1WSGA

Co-crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/d134n*) with mn2+
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of Single Mn(2+) Binding Sites Required for Activation of the Mutant Proteins of E.coli RNase HI at Glu48 and/or Asp134 by X-ray Crystallography
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 48
structure length 155
sequence length 155
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wsgA00
3OYNA 1LAVA 4FJ9A 1ZBLA 3PO4A 2D0BA 4KTZA 4BWJA 3RMAA 1BCOA 3DOKA 3DMJA 2HHSA 3MXMA 4M3YA 2D0AA 4NYFA 3SUOA 3PX6A 3RR7A 3LAKA 4JRPA 1S1VA 5KGXA 2KTQA 4KB0A 2FBYA 3DOLA 1NKCA 1RBTA 1FKOA 4ZTJA 4NCGA 2DFFA 4KRFA 4ICLA 4DTRA 3KTQA 2BDPA 3QLHA 1U49A 3SUPA 3S3OA 1JXBA 4FCYA 2XY5A 4FYDA 2KFZA 2OYQA 1NJYA 4KV8A 4TSXA 3DLRA 3NF7A 4E19A 5E41A 4DFMA 4DF4A 1JLEA 1R0AA 3ISNC 1L3SA 2X6SA 3F9KA 2GBZA 5HRNA 4E7LA 1T8EA 3NGYA 4LSLA 3SQ2A 1S9EA 4C8MA 3SQ4A 1C0TA 4B9SA 2WOMA 3SZ2A 4RG8A 3D0PA 3KLGA 4BDZA 2P5OA 1WN7A 2EHGA 3DRPA 3VA0A 4FJ7A 5D3GA 1IKWA 2YNHA 4GW6A 1JL2A 3HXMA 5HROA 2A1SA 3AA4A 1RDBA 3FFIA 4KI6A 1WSGA 2D0CA 4OPKA 3L2QA 1C6VA 3AVCA 4DF8A 1TAQA 2NUBA 4CJ3A 3RRGA 3O3HA 1JLCA 3OYLA 4DLEA 4KTWA 1S1WA 4CJRA 4CFAA 4OKEA 4Q0BA 2FBTA 3OYIA 3V6DA 1VRTA 4DSEA 3SQ0A 1TKDA 4F3OA 1C1AA 4CIEA 5HBMA 3DLEA 3PY8A 4FJMA 4Z4EA 1WAFA 3VQ8A 4FM1A 2G8FA 4DQPA 2IGIA 1JLQA 4ZHRA 1ZBUA 3SYZA 4DQRA 4KHNA 3PX0A 3RMBA 3K58A 4DTMA 2ATQA 3LP2A 1RCHA 2BE2A 4EP4A 4MFBA 4HUGA 1BCMA 3HYFA 3LPTA 4M3TA 2YV0X 1CXUA 4G1QA 4AHSA 3JSMA 2ITGA 4N47A 4GMJB 1O1WA 1C1BA 4CFCA 4CEQA 3TAGA 3V1OA 3L2RA 3OS2A 4PUOA 2PY5A 2FC0A 4KHYA 4AHTA 3L8BA 3IS9A 3I0SA 4CF0A 4J2EA 3ZT4A 4E7KA 4KREA 4FJJA 1C0MA 1EX4A 2RN2A 3B6OA 4C8NA 4DQIA 3OJUA 1BGXT 3OYJA 4QOZB 4ID1A 1WSJA 1HNIA 1A5VA 3ZSYA 3ALYA 3ZT3A 5CZ2A 2RF2A 3OJSA 3NE6A 3AO4A 4HUFA 4C8OA 3QINA 1KCFA 1RT1A 4H8KA 4DSJA 4O0JA 3ZSVA 1TK5A 3WNHA 2ETJA 4AHRA 1FKPA 3AVHA 4CJSA 1ZYQA 4CCHA 1RBVA 1W0HA 1EKEA 