1VSFA

Asv integrase core domain with mn(ii) cofactor and hepes ligand, high mg concentration form
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The catalytic domain of avian sarcoma virus integrase: conformation of the active-site residues in the presence of divalent cations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endoribonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsfA00
1F21A 1G15A 3ITHA 4FJGA 1ZBHA 4W5OA 3CQ8A 4NCAA 2FBTA 3SQ2A 1HYSA 1JXBA 4KHQA 3T3FA 4AHRA 4FZYA 4DSKA 4C8MA 3K5LA 1EXQA 1JKHA 4AHCA 4OPJA 3LPTA 3QEPA 1XHZA 4J2AA 3V9WA 4KAZA 2KZMA 1NKBA 3ZSOA 3JYTA 4C8OA 4CHNA 1NKCA 3RMDA 1WSIA 3LP3A 5FRMA 3M8QA 4BE1A 1EKEA 3K5OA 4AHVA 3LP1A 3OYEA 5CZ1A 3OYCA 4FZXC 1S1UA 5KGWA 2AJQA 4DU3A 2VG5A 3NAEA 1CLQA 3L2VA 1IKXA 3LALA 1QS4A 2X78A 3L3UA 4M45A 3H08A 1IKWA 4CHOA 3IAYA 1YTAA 2XY7A 3TAGA 5CYMA 4OPKA 2VWKA 2OPQA 3AVBA 4CGFA 5I42A 1BQNA 4E7IA 5JS2A 3DLBA 3HPOA 2Z1JA 2WOMA 3AVGA 4ZHRA 4CEQA 2FC0A 3TAFA 1RTIA 4CJEA 1NK0A 2BDPA 4KTQA 4CGHA 4GVMA 1NK5A 4NYFA 4B8AB 2D0AA 1TK8A 4QCLA 1SV5A 3SUNA 4FJ5A 3KTQA 3P83D 3S9HA 1KTQA 3U3YA 1B9FA 4B9SA 4CF1A 2VG7A 1MU2A 4CJ3A 1TV6A 1X1PA 1W0HA 5KRTA 2B5JA 4DLEA 3SYZA 3TAQA 2WONA 3K5MA 4KI6A 1BISA 3RTVA 3QESA 3DMJA 1HQEA 3AVLA 1CXUA 3SI6A 1REVA 3PUFA 4F3OA 3HK2A 4ELVA 3MXJA 2HMIA 1HQUA 3PV8A 1DTQA 4ELUA 3M8SA 2HVHA 4E89A 1UA0A 4FJKA 3QIPA 3F73A 4FLYA 5CYQA 4Z0UA 3F9KA 1SKSA 1D5AA 4JRPA 4KPYA 3C95A 4O0IA 4XIUA 3QNOA 3K57A 3LAKA 2XRIA 5J1EA 4IDKA 2D0CA 4DTRA 1C0MA 1ITGA 1L3TA 1UA1A 2IOCA 4KV8A 4DWIA 2FBXA 3AO4A 3QO9A 4CJTA 3KD1E 3OS0A 1N6QA 3OYAA 3SQ1A 5FDLA 4JS5A 2BGGA 2HHVA 4DQIA 2BANA 1KFDA 1TKTA 3DM2A 4CIFA 4C8LA 1U49A 3BDPA 4DSLA 3SUQA 4W5NA 