1VSHA

Asv integrase core domain with zn(ii) cofactors
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 48
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vshA00
2HNYA 3TWHA 1YTAA 2LSNA 3SPZA 1VSEA 2ZQBA 3F9KA 1S1VA 5KGWA 4EP4A 3NAEA 3TANA 2OZMA 1ZBUA 1TK8A 4HTUA 4W5QA 3CG7A 1HJRA 3AV9A 4IFYA 4DF4A 3DLBA 1YTUA 1GOAA 1IKYA 5HRSA 4CJ5A 1KVAA 2XO7A 3JYTA 4DQPA 3UIQA 3NGIA 3AVCA 3LALA 3MEDA 3LWLA 4CJEA 4FK0A 3HYFA 1J53A 1I39A 4I2PA 1A5VA 3KLFA 1BGXT 4FLYA 4FJLA 1TGOA 4M3YA 4FJ7A 2X6NA 4CHQA 1TKZA 4E7JA 2VG5A 1TK5A 3ULDA 1B9DA 1KFSA 4FJXA 4FYDA 3ZT1A 3AVJA 4E19A 3L8BA 1X9WA 1HQUA 3C6UA 1GOCA 4H4OA 3OYBA 4KAZA 2B4JA 1WSFA 3IG1A 3IS9A 4OGEA 1TL1A 3AVGA 2HHTA 2HHVA 3DLRA 4CEZA 4Z4CA 2YHAA 3RRHA 3HL8A 4FLXA 4DF8A 3AVMA 1SKRA 2D0BA 4O4GA 4DSLA 5I3UA 1TAUA 2HNDA 3HJFA 4DG1A 2YNFA 3KKRA 4FCYA 3VN5A 4KTWA 4CJSA 4DSFA 2DFFA 2IC3A 1CXUA 4O44A 1NKEA 1U48A 5CYQA 4HUGA 3V9UA 4CJVA 4KPYA 4FJKA 1EX4A 3WNHA 3ZT0A 1L3SA 2OPRA 1TAQA 4Y1CA 4GMJB 3ALYA 2DY4A 4IBNA 3K5MA 3E01A 1L5UA 1JLCA 4JRPA 4KB0A 1U47A 5FDLA 2O4IA 3QIPA 4CF0A 2Z1IA 3DOKA 1J5OA 3KLGA 3SQ1A 4W5RA 4AHCA 1RT2A 1VSKA 2P5GA 3HO1A 3ZT3A 2HHUA 5C42A 3I8DA 4CEDA 4HUFA 1Z26A 1N6QA 4DU3A 2OPSA 4B9SA 3PO5A 4FK2A 3T19A 4Z4IA 1LW0A 1NOYA 1FXXA 4PQUA 4H4MA 4DFKA 3D0PA 1S9GA 4FJ9A 2YV0X 4KHWA 1UWBA 2HHSA 4DTOA 3KIOA 4W5NA 1BCOA 2OYQA 4AHVA 3U3GA 4KTQA 2KW4A 4IG0A 4C8MA 3OY9A 2XY7A 4J2AA 3AVHA 3LAMA 1EETA 4CF9A 3VA0A 1D8YA 5KGXA 4KI6A 3HPOA 3LP1A 4CJFA 2Y1IA 3OYJA 1BCMA 1ITGA 2YNGA 2G8WA 3SQ4A 1NK8A 2DTUA 3HPHA 3T1AA 1S1WA 3WNGA 4CJQA 1JLQA 4E89A 2GBZA 3DYAA 3AVIA 4E7LA 1XI1A 1RDBA 5HRRA 3RMCA 1VSDA 1IO2A 1VRTA 4HVJA 1D5AA 2R7YA 1RT1A 4ID1A 4LY7A 2KFNA 5J2PA 4FZYA 2F8TA 1TKXA 4B9NA 1KRPA 4CHPA 4FXDA 4M3XA 3H08A 4PY5A 4EP5A 4NCGA 1ZBHA 1BIZA 3ZSOA 1U4BA 3JSMA 3HSTB 3V6DA 5D3GA 2OZSA 1QHTA 1NOZA 3CYMA 4OKEA 2VWKA 3TAGA 2GUIA 4CEQA 3AA4A 1S1UA 2D0AA 1CXQA 3QEPA 4YFUA 4CJ4A 1EP4A 3VQBA 4EZ9A 3ZSVA 4K8XA 3ZCMA 2XY8A 2X78A 3OJSA 3K5NA 2F96A 1RT7A 2YKNA 3SUPA 1CZ9A 3OYHA 1RBTA 2P1JA 3AA5X 5CZ2A 4CJTA 4OLAA 1JLGA 1JL1A 