4RW9A 4CJFA 3AA5X 3CQ8A 2F8SA 2R7YA 1XHXA 5FROA 1T05A 4M3XA 1GOCA 2YKMA 2IDOA 4IKFA 2A1RA 3MXJA 4W5QA 2DY4A 1WAJA 4E3SA 3U3GA 4CEDA 2B5JA 4CEAA 1HRHA 4FLWA 3PX4A 2PYLA 1DLOA 1IKXA 1VSKA 1NK8A 4HCCA 4HUEA 3MEEA 3VQAA 4AHVA 4FJNA 1X9MA 2IC3A 2XY8A 4OKKA 3O3FA 2YKNA 4R5PA 2FBXA 2QKBA 3C6TA 2HHQA 4JRQA 4N5SA 1SL0A 4FK0A 3VQ7A 2JGUA 1C1CA 3JYTA 4KO0A 1TKZA 4FW2A 1WSEA 1HYZA 1YT3A 4WE1A 1NK6A 1QHTA 4KTQA 2RPIA 2HHXA 2HHVA 1RTHA 2KZMA 1RTIA 2Y1JA 3IAYA 1S1TA 4Z4GA 4DSKA 4C8LA 2HNZA 3MEGA 4OGEA 1B92A 4FK2A 4N76A 2HVHA 4M45A 3NCIA 4FK4A 5J2MA 3C94A 1A5WA 2Y1IA 1IO2A 1UA0A 2HW3A 4JS4A 1QSYA 1FK9A 3HP9A 2DTUA 1C0UA 4CJ4A 1VSIA 3C6UA 3K5MA 4CJUA 4CF8A 1VSFA 1TK8A 1SL2A 4N56A 1SV5A 3AVBA 4FM2A 4GVMA 3CFOA 1S6QA 3K59A 4M3WA 2F96A 1TKXA 3RTVA 4NCAA 4M42A 1HQEA 1SL1A 4IG0A 4FW1A 3OYBA 3S9HA 1UOCA 5J1EA 4AILC 3SJJA 1RT7A 4CEBA 4CJKA 4Z0UA 4LSNA 3ASMA 1NJWA 1RTDA 3ZSQA 2OA8A 1CZBA 4CGIA 4FZZA 3VA3A 5DMRA 4DQSA 4CJPA 4Y1CA 3TAQA 3SV4A 3SNNA 1LWFA 3M8SA 3HVTA 3OYHA 1KSPA 2Z1HA 4DQQA 3ZCMA 4FLTA 4CGDA 2X74A 1UA1A 4B9LA 4ELUA 3KKSA 4QAGA 3KK1A 2B4JA 4HVJA 3SI6A 3TI0A 1KFSA 3TAEA 1JL1A 3A2FA 4DSIA 1S5JA 1CXQA 4AHCA 1RT3A 2XHBA 3DRSA 2VWJA 3K2PA 4DFKA 3OS0A 1I39A 3QIOA 3LP3A 2G8KA 3M8PA 2OPSA 4DFPA 3LAMA 3TAPA 4B9TA 1J9AA 3KJVA 1HQUA 3QEPA 3RR8A 4I2QA 4LY7A 3IG1A 5C24A 1TV6A 3TAMA 4CJ5A 1WLJA 4Q5VA 2YHAA 1XC9A 1DTQA 1REVA 1NK4A 1KLNA 3QESA 1LV5A 4CK3A 3KIOA 3V81A 3PV8A 1KRPA 3MEDA 3NF6A 4M3RA 4O5BA 4DU3A 4F8RA 4W5OA 1U47A 3B6PA 3NDKA 3G10A 2E6LA 2G8VA 1WNSA 3LP1A 4CJQA 3LWLA 3OYKA 1T7PA 5HRSA 4DSFA 4DS5A 2GV9A 4IG3A 4L8RB 1VSLA 4CE9A 2OPQA 1L3VA 4O4GA 2HVIA 1NOZA 5I3UA 1VSHA 1G15A 4FJ8A 2YNFA 3DLGA 4CFBA 3TARA 2F8TA 2VG7A 4FLZA 3DI6A 4O0IA 3AVKA 1QQCA 4CIGA 4B08A 4LD0A 4HCBA 4W5RA 4H4MA 4CECA 3P1GA 3DLHA 1BQNA 2FBVA 3KD1E 5HRPA 3SQ1A 5I42A 3DRRA 4HHTA 1ASVA 4KFBA 3V1QA 1KLMA 1RDAA 3L3UA 4YNQA 4DU4A 3QEVA 1NKBA 3HVRA 4B8AB 3OYDA 4EZ9A 3HPHA 3EZ5A 