1KVBA

E. coli ribonuclease hi d134h mutant
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCHELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
molecule tags Endoribonuclease
source organism Escherichia coli
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 54
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvbA00
1MU2A 1RBRA 1J53A 3VQAA 3M8SA 2OZSA 3WNGA 1GOBA 2IGIA 3QETA 2X6NA 4B9NA 4NCAA 3ZSOA 1WAFA 1JXEA 4FK0A 3NH2A 2E4LA 4FLXA 4IG0A 3SYZA 2WONA 1JL2A 4DTPA 1QSYA 4O5BA 4MFBA 1R0AA 2HNDA 1ITGA 1D9FA 1ZBFA 1IH7A 3HVRA 4DFPA 3G10A 3V1QA 3C6TA 3SUQA 4RW4A 5FDLA 4HCCA 3EYZA 3PUFA 3MECA 1BL3A 3K2PA 4B8CA 1Z26A 1YVUA 4F3OA 4W5NA 1EX4A 5C42A 3SQ0A 1W9HA 4KAZA 2OYQA 4OPJA 2D5RA 2GBZA 3OJSA 3EY1A 4DSFA 4KHWA 4CJKA 4CHPA 1XI1A 2DFFA 1RDDA 4OKJA 4N5SA 3OYEA 4FM1A 2BDPA 3K58A 3TAQA 1TL1A 3KK2A 3V9SA 1REVA 3DLEA 4CEDA 4CFDA 4CJLA 3O3FA 3KLIA 3C94A 4CGFA 3NGYA 3ZT3A 4I9LA 2D0BA 3OYDA 2VWJA 1X9MA 1TK0A 1VSLA 1L3SA 3CYMA 4KTZA 1IG9A 4KI6A 4QCLA 1L5UA 3OYBA 4BE0A 4KHUA 4IG3A 4FLTA 4ZTFA 3L2UA 4IKFA 3AVCA 3LWLA 3VA0A 2HHXA 2A1RA 2AJQA 4FLUA 3AA4A 4C8KA 4AHSA 4ELVA 3F9KA 1RBTA 3OYIA 1RT2A 5JS2A 3KTQA 5T7BA 1NOYA 2RF2A 2XHBA 5C24A 3VQ5A 3ISNC 1IKWA 4CEEA 3OS0A 1N5YA 3TAFA 4F2RA 2O4IA 4N47A 1VSDA 1NJWA 4FLWA 1QTMA 4FJHA 3LPUA 3V4IA 3KLEA 5CZ2A 1D8YA 4FK4A 2RPIA 3SQ1A 2IDOA 1K6YA 2YV0X 5JS1A 3TAGA 4CGDA 4CJUA 3NF7A 4DTNA 1HYZA 4MQ3A 4C8MA 3KJVA 3BGRA 2Z1JA 3PV8A 1X9SA 4M3UA 4Z4EA 4F8RA 3OYJA 3SV4A 1NJZA 4BACA 2ETJA 1N6QA 3OYCA 4B9VA 1J9AA 3TI0A 1X9WA 1T8EA 4KHYA 2HHTA 3A2FA 4C8OA 4DFMA 2Q3SA 3HXMA 4CF1A 3AO1A 3PX4A 1SL0A 3RR7A 2RN2A 3E01A 2VWKA 4NCGA 3DRRA 1WAJA 4HUFA 3SV3A 1KSPA 2HHWA 4DU3A 1QS4A 4KREA 1TK8A 4QOZB 1VRTA 3ZT1A 2Y1JA 4F2SA 4FJMA 2E6MA 3VQCA 1IKXA 3WNEA 4LSNA 4CIGA 1GOAA 3C95A 4BDZA 4K8XA 3AVNA 4QAGA 1RILA 1ZBHA 5K14A 5HBMA 1JL1A 1JLBA 1KVAA 4O44A 2HW3A 5CYQA 4CJWA 4W5TA 1KLNA 1VK0A 4OGEA 