1NOYA

Dna polymerase (e.c.2.7.7.7)/dna complex
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
372
structure length
372
Chain Sequence
DEFYISIETVGNNIVERYIDENGKERTREVEYLPTMFRHCKEESKYKDIYGKNCAPQKFPSMKDARDWMKRMEDIGLEALGMNDFKLAYISDTYGSEIVYDRKFVRVANCDIEVTGDKFPDPMKAEYEIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSMYGSVSKWDAKLAAKLDCEGGDEVPQEILDRVIYMPFDNERDMLMEYINLWEQKRPAIFTGWNIEGFDVPYIMNRVKMILGERSMKRFSPIGRVKSKLLQNMYGSKEIYSIDGVSILDYLDLYKKFAFTNLPSFSLESVAQHETKKGKLPYDGPINKLRETNHQRYISYNIIDVESVQAIDKIRGFIDLVLSMSYYAKMPFSGVMSPIKTWDAIIFNSLKGE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of an NH2-terminal fragment of T4 DNA polymerase and its complexes with single-stranded DNA and with divalent metal ions.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords DNA (5'-D(*TP*TP*T)-3')
total genus 122
structure length 372
sequence length 372
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1noyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1noyA02
4KB0A 4ELTA 3IS9A 3PX4A 4I9LA 1FKPA 5HRNA 1B92A 4HCBA 2ZE2A 4KI6A 3NCIA 2ZQBA 4CF1A 3QEXA 4M3UA 2RPIA 4Q5VA 2KZMA 1RBVA 4AHUA 1LAWA 4CJ3A 1RTDA 1WSFA 4DTOA 1NK6A 1L3SA 4O44A 3VQCA 4FYDA 4FLZA 4B9MA 3O3HA 3OY9A 3OYDA 3RR8A 4OGEA 4RG8A 3RMAA 3ZSOA 2G8VA 3PX0A 3DI6A 3VA0A 4LD0A 4M41A 3TR8A 3RRGA 3SQ1A 3OJUA 1L3TA 1BISA 5I3UA 3LZIA 3JYTA 1VSDA 1RT5A 4JS4A 3IG1A 3KK3A 1RT3A 3K5MA 3OYCA 3L3VA 4FK4A 1IKWA 1WNSA 1HNIA 3OJSA 4CE9A 4CGIA 4DG1A 4FZZA 1O1WA 1IKVA 1QS4A 2IGIA 2X6NA 3NBPA 1NK7A 4RW6A 1QE1A 3AA4A 1CXQA 4HUGA 2VG6A 2G8UA 4DSJA 4DSIA 4B9LA 2BGGA 3HJFA 4F3TA 3K57A 5CYQA 1QQCA 3QEVA 1DTQA 1U45A 4Z4EA 4I7FA 3CQ8A 4CJLA 3TAFA 2VWJA 1HYVA 1KVBA 5JS1A 5EU7A 2HMIA 2ITGA 2EX3A 1U04A 4F2RA 3LP1A 3K5OA 1XC9A 4OGCA 2R7YA 3DOKA 1JLFA 3CM5A 4CIGA 5HRSA 3OS1A 3NH2A 1JLBA 3WNGA 