2P1JA 1D9DA 4FJLA 5J2QA 3KLIA 3V1RA 3VQ6A 2QXFA 3SUQA 1TK0A 3V4IA 4DWIA 4FM0A 3VQCA 5KRTA 2I5JA 2XO7A 3RMCA 1U04A 4FJKA 1VSDA 3V9SA 2AJQA 2X78A 4LH4A 4W5NA 1BQMA 4OGCA 1RBUA 3T1AA 1BIUA 1JLGA 4M3UA 4BWMA 4CESA 4BACA 4F2SA 5FRNA 3OYAA 3TANA 2HHWA 1JLFA 2VWKA 3LZIA 1JKHA 1GOAA 4E1MA 4DTSA 4FZXC 4CJLA 4CFDA 4Z4HA 4ZTFA 3D45A 3HP6A 3UIQA 1KVAA 1UAXA 4C8KA 3VN5A 1RT6A 1RBRA 2KQ2A 1JXEA 3O4NA 4QCLA 4OVLA 4CK1A 4FLXA 3VQ9A 3AVLA 4FXDA 3LPUA 2QK9A 3VQQA 1ZBFA 4OLAA 2Q3SA 4B9NA 1TGOA 4DTNA 3HO1A 2Z1IA 1J53A 1DTTA 4CHZA 4KHSA 3NFAA 4FJIA 3TR8A 3V9WA 3S3MA 4FLVA 1KVBA 5C42A 3PO5A 3ZSRA 3DLBA 3HL8A 1IG9A 4JLHA 3MXIA 2O4GA 3OVNA 1L3TA 2OZMA 4BE2A 3WNFA 4CJTA 2P51A 3QERA 1KFDA 3K5NA 4DTOA 3SPZA 1JLAA 4Z4FA 4B3OA 3SPYA 2XRIA 3DM2A 1KVCA 1UWBA 3QO9A 4CHYA 3NGIA 1BHLA 3TAFA 4CHNA 4FJXA 1TL3A 3NAEA 3HPGA 1NKEA 2HHUA 1WSHA 4M41A 2GUIA 4J2DA 2P5GA 4AH9A 3S3NA 4KHWA 1WSFA 5CZ1A 4DLGA 2G8IA 5CYQA 3LWMA 4ELVA 4OPJA 5EU7A 2XY7A 3M8QA 3AA2A 4FLYA 3VQDA 4AHUA 4E1NA 4KI4A 3I8DA 2LSNA 3KK3A 1RBSA 3LALA 4NYNA 1TKTA 4PA1A 4CJVA 1BL3A 3LP0A 3P5JA 5CY4A 4YFUA 3QEIA 3AVIA 4BE1A 4E0DA 3OYEA 4DTXA 4KHUA 2IOCA 1U48A 2WONA 4FJ5A 1YVUA 3ZSOA 3E01A 3SV3A 3O3GA 3U3YA 1Z26A 1XWLA 1IH7A 2HNDA 3LANA 1X9WA 3AO3A 3QNNA 3WNGA 1F21A 1QSSA 2IAJA 1NJZA 4KKOA 1ASUA 2KW4A 4CIFA 4DU1A 3I0RA 1B9DA 4IFYA 3LZJA 4F4KA 4K8XA 1IKYA 3NH1A 3HSTB 5JS2A 5HLFA 4F2RA 3PUFA 1NOYA 4PWDA 1QE1A 3NBPA 2G8UA 3KLEA 1I3AA 2JLEA 2ZQBA 3MAQA 1U4BA 1W9HA 3NH0A 3DYAA 2QKKA 3ULDA 3OYCA 4BDPA 3P83D 1EP4A 4UQGA 3QETA 4LH5A 4B9UA 2OPPA 4HTUA 2KFNA 3KKRA 3AO5A 4KPYA 1XHZA 2KZZA 4F3TA 4CGFA 1BI4A 4O55A 4DG1A 1Q8IA 1S6PA 4CJEA 2HHTA 1RT4A 3AV9A 1LW2A 1S1UA 1RILA 2E6MA 4I2PA 4IBNA 1S1XA 1NJXA 1U45A 4DSLA 3AVNA 3HK2A 1N5YA 5KRSA 3TABA 4ID5A 2OZSA 1HYSA 4KAZA 1Z25A 1SUQA 3MECA 5HRRA 5T7BA 2HMIA 1QTMA 1N6QA 1X9SA 1ZBIA 3HJFA 1WSIA 1D8YA 4FJHA 4N41A 4CF1A 1ASWA 3HPOA 4E7JA 2G8HA 3AVFA 4B8CA 4CK2A 1B9FA 1LW0A 