1VSIA

Asv integrase core domain with ca(ii) cofactor
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 51
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsiA00
3AA3A 3QO9A 4BACA 2Y1JA 3P83D 3QNNA 1HYZA 3CYMA 3NF7A 2G8KA 1U48A 1ZBLA 3TAFA 2PZSA 4DFKA 3V1RA 1TKZA 2ZE2A 3NHGA 3TAGA 4FK2A 3M8SA 2P51A 3KK1A 2E6MA 4JLHA 4JRPA 2YHAA 3PX0A 5J1EA 1SUQA 1J54A 2Z1HA 3OYDA 4FLZA 1HRHA 3V81A 3SQ0A 1RBVA 1UA1A 3MECA 4IFYA 4N47A 3DOKA 5HRSA 1XC9A 1NJYA 4E7KA 3QNOA 4I9LA 1RTIA 3M8RA 2YHBA 3NAEA 5FRNA 1IO2A 2DFHA 4J2AA 4BE1A 1C0TA 4DF4A 2QXFA 4Q0BA 1U47A 3K2PA 4FJ9A 3NH1A 4MFBA 4HHTA 5D3GA 4CF2A 3LAMA 4W5RA 4M41A 3WNEA 2XRIA 1SKWA 3A2FA 4QOZB 4IG0A 2HVHA 5JS1A 1X1PA 3RMCA 4DS5A 4E89A 1CXQA 2YNHA 1RNHA 4CHOA 3K57A 3DLEA 3LPTA 5C42A 2RKIA 4KB1A 4AH9A 2YKMA 3VQCA 3HO1A 4O44A 3RRHA 1L3UA 1RTJA 1EETA 3LP0A 4CHYA 3SQ1A 3LWLA 3NE6A 5I3UA 1QSLA 1WSHA 1JLAA 1QE1A 2NUBA 3LP3A 3HP6A 1SKRA 2X6SA 1XI1A 4KB0A 2HHVA 4FM1A 4CEFA 1HNIA 3HYFA 3DMJA 3NH2A 3KLFA 4DTXA 4M3UA 2OZMA 2F96A 4KTQA 5KGXA 4KRFA 3WNGA 4GW6A 1WSIA 1WSEA 3HXMA 1VRUA 1U49A 4K8ZA 4F3OA 1XHZA 3QIPA 2GV9A 1IKVA 3LWMA 4Z4FA 3ULDA 3VQEA 4M3TA 1ASUA 4CIFA 3KKSA 1TKXA 2VWJA 3RRGA 3KTQA 4IBNA 3VQQA 1C0UA 3DI6A 5E41A 1KSPA 4CJ5A 3SJJA 4CF1A 2OPQA 4LD0A 3AO3A 4BE0A 1JLEA 2HNZA 3I0SA 4CFCA 4CHPA 4AHRA 4LSNA 3V9SA 3PX4A 4BDZA 1T7PA 4CGHA 1ZBIA 2KFNA 5SZTA 3NH0A 3VQ8A 4FW2A 3SQ4A 2GUIA 3DYAA 2OPPA 3AO1A 3V9WA 1NKEA 3ZCMA 4HTUA 1W9HA 2IAJA 3HP9A 4O55A 4RW9A 4W5NA 2BGGA 3L3VA 4CJWA 4UQGA 2HHQA 4K8XA 4BDPA 1GOBA 3U3GA 4PUOA 2AJQA 3HPGA 1L5UA 1VK0A 4CERA 5HRNA 2ETJA 4CJLA 2Z1JA 4CEZA 1NOYA 3S9HA 4DS4A 1JL1A 2B6AA 3AVKA 2FC0A 4CF0A 5KTQA 4F2SA 4Z4GA 2HHTA 3AVMA 4FCYA 1U4BA 4DMNA 1JLQA 4DFJA 1KFDA 2XY7A 1NK0A 4FVMA 1XWLA 4DG1A 2IOCA 1S1VA 1JL2A 2YV0X 1RTDA 1D8YA 3BGRA 3AO2A 4E1NA 1KTQA 1L3SA 4CGJA 4B8CA 4CJUA 4FJJA 4JRQA 4J2DA 3IS9A 1HYVA 3VQ4A 3QERA 3LAKA 4DSFA 4CF9A 4HCCA 2E6LA 4CE9A 1HQUA 1L3TA 4ID5A 3RMDA 4Z0UA 3ITHA 4IG3A 3JSMA 3HT3A 3KD5E 3CM6A 3OVNA 4DLEA 4DQQA 3SZ2A 3PV8A 2X78A 4EZ9A 3G10A 1NK7A 4KV8A 3L2VA 3EYZA 4N41A 