1QS4A

Core domain of hiv-1 integrase complexed with mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2h-tetrazol-5-yl)-propenone
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the HIV-1 integrase catalytic domain complexed with an inhibitor: a platform for antiviral drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 INTEGRASE (E.C.2.7.7.49))
total genus 47
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-06-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1qs4A00
3U3YA 4BWMA 5JS2A 1CXQA 3CFOA 1HRHA 1VSKA 4CEFA 4E89A 3QEXA 2RN2A 4OKJA 4MQ3A 1JLQA 4HUGA 3LWMA 4KB0A 1RTHA 4YFUA 3OYCA 3AA3A 3V9ZA 4DSFA 2HVHA 4DG1A 3DLKA 3K57A 3CFPA 1RT1A 1HNVA 3VQPA 4E1NA 4EP4A 3O3GA 3KIOA 3VA0A 3QETA 1QSLA 4DSLA 4I7FA 1JLEA 1A5VA 4PQUA 3MAQA 1NKEA 1NK8A 1D9DA 3OJSA 2LSNA 2PYLA 4G1QA 1ZBHA 4LD0A 3AA4A 1FK9A 1ASWA 4DTUA 1JXEA 2YNHA 4CEAA 4KHUA 1G15A 3MXJA 3L2RA 4H8KA 4FLYA 3DLRA 1C6VA 3OYKA 5HROA 4M3YA 2F8SA 3LP0A 4AHCA 4KHYA 4W5NA 4CJSA 3OYIA 4O44A 1IKVA 4CJ5A 1NKBA 3A2FA 2BE2A 4WE1A 3HT3A 1B92A 1U47A 2G8HA 1NK4A 1K6YA 5CYQA 1WAFA 2ZD1A 1Q9YA 4M45A 4JLHA 1I39A 3VQ6A 2HVIA 3AVCA 4OLBA 3NAEA 4CIGA 4FCYA 4CJLA 1KFDA 3NDKA 3JYTA 1RDDA 4CGIA 3HJFA 3VQQA 5J2NA 5JS1A 3TARA 4KHSA 5FROA 1RILA 3KJVA 3KKRA 4HHTA 1CZBA 3OS1A 4W5QA 4E1MA 4EZ9A 1LAWA 3K59A 3ZT4A 4B9LA 3AVFA 4CGFA 2VG5A 3E01A 4DU4A 1RDBA 3NGYA 3SV4A 2DFEA 1C0UA 5HBMA 3OYBA 3AA5X 4LSLA 4CF8A 1TVRA 4KRFA 2QKKA 4OLAA 5FDLA 1BCMA 3RRHA 2YNGA 3C6UA 4HVJA 3QERA 3SUQA 3KD5E 3V1QA 1FKOA 4M3ZA 4DQRA 2Z1IA 3TAEA 5I42A 1DTTA 3CQ8A 4N5SA 3ZSVA 4CEQA 3OYFA 1C1CA 1EKEA 3H08A 3K5OA 4FJMA 3NBPA 1WNSA 3TAPA 4CHQA 4I9QA 3RMBA 5EU7A 5CYMA 4CFCA 2KFNA 3HO1A 2HNDA 1FXXA 3AO3A 3IS9A 1CZ9A 