1VSDA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 52
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsdA00
3QNNA 2G8HA 1IKVA 1RBUA 4FJJA 4HCBA 5J1EA 1NK5A 4CFCA 4DU4A 2WONA 3PUFA 1WSEA 4AHRA 3QNOA 4M3TA 3ZT3A 1RDAA 1S5JA 4M3XA 4DSJA 1NKEA 1HYVA 1RBRA 1T03A 2Z1HA 3TARA 2D0AA 3DLGA 5K14A 3V81A 3TAEA 1EXQA 4FW1A 1I39A 1U48A 5J2PA 2PYLA 2RKIA 4PUOA 4J2EA 4OPJA 2XY8A 1S6QA 1BL3A 4QAGA 1DTTA 4FYDA 1J53A 1FKOA 2WOMA 4E3SA 3HVTA 3JSMA 1QE1A 2Z1GA 4FK4A 1NJZA 1KLMA 4E1MA 1WLJA 4TSXA 4Z4IA 4CF1A 4M3UA 4CJUA 3DLEA 1QSLA 3TAFA 4C8LA 3VQ7A 3V4IA 3U6FA 3ZSWA 4NCAA 2OPRA 5CYQA 4CFAA 5KRSA 4HUFA 3BGRA 3UIQA 4CJWA 3OJSA 3V1QA 4DTRA 4DQPA 2YKNA 4L8RB 4W5RA 3LANA 5JS1A 4B9TA 1T7PA 3SQ2A 1Q9YA 2IS3A 5T7BA 2HVHA 1BISA 4AHSA 1HQEA 3OYMA 3OYNA 1EP4A 4M45A 3HO1A 5CZ1A 4CHQA 4JS4A 3V9SA 3RR8A 3RWUA 4KI4A 4JLHA 1LAWA 1ITGA 3IS9A 4B9VA 1A5XA 1SKWA 3KJVA 4NYFA 1KFSA 1J54A 1RT5A 3K57A 4B9UA 5CY4A 1BI4A 4CK1A 2XRIA 1EETA 4F3OA 1ASUA 1U45A 4E1NA 1QTMA 4FZXC 5HP1A 4N56A 4FJ7A 3MEDA 1WSJA 4CJPA 3OYEA 3PV8A 3QINA 1C1AA 4OGEA 4O5BA 4Y1CA 3V1RA 1EKEA 4MQ3A 2G8VA 3LP2A 1NK9A 1K6YA 4PA1A 1VRUA 3F73A 4DQQA 1QSSA 3NDKA 2EHGA 4Q5VA 1GOCA 4E7HA 4BDPA 3LAMA 2Q3SA 4I9LA 2XO7A 4BE2A 3NE6A 2YV0X 4Z4CA 4CCHA 2O4GA 3SUQA 3DMJA 3RMBA 1NK8A 4DTXA 3TAGA 4KFBA 3CM6A 2FBTA 4RW9A 3U3YA 4AHVA 1TKDA 3S3MA 4QOZB 3KLGA 1HNIA 2E6MA 1JLCA 2HNDA 2GV9A 4FK2A 1RBVA 1IKXA 1N5YA 3KKRA 1B9FA 2DFFA 1LW2A 2IAJA 3SPYA 5SZTA 4FJ5A 4IFVA 3L3VA 4OLBA 4CJ4A 1BIUA 4G1QA 3QIPA 1F21A 3SYZA 1VSIA 3TAQA 2E6LA 5CYMA 3AVJA 3IG1A 1IKWA 4ELTA 3AVMA 1IO2A 4KKOA 3VQCA 1Q9XA 3PX4A 2ITGA 3CYMA 3HVRA 4FLYA 3ZCMA 4M3WA 2HNYA 1LV5A 1FXXA 4KTZA 3VQBA 1NK6A 2EX3A 3EZ5A 1DLOA 4CJLA 4ELVA 2AJQA 1HJRA 2KTQA 3FFIA 1TKZA 4FLZA 3SJJA 2HHWA 3CQ8A 1EX4A 1ZBFA 3AVNA 1RBSA 3MXIA 1SUQA 3PO4A 1UA1A 5C25A 3OYGA 3RMDA 1A5WA 3C6UA 4H4MA 3OYIA 4OKEA 4F4KA 4B08A 1TAQA 1TGOA 3TAMA 4CEAA 1N6QA 1HRHA 2BANA 5FRNA 4JS5A 4IG3A 3S9HA 4FXDA 4DS4A 1C6VA 1BI4B 1VSJA 4ZTFA 1B92A 2FBVA 1TK8A 3TAPA 5HROA 3QEPA 3OYDA 1ZYQA 3ZT1A 1REVA 1NJXA 1LWEA 