1IKYA 4RW8A 1B9DA 4TSXA 1NJYA 3OS2A 4DQRA 2P5OA 2OPSA 1SUQA 3NGIA 3O3GA 4HCCA 1LAVA 4KRFA 2KZZA 3QEXA 3V9ZA 1VSEA 4L8RB 3QETA 1NK6A 4ICLA 1T03A 1WSEA 3KK1A 4DTUA 1FKPA 3VQQA 4Z4CA 5JS1A 3L2WA 2DFFA 4O44A 3ALYA 4CJRA 4HHTA 3HPGA 3BGRA 5SZTA 3L8BA 4F8RA 3AVMA 4CJQA 1S6PA 3KKRA 3WNHA 4AILC 3KLEA 4H4MA 4FM2A 3K5NA 1ASVA 1BIUA 4PQUA 3HM9A 3K2PA 3E01A 2G8HA 2HNZA 1JLFA 1VSIA 4DF4A 3QERA 3SJJA 5I3UA 2G8KA 1WAJA 3DYAA 2YNGA 2EX3A 2OZSA 3L2RA 2IC3A 3I0RA 4RW6A 1UWBA 4UQGA 4K8XA 4J2DA 3NGZA 3V4IA 1WSGA 3OS1A 2E6LA 3MXIA 2D5RA 5E41A 5HRRA 3PO4A 4FK2A 1RT2A 1ZBIA 3SCXA 2QK9A 4IG3A 3I8DA 5KRSA 3QEVA 2G8WA 1JLBA 2O4IA 3PO5A 3O4NA 2G8VA 3MEDA 3P1GA 2F96A 4KHNA 2OPRA 3V9UA 1CZ9A 3ZSVA 4CFCA 4CJVA 3TI0A 3PX6A 4E1NA 1C1CA 3THVA 1NKEA 3WNGA 4B9NA 4OLBA 1ZBFA 1XWLA 4DU4A 1FK9A 4KTWA 1JLEA 3OYKA 5KI6A 4CF2A 4E3SA 3S3NA 3NF8A 3AO3A 2ZD1A 1RDCA 4CJKA 3HXMA 4F4KA 4CF0A 3TAPA 1YT3A 1LAWA 3HP9A 3NF7A 3SUOA 3CYMA 1IH7A 4Z4EA 3QEIA 5HRSA 2QXFA 3VQ5A 5T7BA 1TVRA 1TKDA 4Y1DA 4B9LA 2HB5A 3KKSA 4O4GA 4ZTJA 1SL0A 3P5JA 3KD5E 5J2QA 2XY8A 3DRPA 3T19A 2KFNA 4KB0A 4IKFA 1VSHA 1Z26A 2DFEA 2BE2A 3ZT2A 4CJLA 1B92A 4E1MA 5SWMA 1L3VA 4KKOA 2YHAA 1D9FA 4B3OA 3QLHA 4NCGA 1QTMA 3U3GA 4JRQA 2Q3SA 3ASMA 3MAQA 3SNNA 4FJXA 2KTQA 1RT7A 2OPPA 5HLFA 4DSEA 4M3ZA 1NJWA 1UOCA 4Q0BA 3DRRA 3VQAA 1EP4A 2DTUA 1RT3A 3LDSA 2E6MA 4FCYA 3LZJA 1SKRA 4DQPA 2IGIA 3JSMA 4PUOA 5CZ2A 2HHUA 3AA2A 4BACA 2DY4A 1KSPA 3VQDA 1GOAA 3DI6A 1L5UA 4CHYA 4HUFA 2GUIA 5DMRA 3LP2A 1WLJA 4FW2A 4B9TA 2IAJA 1RILA 4N5SA 1Q8IA 1TL1A 2IDOA 2ETJA 4R5PA 2JLEA 2X6SA 2Y1JA 4DU1A 3WNFA 4W5QA 1S5JA 3VA0A 4DTJA 4OKJA 1YVUA 2KFZA 4G1QA 2YKMA 2YNFA 3V6DA 3OYMA 4H4OA 1A5WA 4CHQA 3SZ2A 1U48A 4LSLA 2B6AA 3HPHA 