1QS4A

Core domain of hiv-1 integrase complexed with mg++ and 1-(5-chloroindol-3-yl)-3-hydroxy-3-(2h-tetrazol-5-yl)-propenone
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACEWGGIKQEFGPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the HIV-1 integrase catalytic domain complexed with an inhibitor: a platform for antiviral drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (HIV-1 INTEGRASE (E.C.2.7.7.49))
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 47
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-06-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1qs4A00
3V9UA 1TL3A 4FJMA 3HJFA 4KO0A 4FK4A 1RBRA 2OPSA 2ZE2A 5HP1A 2G8IA 2IC3A 3KLIA 3IRXA 4CF1A 1C0TA 4FVMA 2VG7A 4CEOA 4HUGA 1NJXA 4HHTA 1VSIA 1Z26A 1NK8A 1Q9YA 1HNIA 2F8TA 3KIOA 2HNZA 3NFAA 3TAFA 1JKHA 3VQ7A 1I39A 4IG0A 2X6NA 3G10A 4W5RA 3OJSA 3SUOA 4CGFA 3KK1A 3QETA 1NJWA 2LSNA 4B9SA 1XC9A 5FDLA 4DFJA 1B92A 3SYZA 4O5BA 2KQ2A 4HCBA 4FJ9A 3CM6A 4B8AB 3M8PA 2Z1HA 1RCHA 1JLQA 3VQPA 3EZ5A 4EZ6A 4F4KA 3L2WA 3HVRA 1LWEA 3OYIA 3L2VA 4OPKA 4E7IA 1VSEA 1D8YA 2RPIA 3AO2A 3HP6A 1NK5A 1KCFA 2DY4A 4B9TA 3PY8A 5J2QA 3NBPA 4DQIA 3ALYA 2HHVA 1HYVA 1VSDA 2E6LA 3WNGA 3VQBA 1SUQA 4QAGA 2FBVA 2G8HA 5I3UA 2YKNA 4NCBA 1IKXA 4Z4GA 3M8RA 3MEGA 1X9MA 1NKEA 4DSJA 3AVGA 1C0UA 4M3RA 4FJNA 1SKWA 4PWDA 2KZZA 3THVA 4CJFA 4CFCA 4FJ5A 4FJLA 4B9LA 5HRNA 1BGXT 2QK9A 2QKBA 4LH4A 1YVUA 1QSSA 4AHVA 4DQSA 3EY1A 4PA1A 3PX4A 4M45A 2Z1IA 3B6PA 4N47A 2YV0X 1N6QA 2XO7A 4GW6A 4M3ZA 3G0ZA 1J9AA 3ZT1A 4E1NA 4Z4FA 3K5OA 3RTVA 5CZ2A 4FLXA 3SUPA 4NYFA 3LAKA 3MXMA 4YFUA 1WSFA 3NF7A 3QEWA 3S3NA 1KRPA 1GOBA 1JLFA 4DTUA 2GV9A 2ZD1A 3DYAA 3V4IA 1SL0A 1BQNA 4CHQA 1HJRA 3LALA 3OYKA 3OYJA 3AA3A 4AH9A 3PV8A 3RR8A 3DM2A 