3KD5E 1VK0A 3KIOA 3OS1A 2QKKA 3NF8A 3V9XA 2DFHA 1RILA 4HCCA 5C24A 4AHUA 3V6DA 2B5JA 4FLUA 5JS2A 1JLFA 1T05A 1L3VA 1BGXT 4MFBA 2X6NA 4CESA 3SUOA 4LH4A 3ZSOA 1WSFA 4CF2A 3MAQA 4DSIA 3KK2A 3G0ZA 3TWHA 4NCGA 2ZE2A 2A1RA 4FJ9A 2W42A 3NBPA 5C42A 1W9HA 4PQUA 4Q0BA 2R7YA 4FW2A 1DTQA 1RNHA 4RW7A 1VSKA 3L2UA 2Y1IA 1JL2A 2HHUA 1NKCA 2RPIA 4YFUA 3A2FA 1KRPA 3VQ8A 1L3UA 1HPZA 3CFOA 3LWLA 3VQDA 3CM5A 4FZZA 2O4IA 3ZT0A 4HUGA 4LSNA 4EZ9A 4KHQA 3RTVA 3DRPA 3PX6A 1XI1A 3TR8A 2ZQBA 5J2MA 3SZ2A 3HYFA 1UWBA 1C0MA 1WSIA 2IGIA 1CXUA 4O0IA 5KGWA 1G15A 2HHVA 3K5LA 4DG1A 1HYSA 2HHXA 4CGHA 4KHNA 2X74A 1RTJA 3K59A 1JKHA 5CZ2A 1ZBUA 4N47A 4DFPA 1UA0A 1NK4A 1L5UA 4J2BA 4OLAA 4CJQA 4K8XA 3V9WA 4KRFA 3HPGA 4AH9A 4BDZA 3O4QA 4DWIA 3SUPA 3T19A 1RT4A 3SNNA 1IKYA 4CGIA 4DS5A 4UQGA 4KTWA 4LY7A 3RRHA 4I2QA 3QEXA 1QSYA 3ZSVA 2XY7A 1JLBA 4NYNA 1HQUA 4N76A 2RF2A 1BQNA 4IFYA 3OYKA 4DU3A 4IG0A 1FKPA 4CGGA 5SWMA 2P51A 3NH0A 4FLVA 3SUNA 4DTNA 1HYZA 4FM2A 4DSKA 2OZMA 4M3YA 4KB1A 1CZ9A 5HBMA 3V9UA 4GVMA 3OYJA 3P83D 3SI6A 2PY5A 1VRTA 3NF7A 1S1TA 3NF9A 3ZSRA 3ZT2A 3I8DA 3NHGA 2G8KA 3AO3A 4KPYA 1SKRA 3NGIA 2DFEA 1YTAA 3QEIA 1ZBIA 4DFJA 1KVAA 3AVLA 5J2QA 1SL0A 3VA0A 1VSEA 3ITHA 4DTOA 3PX0A 4FJLA 5HRNA 4BWMA 2VWJA 3QESA 4GW6A 3IAYA 3HK2A 3O3GA 3LP0A 4CGFA 4OVLA 1RT6A 4CJFA 3TI0A 4C8KA 1S1WA 4CHZA 4NCBA 4I7FA 5FROA 1NOZA 1O1WA 4CGJA 3HJFA 1SKSA 2VG5A 3I0SA 1JLGA 3AVBA 2XY5A 3MECA 4E0DA 4F3TA 4C8OA 4B9LA 1S9GA 3EYZA 2NUBA 1RTHA 3LPTA 3NFAA 4ID5A 3M8PA 1SL1A 3OYLA 1JLAA 4EP5A 4KHSA 4KHYA 2Y1JA 4DU1A 1TL1A 1X9WA 5HLFA 4DTUA 3AO4A 2YNIA 3AA5X 1YTUA 3HPHA 4BE1A 4DSEA 2HB5A 3M8QA 2FC0A 2HHSA 1Y97A 3O4NA 3WNGA 1U4BA 1KSPA 3MEGA 3L2RA 3OS2A 2QKBA 1HNVA 4I2PA 4FLWA 3NGYA 1Q8IA 4KV8A 4FM1A 4M3ZA 2B6AA 1VSHA 3WNFA 4HTUA 4RW8A 3VQPA 4CJEA 3DOKA 4CGDA 3AA4A 3HT3A 3AVKA 4B8CA 1ZBHA 3OJUA 2IC3A 1D5AA 3K2PA 4DQRA 1TKXA 3ASMA 1RT3A 3VQAA 2KQ2A 5KRTA 4BWJA 2HHTA 4CEDA 3LWMA 1ASVA 2HVIA 1LAVA 1WSGA 2YHBA 3HL8A 4E7JA 4FJKA 4K8ZA 4DTJA 3VN5A 3QIOA 1X1PA 5EU7A 4LSLA 4OJRA 3B6PA 3ULDA 1WNSA 2KFNA 1QHTA 2F96A 3VQ9A 