1VSMA

Asv integrase core domain in citrate buffer ph 5.0
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
146
structure length
146
Chain Sequence
GLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAAQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGSCFTSKSTREWLARWGIAHTTGIPGNSQGQAMVERANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for inactivating mutations and pH-dependent activity of avian sarcoma virus integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (INTEGRASE)
molecule tags Hydrolase
source organism Rous sarcoma virus (strain schmidt-ruppin)
total genus 52
structure length 146
sequence length 146
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1vsmA00
3OYAA 2HNDA 2NUBA 3OYDA 4AHSA 5HRNA 1B92A 3LAKA 3JSMA 3KTQA 1HYSA 3RMBA 3OY9A 4CJWA 4J2BA 4F2RA 4B3OA 3NFAA 4AHUA 2XY7A 4RW8A 4W5OA 3V4IA 4W5NA 3AO4A 5C24A 1CXQA 4CEZA 4BACA 2OYQA 4O55A 1WSJA 1J53A 4Z0UA 4TSXA 3AVGA 4F3TA 3NBPA 4CGJA 4DS4A 3TARA 1TL3A 2RN2A 1RBTA 3QO9A 4KFBA 4KV8A 2F8SA 4ZTJA 4ELVA 1IG9A 1WLJA 4RW9A 4DQSA 3VQ6A 4CJRA 3JYTA 2AJQA 3VQQA 4CIGA 1BQNA 4Q0BA 1BI4B 1QTMA 4W5QA 2PYLA 3PY8A 3KK3A 1Z26A 4O44A 3ZSQA 4DSFA 2HHTA 1BI4A 3V1RA 4AHTA 1VSDA 4RG8A 1I3AA 4DTSA 2E6MA 3SUNA 3VQDA 2KFZA 5FRMA 1VSMA 4DSKA 4J2AA 2DFHA 3WNFA 4AHRA 2IDOA 2D0BA 3DLRA 1ASWA 3FFIA 1HQUA 4CESA 4R5PA 2WOMA 3NGZA 4BE2A 1VRTA 1N6QA 1VSFA 3M8RA 3K5LA 4CFCA 1WSEA 4DU4A 1CXUA 3AO2A 3SI6A 3MXIA 2QXFA 3MXMA 1C1CA 1HRHA 1HPZA 1TKZA 1TV6A 2XRIA 3VN5A 4CJLA 1KLMA 4JRPA 2GBZA 4FLWA 4DQQA 1RILA 3TAGA 4KI4A 2KTQA 3T19A 3LANA 4KHQA 2XY8A 3CFOA 3SUOA 3G10A 1LV5A 1U04A 4CEBA 2OPPA 2E4LA 1BCOA 5T7BA 1RDBA 2VWKA 2EX3A 4JLHA 3AO5A 4CHQA 3LALA 1FKOA 2Y1JA 2YNGA 4DSLA 4C8KA 4DSEA 3PO5A 4B8CA 1VSKA 1B9FA 1RDAA 1JLGA 