1O1WA

Solution structure of the rnase h domain of the hiv-1 reverse transcriptase in the presence of magnesium
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
MNELYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Solution Structure of the Rnase H Domain of the HIV-1 Reverse Transcriptase in the Presence of Magnesium
pubmed doi rcsb
molecule keywords RIBONUCLEASE H
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 26
structure length 138
sequence length 138
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-02-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1o1wA00
2HMIA 4KREA 3K2PA 3M8SA 2P5OA 4CHNA 3V9WA 4JLHA 3T1AA 3L8BA 3AO2A 3M8QA 3IRXA 1NJYA 4FVMA 4LY7A 1KSPA 1LWCA 1BL3A 2XY5A 3NBPA 4Z4IA 4ID1A 3QEWA 4CGDA 1KCFA 4HUGA 4AHCA 1W9HA 3AVLA 3WNEA 3AVBA 3EYZA 1HYZA 2JLEA 4KB0A 3RR7A 4J2AA 3HYFA 3S3MA 4W5RA 4EZ6A 3LDSA 1JLQA 1NK5A 1U47A 4DU1A 3DOKA 3SPZA 3AVGA 1NOYA 2VG7A 2D5RA 1I39A 3NH0A 4M3WA 1WN7A 4DTNA 5FRMA 4KHUA 1VSMA 1RBUA 3UIQA 1QSYA 3E01A 4BACA 4B9SA 1JLFA 2RF2A 4KTQA 1HQEA 4OKEA 3C94A 5FROA 1XHZA 4O0IA 3MAQA 3CFOA 4DF8A 1HMVA 1RBRA 2E4LA 3BGRA 3AVJA 2X78A 3HM9A 5J2PA 3QEIA 4DF4A 1QSLA 4CJUA 1T8EA 4DTSA 1X9MA 3DYAA 4E7KA 4IG0A 4Y1CA 4FZZA 5HROA 2P1JA 3DLRA 1F21A 2EX3A 4E7IA 4DQPA 5J2MA 2NUBA 1RTHA 5J1EA 1GOAA 3L2UA 3S3NA 4B8CA 1JLGA 3AVKA 3C6TA 3DLGA 3KD5E 4FJIA 5FDLA 1C0TA 3LP2A 5KRTA 3NH2A 3S9HA 4KHQA 1YTAA 1JLEA 2BANA 3NH1A 4OLAA 1J54A 3SQ4A 3NF7A 3ZT2A 1S5JA 2G8UA 4FXDA 4I9LA 4H8KA 1WAJA 3P5JA 4DTPA 1HJRA 4FM1A 1RT3A 4E7JA 1U45A 4DQIA 4DSJA 3QIPA 3ZSWA 1RDBA 5K14A 4CFBA 1QE1A 4PQUA 4CK2A 4FJ9A 3TAGA 1HNIA 1ASUA 1VSDA 2ATQA 5DMRA 1IH7A 2B4JA 1BIZA 3V1QA 4FJJA 4CJQA 1EP4A 4CEFA 1HPZA 1RT7A 1TL1A 1U49A 4M3TA 1SKSA 3VN5A 2G8WA 3LALA 1C6VA 4E0DA 1WSEA 4RW8A 1C1BA 3CYMA 4BE2A 1RT4A 4UQGA 1UA0A 3VQAA 3VQPA 3LPTA 1LAVA 3LAMA 4CF8A 3AVCA 4Q0BA 1ASVA 4FLXA 4CHZA 4HUEA 5E41A 3SUPA 3CQ8A 1X9WA 1RT2A 