3LANA 1ZBLA 3HYFA 3QNNA 4CK2A 1ASWA 1U45A 3TARA 1N5YA 1RDAA 2RN2A 1C0UA 4I2PA 3O4QA 5HRPA 1QSYA 1U4BA 2Z1HA 5K14A 1TKXA 3VQBA 4ZTFA 4CECA 3ZT0A 4N41A 2OYQA 4IFYA 1RDDA 4MQ3A 1HPZA 3IRXA 4DFKA 3EZ5A 2XO7A 4FLWA 1KLMA 4N56A 3SV4A 3AVFA 5J2MA 4ID1A 1RT1A 3L3VA 4B9VA 1U47A 3OY9A 1D8YA 2PYJA 3RR8A 4HUEA 1C0TA 4B8CA 1JLQA 2KQ2A 3ZT3A 1D9DA 2OZMA 1HYZA 4H8KA 1W9HA 5KGXA 1CXQA 1HJRA 4W5RA 1S1VA 4I2QA 4BE0A 3NHGA 3PX0A 3TANA 4DTMA 3VQEA 1KRPA 3AA3A 4HTUA 1IKVA 3OYIA 2P5GA 4LH5A 1C1AA 1FKOA 2X6NA 4M41A 3MECA 3VQ4A 1RT5A 3RRGA 2DFHA 3V1OA 2D0BA 4FLTA 4RG8A 3IS9A 3CFRA 2Z1IA 3AVJA 3TABA 4OKKA 4DQSA 4M3UA 4M3YA 1RCHA 5HRNA 3VQ6A 4DS4A 3RR7A 2YNIA 3RWUA 4CFDA 3LWMA 2QKBA 4I9QA 1J54A 1IO2A 2I5JA 5C25A 2HVIA 2HNDA 4RW7A 2HHSA 1LW0A 4BWMA 2F8TA 4LY7A 3OYHA 3CFOA 1LWEA 3QIOA 3KLFA 4CHPA 1WSHA 3DRSA 3NF9A 4ID5A 3OYJA 3EY1A 2A1SA 3CM5A 1NK7A 4E0DA 3ZSRA 1VSJA 2LSNA 4I9LA 4FJNA 1X9MA 3HJFA 1VSFA 2FBVA 3AO5A 2ZQBA 3KK3A 3HP6A 3ULDA 4PY5A 5HP1A 3OJSA 1FXXA 4J2EA 4FM1A 3DLEA 4FW1A 4CHZA 3LZIA 4M3RA 3MXMA 4M42A 2O4GA 5KTQA 1NJXA 4B9MA 3SUPA 4CJUA 3NH1A 3TAEA 4DMNA 3AA5X 1R0AA 4FVMA 2XHBA 4I7FA 3ZSXA 4RW4A 3NF6A 4RW9A 1SL2A 1TAQA 2ATQA 3OYFA 2JGUA 1VSMA 3HVRA 3HSTB 4MFBA 3RMCA 4IFVA 4CGGA 1RBSA 3SV3A 4E7JA 1EX4A 3V1RA 2E4LA 1HNIA 1TL3A 3DOLA 2P1JA 2RF2A 4OGEA 4K8ZA 2VWJA 1QE1A 4CJ4A 4CJPA 1JLCA 2FBYA 1BL3A 4IG0A 2YKNA 4BDYA 3A2FA 1QQCA 3LPUA 1VSKA 1KVCA 4KFBA 4OJRA 4BWJA 1TAUA 1Z25A 1EETA 4DS5A 1IG9A 1JL2A 3L2QA 1NOYA 1S6QA 3ZSWA 4CK1A 3OYGA 1YTUA 1S1TA 4M3XA 4N47A 3DLKA 4DSIA 4F2RA 4N76A 4KREA 3K59A 3V81A 4CFAA 4DLGA 4PWDA 1X9WA 2PYLA 3OJUA 3SQ0A 1A5XA 5D3GA 3AVNA 3WNEA 3T1AA 4CF8A 3V9SA 3IG1A 3SPZA 1WN7A 3NE6A 4FJJA 4FK0A 1NK8A 