1LWCA 1TV6A 4CF1A 3L2VA 4QCLA 1XHZA 2D0BA 4FLXA 2F8TA 4LH5A 3K2PA 4RW4A 4Y1CA 2GUIA 4N56A 1KVAA 1CXUA 2P51A 3ASMA 3TAMA 4CJKA 3RMDA 1FKPA 1RBSA 1N5YA 4DSJA 4M3UA 2O4GA 3AVBA 4KPYA 3ZSRA 3NF7A 4TSXA 3ALYA 2OPQA 1X9WA 3KKSA 2ZE2A 4IFYA 1JLAA 4KHNA 2HHQA 1UA0A 5SZTA 4KHWA 1TK5A 4BDPA 3PX0A 1RDAA 1RNHA 4KV8A 4N41A 3AVAA 4ELUA 3L8BA 5T7BA 3QEVA 2FBXA 3DLBA 2JLEA 4ID5A 1NJYA 3RR8A 4DS4A 4PA1A 4CJWA 4KTQA 4FM0A 5E41A 1J54A 1S1VA 3KLIA 1T05A 4DMNA 3ULDA 1NKCA 1NOZA 4AHTA 2IS3A 3WNEA 3AVMA 3S3MA 4DTJA 3OYEA 3NCIA 1SKRA 4KFBA 3K58A 3L2QA 2G8UA 2Z1JA 4B08A 4Q0BA 3C95A 4IG0A 1KVCA 5K14A 1SV5A 3OS0A 3DM2A 2NUBA 4B9UA 5CZ2A 1I3AA 4PY5A 4RW8A 4B9VA 3KLGA 5KGWA 5J1EA 3PY8A 4DQSA 2D0AA 4Z0UA 2P5OA 1XHXA 1BCOA 2E4LA 4CE9A 3DYAA 1LV5A 3HSTB 3D45A 1RTIA 5HRSA 2VWKA 3HPOA 2QXFA 3HXMA 3SUPA 4PUOA 3NF6A 2A1SA 4KAZA 3NGZA 1RBRA 1WAJA 5CY4A 3V9WA 4CK3A 2ITGA 3QINA 4XIUA 3AO2A 1S1TA 4H4OA 3QEIA 1BI4B 5HP1A 1SKWA 3DLHA 4K8ZA 1RCHA 4IG3A 4CF0A 3P5JA 1YVUA 1J9AA 4HTUA 2OZMA 5I3UA 4DFMA 1RBTA 1HPZA 1KFSA 3TANA 3G0ZA 1U45A 4OKKA 5KTQA 1F21A 1JLFA 2KTQA 1BIZA 4CEBA 3O3HA 3HVRA 2XY5A 3DOKA 4FJHA 2B5JA 2IOCA 2XHBA 4BE1A 4DQIA 3PV8A 3TWHA 4CJ3A 4CJRA 3WNHA 5J2MA 1N6QA 3SPYA 3NH2A 4B9SA 4RW9A 1VSLA 4CIFA 1T03A 3V1RA 4FK4A 1KRPA 5CZ1A 2KZMA 1TK0A 3AVKA 3HVTA 4M42A 3KLFA 3D0PA 2EX3A 3VQ5A 3OS2A 2ZQBA 3SQ4A 3JSMA 3KTQA 4BDZA 3HK2A 2GBZA 1UOCA 1SL1A 5FRNA 5C25A 4AH9A 2HHWA 4BACA 3DLEA 4Z4FA 3DMJA 4BE2A 2G8VA 3K5MA 4OGCA 3ZSQA 4M41A 3CM6A 3VQEA 4CHYA 2PY5A 1YTUA 2QKBA 1TAQA 2KFZA 1C0MA 1SUQA 2WONA 4BDYA 1X9MA 1EXQA 3LANA 3T3FA 1TKDA 2G8KA 4FJKA 1L3TA 4HCBA 3G10A 1IG9A 1O1WA 2HB5A 4DSIA 1IKXA 1S1UA 2KW4A 2YKNA 4FW2A 1SKSA 4FZZA 3HPGA 1VRTA 3M8RA 4CJVA 1RBVA 4QOZB 4LY7A 