3TWHA 4FK2A 1O1WA 3P1GA 4FLZA 2YKNA 3K5NA 3AVAA 3ZSVA 1LV5A 2DY4A 1RTHA 3C6UA 3NGIA 3MXJA 3SUOA 1WNSA 2XY6A 1C1CA 3AA5X 2DFHA 4DS5A 1JLQA 4EP5A 4W5OA 3MEDA 2WOMA 3QEPA 4M3WA 4HTUA 1HYVA 4FJ9A 3DOLA 3TANA 4CIEA 4CHNA 4DTRA 4FZZA 4J2AA 5EU7A 3IRXA 1HPZA 1JXBA 4DTJA 1ZYQA 3ZSZA 4M3YA 1SKWA 3HJFA 4E19A 3HL8A 2I5JA 5I42A 3L2RA 3SPYA 1LAWA 3RTVA 4KRFA 3PO4A 4FJNA 4CEFA 1X1PA 1DLOA 4CJ3A 3F73A 3AA3A 3AV9A 1NKEA 2OPPA 1VSKA 4ZHRA 3CG7A 3ZSQA 2BGGA 2PZSA 1UOCA 3OVNA 1JLGA 3NBPA 3ZSYA 3OYHA 5J2PA 1CZBA 1QQCA 3HYFA 4CJFA 4OPKA 3HP6A 1L3UA 4FCYA 4JRPA 1LW2A 1BISA 1WSIA 4E7KA 1TKXA 4RW9A 2G8KA 3AVJA 2ZD1A 4E7IA 4KV8A 4KI4A 1U04A 4DU1A 3LANA 4FJJA 4L8RB 1RDAA 1S1UA 3V81A 3LAMA 4LSLA 3OJUA 4M3RA 3IG1A 1BCMA 3AVKA 3DRPA 3DLRA 1VRUA 5CZ1A 3QERA 1WSGA 2IOCA 1TGOA 4I7FA 1UAXA 5HRPA 1JKHA 4PWDA 4DF8A 4IDKA 4JLHA 4CJQA 4CECA 2P51A 5J2MA 3SPZA 5CYMA 5HLFA 3UIQA 2W42A 1HQUA 3QINA 3O4NA 2B5JA 4H8KA 3OY9A 2OA8A 2KZZA 2HMIA 4R5PA 3NFAA 4W5QA 4FJ5A 2F8TA 1S1VA 4BWJA 4O55A 3VQEA 1S6PA 1FXXA 4O0JA 4DSEA 4EZ6A 3KD1E 1CXQA 4DF4A 3SI6A 3KD5E 2DTUA 2JGUA 3SQ2A 2IS3A 4Z0UA 3VQPA 1WSFA 3AVBA 2GV9A 3LZIA 3DM2A 4Z4CA 4Y1CA 4DMNA 3RMDA 4AILC 4CHZA 2PYLA 3CM6A 1IKYA 4CESA 1HNIA 1S5JA 4JS5A 2XY7A 3QEVA 1XC9A 3VQ8A 5C25A 4CJPA 4ELUA 4OGCA 4LH5A 4FZYA 5SWMA 1VSEA 1Y97A 4CGGA 3DLBA 1HYSA 3ULDA 3NGZA 2KW4A 2EX3A 2RKIA 3SUPA 5HRRA 3CQ8A 2G8HA 3NCIA 4KPYA 1BGXT 1NK0A 4AHTA 1CZ9A 3M8QA 4OKKA 1TKZA 1RTJA 3LPTA 4LD0A 4KHSA 1SUQA 3ZSRA 3S9HA 1WSEA 4OVLA 4B3OA 4CJTA 1NK4A 3LP2A 1D5AA 2QXFA 3QLHA 1U47A 3VQ7A 3AVFA 4DTSA 5HROA 4FVMA 5J2QA 2G8WA 2Y1IA 4DQPA 4DU4A 4M3TA 1JLCA 3JSMA 1SL1A 1HNVA 1C0UA 3I0RA 4DTUA 3L3VA 3P83D 4CEAA 3TR8A 3QESA 4AHCA 4KFBA 2KZMA 3OYMA 1BI4A 1RCHA 1RTIA 3RMBA 3SZ2A 3OS2A 1LWFA 1WN7A 3QIPA 3L8BA 4E7HA 4CJ5A 4HUEA 3MEGA 1GOCA 1QSSA 1RNHA 1ZBUA 3G0ZA 4IFVA 3RR8A 2QK9A 5FROA 4FXDA 2R7YA 4CE9A 5HRNA 2D0CA 3L3UA 4FLYA 3DLHA 1BQMA 