2HNYA 1LAWA 3KLEA 4KHYA 3IAYA 2F8SA 3KTQA 1RTIA 4ELTA 4BE2A 3D45A 3L3VA 1RDCA 3AO5A 4CGGA 1RTDA 4RW9A 4CEQA 2OPRA 3O3FA 2OZSA 3DRPA 4AHTA 4KTZA 2IOCA 3OVNA 1RT7A 3T1AA 4Q5VA 1RDDA 4FJXA 1S6QA 1REVA 3AVFA 3JYTA 3ULDA 4B3OA 3O3HA 4CJRA 3OYMA 3PO5A 5KRSA 3VQ5A 3ZSOA 1WAJA 1TAQA 3SUQA 2A1SA 4FJJA 5HRPA 4J2AA 3OYGA 1UA0A 4CCHA 1QE1A 4FK2A 1JXBA 3VQ6A 2WONA 4DTOA 3ZSYA 3LZJA 4DFPA 2VWJA 2VG5A 3AVKA 2E4LA 4NYNA 4CEFA 4J2BA 1LAVA 3AVLA 4R5PA 1HYSA 3LP1A 4H8KA 1RT5A 3KD1E 2KW4A 4DMNA 4O4GA 3K57A 2KZMA 4DS5A 3SPZA 1A5VA 2BANA 2RF2A 4CEEA 1U45A 1RT4A 4KFBA 4Z4IA 1Q9XA 4ICLA 1NK0A 4OGCA 1KSPA 3AVCA 1T8EA 4CGDA 2OA8A 1S1VA 1JLGA 3NH0A 2Z1JA 3TAGA 1MU2A 4CJQA 1IO2A 1FKPA 1HQUA 1UWBA 4OGEA 3E01A 2G8KA 1XWLA 2JLEA 3KLHA 2G8UA 4DWIA 3SI6A 3K5NA 1DLOA 4QOZB 1BQMA 3V1OA 4FLUA 2VG6A 1TKXA 3QEPA 3OYHA 4Z4HA 3SQ2A 1SKSA 5HROA 4HTUA 4LSNA 1TL1A 3ZSRA 4K8ZA 2ITGA 1TKDA 3QESA 4E3SA 1F21A 3ZSQA 3S3OA 2Q3SA 1QSLA 4KRFA 1VSKA 4GMJB 2WOMA 4Z4CA 3C6UA 4N41A 1TV6A 1A5WA 2BDPA 2B4JA 4IFVA 4KB1A 1ZBIA 3KD5E 3KK2A 1WLJA 4CJ5A 5CY4A 4FJ7A 3OYCA 4CFBA 4PQUA 4CGIA 5SWMA 4CF0A 4MFBA 3MXJA 2KTQA 1X1PA 4JS5A 4FLWA 4OLBA 2R7YA 3V1RA 3OS1A 4N5SA 2DFEA 4CJVA 1YTAA 1BISA 1UOCA 3O3GA 1UA1A 2I5JA 4ID5A 1GOCA 3VQ4A 1S1TA 3WNEA 2OZMA 2D5RA 3OYFA 4PUOA 2E6MA 4AHCA 1ZBFA 3MEEA 1EX4A 4Y1DA 4KREA 1VK0A 3EYZA 4LY7A 1QTMA 1LW2A 3VQ9A 4CK3A 3SQ4A 2P5OA 3TR8A 2Y1IA 3NGIA 4FYDA 2HVHA 3P5JA 3RMDA 4HVJA 4DSFA 3LPTA 1NKBA 2RKIA 4CGJA 4CIGA 4E7HA 4N56A 1D9FA 1SV5A 5JS1A 5I42A 4KPYA 4IBNA 3QNNA 4DTSA 4L8RB 3V81A 3H08A 4E19A 3PX0A 3VN5A 1U47A 3DLBA 3PX6A 1NJZA 4I9LA 4B08A 4CEZA 1N5YA 4B9UA 3NF6A 4C8LA 3HSTB 1HQEA 3OYDA 4RW7A 3T19A 1VRTA 4H4OA 4XIUA 3IG1A 2PZSA 4BACA 3CYMA 3P83D 3U3YA 1Y97A 1NK9A 4EP4A 5J2PA 