1VSHA

Asv integrase core domain with zn(ii) cofactors
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
molecule keywords INTEGRASE
total genus 48
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vshA00
4FJ9A 3OYJA 4IFVA 4CF0A 1TKXA 4C8LA 2YKNA 1WLJA 4LY7A 1KFSA 1KLNA 4Z0UA 5CYMA 4DMNA 3VQBA 1W9HA 1YT3A 2XY8A 4FLWA 1RT3A 4OLAA 4KHQA 5KI6A 4KAZA 4F3TA 1WSJA 1BCMA 2OYQA 1C1AA 4OPKA 4BE0A 3SCXA 3E01A 1RDDA 2YNHA 3G10A 4E1NA 3HVRA 3LZIA 4LH5A 1XHZA 4IKFA 4PQUA 3NAEA 1BHLA 5KGWA 4CFDA 3OYMA 3VQDA 1S5JA 4CJEA 4CEEA 3ZSYA 3U6FA 3ZSXA 4DLGA 3OYAA 3ZT0A 4ZTJA 4I2PA 4F2RA 2HW3A 4O44A 3CQ8A 1NK9A 5C24A 2VG6A 3MEGA 4CGJA 1SKSA 4J2BA 2OPPA 2P5OA 1VSKA 2PY5A 2JGUA 4DS5A 4O4GA 3OS1A 1YTUA 3FFIA 4DQQA 1NK8A 4CF8A 3KLGA 3AA3A 3AO1A 2QKBA 1SL1A 1HQUA 1TK5A 4JS4A 1UA0A 4RW7A 4HCCA 1GOCA 1LWFA 3NGIA 3P5JA 3O4QA 1LV5A 3DRRA 5J1EA 1BQNA 3F73A 2HHWA 1DLOA 3UIQA 4GMJB 1RTDA 1JLAA 3QEPA 4FJ7A 4NYFA 4CF2A 4AHUA 5DMRA 4KTQA 1RDAA 2DFFA 1IG9A 3NCIA 4AHSA 2I5JA 3C6UA 4B9TA 4DFMA 3VQ6A 2KFZA 1S1WA 4C8MA 1Q8IA 4M3TA 3K5MA 3V6DA 3CYMA 4CF1A 2IS3A 3IS9A 1EXQA 4KO0A 2GBZA 2FBYA 2X6NA 3SQ0A 1S1VA 3O4NA 3KK2A 2G8HA 4QOZB 2HHTA 3TAEA 4CERA 1BI4B 2X74A 3LZJA 2Y1IA 1JLGA 2DFHA 2WONA 4FJLA 3LPUA 4CEFA 2HVIA 3RR8A 4F2SA 3DI6A 3ZSRA 5D3GA 4QCLA 1VSJA 1SKWA 1C0MA 1T05A 1J54A 3SUOA 2OZMA 2BANA 4I2QA 4Z4CA 4RG8A 3HJFA 5EU7A 3OYIA 4B9UA 1SL0A 3KLHA 1IKVA 2B5JA 3KK3A 1RTHA 4E7HA 2A1RA 3SZ2A 4DG1A 1U48A 1WAJA 3KKSA 4DSJA 1WSFA 4N47A 2OA8A 1RBUA 2KZMA 3U3GA 4H8KA 3V4IA 4PA1A 1LAWA 3TAPA 1X9WA 3KD5E 1HMVA 1L5UA 1K6YA 1TL1A 3L2UA 1RT7A 1RDCA 3K57A 3THVA 4FJJA 3EY1A 4FK0A 4RW8A 2XO7A 2YNIA 3NGZA 1NK0A 3IAYA 4YNQA 