1WSHA

Crystal structure of e.coli rnase hi active site mutant (e48a/k87a)
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
153
structure length
148
Chain Sequence
LKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMALMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKARGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVHPENERCDELARAAAMNPTLEDTGYQVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 43
structure length 148
sequence length 153
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2004-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1wshA00
4CJLA 1TKTA 4F4KA 3NGIA 1HNIA 3DYAA 1ZBIA 3AO2A 1SL1A 4NYFA 4KHWA 2YNFA 4DF8A 5D3GA 2P5OA 4KB1A 3MEEA 1S9GA 4LY7A 1NK7A 3LAKA 2G8VA 1S1UA 2F96A 4E1NA 3SI6A 3SUNA 2ETJA 1VSJA 2ZQBA 4CHNA 4IKFA 1SL0A 4E19A 4PWDA 1YTAA 1L3TA 3OS0A 3L8BA 3KLHA 4FJJA 2O4IA 2KTQA 4FLUA 3AVHA 1HQUA 4CJKA 3PUFA 3K5NA 4KI4A 4HUEA 4CGJA 1R0AA 4CJEA 1ITGA 3TAEA 2X74A 1RT5A 3MXJA 4H4OA 5T7BA 2HVIA 3OJSA 4ZTJA 1FXXA 4CJ5A 1ZBUA 3BDPA 4J2AA 3AVCA 2G8FA 4CJWA 3KLGA 1Z26A 3VQCA 4DTXA 2OYQA 4BE2A 3SJJA 4QCLA 3QO9A 3PV8A 4JRPA 3TAQA 3ZT2A 4E7KA 3ZSVA 4DTPA 3AA2A 1W9HA 3MXMA 4FCYA 4KHSA 1QSYA 4M3XA 3OYAA 3SUPA 3RRGA 2KFZA 5KI6A 2DFFA 1FK9A 2GV9A 5CZ2A 1IH7A 2FBXA 4PA1A 4CJFA 4J2DA 3EZ5A 1T05A 1SKSA 4H4MA 3KD5E 3AA3A 3AVKA 5HLFA 4FJ8A 4E7JA 3RWUA 3NH0A 1NJZA 3P1GA 3NF9A 4LH5A 3ZSOA 4GW6A 2A1SA 2YHBA 4UQGA 4DSJA 3DOKA 4EP5A 3RMAA 2D0BA 1RDDA 1UWBA 1YTUA 2YHAA 4DQIA 2HNYA 4BDYA 1JLFA 4KFBA 4NCBA 3C95A 4ELTA 4CE9A 4CEBA 2P1JA 4I7FA 3LALA 1JLQA 4DTOA 3OYDA 3SPYA 4CEOA 4FJKA 4C8MA 3V1OA 3HP6A 3HVTA 4KO0A 4KHQA 3VQ9A 1HYZA 3AVLA 4CJSA 3OYNA 4DSFA 1NJWA 1IKVA 3DLBA 4CEZA 1VSFA 1TKZA 3AVNA 1LAWA 1K6YA 2GUIA 1I39A 