1VQ6N

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1vq6N00
5JVHL 5JVGL 5DM7L 3CCEN 5GADP 1VQPN 3CCQN 1OVYA 1VQMN 1W2BM 1VQ5N 4IOAL 5MLCQ 1VQ8N 2OTLN 5H1SQ 4WFNL 1YIJN 3CCSN 4U67L 3I55N 5GAHP 3CXCM 3CC4N 3G6EN 3CC2N 1VQLN 5DM6L 4WFBL 1KD1O 1ILYA 3DLLL 1S72N 2ZJQL 1VQ6N 1KC8O 1VQ7N 3G4SN 4WCEL 1K9MO 2OTJN 3CPWM 1YJWN 1VQ4N 3CCMN 3J7ZO 3CCUN 3CCLN 5GAEP 3OW2M 1NJIO 1QVFM 3CMAN 1VQ9N 1VQKN 3CD6N 2QEXN 3PIOL 3CCJN 1Q81O 1YHQN 4IOCL 1YJNN 1Q86O 1K73O 3CMEN 1VQNN 1QVGM 3CF5L 2ZJPL 1K8AO 5HL7L 1JJ2M 4WF9L 1N8RO 4WFAL 4UY8O 3CCVN 1VQON 1YITN 5GAGP 3PIPL 4IO9L 1Q7YO 1YJ9N 1Q82O 1M1KO 3I56N 1M90O 2QA4N 3CCRN 3G71N 1KQSM 3CC7N 2ZJRL 1YI2N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6AA 2P9UB 1LWCA 3VQ5A 1ZXOA 5KGWA 4OPJA 3VERA 1TL3A 3KLHA 2OPPA 1JLAA 4J2DA 4J8FA 4CHOA 4A61A 1X3MA 3ZSOA 2VGNA 2E20A 1RDDA 4LF6K 3NF6A 3HK2A 3DXMA 3O4NA 1FK9A 3BF3A 3I55N 4R5PA 1Q9YA 3QFUA 3T69A 1RDBA 3PV8A 3C95A 3O5BA 4YOTA 4E1MA 3N4PA 4BWMA 3S3OA 1HNVA 3MMVA 5HRRA 3PLAA 3EYZA 3G25A 2GTDA 3VA3A 5M1NA 4B1ZA 5AZIA 4X65K 3VQEA 1VQ7N 3AO2A 2BGGA 3CCLN 3MCAB 4B1XB 3D2EB 4H5TA 4OX9K 5AQRA 1SUQA 4KH4A 3K5MA 1WN7A 1EO1A 1QQCA 4ID1A 4BVOA 2VWJA 3IRXA 2QTDA 3HPGA 2G8UA 3MK6A 3KVGA 1MDUB 1TKXA 5CZ1A 3AVJA 2BE2A 1RDAA 3TAPA 2RE2A 3AV9A 3L3VA 2NLXA 3V1RA 3NH2A 1Q86O 1C1AA 1ZBIA 3ZCMA 4RTFD 1TV6A 3OYBA 5CR4A 4O5FA 4A2BA 4W5OA 1DGKN 1HR0K 3NHGA 3L6QA 4FO0A 2A1SA 1RNHA 2PZSA 2O8EA 3KLFA 4IJAA 4CZEA 4OKEA 4FYDA 2O8BB 2JWLA 5HROA 4IDKA 2PYJA 1A5WA 1BHLA 2WBNA 1UAXA 1NK8A 1FJGK 3THWA 4JKBA 4NO7A 4BRCA 1XC9A 2W41A 4KHYA 5CHIA 3EKUA 1WAJA 4JHDB 4KHNA 4BY9C 2P9KB 3DLRA 3PX4A 4O4GA 2P5OA 4MFBA 4CF2A 5GADP 1VQMN 1S6PA 1JLCA 4EHUA 4NCBA 3ULEB 5E26A 3SK3A 4CHPA 3TAQA 3HTVA 4BRMA 4DSIA 4GV6A 4U67L 5F1XA 4CF0A 5JLHA 4DLEA 2Z1IA 2O8CB 1QQOA 1UA1A 1QHAA 3NF9A 4KH6A 3O3GA 3SBGA 2E88A 3VESA 1YVUA 4ILJA 3HSTB 2QKKA 2FSKA 4E7HA 1HJRA 5AQJA 2DPNA 1H1VA 4CZKA 4C1NK 2YX6A 3ZX2A 3A5MC 4JLHA 3HOTA 1NNEA 3UE5A 5M1KA 1J53A 3AGRA 3EN9A 1HX1A 2Q3SA 2PY5A 4JKDA 1ASVA 