOQ A; 4PQU A; 1TYQ B; 4MDA A; 3ZEU A; 4DTJ A; 4CD3 A; 3ZET B; 3DI6 A; 2Q36 A; 3ISN C; 3OBW A; 3Q7B A; 3VEN A; 3GOI A; 3G6E N; 3U8X A; 3OYM A; 4FJH A; 4Q5V A; 3K9J A; 2GWK A; 4O5F A; 1LW2 A; 2PYL A; 3R6M A; 4DR2 K; 2VCP A; 4H5W A; 3HPO A; 4M63 C; 3MN5 A; 3SQ1 A; 1IBK K; 3SUO A; 4GV9 A; 2A5X A; 5DM7 L; 1S1T A; 3PO5 A; 4B1U B; 4BQZ A; 4JKC A; 3BF3 A; 4C8M A; 1CLQ A; 4KI4 A; 3OVN A; 1TKX A; 2E1Z A; 3DWL A; 1NWK A; 5M1P A; 1ZBU A; 3L3V A; 2G8U A; 2CGJ A; 3QFU A; 1D5A A; 1IKW A; 4AHS A; 4BRF A; 5EOY A; 4DSL A; 3MX2 A; 1YIJ N; 5BRD A; 3I55 N; 3RMD A; 1BA0 A; 3T1H K; 4HUE A; 2HVH A; 4X66 K; 1WSJ A; 5AR0 A; 1KXP A; 3LDS A; 4CFC A; 3E9O A; 1NGA A; 5FDL A; 1JCG A; 3NCI A; 3S9H A; 4FWN A; 1N34 K; 1Y64 A; 5HRS A; 4CJ4 A; 1C0U A; 2W42 A; 4KHN A; 5C2F A; 1QZ5 A; 4ILJ A; 4JN4 A; 4DFK A; 3OA9 A; 5H1S Q; 3RSE B; 4H03 B; 4ID1 A; 2P9N A; 4FYD A; 1VSK A; 4KPY A; 1WSH A; 3DLG A; 3TI0 A; 1T7P A; 1XNR K; 2D0B A; 3QIN A; 4CBW A; 5AQX A; 3WXJ A; 2RF2 A; 3VN5 A; 4E7I A; 4BRN A; 4EIA A; 3RMA A; 1N33 K; 2GX9 A; 3TSQ A; 3K5N A; 3CI5 A; 4DTM A; 4BWJ A; 2X6S A; 1U2V B; 3DLH A; 2VG5 A; 4DMN A; 3WXI A; 3NF8 A; 5CHI A; 4E7H A; 3QIC A; 4FLV A; 2FXU A; 4M3W A; 3ZSO A; 1T05 A; 2J4R A; 1QZ6 A; 1ASV A; 4CFB A; 1LWE A; 4BRD A; 1K73 O; 4Q0B A; 3ULE B; 4JEP A; 1BUP A; 2HHQ A; 3JS6 A; 5C10 A; 4BC4 A; 2ZJR L; 3BDP A; 3HVR A; 2OYQ A; 3OS2 A; 3V9X A; 4DV7 K; 1CZB A; 3DXK B; 4CJS A; 4CJT A; 1D9D A; 5FRN A; 1J54 A; 1GLC G; 1A5W A; 1Q7Y O; 3ULD A; 1YJW N; 1WSF A; 3SMS A; 1JKH A; 3ID6 A; 3U9D A; 2GEM A; 1YF5 L; 3OYC A; 4AHT A; 2DFE A; 2ITM A; 2HNZ A; 1KSP A; 4B1W B; 1QQM A; 3PY8 A; 4JI7 K; 3OYL A; 3VQQ A; 4B3T K; 3C95 A; 4M7Y A; 2HVI A; 3ZCM A; 4O5B A; 5AZJ A; 3OY9 A; 3RVC A; 5M1Q A; 3T69 A; 3VA3 A; 4FLY A; 4CZK A; 3BEX A; 4KTW A; 3ZSZ A; 3Q7C A; 3AAP A; 3V1Q A; 2OPP A; 3S3O A; 4CJ7 A; 5HLF A; 5TKY A; 2KKZ A; 4DV3 K; 4DV0 K; 1IKV A; 4UQG A; 2OZS A; 1LAV A; 3ZX3 A; 3IAY A; 3UKR A; 4W5R A; 4CZJ A; 4W5T A; 4NLB A; 3EKS A; 2NRV A; 2YKM A; 1NK4 A; 4C8O A; 4CJ5 A; 2A1S A; 2P51 A; 2RN2 A; 1RBS A; 4AF1 A; 4CEE A; 3BGR A; 1VHX A; 3WNG A; 2E1Y A; 1DTT A; 2QWM A; 4B9N