1KTQA 4W5QA 3AO4A 1VSLA 3I0SA 1BL3A 2YNFA 4OVLA 3NH1A 4F3TA 3K2PA 1HPZA 1LW0A 3ISNC 3L3UA 4DU1A 4JRPA 2F96A 1IKWA 4WE1A 3WNFA 4B9NA 1S9GA 3FFIA 2HB5A 2YHAA 3SQ0A 4I2QA 3OYNA 2G8VA 1ZBUA 4CEAA 2XRIA 3HO1A 4GVMA 4FZZA 4ID1A 3KLFA 1RILA 1L3VA 1CZBA 2IDOA 5DK5A 4CJWA 3V9WA 1TGOA 3QERA 4O55A 2DFHA 4FCYA 5KGWA 2X78A 3U6FA 3U3GA 3AVNA 1T05A 1RT3A 4CF9A 1WSJA 3KKSA 3OS2A 1ZYQA 4OKKA 1S1WA 3K58A 4DU4A 2QXFA 1X9SA 2PYJA 3ZT4A 4M42A 1JL2A 4M41A 4O0IA 2XY7A 5HLFA 4F3OA 3AVMA 5K14A 4B8CA 3QLHA 1EP4A 4BE0A 3VA3A 4ZTFA 5KI6A 3TABA 5C25A 2W42A 4FW2A 4I7FA 3DLHA 3DLGA 1NK7A 3O4QA 4E7LA 1XHXA 3NGYA 4MQ3A 3OS0A 2YHBA 3QEVA 3ZT2A 3CG7A 3HT3A 1BCMA 1RNHA 4AHSA 3MEDA 4DG1A 4DQRA 1WSIA 3LWMA 4DF4A 1TK5A 3TANA 4OLAA 4RW8A 1C6VA 3RR7A 1U4BA 3C94A 2HNDA 3MECA 2XHBA 1QQCA 2DFFA 4KHNA 3KK3A 2P51A 4CK1A 1CLQA 3PO4A 4KHSA 1LWFA 5FRNA 2D0BA 4KAZA 4BE1A 4YNQA 4LH5A 3RRHA 3M8SA 3OYLA 4KV8A 3HM9A 1LWCA 1ZBLA 2BE2A 4KTWA 1WNSA 1JLBA 3I8DA 4DTRA 3AVIA 3LAMA 1S6PA 1RTHA 3NF9A 2NUBA 3TWHA 1X9WA 1HYZA 2IAJA 2O4GA 3HXMA 4DSKA 1KFDA 1BHLA 3SUNA 3NH2A 4HCCA 1U04A 4CERA 3L2RA 3CQ8A 3LDSA 3NF8A 4CJTA 4DLEA 1ASWA 1JL1A 1TKZA 1QHTA 1QS4A 1RBVA 4RW6A 1WAFA 2A1RA 1B9FA 1VSMA 3DLEA 3AVBA 5J1EA 3P1GA 3SV4A 3K5LA 3S3MA 4CHOA 1CXQA 3NDKA 2G8WA 4M3WA 3AV9A 3B6OA 5C42A 1Q8IA 3QIOA 3VQCA 1NKCA 4CEBA 2HHTA 1DTQA 3LPUA 1W0HA 1UAXA 1SKRA 2ATQA 1L5UA 3NE6A 3RMAA 2B5JA 1EETA 3CM5A 2EHGA 3LANA 3T3FA 1RBSA 3TAQA 4ZTJA 3I0RA 4CIEA 3HK2A 3DRSA 1HRHA 2IS3A 4CJEA 3TI0A 3BGRA 1W9HA 4N76A 2YNIA 3V9ZA 4FJGA 5FROA 4BDPA 1WSEA 1WSGA 1L3TA 3C95A 3K59A 4CE9A 2XY5A 1BIUA 1K6YA 3ZT3A 4DFMA 1NJYA 1QSYA 2ETJA 2FC0A 1C1BA 3C6TA 3MAQA 4CJSA 1KVAA 4RW4A 4DLGA 3RRGA 4O0JA 5JS2A 1IKYA 1BCOA 3HYFA 3VQEA 2HHSA 1IKVA 3DOLA 3L8BA 