4PY5A 2DY4A 1JLCA 4CESA 3OYEA 4CGGA 1YT3A 3K59A 1LW2A 4I2PA 3ZSXA 3V9XA 4B3OA 1TVRA 1S6QA 4ELTA 1NK8A 4NYNA 3RR8A 1FXXA 2RN2A 1HJRA 2YKNA 4CHNA 2LSNA 3MXIA 4KREA 2HVIA 4DSEA 1RT1A 3DRSA 1TKTA 3KKRA 1S1UA 1QHTA 4N5SA 3QETA 1CZ9A 2OPSA 2BANA 1QSSA 3PO4A 1REVA 1RBTA 2O4GA 3O3HA 1VSEA 1LWEA 5CYMA 1LAWA 3RR7A 1LV5A 4NCBA 3VQ6A 4PWDA 1G15A 4B9LA 2P5OA 3AVHA 4KPYA 1SV5A 1UWBA 3AVLA 3PO5A 4CJ3A 3HJFA 3K5LA 2IS3A 4DTNA 4E0DA 2IDOA 4CIEA 3G0ZA 3U3YA 3SUOA 3OYAA 3AO5A 3LZIA 1RT5A 3DRPA 1ZBHA 3O4NA 4RW8A 3C6TA 4YNQA 3NF8A 1S6PA 3KLHA 4FM0A 3CQ8A 4I2QA 4E7HA 2X74A 3TANA 4ZTFA 4M3WA 4DSJA 4NCAA 1ZBFA 4W5OA 3NF9A 3TI0A 3V9UA 4O0JA 4Y1DA 1XHXA 2JLEA 3ZT3A 3QEPA 1ITGA 4BWMA 3KD1E 4F3TA 1TGOA 4CGIA 1DLOA 3WNFA 2DTUA 1KCFA 1SL0A 4DSLA 4OGEA 1K6YA 4CCHA 1WNSA 4DSKA 1I39A 3THVA 4CK2A 1DTTA 1Z26A 5KGWA 1FKPA 1SL2A 1EP4A 4CEQA 3OYBA 4EP4A 1N5YA 1NOZA 1T05A 1VSLA 3LALA 5J2QA 2E4LA 4KAZA 4B9MA 2KZMA 2HB5A 4E3SA 4DQPA 4DWIA 1VSIA 1NJZA 4E19A 4Z4CA 2BDPA 3NBPA 4FK0A 3SYZA 3S3NA 3LP2A 4FW1A 1TL1A 4Z4IA 3ZT1A 3SNNA 4GMJB 4YFUA 3LZJA 4CJQA 1TK0A 3FFIA 2XY5A 4CJTA 3EZ5A 3ZSWA 1ASVA 4FJLA 1U45A 2PY5A 4JS4A 1X9MA 1X9WA 4E7LA 5C24A 2EX3A 3VN5A 4DFPA 4KFBA 5KRTA 4CJRA 4CF8A 3SV4A 4FZYA 1IH7A 2KQ2A 1KVCA 3SV3A 1UAXA 2HMIA 4FXDA 1JLBA 3CFRA 2G8UA 4I9QA 3ZSZA 1Y97A 2I5JA 3NGZA 2Y1IA 1TK8A 2ITGA 1VRTA 3VQPA 2DFEA 1X9SA 2OZSA 2G8IA 3VA0A 3HL8A 4OKKA 1J5OA 1D9FA 2OYQA 4KHYA 1RT4A 4DTMA 2RPIA 4CECA 1DTQA 2XHBA 4KHWA 4OGCA 2Z1IA 5HBMA 4CGFA 3CFPA 2VG6A 4C8LA 4HCBA 1TAQA 4N76A 1Q8IA 1J9AA 1RILA 2FBTA 3NF6A 4LSLA 4MQ3A 4N56A 4FJMA 2HHWA 3QEIA 4E7JA 1EX4A 4RW6A 3TR8A 4R5PA 1RDCA 3O4QA 1R0AA 4IFVA 4H4OA 1RBRA 1VSFA 1BCOA 4G1QA 1VSJA 1T8EA 4F8RA 1T03A 4E7IA 2VG7A 4BWJA 3DLBA 4KI6A 4DTJA 4JS5A 3SUNA 2BE2A 1TL3A 4CEAA 3V4IA 1BQMA 5SWMA 5J2MA 1NK9A 2KFZA 3OYIA 2P5GA 4O5BA 2YNGA 3PX6A 4OKEA 5HRRA 1KLNA 3L3UA 3OY9A 4BE2A 2B4JA 1UOCA 4KTWA 4FLTA 2Q3SA 3ZSVA 4ZHRA 4IKFA 4HVJA 2HNDA 3ZT4A 1L3VA 3ZSOA 1FKOA 3C6UA 3E01A 1JLFA 2D0AA 4HUEA 4AHVA 1ZBUA 3IG1A 4O4GA 3I0RA 3QLHA 5CZ2A 4CJ4A 2OA8A 2OPRA 1IKYA 1TV6A 