1O1WA

Solution structure of the rnase h domain of the hiv-1 reverse transcriptase in the presence of magnesium
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
138
structure length
138
Chain Sequence
MNELYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRKVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Solution Structure of the Rnase H Domain of the HIV-1 Reverse Transcriptase in the Presence of Magnesium
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords RIBONUCLEASE H
total genus 26
structure length 138
sequence length 138
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-02-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1o1wA00
3KK2A 5FDLA 5SWMA 5C42A 1Z26A 3K2PA 3LAMA 1RT7A 2AJQA 3EZ5A 2RKIA 1CZBA 1YT3A 2Q3SA 4IDKA 4FJNA 4M3RA 3TAMA 4E7LA 3TANA 3QEVA 1HQEA 4JLHA 2A1SA 3TARA 1HYVA 3V81A 1RT5A 1Y97A 1XHXA 3KLEA 3SJJA 1L3TA 4RW7A 3K5NA 4KTWA 4CJ3A 3ZT0A 5JS2A 4BACA 2IDOA 5FRMA 3V6DA 5C25A 1S1UA 4H8KA 4DTPA 1WSFA 3MXJA 4Y1CA 2WOMA 4DQQA 2HHUA 1HMVA 2DFHA 2RF2A 2ZE2A 4NYFA 4Z4IA 4BE0A 3ZSOA 3K59A 1IO2A 3OYGA 3LP2A 3CFPA 4DFMA 1KCFA 2YHBA 3K57A 4BDYA 3MEDA 3SUNA 1IG9A 4EP5A 3OJUA 3DM2A 3DRSA 4FM2A 2JLEA 2BANA 4E1NA 1NK9A 5J2PA 4QOZB 1QQCA 2BE2A 2WONA 1RNHA 1VRTA 4KV8A 2X6NA 2KFNA 2HNDA 1UOCA 4F8RA 3DI6A 4AILC 4J2EA 3NBPA 3VQEA 4J2BA 1A5WA 2GV9A 3AO4A 4CEAA 5KI6A 1C1CA 4E7KA 4DFKA 1WLJA 2KQ2A 3CQ8A 1RBVA 1RBTA 2FBYA 3MECA 3LZJA 1TKTA 3HL8A 3C94A 4CF9A 5CY4A 2HHVA 4IFYA 1C0TA 1I39A 3MEGA 1IH7A 1LW2A 1LAWA 3T19A 3ALYA 4J2AA 3SPYA 4M42A 2O4IA 4UQGA 4CGGA 4BDZA 1RT4A 3OYCA 2HHSA 4M41A 3E01A 4LH5A 3AVFA 2E6MA 4DF4A 3VQ4A 4CHQA 2EHGA 1TK5A 4B9SA 4C8OA 2X6SA 4FJJA 4DQPA 4CF0A 4F3OA 1KVBA 1TL1A 1QTMA 1NK5A 4DLGA 3TI0A 5J2MA 4FVMA 3DLHA 1FKPA 