2VG5A 5J2QA 4FJ7A 2KTQA 4IFVA 5CYQA 3T3FA 4OVLA 4W5OA 3ALYA 1ZBFA 3VQQA 3L2VA 1S1VA 3NFAA 3OYBA 1LW2A 1EXQA 4DSIA 1QQCA 1XI1A 3SNNA 2X74A 4B08A 4FW2A 3WNGA 4YNQA 3RTVA 3KK2A 2RKIA 2BGGA 5CYMA 1L3TA 1BCMA 4CGIA 4FJXA 3AA2A 1C1AA 1HYSA 2LSNA 2QKBA 4F3TA 1L3VA 4W5QA 4Q5VA 4CJPA 3RR8A 3DRPA 3OYJA 1TAQA 4OPJA 1WSFA 4DQQA 4CFCA 3AVAA 1N5YA 2ETJA 3AO3A 1ZBUA 1L5UA 2KFNA 3VQ4A 1TKZA 4BWJA 1IKYA 3KJVA 2WONA 3DRSA 3P83D 4OGEA 3NF9A 4CJSA 1KVCA 3MECA 4DTUA 2YHAA 4CHQA 2W42A 4DU4A 4XIUA 4FJ5A 4CHYA 3ISNC 2OPSA 4AHUA 2OA8A 4CF0A 5HBMA 2Q3SA 5KI6A 5JS1A 1QSSA 2Z1GA 1A5XA 3ZSVA 3HJFA 1BI4A 5SZTA 5C42A 1T7PA 5HRSA 3HPGA 1RBTA 1X9SA 2OZMA 4CEEA 1D5AA 3NE6A 4DMNA 1N6QA 2IAJA 4CESA 3HO1A 4ELTA 2R7YA 1Q8IA 4CJ5A 3FFIA 4FK2A 4KO0A 4NYNA 3K5OA 1QHTA 3WNHA 2FBVA 4AHTA 3CM6A 1A5WA 1NKCA 4OLBA 3ZT0A 1Q9YA 4DTRA 1KFDA 1VSHA 4H4MA 1RDAA 1ZYQA 2QKKA 4BDPA 4CCHA 3V9SA 3OYDA 4M42A 1CZ9A 3VA3A 4ICLA 3ZSQA 3V9ZA 2IOCA 1NJXA 1TAUA 4N56A 3DI6A 1BCOA 1C0MA 1BI4B 5HP1A 1U48A 4M3YA 2YHBA 3HPOA 1HNVA 3I8DA 4DTMA 3CFRA 2HHTA 2BE2A 4FCYA 1X1PA 4GW6A 1FXXA 3JYTA 3RMDA 4DG1A 4FLVA 3PO5A 3RWUA 3ZT4A 4I2PA 3ZSRA 4IDKA 3PUFA 4CJKA 3QLHA 4QCLA 1RCHA 1JL2A 3HT3A 4F3OA 1TVRA 1J53A 3ASMA 3KLFA 3HVRA 4B9NA 4ELUA 1S1TA 4KPYA 1KVAA 1VSEA 3DLEA 1JLAA 3IAYA 3LWLA 3V81A 4BE1A 3TABA 4KV8A 1VSLA 2WOMA 2ITGA 3SQ0A 4ZTJA 3EZ5A 1TK5A 3V6DA 1NK9A 2FBXA 1JXEA 4O5BA 3V9XA 2YV0X 2GUIA 3L3VA 2X6NA 3AA4A 3SV3A 1ZBLA 4M3RA 3NGIA 3V1OA 3SJJA 1YTUA 4M3UA 4KFBA 3NDKA 4B3OA 3VQEA 3K57A 1L3UA 4G1QA 1SL2A 1TKTA 2XY6A 1NKBA 2DFEA 4BWMA 3VQ8A 4CJEA 4I7FA 3QERA 2ZD1A 3B6PA 3F73A 4WE1A 3ZSOA 3AO5A 4NCGA 3DOLA 4CEQA 3PY8A 1DLOA 3MXIA 1NOZA 1ASWA 2YNHA 5KRSA 3OS1A 1ZBHA 3SUNA 3QEPA 4FLYA 2P51A 2KW4A 4DS4A 2PYJA 4M3ZA 1VRTA 3TAMA 3KD1E 3QEXA 4ELVA 3OYGA 1KVBA 4CFDA 1GOCA 2Z1JA 4KKOA 3TANA 1RDCA 4CK1A 1Z25A 4JRPA 2F8SA 1RBSA 4IKFA 3CFPA 1WSHA 4LSNA 4RW9A 2FBYA 4DLGA 3TARA 3KLHA 4KHWA 3LWMA 2XY7A 1LW0A 4FLZA 