3QEIA 4DTMA 4KHWA 3HVTA 3K5MA 4IKFA 3ITHA 3VA0A 2RN2A 3V1QA 3AA4A 5KGXA 3M8QA 3SV3A 1BIZA 1RTJA 4LD0A 3L2UA 2HHXA 1ASUA 4O44A 2DTUA 3BDPA 3DLKA 3AVAA 4OKEA 4FJKA 1TK0A 4M3YA 4FLVA 3ASMA 1C1AA 5KTQA 3OYEA 5J2MA 1BI4B 4K8XA 4DQPA 1VSHA 1IG9A 2PY5A 4CHPA 1KVBA 3DOKA 3HPHA 1L3UA 2KFZA 2FBTA 3HP9A 1S5JA 3AVHA 3QO9A 2XY6A 3UIQA 4FM2A 1RDAA 4DSEA 4J2EA 4CJPA 3HL8A 3HPGA 4M3TA 4Y1CA 3V6DA 3WNHA 5HRSA 1RBUA 4F2RA 2P5GA 3DRRA 3A2FA 4FXDA 3ZSXA 1KLMA 1RT2A 4DSIA 2OYQA 3ZSWA 4NCAA 1ITGA 3DMJA 4C8NA 2VWKA 4BDYA 4CECA 1SL2A 1T7PA 3S9HA 1ZBHA 4CF2A 1KFSA 2YNHA 4DTXA 1B9DA 4DFKA 3NCIA 1R0AA 3F9KA 4W5TA 3SCXA 3SNNA 2X6SA 1TKTA 1KVCA 4DU3A 4M3UA 1EXQA 3CFRA 1EKEA 3V9SA 1TK8A 4CFDA 5EU7A 4F2SA 5HRRA 4I9QA 5FRMA 5T7BA 3SJJA 1YTUA 1A5XA 2HHUA 2AJQA 4W5NA 4LSLA 1VSJA 3RMBA 3TAPA 3OYAA 3DLRA 4J2DA 4KI4A 1KLNA 1LV5A 4IDKA 3CFPA 1WN7A 4ELUA 4DTPA 4CEDA 4CIFA 2HMIA 3AVJA 3RWUA 2D0CA 2XY8A 4Q0BA 5HBMA 3VQDA 1JLAA 4KKOA 4Z0UA 2OPQA 5CYQA 4DQQA 4C8OA 2HHQA 1RBTA 5SZTA 5DMRA 1S1XA 1YT3A 3SPYA 1U49A 3AO3A 4EP5A 1FK9A 2B6AA 3NHGA 1U48A 4FLTA 1HNVA 4BWMA 4AHRA 4IG3A 4FK0A 4E1MA 2QKKA 1NOZA 2ZQBA 4B9VA 3HPOA 3QIPA 3KJVA 1C0MA 1S1UA 4IFYA 1RDBA 4CGHA 1HMVA 4OPJA 4G1QA 1FKOA 1I3AA 4I2PA 4FJHA 1L3SA 3F73A 3ZSVA 3ZCMA 4CFAA 3AO1A 1BI4A 1O1WA 1S9EA 1TVRA 4OJRA 4CESA 4CJKA 5D3GA 1J5OA 3OYBA 4KB0A 1CXUA 1G15A 3CFOA 4KTQA 4FJIA 4ZHRA 1D9DA 2EX3A 4BWJA 4TSXA 1SL1A 3AA2A 3VQAA 4F8RA 2YNGA 2PYLA 4C8MA 3NAEA 4CHYA 1J53A 3LWLA 5E41A 3ZSZA 4FW1A 3L2QA 2Y1JA 4KHUA 4JLHA 3SZ2A 4M3XA 2GBZA 3DI6A 5KRTA 4DTJA 4ELVA 3V9XA 3QNOA 3TAEA 1JLCA 4E7JA 3VQ8A 4W5OA 4C8KA 1CZ9A 1D5AA 1RT6A 1DTTA 1RT1A 3O4NA 3OY9A 4NCGA 3SQ1A 2HW3A 4HUEA 1JXEA 4JS4A 2G8FA 4DSLA 3QINA 4FLYA 4B9MA 2GUIA 4CK2A 5J2NA 4KI6A 2O4IA 4E0DA 