3KTQA 4CF2A 4C8NA 4DFJA 4KTQA 3NF8A 1XC9A 3U6FA 3WNFA 2DTUA 1BCOA 2ATQA 2G8HA 1BISA 1RT4A 2IGIA 1JKHA 3OS2A 3TWHA 4FJIA 4B9TA 4FJNA 1Q8IA 2BDPA 4AHRA 3AA5X 4M45A 2HNDA 3HO1A 1LWFA 4BDPA 5CYMA 3HSTB 1NKBA 2X6SA 4CFBA 4ID1A 5I3UA 1XWLA 4W5RA 3KKSA 1RDBA 1CZ9A 2Z1IA 3F9KA 3CFRA 4CK1A 1UA1A 3IAYA 4B9SA 4CEFA 4QAGA 4F3OA 1UA0A 4IFYA 2F8TA 3KLIA 4O0IA 3VA3A 4IG3A 4CJRA 1WAJA 4M3YA 1EETA 3QEWA 2VG6A 2X6NA 4JS4A 3TANA 4FLTA 1GOBA 1WSEA 1T03A 2G8UA 3HYFA 3SCXA 2DY4A 1D5AA 4KTZA 1TVRA 3VQAA 1VSDA 1HMVA 1BIUA 1LAVA 3JYTA 3NGYA 1KCFA 3M8SA 1HQEA 1A5VA 1BI4A 5DK5A 5E41A 3OJUA 1VSIA 5KRSA 4W5QA 3DRSA 4LSNA 4CHYA 1A5XA 4ZTFA 4YNQA 4M3TA 1TGOA 1DTTA 1J54A 1LWCA 4O0JA 3VQ7A 3O3FA 1TK5A 3RR7A 3KK2A 4FM2A 5K14A 5JS2A 3NAEA 1BI4B 3U3GA 1BCMA 1GOAA 4B9VA 2ITGA 2E4LA 3NCIA 4CJ3A 4FLWA 1JLGA 4CGFA 4OLBA 2P5GA 3M8PA 3LAMA 1YT3A 3C94A 4TSXA 2OZSA 4FJXA 3HT3A 3SV4A 4FZZA 1U48A 1ZBFA 1QS4A 3AO1A 4BDZA 1SKRA 1D9DA 3HPGA 3AO5A 3NF7A 3VQ8A 2Z1GA 3WNEA 3NE6A 4CFDA 2RKIA 4ID5A 1VSLA 3EYZA 4KHYA 3OVNA 3TAMA 4CESA 4FJLA 4I2PA 3VQQA 2G8WA 5FROA 3L2QA 4DFKA 3D0PA 3S3NA 3K5MA 4AHTA 1JXBA 4OGEA 4DQQA 1HJRA 3U3YA 3AVMA 3LWLA 3L2WA 1VRUA 4DS5A 4M41A 4KRFA 1MU2A 4DTSA 1QE1A 5EU7A 2OPRA 3L2UA 4K8XA 4CEEA 1RTHA 1S1XA 3RR8A 1KVCA 4CF9A 1B9FA 2F8SA 1BQNA 2XO7A 3ZSYA 1NK5A 1YVUA 4CGIA 5HRNA 2E6MA 4Y1CA 1UAXA 1S5JA 1IKXA 3T19A 2G8KA 4CJUA 1TL1A 4H8KA 2VWJA 4PQUA 4AHVA 5J2QA 3DRRA 1WSJA 1BQMA 2WOMA 4CEQA 3VQ5A 3V9SA 3VN5A 3HP9A 3O3HA 4M3UA 4I9QA 3S3OA 4Z4EA 2EX3A 3ASMA 1JLBA 1TV6A 4DS4A 3P5JA 4E7IA 4RW6A 4HVJA 3WNGA 5DMRA 2YKNA 4ICLA 4AHUA 3MEGA 1ASUA 4M3ZA 4CHQA 4AILC 1T8EA 1KLNA 2RN2A 3QETA 3LP1A 3HJFA 5HBMA 3KIOA 4CHOA 2BE2A 2I5JA 4FM1A 5J2MA 3TAFA 2PYLA 1KFSA 5SZTA 2DFHA 3MXIA 1U4BA 4N56A 