4RW8A 2ZQBA 3T1AA 3DRRA 4CJTA 4CHZA 4FM1A 4M3YA 2G8UA 1C6VA 1T7PA 1VSKA 4Y1DA 4DQSA 2GUIA 2FC0A 3AA4A 3VQ5A 4DS4A 2OZMA 2HNZA 3HPOA 3K5OA 2ZD1A 4FLYA 4FLTA 4B9NA 4DTUA 4QAGA 4BE2A 2BDPA 1BQNA 4O5BA 4OVLA 4CJSA 3TABA 1QSSA 3KTQA 3L2WA 1LWFA 4AHSA 3SUQA 4RW4A 1KLMA 5CYMA 4K8XA 1S5JA 3NH1A 1ZBUA 4CJ4A 3VQBA 4DTXA 1SL2A 1EKEA 1D9DA 3AA3A 2D0CA 1RTIA 3NCIA 1JLFA 4C8LA 1HJRA 2X78A 4I9LA 3LWMA 1KVCA 2F96A 1X9MA 1TV6A 3B6OA 4LSLA 1KLNA 1VSLA 3RR7A 2YNFA 5HRRA 4WE1A 3RMCA 1U47A 1CXQA 4CJLA 2HMIA 4BWMA 2JGUA 4I9QA 4HCCA 2HW3A 4DU4A 3SI6A 2IOCA 3QEIA 4DFJA 1ITGA 2KTQA 4DTMA 1SV5A 5CZ2A 1RDBA 1JLBA 1LV5A 1BI4A 3AVKA 1D5AA 4CJRA 4RW6A 1TKZA 4CJWA 1DLOA 3KIOA 3C6TA 1EX4A 2NUBA 3V4IA 4CGDA 4FJLA 4FJ9A 1S6PA 3EYZA 4KI4A 2HVIA 4CFDA 3T3FA 3AVHA 3PX4A 1L3SA 4BE1A 3CYMA 4KHSA 4M3TA 1RT2A 2HVHA 4O55A 3VQ8A 1JXBA 4FJ8A 5J2QA 4Z4EA 4KO0A 2FBTA 3CG7A 5I3UA 1NK6A 4OGCA 4M3ZA 3ZSRA 4NYNA 1WSJA 1NK8A 4B3OA 4OKJA 3VQ9A 2G8WA 5C24A 3PV8A 1IKXA 1ASUA 2QXFA 1L5UA 3KK3A 1GOCA 4CFAA 1D9FA 3SUPA 1HYZA 5EU7A 3NGZA 3M8QA 3QEWA 4PY5A 3D0PA 4AHVA 2PZSA 3U6FA 4JRQA 2B5JA 3IG1A 2XY8A 3O3GA 3THVA 3I0RA 1ASWA 3G0ZA 1BL3A 3I8DA 4BDPA 4CEFA 4N41A 3FFIA 4CHYA 1FK9A 3O4QA 3WNFA 4CHNA 1BCMA 4CEBA 5KRSA 3K5LA 1BIZA 1QS4A 4DSEA 3V9UA 4CCHA 4KREA 4M3WA 3O3FA 3QEPA 2G8HA 3EY1A 3HVRA 4HHTA 2XY5A 4M45A 1D8YA 3VA0A 3DOLA 4N5SA 4E7HA 4F2RA 2YNHA 3OS0A 4Q5VA 3CFOA 4CJ5A 4FXDA 2Y1IA 2KZZA 3LDSA 3B6PA 3PX0A 4DTNA 4KHYA 4OLBA 3LP1A 3OYAA 4DS5A 2G8FA 1S1TA 4OKEA 3V1RA 1BHLA 1QHTA 4I2PA 1B9FA 2OPPA 4CJQA 3OYKA 1VK0A 3PO5A 1VSDA 4FJXA 3HK2A 3KLIA 3KKRA 3K58A 4DTRA 4CHPA 4LY7A 1L3VA 3S3NA 2R7YA 3AO1A 4YNQA 5J2NA 3LPUA 4GW6A 3AA2A 3L2RA 3V9WA 1A5VA 4Z0UA 3L3VA 1C0MA 4CJVA 3F73A 3LP3A 1JL2A 1S9EA 4B8AB 4FLVA 2A1RA 4RG8A 