5I42A 4CCHA 5CYMA 3V4IA 4AHUA 1RBSA 4ZTJA 2PYLA 1WAFA 1TK0A 1TV6A 4FJMA 1TVRA 2A1RA 3SQ2A 3FFIA 2FBTA 4J2DA 3CFRA 3TI0A 1SL1A 1NK5A 1RT6A 2RKIA 2HVIA 1I3AA 2B5JA 4DTJA 2VG6A 2FBYA 5C24A 3K5OA 5EU7A 5HROA 3RMAA 5HRNA 5HLFA 3RTVA 2G8HA 1WSGA 2IGIA 4DS5A 3RMDA 3AO4A 3DRRA 3MXIA 1C0UA 4B8AB 1D9DA 4BE1A 1TKDA 4CK3A 3KLIA 4G1QA 3LPTA 4KREA 4F2SA 2Z1JA 1UA0A 4DMNA 2ETJA 3ZSZA 4FLTA 1SKWA 3WNFA 4KB1A 3ZSQA 3NE6A 3OS1A 1NK6A 3P5JA 4FJIA 4I9LA 4KV8A 3NH0A 4CJ3A 3SI6A 2I5JA 1VSIA 4CF2A 3LP2A 3VQ7A 1IG9A 4RG8A 4AHSA 3HP9A 1SKSA 2Z1HA 1QE1A 2OPPA 2BANA 3NH1A 3NGZA 1S6QA 3TARA 4JS5A 2FBVA 4CJKA 1RCHA 3VQ5A 3OS2A 1JL2A 3SYZA 3SJJA 3K58A 4KI4A 5HBMA 3RMBA 1JLEA 3T3FA 1S9EA 4CJRA 4BDZA 2FC0A 4KTZA 5KI6A 1C0TA 3L2VA 4DFJA 3P83D 3S3MA 1IH7A 1SL2A 4B9MA 4HCBA 3DRPA 1EXQA 1SUQA 3QETA 4MFBA 3RWUA 2HMIA 1S5JA 3OYKA 1Q9YA 4DQIA 5KTQA 1WLJA 3NHGA 4H8KA 2E6MA 3AVLA 1RBUA 4FLVA 1VSJA 3SQ0A 1WSHA 4OKJA 4Z4EA 4KRFA 4CJWA 2HW3A 3CFOA 1C6VA 3ISNC 4CECA 4DTXA 4TSXA 4RW8A 1C0MA 4CHNA 1JKHA 3LZJA 1NK0A 3LP3A 3AVBA 2OA8A 2NUBA 3AA2A 4FZXC 1HYVA 3EYZA 1BIUA 4DSKA 3DOLA 4E1NA 1HNVA 1NJZA 1D9FA 1U04A 3KKSA 1HYZA 4BWJA 3LAKA 3B6OA 2BE2A 1U45A 3SUQA 3VQCA 4CERA 4ELTA 4QAGA 4CHZA 3VA3A 4N41A 4CGJA 1X9MA 4BWMA 1LWCA 3V9ZA 4Z4FA 4KHYA 5T7BA 1CZBA 1WAJA 2Q3SA 4CE9A 1BHLA 4O0IA 4DU4A 3OYAA 1REVA 2WONA 4GW6A 4RW9A 3U6FA 4CJUA 2G8KA 1KSPA 4FZZA 1EKEA 3AA3A 1BI4A 3OYMA 2P5OA 2G8VA 4C8OA 4Z0UA 2EHGA 1BQNA 4CJPA 4JS4A 1WNSA 4LH4A 4RW4A 3V1QA 2QK9A 1TKTA 1RDDA 2EX3A 4M41A 4PUOA 4FJHA 2WOMA 3KK2A 3NF6A 3HM9A 4CGHA 4IDKA 4KHSA 2IS3A 4M45A 3S3NA 4OJRA 4OLBA 2YHBA 3HK2A 4IFVA 4LSLA 1HPZA 1Q8IA 3K57A 1A5XA 1HRHA 4PA1A 4DTRA 3L2QA 2X6SA 1RILA 3OS0A 3MAQA 1XWLA 2IDOA 1LAWA 2G8UA 2KTQA 1DLOA 1G15A 1MU2A 1LWEA 4DLEA 1QSSA 2PYJA 3M8PA 4DSIA 1BI4B 4UQGA 1T05A 4EZ6A 3K2PA 3M8QA 3ZT2A 4RW7A 4NCBA 3SV4A 4MQ3A 3L3VA 1RDAA 3O3FA 3KK1A 3M8SA 3LDSA 1GOBA 3I0RA 3KD1E 3F73A 1VSFA 4M3ZA 4KHNA 3AVFA 1KVCA 1UAXA 5C25A 4F2RA 1KCFA 4AHTA 3TABA 1LV5A 1J9AA 3MECA 4CIGA 3LWMA 4DTMA 4Z4HA 4B9VA 1DTQA 3VQ9A 1KFDA 3NBPA 5FRMA 1RBRA 