4PUOA 2F8TA 4K8XA 1SKSA 4NYFA 1BIZA 3SJJA 1LW0A 4KHYA 4B8CA 2QXFA 1U49A 4CF8A 2XO7A 1LWFA 3AVBA 4I2QA 1ASWA 1KSPA 4W5TA 3ZT4A 3ZSYA 4AHVA 3OYFA 4BE1A 3CFRA 3NAEA 4OKJA 4KHQA 3SUPA 5SWMA 3HVRA 3VA3A 2BANA 1MU2A 4CEFA 1L3UA 1Z26A 1X9WA 1S1WA 4B9VA 4DLEA 4CEOA 3U3YA 3S3MA 4G1QA 3SI6A 1LV5A 4CJFA 3LAMA 1TK0A 3ZSWA 4NYNA 2F96A 3AO4A 1J9AA 3QIPA 1TKZA 4FJKA 2Q3SA 3AVJA 4O0IA 3LWLA 1WSJA 4FJLA 3ZT3A 2HW3A 3KD5E 4ELVA 3ALYA 3L2UA 4O0JA 1RBUA 2NUBA 3NGZA 1JLAA 2JLEA 3SQ2A 1KCFA 3LANA 3EZ5A 1KRPA 3SUOA 3HP9A 1ZBIA 4QCLA 2DFHA 4FCYA 2HHWA 1SV5A 3E01A 1TV6A 3SQ4A 4DTSA 3OS2A 2JGUA 3KLEA 4E7JA 4FXDA 3VQBA 4J2EA 1UAXA 5CY4A 4NCAA 4E7HA 2LSNA 3M8RA 3DLGA 3AVCA 3V9WA 3SPYA 3V4IA 3SQ0A 2O4GA 1WSGA 2KFNA 3ZSZA 3NF8A 4HTUA 4DMNA 3AA5X 4Z4HA 4CGJA 1IKYA 1RT7A 3KTQA 1ZBHA 2O4IA 4N41A 1S9GA 4I9QA 1T03A 4IG0A 4CJEA 4JS5A 4OLAA 1RTHA 2RN2A 4CHPA 1KTQA 4FLTA 4CGDA 2QKKA 4B9TA 3VQDA 4OKEA 2FBYA 4W5NA 4DFJA 3DLKA 1A5VA 1ASUA 1N5YA 4OPJA 1S6PA 4W5OA 1S5JA 3TARA 4C8KA 4FJ7A 3WNEA 1LWCA 1I39A 4M3RA 2W42A 1EP4A 2OPPA 3AO1A 1NKCA 1IO2A 4DU4A 3SPZA 3D45A 3LPTA 4KKOA 4CGHA 3T3FA 3VQ8A 5KTQA 3U3GA 3AVHA 3NDKA 3SYZA 1S1VA 4DQQA 4FLWA 1WLJA 1DTTA 1U47A 1RDDA 4EP5A 3RMDA 2YKNA 1BL3A 2BE2A 2XY7A 4F3OA 3LWMA 4CEEA 2YNIA 4FM0A 1L3VA 4CJPA 3SV3A 4AHCA 1C0MA 3NF9A 3HVTA 1CLQA 2IC3A 3VQEA 4KV8A 5J2MA 4E0DA 2HVHA 2D0AA 3HT3A 4ELUA 1SKWA 4Y1DA 1JLCA 2ATQA 4BE2A 1ZBFA 4DFPA 3CFOA 4E3SA 1EXQA 1VSLA 4F4KA 2P1JA 3VQ9A 1S9EA 3C6TA 3KKRA 3L8BA 2GUIA 4CF0A 3HPOA 3K5NA 4EZ9A 3V81A 2WOMA 4Y1CA 3HSTB 2ZD1A 4M3XA 4KTQA 4N76A 4DF8A 1KVAA 3NFAA 3WNFA 4RW4A 4E1MA 4GW6A 3MXJA 1UA0A 1D8YA 1RT2A 2DFFA 4GMJB 3RWUA 2E4LA 5HP1A 3SV4A 3C6UA 3DRPA 1REVA 2YKMA 5FDLA 4O55A 4FJMA 3S9HA 4LY7A 4FZYA 4FK0A 2B6AA 1BI4A 2Z1IA 1JLEA 1C0TA 2X78A 3ASMA 1QHTA 2VG5A 3PV8A 4OJRA 2XY8A 3LP3A 1RDCA 