3OYJA 4K8XA 4Q5VA 1CLQA 1ASUA 3ZSWA 1W9HA 1XWLA 3DRPA 4KTWA 3SCXA 1TK8A 1L3UA 2I5JA 3RWUA 4M3RA 1WLJA 3DLGA 1HYSA 1J5OA 5KI6A 3CM5A 1JLGA 3SUOA 3MECA 4ELTA 3QLHA 4R5PA 2X74A 4KTZA 4C8OA 2BANA 3SI6A 4KI6A 3DOLA 3NH0A 1IH7A 1VSDA 3PX4A 2HNYA 3SNNA 4W5TA 4FJGA 4F3OA 3VN5A 3SYZA 3DI6A 4AILC 3SV3A 1JLCA 4CJTA 1GOCA 3ZSZA 5HLFA 1U04A 1DLOA 1VSHA 1BIUA 1ZBFA 3LPTA 4KKOA 1S9EA 5DK5A 4CJEA 4OPKA 3AO5A 4CF9A 2BDPA 1KLNA 4FK2A 3P83D 1U49A 1GOAA 4DU3A 3AVIA 1LAVA 1BL3A 2E6MA 3PX6A 4J2BA 1KCFA 4DSKA 4IBNA 2X6SA 4H4MA 1LWEA 4CHZA 4FK0A 4E7HA 5C42A 5KRSA 2Y1JA 1UWBA 1QSSA 4B8CA 2HMIA 4O4GA 4CJFA 4FLVA 4DFPA 3S3NA 5D3GA 3TR8A 1HQEA 3AVLA 3ITHA 4CEZA 4RG8A 4CHNA 4DQQA 1S6QA 2D5RA 4DFKA 3SQ0A 1S5JA 1NJZA 2DFHA 5SWMA 3PO4A 4DQPA 4CGJA 4GMJB 1VSJA 1WSIA 2OPRA 4FW1A 4GVMA 3ZT1A 5KRTA 1WSFA 4IFVA 4CJUA 2OZSA 4E7IA 1NJXA 2OA8A 3CG7A 3TAGA 4DTSA 4FJJA 3WNFA 1IO2A 3O3FA 3NF8A 3DRRA 4JS5A 1Z26A 2XY7A 3TAQA 4FJ7A 4AHSA 2HNZA 4IKFA 4FM2A 1EP4A 4I2QA 3QNOA 3AO4A 3EYZA 3SUNA 2F96A 1D8YA 4HCCA 4FYDA 1TGOA 3LP3A 3CYMA 3VQAA 3VQBA 4E7KA 4FLWA 5J2QA 3I0SA 1W0HA 2YNFA 4FXDA 1T8EA 4RW7A 4CFAA 4J2DA 4YNQA 1KTQA 4CERA 1BGXT 2VG7A 2IC3A 2YNIA 5HRPA 4E7LA 4AHRA 3U6FA 2B4JA 2YHBA 3EY1A 4KI4A 2A1RA 3NHGA 1HMVA 1S1WA 1U48A 3IAYA 1WSGA 1TL1A 3DRSA 4F4KA 3KLEA 4FJ8A 2Q3SA 4DTNA 4BE0A 4O55A 3LZIA 1KSPA 4J2EA 1U4BA 2PYJA 3V9UA 3RMCA 3TAFA 4CGHA 4KO0A 3VQ7A 3MEEA 4E7JA 3AVJA 3VQ9A 4CIEA 1ASVA 1LW2A 3V6DA 2HHTA 1VRUA 3V4IA 1S6PA 1NK9A 3V9XA 4EZ6A 3ZT0A 4B8AB 3L2UA 3MEDA 4CEOA 4FJIA 3KD1E 4FM1A 3IG1A 4DTPA 4ICLA 3ZT2A 3LDSA 3UIQA 4KREA 4B9NA 1NJWA 1QTMA 3M8SA 1A5WA 3L3VA 1BI4A 1RT7A 2RF2A 3HL8A 1EX4A 3U3GA 2R7YA 4NCBA 3AA2A 3ISNC 4E0DA 1C1AA 2OPSA 4ZTFA 1LW0A 3IRXA 1RT5A 