3OYFA 3ZT2A 1TAUA 1SKRA 3VQBA 2E4LA 3M8RA 1IKVA 1NK5A 3LDSA 3AVMA 4KHQA 5SZTA 3QNOA 1EETA 1X1PA 1KTQA 1Y97A 2ZD1A 3AO2A 1YTUA 3EY1A 3VQ5A 1Q9YA 3F73A 5CYMA 3BDPA 4Z4IA 3VQPA 5JS1A 4FVMA 4O44A 3CFPA 3NGZA 3L2UA 3AVGA 4KB1A 3K57A 4XIUA 2HNYA 4RW4A 4M3ZA 1RDCA 2XY6A 1SKWA 3CM5A 4DS4A 3RWUA 1VK0A 3T19A 2PYJA 3NH2A 4PQUA 1J54A 4RW8A 4BDYA 3OY9A 2DFEA 1RNHA 3BGRA 1SKSA 1QS4A 3V9XA 3TWHA 4CHPA 3AA3A 3C95A 3RRHA 3AVJA 4BE0A 3KD5E 1LWCA 4CEZA 4FZYA 4EZ6A 4CEEA 1HMVA 4E7HA 3V9ZA 2YHBA 1ITGA 5HP1A 3AVAA 2DFHA 2HB5A 4OJRA 5C25A 2BANA 2YNIA 4IDKA 4CF2A 3QEWA 1J5OA 1VSEA 2D5RA 3AO1A 3ZSWA 4FLUA 1RT2A 3KLFA 4OKJA 3O4QA 4J2BA 4CHQA 1BI4B 3CFRA 2X6NA 5J2PA 4B9VA 3VQEA 4J2AA 1LWEA 1VRUA 1L3UA 1L5UA 3NHGA 3THVA 5SWMA 4I9QA 3KK2A 3ZT1A 3CG7A 4W5TA 2YNGA 3CYMA 2Z1GA 1HYVA 2IS3A 4K8ZA 3G0ZA 3L3VA 4PY5A 1BISA 3NF9A 1T03A 1RT5A 4H4OA 2B6AA 4I7FA 4I9LA 1D9FA 1HNVA 4RW6A 3KLHA 2ZE2A 4IFVA 4CGGA 1NK7A 5FDLA 4MQ3A 4JS5A 4EP5A 1Q9XA 3IRXA 4CHOA 3K5LA 1GOBA 1S9GA 4CEFA 3NF8A 4DTUA 1JLBA 1TVRA 1TL1A 4Y1DA 4DTPA 3RMDA 4B9MA 2PZSA 1CZ9A 2EX3A 5KI6A 1A5XA 5KGWA 4E7IA 4ELTA 5KTQA 3ZSZA 2Z1JA 4CGJA 1D5AA 5J2NA 4CJWA 1NK9A 1FXXA 1VSMA 1YTAA 3DLKA 1BIZA 3HM9A 1HJRA 3HT3A 3L2WA 1RTJA 2RKIA 4E89A 3V9UA 3QEXA 4NCBA 2VG5A 1CLQA 3WNEA 4FJGA 3OYGA 3ITHA 4DFJA 5FRMA 4CF9A 3OS1A 4OLBA 2O4IA 3EYZA 3OYMA 4RW7A 1QSLA 1HPZA 1ZBHA 4CEOA 4Z4CA 1RDDA 3QIPA 2OPRA 2VG6A 3VQ4A 2BGGA 3ZT0A 4CERA 2W42A 1K6YA 1MU2A 3CM6A 3K5OA 3ZSXA 4DMNA 4DTJA 3SUNA 5K14A 1EXQA 3T3FA 3SCXA 1XI1A 1LAWA 1VSJA 4CGHA 2G8WA 3L2VA 3U6FA 1NK0A 5DK5A 3H08A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OYNA 2CGJA 3PO4A 3U9DA 1BCOA 1LOTB 3DOKA 4M3YA 1YF5L 4A62A 1V4SA 3SUOA 1J5EK 4LF7K 2KTQA 5KGXA 1ZC6A 1YITN 4ICLA 4FYDA 4IEIA 1YHQN 2OYQA 1NJYA 4TSXA 4DF4A 3NF7A 5BN8A 5M1KA 3F9KA 3DAWA 5HRNA 4E7LA 3J7YP 3GOIA 3H6EA 3MCPA 4JI8K 3KWGA 4JHDB 1M90O 4BRCA 2UUAK 1MWKA 2W40A 4LSLA 1S9EA 2P9IA 5FPMA 4HWIA 