4ZTFA 1NKBA 2XRIA 1B9FA 3DI6A 1RT3A 2E6LA 3LP0A 5CZ1A 1ASUA 4LSNA 4CFDA 4E7KA 4IKFA 4CF1A 4DFPA 3L2WA 1LWFA 3HPGA 3ZSRA 2IAJA 4KFBA 3OYFA 3G10A 4BE0A 3V1RA 3PY8A 4CFAA 1T7PA 3V1OA 1W0HA 5KRSA 3QINA 4OPJA 1KLNA 3RR7A 4M42A 1XHZA 4N56A 1HQEA 1C1AA 3VQQA 1NK9A 1FKOA 4CK1A 3V9WA 1VRUA 1Q9XA 1UOCA 1NJXA 4FJJA 4CFCA 4DFMA 4DLGA 4FM2A 3EZ5A 5HP1A 1WSEA 1F21A 3TR8A 4OPKA 3OYEA 4BACA 3SNNA 4ELVA 2KFZA 3QEXA 4CEEA 3O3GA 3ASMA 3DMJA 2AJQA 1RT4A 3AO5A 3L2UA 3K5LA 1IKVA 4DTSA 3ZSYA 5E41A 2RN2A 5DK5A 3TAQA 3PO4A 4J2EA 3MXJA 4CHOA 1RTDA 1WN7A 3VQ4A 4Y1DA 4R5PA 1Z25A 4DTPA 2HHWA 3QNOA 1B92A 3MEGA 4IG3A 2BDPA 3LPUA 4FW2A 3KJVA 4DQQA 2QKKA 4M3WA 4B9LA 1A5WA 4ZHRA 1XHXA 2VG7A 2X74A 4E3SA 3PV8A 4M3RA 4CGIA 3M8RA 3OVNA 4KKOA 4O55A 4HCCA 3VQ6A 3QEVA 1NK4A 3L2RA 3DLHA 2JGUA 3U3YA 1KLMA 1X1PA 3VQPA 3AO1A 4QCLA 1XC9A 2RPIA 2FBXA 4FJGA 4BDPA 3QLHA 3VQDA 3AVKA 2F8SA 4FJ8A 4F3TA 1JXEA 3L3UA 1NJYA 3SV3A 1C1BA 3NF8A 4B8CA 4FLZA 2KZZA 4L8RB 1HYSA 4Z4GA 3OYGA 2ZE2A 4XIUA 1NKCA 4KHUA 1T8EA 1WSIA 2RF2A 4FM0A 1N5YA 2HHXA 2YNIA 3SUOA 4ICLA 4O0JA 1QQCA 3LANA 4CGGA 4YNQA 3KLHA 3G0ZA 3SPYA 4QOZB 1SV5A 5KRTA 4NYNA 3QO9A 5HRPA 3I0SA 4FLUA 2E4LA 4WE1A 3RR8A 1Y97A 4CGFA 4K8ZA 2D0CA 4FW1A 3CM5A 1FKPA 4I2QA 3OYCA 1LW2A 1LAVA 3AVNA 3DLGA 3HVTA 4CF8A 3DLKA 1BQMA 4FVMA 2OPQA 3AO3A 4JRQA 3KD5E 2JLEA 4DS4A 3KK3A 2Y1JA 3OYIA 3DM2A 4E7IA 4CJLA 1NJWA 5J1EA 4CESA 4AILC 4I9QA 3MXMA 4N76A 4OGCA 4DSJA 3O4QA 2YNHA 3QEIA 1QS4A 3HVRA 2XHBA 3VQEA 4E7HA 2YKMA 3CM6A 4CGDA 1TL3A 4LD0A 4CHYA 4J2BA 1RTIA 2HNZA 4C8NA 4B08A 2A1SA 4CIFA 4Q0BA 4CEFA 4DU1A 2Z1GA 4ELUA 3KLEA 3NF9A 3VQ8A 3A2FA 3TAMA 3KTQA 5FROA 4BDYA 3HXMA 2DFHA 3C6TA 4CEBA 3OYNA 3NH2A 3OYDA 2KZMA 1BL3A 3V9XA 3TAFA 1RT5A 3PX4A 2PY5A 2PZSA 4CEOA 3NGYA 4CK2A 4F8RA 5J2NA 3S9HA 2G8IA 2HHQA 5SZTA 3OYLA 3SCXA 4AH9A 3QESA 1X9SA 1BISA 4ID5A 4W5TA 4HUEA 1U49A 1QSLA 1DTTA 1KVBA 3NFAA 2W42A 1KTQA 3C95A 3O3HA 4C8KA 2VWJA 2QXFA 1L3TA 4I7FA 3HT3A 4NCAA 1NK7A 4B3OA 1FK9A 1ASWA 4N47A 1QSYA 3S3OA 4F3OA 3QIOA 4FJNA 1IKWA 4N5SA 2D5RA 1WSJA 3NCIA 4DTNA 2XY5A 1O1WA 1VSLA 