2QKKA 4AHRA 2O4GA 2PY5A 2OPQA 4CK1A 3MAQA 5J2NA 3DRSA 2YKMA 3CFOA 4CIFA 4JS4A 3AVLA 4CJVA 1JLFA 4PUOA 3DYAA 3U3GA 4CEOA 1TK5A 1T05A 1B92A 4IFYA 4C8NA 3V1RA 3V1OA 4RW8A 3OYNA 3QEXA 1QSLA 4Q0BA 1NK9A 4O0IA 1JLAA 3VQBA 4ZTJA 2BE2A 3QNOA 2PYJA 1C1BA 4OLBA 5KTQA 4BE1A 1TKTA 1S1XA 1RT4A 4CF2A 2FBYA 4FM2A 3MXIA 4DQIA 4CERA 4FJ7A 1RTDA 3PY8A 5D3GA 1C0MA 2HHUA 3HK2A 1KVCA 1EKEA 1HMVA 1RDCA 4H4MA 3PX0A 3ALYA 1U4BA 1L3VA 5CY4A 1CLQA 4CGHA 4DS4A 1UA0A 1C0TA 3CFPA 4HUGA 2Z1IA 1YTUA 4HVJA 3K59A 4HCBA 2HHQA 3ITHA 4AHVA 3RMCA 4DSJA 4E0DA 4DQSA 1FKOA 2YHAA 4CHOA 4ID1A 4Z4IA 4FW2A 3TAMA 4CEBA 3BDPA 3DMJA 2B6AA 4J2BA 3NF8A 2HVIA 2FC0A 3NDKA 4B8AB 4JRQA 1IKVA 1BCOA 2HVHA 4NYFA 3S3OA 4DTOA 4GW6A 3ZSXA 1KFDA 3H08A 1RT3A 1UA1A 5KGWA 4HHTA 1EP4A 4M3ZA 4FJXA 1ASUA 3HVTA 1EETA 4GMJB 1FK9A 2F96A 3AO3A 4ICLA 4F4KA 2XRIA 3TARA 3NH1A 1LW0A 1NOZA 4DTMA 3OYKA 1ASWA 1BHLA 2HHSA 2ZQBA 4Q5VA 1RT6A 3KLGA 4YNQA 2X74A 4FLVA 1TVRA 3L2QA 3V9ZA 4DQQA 3JYTA 4CHYA 4Z4HA 5I3UA 2LSNA 4J2EA 1ZBIA 3RWUA 5KGXA 3O3HA 3KKSA 1L3TA 3AO5A 3HM9A 4O4GA 4Y1DA 1D9DA 4PY5A 4CFCA 3S3MA 1S1TA 2B4JA 4KO0A 4OKEA 3MEEA 1SKSA 1BQNA 1RT7A 2HNYA 1J5OA 1WSJA 3D0PA 3KK3A 3KIOA 4B9TA 1VSFA 2KTQA 4K8ZA 4ID5A 3NH0A 2FBTA 1EXQA 1WSHA 3I0SA 1KTQA 1XWLA 3VQ9A 1NK5A 2FBVA 3CFRA 4H4OA 4FZXC 4CK2A 2VG7A 4CCHA 4CFBA 3HT3A 1W0HA 5KRSA 1A5WA 1DTTA 1A5VA 1A5XA 1TL3A 1RT5A 4Z4GA 2OPRA 3PX6A 4NCBA 4AH9A 1LWCA 4UQGA 3VN5A 3ZT2A 3LDSA 3L2VA 3CM5A 3HP9A 4B9UA 4LY7A 2ATQA 2X6SA 4E7LA 1NKCA 1RT1A 5E41A 4BE2A 1U45A 4I2QA 3HPHA 1S6QA 3NAEA 1TAQA 4IBNA 2IAJA 2HB5A 3AVGA 2E6LA 1XHZA 4M45A 2IC3A 1RDBA 1I39A 4B9SA 4KHNA 4FW1A 3LALA 3VQ4A 1TV6A 1BI4B 1NK7A 1LWEA 1F21A 1C1AA 3LP3A 3WNHA 2DFEA 3LZJA 1KLMA 1RBUA 3AVMA 1KCFA 1JLEA 4YFUA 1WLJA 1XHXA 1J54A 2P1JA 3VQDA 4DFJA 1TKDA 3OYLA 1S9EA 3T1AA 3OS1A 5HP1A 2P5GA 2KFNA 4GVMA 3OYGA 4WE1A 4CFAA 3VA3A 3RMAA 3HO1A 3DLKA 4CEZA 4PA1A 3D45A 3M8RA 2XO7A 