5KTQA 2XY8A 4FJHA 1UOCA 1S6PA 4RW6A 3I0RA 4DFMA 1JLCA 3HXMA 4KI6A 2RN2A 4IFYA 3L2QA 2PY5A 2ZE2A 2E6MA 3KIOA 3AVIA 1FKPA 3QIOA 1BIUA 1G15A 3RMBA 4CK3A 3ZSYA 4J2DA 2HHXA 1RT1A 4C8KA 4MQ3A 1LV5A 2B5JA 4CF9A 4E1NA 4DTJA 1BHLA 1WAFA 1NKEA 2O4IA 3O4QA 3DLKA 4Z4CA 3ZSXA 3HK2A 3MXMA 4CGJA 2HNYA 4CHOA 1CZBA 2DFFA 4BDZA 1UWBA 4YFUA 3SPYA 1J5OA 1W0HA 3CG7A 5EU7A 4FLWA 3LP1A 1YVUA 4CF2A 2XRIA 4RW7A 3OVNA 1HYVA 3K59A 2YKMA 4IBNA 4B8AB 3OYHA 3VQCA 4CERA 3DMJA 1RTIA 4OJRA 4M45A 1WSGA 4CEAA 4HUFA 4CF1A 4E7HA 3MEDA 2DFHA 3RMAA 3S3OA 4HCCA 3LP3A 3QINA 4DSKA 3KLEA 3KK1A 4KI4A 1T05A 4DFJA 4N76A 4C8MA 4ZHRA 3LP0A 3OYAA 4N5SA 3G10A 1RBVA 2HVIA 3LAKA 3JSMA 4KAZA 4W5NA 5HLFA 4FLTA 2YNGA 1O1WA 5CZ2A 4DSLA 3IS9A 3KK3A 5C25A 1S9EA 4DTOA 1R0AA 4KHYA 4CJVA 3D45A 4K8XA 3DLBA 4PA1A 5KGWA 1B92A 4AHSA 4KHSA 1YT3A 1HQUA 1TL3A 4E19A 4O44A 4CIGA 1NJWA 1TKDA 4Z4HA 4OGCA 1NK7A 3C95A 4DS5A 3KLGA 3AO4A 2X6SA 4JS4A 2PZSA 1FK9A 1B9FA 2YKNA 4CEBA 1NK8A 1SKWA 3DRRA 1BQNA 4ZTFA 2OZSA 2DTUA 3O3GA 2OPQA 3AVFA 4Y1DA 2KZZA 3VQ5A 4CGGA 2IGIA 4CJFA 1IKXA 3NGZA 1QS4A 1WSIA 2KQ2A 1TV6A 3SUOA 2Z1IA 2D0AA 1BQMA 3VQDA 1VK0A 3KTQA 1S1UA 1VSKA 3C6UA 3L2WA 4FJKA 3OY9A 2FC0A 1SL0A 1S1XA 1LAWA 3PV8A 2G8VA 3K5NA 4DFKA 4CGHA 4C8OA 3QO9A 3PX6A 3TI0A 3AV9A 4NYFA 3RMCA 3MXJA 4DFPA 3TAPA 5C24A 3SQ1A 4FJ8A 2JGUA 1DTQA 4RG8A 5KGXA 4AILC 1VSJA 1VRUA 2OPPA 1HRHA 4C8NA 1NK6A 2G8KA 4QOZB 4FM0A 5HRRA 4DU3A 4F2RA 4NCAA 3F9KA 4DLEA 1NK0A 1FKOA 3BDPA 3HPHA 5I3UA 4CJ3A 4KRFA 5I42A 1D8YA 4J2EA 3M8PA 2D0CA 1KLMA 1B9DA 3IG1A 3MEGA 1LWFA 1RTDA 2BDPA 1C1CA 4E89A 4GMJB 4TSXA 1RT5A 2GBZA 3QEVA 4LSLA 1RNHA 4EP4A 4O4GA 4EP5A 2A1SA 4ID5A 5SWMA 3OYFA 2Y1JA 3THVA 1D9FA 2HHWA 2XHBA 3K5LA 4M3XA 2IS3A 3LPUA 3OYIA 1Q9XA 4F2SA 2E6LA 4AHRA 4DQRA 3VQBA 3V9UA 4KTWA 4H4OA 4K8ZA 4Z4EA 1RT6A 3AVMA 2D0BA 3B6OA 4CGFA 4CJ4A 3NAEA 3PO4A 3ITHA 4R5PA 2ZQBA 4FLUA 1UA1A 1REVA 2F8TA 4BDYA 2RPIA 3QESA 4AHVA 4BE0A 1CXQA 3O3HA 1CXUA 