1VSEA

Asv integrase core domain with mg(ii) cofactor and hepes ligand, low mg concentration form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 50
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vseA00
4CIGA 1KFSA 3SPZA 4JS4A 4DSLA 4AHTA 2G8HA 3O3FA 4CE9A 3I8DA 1RNHA 3AO3A 3IS9A 2F96A 3K57A 3U3YA 1WSEA 3LALA 3QEXA 4M3RA 4OKJA 3AVHA 3OYDA 4Z4GA 3SJJA 1RTHA 2HHUA 2HW3A 1GOBA 1VSLA 4GMJB 3HK2A 4W5NA 4BE1A 1BCOA 3CM5A 5HRNA 1XHXA 1VSKA 1Q9XA 4FJ8A 3NH2A 4Z4CA 3MECA 2RF2A 1ZBUA 2OYQA 4FK0A 1YT3A 4HUFA 4KPYA 1BIZA 4RW9A 4BE0A 3VA3A 4CERA 1N6QA 3NFAA 4C8NA 5C24A 2G8KA 4KTZA 2LSNA 1UWBA 2FBXA 4YFUA 2X6NA 2GBZA 2Z1IA 4K8ZA 2Z1HA 3DOKA 4IG0A 4E1NA 4FLYA 4E7KA 3DMJA 4E3SA 4B8AB 4DQRA 1WSGA 4LSLA 2ZQBA 4FLVA 5HP1A 4KREA 3NF7A 1LAWA 3K58A 2HHWA 3RR7A 4Q0BA 3AVGA 3KK1A 1QHTA 4KI4A 3NGYA 3LP3A 1RBRA 4RW6A 3LPUA 4JS5A 3L2VA 4OPKA 3RWUA 3S3NA 1D5AA 5CYMA 2KFNA 1CZ9A 2B5JA 3ASMA 2ZE2A 4IFYA 3CG7A 2DFHA 1JLEA 4BE2A 1D8YA 1BISA 5K14A 1S6QA 2Z1JA 4CJPA 1TL3A 2P1JA 3OS1A 3OJSA 1O1WA 1NK6A 4H4MA 3C6UA 2DY4A 4CIEA 4NYNA 3RMCA 1N5YA 4G1QA 3VQ9A 3V9SA 3SCXA 4MFBA 2G8FA 3OYIA 4AHCA 4FLWA 4DSEA 4EZ9A 4CCHA 1Z25A 3AV9A 1T8EA 1EKEA 4DQPA 2YKNA 4B9UA 5E41A 1NKBA 3LANA 3OYKA 3F73A 4W5RA 3VQBA 1L3UA 3V9XA 4N56A 4CK1A 4B9MA 4CFBA 4B9LA 3NGIA 2B6AA 3LZIA 5T7BA 2D0BA 1Q8IA 4LH5A 1TV6A 1WSJA 5HBMA 4DS5A 4HTUA 1VRUA 4O0IA 3AVMA 4AHUA 1DTTA 5KGWA 4CJTA 4K8XA 4AILC 3TARA 2G8IA 1C1AA 3HYFA 4H4OA 2BDPA 1C0UA 4DTSA 3IRXA 3EZ5A 3OS0A 1C6VA 3NF8A 3V9UA 1WLJA 4CK2A 3QEIA 3U6FA 3ZSQA 5EU7A 1WSIA 3AVIA 1VSMA 3HPGA 4KHSA 3KKSA 3AVAA 3EYZA 1MU2A 1LWCA 4FJLA 3WNGA 3DLRA 3DOLA 3OYFA 3NE6A 2BE2A 2JGUA 4M3TA 3QNNA 1JL2A 1NK8A 2G8WA 4E0DA 3LPTA 1X9SA 1IKWA 3AVCA 1IKYA 4CJQA 3OYLA 3OYGA 3VA0A 2DFEA 1X9MA 3IAYA 1BL3A 1VSDA 1REVA 4O5BA 1RDAA 3TANA 4CGGA 4DTRA 4MQ3A 4E1MA 3O3GA 1KLMA 4R5PA 3HP6A 4W5TA 2HNDA 4FJNA 1HYZA 4KV8A 