3MEEA 4OVLA 1TK5A 3O4QA 2A1RA 2WONA 1TGOA 1W0HA 1HQEA 3HM9A 3K2PA 1KFSA 2X74A 2FBVA 4ID5A 1KLMA 3V9XA 3SZ2A 4YNQA 5SZTA 3VQQA 4OKKA 3M8QA 1T8EA 4Z4GA 4JRQA 5J2NA 1JXEA 3O3GA 2HNYA 4ID1A 5J2PA 3I0SA 3AVLA 3TAPA 1BCMA 3KLFA 3KLGA 4PA1A 5E41A 3NHGA 1IKXA 4H4OA 1RBRA 4LH4A 4LH5A 2OPSA 4E19A 2HHTA 4DU1A 3DLHA 3TABA 2OZSA 2D0BA 3AVKA 3C95A 1VSKA 4FM2A 4FJ9A 3DRRA 4C8NA 3VQPA 1NJZA 1TKDA 1SKRA 1QTMA 4DSLA 1RILA 2G8HA 3HK2A 3TI0A 3ZCMA 3QLHA 4E7IA 1QSSA 4IDKA 1C1BA 2YNGA 1ITGA 1K6YA 3OVNA 4KHNA 4EP4A 2HB5A 3TAGA 1XWLA 1RNHA 4WE1A 1ZBLA 3P1GA 3FFIA 1C1AA 2YNFA 3TAQA 2EHGA 3VQ4A 4Z4IA 3QERA 3SCXA 1HRHA 5CYMA 4DFKA 4DTNA 4IG3A 5CZ1A 4DF4A 4CCHA 2HHXA 1T05A 2P5GA 3LPUA 4CEBA 2KFZA 1A5WA 3VQ6A 3BGRA 2G8KA 3QESA 4YFUA 4B9UA 1NK9A 4CK3A 3VQAA 4KHUA 1NJYA 1EKEA 1JXBA 3KLIA 3QINA 3V1RA 1VRUA 1HNVA 1HMVA 4BDYA 2D5RA 4CFDA 2GV9A 3LP2A 4DQSA 5HRPA 2KTQA 1VK0A 2YHBA 3DOLA 3CFPA 4DTUA 4E7KA 4DSFA 5KGXA 4DQPA 3NGIA 3VN5A 2BDPA 1Q9YA 3OYLA 3ULDA 4FJIA 3L2RA 3HXMA 1NK4A 2HHVA 4BACA 1ZYQA 1G15A 1GOAA 1UOCA 3ITHA 4CGGA 4ICLA 1WSIA 4CJUA 3L2WA 2VWKA 4LSNA 3TAMA 4CFBA 3AVGA 3KLHA 3EYZA 4DS4A 2B4JA 3U6FA 4KB1A 3LP0A 4CEDA 1WSHA 4KREA 3HP6A 3P5JA 3OYJA 3ZSXA 4W5QA 4AHRA 4ZTJA 4DQRA 1UA1A 1EETA 1TK8A 1NJXA 1QSYA 3NF6A 2Z1GA 2G8FA 3ZSRA 3LZJA 4KHSA 4O5BA 4KRFA 3HPGA 3OYKA 4CJTA 4DTJA 3K58A 3RRHA 3ZT1A 4C8OA 4E1NA 4Z4FA 2P5OA 2FBXA 3AVMA 4ZHRA 1J54A 1Y97A 1GOBA 3O3FA 4CEQA 1HJRA 3LAKA 2GBZA 3V6DA 4TSXA 4E89A 4HUFA 1S1TA 2AJQA 3CG7A 2HNDA 4RW8A 5FROA 3KD1E 4B9SA 4BWJA 3PO4A 1X1PA 3PX6A 1TKXA 4FJ8A 5HRRA 1RTJA 4AHSA 3PY8A 3ZT2A 4CF9A 1VSIA 1LAVA 1KFDA 3QETA 1NK0A 4J2BA 1A5XA 1VSMA 4F8RA 4CECA 5J1EA 4OPKA 1IH7A 1X9SA 4DSKA 2OPQA 2IAJA 4CHOA 5KGWA 1I3AA 1W9HA 1RBSA 1SL1A 1FK9A 1XHXA 3AO5A 4H4MA 4Z4CA 4N47A 1NJWA 4MFBA 1WSEA 2IS3A 2Y1JA 3BDPA 1BGXT 2RF2A 3CYMA 