2D0CA 4H4OA 2BDPA 1L3SA 2ATQA 3HP6A 1LW0A 4M41A 3AVFA 3LP3A 3LDSA 2BE2A 1RT1A 4HVJA 4CHYA 4ZTJA 3L2QA 2P5GA 3AA2A 1IH7A 3NH1A 4CK3A 2RN2A 3DLBA 1UOCA 4AHTA 1QS4A 4I9QA 4DF8A 3VQ5A 4ID1A 1NK0A 3K5OA 3H08A 4QCLA 2JLEA 4O4GA 3AVGA 1R0AA 4F2SA 2D5RA 4W5OA 4J2AA 5I3UA 1KVCA 1WAJA 3DI6A 1NJYA 1MU2A 5HRRA 4OPKA 4HUEA 2GUIA 2IDOA 4EP4A 4RW4A 3HXMA 1I3AA 4KREA 1RDCA 3KLEA 3PO5A 2P5OA 4FJXA 2HW3A 4CK2A 4N41A 4GMJB 2GBZA 3OYCA 3JYTA 1S9EA 4CHPA 3NGZA 3RR7A 4FJMA 2A1SA 5D3GA 1S1XA 2QK9A 4CJ3A 3QEVA 3BDPA 3AVCA 3VA3A 4FK0A 4FLXA 1CZBA 4LD0A 1YVUA 3G10A 1U49A 4DTPA 4W5NA 3DLKA 1J5OA 1RBTA 4F2RA 3LAKA 2OPQA 1KFDA 1NJWA 4BDYA 5J2NA 3SQ1A 4Z0UA 4FCYA 4BACA 4OKJA 3HM9A 1QQCA 4IDKA 3ZSQA 1WAFA 3RRGA 1TV6A 4B9NA 3OY9A 4PWDA 1RT7A 2OPPA 1NK7A 2KW4A 2XHBA 4B9MA 2KFZA 2VWKA 1UAXA 2Z1JA 4ZHRA 3L8BA 1VSFA 4CFBA 3T3FA 1X9MA 4CIEA 1C0UA 3AA3A 1C0TA 1T8EA 5I42A 1RCHA 1TK5A 4Y1DA 2XY6A 4Z4HA 4B9SA 1U04A 3S3OA 4DLEA 3DRRA 3O3HA 3OYAA 1TAUA 4JRPA 1KCFA 1GOAA 1LWFA 2VG6A 3NF6A 4E89A 2BGGA 1BHLA 4CF8A 3D0PA 5HRSA 5HRPA 4DMNA 4F8RA 3OS0A 2KZMA 4CERA 4HHTA 1A5VA 3DLRA 4DQIA 4FJGA 1XC9A 3ZSZA 4Z4EA 1C1CA 1RT2A 3C6TA 4CEFA 5KI6A 1CLQA 3QO9A 4RG8A 3SQ0A 3AO5A 4FLTA 1BCMA 3M8RA 4C8NA 1J9AA 4CECA 3B6OA 4E7KA 3ALYA 2F8SA 4CEOA 3HP9A 3KD1E 4CEEA 4E7LA 4DF4A 3P1GA 1XHXA 1Z25A 2LSNA 4FM0A 4DLGA 5FRMA 2G8IA 3AO2A 1S1VA 4KHWA 4YNQA 3QLHA 3VQ4A 3AVAA 3LPUA 5FDLA 4CEBA 1FK9A 4IKFA 4CF0A 1TK0A 3TANA 2QXFA 1BCOA 1JLQA 4DTMA 4CJKA 3ZT4A 3PY8A 2X6SA 4DQSA 3ISNC 3VQ6A 3EY1A 2HMIA 1D8YA 4N5SA 2DY4A 2YHAA 2ZD1A 3TABA 4W5QA 1L3TA 3LZIA 4FJNA 2IOCA 4CF9A 3S3NA 2B4JA 2OYQA 4ICLA 4Z4FA 3L2WA 3QEWA 2F8TA 1W0HA 4CJRA 3VQQA 3HPOA 3I0RA 4ELUA 3AVHA 3V9ZA 4IBNA 4M42A 4PY5A 3SV3A 2DTUA 2KZZA 3MXJA 1LWCA 3KLFA 3L2VA 1BQMA 4DTSA 4AILC 4B8AB 4FJHA 4JRQA 3HSTB 3DOLA 4AHCA 4CE9A 4W5TA 4CFDA 2FBXA 4J2DA 4CHOA 3CG7A 3DYAA 4R5PA 2X78A 4CEQA 1HMVA 1RTIA 2JGUA 3MEEA 4E19A 5KGXA 3KK1A 3QETA 4LH5A 1RDBA 1VSMA 4DFMA 1TKTA 1WN7A 4CJTA 2PYJA 3KK3A 3OVNA 2YNHA 4CJ5A 3LZJA 1ZBLA 3KLHA 1U47A 1VSLA 1KVBA 3AVIA 2I5JA 2E4LA 