1VSJA

Asv integrase core domain with cd(ii) cofactors
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
146
structure length
145
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding of different divalent cations to the active site of avian sarcoma virus integrase and their effects on enzymatic activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
molecule tags Endonuclease
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 50
structure length 145
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsjA00
4DSIA 1BQNA 1U04A 4KHSA 4KI4A 4KREA 4H4OA 4LH5A 4NYFA 3M8QA 1ZYQA 1KVBA 2VG7A 4O5BA 1NK5A 2OZMA 2Y1IA 3O4NA 3FFIA 3AVFA 3AO5A 3T19A 4M3UA 1LW0A 3OYLA 1ZBHA 3DYAA 3S9HA 1T8EA 3HJFA 4E7KA 4IG3A 4CGFA 1HQUA 3WNGA 2LSNA 4HHTA 3P5JA 4H4MA 5FROA 1X9MA 2WONA 4F3TA 3QLHA 1DTTA 2B5JA 3O3FA 4F2SA 3KKSA 2HNYA 1BIZA 4XIUA 1WSHA 3V81A 1L5UA 2NUBA 1B92A 4OGCA 3SQ1A 2A1SA 3F73A 1VSJA 1RILA 2ZD1A 3HYFA 3ISNC 4FLZA 3VQBA 5HP1A 4KB1A 5EU7A 1J54A 1LV5A 3AV9A 4Z4GA 4CEOA 4CJ3A 3G10A 4DQSA 3IRXA 1EX4A 3U3GA 5K14A 4CGDA 3DLHA 4YNQA 4DTOA 1UA0A 1SL0A 4FCYA 3L3UA 2XY6A 4I2PA 2YKNA 1HYZA 1QHTA 4CJSA 2XHBA 2HNDA 1JL2A 2GBZA 1FKOA 1DLOA 4CJLA 2F8TA 1S1UA 1WSEA 2IC3A 2Q3SA 3KLFA 4BACA 4BE2A 2XY7A 3TARA 3V9SA 1C0TA 3AA2A 3OYFA 5KRSA 3AVGA 4CIEA 1TV6A 1FKPA 4YFUA 1ASWA 1HYVA 3VA0A 1LWCA 4DFKA 3OYEA 4CEZA 4E0DA 1A5WA 1JLGA 3AA5X 4TSXA 2E6LA 3V6DA 1JLFA 2OPSA 4B08A 2F8SA 1WAFA 4Z0UA 3A2FA 3C95A 4Z4FA 2JGUA 4FJKA 3G0ZA 3NE6A 2WOMA 1U48A 1Z25A 2GV9A 4AHSA 4NYNA 1NJXA 4CGIA 4Z4HA 2X74A 1WNSA 4AHUA 1BCMA 3I0RA 4FLYA 1Y97A 3RMAA 4QOZB 3KLIA 1JLCA 3NGIA 4CIFA 1S6PA 4N41A 3WNEA 4CHNA 1JXBA 5CYMA 2QK9A 3VQDA 4KB0A 3NH1A 4Q0BA 1NOZA 4CJ5A 3TAPA 3S3NA 1GOAA 