4JKHA 2ATQA 2OPRA 3ZSWA 4DUZK 2HBLA 4ISGA 5FPNA 4LSNA 3P31A 3VQCA 1TUUA 5GAEP 2UUCK 4Z4HA 2D0AA 1BQMA 4A57A 3R8EA 3SCXA 3AVBA 1NGCA 1TYQA 2VWKA 3L2QA 4BR2A 1Q18A 3KIOA 2Z1JA 1HNZK 4CHZA 1TK5A 4DTUA 1U2VA 3TPQA 2QWRA 2P9LA 3VPZA 3E9PA 3H1QA 4KTWA 4CJTA 1SS6A 5KI6A 3CF5L 3OYGA 1JJ2M 3ZSXA 1D9DA 5BPNA 1RT3A 1N8RO 3J7YP 3FZLA 1ESVA 4BR5A 3B8AX 1NKBA 1RT4A 3OBYA 4IDHA 1JLBA 3VQ9A 4JNEA 1BGXT 1IKXA 4M42A 2HHXA 4YDUC 3ATVA 4EIAA 3UKUA 3VQAA 4DQRA 4JD2B 3CC7N 1IKYA 4FJMA 3HM8A 1JLFA 3VQ4A 4X62K 1MA9B 3V1OA 4H0XB 3ZT3A 3MXJA 4CK2A 4CFBA 3NH1A 3TAGA 1OH7A 2NRVA 5GINA 3C0BA 3RMDA 2HHTA 3MDQA 4K41A 4FM2A 2ZQBA 5IT9O 4OKJA 3KJVA 4B3MK 3ZT2A 1HMVA 4I9LA 4Z4FA 2F4VK 4QCLA 1N36K 2HSTA 4CIEA 5H1SQ 4OJRA 3D45A 3T19A 4CI6A 4DFKA 2EHGA 4IZ9A 3SMSA 4B9VA 3WNGA 3VENA 3O3HA 3KD1E 4C8OA 3C6TA 3WXJA 4KO0A 1FXXA 5AZJA 4FSVA 3TU5A 3U8XA 3ZEUA 4BVPA 5C12A 1T05A 3MEGA 4BRAA 3WUHA 4JK8A 2KZMA 4EP5A 2FSNA 3TSQA 2QWMA 2W6LA 3QEPA 1WSJA 1VQKN 4BDPA 3LDPA 2GEMA 4PL8A 5AQKA 3U3GA 3OYNA 1NGJA 4CE9A 5J1EA 1HQEA 4B3OA 4HCCA 2YHXA 4K42A 5LJVA 3TSUA 3CHWA 1TKZA 3V81A 1ATNA 1WNSA 2ZGZA 3LZJA 3KD5E 4HTLA 2E1YA 3KLGA 2W6KA 3K9KA 2ASPA 4F4KA 1R59O 2WC9A 1QZ6A 3DOKA 5HL7L 3MN9A 4BG8A 5LMNK 5B8HA 4CF9A 2YNHA 2YHAA 2ZM6K 3UB5A 1W7AA 4FJNA 3C65A 2EWSA 4JKFA 5HOOA 1DKGD 2W42A 4W5QA 3ZETB 1U47A 3T1YK 5AQNA 1NGEA 1T7PA 3LM9A 4FLWA 2OYQA 2D1KA 4M63C 1RT5A 4FZXC 2Q36A 2D5RA 3AVLA 3HJFA 1YTUA 1E4FT 4JI3K 1YUWA 3ID6A 4H5RA 4IWVA 4U7BA 4K8ZA 4I2PA 2A40A 4FJ8A 2KZZA 2V7ZA 1ZBSA 5GIOA 1NM1A 1S1WA 4C8MA 3C94A 4ID5A 4XH5A 3DRSA 4CGJA 4CJEA 2YHYA 3F9KA 5EOYA 3DXKA 4FLYA 3A5OC 4B3SK 2BH1A 3QNNA 3CJ1A 3QFPA 4IXCA 3FZKA 2Y1IA 1YVNA 1MWMA 4MDAA 3OS1A 4FWLA 4KHSA 3OYDA 4DR5K 3RMAA 4C23A 3O9SA 1ZC6A 4CJWA 2GWKA 3G4SN 1DTQA 4WCEL 1BOTO 1BI4B 1VQ4N 4KB0A 4I9QA 2VWBA 1EWQA 3VEXA 3ZT1A 2LSNA 2P9KA 1XWLA 3EZWA 4B08A 1QVFM 2BANA 3FLCO 4OGCA 3LAKA 4IFVA 4XH1A 4JKGB 4CEQA 1NGBA 2CGKA 4FL9A 4DTSA 4UQGA 4BR4A 2UXCK 1RTJA 3I0RA 4KPYA 5AQYA 1TK8A 3FZHA 3NF7A 4BGBA 3CCJN 1BCMA 4E1NA 3O1BA 