4DFJA 4DQQA 1ZYQA 3NH2A 4FLZA 4CEDA 4CCHA 1WSFA 3RMBA 1QSLA 2HHXA 3TAMA 1JLAA 4O5BA 3PY8A 1RBTA 3HT3A 4CF9A 1RNHA 1DTTA 5EU7A 3KK2A 2RKIA 4OLAA 3DOKA 1JL1A 2NUBA 4QAGA 1KVAA 3LP0A 4M3WA 2HHQA 4CEFA 3VQCA 1RBRA 3C6UA 1ZBUA 4FJHA 4CK3A 1XI1A 1JLGA 3AVCA 4IBNA 1VSLA 4FLVA 4M3TA 4JS4A 3ZSQA 1KLNA 4DTOA 4C8NA 3C6TA 1UAXA 4AHTA 3KLHA 3D0PA 3S3MA 1Q9YA 4HUGA 3ZT4A 1VRUA 3I0SA 4PA1A 4E7HA 4BDPA 5CY4A 2Y1IA 2EHGA 1BIZA 4E19A 3VQ9A 4Q5VA 1NK4A 1J9AA 4DTNA 4FJ9A 2P51A 4QOZB 4DF8A 4E7KA 2HW3A 1QSSA 1BI4A 1S9GA 5C42A 3ZCMA 3DLGA 4FK4A 2YHBA 5HBMA 1NK9A 3VQPA 1QHTA 4CJSA 3OYDA 1KFSA 3MEEA 2B4JA 5HROA 4CFBA 4LSNA 3O3FA 4C8KA 1LW2A 4WE1A 1Q9XA 5J2NA 4BDZA 3MEGA 4DTSA 3EYZA 1TK0A 3AVIA 1K6YA 3PX4A 4EP5A 3LWLA 1GOCA 4FJ8A 4KI4A 2RPIA 2F8SA 4YFUA 2X74A 4O0JA 1BCMA 4CIGA 4FYDA 3KIOA 1Y97A 3CFPA 4LH4A 4KTZA 1WNSA 3V9XA 1HMVA 1J53A 2KW4A 1C1BA 4NCBA 2ITGA 2HNYA 4CJWA 4KHYA 1HNVA 4YNQA 3ZSZA 1BQMA 1RTDA 3U6FA 3VQ8A 4GMJB 3G0ZA 3OYLA 4DTXA 2PY5A 4FJLA 4CGDA 1VK0A 1BI4B 5FROA 2HHTA 1RTJA 4BE2A 1RDBA 2XY5A 3VA3A 1I3AA 1LWFA 1RT4A 3KLGA 1L3UA 1T8EA 2QKKA 4KO0A 4KB1A 3HVTA 3RRHA 1BCOA 2VG6A 2YNHA 4B08A 4FJ7A 3UIQA 4CJFA 1TKZA 1C6VA 1A5VA 1HRHA 4FJIA 1RT6A 3LAMA 4GW6A 2G8IA 4HCBA 1J5OA 4E7LA 4F2SA 3NFAA 4CJ5A 2XY6A 4OVLA 4JLHA 2Z1GA 1XC9A 4EP4A 4FLUA 4DG1A 5FRNA 4EZ6A 4ELTA 3CG7A 2ZE2A 3DLRA 4CEZA 3NH0A 4W5TA 4HVJA 1LWCA 2R7YA 3SPYA 1O1WA 4DSFA 4DSJA 4LD0A 1BHLA 4OGCA 2G8FA 1NOZA 4NYNA 3TWHA 2A1RA 2IS3A 1SKWA 3AVAA 4FM0A 1VRTA 3KLIA 3NCIA 4AHSA 3OYBA 1S1WA 3L2UA 4OKEA 1CZBA 3ZT1A 1ASUA 4Y1CA 5C24A 4CERA 3AVHA 3C94A 4CEOA 3O3HA 4CE9A 1RBVA 3NGYA 1WAFA 3OVNA 4AH9A 3M8RA 4O55A 3QINA 1HYVA 4KHUA 3RMAA 1SL1A 3HL8A 3ZSYA 4KHWA 1KCFA 3KJVA 3HO1A 