2E4LA 1XHXA 2QXFA 4BDYA 1DTQA 1RDCA 1NK0A 3LP3A 5D3GA 1RBRA 1KVAA 4M3YA 4FJ7A 1BGXT 4C8LA 4FZZA 2KFZA 3EZ5A 4M3TA 1IH7A 1RTJA 1ZBIA 2HHXA 4AHCA 4JLHA 1JL1A 3TI0A 3RR8A 3SV4A 3ULDA 3QERA 5KTQA 4RW9A 1Q8IA 1NK4A 3DOKA 1C0MA 1BISA 2OZSA 3OYMA 5CZ1A 4KAZA 1D9FA 3CFPA 3LP2A 4DU1A 3PX4A 3SPZA 1XI1A 3AVJA 2OYQA 3NGYA 3VQQA 3HP9A 1HMVA 3HSTB 1NK6A 3SV3A 4RG8A 3SI6A 2HW3A 4ID1A 4CJRA 3VQ5A 3ZT4A 4JS5A 2HVHA 3TAQA 1HRHA 3PUFA 3ALYA 1G15A 1ZBLA 2P5OA 3KKRA 4OKEA 4OPKA 4DU4A 4DSLA 4BWMA 1R0AA 4HVJA 4M3RA 1BI4B 3K58A 4CEFA 1FXXA 2X78A 1KFDA 3V1QA 2G8KA 1TGOA 5I42A 1LWEA 1TAUA 2X6NA 4QAGA 1CLQA 4FJJA 1VK0A 1JLQA 2KW4A 4LD0A 5E41A 1O1WA 4OKJA 3QEWA 3AVAA 2RF2A 4FM0A 3VA3A 2IDOA 1RT7A 4FM2A 2KFNA 1HNIA 3MAQA 4NCBA 4FZXC 2X6SA 4CFBA 3S3MA 4CFAA 4HUEA 1VSFA 2HHSA 1VSKA 4J2EA 3HPHA 2YV0X 3M8SA 3AVIA 3M8RA 4KI6A 4GVMA 3KIOA 4KFBA 3OYJA 4CJPA 3P1GA 4RW8A 4PQUA 1VSMA 4UQGA 4DTRA 1SL2A 4FLTA 1FK9A 1WSIA 3C6UA 4ZTFA 3PO5A 2O4IA 2HB5A 4FYDA 4E7HA 4DSEA 1HPZA 3LAMA 1NKEA 2ITGA 4DFJA 4DF4A 4CEBA 2FC0A 3VN5A 4CJKA 2VG5A 3V9WA 1JLBA 4E89A 1XHZA 3BDPA 2QKKA 4EP5A 4DLEA 4FJMA 3B6OA 4M45A 4OKKA 1HJRA 3ZSVA 4CECA 1X9SA 1BIUA 3E01A 4OLBA 3DRSA 4OGEA 3AVKA 2FBVA 2IOCA 1YTAA 4DTPA 2DFEA 4DFMA 4HUGA 1NK9A 1TL3A 3ZT2A 3VQ7A 1TKXA 1KTQA 3HL8A 3OYHA 1N6QA 4J2BA 4HTUA 3RRGA 3RMCA 2HNZA 1QQCA 3SPYA 3ZSYA 4B9NA 5HROA 4CJQA 2D0BA 2KZZA 2OA8A 4CGGA 1RT3A 2BE2A 5J1EA 4BDZA 4CHPA 2XRIA 3V1OA 3QESA 3ZT1A 1T03A 3LANA 1SL1A 3NF7A 4C8NA 4M3WA 1U4BA 4CJEA 1S6QA 2G8IA 3LWMA 1LAWA 3VQAA 3OJSA 3V9XA 3AVLA 2GUIA 2F96A 4RW7A 2KTQA 4AHTA 4F3OA 4ZHRA 1XC9A 3HT3A 3ZSOA 4CHZA 1D9DA 4B9SA 1KCFA 1QSYA 1B9FA 1X1PA 2G8FA 4HUFA 2BDPA 4CJFA 3VQ9A 2HMIA 4M42A 1RT2A 1Z26A 1BHLA 5KRTA 3DLKA 1ASUA 4CF2A 