3V6DA 1FKPA 3NDKA 3AVIA 4KREA 1VSHA 1JLBA 4FJNA 4C8LA 5KGXA 1BHLA 1Q8IA 3ZSVA 4DG1A 4DS5A 4FJXA 3AV9A 4IFYA 4ELUA 5SZTA 4B9TA 1S6PA 4H4OA 1C1AA 4CE9A 1RT5A 4OGCA 4BWMA 4CJTA 3K5MA 1ASVA 4HCCA 1X9WA 4N76A 2HVHA 4GMJB 4KB0A 1WNSA 4CF2A 1VSLA 3LWMA 4B9LA 4KB1A 1S5JA 1NJZA 5HRPA 3CM5A 3DRSA 3H08A 3ZT1A 1NJWA 3B6PA 1YTAA 1EX4A 3LP3A 1GOAA 4CHZA 4CF1A 2D0AA 4DFMA 3KLHA 5C25A 2B5JA 2WONA 3K2PA 3NH2A 4DLEA 4DQRA 4KKOA 3EZ5A 5I42A 2RKIA 3CYMA 4KHUA 4CJ4A 3OYBA 1G15A 2YHAA 3AVKA 4O0IA 4E7HA 4Z4IA 4DFJA 2E6LA 5KRSA 3SPZA 1HJRA 4DSJA 2Y1IA 4N47A 2O4IA 1QQCA 1ZBUA 3LDSA 4JS5A 1J54A 3DLKA 4CK3A 3L2RA 4FLZA 4FK2A 5HP1A 2HHQA 3NF6A 2IOCA 2O4GA 2IC3A 1S9GA 4CJ5A 2EHGA 4FLYA 3SQ1A 3WNHA 3HT3A 3TAFA 1HNVA 3VQ8A 3QEPA 2GUIA 1SL1A 2DFEA 3ZSYA 3THVA 3V1QA 2G8VA 4FYDA 4QCLA 3AVAA 3VQEA 2DY4A 1KLNA 3V9UA 4CGHA 1RDDA 3HXMA 3P5JA 3KLIA 5C42A 3PX4A 3IRXA 3LP1A 4DWIA 4OGEA 3CQ8A 3BDPA 3TAQA 4CFDA 4Z4HA 4DFPA 1RT4A 3C6TA 2A1RA 4M3YA 1YTUA 3AVBA 3HJFA 2ZQBA 3O4QA 2OA8A 3IS9A 1X9MA 3AVFA 1Y97A 4PA1A 1XHZA 4CJSA 3VQPA 4YFUA 3I8DA 2R7YA 2FBXA 2ZE2A 1T05A 1JKHA 3NGYA 4C8NA 2G8WA 3U3GA 1SL2A 3WNEA 1NKEA 3NAEA 4FW1A 4FCYA 2F96A 3ZSXA 4DTMA 1C0TA 2YV0X 1JLCA 2OPRA 2YHBA 2ZD1A 4MQ3A 4AHVA 4Z4CA 4CJKA 4AILC 2BANA 1KFDA 1NK5A 4LY7A 4OKKA 5CZ2A 5DMRA 1LWFA 3V81A 2HHXA 1FK9A 1RNHA 4CFAA 1NOYA 3C95A 4DMNA 3RRGA 5EU7A 1T03A 1BL3A 2IGIA 4O4GA 2XY6A 3T3FA 4FXDA 1IO2A 2DTUA 4F4KA 4FLUA 4CJVA 4B9VA 1RDCA 4FJMA 2YKMA 4LSLA 3NHGA 2QKKA 3LPUA 5CYMA 4B8AB 3MEGA 3QEWA 4FZZA 3KLFA 1DTQA 4GW6A 1TKDA 4DTRA 1F21A 4BDYA 3OYIA 3AA5X 2VG7A 2YNIA 4LD0A 2HHUA 4CGIA 4H8KA 1CZBA 4W5TA 1S1VA 3QEIA 3CG7A 3S3NA 1U4BA 1JLQA 1LWCA 1A5VA 2XHBA 4DQPA 3L3UA 3EY1A 4M42A 3OS1A 4LH5A 4H4MA 3ZT4A 3TR8A 3G0ZA 4KTQA 4DU1A 3IAYA 3LP0A 4FJHA 