1LAVA 2XY5A 4DG1A 1TAUA 2G8FA 4CJSA 1Z25A 1ZBLA 3RRHA 3THVA 3SCXA 2ITGA 1SKRA 4B9LA 4ELTA 4RW6A 3K57A 3IAYA 1NKBA 3NF9A 4PQUA 1T7PA 3V6DA 3K5MA 1NK8A 3QEIA 4KTQA 4KHQA 3AO4A 2G8UA 3V9UA 4I2PA 3ASMA 2KFZA 1T03A 3HPGA 3U3YA 2BANA 2Z1HA 4OLAA 1BIZA 2X78A 4DLGA 1HQEA 2EHGA 3QEWA 4DWIA 1NJYA 4CF8A 4KB0A 3KLFA 1CXUA 3I8DA 3L2WA 3QO9A 4B9MA 1I3AA 1FKPA 4RG8A 4EZ9A 4F3TA 4DTXA 3O4QA 4E1NA 4CK3A 1S9GA 2NUBA 4CEQA 4CF9A 4DQRA 3LP0A 3SJJA 3V9WA 3LWMA 3QNNA 1YTAA 3VQQA 1RBVA 3LAKA 5SZTA 1QHTA 3K5OA 4CHQA 4M41A 1KFSA 4DSIA 1Q9XA 4DSLA 2P5OA 2VG6A 3ZT0A 2YHBA 1IO2A 2OPSA 4NYNA 4BWMA 2OZMA 3FFIA 4FJLA 4N76A 4DLEA 4CJ4A 3HPOA 2QKBA 4KB1A 4C8LA 4FJIA 5KRTA 1U49A 1VSMA 3ZSWA 3SNNA 3AO2A 1VSIA 3VQ6A 4E89A 4EP4A 4W5RA 3OYAA 1BIUA 4KTWA 4CJEA 4N41A 4M42A 3RRGA 1QE1A 3ZCMA 3ZT4A 2GUIA 1C6VA 2F8SA 1Q8IA 4LH4A 1NJXA 4RW7A 1HRHA 2YNFA 2G8VA 4XIUA 3EZ5A 3PO5A 4KKOA 4M3XA 2Z1GA 2HNZA 3KKRA 3M8PA 4E1MA 4CJRA 3KK1A 4CGJA 4FJKA 3HSTB 2HHVA 3DLGA 3NE6A 5FRNA 4Z4FA 3NF6A 4G1QA 1HJRA 1S1WA 4B08A 1KRPA 4FM0A 3S3NA 1RBSA 3T19A 3WNFA 5HRSA 3LP1A 4TSXA 3KLHA 3SUNA 2JLEA 1SL2A 4FJ8A 2YNGA 3AA2A 4E3SA 2VG5A 2YNHA 1DTQA 1VSHA 1U48A 4I9QA 5KI6A 2A1SA 5DMRA 4BDYA 3QIOA 4N56A 2G8IA 4AHUA 2ZE2A 3B6PA 1B9FA 3IS9A 4CGIA 2D0AA 2KQ2A 3AVHA 4E7JA 3OYFA 3TAEA 4J2DA 5FRMA 3DI6A 4DSKA 3TAPA 3DOKA 5J1EA 3NHGA 2FBXA 1VSJA 4OJRA 2YNIA 4FYDA 3T3FA 1KVBA 3U6FA 4BDPA 1B9DA 1UWBA 5DK5A 4CF0A 3TABA 3P5JA 2XY8A 4FJGA 3SQ4A 1SV5A 3O3GA 4DFKA 3V9XA 1ASVA 3MXMA 1G15A 1Q9YA 3K5LA 1YT3A 1NK6A 3B6OA 3AVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HOOA 3VQAA 4B1UB 3CCMN 1VHXA 2IGIA 3JAMO 4NCAA 1WAFA 4FK0A 4FLXA 3SYZA 1JL2A 3VEZA 1R0AA 5AQRA 3SBGA 5EX5A 1IH7A 2V51B 3V1QA 4CBWA 3C6TA 2UXCK 5C42A 2HHHK 2D5RA 3EY1A 4CJKA 1IJJA 4CHPA 2DFFA 1ZC6A 2NRRA 3K58A 3U9ZA 3V9SA 3KLIA 3NMUA 3G6EN 1HKCA 3QICA 1K8AO 1X9MA 1OH6A 4BRPA 5FPEA 3UB5A 1NM1A 4BE0A 4FLTA 3EKSA 1HLUA 4A5AA 