3H08A 4I7FA 3V1OA 4AHCA 1EXQA 5CY4A 4CJEA 2WOMA 5HROA 4J2EA 4FJXA 3AV9A 1NJXA 1RT3A 1KFSA 3VQ7A 2XY8A 4FZXC 3IAYA 3NFAA 3TAEA 3L2WA 3SCXA 1KLMA 2O4IA 4CJPA 2JGUA 3DOLA 4OVLA 3OYKA 1TKDA 1BIZA 3D45A 2QKKA 3ZSQA 4C8NA 1UA0A 1CXUA 1SL1A 2FBVA 2ZD1A 3P1GA 3DM2A 4CIGA 1GOCA 2HNYA 4CEOA 1QS4A 4AHTA 3AVCA 4Z4HA 3D0PA 3ASMA 3F73A 4CFBA 4FYDA 4CJKA 1KVAA 3QINA 3OYGA 1C1BA 1F21A 3OJUA 4CK1A 4OLBA 3I8DA 1BISA 1BIUA 3CFOA 4FJHA 2B5JA 3QEWA 4L8RB 4Z4EA 1JXBA 1WAFA 3LP1A 4OPKA 4DFMA 3BDPA 5KRSA 4QAGA 1S1XA 4DU4A 3QESA 4DSIA 3OYFA 3LPUA 2QK9A 3HK2A 2X6NA 4M3ZA 1B9DA 3AVJA 3RMAA 3SPYA 1D5AA 1JXEA 1WSFA 1C6VA 4PA1A 3OYCA 1HYSA 4HUFA 4DTUA 3P5JA 1VSKA 3TAPA 4CJFA 1YVUA 4B9UA 4H8KA 3QEXA 1D9DA 3DLHA 3AO4A 4FJIA 2QKBA 3SUQA 3K5NA 2G8VA 3HPOA 4TSXA 4DTOA 3SPZA 2KZZA 4QCLA 4FLUA 3CG7A 1B9FA 4C8MA 3NCIA 2KW4A 4Q5VA 1B92A 4FLWA 5HP1A 1NK6A 3OYJA 1BCMA 1KVBA 2XO7A 4DQSA 2G8HA 3OYNA 3ZSYA 3F9KA 3V6DA 4XIUA 3K58A 4CHQA 1RT6A 4M3YA 4KHQA 2W42A 2IGIA 1S9GA 2RF2A 4B08A 5FDLA 3L2RA 1JLGA 4AHSA 3AA4A 4CFDA 1VSMA 4OPJA 4FLYA 4AILC 3U6FA 4F2RA 3ALYA 1YTAA 4DLGA 3TABA 1VSDA 4Y1CA 2HW3A 4M3RA 4CGDA 4KHSA 4KKOA 4CHZA 3KK2A 4FM2A 4C8OA 3V1QA 1TAUA 1FK9A 1RDDA 3B6OA 4HUGA 1ASWA 3WNHA 3HPHA 4DTRA 3DRRA 3ZT2A 5T7BA 1LAVA 3KIOA 4FJ5A 5CZ1A 4F4KA 4LH5A 3VQ5A 3DLKA 4CFAA 5C25A 3RMBA 4M45A 3VQBA 3CM5A 5J2PA 2PYJA 3TWHA 5HLFA 1A5VA 4FJKA 3PUFA 3KK3A 2HHXA 4KHNA 1A5XA 3OJSA 5CYQA 3O3FA 1RBUA 1J53A 1BI4B 1C1CA 1LWFA 1S1WA 3QIOA 4RW7A 4BDYA 2G8FA 2G8WA 3AVBA 1NKCA 5EU7A 4B8AB 1QTMA 2P1JA 3NGYA 1RDBA 4CEEA 1QSYA 4LH4A 5DK5A 4H4MA 3ISNC 4J2BA 4CK3A 4FJGA 4B9SA 1LW0A 2KTQA 1BGXT 4IDKA 3MEEA 4EZ6A 4CEBA 1WSJA 3RWUA 1YTUA 3VQDA 5HRPA 1WLJA 4FLVA 4B9VA 1Z25A 1NK4A 3OS0A 3TAMA 1Q9XA 3SQ2A 3V9ZA 3SI6A 3K5OA 1A5WA 3QEVA 1I3AA 1RTHA 4ID1A 5K14A 5I42A 3KLEA 4ELUA 4B9NA 3OYLA 4FK4A 2ZQBA 1C0MA 4KI4A 4GVMA 3AVGA 4OJRA 4W5TA 1RCHA 2D0BA 3MEGA 3K5MA 2A1RA 2F8SA 1W0HA 4ZTJA 4KO0A 2HHUA 4CEDA 4DTPA 1S1TA 1GOAA 1QQCA 4KHUA 1HPZA 3T1AA 1LWCA 3S3OA 4NCGA 1Q9YA 1BHLA 3L2QA 4KTZA 2D0CA 3HM9A 1BL3A 4OKJA 4CJVA 4E1MA 4FJ7A 