2WOMA 1BA0A 4B9SA 3KLGA 2P5OA 1WN7A 4FJ7A 2O8CB 4XH1A 2A1SA 3AA4A 1RDBA 3T7ZA 2ZWHA 3L2QA 4FWNA 1C6VA 2NUBA 3M3ZA 3MDQA 1JLCA 3D2EB 2E88A 3OYLA 3PIPL 4KTWA 1MA9B 4Q0BA 3DXMB 1TKDA 3V6DA 1QQMA 4F3OA 3CD6N 3IUCA 3PY8A 4FJMA 4DQPA 2RHKA 1JLQA 4ZHRA 4PKHA 2P9LB 4KHNA 1VQ6N 3RMBA 3W0LA 1CZAN 1W7AA 2ATQA 4GKKK 4HUGA 2WUSA 3CJBA 3QICA 3WQTA 4LF4K 2ITGA 1N8RO 5LMUK 4CFCA 3QBWA 1HLUA 3ZETB 1NU0A 2NRVA 4X64K 3OS2A 1SAZA 3MX2A 3VPZA 3I0SA 4BRNA 4CF0A 4J2EA 3ZT4A 2RE2A 3VEWA 1C0MA 1EX4A 5EX5A 3L0QA 1YAGA 3ID6A 5CZ2A 1YI2N 4FWQA 3QINA 1KCFA 1RT1A 4H8KA 4DSJA 1JCEA 4O0JA 3ZSVA 1TK5A 2ETJA 3TTDA 2O8BA 1Z05A 3AVHA 1VQ5N 4CCHA 4RW9A 4BG9A 2F8SA 3AA5X 4FSVA 2R7YA 3CCRN 1HUXA 4F9OA 1GOCA 3LM9A 2DY4A 3C6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OYN A;  2CGJ A;  3PO4 A;  3U9D A;  1BCO A;  1LOT B;  3DOK A;  4M3Y A;  1YF5 L;  4A62 A;  1V4S A;  3SUO A;  1J5E K;  4LF7 K;  2KTQ A;  5KGX A;  1ZC6 A;  1YIT N;  4ICL A;  4FYD A;  4IEI A;  1YHQ N;  2OYQ A;  1NJY A;  4TSX A;  4DF4 A;  3NF7 A;  5BN8 A;  5M1K A;  3F9K A;  3DAW A;  5HRN A;  4E7L A;  3J7Y P;  3GOI A;  3H6E A;  3MCP A;  4JI8 K;  3KWG A;  4JHD B;  1M90 O;  4BRC A;  2UUA K;  1MWK A;  2W40 A;  4LSL A;  1S9E A;  2P9I A;  5FPM A;  4HWI A;  2WOM A;  1BA0 A;  4B9S A;  3KLG A;  2P5O A;  1WN7 A;  4FJ7 A;  2O8C B;  4XH1 A;  2A1S A;  3AA4 A;  1RDB A;  3T7Z A;  2ZWH A;  3L2Q A;  4FWN A;  1C6V A;  2NUB A;  3M3Z A;  3MDQ A;  1JLC A;  3D2E B;  2E88 A;  3OYL A;  3PIP L;  4KTW A;  1MA9 B;  4Q0B A;  3DXM B;  1TKD A;  3V6D A;  1QQM A;  4F3O A;  3CD6 N;  3IUC A;  3PY8 A;  4FJM A;  4DQP A;  2RHK A;  1JLQ A;  4ZHR A;  4PKH A;  2P9L B;  4KHN A;  1VQ6 N;  3RMB A;  3W0L A;  1CZA N;  1W7A A;  2ATQ A;  4GKK K;  4HUG A;  2WUS A;  3CJB A;  3QIC A;  3WQT A;  4LF4 K;  2ITG A;  1N8R O;  5LMU K;  4CFC A;  3QBW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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