1QSLA 4RW8A 2IOCA 3BGRA 1ASVA 1LW0A 1RTDA 4HCBA 4GVMA 4JLHA 4OGCA 4NCGA 4DLGA 3V9WA 4B8CA 1EX4A 2GBZA 4B9UA 1A5WA 4BWJA 2KFNA 3OY9A 4DQRA 1J53A 1NOZA 3IS9A 4RW4A 4LD0A 4CEDA 3ZSRA 3V81A 2P51A 4B8AB 4DTJA 1WSHA 1HYVA 4FXDA 3NDKA 3EY1A 1ZBHA 3K2PA 2R7YA 2HNZA 4N41A 2D5RA 3ZT0A 3HM9A 4FZXC 4FYDA 1ASWA 1RBVA 4AH9A 5KGWA 3LZIA 5SWMA 1WN7A 4DSLA 2QXFA 1UOCA 2EHGA 4O5BA 1GOCA 3MAQA 4FJMA 4M42A 3M8QA 4KKOA 3AA4A 1RT2A 1X9SA 4Z4HA 1HRHA 3QEPA 3TAPA 4CERA 3HVRA 1IG9A 2IS3A 1EKEA 1JLEA 2HHVA 4E0DA 4YFUA 2OPSA 2KZZA 3ULDA 3RTVA 4FJ5A 4FK0A 4JRQA 3V9UA 3ZSQA 3ZSZA 1NK9A 4M3RA 3CG7A 1TAQA 3AVBA 4CJTA 1ZYQA 3DLHA 4BWMA 4B9MA 4F2SA 1BL3A 2HHQA 1SKWA 1Q9YA 4MFBA 5I42A 4DTMA 1SV5A 4FJ9A 3ZSXA 1TKXA 3OYGA 3HPOA 4CFCA 5FRNA 4PUOA 3DMJA 2XRIA 1NK6A 3OYJA 2B6AA 4EZ9A 1WNSA 1RBUA 3CQ8A 4BE1A 1JXEA 5C42A 3OYMA 1KRPA 5CY4A 2HB5A 1KSPA 1LV5A 3V9XA 3DLGA 2YNGA 1HNVA 2BANA 4Z4CA 4CJPA 4Y1DA 1KLMA 3K5LA 1CXQA 3HL8A 4IDKA 1WAFA 1RDCA 4GMJB 3QIOA 1N5YA 2X78A 3L2VA 3RMBA 3H08A 3AVIA 3SQ1A 2D0AA 3DI6A 4N5SA 2E6LA 1VSEA 3O4QA 4OJRA 2KW4A 1RBSA 4FVMA 4KTWA 1VK0A 1L5UA 4OKKA 5C24A 4IBNA 3MECA 1L3UA 4Z4FA 1KVBA 1L3SA 2KZMA 1HYSA 1T7PA 3VQEA 1TK8A 3QEXA 4HTUA 4O4GA 3LP3A 1RBRA 3LPTA 4IG0A 3QIPA 2YKMA 3AVFA 1U47A 1REVA 4FLZA 3RMCA 2HVHA 4OKEA 1U04A 4DF4A 4CGGA 4F2RA 4HCCA 3TR8A 4LSLA 3NF6A 3NGZA 4DQSA 5HRSA 1RT7A 4DU1A 3TABA 1QHTA 2XHBA 4J2BA 1RCHA 1X9MA 3K59A 2G8IA 1BGXT 2O4GA 3AVGA 3O4NA 3OYIA 1TAUA 5J1EA 4HUGA 2Y1IA 3I8DA 1SL2A 1C0MA 2XY7A 1TL3A 2OZMA 1WLJA 3PY8A 3QERA 4KAZA 1VRTA 4E3SA 3B6PA 1X9WA 3KLFA 1JL1A 3SQ0A 1BIZA 1XHZA 3K5OA 5JS1A 4DSIA 4CJ4A 1X1PA 1J9AA 4B9LA 3TI0A 3OYCA 4CK2A 1NK0A 3JSMA 2OPPA 4N47A 4HHTA 5HRRA 4KB0A 3HK2A 2HHWA 4DFMA 2Z1HA 3ALYA 2HMIA 4FZYA 1W0HA 3ZCMA 