A; 1NK7 A; 4FVU A; 3K5O A; 2FBX A; 3DLB A; 2ZF5 O; 3QIO A; 1VQ5 N; 4DTN A; 3OS1 A; 3VES A; 5KQ8 A; 2RHK A; 2HHH K; 2E6M A; 4HCB A; 2O8D A; 1GLE G; 2OPR A; 1WLJ A; 2V7Y A; 5AQG A; 1B9F A; 2UU9 K; 1M90 O; 3AO1 A; 3KK7 A; 3AVC A; 4IFE A; 3KJV A; 4GY2 B; 4CZF A; 3AVF A; 2LSN A; 4IEI A; 4NXM K; 4Z4I A; 3IDH A; 4K42 A; 3VET A; 4DSI A; 5AQJ A; 4DF4 A; 3R3L A; 4GVM A; 1NJY A; 3RMB A; 1IKY A; 5C42 A; 3AAQ A; 1NGG A; 3JYT A; 3HM8 A; 3O4Q A; 5JIC A; 4CF0 A; 4E1N A; 3HXM A; 4PUO A; 4H5R A; 2QW9 A; 1XI1 A; 2XHB A; 3T7Z A; 3THW A; 3P31 A; 5AQS A; 1DLO A; 4IG3 A; 1CXU A; 3KLE A; 4FSV A; 5AQP A; 4IFY A; 4EHU A; 3I0R A; 4C23 A; 4NLC A; 3AV9 A; 3T1Y K; 2P9S A; 5JVH L; 1S1V A; 3EKU A; 2WC9 A; 4BRQ A; 4JI1 K; 2KHO A; 4CGJ A; 2HBM A; 4DLE A; 1VSI A; 4M3Y A; 2IC3 A; 1YJN N; 3C7N A; 3H3N O; 4HVJ A; 1FXX A; 3CJC A; 1K6Y A; 3D0P A; 3MWP A; 1I3A A; 3O5B A; 3LAN A; 3D2F B; 2O8B A; 3HJF A; 1C1A A; 1XNQ K; 3NGI A; 2NRW A; 5CY4 A; 1NJW A; 5M1N A; 2P1J A; 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3LPT A; 1HKC A; 4LF5 K; 4JKE A; 4CJ3 A; 2O8C B; 4DTS A; 1CZA N; 3P5J A; 3THX A; 3AVM A; 4FM0 A; 2YHW A; 4BE2 A; 2UYT A; 2Q0U A; 1WBB A; 2G8H A; 1N8R O; 5KGW A; 3HP9 A; 3L4Q A; 4O0J A; 3SUP A; 3ZX2 A; 3AVG A; 3L8B A; 1NK0 A; 3O9T A; 3M8Q A; 1W97 L; 3DXM A; 4CHY A; 3UE5 A; 3KLH A; 5C2D A; 1EX4 A; 1RDB A; 2FSK A; 4WQ4 A; 1VQO N; 3CQ8 A; 2ATQ A; 4CF9 A; 4JRQ A; 1QQO A; 3V81 A; 4F3O A; 2YHY A; 4IOA L; 1NGI A; 5AQH A; 5AJ3 K; 3V4I A; 3TSU A; 2P9L B; 1KAZ A; 4FL9 A; 2H3G X; 2R7Y A; 3HO1 A; 3U3G A; 3C94 A; 4DR3 K; 3DLE A; 1HRH A; 3A0I X; 3THY A; 1C0M A; 2B5J A; 1RDC A; 3L6Q A; 3WNH A; 3UKU B; 5FPE A; 3QEI A; 1J5E K; 2NUB A; 5GIP A; 4EP5 A; 1U04 A; 3DJC A; 3CJ9 A; 4CBX A; 1T03 A; 4J2D A; 3SYZ A; 3KZB A; 3EZW A; 3QIP A; 3WXM B; 1NU0 A; 3RWU A; 1HKG A; 5J2Q A; 4PL8 A; 3FZM A; 1HQE A; 4LFA K; 3QDK A; 3VQ6 A; 4JD2 A; 5M1F A; 1ZBF A; 4JK9 A; 4H5T A; 3D2E B; 4ZTJ A; 4DR5 K; 5C0Y A; 4CZH A; 4A5B A; 4I6M A; 4I2P A; 5GIN A; 3ZSW A; 5J1E A; 1XC9 A; 2E2P A; 2D0P A; 1QSY A; 1N32 K; 3CFP A; 4CZL A; 3PUF A; 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