4BE0A 1JLEA 3THVA 1JXBA 1NKBA 3DRSA 3ZSXA 1C1BA 1RDDA 3KLIA 1X9SA 4CEZA 3SQ4A 3AV9A 3T1AA 4C8MA 3LP1A 1SL2A 3OYHA 4O0JA 3C94A 3DLHA 2HHQA 4FZYA 4KO0A 1WSHA 3QERA 3WNEA 1JXEA 1D9DA 3WNHA 5DMRA 2G8FA 3E01A 4CIGA 3D45A 2YNFA 4KAZA 4OGCA 4DFKA 1RTDA 1XWLA 4KTQA 1S1UA 4O44A 5DK5A 3IRXA 1KTQA 1Z26A 2OA8A 4CHNA 1ASWA 4E7IA 2PZSA 4XIUA 3OYBA 1KLNA 1IG9A 3V1OA 2G8WA 2OZSA 1BIZA 3DM2A 3L3UA 1CXQA 3KKSA 1B9DA 4H8KA 1YT3A 2OPSA 3M8SA 2YKMA 4EZ6A 4CJSA 2Z1IA 2D0BA 3U3GA 4KB0A 3MXMA 1VSDA 3K58A 2YNGA 3C95A 3AO1A 3NCIA 1JL1A 4FVMA 2HNZA 4CIFA 3SPZA 1D9FA 1NOYA 4FJIA 3OYFA 4DSFA 4O55A 2ETJA 2VG7A 4KHUA 4M3RA 4Z4GA 3F9KA 5E41A 3NH2A 2FBYA 1SV5A 3CFRA 2P1JA 1TVRA 3O3FA 1S6PA 3LALA 3CFPA 4OKKA 3SV4A 3RMAA 1XHZA 5KTQA 3KTQA 4B3OA 3K5NA 3RMCA 3VQEA 3SCXA 4FJ8A 1TL3A 3K5MA 3NAEA 1GOBA 4RW6A 4DSLA 2G8UA 3ZSYA 3P5JA 4CJVA 4KI6A 4WE1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HCBA 1RBUA 4DU4A 4AHRA 3QNOA 3ZT3A 2WTUA 1S5JA 3TARA 2D0AA 3FLCO 3DLGA 3V81A 3A5NC 4YORA 4FW1A 3TAEA 1QVGM 2PYLA 3EE8A 4LF7K 4QAGA 3VPZA 3H46O 1J53A 1IV0A 2Z1GA 1KLMA 4NB4A 1WLJA 1K8KB 3QFPA 2GEMA 3V4IA 5JVHL 3U6FA 4NCAA 2OPRA 4OO1J 3W0LA 3OJSA 4DTRA 5AR0A 4MLHA 3CMAN 3LANA 4B9TA 4EHUA 1EP4A 4M45A 2O8EA 4CHQA 1TYQA 4JS4A 3V9SA 3SAHA 3RWUA 3SLCA 3VF2A 4JLHA 5MLCQ 1VQKN 4B9VA 1KFSA 3VERA 3A5MC 1QTMA 4E1NA 4BR5A 5HP1A 4CJPA 1WSJA 2V52B 1KAZA 4Z94A 4A2BA 4DV7K 4MQ3A 1NK9A 1X9JA 1Q82O 5JMVA 4CCHA 4Z4CA 3SUQA 1RBVA 1N5YA 3KKRA 1LW2A 3K0SA 4FJ5A 2P9LA 5SZTA 4OLBA 3L3VA 1KD1O 3SYZA 2HBJA 3TAQA 2E6LA 3IG1A 1IKWA 3VEWA 1Q9XA 1IO2A 3PX4A 4XH5A 3ZCMA 1GLDG 1GLCG 4KTZA 4LF5K 1YIJN 4ELVA 2FSNA 1HJRA 4K42A 4ISEA 4CBUA 3SJJA 2HHWA 3CQ8A 1ZBFA 1RBSA 3MXIA 1SUQA 4H5VA 3TU5A 3PO4A 4NO7A 3OYGA 1VQPN 2VYPA 4OKEA 4XH4A 2ZGZA 5AQLA 3TAMA 1HRHA 5FRNA 4IG3A 3THWB 3A5OC 3WXJA 1TK8A 1FJGK 4IXCA 5HROA 1VK0A 3LDPA 5JS2A 2GTDA 1BGXT 2X6NA 4LFCK 4DSIA 4LH4A 1YVNA 3KK2A 3H3OB 5H1SQ 3HOTA 4FW2A 1RNHA 4RW7A 1VSKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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