2P9IA 1TKDA 3DJCA 1WSFA 2FLOA 4CJ3A 3DYAA 1S1XA 3OA9A 2IVOA 1N32K 4IG3A 3MWTA 3QERA 2GUPA 5A2QO 5K14A 2FSJA 1NGHA 1KFSA 3KK2A 3THXA 1ITGA 4PY5A 4BDZA 4W5RA 1HUXA 2G8KA 5J2NA 4CGIA 3NF8A 1HPMA 4AM7A 3NE6A 1V4SA 4YOXA 5C2FA 4FLXA 2OPQA 4EZ9A 4K0KK 4H5NA 4KV8A 1LAVA 1HNXK 2E6LA 1NJYA 3RVCA 5FDLA 1KRPA 2KQ2A 3K57A 3VF4A 4Z4CA 2QW9A 3EE8A 5DM7L 1C1CA 4EZ6A 1GLDG 3ZSQA 4N47A 4I7FA 1OH8A 4BGAA 2A3ZA 3ZSYA 3BEXA 4IOAL 3QICA 3K0SA 1L3VA 1NKEA 2F7TA 3N4QA 4WFNL 1NOZA 4LC9B 5AQLA 4CZFA 3OYHA 4DG1A 1XQSC 4M41A 4CEEA 2Q1NA 1VSLA 4CHNA 4CJPA 3L2UA 1BUPA 4LF7K 4CESA 3O80A 4Y1CA 3SYZA 3EY1A 3OYEA 4B9SA 1P8ZA 3CJ9A 3O8MA 3P5JA 4A5AA 4BRLA 4E7IA 3RR7A 4KKOA 5AQQA 3QIPA 4DKWA 2E2NA 3LDLA 5J2MA 3SBTA 3RMCA 3FZFA 4BC3A 4JK9A 1FKPA 2O8FB 3LWLA 4B3RK 4LH4A 5FPMA 4PKIA 3CCUN 3KWGA 3CQ8A 4F3TA 3E9LA 1YAGA 3B6OA 1NMNA 4CGHA 3H3NO 1S1VA 3SQ1A 3HO1A 3I8DA 3A5LC 1N5YA 4CBWA 5DK5A 1WAFA 1QTMA 1Z6RA 2Z1GA 3T1AA 4CFDA 1YHQN 2F9TA 4M3RA 1YJNN 4BWJA 5KQ8A 1T44A 1K73O 5JLFA 1JCGA 4OPHA 4DV2K 2X78A 4FLZA 1XUPO 1RBSA 5EXWA 3V9SA 2A5XA 4BR0A 1C6VA 3IKMA 2YKMA 1IG9A 2UU9K 1KAXA 1IV0A 1HKBA 1RBRA 4CJSA 4L3QA 2P5GA 2YI1A 3I56N 3O9QA 3CCRN 4OKKA 4N56A 2G8FA 4YOVA 2OA8A 5EY4A 2HNDA 3MN5A 1IBLK 1RT7A 3CFRA 2DFFA 3NVMA 5LL6Z 4FW2A 2CGLA 2E2PA 4M45A 3LDOA 5KPTA 3OS0A 3KWIA 1NKCA 3VF2A 1BL3A 3VQDA 4NLCA 5CYQA 1KAYA 4KHWA 3ZX3A 4LH5A 1BG3A 2D0CA 1QQNA 3C6UA 3VQPA 4IBNA 3ASMA 4Y1DA 4IEIA 3QBXA 3V4IA 1VSMA 3OYCA 1EETA 2ASMA 4FLTA 1N34K 1L3UA 4M3WA 4GKKK 3AA5X 1VQLN 1XHZA 1OH5A 3ZT4A 3KLEA 3ZETA 2XY6A 2RHKA 3DOLA 4O8UA 1W9HA 4HHTA 1X1PA 2Q97A 4PWDA 1KC8O 3P1GA 4H0OA 4AH9A 3A5NC 1GLCG 1RT6A 3F2KA 4DSKA 2WUSA 4B1UB 1J5EK 2OZSA 4Y0WA 1L3SA 3NGIA 4A59A 3OHRA 4DB3A 2W40A 3ZSRA 1J9AA 2YHWA 5KRTA 5F0XA 3CD6N 4DTOA 4H03B 5KQDA 3LPUA 5C10A 3TTFA 3KKRA 4XEIA 3SPYA 1X9SA 2UUBK 5TKYA 4BQZA 3D0PA 1ATSA 1LWFA 3LWMA 5KRSA 3KHYA 4NCAA 2ZF5O 2HHWA 1KTQA 4HUEA 4AHUA 4JI6K 2NUBA 3DMJA 4CF8A 3K59A 5LJWA 2GUIA 3H6EA 4M3ZA 3T3FA 4DV6K 1KLMA 4V19S 2VG6A 3TAEA 3BDPA 3I0SA 4FVMA 5HRPA 