3O4NA 4O5BA 3PUFA 1S1TA 2DFEA 3VQAA 4FLWA 4RW6A 1CLQA 2ATQA 3ZSXA 2ITGA 5CY4A 3MEEA 3CQ8A 1JLAA 3K59A 3NDKA 1J54A 2KQ2A 3IAYA 1K6YA 3BDPA 4B9TA 5J2QA 4PWDA 5SWMA 1ZBFA 1S1XA 1S6PA 3P1GA 3PX0A 1YVUA 1RBVA 2HVHA 4C8LA 3SUNA 4BE2A 3TAPA 5J2MA 4CFBA 1HMVA 2P51A 3EY1A 1RTHA 3B6PA 4F4KA 1VSHA 4OVLA 1C1CA 2IOCA 1RTJA 3LZIA 3QNNA 1JXBA 2ZD1A 1HNIA 2O4GA 5DMRA 4E1MA 1L3VA 4FK4A 3DRSA 3AO2A 4DSEA 3OJUA 1R0AA 2B6AA 3D45A 4AHRA 4DWIA 4KHQA 3V81A 4M3TA 1YT3A 3SZ2A 1JLFA 3WNEA 4CIEA 1T03A 5FRNA 5JS2A 1UA1A 3IRXA 2GV9A 4NYFA 5K14A 4FM1A 4E0DA 1RDCA 4M3UA 3C94A 4KO0A 4DQRA 4DTUA 1ASVA 4JLHA 3RRGA 4Q5VA 3TAEA 3NF7A 2QKBA 5JS1A 1W9HA 2BGGA 4FJ5A 1JLBA 3QEWA 1ZBIA 3ZSWA 1VK0A 2G8FA 1RNHA 2XY6A 1ZYQA 1VSMA 4W5OA 3THVA 3BGRA 3V9SA 1SL0A 3CFPA 1IKXA 1QTMA 3QERA 4OKKA 3ZT4A 3PX6A 4DQSA 4LH5A 3HP6A 4B9UA 4CEAA 1ZBLA 3ITHA 3AVAA 4GVMA 2HB5A 1L3UA 3DLEA 4HHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BPLA 4IO9L 3TWHA 3SPZA 4BR2A 3NAEA 4BRMA 4LF7K 3O9TA 4JKDA 3E66A 2VYPA 3O9QA 3CPEA 3AV9A 4IFYA 2XO7A 1NNEA 5BPNA 3O8MA 3SBGA 4BVPA 1WOQA 1TGOA 2PBDA 2X6NA 4FYDA 1TK5A 1ZC6A 1HQUA 1GOCA 2GTDA 4H0XB 5GIOA 3OYBA 4KAZA 2B4JA 4BRGA 4WQ4A 4H0YB 2WUSA 2HHVA 4X64K 3P39A 2YHAA 4Z4CA 4NLCA 2UU9K 3HL8A 3AVMA 2FF3B 2HBMA 4GV9A 2ZJRL 3HJFA 4KTWA 4IO8A 2IC3A 1CXUA 3V9UA 3OBWA 3RVCA 1K8KB 3WNHA 3ZT0A 1TAQA 2QWNA 4WYBA 3TSUA 3ALYA 5AQNA 4KB0A 1VQON 5FDLA 4B9QA 2Z1IA 1P8ZA 3SQ1A 1RT2A 3ZT3A 5C42A 2I7NA 4CEDA 1J6ZA 1Z26A 1NMNA 3PO5A 3T19A 2V51B 4DTOA 4DUZK 3CQYA 4IG0A 3WXJA 4YOUA 3VA0A 5EVZA 1D8YA 3LP1A 1Z6RA 3OYJA 2DTUA 1D4XA 3WNGA 2P9PA 1HPMA 4E89A 3DYAA 1XI1A 2YHXA 1D5AA 1RT1A 2F8TA 1TKXA 1U2VB 3H08A 1HLUA 3BF1A 5LMNK 4LFAK 1BIZA 1T44A 1U4BA 3LL3A 4DKWA 2A5XA 4JI4K 2D0AA 1CXQA 3QEPA 2VGNA 1S72N 1EP4A 3K5NA 1CZ9A 4B1XB 4BRPA 2HBJA 4BRCA 5I42A 4MO5A 4CD1A 1TVRA 4CBXA 3FFIA 2V52B 4GV6A 2RKIA 4KH4A 4BROA 3D2EA 3VF4A 3RMAA 1HJOA 2KHOA 3AO4A 4BE1A 4A5BA 3VTIA 3OTOK 3WXMB 4PL7A 4BVOA 4IOAL 1T6CA 4K25A 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 4CHN A;  2OA8 A;  2NUB A;  4FOI A;  4FZX