4OGEA 3RMAA 3VA3A 1S9GA 3SPZA 1TAUA 3SQ1A 1A5XA 1RT3A 3HM9A 4ID1A 1QS4A 3AVHA 4RW6A 1JXBA 2E6LA 1L5UA 2PZSA 3AVNA 3B6PA 1VSFA 2FBTA 1YTAA 1KVBA 3VQCA 1X9SA 3C6TA 1B9DA 1BISA 2RPIA 4N47A 1IKYA 3WNGA 4W5RA 5KGXA 1JL2A 3OYMA 1D5AA 1RTDA 2O4IA 3V1OA 3CFRA 1IKWA 4C8LA 4NYFA 1ZBLA 3SQ2A 4DSEA 4CK1A 1NOYA 2GV9A 3OYDA 1VSMA 3BGRA 3LZJA 3M8QA 4DF4A 2FBYA 1B9FA 4M3WA 2HHSA 4FZXC 1MU2A 1C1BA 2VG6A 3HYFA 2G8FA 3QESA 3V9SA 3TI0A 1XC9A 1VSIA 4E3SA 2DTUA 1HNIA 4Y1DA 3F73A 2XY6A 1KLMA 1GOBA 2B6AA 5DMRA 4DWIA 3S9HA 2YV0X 3TABA 2OYQA 2VWJA 5J2PA 2P5GA 4OPJA 4E19A 1REVA 1SL0A 4JRPA 3SZ2A 1WSEA 2X6NA 3OYLA 4DTOA 1ZBIA 4Z4GA 3OY9A 1QSYA 3VQ8A 3M8PA 2G8IA 4JS4A 2XY8A 3S3OA 4NCGA 4CJPA 2HHVA 1WN7A 4AHVA 3K5NA 4C8MA 4KB1A 4F2RA 4KHQA 3RR7A 1Z25A 4CECA 4FVMA 2Y1IA 4N76A 2IDOA 1JKHA 4DTXA 3AVGA 2HHUA 1BHLA 3ZSOA 3K5LA 4NCAA 3O4NA 1ITGA 1ZYQA 4C8KA 4FZYA 2HW3A 4CEDA 3NF9A 4NYNA 4M3XA 3AO1A 1RT6A 2IGIA 4EP5A 3QIPA 2JGUA 3OYNA 4QAGA 4FJNA 4B9MA 3NFAA 4ZTJA 1DTQA 2KZZA 4O5BA 4C8NA 2W42A 5HRRA 4DU1A 1XI1A 4CESA 1NK5A 3LALA 3VQDA 1TKZA 3MEGA 3PUFA 1JLBA 4Z4HA 3OJUA 3EZ5A 2X78A 3ZSYA 4DS5A 2BGGA 2DY4A 4DTRA 2FBVA 5FRMA 4Z4EA 1EETA 5C24A 3I8DA 4GW6A 1L3VA 1ZBUA 2EHGA 3NH1A 4M3TA 3RTVA 4F3TA 4DFJA 2HHXA 2FC0A 2KQ2A 4AHUA 1JL1A 3OVNA 3THVA 2OPPA 3LAMA 4OJRA 3B6OA 4HUFA 2XRIA 4UQGA 3OYGA 1QQCA 2DFFA 3V81A 3FFIA 5HRNA 1NK7A 1RT2A 4B3OA 4Z4CA 4O0IA 3F9KA 3LPUA 3QIOA 2QK9A 1BQNA 4PWDA 1J53A 3HPHA 4BWJA 3KK3A 4FJLA 4OKEA 4CF2A 3KK2A 3NE6A 4Z4IA 1X1PA 4L8RB 2YKMA 3PO5A 1HQUA 4CJQA 3HP6A 2ATQA 4I9LA 3KLHA 4CCHA 1YT3A 4LH4A 1RDCA 3BDPA 1WSJA 3T1AA 4O0JA 4F2SA 3MXIA 1Q9XA 1UAXA 2YHAA 3T19A 1HYZA 1WSHA 3I0RA 3LP2A 4FLUA 3ZT3A 4MFBA 1NK6A 3HP9A 1HYVA 3LWLA 2Z1HA 1VK0A 4LSNA 