1S1XA 3NF8A 3KK1A 2HMIA 2ITGA 4RW4A 4FCYA 4YFUA 1IO2A 4C8NA 3TAGA 2E6MA 4CGDA 3EZ5A 5FDLA 4DS4A 3VQ7A 4O0IA 3OYGA 4DTXA 3L2RA 1F21A 1ITGA 1VSMA 1IH7A 2XRIA 3NGYA 3WNEA 4CGGA 3LANA 1NK5A 3AVCA 3BGRA 3S3OA 4CGFA 4DSLA 3KLIA 3KTQA 3ZCMA 3AVBA 1TKZA 2G8KA 4KTZA 1SL2A 4MFBA 2PZSA 3VQ8A 5JS1A 1FXXA 2RKIA 5JS2A 4BE2A 4ID1A 4CEZA 4NCBA 1XWLA 4CJUA 2PYJA 4H4MA 4J2EA 1VSFA 3NFAA 4KHUA 3QETA 1NJXA 4KB0A 5KRTA 3WNGA 1KVAA 2QKKA 4FLXA 5KGXA 4B9VA 3P1GA 1TL3A 4FJXA 4E7JA 1JL1A 1HQEA 3OYKA 2E4LA 1BISA 1JL2A 1U04A 1BI4A 2WOMA 4O5BA 1HNIA 4CJWA 4FLYA 2ZD1A 4DU1A 4F3OA 2D0BA 2FBTA 3VQ9A 3OYBA 1UA1A 5FRNA 3AO2A 1KVBA 5J2NA 3TWHA 3DMJA 4M41A 1KRPA 4E1MA 3HP6A 4KB1A 3MECA 2P1JA 3ALYA 3HPHA 3NF7A 1X9MA 1ZBFA 1T03A 4M42A 4IFYA 4CJVA 1L3UA 2Q3SA 4DTJA 1W0HA 1TAQA 3AVGA 4KHNA 5HRNA 1U45A 3QINA 4DTUA 2NUBA 3V9UA 1RILA 3DLBA 1XHXA 3HSTB 3PUFA 1QQCA 1ASUA 4FLZA 2O4IA 3HYFA 3QLHA 4JRQA 3I0SA 1R0AA 1S6QA 2VG5A 5I3UA 3A2FA 3QIPA 2HNZA 4DTPA 3HO1A 3K59A 1GOBA 4R5PA 4HUEA 4M3YA 2HHXA 4IBNA 2YHAA 1KFDA 3WNHA 4BDYA 3U3YA 4CESA 3CFRA 3G0ZA 3LAKA 1EETA 1KCFA 3DLEA 3AO5A 4CK3A 3L2VA 3SPYA 2G8WA 1CZBA 3CFPA 1XI1A 3SPZA 3MAQA 2YV0X 4AILC 1B9DA 3KLFA 3HPOA 1JXEA 3CG7A 4CIGA 1LWEA 4FJ5A 4ELVA 2KTQA 4EZ9A 2R7YA 4L8RB 3MEEA 3O3HA 2G8FA 4DWIA 4LH4A 4FM2A 4M3ZA 1HNVA 3AA5X 1A5VA 1SV5A 3AVKA 4FJGA 4FJHA 3ASMA 3OYLA 2F8SA 1NOZA 1HYVA 2IGIA 1WSIA 4N76A 4M3WA 1UWBA 3OS0A 4W5OA 3NF6A 1CXQA 1NK6A 4DFPA 3DLRA 4CJPA 1GOAA 4Q5VA 1LWCA 1RBTA 2XHBA 1S1UA 4BDPA 1RBVA 3DRPA 3NH1A 3AVHA 1JKHA 2VWJA 4BE1A 4NYNA 4AHVA 1NKEA 1Y97A 4I7FA 3P83D 3KJVA 3OYHA 3RRHA 4Z4GA 3HXMA 2VWKA 4HCBA 1CXUA 3TR8A 1YVUA 3D0PA 4HUGA 1QS4A 3HT3A 2EX3A 