C;  1HYV A;  4CZK A;  4CZM A;  3SMS A;  3EYZ A;  1NJZ A;  4EIA A;  3KKS A;  1HYZ A;  3LAK A;  3B6O A;  4JV5 K;  3VQC A;  1V4T A;  4QAG A;  1X9M A;  4YOV A;  3ATV A;  3V9Z A;  3FZF A;  4KHY A;  1IV0 A;  4CBW A;  1GLA G;  1BHL A;  1OH5 A;  2Q0R A;  4JKF A;  1GLD G;  2NLX A;  3AA3 A;  3OYM A;  4XH4 A;  4LH4 A;  4RW4 A;  1TKT A;  3BZK A;  4M7X A;  4PUO A;  2WOM A;  3F9M A;  2GX9 A;  3S3N A;  3DXK A;  3HK2 A;  4DTR A;  2O8C A;  4CD3 A;  3OS0 A;  3MAQ A;  1RDU A;  3MWP A;  2G8U A;  1OH6 A;  5AQK A;  3UKU A;  1N32 K;  4DSI A;  3K2P A;  4H5W A;  4YOW A;  3ZT2 A;  4O5F A;  3SV4 A;  5HL7 L;  3O3F A;  4PKI A;  1GOB A;  3I0R A;  4K43 A;  3KD1 E;  5C25 A;  3OHR A;  5E26 A;  1LV5 A;  1J9A A;  3MEC A;  4CIG A;  3LWM A;  4A2A A;  4Z4H A;  3G71 N;  4B9V A;  3VQ9 A;  1BG3 A;  4ZTF A;  2E6L A;  4IKF A;  4LSN A;  4CF1 A;  4DFP A;  1LWF A;  3M6G A;  4BE0 A;  4IXC A;  3PY8 A;  5AQV A;  1T7P A;  1W0H A;  5KRS A;  4NXM K;  4M42 A;  2AP1 A;  3H6E A;  1HQE A;  3VQQ A;  1FKO A; 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 2CGJ A;  3V9X A;  1RT5 A;  3TAF A;  4CEO A;  4CK2 A;  4F8R A;  5J2N A;  3CC4 N;  3T1Y K;  4ID5 A;  4HUE A;  3CJ7 A;  2W42 A;  4YOR A;  1NWK A;  5TKW A;  4JK8 A;  3L4Q A;  1WSJ A;  3NCI A;  4DTN A;  4ISG A;  3MEE A;  4A57 A;  3K59 A;  3NDK A;  3Q7C A;  3TPQ A;  3WQU A;  3BDP A;  3H1Q A;  5SWM A;  1ZBF A;  2NRW A;  1YVU A;  1RBV A;  2D4W A;  5M1O A;  3VEX A;  4DR4 K;  2P9I B;  2P9S A;  5GAE P;  1RTH A;  3B6P A;  3O80 A;  1C1C A;  3QNN A;  4B3M K;  2ZD1 A;  3FLC O;  4E1M A;  3GBT A;  4DWI A;  2B6A A;  3D45 A;  3MDQ A;  3CCL N;  3SZ2 A;  3U9Z A;  1T03 A;  5JS2 A;  5MLC Q;  1MDU B;  5K14 A;  4FM1 A;  1YJN N;  1RDC A;  3GG4 A;  2P9P B;  4E0D A;  4X66 K;  3WXL A;  3TAE A;  3CJ9 A;  2UUC K;  4A5A A;  1W9H A;  3A5L C;  1ESV A;  4BC3 A;  3QEW A;  4DR2 K;  2XY6 A;  1HNZ K;  1RFQ A;  3QFP A;  3DAW A;  3BGR A;  3GL1 A;  4OKK A;  4LH5 A;  3D2F B;  3EEQ A;  2HB5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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