4HUEA 2RKIA 4DLGA 1Q8IA 3QEWA 3LAKA 1RBUA 3L3UA 1LWFA 4CGDA 4ZHRA 1TL3A 3AV9A 3P1GA 3SJJA 1RTJA 3KK1A 4DTMA 1D9FA 4J2AA 4JRQA 2WOMA 1VSEA 4OVLA 1TKXA 4CFBA 1SL2A 1UA1A 4FJ5A 3QO9A 1R0AA 3LP1A 1L3SA 3OYHA 4CEEA 4ELVA 2D0CA 3MXMA 4B9TA 2G8WA 2XO7A 3VQ4A 1RT4A 1BQMA 4CHOA 3OYAA 1NK0A 2P1JA 4W5OA 4CFDA 4DLEA 1Y97A 1S1XA 2AJQA 2Z1GA 3ZCMA 4FLZA 4F8RA 3QNNA 1T7PA 1C0TA 4CK2A 2IAJA 4CJ4A 3L2WA 4IDKA 3NGIA 1QHTA 3RRGA 3QEPA 1HJRA 4FJ9A 1TKTA 2ETJA 3C94A 3O4QA 4FLTA 1QE1A 4FJXA 4I2PA 4CHPA 3ZSXA 4DF8A 4CGGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H5WA 4QS9A 2KHOA 2RN2A 2NRRA 2HW3A 5GAEP 3AA3A 4DG1A 1RT1A 5JICA 3VA0A 5GINA 1JLEA 4PQUA 3MAQA 3OJSA 4G1QA 5AQJA 1ZBHA 4LD0A 1BA0A 1FK9A 4DTUA 2UYTA 4CEAA 4KHUA 4JKGB 4BR7A 1C6VA 3U4LA 4CJSA 4O44A 3FZFA 2ASPA 1FJGK 2G8HA 3L4IA 1WAFA 2NZTA 5C10A 2A40A 4M45A 2D4WA 3QDKA 4JLHA 3O9TA 4CIGA 3QB0A 1NGHA 1KFDA 4CGIA 1EQYA 3TARA 4KHSA 3KKRA 1G99A 1DT9A 2QXLA 2YHXA 3K59A 2WC9A 4DU4A 1RDBA 3NGYA 4CF8A 4LSLA 1TVRA 3QERA 3ZEUA 1JCGA 1YJWN 3SLCA 1ILYA 1KAZA 4FWSA 3K5OA 3H08A 2HF3A 5M1PA 5FPDA 1WNSA 4H5NA 4CBWA 3R8EA 3D2EA 4MLEA 4I9QA 3C7NB 1OH8A 4NO7A 1FXXA 3AO3A 3T7ZA 3L2VA 1TV6A 3THWB 2F4VK 2GUIA 4LF7K 3TAMA 3FFKB 1RBSA 3A5NC 4DSJA 2O4GA 1X9WA 3KKSA 1JLAA 2VYPA 2ZGZA 3O80A 1BDGA 1RDAA 5F0XA 1J5EK 4K0KK 1VQON 4WQ4C 4PA1A 4HTLA 4DMNA 4DR7K 1ZC6A 1OH5A 4J8FA 3A8YA 4IG0A 3OS0A 3THYA 3BF1A 5KGWA 5FPEA 3F9MA 2D0AA 2E2QA 4Z0UA 2E4LA 1BCOA 3MWPA 3P31A 3D45A 3D2FA 3SUPA 2HF4A 3NF6A 4KAZA 1P8ZA 2GWJA 3FLCO 4CK3A 1NGGA 3QEIA 4H4OA 5HP1A 1BI4B 4IWVA 5AQQA 5BRFA 1YVUA 1Q18A 4HTUA 3EO3A 3TU5A 1RBTA 2BH1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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