2OPQA 4B8CA 3C95A 3I0RA 3AVJA 1KVCA 3C94A 1NJWA 4H4OA 3CM5A 4KPYA 3AA2A 3K2PA 3MEDA 4GVMA 3T1AA 3KD1E 2D5RA 4ZTFA 2DTUA 3L3VA 4CEOA 1NK7A 4B9LA 3OYCA 4F4KA 2F96A 4KHYA 1VSLA 4O55A 2GUIA 2ZE2A 2W42A 4AHRA 3L2QA 4DQRA 4LSLA 2YNGA 5CZ2A 4FM0A 1UOCA 1ZBUA 3PO4A 3VQ4A 2HHSA 1N5YA 4OVLA 3LPTA 2O4GA 4W5NA 3VQ5A 3V9SA 1TVRA 1A5XA 4AHTA 4CEBA 3NH0A 4IG0A 2LSNA 3TANA 2VG7A 2A1SA 4DLEA 1U47A 1S9GA 4DSIA 2KFNA 3L2WA 1FKPA 3PO5A 4KI4A 4FLVA 2XY5A 1D9FA 4OGCA 3QERA 1JLEA 3V1QA 4CFCA 4KI6A 4DU4A 3HP9A 2HVHA 3AVAA 5C42A 1CLQA 1VSIA 3CM6A 4JLHA 4FJIA 4DTOA 1RDBA 3WNFA 1BIUA 3SUPA 2YKMA 3QEWA 2BGGA 1L3SA 3VQCA 4KTWA 1WSHA 4FZYA 3QEIA 4GW6A 1C0TA 1LW2A 4CJSA 4I9LA 1WSGA 3LP2A 4G1QA 1TKTA 3DLGA 1UAXA 1VRUA 3LP1A 4E7KA 5HROA 1IKWA 1KTQA 2IC3A 3V9XA 2DY4A 2B4JA 2Z1GA 4JS5A 2BE2A 2GV9A 3TAQA 2JLEA 4HUFA 4W5RA 4C8OA 3K58A 3ZSQA 3M8SA 3DOKA 2IDOA 4FJNA 4DQIA 1HPZA 1RT6A 3QO9A 2X6SA 3OJUA 3M8RA 4HTUA 1FK9A 3OYDA 1RCHA 3SQ2A 3NDKA 4FW1A 4FK4A 4ELTA 1RT1A 3DRSA 1JLCA 4CE9A 5KRSA 4FJKA 3K5OA 4Y1CA 4AHCA 1U4BA 3QEVA 2G8UA 1VSDA 3SQ1A 1I3AA 4CJRA 5C25A 1B9FA 2FC0A 4E7LA 4FYDA 1RTIA 1BIZA 2HNDA 2YHBA 4ICLA 3VQQA 3AO4A 4CJQA 4CFAA 4DTRA 4C8KA 3SV3A 2G8IA 4CECA 4EP4A 3K5NA 4QAGA 3ZSVA 1NOYA 1BCOA 4DSKA 5E41A 4HVJA 3NHGA 4DFKA 3ZT3A 1RT5A 4BWJA 3NF9A 1Z25A 1VSEA 1REVA 4PUOA 3IG1A 3QNNA 4KRFA 2B6AA 5HP1A 1ZBHA 2QK9A 3SNNA 3T19A 4W5QA 4N41A 4FLTA 4CHPA 3OYEA 4FK2A 4PY5A 4FLUA 2F8TA 2YNFA 3H08A 4CGIA 3JYTA 1T8EA 4B9NA 4FJMA 4WE1A 3RMAA 1N6QA 5KTQA 4CJKA 3KLEA 4B8AB 1RBSA 3C6TA 3ISNC 4ELUA 4CK1A 4HHTA 3QESA 1QTMA 3LWMA 2HHQA 3SQ4A 1ZBIA 4Z4FA 1QHTA 4FW2A 5J2PA 3O3GA 1TGOA 3LALA 3S9HA 1TV6A 3V81A 4M45A 1BL3A 