1XI1A 1LWEA 3AO3A 3SUOA 3WNEA 4PA1A 3TAFA 3RR8A 1SUQA 2D5RA 5HRNA 2G8IA 3OYNA 3PUFA 1UA0A 3OYDA 3NE6A 3TAGA 3S9HA 1Q9YA 1XC9A 3ISNC 4AHTA 3AVGA 3AVIA 4AHCA 4CK1A 1NOYA 2OYQA 4IBNA 4E89A 4JS5A 3ULDA 4DU3A 1NK4A 4E0DA 1RBSA 1T05A 3UIQA 4KHUA 3MEEA 5FROA 1VSHA 1VSMA 4ELTA 3HSTB 4FJGA 5JS1A 4CJUA 3LALA 3MXMA 1WNSA 4RW9A 3NF6A 5KGXA 3ZSYA 3O4NA 5DK5A 2KFZA 3NDKA 1EXQA 1NKBA 4DSIA 2BGGA 3SYZA 4ICLA 3KD1E 3V1OA 2EX3A 4DSKA 1WAFA 4ZHRA 1NJWA 2ATQA 4H4OA 4DSLA 4GMJB 1L3UA 3RMBA 1WSEA 1HQUA 3NF9A 4NCBA 2DY4A 5T7BA 3A2FA 3V1QA 4KHWA 3HPHA 4O4GA 3C95A 1HYSA 3O3HA 2FBVA 4IFVA 2VG5A 3RRHA 1XHZA 4CFBA 2Z1GA 5KGWA 3ZSVA 2YHAA 1YTUA 2OZSA 3VQCA 1RDCA 1JLQA 1TAQA 1TL3A 3HM9A 2OA8A 3NH2A 4DFPA 4B9UA 1G15A 2P5GA 3KJVA 1NJXA 3OYJA 4Z4FA 4FM0A 1U04A 2IC3A 3I0SA 3HYFA 5K14A 3HP6A 3JSMA 4O0IA 4FJMA 1J5OA 4FK0A 2B6AA 4DMNA 2P5OA 3HO1A 3ZSZA 4FYDA 2IGIA 1JLAA 2IAJA 4FJHA 1SKSA 2XY7A 1HRHA 1EP4A 1TKXA 3QLHA 4CGFA 3OS1A 2QKKA 1BISA 1JLEA 3OVNA 2I5JA 1IKVA 2VWJA 3AVCA 2OPSA 1Q9XA 3OYFA 4MQ3A 1CLQA 4CE9A 5HRPA 1QE1A 3K5MA 1C1BA 2X74A 5E41A 1I3AA 4CGHA 3KLGA 3AVAA 3KLFA 3QNNA 2PY5A 1RDDA 2YNIA 4HUEA 4CIEA 1NOZA 3TAQA 1KRPA 1JXEA 3TAEA 1N5YA 4OGEA 1BQMA 5SZTA 3OYMA 3VQPA 1T03A 2OPQA 4KB0A 2P1JA 5DMRA 4E3SA 1TK8A 1ZBHA 2Z1JA 3AV9A 3L3UA 5J1EA 4DG1A 2Z1HA 4HCBA 2D0AA 2P51A 4CJPA 4I7FA 4DQRA 3P83D 1O1WA 3L2UA 1NKEA 3VN5A 4KI6A 3LP0A 2YNGA 1JL1A 1RTJA 4H4MA 4C8KA 2HHWA 4G1QA 4YFUA 2DFFA 3G10A 1U49A 3DLBA 4XIUA 3QERA 4CJFA 3AO5A 4FJ7A 3TAPA 3SNNA 1KTQA 1W9HA 4DU1A 3F9KA 3SZ2A 1RTDA 2XO7A 4IKFA 2LSNA 1BI4B 1EETA 3SCXA 1LAVA 4CK2A 4KHQA 1RTHA 2O4GA 5I42A 1UA1A 2HHTA 1TAUA 1GOBA 2RN2A 3AVJA 4DLEA 2QK9A 4O0JA 4KRFA 4FK4A 1LWCA 3KK1A 1Z25A 4CEEA 1NK0A 4HTUA 3V9SA 1RCHA 4B8CA 4N47A 2ITGA 3D45A 1VSJA 4FCYA 