3G0ZA 4CGDA 3VQ4A 1C0UA 1SUQA 4W5OA 4QOZB 2D0CA 2A1RA 4W5NA 1RTJA 3RMDA 4DWIA 5FRMA 3O3GA 3ITHA 4KHNA 3C6UA 2HW3A 4FLYA 3SYZA 4B3OA 3QESA 1B9DA 4Z0UA 1NJYA 3AV9A 1FKOA 1L3VA 3KKRA 1S1WA 4DMNA 3QNNA 1XI1A 1NK8A 3FFIA 4FJHA 3VQBA 3ISNC 3KJVA 2PY5A 3CFPA 1C1BA 3AO3A 3NH1A 2IDOA 1ZBLA 3S3MA 3HPHA 3KK3A 1KTQA 3CM5A 5C25A 1S9EA 3T3FA 1NKCA 4OPJA 4BACA 4FJGA 4O44A 1WSFA 3LZJA 4F3TA 4Q0BA 4MQ3A 2Q3SA 3M8RA 1B92A 2NUBA 2ZD1A 3L3VA 3VQPA 3OYFA 1O1WA 4DTUA 4I9LA 4Q5VA 4XIUA 3WNHA 1C6VA 1WSIA 4WE1A 4CF1A 3S9HA 4L8RB 4FK2A 4DG1A 2XY5A 1C1AA 3ZT3A 1RT6A 1S1TA 3DLKA 3TARA 1TKDA 4CJQA 4CK3A 4NYNA 4OVLA 1NJXA 4KHUA 3L2RA 3AO4A 3RRHA 4M3WA 1TK0A 4K8ZA 1XHXA 4Z4IA 3V1RA 1WSGA 4I2QA 3IG1A 3VQ6A 1KVAA 3V1QA 5FDLA 4G1QA 5HROA 2KQ2A 4B08A 3NH2A 2PZSA 1QSSA 1VSHA 5J2NA 5CYQA 4KREA 1RNHA 5KTQA 2IAJA 2QK9A 2FBVA 4OLAA 1JLCA 4DSKA 3D45A 2B5JA 4ELUA 2RF2A 3PO5A 2HHTA 3OYEA 3P83D 3LDSA 3PX6A 3DLEA 3PX0A 4C8OA 1RT1A 4E1MA 3SQ2A 1Q9XA 1HPZA 4FM0A 1NOYA 3ZSWA 2XY8A 4FW1A 4KV8A 4N76A 4Z4GA 1EXQA 2HHUA 1KFDA 4DTNA 3PO4A 2VG7A 4JS5A 3VA0A 5KRTA 3OYHA 1D8YA 4KPYA 3SUQA 2BGGA 3UIQA 3NBPA 4EP4A 2B4JA 2FC0A 3OYBA 1C0TA 4DU3A 4OPKA 3B6OA 5J2PA 3IRXA 4CIEA 3CFOA 3E01A 4CECA 4CJVA 3KD1E 3SNNA 3V9ZA 4J2EA 3QLHA 4ELVA 4ZHRA 2VWKA 3CM6A 1CZBA 1Z25A 4CIFA 3TAGA 1RDAA 2YNIA 3SQ4A 1IKWA 3MEDA 3QNOA 4RW9A 3V6DA 3K58A 2WONA 4CIGA 4AHCA 2JGUA 3T1AA 2Z1JA 2HHSA 3L3UA 4FW2A 4DLEA 1DTQA 3LWMA 1D9FA 2W42A 3I0RA 1DLOA 3OS1A 1LW2A 3CYMA 1QQCA 4CFAA 4F8RA 3KK1A 3SV3A 1VSKA 3LP0A 3V4IA 3DM2A 4DTRA 3DOLA 1U45A 2QKBA 3QEVA 4FLXA 2ZE2A 1S6PA 4RW7A 3LP2A 1J5OA 2XY6A 4CGHA 4CHPA 4CF8A 1IO2A 5CZ1A 1RBTA 3I0SA 3F73A 4FJ7A 2YV0X 3VQDA 1EP4A 2YNHA 3HXMA 2PYJA 3NFAA 3AVAA 1NKEA 4PY5A 3NHGA 4C8LA 2JLEA 1JL2A 