1EETA 3OYLA 2F96A 3ZSZA 4CIEA 2P5GA 2IC3A 2B6AA 3QNOA 4HHTA 4CJWA 1JKHA 4B9VA 4PUOA 3HVTA 4JRQA 3AO1A 3V1RA 2HB5A 3SQ2A 4F8RA 3HP6A 4FZXC 2DY4A 3K58A 1BGXT 4E7LA 1U04A 1WSJA 1JL1A 4Z0UA 2VWJA 3PX0A 2HVHA 1XWLA 4L8RB 3AA5X 2G8HA 1IKVA 4PWDA 2XO7A 4FW1A 4CJTA 1K6YA 2FBTA 3OS2A 3OJSA 3SI6A 3NF6A 2AJQA 4CJRA 4N41A 5JS2A 3PX4A 4FYDA 4LD0A 3NCIA 1TK0A 4IG3A 1KLNA 3DLHA 4B9TA 4FJMA 2HNDA 3OJUA 1Z26A 4CEZA 4PY5A 1IG9A 1WNSA 1Y97A 1U4BA 2I5JA 4OKKA 4LH4A 3D0PA 2HHVA 4DWIA 3I0SA 2IDOA 4M41A 5CZ1A 1KRPA 4F4KA 4CECA 2HHQA 4Z4GA 2HHUA 4FJGA 3H08A 3EY1A 4FK4A 4N47A 3M8RA 3OYCA 4CEDA 3VQ9A 2VWKA 4MFBA 3SYZA 3V4IA 3NHGA 4B9LA 1VSFA 1XHXA 1BISA 3LANA 1RILA 3OYNA 4B9MA 3AVNA 4CEOA 3AA3A 1SUQA 3TWHA 3U3YA 4FJLA 5DK5A 4AH9A 3L3UA 3VA0A 3CM5A 1I3AA 4Z4FA 1IKWA 4CIFA 4DQSA 1NJZA 4CJLA 3HSTB 3O3FA 4HVJA 1MU2A 4KB1A 1LWEA 3TAEA 4KHNA 2KFZA 3QETA 1UAXA 3VQ6A 3G0ZA 2HNZA 4DSFA 4HCBA 4I2QA 1KTQA 3U6FA 1L3SA 4LH5A 4I9QA 1ITGA 2EHGA 1GOBA 1EKEA 1TK8A 1DTTA 2Z1HA 3K5MA 4FM2A 2QXFA 3A2FA 3AVHA 5D3GA 3HP9A 3MEEA 3VQ7A 3RRHA 2G8IA 4O55A 4OKJA 4W5TA 1S6QA 3OYKA 3P1GA 4CFAA 4CHPA 1XC9A 3KKRA 1KFSA 2HHSA 4E3SA 1QTMA 4FJNA 3SCXA 1C0UA 2QK9A 3U3GA 1ZBIA 2O4GA 5J2NA 2PYLA 1WLJA 1S9GA 4HTUA 3OYEA 3WNFA 3KLIA 4JS5A 1D9DA 4GVMA 4C8LA 3NGYA 3TAFA 1SKRA 2OYQA 1EX4A 2YNIA 3ULDA 4B9UA 2HW3A 1IO2A 2KZMA 2GV9A 1TGOA 1CLQA 2YNFA 3ZT1A 3OYMA 1SV5A 1J9AA 3DM2A 3SV4A 4OPKA 3NF8A 3T19A 5T7BA 3LZJA 3QNNA 5HRNA 3RRGA 3SUQA 2A1RA 1JLBA 3ZCMA 3KKSA 2VG6A 4RW4A 3OS0A 1SL1A 3HL8A 5HRPA 1T03A 4E1MA 4NCBA 4CE9A 4EZ9A 4QAGA 1VSIA 1NK4A 3SZ2A 4FZYA 4KTZA 3TR8A 3LZIA 4J2BA 4O0JA 4DTXA 1JXBA 1RDDA 3ZT3A 3L2RA 5FRNA 3O4NA 2G8FA 5CY4A 1S1WA 1TKXA 2OPRA 4DSEA 3TAQA 2Y1IA 1A5VA 1RTJA 4FK0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KREA 3AAQA 3CQXA 2E1ZA 4JLHA 3T1AA 3AO2A 1GLJO 3CCJN 4LY7A 1ZBSA 1BL3A 5BPMA 1Q7YO 3WNEA 4BR2A 2JLEA 5AFUH 4LF9K 5AQNA 4W5RA 4EZ6A 1BA0A 1VQNN 3L6QA 1JLQA 