2AJQA 4FLUA 4AHSA 1LOTB 3F9KA 3OYIA 3KTQA 2HSTA 2RF2A 2O4IA 1IKWA 4CEEA 3VESA 3C0BA 2GWJA 2D0OA 4IEEA 1NJWA 4YOXA 2GX9A 4H0YB 1Q81O 4LFBK 3VF6A 3SQ1A 4A2BA 5AQWA 4ILGB 1X9SA 4Z4EA 1KD1O 4F8RA 2F9TA 5F1XA 3MDQA 1BG3A 5AR0A 4KHYA 2HHTA 4C8OA 4DFMA 3HXMA 3E01A 3MMVA 4FWRA 1TK8A 2Q36A 3ID6A 4F2SA 3VQCA 1IKXA 1ATSA 3FZKA 4LSNA 4WQ4A 4AM7A 1YUWA 1BUPA 1GOAA 3O9TA 1NJIO 4BDZA 3RSEB 3AVNA 1RILA 1ZBHA 5K14A 1JLBA 4DB3A 4W5TA 4CJWA 1KLNA 4KH5A 3TWHA 1O1WA 1NGBA 2D0PA 1RTHA 3C6UA 3FZFA 4LFCK 2XY6A 4IZ9A 2E1YA 1T6CA 2DFHA 4A61A 3QEPA 4M3WA 4HTUA 3DOLA 1HPZA 1YAGA 2Q97A 3O9RA 3ZSZA 4JKDA 1N36K 3HL8A 2I5JA 2PAVA 5I42A 5BRHA 1W2BM 1S72N 3L2RA 4BQLA 1LAWA 5ADXA 3RTVA 5AQXA 4KRFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HOO A;  3VQA A;  4B1U B;  3CCM N;  1VHX A;  2IGI A;  3JAM O;  4NCA A;  1WAF A;  4FK0 A;  4FLX A;  3SYZ A;  1JL2 A;  3VEZ A;  1R0A A;  5AQR A;  3SBG A;  5EX5 A;  1IH7 A;  2V51 B;  3V1Q A;  4CBW A;  3C6T A;  2UXC K;  5C42 A;  2HHH K;  2D5R A;  3EY1 A;  4CJK A;  1IJJ A;  4CHP A;  2DFF A;  1ZC6 A;  2NRR A;  3K58 A;  3U9Z A;  3V9S A;  3KLI A;  3NMU A;  3G6E N;  1HKC A;  3QIC A;  1K8A O;  1X9M A;  1OH6 A;  4BRP A;  5FPE A;  3UB5 A;  1NM1 A;  4BE0 A;  4FLT A;  3EKS A;  1HLU A;  4A5A A;  2AJQ A;  4FLU A;  4AHS A;  1LOT B;  3F9K A;  3OYI A;  3KTQ A;  2HST A;  2RF2 A;  2O4I A;  1IKW A;  4CEE A;  3VES A;  3C0B A;  2GWJ A;  2D0O A;  4IEE A;  1NJW A;  4YOX A;  2GX9 A;  4H0Y B;  1Q81 O;  4LFB K;  3VF6 A;  3SQ1 A;  4A2B A;  5AQW A;  4ILG B;  1X9S A;  4Z4E A;  1KD1 O;  4F8R A;  2F9T A;  5F1X A;  3MDQ A;  1BG3 A;  5AR0 A;  4KHY A;  2HHT A;  4C8O A;  4DFM A;  3HXM A;  3E01 A;  3MMV A;  4FWR A;  1TK8 A;  2Q36 A;  3ID6 A;  4F2S A;  3VQC A;  1IKX A;  1ATS A;  3FZK A;  4LSN A;  4WQ4 A;  4AM7 A;  1YUW A;  1BUP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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