4FJGA 3KJVA 1S1UA 2G8IA 2OZMA 3DM2A 5C42A 2YV0X 3HO1A 4C8MA 3MEDA 2OA8A 3OYNA 2X6SA 2PY5A 1J53A 3PO5A 3G10A 3V9ZA 3MXMA 4C8LA 3OYEA 2IDOA 1D9FA 4FLVA 4KAZA 4Q0BA 4CJ5A 4PWDA 1KVCA 4CF2A 1VRTA 4CIFA 4EZ6A 1LW2A 3RR7A 2Y1IA 4N5SA 3OYGA 4CHNA 3THVA 2FC0A 3ZT0A 3TWHA 1WN7A 1BCOA 4CEZA 5HBMA 5T7BA 1NK5A 3G0ZA 3K59A 3DYAA 1VSEA 3NGYA 1RCHA 4DWIA 4KHWA 1BQNA 3MECA 1N6QA 3P83D 2PYJA 3ISNC 4F2SA 3H08A 4AILC 1JL2A 4CJKA 1T7PA 1HYSA 3F73A 2E6MA 3SUNA 3CM6A 5FRNA 1JLQA 3OYMA 2QK9A 3IRXA 3L2VA 3LALA 1NOZA 1WAJA 4MQ3A 4RW7A 4Z0UA 3MEGA 4B8AB 4XIUA 4HHTA 5J2QA 4HCCA 4FM1A 3HYFA 1CZ9A 2I5JA 3AVAA 4DFMA 3NF7A 3RTVA 4PY5A 4FJNA 3QEPA 4CJVA 4BDZA 2YNHA 4J2DA 1HPZA 3F9KA 4O4GA 1X9MA 3QEWA 4AH9A 2YHAA 4QAGA 3M8SA 1JL1A 4B3OA 3AA3A 1IG9A 1JLGA 1D5AA 3L3UA 5DMRA 1RBTA 5KRSA 4N56A 3O4NA 3A2FA 5HLFA 1YTUA 1BQMA 1CXUA 1NK8A 2DFEA 2OPRA 4B9NA 4L8RB 3AO2A 3RMBA 2F8SA 3OYBA 1ZBUA 4DTRA 3T1AA 4KI4A 3OYHA 3ZSQA 4FLXA 2B5JA 1SL2A 4OLBA 3JSMA 2QKBA 4DS5A 3AA2A 3DLEA 4IBNA 4H8KA 4CFAA 3LDSA 4M42A 4DU3A 1BHLA 4RW9A 4FK2A 4AHTA 4CJRA 4CJ4A 4UQGA 1YTAA 3B6PA 3I0RA 4W5RA 2XY6A 1KLNA 2HHUA 4KO0A 1XHZA 4BWMA 1Q8IA 4LSLA 4B08A 3QNNA 3S3OA 1U4BA 3DMJA 2XHBA 4CIEA 3OYAA 1YVUA 5D3GA 1B9DA 3UIQA 2P51A 1TVRA 4KPYA 4GVMA 4CK2A 1BIUA 3NE6A 3SNNA 3VQ7A 3EY1A 5JS2A 3K5LA 4FLYA 2KZZA 3AV9A 1F21A 1XI1A 1RT1A 4CFCA 4NCBA 2RKIA 5FRMA 4M45A 1RT6A 2KW4A 5C24A 4R5PA 1VSHA 1R0AA 1TAUA 4DTXA 4FZXC 4DTPA 1TAQA 1TKTA 4FVMA 2PZSA 3KIOA 1WAFA 3AO3A 1FKOA 3QIOA 4JRPA 4QOZB 5DK5A 2Z1JA 1NOYA 4M3WA 4M3TA 1GOCA 2ETJA 3OS0A 4CGFA 1HQUA 3T19A 5K14A 4CJQA 4J2AA 1UWBA 4IFYA 1B9FA 2FBTA 1VSJA 1Z25A 1SUQA 1LWEA 1HYZA 2XRIA 3M8PA 3WNHA 3KK1A 4CHQA 3D0PA 5I42A 1NKEA 4FJHA 4DLGA 2XY5A 1VSFA 4DQIA 1JKHA 4KTWA 4CERA 1Q9XA 4IKFA 3NH0A 1C0UA 5KI6A 2HHQA 4CHZA 3AVFA 4HVJA 4DSEA 1RDBA 3KKSA 2HVIA 3HPHA 