1IKWA 1WAJA 2VWKA 1C1AA 3U3GA 1ZBLA 3AVMA 2DFEA 1BCOA 4DWIA 2OPRA 4CF1A 1WSHA 4DTOA 2HB5A 3RMAA 1S1VA 4W5TA 3OYBA 4ZTFA 3AA5X 4CF8A 2PYLA 3CM6A 4KPYA 5HRSA 3U3YA 3SQ4A 1UAXA 1JLCA 4ID1A 5KRTA 1SL1A 1QSLA 4M3XA 1U4BA 4E7JA 3LZIA 4CERA 3KLHA 3LAKA 1ZBFA 4LH4A 4CIFA 1RILA 3NF8A 4W5RA 3M8RA 4DTJA 1QSYA 1HNIA 1T8EA 3HVTA 4MFBA 2PYJA 4FW1A 3ZSWA 4ELVA 4FZZA 1JKHA 3WNGA 4EZ9A 3DLGA 3M8SA 3NFAA 1J9AA 5HBMA 4DF8A 5CZ1A 4N76A 4DSFA 1UWBA 4E1MA 1CXUA 3WNHA 2HHQA 4JS4A 1W0HA 3NF7A 1B9DA 2XY6A 3VQQA 1N6QA 2GBZA 2DTUA 4CK3A 3AVBA 1B92A 4OPKA 3OY9A 1SL0A 4Z4HA 4AHRA 3NAEA 1FXXA 3C6UA 1DTQA 3SQ0A 1ZBIA 3DLRA 3NGIA 3AVLA 4J2DA 2F8TA 4TSXA 1WN7A 4E19A 4AH9A 3KKSA 4CHOA 1RDAA 4E7IA 1U48A 3SPZA 3TWHA 2YV0X 3P1GA 1TVRA 3DMJA 4CEOA 1TK0A 3QIOA 3ZCMA 1X9WA 2KZMA 4N56A 3RTVA 2E4LA 4HVJA 3JYTA 1VSIA 1LW0A 4C8MA 2RPIA 1BIUA 1CZ9A 1RBUA 3VQDA 3OJSA 2W42A 4HUGA 3RRGA 4Q0BA 3QETA 3NH0A 1Q8IA 4K8ZA 3BGRA 1WSIA 3QNOA 3L8BA 3V9ZA 3QIPA 4B9LA 4FZYA 3IS9A 4GVMA 3ZT4A 4ID5A 4LSNA 4BWJA 3NHGA 2YKNA 3VQAA 3H08A 5HP1A 1KFSA 3LANA 3MAQA 1SKRA 2FBXA 1KVAA 2B4JA 4OKKA 4IG0A 5FRNA 3ZT2A 1KSPA 4OJRA 4KAZA 4DSJA 4M3UA 4F3TA 4PUOA 4W5NA 2IS3A 2D0BA 4B9VA 3VA3A 1REVA 3SV3A 2HHXA 1DTTA 4FZXC 2YKMA 3P5JA 3QESA 1GOAA 1NKCA 1RT6A 3TR8A 1SKWA 3IAYA 4FLUA 4KHNA 1S9GA 4FLZA 1XWLA 3DYAA 3S3OA 3CM5A 4ELUA 4EZ6A 4KTQA 2G8KA 3OYLA 3V9XA 3S3MA 1A5XA 5HROA 4NCGA 2F8SA 1RT3A 1KFDA 4B08A 2Z1IA 3VQ7A 4CJEA 3CFRA 4FLXA 1JLGA 1S1WA 4CEQA 1S6QA 2XHBA 4HUFA 1HNVA 4NCAA 1HPZA 4B9MA 4F4KA 3ZT1A 1J54A 4Z4CA 2QKBA 3DLEA 4KTZA 4FJKA 3PX6A 4Z4GA 1J53A 1MU2A 3ASMA 4CIGA 4CFCA 3PY8A 5KTQA 3OYIA 5D3GA 4OPJA 4CGJA 4QCLA 1WSGA 1TGOA 3ZSXA 1NJYA 1NJZA 1VSEA 4CF2A 4CECA 4C8NA 3OS2A 1IKYA 4F2SA 4AHUA 4FK2A 3AVNA 4IG3A 1C0UA 4KKOA 3QINA 