3LP2A 1GOAA 1XI1A 4AHUA 1XHZA 1FXXA 4FM0A 3TARA 2YKMA 2Z1GA 3RMCA 2IGIA 2KFNA 1NK4A 2HVIA 4AILC 5CZ1A 1JLEA 3LP0A 4DS4A 1IH7A 1J54A 3KLGA 4KHQA 1TAUA 4CJ4A 2X74A 3LZIA 3IS9A 4JRQA 4FZYA 3OJUA 3MXIA 5C24A 4BDZA 1VRUA 1NOYA 1WSHA 2HHWA 4HUFA 2D0AA 4FJ8A 3TAMA 3ZT0A 4E89A 4EZ9A 2JGUA 4QCLA 1NK6A 2P1JA 3VQQA 4H4MA 4OKJA 3QEXA 4CJ3A 3D0PA 4CJUA 4FZXC 2BGGA 2FBXA 3AA5X 3JSMA 1ASVA 1VSFA 4CF8A 4E7KA 3PUFA 4CHZA 1T03A 3NGZA 4PY5A 4CJLA 1Z25A 4DF8A 4CHNA 4RG8A 3KKRA 4FM1A 1C1CA 3LP3A 4UQGA 5CYMA 4FLZA 4DTNA 2FBYA 4Z4EA 2OPPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TYQB 2BH1A 1TL3A 5IWAK 3O9RA 1HKGA 2CGJA 3IRXA 4CF1A 4O5FA 1OVQA 3MN9A 1NJXA 3DXMB 4HHTA 1Z26A 3EE8A 1Q9YA 3CPEA 4PKHA 1X3NA 3NFAA 4HTLA 1JKHA 2E2NA 3VQ7A 3KVGA 4KH6A 3OJSA 3QETA 2GWKA 1VAZA 4JI4K 4O5BA 2KQ2A 4HCBA 4B8AB 1JLQA 4LF9K 1LWEA 3OYIA 1VSEA 2RPIA 3HP6A 3HRGA 4BRFA 3ZX0A 4DQIA 1BWFO 3E66A 2E6LA 3WNGA 2FBVA 3WXJA 4V19S 1VQMN 2FSKA 5LY3A 4DSJA 4DR4K 4CJFA 4CFCA 4B9LA 5HRNA 1KAYA 4AHVA 3EY1A 5JVGL 4PA1A 3THWA 4M45A 2Z1IA 5F0XA 1QZ5A 4GW6A 3G0ZA 1J9AA 3WQTA 3VEXA 3RTVA 3SUPA 3LAKA 3QEWA 1KRPA 3SLCA 1HJOA 2GV9A 2RE2A 1M1KO 5GAEP 3OYKA 1NMDA 3AA3A 4AH9A 3PV8A 2QEXN 3DM2A 1LAWA 3IAYA 2F8SA 2O8BA 3L3VA 1RDCA 3O3FA 3GL1A 3EKUA 3T1AA 1RDDA 1REVA 3BP8A 2JWLA 1WAJA 1TAQA 4FJJA 3O80A 3WXLA 4YDUA 2QXLA 4DTOA 3ZETB 3LZJA 4DFPA 2VWJA 3AVKA 3SAGA 3UKRB 1ESVA 3AVLA 3LP1A 2HBMA 2KW4A 4AM6A 2IVOA 4OPHA 4Z4IA 1Q9XA 4A2AA 1KSPA 4B3MK 5CE3A 3SK3A 4CJQA 1IO2A 1NU0A 1V4TA 5IT9O 3U9DA 2G8KA 2JLEA 3KLHA 2NLXA 1M90O 1ATSA 3V1OA 2VG6A 1TKXA 1IBLK 3PIPL 5HROA 4K8ZA 4LSNA 3ZSRA 3OBYA 1TKDA 1U2VB 2YJEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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