3G10A 4OKJA 4E7LA 1G15A 2FBTA 3SUOA 3THVA 4NCAA 4O55A 1CLQA 1Y97A 3SPZA 4HUFA 4BE0A 3DRPA 2AJQA 3QEIA 3SZ2A 1I3AA 1VSMA 4IFVA 4AHSA 2HHXA 2DFEA 4CCHA 1JLAA 2IC3A 4DU4A 4DSEA 1RT3A 4C8KA 4E89A 4FLVA 3C6TA 4B9NA 4RG8A 3PX4A 5KGXA 3OYLA 4R5PA 4DFPA 5HP1A 4W5TA 1S6QA 1CXUA 3A2FA 1RTIA 1QTMA 4KI6A 4CHZA 3ZT1A 3KLEA 1BHLA 2Y1JA 5HRPA 3ZT4A 4CF0A 1RILA 3DLRA 3LANA 4CEAA 2FBYA 2QKKA 2RPIA 1FKPA 3OYKA 3K57A 1IKYA 4E7HA 4FK4A 2LSNA 2OA8A 2VG5A 4LH4A 2OPQA 1F21A 1S1VA 4EZ6A 1N6QA 1U49A 4DQPA 3LPUA 1NK4A 3AVJA 1LWEA 1C1CA 3QINA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2KLAA 3NGIA 1HNIA 4YOVA 3J7AP 3O9UA 4OPHA 4LY7A 3LAKA 2ZQBA 3OA9A 4LC9B 3H46O 3L8BA 5GINA 3KLHA 2O4IA 1YVNA 2UU9K 2BH1A 1HQUA 5FLXO 3PUFA 1GLCG 1Y64A 1R0AA 4BRDA 2NRXA 1YIJN 5MLCQ 2E2QA 2YI1A 1Z26A 4BR4A 3FFKB 3KLGA 4DTXA 3PV8A 5JLFA 4JRPA 5IWAK 3ZT2A 5AQGA 3ZSVA 4M3XA 1QZ5A 2HF4A 3SUPA 3RRGA 5KI6A 5CZ2A 4CJFA 2BTFA 1XNRK 3ZX0A 3AVKA 4E7JA 3RWUA 1NJZA 3ZSOA 3H3OB 2A1SA 2YHYA 3A5MC 4HWIA 1RDDA 4MDBA 4NCBA 3LALA 1JLQA 4DTOA 3CETA 2VWBA 4CEOA 3T1HK 3SPYA 4FJKA 1Z05A 4C8MA 3HVTA 2GTDA 2QA4N 3AVLA 3OYNA 1TUYA 1NJWA 3A0IX 1K6YA 2GUIA 1I39A 4CF2A 4DFJA 2IVOA 3WNFA 1BCOA 4BQLA 4LF5K 2IGIA 1JKHA 4FJNA 4FJIA 4B9TA 2E2NA 5DM7L 4PKHA 3FR0A 2EWSA 3EKUA 5CYMA 3HSTB 2NRWA 2E1ZA 1NGGA 1RDBA 1CZ9A 2Z1IA 4BGBA 3TSQA 2DPNA 1NGBA 1UA0A 3KLIA 4M3YA 4NLBA 4CJRA 1GLLO 3QEWA 4BRAA 2X6NA 2O8CA 3MCPA 4BREA 3HYFA 3SCXA 1TVRA 4FWRA 3NGYA 3M8SA 5DK5A 5E41A 1VSIA 3I55N 1A5XA 4YNQA 4CZKA 2O8CB 1TGOA 2YCHA 3VQ7A 3RR7A 5K14A 3NAEA 1BCMA 3J8AA 2ITGA 3LDLA 3NCIA 3HZ6A 4JN4A 3M8PA 4TSXA 1YT3A 3C94A 3HT3A 1QS4A 3WXKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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