4M3XA 1HMVA 4DU1A 2VWKA 3NGIA 2HHSA 4NYFA 4DF8A 2D5RA 1CZBA 3LANA 4DU3A 1BI4A 2VG5A 4CJSA 1NKBA 2PYLA 1RT7A 3ZSRA 2FBXA 1EKEA 1JKHA 3T3FA 2WONA 3S3MA 5FRMA 2XY6A 1BQNA 2DFFA 2YNIA 3C94A 4LY7A 3L8BA 3SUPA 4B9TA 4FZZA 3B6PA 4ICLA 1S9EA 4ELVA 3AA5X 3T19A 2GBZA 3DLRA 3HVRA 4M42A 1VSHA 3VA3A 1KRPA 4W5QA 3AVAA 1HNVA 2R7YA 3UIQA 1IKXA 1RBSA 4O0IA 3IRXA 3OYMA 3MAQA 1SKSA 5FROA 4FLXA 3RTVA 4DQIA 1HQEA 2A1SA 2FBYA 2Z1GA 3MXMA 1RT2A 4RG8A 3L2UA 1NK5A 3MXJA 3KLIA 3PY8A 1CLQA 4FJNA 3VQAA 3ZT0A 3O3GA 3AVFA 3EY1A 1IG9A 3TARA 2IC3A 5KI6A 3KJVA 4FJ8A 3VQ9A 3DLGA 1WSGA 4AHUA 3HSTB 3AVIA 1WN7A 4C8KA 5J2NA 1IKWA 3MEDA 4WE1A 3LDSA 4OLAA 4EP5A 4DTSA 1TK5A 1O1WA 3AA2A 2F8TA 3TAQA 1NJWA 3KLGA 3OS1A 3NDKA 3OYHA 1N6QA 3M8PA 3HVTA 1S5JA 1U04A 2ATQA 4DQRA 3JYTA 3M8QA 4PQUA 1MU2A 2YNFA 5JS2A 3OS2A 1RDAA 1WAJA 3C95A 4RW4A 5DMRA 3AVNA 1ZYQA 1C1AA 2EHGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QO9A 4XH4A 4WCEL 1HYZA 3CCMN 4CZJA 2ZJQL 4FK2A 3NHGA 3TAGA 5AQXA 2P51A 3VEYA 4FPBA 3KK1A 3PX0A 3OYDA 4FLZA 3V81A 4A61A 4N47A 3DOKA 3QNOA 2YHBA 2DFHA 4J2AA 1C0TA 3WEEB 2QXFA 4JKGB 3EO3A 3IFRA 4BG8A 1NGJA 3VERA 3CETA 4C23A 4QOZB 2XRIA 4IG0A 3E1YA 1JCEA 3RMCA 3DLEA 5C42A 5BN8A 3IUCA 3VQCA 1L3UA 1RTJA 3VF2A 3SQ1A 3LWLA 3NE6A 1QSLA 1WSHA 3ULEA 4XEIA 3J8AA 4KB0A 3TTDA 4CEFA 3HYFA 2QM1A 1IBMK 2E2OA 2F96A 3JS6A 1E4GT 5KGXA 4KTQA 3HXMA 1S3XA 1VRUA 4K8ZA 4F3OA 4Z4FA 2IVNA 3VQEA 3U9ZA 5FPEA 4QS9A 4LF4K 4IBNA 3VQQA 1NGCA 2P9IB 3QMLA 3SJJA 5JVHL 4LFBK 5LY3A 1V4TA 3PX4A 2KTQA 4QS8A 3WEEA 3ZX2A 4BDZA 3I55N 4JKGA 1OH5A 2KFNA 3VQ8A 3KVGA 3AO1A 3V9WA 2QWOA 2IAJA 4W5NA 2BGGA 4CJWA 2HHQA 4BDPA 3M6GA 2AJQA 3HPGA 3UE5A 2QXLA 1NOYA 2B6AA 3MWPA 4Z4GA 1DEJA 5AQHA 2QWRA 4PKHA 4AM7A 3BZKA 4FVMA 4DG1A 3THYA 1XMQK 3H6EA 4LF5K 1KTQA 1QHAA 4J2DA 3IS9A 5GAHP 4CE9A 1L3TA 1X9JA 1HQUA 5BPLA 3ZETB 4IG3A 4WFAL 2P9IA 3G10A 4JI4K 4PY5A 2DY4A 1JLCA 5HL7L 4CESA 3T1YK 1TVRA 1NK8A 4NYNA 3RR8A 2E8AA 2YKNA 4KREA 2HVIA 3ZYYX 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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