3AVMA 2P51A 5KTQA 2P5GA 1ZBIA 4XIUA 3PV8A 3L2VA 1VRUA 3LP2A 2X6NA 4FJ9A 4Z4GA 3QETA 5JS2A 2HHSA 3CFPA 1BISA 4E7JA 1LAWA 1RTIA 2PYJA 3C6UA 4KTZA 2QK9A 1ZYQA 2HW3A 1N5YA 1SKSA 4OPKA 2Q3SA 5J1EA 3HL8A 2GV9A 4IFVA 4M41A 1WSFA 3DOLA 1KTQA 2FBYA 3D45A 3TAPA 3OS2A 3F9KA 4DTUA 4NCBA 3LAMA 1QE1A 5FROA 4CGFA 4EZ6A 4AH9A 1RBVA 3RMCA 2HMIA 2ITGA 3HO1A 4N41A 4CEQA 3V9SA 4FJIA 3OYCA 1VK0A 3ZSRA 3ZSWA 3OYJA 3VA3A 4CCHA 4ID1A 4OPJA 1RBSA 1RTJA 3V9XA 3TAEA 1A5WA 3PX6A 1J5OA 4BE1A 4CEAA 2BDPA 2F8TA 1TL1A 2RPIA 3ISNC 3SQ2A 4NCAA 4W5RA 1JXEA 4HCBA 5HRSA 4E3SA 3DLGA 1U45A 3QEVA 1TKTA 4CECA 3SUQA 4FLVA 4F3OA 1QHTA 3ZT2A 3UIQA 3L2WA 4IKFA 5KGWA 4M45A 1C1BA 4G1QA 1C0UA 2YKNA 3KKSA 3AVJA 1EETA 4FK0A 5DK5A 1WSGA 4HUEA 3HPHA 1TK8A 1O1WA 2VG5A 1JL1A 4FJLA 2X74A 4CHNA 2OZSA 3AO3A 3WNGA 4O5BA 3RRHA 1WSHA 3HVRA 3RMAA 1UA0A 3K59A 4Z4FA 2QKBA 3AVLA 4J2EA 3DMJA 1TAUA 4B9MA 3RR8A 3ZT0A 4DTPA 1NKCA 4RW4A 1MU2A 1YVUA 2B4JA 3K5NA 3KD5E 4KPYA 2DFFA 3DOKA 2KFNA 5J2QA 4B9NA 4FZYA 4OKEA 3AVCA 1TAQA 3OS0A 2RF2A 1BCMA 4FZXC 3ALYA 1WN7A 3VQ4A 3AA4A 3MXJA 3OJSA 2KW4A 2BGGA 2KZMA 1IKVA 3QIOA 4FM0A 4AHCA 2HNZA 3RR7A 3M8SA 4I7FA 4CF0A 5D3GA 4CERA 3QERA 4FVMA 3KKRA 1NK9A 4FJJA 4E89A 4I2QA 1TK5A 4CEFA 1RT3A 4CJPA 2P1JA 3MAQA 2PZSA 1JLFA 3QEXA 1WAJA 4CJUA 4FJ5A 4J2DA 4C8MA 2W42A 2FBVA 3ZCMA 1KVAA 4F8RA 4I2PA 1LAVA 1QSYA 1EP4A 2JLEA 1L3VA 2Z1JA 1BIUA 3ITHA 4WE1A 3TI0A 3MEDA 4B08A 3LWLA 4E1MA 3KLEA 4N5SA 4JS4A 4K8ZA 4IDKA 4HHTA 1UAXA 3QNOA 1ZBHA 1S1TA 5HBMA 1JL2A 4DFKA 4RW6A 2IS3A 2A1SA 4CK1A 4NYFA 3VQ9A 1S1UA 3NF9A 3C94A 3TANA 2D0CA 3IG1A 4Y1DA 3M8PA 1RT7A 1U48A 1LW0A 4KRFA 3T1AA 4M3WA 4M3XA 4CHYA 1U49A 2X6SA 1K6YA 3SJJA 2OZMA 4OLBA 1SKRA 3RWUA 1SUQA 4E7LA 3KIOA 1RT6A 3D0PA 4PWDA 2Z1HA 3QIPA 4CGGA 4Y1CA 1IKYA 1ASUA 1EKEA 