3L3UA 3HM9A 3LDSA 4DSEA 4DTNA 1X9SA 3BDPA 3AV9A 3ZSWA 2XY7A 3MXIA 2DFEA 3SUNA 4K8ZA 1FKOA 1VK0A 1HRHA 1EP4A 3ZSZA 2HNYA 3L8BA 4E3SA 4B9SA 3NE6A 3QEXA 1BGXT 1TKDA 2FBVA 3MXJA 3RMCA 4FM1A 2OPRA 4Z4IA 1XC9A 2Z1HA 3OVNA 4EP5A 3NH2A 2PYLA 3VQEA 3SYZA 4CJLA 3B6OA 3HVTA 3TI0A 1BQMA 4CHOA 1T7PA 1C1BA 3DLKA 2OZSA 1VRTA 4Y1DA 4OJRA 3OS2A 3MXMA 3OYFA 4B9MA 4M3UA 1KLMA 3AVMA 3DOLA 4B08A 1KSPA 4CK2A 3I8DA 3KKRA 4N56A 1ZBLA 4NCAA 1A5WA 3RWUA 3VQAA 3OYNA 5J2QA 4RW6A 4FVMA 2OPSA 1Q9YA 1RBRA 4CJFA 4FZXC 4BACA 4CCHA 1EX4A 1TK0A 4OGEA 1QSLA 5SWMA 1WSEA 3AA4A 1WN7A 1C0UA 1RTJA 1WAFA 3PX6A 1TK8A 1NJZA 1ASWA 2KW4A 2D0CA 3CFOA 3S3NA 4I9QA 5HRSA 3K5LA 4XIUA 1RNHA 3ZSOA 3AO3A 4O0JA 4CFBA 2X78A 2BDPA 4DQPA 5HRRA 3HK2A 3O3FA 4IG3A 4OPJA 1S1TA 4MQ3A 3TAMA 3SUQA 1WNSA 1C1CA 3TAFA 1J9AA 4CEDA 1G15A 1QE1A 2Y1JA 4UQGA 3SV4A 1CZ9A 4CF9A 1O1WA 4RW9A 3F9KA 2G8VA 4KHSA 4JRPA 5DK5A 4DTMA 4DFJA 4LD0A 4KKOA 5HLFA 3VN5A 4KV8A 4CHQA 1NK4A 1Z26A 3DM2A 1J53A 3RMBA 1JLFA 4Z4HA 3B6PA 1DTQA 4KREA 4ID5A 1NKBA 2KZZA 4IDKA 1MU2A 4DTSA 2HHVA 3PY8A 4M3XA 3ULDA 4DF4A 1U49A 5J2MA 4K8XA 4CHNA 1HYZA 4DU3A 1IKXA 1IKYA 2FBXA 3D45A 3LP3A 5CY4A 4CGHA 4Q0BA 2Z1JA 5FROA 3OJSA 4OKKA 3M8PA 5CYQA 3JSMA 3V9WA 3QNOA 3ITHA 2P5GA 4EZ6A 3AVFA 4E0DA 4FXDA 3SJJA 4PWDA 1LW0A 2IAJA 4KHWA 1NJYA 1Q9XA 1D8YA 3NBPA 1JLQA 1C6VA 4FZZA 1RT2A 4M3RA 5HBMA 5FRMA 4TSXA 3AVIA 5T7BA 3VA3A 4BDZA 5HRPA 3V9ZA 1LAVA 1L3VA 1B92A 2EHGA 3HL8A 1NKCA 4ZHRA 4CHYA 1HYSA 1SKRA 3LWLA 3RMDA 3RR7A 1S6PA 4CEAA 2KQ2A 3HPGA 3EYZA 4DF8A 4E19A 4F8RA 4N5SA 3IRXA 4CJTA 3PX0A 3VA0A 4J2DA 4NCGA 2RN2A 3ZT2A 4KFBA 4DQSA 1VSHA 1YTAA 1SUQA 4CHZA 3VQPA 4CIEA 3TABA 2ATQA 4OLBA 1QSSA 2AJQA 