3VQ5A 2HB5A 3E01A 1YTAA 3G10A 3QNOA 1VSJA 3RR8A 3KD1E 5CZ2A 2QKBA 4FYDA 3U3GA 4FK4A 4KKOA 1LW0A 4HUGA 4CFCA 4KO0A 3O3HA 1UA1A 2OPRA 4FXDA 3C6TA 4CECA 3LP1A 1CXUA 3PV8A 4PQUA 4HCBA 1S1XA 4M3UA 4E89A 3AO2A 3OY9A 1HYSA 4LSNA 4GVMA 4CFAA 3NH1A 4RG8A 2GV9A 3CFPA 1A5WA 4JLHA 4BDPA 4OLBA 4OLAA 2ETJA 1SL1A 1S9EA 3ZSZA 4DU3A 3TAQA 3KD5E 2FBTA 4I9QA 3DLHA 4F2RA 2XY7A 1FKOA 4F3TA 3O4NA 3QETA 1RILA 4FK2A 2DTUA 3QO9A 4ZHRA 1TK0A 4PUOA 4CEAA 3RRHA 2F8SA 4DSKA 1JXBA 4Z0UA 2QXFA 2HVIA 3IG1A 3P5JA 4N41A 1S1TA 4FZYA 3VQ8A 2FBVA 3VQAA 4CHNA 4DFJA 4B9TA 5SWMA 4F8RA 3DRSA 3KIOA 3ZSWA 1JXEA 4KHUA 1Q9YA 3L3VA 4CJKA 1EXQA 2YNGA 4HCCA 2VG5A 3QIPA 4I2QA 4FM2A 5J2PA 1U49A 4KB1A 3M8RA 4CJEA 2F8TA 4PWDA 1S5JA 3L2RA 4M3WA 2D5RA 1FXXA 5KTQA 2KQ2A 2AJQA 5CYQA 1VSFA 4BWMA 4CGIA 2VWJA 1BHLA 2BANA 4QAGA 4CGFA 3WNFA 1BCMA 3D45A 3TAPA 1HNVA 2B4JA 5C25A 1HNIA 1BQMA 4CEZA 3K5NA 2O4IA 4CEQA 4KRFA 2EX3A 3OYMA 1TGOA 1J5OA 2PZSA 3AVBA 3KKRA 5DMRA 4QOZB 3SUOA 2HHQA 1QE1A 1RTIA 2YHAA 4DFPA 4CHOA 3K59A 3HSTB 2HHSA 3SQ2A 4F3OA 1KSPA 3HXMA 3D0PA 3QERA 1IKXA 4LY7A 3OYJA 5HLFA 1XI1A 4CJWA 4B3OA 5CY4A 4W5QA 2RN2A 5C42A 4BACA 2BGGA 3MEEA 3ZCMA 4KHWA 1WAFA 3HVTA 4O4GA 5FROA 4FM1A 3AVJA 3AVKA 4H8KA 4FJHA 2YHBA 1ZBLA 3SQ0A 3K5MA 4FW2A 3FFIA 3TAEA 4Z4FA 4DTXA 1S1UA 3MEGA 1U45A 4FJJA 2KZMA 1KVCA 1JL1A 3L2UA 4DTPA 1HRHA 4FJ9A 4ICLA 3V9ZA 2HNZA 4CFDA 4E19A 3RMBA 2ATQA 2OZMA 4OGCA 4FZXC 3MXIA 3HPOA 3HL8A 4NCBA 1ZYQA 2FC0A 1J9AA 3RMDA 1RDBA 1RT2A 4KHQA 5SZTA 2ITGA 4F2SA 2E6MA 4N47A 1HYVA 3VQPA 4O44A 2Q3SA 1JLQA 3CYMA 3ZSVA 4Y1CA 4B08A 3T3FA 2NUBA 4FLTA 1L3VA 3SYZA 3KK2A 1JLGA 4CF8A 1TVRA 1VRTA 2YV0X 3C95A 5FRMA 4Z4EA 3K5LA 1JKHA 1A5XA 1T7PA 3LAKA 3OYNA 4AH9A 3OVNA 2OPQA 3PX4A 4CJ4A 1NJXA 4KAZA 1ZBIA 1JLBA 4CIFA 3AA2A 4DTMA 4L8RB 3UIQA 3QINA 3NHGA 3KLEA 3LP2A 1NKCA 3AO5A 3NF9A 3P1GA 3NH0A 4FCYA 4DQSA 1YTUA 2ZD1A 4CJRA 1NJWA 2PYLA 3SPYA 