2YKMA 3K59A 3AA4A 3MEGA 3V1RA 4CIGA 4IDKA 1RT6A 4Z4IA 1QSLA 3VQ6A 2YNIA 3OYIA 4IBNA 4CEEA 5HRPA 4N76A 1YT3A 3VQ8A 4MQ3A 3LZJA 3L2RA 3OYAA 4DQIA 3NBPA 2DY4A 3CM6A 2XY5A 1WSJA 1KLNA 3AVMA 1HNVA 2HHWA 2XO7A 3MECA 1RBUA 4JRQA 4B3OA 1RBTA 2FBYA 2EX3A 4FJNA 4CJUA 3HVTA 4CE9A 4DMNA 3HM9A 2P51A 3RTVA 1NJYA 4DTXA 4K8XA 4W5OA 4W5TA 4F2RA 2OPQA 3DLGA 2G8VA 3AO4A 3KLHA 3LALA 4KO0A 3SQ4A 2AJQA 4LH4A 4W5QA 1LW2A 1T7PA 3NCIA 1EXQA 3TWHA 1S1VA 2B4JA 2PY5A 3ZT3A 1UWBA 4AHRA 5KGWA 3NFAA 3OYNA 4E1NA 2HHUA 4BE1A 2R7YA 2ZE2A 4GW6A 2P1JA 4KTWA 5FRMA 4I9LA 4FLUA 3SQ0A 3K5MA 3MXJA 4E7IA 3ITHA 4N56A 2VWJA 3BGRA 3OS2A 3OYKA 4JRPA 3RMBA 3PX0A 3NH0A 3TANA 2A1RA 4B9MA 5C24A 4KRFA 4W5RA 4DU3A 3AVHA 3KD5E 4CK2A 4FJ9A 3DOLA 3AVBA 2XY8A 4OJRA 3VQEA 1K6YA 5DK5A 3NGZA 4M3ZA 4FK4A 1EP4A 4KPYA 4O44A 3LAKA 3NF8A 4LSLA 1KRPA 3CFRA 3PO4A 1IKYA 4CF1A 1L3VA 1RNHA 4OLAA 4DTSA 3I8DA 4M3XA 1NK8A 1VRTA 2HHQA 1U45A 2Z1IA 4KHQA 1RTDA 3KD1E 3HO1A 2I5JA 1IO2A 3KK3A 4KHYA 4N5SA 3IS9A 3L2QA 4EP4A 4FJGA 4FW2A 2IAJA 4RW4A 3TAFA 1F21A 2PYJA 1RT4A 4CHOA 2ATQA 4DQQA 1C6VA 3ASMA 4DF8A 1WN7A 4CK3A 1IKVA 3AO2A 3I0SA 3OS1A 4DQPA 3SQ2A 3SCXA 1SKRA 3ZCMA 4AH9A 3T3FA 3C94A 1D5AA 3L3VA 3K5NA 3PY8A 3SUNA 4CJTA 4B9TA 4IFYA 4M41A 2D5RA 4O0JA 3T1AA 3OYDA 3TAEA 1TKZA 3ZT0A 2G8UA 4L8RB 4PUOA 3QNOA 5HRRA 5CZ2A 4CFCA 1XWLA 3ZSQA 4C8MA 3RRHA 3QINA 4B9VA 1D8YA 1Q9XA 3NF9A 3WNFA 3DM2A 3L2WA 1BL3A 2YNGA 1C1CA 4CCHA 3QEPA 4O0IA 3HP6A 3F9KA 4C8KA 4KTZA 4CEDA 4HCBA 2HVIA 5HRNA 4KV8A 4DSKA 3NF6A 3EYZA 2B6AA 3LWLA 1RDDA 2BANA 1ASVA 3IAYA 2DFFA 1RDAA 2FBTA 4FJLA 4FJ8A 3D45A 1RCHA 4Y1DA 5J2MA 3THVA 3ZSXA 4DS4A 4DS5A 1QS4A 1NKCA 1RT5A 1YTUA 1VSLA 4E7JA 3DMJA 4EZ9A 1ZBUA 3MXMA 1TAQA 1JLEA 5HRSA 4IG0A 3K2PA 3V9ZA 