2E6LA 3DYAA 3ZT4A 4LSNA 3RRGA 4AH9A 2RPIA 4BWMA 1D5AA 3S3MA 2ETJA 1JXBA 4DSFA 1ZYQA 5SZTA 4CIFA 1HJRA 1D9DA 3ZT1A 1EKEA 3QIOA 3AVNA 4W5TA 3OY9A 5I42A 1QSYA 4Z4EA 3KIOA 1TAUA 5K14A 4OKEA 1RT4A 2IOCA 4CJ4A 3LAMA 1ASVA 1J5OA 3V1OA 2D0AA 1JLBA 2HB5A 1S9EA 1L3TA 2ZQBA 4FJ8A 2RF2A 3M8QA 4CEQA 3LP0A 2QXFA 3V1RA 3SI6A 4E7IA 4B3OA 4CJ3A 5CZ1A 3DLHA 1X1PA 1DTTA 4OKJA 4E89A 3PX4A 2Z1IA 3AVLA 4CJ5A 4J2AA 1I39A 3RTVA 3T3FA 2XY6A 2P51A 2HHUA 3TARA 3PV8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YKNA 2QM1A 4IZ9A 2GUPA 4J8FA 2FF3B 1RT3A 3O1BA 3J8AA 4KHQA 4DR4K 1HNWK 4JN4A 4O5FA 3SCXA 3LZIA 3HVRA 3G10A 4E1NA 4LH5A 3JAMO 4BQLA 4DLGA 1BDGA 4O44A 4LF8K 4J2BA 2PY5A 3OS1A 5GAHP 4ISGA 3FFIA 4DV7K 1NG9A 3AA3A 3AO1A 5GAGP 2V7ZA 1SL1A 4PKGA 1TK5A 1IBLK 3CJ9A 2VQFK 4JKAA 1GOCA 2HHWA 1ZBSA 3O9TA 3MWPA 4AHUA 3MX5A 5DMRA 3EO3A 1RDAA 1VQMN 2I5JA 3C6UA 3OA9A 4B9TA 3ID8A 2KFZA 4B1VA 4YY3K 4DR2K 3V6DA 3CYMA 4CZEA 2HBJA 2FSNA 4QOZB 3TAEA 2X74A 2Y1IA 1JLGA 2WONA 3H3NO 4OPHA 2QI2A 3OBWA 4WYBA 5C15A 3ZSRA 4CZJA 4QCLA 5AZJA 3O4WA 3OYIA 4B9UA 5JLHA 1IKVA 3KK3A 1P8ZA 3SZ2A 3KKSA 3VGMA 1K6YA 2F9TA 3L2UA 1RT7A 3K57A 3BF1A 4FK0A 2HSTA 2YNIA 3FE1A 3IAYA 4YNQA 5AJ3K 1IO2A 4C8NA 2NLXA 1YUWA 4DS4A 2O8CB 5FDLA 4M7YA 3L2RA 1F21A 1ITGA 3F2KA 3ZX3A 4LFAK 1NK5A 3AVCA 3BGRA 4NLCA 3U8XA 5M1FA 3CCUN 4F9OA 3KTQA 4X65K 1SL2A 2PZSA 1XQSC 3MDQA 1XWLA 4J2EA 3ZX2A 5AFUH 3TSQA 1KVAA 1DEJA 3P1GA 1TL3A 2RE2A 3K0SA 2E4LA 2WOMA 4O5BA 3I56N 4F3OA 2ZD1A 3ZLJA 4H5NA 1CZAN 2WFBA 4BVOA 3DMJA 4M41A 3SBTA 1Q81O 3MECA 1X9MA 4V19S 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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