3DLKA 4CESA 3LWLA 1U45A 1X1PA 2HNYA 3RWUA 3DRPA 4LD0A 4B9TA 1S1XA 3HPGA 3L2QA 1ASVA 1ZYQA 4CEDA 3DOKA 3HJFA 3IRXA 3SQ1A 1VRUA 5CYQA 4W5QA 4DQIA 5HLFA 3HT3A 4JRPA 3M8PA 3OYEA 4PWDA 2VG7A 2VG6A 1K6YA 3QO9A 4KB1A 4DTSA 4L8RB 4O44A 4FW2A 4FJIA 4PQUA 2ETJA 1RBRA 4I2QA 4KFBA 4FJ5A 2XRIA 2KW4A 4CGIA 4ZTJA 1TKDA 1BGXT 3KD5E 4W5OA 1R0AA 4R5PA 1FKOA 1RT1A 3LPTA 4CEZA 1YVUA 3HXMA 1F21A 1VSFA 3ZSQA 2Y1JA 2G8VA 3BDPA 1NK7A 3HP9A 3L2VA 3SV4A 3ZT3A 3OYHA 3ITHA 1X9SA 3PO4A 3RMDA 3VQ6A 4EP4A 4FLWA 3QEXA 3NGYA 3AO2A 4CJKA 1YTAA 2E6LA 3SQ2A 4OLAA 3MXIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGAA 3K2PA 3EZ5A 2RKIA 4JI7K 1KAZA 4M3RA 3TAMA 5E26A 3QEVA 1HQEA 4JLHA 5AQQA 4LF6K 1RT5A 1XHXA 3RSEA 5BR9A 4BR9A 4CJ3A 4IEIA 2QEXN 2GEMA 1XUPO 2HMPA 5F2RA 1WSFA 3MXJA 5AZJA 2WOMA 2DFHA 2ZE2A 3ZSOA 3K59A 3OYGA 3LP2A 1KCFA 2YHBA 1IG9A 4FM2A 4BC5A 2JLEA 5LJVA 2WONA 1NGIA 1WOQA 4AILC 3J8AA 4H03B 1ATRA 3AO4A 3A5LC 1C1CA 4DFKA 4IXCA 5LL6Z 4DKWA 3CQ8A 5AQFA 3HL8A 1RFQA 3C94A 3GDQA 3J7ZO 2O8FA 3MEGA 3SPYA 2YJEA 3FFKB 4M42A 3E1YA 1K8AO 4M41A 4EIAA 5KPTA 1HUXA 4JD2B 4CHQA 2QI2A 3R1XA 4PKHA 4C8OA 1QHAA 4FJJA 4MLEA 2E5LK 2PFUA 4ILGB 4F3OA 5AQUA 2VYPA 4DLGA 5J2MA 2QA4N 4CJTA 1VSKA 4BRMA 3VQ5A 4DS4A 1YITN 2W6KA 4QS8A 2ZD1A 4FLTA 5KPZA 1HNZK 4WQ5C 2BDPA 3TABA 1S72N 3ZLJA 4L3QA 3BP8A 1KLMA 3NH1A 1ZBUA 4LF7K 1D9DA 2A41A 3AA3A 1YUWA 4HTLA 4C8LA 1HJRA 1OH6A 1X9MA 2FF3B 1Q81O 1KLNA 1VSLA 3RR7A 3RMCA 1SAZA 4HCCA 4DV5K 3TTCA 4E1JA 4DFJA 2NRVA 2UXCK 3ZETA 1HJOA 4RW6A 1DLOA 1IJJA 1EX4A 4CGDA 2HVIA 3T3FA 3AVHA 4KHSA 3VQ8A 3ZEUB 3D2FA 2E88A 4WFBL 1KAYA 5I3UA 2NRTA 3ZSRA 4BRLA 3AAPA 2OANA 1IKXA 1ASUA 5M1QA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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