2OYQA 4KFBA 3DLRA 3C94A 3V1OA 4FW2A 2E6LA 3QNOA 3RMCA 3TAEA 3HL8A 4ZTFA 4CJWA 1EX4A 4CEAA 1NKBA 2G8WA 5HROA 4KTZA 5C25A 2KQ2A 4NCGA 3B6OA 4FJ5A 3AVNA 4BE0A 1SL0A 5CZ2A 1S1XA 4HUEA 1C6VA 3V9UA 3ZSVA 2A1SA 4CHYA 2PYLA 4PQUA 3MXIA 5KRTA 3MAQA 1D9DA 2DY4A 1TL1A 1S6QA 2Z1HA 4FJJA 3IAYA 1BI4B 3OYIA 1L5UA 4FLUA 4M3YA 1FXXA 4JLHA 4DTMA 2IOCA 3V1QA 3PUFA 4E7LA 3NH1A 1C1CA 1DLOA 2D0CA 1QSLA 3DRSA 3V9SA 3KK2A 4K8ZA 4FW1A 1TL3A 4CESA 4CJSA 3TANA 1U48A 4I2PA 4IFVA 3VQ5A 4CK1A 3I8DA 3S3NA 2DTUA 3AVIA 1J5OA 3DLBA 3QO9A 1RTIA 3SUQA 3QEIA 4M3ZA 1YT3A 1ASVA 1CZBA 2HNZA 2VG7A 4BDPA 2HHSA 1RT4A 3L2QA 1RDAA 4FJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UU9K 4ELTA 3NCIA 2ZQBA 1X3MA 4CJ3A 4M63C 4Y0WA 1NK6A 1RTDA 3VQCA 4B9MA 4NXNK 3K9KA 3OYDA 1XNQK 4RG8A 3RMAA 1HJOA 3PX0A 3VA0A 4LD0A 4CZKA 3TR8A 1L3TA 4LFAK 1S3XA 1BISA 2NRTA 4B1UB 3JYTA 1VSDA 3IG1A 3IKMA 3KK3A 1C0FA 4FK4A 3WXKA 1HNIA 4CZLA 3OJSA 3VEZA 3I56N 4DG1A 2P9SA 1IKVA 1NK7A 4HUGA 1QE1A 4F3TA 2G8UA 2VG6A 2HF3A 2E2QA 2O8DB 4WYBA 3K57A 3QEVA 1DTQA 4JI0K 2W6KA 4B1YB 4C1NK 3D7EO 5BPMA 4CJLA 5BPLA 3TAFA 2HMIA 1TYQA 2ITGA 1U04A 3A5OC 3K5OA 1XC9A 1JLFA 3NH2A 4O8UA 4PUOA 4RWTA 2I7PA 1BIZA 2YX6A 3DAWA 3MN7A 1LW0A 4KHYA 4B8CA 1U49A 1YF5L 4IZ9A 3AVBA 3UKRA 3NAEA 3SUPA 5C15A 1YI2N 3O6WA 3TTCA 4G9ZA 3AAQA 3MN6A 3O9RA 4CZEA 3JXUA 1MWKA 3ZSWA 4NYNA 1DEJA 3QIPA 1TKZA 4FJKA 4BVPA 2HW3A 3WXLA 4XEIA 2YHXA 2NUBA 1YJNN 2QWOA 2UXCK 3SUOA 5KPZA 4DUYK 1NG9A 1TV6A 3SQ4A 4BGAA 3OS2A 1N36K 1DKGD 4ILGB 1YIJN 4J2EA 1BA1A 1QVGM 5CY4A 1GLCG 2HBKA 1R59O 3SQ0A 1WSGA 2KFNA 3HOTA 1NWKA 5BRDA 3SLCA 2FXUA 1QQNA 5AQPA 3I55N 1IKYA 4IJNA 1ZBHA 3MMVA 3KTQA 1S9GA 2O8BA 3GBTA 1KTQA 4B9TA 3TPQA 1KC8O 2FBYA 4X64K 4DFJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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