4J2AA 2HHVA 4CFDA 1NJZA 5C42A 1EETA 1JXEA 1X9WA 2Z1HA 1SKSA 3NAEA 3H08A 4DTMA 3QEVA 4BDPA 4IFVA 1I39A 3SNNA 4I7FA 2BGGA 3KK1A 4FK0A 2D0AA 4DFPA 2OPRA 4RW6A 4CF0A 4LSNA 4CERA 4FW1A 3OYGA 1CZBA 3SYZA 1TK0A 1L3SA 1S5JA 4G1QA 3OYBA 3HPGA 4CHQA 4AILC 4FJHA 5JS1A 1S1XA 1TVRA 1CZ9A 5J2QA 1REVA 3QIOA 4J2DA 3OJUA 3LDSA 3HXMA 3U3YA 1L3TA 2PYLA 1C1BA 4EZ6A 3PV8A 5SWMA 1RBSA 4F4KA 1WSGA 2HHTA 3DRPA 1LWFA 3V9UA 4ELVA 1U49A 4DWIA 3L2UA 4KHUA 4F8RA 4I9QA 4DSJA 3NDKA 3CQ8A 4ELTA 1WAJA 1VSIA 3VQCA 1HQEA 1UAXA 4CESA 3UIQA 1I3AA 3O3HA 2EHGA 4C8OA 1TKTA 4CJWA 1QTMA 1LAVA 1KLMA 4KKOA 3RR7A 1MU2A 3SJJA 5FRNA 3KLEA 3VQ4A 3QEIA 1VSEA 2Z1GA 1TKDA 4OPJA 1WLJA 1C1AA 1J5OA 2Z1JA 4ELUA 2G8WA 1IKWA 1VSDA 3WNHA 3RMDA 1U47A 1Q9YA 4FLXA 1CXQA 4DLGA 5I3UA 4B9UA 4FZYA 3B6PA 4LY7A 3CG7A 3LPUA 5HLFA 1NJWA 4PWDA 4B8AB 4HCCA 2P5GA 4B9LA 1EKEA 3SUQA 2ZQBA 4NCGA 4CJ4A 3C6TA 3KJVA 1BI4A 4CF8A 3AO1A 4JS4A 2ETJA 3NH2A 5KGXA 3SZ2A 4DTJA 1HYSA 1YVUA 1KVCA 2RKIA 1TK8A 3LPTA 1A5XA 3L8BA 3O4QA 2RN2A 4FJXA 2G8HA 1RT1A 1WSFA 1NOYA 1CXUA 3MEEA 4DG1A 3AVCA 2YHAA 3K5OA 3IG1A 3DLRA 3TR8A 4DQRA 2KZMA 3DLEA 1S9GA 1SKWA 4ID5A 3JSMA 1BCOA 1QE1A 4IKFA 4FLVA 3L2VA 1W0HA 3SUPA 3TABA 3AO3A 4CF9A 4ICLA 4CGJA 3HVRA 4KHNA 2YNFA 1GOBA 3TAGA 1IKXA 3LP0A 3HPOA 2KQ2A 4PA1A 2FBXA 3QO9A 4GMJB 5JS2A 2IGIA 2VG6A 3QETA 3LZIA 4W5NA 1JKHA 4O4GA 1ITGA 1T05A 1TL1A 3LP1A 2JLEA 4I2QA 4N47A 3SUOA 4Z4EA 1ZBFA 1A5VA 1UA1A 4E7LA 4OVLA 4CGHA 3K57A 3JYTA 2PZSA 4H8KA 3NHGA 1RTHA 1NKBA 4BE0A 4FXDA 3MXIA 2DFHA 2RPIA 4DTUA 3K5LA 1QSSA 3CYMA 3KTQA 3OS0A 4KTQA 3QNNA 3OY9A 1VRUA 4FVMA 4CHYA 4CJVA 4DSFA 4Z4CA 3VQPA 1TK5A 4K8ZA 5T7BA 4B8CA 4FLWA 3ZSRA 3CM5A 1J9AA 5DMRA 5HBMA 3TAMA 1RTIA 4E19A 2YNHA 3V4IA 4FK2A 3AA3A 1RBVA 2QKBA 