2YNHA 4ELTA 4DMNA 4OPJA 1S9GA 1S6PA 1BI4A 3NCIA 1T03A 1K6YA 3SV4A 2XY6A 1JLCA 1R0AA 3V4IA 1KVAA 3DI6A 1RBSA 1NJYA 3MXJA 3V6DA 3VQEA 4RW7A 3SI6A 1SKSA 1F21A 2W42A 2HHVA 4N76A 4FJGA 2IAJA 2D0CA 3I0SA 5FRNA 1WN7A 3OYEA 3S3MA 1TAQA 4CEDA 4CGDA 2VWKA 3VN5A 1GOAA 4CF2A 1UOCA 3KK3A 4M3ZA 4M3XA 1T05A 3V9WA 1S1VA 1IG9A 1ZBFA 3TAFA 4O0JA 1WSHA 3OYCA 4KTQA 4CEOA 1TAUA 4WE1A 1G15A 4DLEA 4NCAA 1TKTA 1L3TA 1DTQA 1HMVA 3AVNA 3EY1A 1ZBHA 1SL2A 3CFRA 1NK0A 4I7FA 4IDKA 3NBPA 3VQ4A 1I3AA 1J54A 4CJSA 3SUNA 3ITHA 4NCGA 4LD0A 5D3GA 2A1RA 3L8BA 3NGZA 2P51A 3WNEA 2OPPA 2KW4A 2XY5A 1TL1A 2YKMA 4KHYA 4TSXA 4W5OA 3KJVA 5HRPA 4FJ7A 3SQ1A 4FJ5A 4N5SA 3LWLA 2XY8A 4DLGA 3LZJA 2QKKA 4F4KA 1JLFA 2IS3A 3L3UA 1U47A 3ZT2A 3S3OA 4J2DA 2KZZA 4J2EA 3ZT3A 1Z26A 1D9DA 4DTUA 5CZ1A 1U4BA 5J2NA 1JLAA 3WNHA 1CXQA 3C94A 4DSFA 1NK5A 3VQDA 3ZSOA 4E7LA 1LW2A 5J2MA 4B9VA 1ASWA 3ISNC 3THVA 4FJXA 2IC3A 2G8VA 3ZSYA 1YVUA 1BIUA 1CLQA 2P5GA 3L2QA 4DF8A 2YNFA 2O4GA 4CHQA 3SQ4A 1I39A 1QSYA 3QIOA 1B9DA 3TI0A 4AHRA 4M3YA 1TKZA 5KRTA 3V1OA 4FW1A 4GW6A 1U48A 2Z1GA 3DLKA 3ZT0A 1D9FA 3AVFA 4BDZA 2HMIA 3HJFA 3M8SA 4CESA 1QQCA 2RPIA 4CEEA 3RTVA 1NOYA 2X78A 1RBVA 1W9HA 4DG1A 5KRSA 3TABA 3OS2A 3SUPA 2HHXA 1A5VA 1SV5A 3KLGA 4Z4HA 3L2WA 3LWMA 3SV3A 2HNYA 4J2BA 1XC9A 1RBUA 4I2PA 4JRQA 2OZSA 1RT7A 1LWEA 3PX6A 4DU1A 4OVLA 1KLNA 5DK5A 3F9KA 3JSMA 1BQNA 3AA4A 4IBNA 3TR8A 4CEFA 1KVBA 4FM0A 2RKIA 3KLIA 1SKWA 3VQ7A 1HQUA 2IGIA 4NYFA 4C8KA 1VK0A 3G0ZA 4CJ3A 3LDSA 1WNSA 2E6LA 2E4LA 3AVLA 4ELUA 1EP4A 4PA1A 4FVMA 3DRRA 3MEDA 3TAMA 4CF0A 4RW4A 4Y1DA 3B6OA 4CJLA 1CZBA 3B6PA 4CHPA 2IOCA 2WOMA 3NF6A 3A2FA 4EZ6A 2WONA 1KTQA 3OJUA 4DQQA 1TKDA 3HO1A 4OJRA 4IFVA 2XHBA 3V1QA 1LAVA 2KTQA 4E7IA 3DLEA 2IDOA 1LWFA 3PUFA 4CEBA 2EHGA 1B9FA 1XWLA 3NAEA 3M8QA 3CQ8A 3H08A 3DLBA 2A1SA 4KHNA 4DFKA 1TKXA 1NK7A 1SKRA 1HJRA 4DU4A 2XO7A 2I5JA 1RT1A 1WSFA 1X1PA 1QS4A 1UAXA 3CM6A 3ZT4A 