4BWJA 3OVNA 1JXBA 1QSLA 4N56A 1JLAA 1BQMA 1NOZA 1RBUA 4DTOA 1S1WA 4PY5A 3DLBA 3NF7A 3O3HA 3KK2A 1EXQA 1HMVA 1DLOA 4FM2A 1XI1A 2B6AA 4CJFA 1W0HA 4KTWA 4JRQA 4EP4A 3RTVA 1FXXA 2HB5A 3AO1A 3DYAA 3O3FA 1KFSA 3HSTB 1X9SA 1Q9XA 1NK7A 2P5OA 1CLQA 4OKJA 4DQIA 3NH0A 2VG6A 1RT1A 3OYKA 3L2QA 1ZBFA 3AA2A 3PUFA 5J2NA 4CGDA 4HTUA 4CF9A 3SYZA 5I3UA 2FC0A 1J9AA 3ZSZA 4CK2A 3KK1A 1TGOA 4DF4A 3O4NA 1IKWA 3SPYA 5HROA 4QAGA 4I9QA 4NYNA 4DSIA 3SUPA 4E7KA 4DF8A 4KHWA 3ZT3A 3OJUA 3NCIA 3DRRA 3ULDA 2X78A 1L3SA 2G8KA 4C8OA 4E0DA 1IKXA 1A5XA 4M3ZA 1HYVA 2XO7A 5KRTA 2HHWA 3L8BA 3LZIA 1TKXA 4LSNA 1TK0A 2OPSA 4CHPA 1QSSA 3K58A 1UOCA 4E19A 3SQ0A 4PUOA 2G8IA 1I39A 4CF8A 1WSIA 2PY5A 4BDZA 3SV3A 1Q9YA 4DTJA 2HHVA 3V9WA 1ITGA 4FLTA 3V9ZA 3AVHA 3DRPA 1R0AA 5K14A 4PQUA 3V1OA 4CJ3A 3TAMA 3F73A 3SQ4A 1KSPA 5CZ1A 4FJ8A 3HYFA 4L8RB 3ZSOA 3S3MA 1UWBA 3VA0A 1NK4A 1NJXA 4K8XA 3S9HA 3OYEA 1NKBA 3HM9A 1ZBLA 4B9SA 1LW2A 1RCHA 3M8QA 3QLHA 1LWEA 2G8FA 2JGUA 5FRNA 1REVA 1X1PA 2LSNA 2KZZA 4KHYA 3OYGA 3PX0A 5HLFA 2ETJA 4OJRA 2VWJA 5HRRA 4FJ7A 4M3TA 4HUGA 4DTNA 1RBRA 4GVMA 4FW2A 1L3UA 4FJKA 3B6OA 3HP9A 3L2UA 1NK0A 2OPQA 1IH7A 1SV5A 4ICLA 4HUFA 1T7PA 4NCGA 2ATQA 1SKWA 4KI6A 2Z1IA 3SCXA 3VQ7A 4Z4EA 4ID5A 4CIEA 3CM6A 3KJVA 1HQEA 3MEEA 5E41A 2I5JA 3HPGA 3SNNA 3KD1E 1Z25A 1C6VA 5CYQA 3OYFA 1L3TA 4M3RA 4ZTFA 4KHSA 1D5AA 4OLAA 3MECA 3L3VA 5KI6A 1QS4A 3E01A 1XC9A 2Z1GA 3QNNA 2G8HA 3VQ5A 4CFBA 3I0RA 3K5OA 3SV4A 1KVCA 3TABA 3VQCA 4ELTA 4QOZB 3NH1A 4E7IA 1YT3A 1S9EA 3OYNA 5J2PA 4MFBA 1S6QA 4CHOA 4FJGA 3HP6A 1JLEA 1TVRA 1XHXA 1RT2A 3O3GA 3OYLA 4EZ9A 1D8YA 3BGRA 4FK4A 1CZ9A 4IBNA 3NE6A 1S1XA 1U47A 5SWMA 4B9UA 3P83D 3OYMA 1HNIA 1W9HA 3SZ2A 4DU3A 3P1GA 5J2MA 4M3UA 4FM1A 4F2SA 2FBTA 3LPTA 2HVIA 3LZJA 2IAJA 4OVLA 3DLHA 4ZHRA 3KLGA 