1B9DA 3P83D 3OYCA 4NCAA 3M8PA 4CEAA 2VWKA 1VSHA 1SUQA 1IG9A 5CYQA 4E3SA 1S1WA 2O4GA 4MFBA 3DRRA 1JLAA 4AHVA 5J2NA 3KLGA 1N5YA 1RDBA 1BQMA 3DI6A 1KSPA 5C25A 3DLBA 3MEDA 3U6FA 4CK1A 1KFSA 4CEQA 4R5PA 4FJ5A 3QIPA 3OVNA 3PX6A 1C0UA 4KHWA 1S9EA 3AVNA 4FJIA 2E6MA 4BWJA 4QCLA 4ZTJA 3RWUA 3O3GA 5SZTA 4FM1A 3ZSZA 1J53A 3HK2A 1W9HA 3EY1A 5CY4A 5FDLA 1SV5A 3ZSWA 5J2PA 1GOCA 1S1TA 4DTNA 4E1MA 2IS3A 2YHBA 4O55A 4Y1CA 4Q5VA 1NK7A 1L3UA 2W42A 5KI6A 4PY5A 4WE1A 2DTUA 2Y1JA 3CFOA 3S3OA 2OPPA 3KK2A 3QEXA 3D0PA 2D0CA 1UOCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DSIA 4KHSA 3M3ZA 5KQDA 4O5BA 3WXLA 4JI5K 3FFIA 3AVFA 4M3UA 3OYLA 3BEXA 4E7KA 4CGFA 2WC9A 1BO5O 1DT9A 3OA9A 4H4MA 2KLAA 3EEQA 1X9MA 3CMEN 2B5JA 3V81A 2NUBA 4OGCA 3SQ1A 2I7NA 4C23A 4IDHA 3TU5A 1QZ5A 1RILA 3R8EA 3D2EA 3VQBA 1JCEA 1LV5A 3AV9A 4Z4GA 4CEOA 4IZ9A 1XMOK 4OX9K 5M1QA 4DTOA 3L3UA 2XY6A 2YKNA 1HYZA 3LDPA 2XHBA 2HNDA 1JL2A 2F8TA 1S1UA 1WSEA 2XY7A 4BE2A 1N8RO 2O8DA 2YHXA 3AA2A 1T6DA 4CIEA 3VA0A 1HYVA 4DFKA 3OYEA 4WYBA 5FPMA 3ENBA 5LJWA 1K73O 5H1SQ 5BR8K 2F8SA 4DV5K 4WF9L 4FJKA 4NYNA 4CGIA 4Z4HA 4AHUA 1BCMA 4BG8A 3NGIA 1S6PA 3WT0A 3M1FA 1NOZA 4IJNA 5IWAK 1U2VB 2QXFA 3HOSA 1DTQA 5D3GA 4JKGA 2A6AA 3MX5A 3AAPA 4M3YA 1BGXT 4C8LA 4AHCA 4JLHA 2AP1A 1Q8IA 2QW9A 1C0MA 2OTLN 2E5LK 3SMPA 4H0PA 3BF3A 5EY4A 4KAZA 1D9FA 4C1NK 3CFPA 4F9OA 1EWQA 1XI1A 1KC8O 3EE9A 3NGYA 2Q0UA 3SV3A 4RG8A 3SI6A 1LOTB 4JS5A 3TAQA 4OKEA 3A5MC 3H46O 5FPNA 4H0VB 4HVJA 1WBBA 1YJNN 3VEXA 1VQ8N 2X78A 4FWSA 5AQNA 4FO0A 4QAGA 4ISGA 4LD0A 5E41A 3QEWA 1RT7A 4DUZK 4X65K 4M7XA 1VSFA 3O08A 1VSKA 4GV3A 3AVIA 5DM7L 3CJ7A 3BZKA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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