4CIEA 4Z4GA 1RTHA 3AO1A 4AHUA 3FFIA 3DLHA 2OA8A 1L3SA 2W42A 4F3TA 1U04A 4Z4IA 4DFMA 5J2PA 3G10A 3D45A 3AA4A 3M8PA 1NJZA 1JXEA 4EZ9A 1KVBA 3AVKA 4CESA 4DTPA 3VQ7A 4KHSA 3K58A 2G8UA 2HHWA 1BGXT 1GOBA 1S1XA 1XHXA 4Z4HA 3V1QA 4B9UA 3OYNA 4Z4FA 3NBPA 5DK5A 4FZZA 1WSJA 3CM6A 3ISNC 1TGOA 2YV0X 4CGIA 4FLXA 1TK5A 3S3OA 4FJMA 1DLOA 1X9SA 4J2BA 1I39A 1RBUA 1T05A 4CEBA 1LV5A 2GBZA 1T7PA 1VSDA 3VN5A 4FXDA 1S9EA 3AV9A 2PZSA 3B6OA 4CGJA 4CEAA 4DFPA 3SQ4A 3AO2A 3TR8A 3NDKA 2GV9A 4CEEA 3QEWA 3B6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T7ZA 1G15A 4FJGA 3M6GA 3WEEB 2FBTA 4DHYA 5AQPA 1HYSA 4FZYA 1JKHA 1V4SA 1XHZA 3GE1A 2FSNA 2PAVA 3NVMA 2KZMA 4F9OA 4C8OA 1NMDA 1WSIA 3E66A 1LOTB 3K5OA 3OYEA 3OYCA 4BR4A 5KGWA 4DU3A 1VQON 3ENOA 3CC7N 3HM8A 1IKWA 3IAYA 5CYMA 2VWKA 1HR0K 3PSIA 5DM7L 3CJBA 3TAFA 1RTIA 2BDPA 4B8AB 3E9LA 3MN6A 1SV5A 3SUNA 3KTQA 3BZCA 4B9SA 2O8BA 2VG7A 4BC4A 4I6MA 4DLEA 3TAQA 4JI1K 5FPDA 2D0OA 2UXCK 3SI6A 3HK2A 4IXCA 4F3OA 1KXPA 2HBJA 3MXJA 2QTDA 4ISFA 1DTQA 4O8UA 2UU9K 4ISGA 2QWOA 4FJKA 4FLYA 3AGKA 4Z0UA 3DXKB 4CZMA 3F9KA 1YHQN 2OTJN 1D5AA 3C7NB 3L6QA 3SAFA 3K57A 2XRIA 3O80A 4BR9A 4IDKA 4WQ4A 4DTRA 1C0MA 2IOCA 2QWRA 3QO9A 3KD1E 3AAQA 3OS0A 3J7AP 3OYAA 1QQNA 3SQ1A 5FDLA 3DXMA 2BANA 2E5LK 4C8LA 1QVGM 4RW8A 2QWNA 2W6LA 2P5OA 3UE5A 3MX2A 3G71N 1OH5A 1LAVA 2JWLA 4KRFA 1VSEA 1WSEA 5KPRA 3VEWA 4A2BA 5E26A 3HPGA 5SZTA 3AVMA 4CJQA 5BN8A 3HI0A 5TKWA 4PQUA 3K5NA 3LDNA 3HM9A 3K2PA 3E01A 3CF5L 2UUBK 1WAJA 2YNGA 5AQHA 2IC3A 1UWBA 4UQGA 4K8XA 3ZLJA 5E41A 5FLXO 4EHTA 4FK2A 3I8DA 3SBTA 2G8WA 3PO5A 1YI2N 3MEDA 4KHNA 3CETA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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