4Q5VA 3ALYA 1FK9A 1KFDA 3PY8A 1VSIA 1VSEA 3OYAA 3HP9A 2XRIA 4CHYA 4CJ5A 4J2AA 4ID5A 2VG6A 2X6SA 2Y1JA 1HQEA 1RDDA 5JS2A 4FJMA 4B9NA 3LP0A 3ZT1A 1IKVA 1IH7A 3AO1A 4C8MA 4O55A 1RBTA 2PY5A 4YNQA 1ITGA 4HUEA 4BDYA 4M42A 1NOZA 4OKKA 2X74A 2YNIA 1FKPA 4CJVA 4FLZA 3AO4A 3CFOA 1L5UA 3M8PA 2FBYA 1C0MA 1RT6A 1DLOA 3T1AA 1B92A 1RCHA 3RRGA 4CF1A 4CK3A 3HT3A 3PO4A 3DM2A 4OGEA 1EX4A 1BGXT 1HPZA 3KLFA 3RMAA 1L3SA 3KTQA 3VQ6A 1QSLA 2OA8A 3VQQA 1ASVA 1U04A 3HVRA 1TK5A 1IO2A 4RW8A 1KCFA 3SNNA 1NKEA 1GOCA 3ZSXA 4KTWA 4PY5A 3V1RA 4HHTA 4BWJA 4ZTFA 4FLUA 5KGXA 1RTDA 2G8UA 2HHTA 3I0RA 3BGRA 4KFBA 5I3UA 4CGJA 2PYJA 4DTNA 3MAQA 4B9SA 4C8OA 3K5OA 1C1CA 3O4QA 4UQGA 4IKFA 2P5OA 4DTOA 4B8CA 2DFFA 4I9LA 4JRPA 4DWIA 3QEVA 3JYTA 3QESA 4ZTJA 1C1BA 1S1WA 3OYBA 1KRPA 4FJIA 3OYHA 4EP5A 1NK9A 3PO5A 1WAJA 3HPHA 4M41A 4C8LA 3P83D 4QCLA 1QSSA 4FZZA 3V81A 3TWHA 4DF4A 3K2PA 5J2QA 1LV5A 1XHZA 5HRRA 4DTJA 2R7YA 4AHSA 4FLXA 3TAGA 2KFZA 2Y1IA 3BDPA 4ELVA 1C0TA 1RDCA 2VG7A 1RT3A 3VQCA 4DFMA 3SUQA 2QK9A 1ASUA 4DSIA 3ZSRA 5FDLA 1NJZA 4XIUA 5HROA 3PX0A 4ID1A 4Z4IA 1RT5A 4CHZA 3S9HA 5I42A 1QTMA 2HVHA 3AA3A 1Y97A 4E7HA 1X9WA 4M45A 3AA5X 3T19A 4EP4A 4CJFA 1VSHA 4KB0A 3NDKA 3QEWA 3DYAA 4CJUA 4DS4A 3MXMA 5KI6A 1J53A 1SL0A 3DLGA 4CGHA 4KI6A 4IG3A 3LAMA 5J1EA 3KLHA 3DRPA 3QEPA 1RTJA 4OKEA 1NK4A 4DSJA 4HVJA 4AHVA 1TK8A 2JLEA 2OPSA 4CF9A 1UA0A 2D0AA 2GUIA 3QLHA 5HRSA 4E7JA 3ULDA 1BI4B 4FJKA 4DQIA 3SZ2A 1SUQA 1W0HA 1EETA 5JS1A 4LH4A 1RT4A 3HM9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQXA 1KFSA 2P9SB 1YXQA 4EIAA 4DR4K 3UKUA 5BN9A 3QEXA 3FR0A 1YAGA 1NGGA 1VSLA 3HK2A 5JMVA 4M7XA 3CM5A 2UXCK 1VSKA 3NH2A 1ZBUA 1YT3A 2IVPA 3LDOA 1BIZA 4RW9A 4CERA 3VF6A 1IJJA 4JKFA 5C24A 2G8KA 3C7NB 4KTZA 3OBYA 2X6NA 1W97L 4CZKA 4IXCA 4B8AB 4DQRA 1WSGA 4LSLA 2F4VK 3LL3A 2ITMA 3HM8A 1KC8O 4IOXA 4LF6K 1SZ2A 2GX9A 3S3NA 5BR9A 4LFCK 5C15A 4NXNK 4IFYA 