1NK5A 1U47A 4DU1A 3SPZA 3AVGA 2I7PA 4M3WA 5FRMA 3IFRA 4KHUA 1RBUA 1M90O 3E01A 4KTQA 1JLFA 4JYAK 1GLAG 1JJ2M 4DF8A 1RBRA 4JKDA 3CCMN 3HM9A 2W41A 2IVPA 5J2PA 4DF4A 1QSLA 1T8EA 2GWKA 1X9MA 3DYAA 2QWLA 1YHQN 4E7IA 4DQPA 3PLAA 4R79A 2NUBA 4WQ5C 4FJIA 1C0TA 2BANA 1HKBA 1Q82O 4AQYK 4XH1A 4FXDA 2UUCK 3TTDA 1YI2N 4BGBA 3ZSWA 3SAHA 4YOWA 5K14A 4GV9A 4H5NA 1VSDA 5DMRA 3T1HK 5H1SQ 1IBMK 2E2NA 4CEFA 1U49A 1HPZA 1RT7A 3ZX2A 1SKSA 3VN5A 2YJFA 1HNZK 2E20A 2E5LK 4BE2A 5AQRA 1QQMA 3R3LA 3AVCA 4Q0BA 4FLXA 3H45C 4HUEA 5E41A 4DB3A 1GLDG 2VG5A 5J2QA 4W5OA 2CGKA 4DSIA 1LW2A 1QQCA 3CJBA 3SNNA 4BC5A 2UUBK 3KK2A 4K41A 3MN9A 5CYMA 1L3TA 4FJXA 1NM1A 4W5QA 4Q5VA 3DRPA 2P9SB 1TKZA 4BWJA 4OGEA 3DRSA 3P83D 4CJSA 1KVCA 2HBMA 2NRTA 4CHQA 4DU4A 1C0GA 3DXMB 4CHYA 2OA8A 5JS1A 1QSSA 3I55N 1A5XA 3ZSVA 5HRSA 3HPGA 1RBTA 3JXUA 4DCHA 3VGKA 3HO1A 1A5WA 1KFDA 4M42A 2NNWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CME N;  5AQS A;  4Z4G A;  2P9I A;  3EY1 A;  4N47 A;  3CET A;  2VWK A;  1Q81 O;  4DV6 K;  2O8C B;  3OYN A;  1HNX K;  4B9M A;  3AY9 A;  4FJL A;  5DK5 A;  4BRO A;  4JD2 A;  1BUP A;  3SLC A;  4CIF A;  2BTF A;  1ESV A;  3WXK A;  4CJL A;  4KB1 A;  4PL7 A;  3TAE A;  4IEE A;  2QA4 N;  1UAX A;  3HTV A;  1KTQ A;  3U6F A;  5AQG A;  4KH4 A;  3CCU N;  4PKH A;  3L0Q A;  5JIC A;  2CGL A;  2QXF A;  3AVH A;  1S6Q A;  2Q0R A;  5BN8 A;  3OYK A;  4CHP A;  1QTM A;  1R59 O;  1C0U A;  1ZBI A;  3C7N A;  1D9D A;  2VCP A;  3NGY A;  3TAF A;  1SKR A;  1EX4 A;  4YY3 K;  3D6R A;  4DR7 K;  2KZM A;  1DKG D;  1TGO A;  2Q1N A;  3NF8 A;  3T19 A;  5FPD A;  4DKW A;  3RRG A;  3MX5 A;  1OH5 A;  3KKS A;  5HRP A;  4E1M A;  3VPZ A;  3S41 A;  1Q18 A;  4QAG A;  4FZY A;  3IUC A;  4O0J A;  1YJW N;  3D2E A;  3ZT3 A;  5FRN A;  2WFB A;  3E9L A;  3UB5 A;  4DSE A;  1K8K A;  2Y1I A;  4BRH A;  1NGJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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