3DI6A 3U3YA 4DLGA 4IG0A 1KRPA 2XY5A 1SL0A 3DLEA 1VSIA 3TWHA 1WAFA 4O0JA 3CFRA 3OYHA 1KCFA 1UA1A 4CJEA 1VSJA 1C0MA 4UQGA 1NJYA 4FLXA 3AVNA 4LH4A 1GOBA 4RW7A 4HVJA 2YNFA 3A2FA 4IG3A 4E1NA 3AA3A 1RTDA 1D9FA 4KHNA 4EP5A 1T8EA 1DTTA 2BE2A 1VSEA 3VQBA 4KO0A 3S3OA 3HK2A 2KQ2A 2YNHA 3RMDA 5FDLA 3PO4A 3QINA 3K57A 1B9DA 4CEDA 1HYZA 4YNQA 1KVBA 2HNYA 5CY4A 4CIFA 1RTHA 4CEEA 3I0SA 1D9DA 3HVTA 3QESA 3NGIA 4KAZA 4Q5VA 5JS1A 1BIZA 4BE0A 3U6FA 3NF8A 1BGXT 1XWLA 4CEOA 1NK8A 2G8UA 3HPOA 4BDPA 4CJQA 3EYZA 1GOCA 4DTXA 3ASMA 3DM2A 1L5UA 1NK6A 3VQAA 4I9LA 2D5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OBYA 5AQXA 4AHSA 3LAKA 2HOEA 3E9PA 3EEQA 4B3OA 4RW8A 5C24A 4AF1A 1CXQA 1SQKA 4O55A 4GV9A 3AVGA 4F3TA 3THXA 4BRQA 1VAZA 3QO9A 2OCEA 1IG9A 1S3XA 4JN4A 4CJRA 1BQNA 4Q0BA 1BI4B 1U2VB 1Z26A 2QWLA 3ZSQA 4DSFA 1BI4A 1U2VA 4BQLA 2HF3A 5FRMA 1VSMA 2E1YA 2WUSA 2BUPA 1TUUA 4FWMA 4BE2A 4R5PA 4YY3K 1VRTA 5BRHA 1LOTB 1K9MO 3K5LA 1WSEA 1CXUA 3P39A 1TKZA 1HRHA 2HF4A 2XRIA 4WQ5A 4JEPA 4CJLA 4DSEA 3TAGA 4FYDA 5AQOA 3T19A 4KHQA 4PL8A 3FZKA 1LV5A 2BH1A 3SUOA 3PIOL 2OPPA 1RDBA 1ZXOA 3F9MA 3O6WA 2Y1JA 4DSLA 4C8KA 3BY5A 4IEIA 4WYBA 1NGJA 3I33A 1HNZK 1T44A 1WBBA 4KREA 1Z05A 3EO3A 1JLBA 4WQ4A 4FJNA 5KGXA 1Q8IA 4DS5A 4FJXA 2CGJA 5SZTA 2P9IB 1S6PA 4H4OA 4JK9A 4CE9A 3K5MA 1ASVA 2P9IA 2Q2RA 1C0FA 4B9LA 1VSLA 4KB1A 4IXCA 1GLLO 2EWSA 4CF1A 3VF2A 2WONA 2FSNA 5I42A 3OYBA 3P4IA 1YITN 4E7HA 4DFJA 1ATSA 3SPZA 4FSVA 4MDBA 3DWLA 4N47A 3LDSA 3QBWA 3DLKA 2UYTA 3L2RA 2QM1A 2HHQA 3NF6A 2O4GA 5AQPA 3WXKA 4BR0A 3SQ1A 1YIJN 5BREA 3VQ8A 4QCLA 2E2NA 1QZ5A 1KD1O 3KHYA 1X9JA 1H1VA 2FSJA 1KLNA 2YHXA 3HXMA 3P5JA 3KLIA 4BR2A 3PX4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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