2DFHA 1KQSM 3DWLA 3OJSA 4BR4A 2F9TA 4H4MA 3UB5A 3V9SA 3SCXA 3CIPA 1C0GA 3OYIA 4LF8K 4B9UA 3LANA 3VQBA 4N56A 1Z6RA 3WQUA 3R9PA 3F9MA 4GV6A 4M7YA 1KAYA 3FZLA 4LH5A 3HTVA 3ID6A 3H45C 4H4OA 5EY4A 1C0UA 2O8FA 1C6VA 2D1KA 2E1ZA 4B1VA 5LY3A 1WSIA 1VSMA 3KKSA 2P9SA 3DOLA 3LDLA 3QDKA 3QNNA 2VCPA 3LPTA 3H3NO 2A40A 1BL3A 3WXKA 4MQ3A 1KLMA 5AQUA 2IVOA 4JI2K 2E5LK 1G99A 3G10A 5BR8K 1VSJA 3RR8A 4OPAA 4FYDA 3HI0A 4JKGA 4FK4A 5BRFA 5F1XA 2O8CA 2OPRA 1HPMA 4M3UA 4JD2A 1HYSA 3NMUA 4BRLA 4DR7K 2J4RA 4RG8A 2GV9A 2QXLA 4OLAA 1ATNA 1SL1A 4DU3A 3DLHA 4O8UA 1TYQA 3O4NA 3QETA 3QO9A 3RRHA 2KHOA 4Z0UA 4HTLA 4N41A 2FBVA 4DFJA 1Q82O 3L3VA 4KB1A 4I2QA 1U49A 2ZJPL 3I33A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IDK A;  1J54 A;  4LD0 A;  3FE1 A;  4BC5 A;  2P51 A;  3WNE A;  2PFU A;  1TL1 A;  2YKM A;  4BC4 A;  4W5O A;  4H0T B;  4FJ7 A;  3LWL A;  2XY8 A;  2GWK A;  2QKK A;  4JYA K;  2P9I A;  3CMA N;  5CZ1 A;  1JLA A;  1CXQ A;  4BVO A;  1SQK A;  1NK5 A;  4GY2 B;  4B9V A;  3FLC O;  1ASW A;  3BEX A;  3WXM B;  2IC3 A;  2G8V A;  3ZSY A;  1YVU A;  2Q0R A;  4DF8 A;  4CHQ A;  4AHR A;  1TKZ A;  3CHW A;  3SMP A;  5KRT A;  1U48 A;  3ZT0 A;  2ZGZ A;  3LM2 A;  3SJH A;  4BGB A;  2X78 A;  4BRD A;  1H1V A;  3RTV A;  3SUP A;  2KKZ A;  1NOY A;  1SV5 A;  3ENB A;  5AQS A;  1DGK N;  4Z4H A;  3L2W A;  1NWK A;  1RT7 A;  5E26 A;  1LWE A;  4OVL A;  4DV1 K;  4GV9 A;  3MX5 A;  3ULE A;  1BQN A;  3AA4 A;  5C10 A;  3VQ7 A;  4NYF A;  3ZLJ A;  3FFK B;  1VK0 A;  4YOW A;  4CJ3 A;  1OH5 A;  1WNS A;  4ELU A;  4FVM A;  3MED A;  4CF0 A;  3D7E O;  3IUC A;  4CHP A;  1VQ4 N;  2IOC A;  3CJ9 A;  3NF6 A;  4EZ6 A;  5AQM A;  2IDO A;  3E9L A;  5AQZ A;  2E20 A;  3NAE A;  1HR0 K;  3M8Q A;  1HKB A;  3VMF B;  2AP1 A;  4B9Q A;  3VGL A;  3UKU B;  4X64 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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