4B9QA 3OYMA 3F5TA 2F9WA 1QHTA 4OPAA 1BI4A 3C6HA 2QA4N 4O5BA 2XY7A 1HKCA 1VSHA 2VG7A 3TAFA 2HVIA 2YJEA 1KAZA 2QWQA 3PUFA 3OBWA 4JKGA 3BY5A 3HPHA 3HZ6A 3L8BA 5M1PA 3P4IA 4BREA 4RW8A 5M1FA 4CW7B 3CCQN 4J2BA 4A5BA 3SUOA 3KK3A 1SL1A 2A42A 2E4LA 1E4GT 1J54A 5JMVA 1O13A 1C0UA 3CCSN 4QS9A 2P9SB 1S5JA 3MCPA 4CD3A 1ZYQA 3G6EN 1D5AA 4DWIA 3DLHA 4DTNA 3VEWA 4OLAA 1TKTA 2WFBA 3E9OA 3ENBA 1BISA 3FFKB 4BR9A 1TL1A 2QWPA 2ZJQL 4I2QA 5C42A 3SMPA 4WQ4A 3AA3A 1J5OA 2GV9A 4ISEA 1SAZA 4CJQA 2GELA 1ZBHA 4H0YB 3OW2M 3V9WA 5ADXH 4CJ5A 4FJKA 1JL2A 2YNIA 1LCUA 4BE1A 4BE0A 1HNWK 4FWKA 1XMOK 3THYA 3RRGA 4JI1K 1RTIA 3M1FA 1QSSA 2WOMA 3KK7A 4MDBA 1OVQA 3GDQA 1K8KB 4Q0BA 3CQYA 3CMEN 2ZJPL 3M8SA 4H8KA 3AVAA 2O4IA 4Z0UA 4JS5A 3AVCA 4WFAL 3WQTA 5BR9A 1XC3A 4FJJA 4YOYA 1GLBG 4KHQA 3CI5A 1SL0A 1VSDA 2CH5A 5AQSA 2BTFA 3AVHA 3AVNA 4FWPA 3AY9A 4DTPA 4JKEA 1CXUA 4H5VA 2P9NB 4QS7A 4WE1A 3UIQA 4OO1J 4BRGA 2ITMA 4YOUA 3HP6A 1NBWA 4E1JA 3L2VA 4DTRA 2HHVA 2XHBA 3EL2A 3CCEN 4LF9K 4GV9A 3VTHA 4CK1A 4BRDA 3SV4A 3WXKA 3TANA 1VQPN 5MLCQ 4X66K 4NXNK 2OTLN 3CJ7A 4CJ7A 2Y1JA 3QINA 1I39A 3IG1A 4KHPK 1TGOA 4BROA 1JCFA 2HHSA 3VEOA 1RDUA 4FWQA 3ZYYX 3NVKA 3HSCA 3OYIA 1WLJA 4CEZA 5DM6L 4YNQA 4EP4A 4DV7K 2P9PB 1ILYA 1C0FA 2HMPA 3NGZA 3Q7CA 4EAHD 4PHTX 4Z94A 3CPWM 5AFUA 2HF4A 1KLNA 2P1JA 4DU1A 4CJVA 5I9EB 2E2OA 3MX2A 4LD0A 4OGEA 3PO4A 4ELTA 1KCFA 4HUFA 4DF4A 2KHOA 4O8KA 1CZ9A 2IVNA 4Z4IA 1HYSA 2KTQA 3WXLA 5BRDA 1SQKA 5BN9A 5KPRA 3QDKA 4FCYA 1GLAG 1T6DA 1UWBA 3KK1A 1GLJO 3LP2A 1VQNN 4CJFA 3NH0A 2P9UA 3OY9A 3DI6A 3HL8A 3D2FB 1X9JA 2KLAA 4G1QA 4RWTA 1WBBA 3G0ZA 3K2PA 1NJZA 3GOIA 3EO3A 3AO3A 2P51A 4PQUA 3RMBA 1TAUA 3KLIA 1HYVA 4JI4K 4YY3K 2KKZA 5AQWA 4DHYA 2UUAK 1SV5A 2ZD1A 3HBTA 4GKJK 4FXDA 2HBJA 3CQXA 2E5LK 2D0OA 3NCIA 5GIPA 3Q7BA 1NGFA 4K43A 4B9MA 3K9JA 4IO8A 3O9RA 4DSJA 2DTUA 3EKSA 4FM1A 1VSIA 4E7JA 1W2BM 2J4RA 3VGLA 2KFZA 3DLEA 3TTCA 4E7KA 4KRFA 2IDOA 5KPZA 3CFOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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